数々の難事件を解決する高校生探偵の工藤新一は、ガールフレンドの毛利蘭と遊園地でデート中、ジェットコースターで殺人事件にまき込まれた。ズバ抜けた推理力で事件を解決したが乗客の中にいた怪しげな黒服の男たちが現金受け渡しする犯罪現場に遭遇。現場の証拠を押さえようとするが背後から襲われ気を失ってしまい…。
黒服の男に殴られ意識を失った新一が目覚めると、飲まされた毒薬のせいで身体が小学生くらいまでに縮んでしまっていた。新一は小学生の江戸川コナンと名乗り、黒服の男たちの情報を得るために私立探偵の父を持つ蘭の家に居候することに。すると金持ちの娘が黒ずくめの男たちに誘拐されたという話が入り…。
毛利小五郎の事務所に、アイドル・沖野ヨーコが訪ねてきた。何者かに後をつけられたり、部屋に侵入されているというのだ。調査のためコナンたちがヨーコの部屋に入ると、そこには男の刺殺死体があった…。コナンは小五郎を気絶させ、阿笠博士が発明した蝶ネクタイ型変声機を使って小五郎の声で事件の謎解きを始める。
偶然謎の図形と「ORO」という文字が書かれた紙を手に入れたコナンと同級生三人組。宝の地図に違いないと、早速捜索を開始したが、実はその暗号は、現在逃走中のイタリアの強盗団が隠したという金貨のありかを示したものだった。暗号を解読し、忍び寄る強盗団をかいくぐり、見事お宝にたどり着くことができるのか！？
京都に向かう新幹線でコナンに毒薬を飲ませた黒服の男たちそっくりな二人組に出会う。様子を探るため、盗聴器を仕かけたところ、アタッシュ・ケースに爆弾をセットし、新幹線ごとあと40分で爆破するという声が…。
蘭がバレンタインパーティーに招かれた。主催者の医大生・克彦に夢中な同級生の園子にむりやり付き合わされたらしいが、コナンは気が気ではない。テニス仲間が集まるパーティーで、仲間の一人・好美が贈ったチョコレートを食べた克彦が、苦しみ出し死亡する。駆けつけた目暮警部と小五郎は、好美が犯人だとにらむが…。
毛利探偵事務所に小川という依頼人がやってきた。二年前から毎月、送り主の名前も住所もデタラメなオモチャと現金が送られてきていて、今日送られてきた現金には、「2500万円払い終わりました。引き替えに、いただきに参ります」という意味不明の手紙が添えられていた。小五郎は手のこんだイタズラだと断定するが…。
夜な夜な甲冑の騎士が歩き回るというウワサの美術館。興味津々の蘭は、コナンと小五郎を連れ見学に行く。 だが最後の「地獄の間」でコナンたちが見たのは、ホテルに転業するため美術館を閉館すると決めた新オーナー・真中が、「天罰」と題された絵画の後ろで、絵と同じように喉を剣で串刺しにされて絶命している姿だった。
天下一春祭りの夜、ホテルの居室で人気作家・今竹智が殺害された。友人の笹井の犯行ではないかと疑われたが、笹井は祭りの会場にいたと主張し、証拠に蘭がシャッターを押したインスタントカメラを差し出した。完壁なアリバイに笹井は自信満々だが、コナンは笹井が犯人だと確信し、笹井のアリバイを崩す糸口を探し始める。
毛利探偵事務所に赤木量子と名乗る女子高生が、新一を探してほしいと訪ねてきた。量子と会ったこともないコナンは戸惑うばかりだが、蘭のほうは新一への怒りで我を忘れてしまっている。新一をとっちめようと、蘭はコナンを連れて量子の家に押しかけるが、その依頼が、あるプロサッカー選手の脅迫事件と関係する事を知り…。
謎の依頼人に伊豆の小島、月影島に呼び出されたコナンたち。依頼人は12年前にピアノソナタ「月光」を弾きながら死亡した有名なピアニストだったことを知る。謎の依頼主のことを調べるため訪れた公民館で営まれていた前村長の法要の最中、「月光」の第一楽章とともに村の資産家が殺され、これを機に次々と殺人事件が…。
公園でかくれんぼをするコナンたち。二時間たってもみつからない歩美にコナンがトランシーバーで連絡を取ると、歩美はなんと車のトランクの中。しかも、それは少女連続誘拐殺人事件の犯人の車だった！ スケボーの動力ソーラー・エンジンも日没が迫り、時間がたてば歩美の命も危ない。コナンは絶体絶命のピンチに陥る。
毛利探偵事務所に広田雅美と名乗る娘が、1か月前から行方不明になっている父を捜してほしいと依頼に来た。蘭は広田の飼っていた猫の名前が人気の競争馬の名前から付けられたことに気づき、競馬場であっという間に観客の中から広田を見つけ出す。 雅美との感激の再会となったが、その翌日、広田がアパートで絞殺された。
コナンたちが川原で遊んでいると銃声のような音とともに風船が破裂した。コナンが双限鏡で川の対岸を見ると、土手の向こうのビルの屋上で二人の男に拳銃を向けられライフルを構えている男を目撃。その現場に駆けつけると、謎の十桁の数字を表示した電卓が置かれていた。これは男がコナンに残したメッセージだろうか。
猫を探す依頼を受けたコナンたちは、猫が出てきた家の浴室で男の死体を発見した。コナンたちの通報で駆けつけた目暮警部は、その家を捜索するが、死体のあった浴室には一滴の血痕すら残っていない。コナンたちに見られずに死体を運び出すのは不可能だと判断した目暮警部は、コナンの通報がウソだと判断するが…。
コナンたちが、資産家の丸伝次郎の屋敷に妻の浮気調査報告のために訪れていた時、伝次郎自身が何者かによって惨殺された。残された伝次郎の手帳に名前が書き込まれていたのは、小五郎、伝次郎の主治医・波多野、彫刻家の阿久津、そして居合の道場主・諏訪の4人。はたして、この中に犯人がいるのか？
「仮面ヤイバーショー」を見にデパートを訪れたコナンたちは、元太が大事なヤイバーのサインを忘れ閉店間際のデパートにとりに戻るが、出入口が閉まり閉店後のデパートに取り残されてしまう。警備室に行ったコナンたちは、そこでヤイバーとジョッカー軍団の着ぐるみ姿で閉店後のデパートを狙う強盗団に遭遇してしまう。
今日は新一と蘭の中学の恩師・松本小百合先生の結婚式。式の時間が迫り、小百合は控室に一人で残った。妙な物音がして、コナンたちが控室に戻ってみると、純白のウェディングドレスに身を包んだ小百合が苛性ソーダの混入されたレモンティーを飲み吐血して倒れていた。容疑者は新婦の控室に出入りしたものに絞られる･･･。
トップデザイナーの芦屋映子に街でファッションモデルにスカウトされた蘭。衣装合わせのためビルに行くと、秘書の美香がエレベーターの中で殺害されているのに出くわした。暎子は床に残った靴跡を見つけビル荒らしに殺されたのだと断定するが、コナンは映子がエレベーターのボタンをハンカチで拭いたのを見逃さなかった。
歩美が幽霊屋敷を見つけてきた。コナンたち少年探偵団は、さっそく幽霊退治に乗り出すことになった。そこは5年前に殺人事件があった家で、現在は空き家のはずだ。一人でトイレに行った光彦の悲鳴に続き、元太の悲鳴が聞こえた。本当に幽霊なのか？コナンは床の隠し扉に気づき開けると、扉の向こうは地下への階段だった。
人気アイドル沖野ヨーコ主演のサスペンスドラマのロケが米花神社で行われた。そのドラマの推理監修として協力することになった小五郎はゴキゲンだ。しかしその日の夜、コナンたちが神社の前を通りかかると、撮影助手の安西が狛犬の前で血まみれで倒れていた。手掛かりは血で書かれた「コマイヌ」の文字だけ。
旗本島に旅行に来たコナンたち。偶然、旗本島の旧家・旗本一族が貸切りにした豪華客船に便乗させてもらうことになった。一族の当主・豪蔵は今日の結婚式の途中から機嫌が悪く、自室に引き上げて行った。夕食に姿を見せない豪蔵を迎えに行くと、自室で殺害されていた。遺産分配をめぐっての争いだろうと推察されるのだが…。
旗本一族のチャーターした豪華客船内で、当主の豪蔵が刺殺され、孫娘の夏江と結婚式を挙げたばかりの花婿・武が犯人と疑われ、倉庫に監禁された。これで一件落着かと思われたが、惨劇の幕はまだ下りていなかった。第二の殺人が起き、武が監禁されていた倉庫の扉が開いていて、武の姿が消えていた。真犯人は一体誰なのか？
二か月前にコナンの推理で逮捕された保険金殺人犯・湯田が、刑務所を脱走した。いつものようにコナンが小五郎の声を使って事件を解決したのだが、そうとは知らない湯田は、小五郎を恨んでいた。逮捕された時に「この礼は必ずしてやる」と言った湯田の言葉を思い出し、蘭は小五郎の身を案じる。小五郎に魔の手がしのびよる。
蘭の同級生・直子が誘拐され身代金の受渡しが埠頭で行なわれたが、誘拐犯の車は逃走途中、直子を乗せたまま海中に転落してしまった。しかし引き上げられた車には、直子も犯人の姿もなかった。その後事件当日、埠頭の対岸で不審なクルーザーがいた事を知り、コナンは直子たちが生きていると確信し、推理をはじめる…。
コナンたちは、学校帰りに坂口家の愛犬ジョンと遊ぶのを楽しみにしていた。ある夜、コナンが小五郎と蘭と共に坂口家の前を通りかかると、犬の鳴き声と悲鳴が聞こえ、若い女性が飛び出してきた。家の中では倒れた男性と唸っているジョンの姿が。コナンや蘭には人懐っこいジョンが訳もなく人を襲うとは考えられないのだが…。
小五郎の大学の柔道部の同窓会が開かれることになった。昔のアルバムを眺め、思い出話に花が咲く。中道が皆を卓球に誘うと、かつて恋人だった由美は疲れたから休むと言って部屋に戻ってしまう。由美を除いた全員で卓球を楽しんだ後、一同は花火大会に。しかし部屋に戻ってみると、側頭部を銃で撃ち抜かれた由美の姿が。
小五郎の大学の柔道部の同窓会で柔道部のマドンナだった堀田由美が死んだ。旅館の自室で頭を銃で撃ち抜いていたのだが、数々の証拠から自殺に見せかけた他殺とわかった。犯人は同窓会に集まった小五郎の親友の四人の内の誰か。だが、この時間は全員が卓球をしていたというアリバイがある。小五郎のつらい謎ときが始まる。
コンピューター・ソフト会社の社長・大木田が死亡した。遺体に外傷はなく、毒物を飲んだ形跡もないことから、突然死だと思われた。しかしコナンは家中がコンピューターで快適な温度に管理されているはずなのに、遺体が多量の汗をかいている事に気づく。急激に温度が上昇しただけで心臓発作を起こすとは考えにくいのだが。
小五郎に高名な弁護士・巽から妻の浮気調査の依頼があった。しかし、その日、自宅で縛り上げられて空の浴槽に押し込まれていた巽の妻の遺体が発見された。死亡推定時刻に小五郎と一緒にいた巽には完璧なアリバイがあるはずだが、コナンは、何か釈然としないものを感じる。全ての推理の出発点は、あのホテルだ。
小五郎がゲスト出演した人気番組の生放送終了直後、プロデューサー・諏訪が、ミーティングルームで殺された。諏訪はここで番組終了後に司会の松尾と打合せをすることになっていた。番組降板の噂もあった松尾に目暮警部が問い正すが、生番組の司会をやっている自分に犯行は不可能だと自分のアリバイに自信たっぷりだ。
蘭が新一とデートだと言って、うれしそうに出かけて行った。「新一はオレなのに」とコナンは気が気でない。不安になったコナンは無理やり待ち合わせの喫茶店までついていく。客の観察をしているその時、トイレから男の絶叫が響きわたった。トイレの個室の中で心臓をナイフで一突きされた女性が血まみれで倒れていた。
川原にキャンプにやってきたコナンと少年探偵団の四人は、阿笠博士から宝物の在りかだという古い絵地図をもらいはりきって宝探しを始める。地図に従って森の中の目印をたどっていくと、途中で怪しげな二人組の男にでくわすが、男たちは四人を見てあわてて立ち去った。その後地図に書かれた暗号の謎を解いていくのだが…。
蘭とコナンは同級生・園子の別荘に招待された。そこには園子の姉と姉の大学時代の映画研究会の仲間も集まっていた。蘭が森の中で顔に包帯を巻いた男に斧で襲われた。そして山荘の電話線は切断され、吊り橋が落とされていた。その夜、コナンたちは森の中で、バラバラに切断された脚本家の知佳子の惨殺死体を発見する。
包帯男に蘭が再び襲われたことで、全員が食堂で夜明かしすることになった。知佳子が連れ去られた時に首に付けていたチョーカーを綾子が玄関で見つけ、知佳子殺しの謎が新たに浮上する。内部の犯行だとすると、蘭がなぜ二度までも襲われるのか。コナンは山荘に到着した時の出来事を思い出す。
歩美が歯科医・沢木葉子に歯を抜いてもらった夜、あるマンションで殺人事件が起こった。第一発見者は隣室に住む葉子。葉子には、歯科医院で歩美と一緒にテレビを見ていたというアリバイがあった。が、歩美は眠ってしまって番組の最初と最後しか見ていないという。コナンはどこかにトリックが隠されているとにらむが…。
小五郎に人捜しの依頼が来た。手掛かりは赤いスポーツカーのナンバーと、依頼人・典子が描いた似顔絵だ。信州でその男と知り合ったという典子の話に、小五郎は勝手に恋の相手だと決めつけるが、コナンは似顔絵の表情が陰険なのが気になった。コナンは小五郎にこのことを指摘するが、相手にされず一人で調査を開始した。
赤鬼村の火祭会場で、燃えさかる櫓の中から焼死体が発見された。殺人事件として捜査が始まったが、被害者の根岸は小五郎が阿部という男の依頼で3日間尾行をしていた相手で、しかも二人は互いに五億円の生命保険をかけていた。状況から、犯人は阿部に違いない。が、小五郎によって阿部のアリバイは完璧に証明されていた。
資産家の一人娘・四井麗花の誕生パーティーに招かれた小五郎と蘭、コナン。わがままな麗花の一言で、麗花の花婿候補と目されているヨットクラブのメンバー四人が家政婦の米、コナンたちと共に別荘に残ることになった。そんな中で麗花が行方不明になり、捜している最中に、二階堂が庭の噴水で溺死しているのが発見された。
人里離れた別荘で資産家令嬢・麗花の花婿候補の一人・二階堂が不審な溺死を遂げ、蘭までもが同様の手口で襲われた。行方不明だった麗花も浴室で溺死体となっていた。三件の犯行はこの夜別荘にいた同一人物によるものに違いない。全身ずぶ濡れの麗花の死体の状況から、コナンはシャワーを利用したトリックを見破る。
コナンと小五郎、蘭は米花高校野球部の遠征試合を応援に行った。相手は昨年の地区大会優勝校で、今年も優勝候補ナンバーワンの修好学園。試合は思わぬ展開で米花が逆転勝利したが、試合直後、修好学園の理事長室で昨年の優勝旗がズタズタに引き裂かれているのが発見され、校長は、野球部の大会出場を辞退すると宣言した…。
園子に誘われ、人気バンド「レックス」の打ち上げパーティーに参加した蘭とコナン。しかし、ボーカルの達也が、ヒット曲を熱唱した直後に吐血して倒れ、死亡した。死因は青酸カリ中毒。警察は昔のバンド仲間だったカラオケボックスの店長を疑うが…。コナンはカラオケボックスに全員を集め、店内放送を使って推理を始める。
毛利探偵事務所にコナンの母親だという女が現れた。蘭や小五郎の手前、ウソだとも言えず、コナンは女の車に乗り込んだが、コナンに母親などいるわけがない。案の定、女はコナンの正体が工藤新一だと知っていて誘拐したのだ。謎のベールに包まれていた世界的推理作家と元美人女優の新一の両親がついに登場する特別編。
小五郎と蘭、コナンは、山道で車が故障して困っていた、堀田重工の会長・堀田耕作を別荘まで送っていった。別荘では堀田の誕生パーティーが開かれるところだったが、息子たちがケンカを始めて険悪な雰囲気になった。その夜、堀田の寝室が爆破され、堀田が死亡。小五郎は行方不明になった次男を疑うが…。
高級住宅街で会社社長・児島郁子が顔にパックしたまま、ガウン姿で絞殺された。防犯カメラの映像とガードマンの証言から、死亡時刻が夜の9時すぎの18分間と推定される。容疑者は専務の吉岡、娘の千尋、証券マンの泉の三人。来客の予定があったのに、ガウン姿でパックをしているのは不自然だと気づいたコナンだが…。
雪山にスキーに来たコナンと蘭、小五郎は、貸別荘の鍵を無くして医大教授・大山将の別荘で電話を借りることにした。別荘には大山の弟子の助教授や助手たちが集まり、コナンたちも鍋パーティーに招待される。食後、一人別室でテレビを見ていた大山の惨殺死体が発見された。コナンは大山のダイイングメッセージに気付く。
元高飛び込み女子選手がオーナーであるスポーツクラブが新装オープンすることになった。その前日に招待されたコナン、蘭、小五郎だが、高飛び込みの代表選手の西条と他のインストラクターたちが対立しているところを目撃してしまう。その夜、西条の死体がプールに浮いているのが発見された。西条の死は事故か殺人か。
新一に会うために、蘭のところへ“西の高校生探偵・服部平次”と名乗る少年が押しかけてきた。風邪気味のコナンは服部に飲まされた中国酒でフラフラになる。蘭が服部をにらみつけているところへ小五郎の依頼人が訪れる。小五郎と蘭、コナン、服部の四人で依頼人の外交官宅へ出向くと、外交官は何者かに毒殺されていた。
服部に飲まされた中国酒のせいで気分が悪くなったコナンは、外交官・辻村勲の殺害現場で倒れてしまう。辻村を毒殺したトリックを暴いた服部は、辻村の父・利光を犯人だと決めつける。そこへ、突然、新一が現れ、服部の推理の間違いを指摘する。新一は、真犯人を突き止め、辻村夫婦の過去を掘り起こす。
図書館で逆向きにケースに入れられて包装された変な洋書を見つけたコナンは、ここの図書館の職員が行方不明になっていることを知る。警察は手掛かりを見つけられずに帰っていったが、コナンは少年探偵団の3人と一緒に閉館した図書館の内部を捜索する。そして児童図書の書棚で背表紙のない本に隠された麻薬を発見した。
お気に入りのアイドル・沖野ヨーコの推薦でチャリティーゴルフ大会に出場することになった小五郎は、早朝のゴルフ練習場にやってきた。ド下手な小五郎の練習にコナンが見飽きた時、サラリ－マンの4人連れが入ってきた。部長の橘がドライバーに持ち替え、振り下ろした瞬聞、激しい爆発音と共にもうもうと黒煙が上がった。
コナン、蘭、小五郎が一泊することになった山寺には、若い女をさらって高い木に登り、そこに死体を吊してその肉を食うという霧天狗の伝説が伝わっていた。修行僧たちは小五郎に、2年前に若い修行僧が伝説と同じような死に方をした事件を話そうとするが、和尚に一喝される。翌朝、和尚が高い梁から吊されて息絶えていた。
マンションのベランダで会社社長・井本が、日課にしていた太極拳の最中に何かで後頭部を一撃されて死亡した。マンションには、井本の妻・貴子、井本夫妻の仲人・土橋、マンションの住人で釣具店主の寺沢がいて、それぞれに殺害の動機がある。コナンはベランダの手すりについた傷から、釣り竿を使ったトリックを見破るが…。
小五郎が監修したゲームソフトの発表パーティーで、コナンは自分を小さい体にした黒ずくめの男たちの仲間らしい大男を見かける。手掛かりをつかもうと、尾行を始めると、大男はトイレで爆死した。爆発は大男がクロークでアタッシュケースを受け取った直後だったことから、コナンは大男の取引相手を捜し出そうと知恵を絞る。
怪しい毒薬のせいで小学生の体となってしまった高校生探偵・工藤新一が“江戸川コナン”と名乗り、難事件を次々と解決してゆく大人気推理アニメ。本作は97年に劇場公開された記念すべき第1弾。工藤新一宛てに、建築家の森谷からパーティーの招待状が届くが、コナンの姿では参加できず、幼なじみの蘭に代理を頼む。その直後、街で連続放火事件が発生。その犯人と思われる人物から工藤新一に爆破予告の挑戦状が届く。正体を隠しながら犯人と戦うコナン。しかし蘭までもが事件に巻き込まれ…。
温泉旅行から帰る途中、コナン、蘭、小五郎は乗換えの駅で殺人事件に遭遇する。殺されたのは、コナンたちと同じ列車に乗り合わせた医師会のメンバーで、並行して走っている別の路線の車内で毒物を注射されて死亡していた。コナンは、医師会のメンバー・伊達をあやしいとにらむが、別の列車の中にいては、犯行は不可能だ。
おじゃマンボウ清掃会社の専務が、落ちてきた鉄材で頭を打って死亡した。現場は会社近くの細い路地。日曜日の今日は社長の中山と秘書の麻木だけが出社していた。偶然現場に居合わせたコナンは、事故に見せかけた殺人事件のトリックに挑戦する。
小五郎と蘭と一緒に「シャーロックホームズ・フリーク歓迎ツアー」に参加したコナンだが、ツアーの主催者・金谷が車に乗ったまま崖から転落、炎上してしまった。孤立した参加者たちは一室に閉じこもるが、第2の事故が起こってしまう。ツアーに参加していた服部平次と共にコナンは犯人との知恵くらべをすることになった。
ツアーの主催者・金谷に続いて綾子が爆死。さらに、藤沢がアイスピックで襲われるに及んで、ツアーの参加者たちは戦々恐々としていた。犯人は残ったメンバーの中にいるのか、それとも、死んだはずの金谷なのか？服部平次と共に犯人のトリックを推理していくが、平次はコナンの正体に疑いを持ちはじめる。
商店街のイベント“初めてのおつかい大会”に記録係として参加した少年探偵団の面々とコナンは、参加者のひろしの突飛な行動にてんてこ舞。一度は姿を見失ったひろしをやっと見つけたかと思えば、今度はそのひろしに危険が迫る。本人が何も気付かないまま間一髪で難を逃れたものの、ついに何者かに連れ去られてしまう。
コナンと小五郎たちの目の前で女性イラストレーターがマンションのベランダから転落、死亡した。直前に師匠の花岡に予告電話をかけていたことから、投身自殺かと思われたが、コナンは転落前に女性が死んでいたと見抜く。一番怪しいのは、離れたデザイン事務所にいた花岡だ。自殺に見せかけるトリックの方法は一体何だ！
水軍伝説の伝わる瀬戸内海の小島・敷島では、7年前に金塊を積んで沈没したはずの小型船・竜神丸が浜に打ち上げられた。講演会を依頼されて島にやって来た小五郎は10億円の金塊探しも依頼される。が、小五郎の代わりにくす玉の紐を引いた村役場の職員がガソリンを浴びて火だるまになった。何者かが小五郎の命を狙ったのだ。
竜神丸のキャビンから灯台守・浜田の惨殺死体が発見され、現場で気絶していた小五郎に殺人容疑がかかった。島民たちの怒りに小五郎と蘭共々八つ裂きにされかねない不穏な雰囲気に、コナンは小五郎を麻酔銃で眠らせ、小五郎の声で小五郎がはめられた罠を暴き出す。小五郎を罠にはめた真犯人は金塊を狙っているに違いない。
映画「大怪獣ゴメラ」の撮影所を見学に行ったコナンと少年探偵団の子供たちは、ゴメラ役の俳優・松井の案内でセットや怪獣の着ぐるみを見て大喜び。が、松井がゴメラに刺され、逃げたゴメラを追うコナンたちは、スタジオでゴメラがシリーズの中止を決定したプロデューサーを刺殺するところを目撃する。
小五郎の刑事時代の先輩で暴力団担当の警部・寺岡からバーベキューパーティーに招待された小五郎、蘭、コナン。寺岡は暴力団の幹部から呼び出され、一人で会いに行くと言う。心配した小五郎は寺岡に付き添っていくが、寺岡が入っていったコンテナ置場から銃声が聞こえ、暴力団幹部・松山が喉を撃たれて死亡した。
ビアガーデンで誘拐事件に気づいたコナンは、小五郎、蘭と共に、脅迫されているらしい歯科医・遠藤を家まで尾行する。急患のふりをして入り込んだ3人は、4歳の息子・圭太が誘拐され、身代金を要求されていることを知る。圭太の監禁場所の手掛かりは「カニ」と「クジラ」。コナンたちは水族館やカニ料理店を調べまくるが…。
街灯の壊れている夜道で大学生が側頭部を鈍器で一撃されて死亡した。現場付近で凶器は発見されなかった。真っ暗闇の中で誰が、どうやって殺害したのか？直前まで前のマンションで一緒に酒を飲んでいた仲間と現場にいた友人、それぞれ動機はある。コナンは向かいのビルの屋上を利用した密室からのトリックに挑戦する。
公演を目前に控えた有名劇団に脅迫状が送られてきた。調査を依頼された小五郎たちの目の前で主演女優の大手祥子がリハーサル中に死亡する。服毒自殺を演じる心中シーンで青酸化合物を飲まされたようだ。衆人監視の中、祥子だけに確実に毒を飲ませる方法はあるのか？祥子殺しの動機を持つ容疑者が次々と浮上するが…。
コナンたちは阿笠博士の申し込んだ「伊豆ミステリーツアー」に博士の代わりに参加した。ツアーの中に紛れ込んでいる主催者を見つけ出すと、極秘のプログラムのフロッピーがもらえるという。謎の主催者はコナンの父・工藤優作の書いたミステリーの主人公・闇の男爵（ナイトバロン）に扮してツアー中に事件を起こすらしい。
ツアーに参加した7人はナイトバロンという名の幻のコンピューターウィルスのフロッピー目当てに参加したことが判った。そんな中、プログラマーの江原が転落死した。江原がナイトバロンの衣装を身に着けていたことから、ツアーの主催者は江原で、酒に酔った上の事故と見られた。が、衣装は何者かに着せられたことが判明。
ナイトバロンに襲われた警官は空手の達人だった。ナイトバロンは蘭のキックもかわしている。こんなことができるのは、空手の日本チャンピオンだった前田しかいない。コナンは死んだ江原の部屋の防犯ロックを外からかける方法を横溝刑事と小五郎に教え、小五郎たちは改めてツアーのメンバーのアリバイを確認する。
早朝からハイキングに出かけていたコナンたちは、若い男が変死した現場に遭遇する。男が飲んだと思われる毒入りの清涼飲料水は、小五郎が自動販売機から2本出てきたと喜んだ清涼飲料水と同じ商品だった。事件は自動販売機を利用した無差別殺人と考えられたが、死んだ男にはストーカーで警察に通報された前歴があった。
園子の別荘に招かれた蘭とコナンは、園子の姉の婚約者・富沢雄三を紹介される。雄三の父・哲治は隣の別荘の持ち主で、富沢財閥の会長だ。その夜、哲治が惨殺され、停電中の暗闇でコナンたちは偶然、殺害の場面を見てしまう。犯人の顔は、紛れもなく雄三のものだった。が、雄三にはそっくりな顔をした三つ子の兄弟がいた。
少年探偵団のメンバーたちと海に遊びにきたコナンは、春日財閥の御曹司・輝彦と恋人の忍と知り合い、モーターボートに乗せてもらって大はしゃぎ。夕方になって、コナンたちは先に帰ったはずの忍の名前と「SOS」とメッセージの入ったペットボトルを拾う。メッセージが本物だと考えた4人は、忍を捜して海辺の洞窟に入り込む。
映画「死神陣内」の主役・死神陣内を演じる俳優・南条隼人の元に死神陣内の名で殺人予告状が届けられた。警護が南条の事務所を取り巻く中、映画と同じ死神陣内の扮装をした人物が現れたが、コナンのキックも小五郎のタックルもかわして逃走する。その直後に銃声が響きわたり、南条が事務所で射殺死体となって発見される。
金融会社の社長・肥田が毒殺された。肥田は一人で残高の確認をしていた。被害者の親指と数枚の札から毒物反応が検出され、札を数える際に親指をなめる被害者のクセを知っている者の犯行と思われる。が、肥田の親指、札、ドアノブ以外から毒物反応は出てこない。密室の中で、誰がどうやって肥田の指だけに毒を塗ったのか？
園子の家に怪盗キッドからの犯行予告状が届けられた。鈴木家の家宝の黒真珠“ブラックスター”を狙ったものだ。園子は小五郎に捜査を依頼する。予告状の暗号を解いたコナンがホテルの屋上で待機すると、目の前にキッドが現れるが、姿を見せただけで捜査を指揮する警部の手に再度の予告状を残して忽然と消えてしまう。
名家・長門家の当主・長門道三の誕生パーティーに呼ばれた小五郎は、道三の初恋の人を捜してほしいと依頼された。その夜、道三の次女・康江の夫、光明が何者かにベランダから突き落とされて死亡。その直前に包丁を口にくわえた長男・秀臣が目撃されている。コナンは服部平次と二人で事件の真相を探り始める。
池の底から秀臣の死体が発見され、事件をほのめかすかのような遺書も見つかった。鑑識の結果から、光明を殺害した直後に入水自殺したものと思われたが、コナンと平次は遺書の文面に不自然な箇所を見つける。秀臣の部屋で事件前日に録音された留守番電話のメッセージを聞いた二人は、推理を裏付ける遺留品を発見する。
閉店間際の銀行で、コナンは蘭、園子と銀行強盗に遭遇する。拳銃を持った犯人は、背後から殴りかかろうとした行員を射殺。銀行内がパニックに陥った隙をつき、別の行員が飛びかかって犯人を射殺してしまう。犯人を倒した行員の勇気ある行動で解決したと思われる事件だが、コナンは何か不自然なものを感じて調査を始める。
コナンが捕り損ねた野球の打球が絵を描いている男のキャンバスに当たった。男はコナンが見覚えのある画家で、記憶喪失のようだ。突然苦しみだした男を、病院に運ぶが、男は病院を抜け出し、翌日、絞殺死体となって発見される。遺体の鞄の中に銀杏の葉が入っているのを見たコナンは、少年探偵団の仲間たちと調査を開始する。
武道館でのコンサートの開幕直前に、人気デュオ・TWO－MIXの二人が誘拐された。事件を目撃したコナンと少年探偵団の子供たちは、犯人から連絡役に指名され、大はりきりで事件解決を目指すが……。コナンの声を担当する高山みなみが参加し、ヒットチャートをにぎわせているTWO－MIXが劇中に登場。
誘拐されたTWO－MIXを救出するため、歩美になりすまして犯人に新曲のデモテープを届ける役目を買って出たコナン。だが、コナンに手柄を独り占めされたくない元太たちは目暮警部にコナンの行方をたどる追跡メガネを渡さなかった。自分たちだけで事件を解決しようと、TWO－MIXが監禁されている倉庫までたどりつくのだが…。
『週刊少年サンデー』で人気の推理マンガの劇場版第2作。小学生の体となったコナンが次々と起こる難事件に立ち向かっていく。探偵、毛利小五郎の周りで殺人未遂事件が連続発生。いずれの現場にもトランプに関連のあるものが残されていた。犯人が狙う人物は小五郎に関係があり、しかも名前に数字が入っている。その数字をトランプに当てつけ、順番に殺していこうとしているようだ。そして最後のスペードのエース、すなわち1を意味する人物は工藤新一だった。
小さな体となってしまった小学生探偵コナンのミステリーアニメの劇場第3弾。今回は原作でも人気のある”怪盗キッド”も登場。怪盗キッドから警視庁にある犯行予告状が届く。キッドが狙うものはロマノフ王朝の秘宝“インペリアルイースターエッグ”。早速コナンらはエッグのある大阪へ移動。予告通りキッドは現れ、エッグを盗まれてしまうが、ハンググライダーで逃走中にキッドは何者かに撃たれてしまう。そして現場に落ちていたものは怪我をした白いハト、キッド愛用の片眼鏡、そして盗まれたエッグのみで彼の姿はそこにはなかった…。
警察官が連続して殺される事件が発生した。凶悪テロ、あるいは過激派の犯行なのか！殺された二人は、いずれも警察手帳をにぎりしめていた。この殺人事件に偶然遭遇したコナン。小五郎と共に事件について聞き出そうとするが、白鳥刑事が放った一言は“Need not to know” (知る必要のないこと) これは、警察内部で使われる用語で、事件が警察内部にかかわることを意味する。警視庁からの情報がない中、遂には蘭の命までもが狙われる！ショックのあまり、記憶を失った蘭をコナンは守りきれるのか・・・。
大人気推理アニメの第5作。見た目は小さな小学生江戸川コナン。今回もその見事な推理と爽快なアクションシーンは健在。 キャンプの帰りにコナンとそのクラスメイトは日本一の高さを誇る“ツインタワービル”に立ち寄る。たまたま居合わせた毛利小五郎ら一行と合流し、ビルのオーナー、そして関係者を紹介されるが、彼らは次々と何者かに殺害されてしまう。死体の脇にはなぜか割れたお猪口が残されていた。時を同じくして、新一の体を小さくした組織の人物たちもなぜかツインタワービルに集まっていた。
シャーロック・ホームズが活躍した100年前のロンドンに、コナンたちが迷い込む！？世界最高・仮想体感ゲーム「コクーン」に操られる50人の命。父・優作と共に人工頭脳「ノアズ・アーク」に挑むコナン！
春・桜の季節―― 東京・大阪・京都で5人の男が殺害された。5人は仏像・美術品の窃盗を繰り返してきた「盗賊団・源氏蛍」のメンバーであり、義経とその家来の名で呼び合っていたらしい。 警視庁の目暮警部達、大阪府警の大滝警部、京都府警の綾小路警部による合同捜査が始まる。時同じくして、小五郎はある寺院から依頼を受け、コナン達と共に京都を訪れていた・・・。犯人は「源氏蛍」に恨みを持つ者か？あるいは仲間割れによる犯行か？また、小五郎への依頼との関連は？東西の名探偵・コナンと平次が、力を合わせて事件の解明に挑む！
東京の最新スポット「シオサイト」。そのとあるビルの屋上でコナンと対峙していたのは、宿命のライバル・怪盗キッドだった！ ことの起こりは10時間前―― コナン、蘭、小五郎は、女優の牧樹里のもとに届いた怪盗キッドの予告状を睨んでいた。『Ｒｏｍｅｏ・・・Ｊｕｌｉｅｔ・・・Ｖｉｃｔｏｒ・・・Ｂｒａｖｏ！２６の文字が飛び交う中、“運命の宝石”をいただきに参上する。怪盗キッド』そしてスペードの２が縦半分に割られたトランプの絵。これは一体何を意味するのか？ 小五郎は樹里が舞台「ジョゼフィーヌ」で使うスター・サファイアの指輪が“運命の宝石”と呼ばれている事を知り、今夜の楽日にキッドが奪いに来ると推理する。 その夜。劇場に万全の警備を敷く中森警部が連れて来たある人物とは？ コナン達が見守る中、舞台の幕が上がる・・・。 その対決の行方は――！？
太平洋を航行する、豪華客船アフロディーテ号。コナン、蘭、小五郎、そして少年探偵団と阿笠、園子達一行は、その処女航海に参加していた。八代財閥グループが威信をかけて造ったその船には、政界や芸能界の著名人も多く招待されていた。そんな船中で、不審に動く人影が・・・。そしてついに、殺人事件が発生！ その裏には、15年前、北大西洋の海上で沈没した貨物船・第一八代丸の事故とさらに半月前、八代グループの設計士が心臓発作で起こした交通事故の二つが関連しているらしい。いったい犯人とは何者なのか？その真の目的は！？海上という、逃げ場のない所で恐ろしい陰謀に巻き込まれるコナン達。過去と現在、陸地と海上――シリーズ最大の重厚かつ二重のサスペンス！
謎の男の依頼で横浜へとやって来た小五郎とコナンたち一行。しかし、その男は罠を仕掛け、蘭や少年探偵団たちを人質に取ってしまう。タイムリミットは12時間。その間に依頼された事件の真相を解かなければ、蘭たちに取り付けられた爆弾が爆発すると脅される。さらに、その男はコナンの正体が工藤新一である事を知っていて……。
太平洋に浮かぶ神海島（こうみじま）には、古くから海底に眠る古代遺跡“海底宮殿”と、300年前に実在した2人の女海賊が遺した財宝伝説が語り継がれていた。神海島へバカンスに訪れたコナンたち一行は、財宝探しに集まったトレジャーハンターたちと出会うが、海底宮殿を探索していたハンターがサメの群れに襲われ死んでしまう。
音楽家ばかりを狙った連続殺人事件が発生。殺された者はみな、高名な元ピアニストが率いる音楽アカデミーの出身者であった。彼が作った音楽ホールのこけら落としコンサートに招かれた、コナンたち一行。コンサートの目玉は、バッハが弾いたといわれるパイプオルガンと世界的に有名なバイオリン“ストラディヴァリウス”の音色、そして、絶対音感を持つ天才歌手の歌声であった。しかし、コンサート本番に向けて、数々の不審な事件が起こり始める。そして本番当日。コナンたちが訪れたコンサート会場がいきなり大爆発。一面、火の海に包まれる・・・。
舞台はヴェスパニア王国。 サクラ女王とその息子・ジル王子が猟銃事故で死んでしまう。 その悲劇的なニュースは、世界中に知れ渡った。 それは江戸川コナン、そしてルパン三世の耳にも例外なく・・・。 サクラ女王の長女・ミラ王女が次期女王の座につくことになり、 その王位継承をめぐる事件に巻き込まれるコナンと蘭。 ミラ王女に容姿がそっくりな蘭は、ミラ王女の身代わりとして ヴェスパニア王国に連れ去られてしまう。 その頃、ルパンはヴェスパニア王国につたわる「クイーンクラウン」を 盗む計画をしていた。 そしてルパンとコナンは、それぞれの想いを胸にヴェスパニア王国へ！ ルパンはお宝を手にいれることができるのか？ またお宝「クイーンクラウン」の隠された秘密とは一体？ 一方コナンは、一連の事件の裏にある大きな陰謀を暴き、 真犯人を見つけ出すことができるか？ 才知ある二人がとてつもなく大きな謎に挑む 本格スリルサスペンス・アクションドラマ！ 決して交わるはずがない「世紀の大泥棒」と「迷宮なしの名探偵」。 出会ってしまえば、おのずと戦う運命にある二人。 その時は、必ずやってくる・・。 果たしてルパンＶＳコナンの決着はいかに？
コミック総累計1億2,000万部を突破した「週刊少年サンデー」で連載中の青山剛昌原作の人気シリーズ「名探偵コナン」の劇場版第13弾。コナンが宿敵“黒づくめの男たち”と対決する今作では、高校生探偵・工藤新一が名探偵・江戸川コナンとなったシリーズの原点とリンクするバトル・サスペンスが展開。監督は『名探偵コナン 戦慄の楽譜（フルスコア）』の山本泰一郎。シリーズ史上最大の危機に立ち向かうコナン因縁の対決に注目だ。
買い物帰りのコナンと蘭は東都環状線の夏葉原駅の改札で揉め事を目撃する。改札でIC乗車券をかざしてから後ずさりした老人の法月徳馬（のりづき・とくま）に若者の前田浩介（まえだ・こうすけ）がキレたのだ。この後、コナンたちが乗車した電車の中でスリが発生。犯人は先刻の前田だった。ナイフを振りかざして逃げる前田。その時、徳馬が杖で前田の手首を叩き、前田は畑端駅で鉄道警察官に連行される。 事件を目撃したコナンと蘭は事情聴取を受けるために畑端駅で下車。警察官は徳馬も呼び止めるが、徳馬は電車に乗って行ってしまう。その時、蘭は徳馬とミツという老婆が写った写真を拾う。事情聴取後、コナンと蘭が同じ路線の電車に乗ると、３つ先の巣亀駅で別の事件が起きていた。詐欺グループの１人、兼村恒夫（かねむら・つねお）が高架下で殺害されたのだ。兼村らは老人に架空の投資話を持ちかけ、大金を騙し取っていた。 兼村は背後から殴られ、傷は１つしかないという。コナンが現場検証する目暮警部に声をかけると、そこに徳馬が現れる。徳馬は電車の中から事件を目撃し、米花駅から警察に通報したという。コナンは徳馬が米花駅から通報した事に違和感を抱き、杖をついていない事にも気付く。その時、近くで詐欺グループの主犯格、桐谷輝彦（きりや・てるひこ）が発見されて容疑者に。桐谷は兼村の知り合いと名乗る人物に呼び出されたと容疑を否認。徳馬を犯人と疑うコナンは変声機を使って高木刑事に連絡し、徳馬の事を調べてもらう。 蘭は公園を訪れ、子供相手に紙芝居をする徳馬に写真を返す。ミツは病気で他界したばかりだという。この後、コナンも公園にやってくる。そして徳馬が帰った後に高木も公園に現れる。高木は詐欺の被害者の中に徳馬の知人がいたとコナンに報告。徳馬は剣道５段の腕前だという。コナンは巣亀駅で途中下車した徳馬が兼村を殺害し、再び電車に乗ったと推理。コナンはこれを立証ため、巣亀駅を調べるが、駅は工事中で防犯カメラにシートが被せられていた。乗降客は老人が多く、IC乗車券の使い方や改札のゲートの開閉に戸惑う姿も。そしてコナンは切符を買う老人を見て事件の謎を解き…。
コナンは蘭、園子と共に北軽井沢高原リゾートパークにやってくる。明日はテニスコートで大会が行われるという。そこにテニスサークルの副部長の後藤貴雄（ごとう・たかお）、部員の土田有夏（つちだ・ゆか）、大竹千絵（おおたけ・ちえ）が現れる。松葉杖をつく部長、吾妻史裕（あずま・ふみひろ）はケガをしてしまい、大会には代わりに後藤が出場するという。園子はテニスを教わっている後藤に気付いて声をかける。 トイレに行ったコナンはロッカールームで土田が恋人の後藤にビンタする場面を目撃。土田は後藤が園子と連れてきた事に嫉妬したのだ。後藤は逆タマに乗ろうと企てていた。今度は後藤と大竹が話す姿を見かけるコナン。大竹がお金を返して欲しいと頼むと、後藤ははぐらかして大竹を抱き寄せる。コナンは後藤が二股していると勘繰って呆れる。 この後、後藤は練習試合を行う。試合中、球がスタンドに飛び込むと、両手にテニスグローブをはめた吾妻はその球を避けるように右手の甲で弾く。そして後藤は第１ゲームを先取。休憩中、土田は蜂蜜レモン水、大竹はタオル、園子はグリップテープをそれぞれ後藤に差し入れする。吾妻はスタンドから檄を飛ばし、後藤とハイタッチを交わす。後藤は相手選手が弱いため、ダブルスにしようと提案し、ハンデとして下手な園子とペアを組む。 そして第２ゲームが始まって間もなく、後藤は倒れて悶絶し、病院に搬送される。後藤が倒れた原因は毒物の中毒で、群馬県警の山村警部は後藤を狙った殺人事件と判断。コナンは園子たちが後藤に差し入れした事を山村に報告する。鑑識の結果、ドリンクのボトル、タオル、ラケットのグリップから毒物が検出され、山村は園子たちの事情聴取を行う事に。山村は休憩中の後藤の行動を整理。女子３人が差し入れした後、後藤はペアを組んだ園子と握手。その後、後藤はベンチでタオル、ドリンク、グリップテープの順に触ったのだ。土田は園子を犯人と疑う。土田は園子が逆タマ狙いの後藤を逆恨みしたと推理。後藤のラケットのグリップ、園子のテニスグローブから毒が検出されたため、山村も園子が犯人と断定。だが、コナンは１つだけ弾みの悪い球がある事に気付き、誰が犯人かを見破って…。
コナンと小五郎、蘭が喫茶店ポアロにいると、そこに猫が入ってくる。続けて飼い主のダイアナが現れ、猫を見つけてくれた事を小五郎に感謝する。ミステリーの大ファンというダイアナは小五郎が探偵と知り、英・ロンドンの自宅に招待。コナンたちは４連休を利用してロンドンに行く事に。パスポートがないコナンは哀に渡された薬を飲んで一時的に工藤新一に戻り、阿笠博士と飛行機に乗って小五郎と蘭とは現地の空港で合流する。 ダイアナと会う夜まで時間があるため、コナンたちはシャーロック・ホームズ博物館を見学する。そしてコナンはアポロという少年がホームズに会わせろと係員に詰め寄る場面に遭遇。アポロは早くしないと事件が起きて人が殺害されると訴えるが、係員は取り合ってくれない。アポロは姉の試合の時間が迫っていると気付き、その場を去ろうとする。そんなアポロにホームズの弟子だと声をかけるコナン。コナンは鋭い洞察力からアポロの名前、姉がテニスの世界ランク１位のミネルバ・グラスだと言い当てる。 アポロはコナンがホームズの弟子だと信じ込み、事件について話し始める。アポロがウィンブルドンの観客席から練習する選手たちを観戦していると、キャップを被った男が声をかけてきたという。男はロンドンのどこかで人が死ぬとアポロに伝え、「君の目の前でな」と付け加えたらしい。さらに男は「ロンドン警視庁に伝えろ、それは私の黙示録。どうしても解けなかったら、ホームズにでも泣きつけ」と言って紙切れをアポロに渡したという。 コナンはその紙切れの内容を確認。それは「轟く鐘の音で、私は目を覚ます」「私は城に住む鼻の長い魔法使い」「腹ごしらえは死体のように冷たくなったゆで玉子」「仕上げにピクルスを丸かじりすれば十分だ」「そうそう、祝いのケーキを注文しておこう」「再び鳴る鐘の音が私の憎悪を掻き立てる」「全てを終わらせろ 白い背中を２本の剣で貫いて」と書かれた７行の暗号文だった。この後、コナンは姉の試合に行くアポロの代わりに暗号文を持ってロンドン警察へ向かう。警察署は同じ紙切れを渡された子供たちで溢れていた。コナンは「君の目の前でな」という男の発言から大量殺人が計画されていると推理して…。
小五郎と蘭は人が集まりそうな場所を巡るが、不審な点を見つける事ができない。蘭は新一に暗号文の解読を頼もうと考えるが電話をかける事をためらう。先ほど電話した時、素っ気ない新一に怒鳴ってしまったからだ。蘭が自分にも非があると反省していると、女性が恋の悩みかと声をかけてくる。それはミネルバ・グラスだった。少し前、同じように恋の事で悩んでいたというグラスは蘭に恋愛のアドバイスをして弟のアポロと去っていく。 午後８時、コナンは阿笠博士と暗号文が示している場所を探してロンドン中を駆け巡っていた。その時、コナンの携帯に蘭から連絡が入る。ダイアナと食事をする約束の時間だった。コナンが食事に行けない事を伝えると、蘭はコナンたちの現在地を確認。捜査を邪魔されたくないコナンはビッグベンにいると言わず、ロンドン・アイにいるとウソをつく。この後、蘭はコナンと阿笠を迎えに行くため、ロンドン・アイに向かう。 途中、蘭は新一の携帯に連絡を入れる。コナンは新一の携帯と気付かずに電話に出て、慌てて変声機を使う。蘭が暗号の事を相談すると、新一（コナン）はコナンから聞いていると説明。その時、ビッグベンの時計の鐘が鳴り、新一（コナン）は１つ目の暗号文「轟く鐘の音で、私は目を覚ます」はビッグベンの事だと気付く。だが、同時にロンドンにいることが蘭にバレてしまい、新一（コナン）は慌てて電話を切る。 蘭は新一を見つけ出すため、急いでビッグベンへ向かう。コナンと阿笠は蘭に見つからない内にその場を離れようとする。その時、ビッグベンの横にあるウェストミンスター橋の排水口の外れたフタにつまずくコナン。排水口の脇には「The valley of Fear（恐怖の谷）」とホームズの話のタイトルが書かれていた。 蘭は近くの人に声をかけ、日本人の少年が電話ボックスに入った事を聞き出す。電話ボックスに追い詰められたコナン。ここで見つかればコナンの正体が新一だとバレる事は確実だった。コナンはやむなく哀に渡された薬を飲んで新一に戻って蘭と対面する。だが、それは帰国用の解毒薬。これでコナンは帰国する事ができなくなってしまう…。
蘭が新一と再会した翌日。蘭と小五郎がコナンを心配して様子を見に行くと、阿笠は風邪で寝込んでいると説明する。実は、コナンはまだ新一に戻った状態で、姿を見せられないのだ。新一は布団の中から変声機を使い、コナンとして、７つの暗号が建物や場所を示していると蘭たちに伝える。蘭と小五郎はすぐに外出して暗号を解読する事に。新一はいつコナンに戻るかわからないため、外出する事ができない。 この後、新一は阿笠に新聞を見せ、暗号の紙から指紋が検出され、容疑者が割り出された事を伝える。容疑者はハーデス・サバラという逃走中の連続殺人犯だった。ロンドン市街に出た蘭と小五郎。蘭が通行人に玉子型の建物があるかを訊ね、３行目の暗号「腹ごしらえは死体のように冷たくなったゆで玉子」はロンドン市庁舎と解読する。 蘭は市庁舎を訪れ、マザリン・ストーンと書かれた人形を発見。「解けなかったらホームズに聞け」という犯人の言葉から蘭は「マザリンの宝石」というホームズの話のタイトルを思い出す。蘭はこの小説の台詞「僕は頭脳なのだよ、ワトソン君」から、人形の頭を胴体から抜き、人形の首の付け根に記された「T」という文字を発見する。蘭は暗号の場所に隠された文字をつなぎ合わせると何かの言葉になると推理。同じように４行目の暗号文「仕上げにピクルスを丸かじりすれば十分だ」がガーキンと呼ばれる建物と見破る。 その頃、新一はハーデスの事を調べていた。難病の母親の手術費を作るため、借りた金を株やブックメーカーに突っ込むが全て外したハーデス。母親は手術が受けられずに他界し、人が変わったハーデスは借金返済を迫った知人や友人を惨殺、手術を断った病院を次々に爆破したという。さらに元軍人の爆弾のプロ、ヘスティアという女性の仲間がいる事も判明。この後、蘭は新一に連絡して状況を報告。ガーキンの状況を聞いた新一は電話で指示を出し、蘭は「N」という文字を発見する。新一は一緒に推理するため、蘭のものに駆け付けようとするがコナンに戻ってしまう。さらに蘭は新一（コナン）に電話でサポートされながら偶然会ったアポロと共に暗号を解読。そして発見した文字をつなぎ合わせると…。
コナンは変声機を使い、新一として蘭を電話越しにサポート。これまでに解読した暗号文は５つで、新一（コナン）は発見した５文字を並び替え、SATAN（悪魔）というキーワードを導き出す。残りの暗号文は２つで、新一は「私は城に住む鼻の長い魔法使い」がエレファント＆キャッスル地区を示していると解読。蘭、小五郎、アポロはエレファント＆キャッスル駅に向かい、アポロは駅前を行き来する不審な男に気付く。 男はIdentityと書かれたアタッシュケースを持っていた。連絡を受けた新一はホームズの小説「A case of Identity（花嫁失踪事件）」を連想し、声をかけろと指示する。男は何者かにお金をもらい、駅前でウロウロするように頼まれたという。新一は小説の台詞からズボンのヒザを見るように指示。蘭はズボンのヒザ裏の部分に書かれた文字「U」を発見する。 最後の暗号文は「全てを終わらせろ白い背中を２本の剣で貫いて」。新一は阿笠博士が持つ紅茶カップの２本の剣のマークに注目し、蘭たちはその食器メーカーのお店へ向かう。何者かが店の看板にいろんな色の糸の先にベルがついた飾りをつけたらしく、新一はホームズの小説「緋色の研究」を連想。新一は糸の束から緋色の糸を見つけろと指示し、蘭は緋色の糸のベルに書かれた文字「R」を見つける。新一は全ての文字を並べ替え、SATURN（土星）というキーワードを導き出す。サタデーの語源はローマ神話の農耕の神サトゥルヌスで、英語読みがサターンだった。新一は犯人が土曜日に事件を起こすと推理する。 そして翌日の土曜日。犯人のハーデスは２つ目の病院を狙った時、警察は暗号文を解読したが、爆発処理班が突入した直後に病院を爆破したという。犯行を止めるには暗号文を解読し、気付かれずに予告の場所に行ってハーデスを捕まえなければならない。阿笠は地図上の暗号文の場所に×印をつける。小五郎は７つの×印を線で繋ぎ、その形から風船を連想する。だが、コナンはその形をテニスのラケットと判断。この日はアポロの姉、ミネルバ・グラスが出場するウィンブルドン女子シングルス決勝の日。コナンはたくさんの観客が集まるウィンブルドン女子シングルス決勝の会場が犯人の狙いだと推理して…。
コナン、小五郎、蘭、阿笠博士はウィンブルドンのセンターコートに入れず、マレーマウンドの大型モニターで女子シングルス決勝を観戦する。芝の女王ミネルバが第一セットを０－６で取られた事を不思議に思うコナン。そして、コナンはセンターコートの観客席にいるアポロを呼び出し、姉のミネルバが犯人のハーデスに狙われている事を教える。自分が狙われていると知ったミネルバはサーブの位置でそれを伝えようとしていたのだ。 ヘタに騒げばハーデスはその瞬間にミネルバを殺害する可能性も高い。コナンはアポロのチケットで会場に入り、気付かれないように変装したハーデスを見つけ出す事に。観客席に移動したコナンはミネルバがサーブを落とした位置で点字を示している事に気付く。母親は目が見えないため、ミネルバは点字を知っているのだ。ミネルバは「HELP」と点字がわかる観客にメッセージを送っていた。 コナンは観客席で両手を広げ、「僕が助けてあげるよ。僕はホームズの弟子だからさ」とミネルバに訴えかける。ミネルバもそれに気付き、サーブで犯人からのメッセージを打とうと試みる。ミネルバは「GAME」「SET」「DEATH」「MOM」と点字で示し、コナンはハーデスの狙いがミネルバ本人ではなく、母親だと気付く。ミネルバが負けた去年の全仏オープンテニスだけ応援に行かなかった母親。ミネルバの優勝に大金を賭けたハーデスは母親が来なかったせいで負けたと考え、母親を逆恨みしているのだ。 この後、コナンは観客席にいる母親がファンからもらったぬいぐるみを抱えている姿を見て、その中に爆弾が仕掛けられていると推理する。ハーデスは試合終了と同時にそれを爆発させ、母親を殺害しようと計画していた。不審な動きをすれば、遠隔操作で爆弾のスイッチを押される可能性が高く、コナンは観客１万５千人の中から変装したハーデスを見つけて捕まえるしか方法はないと考える。コナンはアポロに連絡し、母親がいつも日陰になる一般席から試合を観戦している事を知る。コナンはハーデスが毎回犯行の瞬間を撮影している事に着目し、母親を正面から撮影できる向かい側にいると推理するが…。
アポロは試合中にミネルバがギリギリ外れる高いロブを打って観客席の母親を見つける事をコナンに伝える。コナンは観客席にいる犯人、ハーデスを見つける方法に気付き、「チャンピオンシップ・ポイントを取られても諦めないで！粘って絶対勝って！」とミネルバにメッセージを送る。この後、雨で中断されていた試合が再開され、ミネルバはコナンの指示通り、ラリーで時間を稼ごうと考える。第２セットは６対６のタイブレーク。ミネルバはこのセットを落とすと同時に母親が殺害される後がない状況だった。 相手にチャンピオンシップ・ポイントを取られた状況の中、ミネルバは必死にラリーを続けて時間を稼ぐ。その間に観客席のどこかにいるハーデスを探すコナン。だが、ハーデスを見つけ出す前にミネルバは相手にセットポイントを奪われて万事休す。審判は試合終了を告げ、ハーデスは爆弾のスイッチに手をかける…。その時、ミネルバは「チャレンジ」と審判に叫び、相手の球がアウトだったと主張する。これは審判の判定に不服がある場合にボールが落ちた位置を確認できるシステムで、CG映像によって判定が確認される。 その結果、ミネルバの主張が通って判定が覆る。この後、ミネルバは観客席にいるコナンの表情を見て、ハーデスを見つけ出した事を確信。ミネルバは第２セットを奪取し、勝負はファイナルセットに持ち込まれる。コナンはハーデスがいるスタンドの入口で警備員に制止されてしまう。コナンが持っているチケットではハーデスがいるスタンドに入る事ができないのだ。その時、ずっとコナンを監視していたサングラスの女が現れる。 女はぶつかった時に取り違えたと言って、コナンにハーデスがいるスタンドに入れるチケットを差し出す。その女はコナン（新一）の母親、工藤有希子だった。コナンは驚きつつもチケットを受け取り、スタンドへ続く階段を駆け上がっていく。有希子がコナンを見送ると、そこにコナン（新一）の父親、工藤優作がやってくる。この後、コナンはハーデスの背後に忍び寄り、時計型麻酔銃を構える。だが、コナンは女性客に「ホームズの弟子」と声をかけられ、ハーデスに気付かれてしまい…。
白鳥警部と千葉刑事は帝丹小学校を訪れ、子供の誘拐事件が多発していると小林先生に注意を呼びかける。この後、コナンと少年探偵団は小林から防犯ビデオを探して欲しいと頼まれ、視聴覚室の準備室へと向かう。そして、コナンが防犯ビデオを見つけ出した直後、棚の奥から千葉が現れる。この小学校の卒業生の千葉。コナンたちが何をしていたかを訊ねると、千葉は13年前のラブレターの返事を探していた事を打ち明ける。 小学生の時、放送委員だった千葉。ある時、千葉は実写で特撮ドラマを撮って学芸会で流そうと委員たちに提案したという。すると同級生の三池苗子が張り切ってくれ、最初は乗り気じゃなかった他の委員たちも協力。特撮ドラマは何とか完成したという。千葉が特撮好きなのか確認すると、苗子は頬を赤らめながら「私が好きなのは特撮じゃなくて…」と意味深な発言。翌日、千葉は思わず苗子にラブレターを渡してしまったという。 その後、苗子はすぐに転校してしまい、返事の手紙は引っ越し先から送られてきたという。その手紙の内容をコナンたちに教える千葉。手紙には「私の気持ちを手紙に書くのは簡単だけど、千葉君に伝わらないかも知れないから、いったん視聴覚室の倉庫に保管しておきます。この想いが千葉君に刻み込まれるように」と書かれていたという。手紙を読んだ千葉は倉庫を隅々まで探したが、手紙らしき物は見つけられなかったという。 それ以来、13年間も苗子に会ってない千葉。来週、同窓会があるらしく、千葉は苗子から電話をもらったという。苗子は返事のビデオを見たかを確認。千葉が見てない事を伝えると、電話を切れてしまったという。この後、コナンたちも一緒にビデオレターを探す事に。哀は映像の最後にビデオレターがあると推理し、ビデオの最後の部分だけを確認する。 だが、全て確認してもビデオレターは発見できない。コナンはビデオのフタを開ける千葉のクセに注目する。この巻き戻されているかを確認するクセはビデオ店でバイトしていた兄の影響。千葉は当時からフタを開けていたらしく、コナンはこのクセがビデオレター発見の鍵になると推理し、見つけ出した千葉の特撮ドラマのビデオのフタを開けるが…。
早朝、公園の花時計の前でバトンを練習する歩美。その時、ストーカーが現れるらしく、コナンは元太、光彦、哀と様子を見に行く事に。遅刻したコナンが歩美たちと合流すると、怪しい男は視線に気付き、花時計に接した展望台に身を隠す。大きめのコートを羽織り、麦わら帽子を被る男。歩美によれば、３日連続で現れているという。元太が注意するために近づくと、男は酒瓶を持ちながら酒臭い息を元太に吹きかけ、背中を向けて大笑いする。 歩美は翌朝も同じ場所で練習し、コナンたちは男を警戒しつつ練習を見守る。この日は男が姿を現さず、元太たちも一安心。その時、花で埋もれた時計の盤面の近くにいた歩美が悲鳴を上げる。コナンが駆け付けると、盤面の最下端の６の白石付近の花が散乱。そこにコートに麦わら帽子の男が酒瓶を持ったまま絶命していた。コートには赤や黄色の塗料が付着し、男の頬からは出血。その傷は花時計の長針がかすめた時にできたものだった。 目暮警部たちは捜査を始め、高木刑事が展望台の上で男の靴の片方を発見する。コナンを迎えに来た小五郎は男が酔っ払って足を踏み外し、展望台から落下したと推理。公園の警備員によれば、午前３時半に巡回した時は異常がなかったという。歩美が練習を始めたのは午前５時半。男は花時計の６の白石付近に倒れていたため、光彦は４時半に長針が男の頬を傷つけたと推理する。この後、コナンは花時計の扉の所にあるベンチが動かされている事に気付く。扉の南京錠も外されていて、コナンは誰かが中に侵入したと考える。 元太は男の顔を見て、実家の酒屋に来た事がある客だと気付く。元太の情報を頼りに看板屋の工場へ向かう高木とコナンたち。工場主は男の写真を見て、工場に勤める与田昌作（よだしょうさく）だと証言する。もともと酒癖が悪かった与田。工場主によれば、与田は屋根から落ちた事があり、それ以来、高い所に上がれなくなったという。話を聞いたコナンは与田が展望台から落ちた事に違和感を抱き、事故ではないと疑い始める。この後、歩美が警備員に練習の許可をもらった時、与田ではない男が話を聞いていた事が判明。コナンは花時計の機械室を調べ、与田は事故ではなく、何者かに殺害されたと確信して…。
２年前から保科家当主、保科瑠華子（ほしなるかこ）の誕生日が近づくと送られてくる脅迫文。一昨年も昨年も瑠華子は無事だったが、執事の青梅岳道（おうめがくみち）は時の番人と名乗る脅迫文の送り主を突き止めて欲しいと小五郎に依頼する。小五郎は瑠華子の誕生会でボディーガードもする事に。そして、生憎の雨となった瑠華子の誕生日。小五郎、コナン、蘭が約束した午後２時半過ぎに館に到着すると、瑠華子は２分17秒遅れたと指摘する。瑠華子は異常な程、時間に厳しい人物だった。 この後、傘を差した建築家の軽辺定悟（かるべていご）、内装デザイナーの周防知秋（すおうちあき）がやってくる。軽辺はこの館を設計し、知秋は内装を担当したという。続いて、時計職人の古垣倫作（ふるがきりんさく）が現れ、自身が作った館の大時計の調整に取りかかる。以前は古垣の古い友人が調整していた大時計。その友人とは時計技師だった知秋の兄で、４年前に事故で他界したという。 ３時ジャスト、館に飾られたたくさんの時計が一斉に鳴り出す。だが、瑠華子は１つの時計が0.5秒遅れていると激怒し、調整を青梅に命じる。瑠華子は知秋の兄の死後、代わりの時計技師を３人も雇っていた。この後、コナンたちは大時計の機械室を見学。この大時計は裏庭側にも文字盤があるらしく、コナンは文字盤の扉を開け、裏庭の井戸の前で合掌している古垣に気付く。知秋の兄は大時計の文字盤の修理中に風にあおられ、井戸に落ちて亡くなったのだ。瑠華子によれば、来週、業者が井戸を埋める予定だという。 知秋の兄と幼馴染みだった軽辺も後で井戸をお参りする事に。知秋の兄が亡くなったのは４年前の瑠華子の誕生日だという。そして６時少し前、招待客たちが大広間に集まると、突然、灯りが消え、青梅がバースディケーキを瑠華子の前に運んでくる。瑠華子は自分の金の懐中時計で時間を確認。時刻は５時59分を差していた。瑠華子はケーキに息を吹きかけ、ロウソクの火を消すが、６時に時計が鳴らない事に腹を立てる。その直後、瑠華子は大きな悲鳴を上げる。急いで電気を点けると、瑠華子は胸を刺されて絶命していた…。
暗闇の中で刺殺された保科瑠華子。裏庭に面した窓枠やベランダの手すりには血の跡が残っていて、犯人はこの窓から裏庭に逃げだと考えられる。だが、何故か、雨でぬかるんでいる地面に犯人の足跡は残っていなかった。目暮警部は館を設計した軽辺の手や服の袖口に瑠華子の血痕が付着している事に気付いて理由を訊ねる。軽辺は倒れた瑠華子に駆け寄った時に付着したと説明する。この後、軽辺は犯行時に布がこすれるような音がしたと証言し、犯人はドレスを着た女性かもしれないと目暮に伝える。 館の内装を手掛けた知秋は自分が疑われていると知って不機嫌に。知秋は４年前に事故死した時計技師の妹。警察は知秋が瑠華子を恨んでいると考えていた。知秋は瑠華子が刺殺された後、犯人が自分の左脇を素早くすり抜けたと証言。知秋の腕にはその時にこすれた血の跡が残っていた。この後、目暮は大時計を作った古垣の右肩に血が飛び散っている事に気付く。古垣は瑠華子が自分の右側で刺されたと説明した後、犯人はかなり太っていたと証言。瑠華子が悲鳴をあげる直前、古垣は弾力のある柔らかい体に押されたという。 コナンはロウソクの火を消した後、すぐに明かりが点かなかった理由を訊ね、執事の青梅は瑠華子の合図がなかったからと証言する。いつもは火を消した直後に午後６時の鐘が鳴り響き、その後、瑠華子が指を鳴らして明かりを点ける合図を送っていたという。だが、６時に鳴らなかった時計。青梅は３人の時計技師が時計を調整し、全ての時計は時間通りになっていたはずだと首をかしげる。小五郎は瑠華子のそばにいた青梅が返り血を浴びていない事を不審に思う。青梅は犯人が大柄だったからかもしれないと言い訳する。 目暮は皆の証言を参考にドレスを着て、素早く動き、太って大柄の人物を探すが、招待客に該当する人物はいなかった。コナンはベランダの手すりや窓枠に付着した瑠華子の血に注目。小五郎は事前に瑠華子の血を手に入れた犯人が窓から逃げたと見せかけるため、あらかじめ血を塗っておいたと推理する。その時、午前０時になって大時計の鐘がなる。コナンは大時計を見て何かを閃き、時の番人と名乗る犯人のトリックを見破って…。
小さな店が軒を連ねる杯戸町のガード下にあるゴールデン横丁。小料理屋「さつき」のカウンターは小五郎、常連客の会社員、中村進（なかむらすすむ）と日本舞踊の師匠、扇千尋（おうぎちひろ）、フリーターの篠原真雄（しのはらまさお）の４人が座って満席の状態。週末は競馬好きの常連客が集まるらしく、小五郎は東都ダービーで万馬券を獲ったと自慢し、常連３人に１杯ずつ奢ると女将の三島さつき（みしま）に伝える。 カウンター内のさつきは座ったまま、くるりと体の向きを変え、背後の棚にある焼酎に手を伸ばす。小五郎が不思議がると、さつきは狭いカウンターで簡単に体の向きを変えるため、足元にテレビの回転台を据え付けていると説明。その頃、蘭は帰りが遅い小五郎をコナンと共に迎えに行く事に。この後、扇が日舞の先生という話題になり、さつきは弟子がほとんどいない事を小馬鹿にする。扇とさつきは睨み合い、一触即発の雰囲気になる。 篠原は仲裁に入って２人をなだめる。篠原にとって、さつきは飯を食べさせてくれ、魚市場のバイトも紹介してくれた恩人だという。この後、一番奥に座っていた扇が店外にあるトイレに行くと言い、小五郎と篠原、中村は扇を通すために店の外に出る。中村はついでにタバコ屋へ行き、篠原はお金を下ろしてくると横丁の人混みの中へ。小五郎がタバコを吸うため、横丁を歩き出した時、扇は店のガラス戸を激しく閉め、不機嫌そうに路地を抜けてトイレに向かう。その直後、小五郎は路地から出てくる中村を見かける。 ゴールデン横丁にやってきた蘭とコナンは店に入ろうとする小五郎に気付く。小五郎は戻ってきた扇、篠原と店の前で合流。扇がガラス戸を開けると、さつきがカウンター内で血を流して倒れていた。篠原が駆け寄ると、さつきは胸に包丁が刺さった状態で絶命していた。小五郎は目暮警部、高木刑事らに事情を説明。小五郎は店の包丁が凶器だと推理し、コナンは店の包丁に注目する。小五郎たちが店を出た３分の間に犯行は行われ、その間、さつきが一人きりと知っていたのは中村、扇、篠原と小五郎だけ。容疑者は常連客３人に絞られ、３人にはそれぞれ動機がある事も判明。コナンは店の棚を見て何かに気付き…。
コナンは蘭、園子と共に合宿所「チャンダニ」でヨガ・ダイエットに励む。蘭が福引きでヨガ合宿を当てたのだ。休憩中、オーナー兼インストラクターの里山月子（さとやまつきこ）は施設の評判が良い事を蘭たちにアピールし、シェフの飯盛薫（いいもりかおる）は料理の評判も良いと付け加える。すると参加者の出川アツ子（でがわあつこ）が不味い料理だったと発言。薫はアツ子に難癖をつけられ、前のレストランを辞めさせられていた。 さらにアツ子はハーブティーが熱くて舌を火傷したとクレームをつけ、合宿所で酷い扱いを受けたとネットに書き込むと月子を脅す。猪俣保子（いのまたやすこ）は友人のアツ子をなだめようとするが、逆にアツ子は保子に使用人の娘と酷い事を言う。アツ子は土下座すれば許してやると言い、月子は言われるがまま土下座して謝罪。園子はアツ子が出川財閥の娘だと気付く。アツ子は手のつけられないクレーマーとして有名だった。 この後、アツ子の携帯に弁護士から連絡が入る。アツ子は裁判に敗訴したと聞いて激怒。アツ子はクレームを逆に訴えられ、いくつも裁判を抱えていた。アツ子は合宿所のアイドル犬を威嚇して去っていく。夜、ビュッフェ形式の食事が用意され、月子は摂取カロリーを守り、部屋で食べるように皆に伝える。アツ子は部屋のラップが空だと月子に文句を言い、蘭が取った煮物を横取りする。月子はすぐに新品のラップをアツ子に用意する。 その時、月子は空に月が出ている事に気付く。月には浄化のパワーがあり、月子は庭に出てヨガをしようと提案。皆は料理を部屋に置きに行き、準備をして庭に向かう。その時、コナンたちは玄関で薫と会う。薫は明日使う野菜を採りに行くという。この後、皆は庭でヨガを始めるが、うまく出来ないアツ子は怒って部屋に帰ってしまう。保子とコナンたちがアツ子の部屋へ向かうと、電子レンジのチンという音が聞こえてくる。アツ子は食事の邪魔をしないでと皆を追い返す。ヨガの後、アツ子の様子を見に行った保子は鍵が閉まっていて返事がないと皆に報告。月子は暗証番号式の金庫から合鍵を取り出し、アツ子の部屋のドアを開ける。すると、そこではアツ子が遺書を残して絶命していた…。
小五郎は人気番組「世界一受けたい授業」に講師として出演する事になり、コナン、蘭と日売TVにやってくる。その時、弟子の沖しのぶ（おき）を怒鳴り散らす演歌の大御所、君島伸郎（きみじまのぶろう）を目撃。君島は自分にも他人にも厳しい事で有名だった。この後、ADの橋本義成（はしもとよしなり）は小五郎たちを控え室に案内し、他の出演者に紹介する。犯罪心理学の授業を行う小五郎は１時間目の講師。２時間目はポン菓子会社社長の山崎哲史（やまざきてつし）、３時間目は古美術品鑑定士の本間健太郎（ほんまけんたろう）が講師を務めるという。 小五郎はコナン、蘭を引き連れ、ゲストパネラーの沖野ヨーコの楽屋へ遊びに行く。だが、ヨーコがまだ来てなかったため、小五郎らは司会を務める堺校長の楽屋へあいさつに行く事に。楽屋ではゲストパネラーの１人、君島が陶磁器の壺を堺に自慢げに見せていた。この壺は清朝６代皇帝、乾隆帝の時代に作られたもの。収録の時に本間が鑑定する予定らしく、君島によれば、相場では１億から１億６千万円の価値があるという。 スタジオではリハーサルの準備が進められ、山崎は回転式の圧力釜に生米などの穀物を入れ、急減圧で爆発させて駄菓子にするポン菓子機をセッティングしていた。そこに現れた君島は打ち合わせ中の本間にあいさつ。本間は骨董品の真贋の見極め方をレクチャーするという。君島は桐箱から清朝の壺を取り出し、その壺を手にした本間は「見事だ」と思わず呟く。この後、司会の堺校長と上田教頭、有田学級委員長がスタジオにやってきてリハーサルがスタート。ヨーコはコナン、蘭と一緒に小五郎のリハーサルを見学する。 その時、山崎が携帯のカメラを使い、ハンカチで汗を拭うヨーコを無断で撮影。小五郎たちは盗撮を注意し、怒った君島は山崎の携帯を真っ二つに折ってしまう。続いて２時間目のリハーサルが始まり、ヨーコが山崎の指示に従ってハンマーでポン菓子機のバルブの“爪”を叩く。すると、物凄い音と共に金網部分に大量のポン菓子が作られる。この後、ディレクターの土屋大輔（つちやだいすけ）が青い顔をしてプロデューサーの上諏訪幹彦（かみすわみきひこ）のもとにやってくる。君島が所有する清朝の壺が何者かに盗まれてしまったのだ…。
人気番組「世界一受けたい授業」のリハーサル中、君島が所有する時価数億円と目される清朝の壺が何者かに盗まれてしまう。壺が隠せるような大きな荷物をスタジオから運び出した者がいなかったため、コナンは犯人がまだスタジオ内にいると判断し、消えた清朝の壺もスタジオのどこかにあると推理する。皆は手分けしてスタジオの隅々まで調べるが、清朝の壺を見つける事ができない。 困った上諏訪は壺を見つけ出して欲しいと小五郎に捜査を依頼。小五郎は事件の状況をおさらいする事に。橋本と有田学級委員長は１時間目のリハーサルの時まで壺はあったと証言する。それを聞いた小五郎は１時間目のリハーサル後に何者かが壺を盗み、スタジオのどこかに隠したと推理。小五郎はポン菓子機のケースの中身を見せて欲しいと山崎に頼む。小五郎は山崎が君島に携帯を壊された事を根に持って犯行に及んだと考えていた。 山崎はポン菓子機のテスト中、ずっとセット内にいたと無実を主張するが、小五郎は土屋が何かを隠していると睨んでいた。すると観念した山崎はヨーコが汗を拭いたハンカチを盗んだ事を白状。上諏訪は山崎の行為に呆れつつも壺の事件を最優先する。その直後、本間が大きなバッグを持ってスタジオを出て行こうとする。本間は収録が中止になると考え、帰ろうとしていた。小五郎は本間が清朝の壺をバッグに入れて持ち去ろうとしていると判断。だが、バッグの中身を調べても壺は入っていなかった。 無実が証明された本間はスタジオを出て行こうとする。だが、上諏訪は壺が見つかれば予定通り収録を行うと本間を引き留める。すると、本間は壺が見つかっても収録できるかどうかと意味深な発言をする。それを聞いたコナンは本間が何かを知っていると察する。この後も壺は見つけられず、上諏訪は収録の中止を決断。土屋は美術スタッフにセットをバラして下さいと指示を出す。コナンは土屋の発言をヒントに事件の真相を見破って…。
コナン、小五郎、蘭は公園を出た直後、人が暴走車に轢かれそうな場面に遭遇。コナンは「あぶない」と大声を上げ、中北楓（なかきたかえで）と須坂衛子（すざかえいこ）は繁みに飛び込んで轢かれずに済む。衛子はコナンらを紅葉御殿と呼ばれる片寄王三郎（かたよせおうざぶろう）の屋敷に案内。衛子はこの屋敷の運転手で、８歳の楓は両親を交通事故で失い、最近、王三郎に引き取られたという。 車椅子に乗る王三郎はミステリーファンで、小五郎たちを歓迎する。楓が車に轢かれそうになった事を報告すると、王三郎は息子の片寄荻人（おぎと）、娘の片寄野笛（のぶえ）に疑いの眼差しを向ける。この後、荻人と野笛が屋敷を案内。壁にすぐぶつかる階段、天井に描かれたドアなど、屋敷は至る所に王三郎の趣味で、目くらましが施されていた。途中、荻人と野笛は言い争いを始める。２人はお互いに事故に見せかけ、楓を消そうと考えていた。２人に血の繋がりはなく、どちらも他界した母親の連れ子だった。 この後、王三郎は小五郎たちを自分の部屋に招いて紅茶を振る舞う。王三郎は変わっていて、ミルクを入れてもスプーンを使わないという。午後３時に先約があるという王三郎はその後に相談があると小五郎に伝える。衛子は王三郎がガンで長くない事を小五郎に教える。コナンは楓と庭に行って遊ぶ。楓は樹上にある小屋に行こうとして縄梯子を登り始める。その時、縄が続けざまに切れ、楓は下に落ちそうになる。コナンは縄が刃物で切られている事に気付き、何者かが本当に楓の命を狙っていると確信する。 今度はサッカーをするコナンと楓。楓がヘディングしたボールは王三郎の部屋の方へ転がっていく。コナンは客がいるのに静か過ぎる事を不思議に思う。その時、部屋から唸り声が聞こえてくる。コナンが部屋の中を確認すると、そこでは王三郎が毒殺されていた。テーブル上には王三郎のカップが転がり、もうひと組のカップは口がつけられていない状態だった。コナンはほのかに湯気が立っている事から犯人がまだ近くにいると推理。荻人と野笛はお互いに相手を犯人と疑う。２人が遺産を必要としていた事が明らかになるが…。
自分の部屋で変死した王三郎。庭にコナン、廊下に蘭がいた中での密室犯罪だった。王三郎は暗号文を残していて、そこには「さあ 傘をすぼめよう 東に沈む夕日を ながめよう 紅葉を支える 二本の竿を見よう より長き竿を探ろう そこにわが紅葉の夢が 眠っているだろう」と書かれていた。荻人と野笛は隠し財産の場所を記した暗号と考える。 衛子はコナンたちのために紅茶を入れ、王三郎が死ぬに死ねないと生前話していた事を告白。王三郎は自分が死ねば楓の身がいっそう危なくなると心配していたという。この時、コナンは王三郎が紅茶に砂糖を入れなかった事を思い出して何かに気付く。小五郎は暗号の解読に取りかかる。そんな折、荻人と野笛が行方をくらました事が判明する。目暮警部は山に逃げたと心配するが、庭と山の境界線にある柵には野生の獣の侵入を防ぐために弱い電流を流しており、触れると小屋から警報が鳴るシステムになっていた。 コナンは庭の一番高い所から全体を見渡し、キラリと光る場所を発見。それは西側の山が映る鏡で、コナンは暗号文の東に沈む夕日の事と推理する。その時、野笛の悲鳴が聞こえてくる。コナンと楓が声のする方に向かうと、野笛が矢を射かけられたのを見た蘭と小五郎がやってくる。コナンらは目くらましで迷ってしまい、楓が先頭に立って道を案内しようとする。すると、足元の土が崩れて落とし穴が出現。楓は何とかジャンプして落ちずに済むが、穴の底には虎挟みが仕掛けられていた。 この後、背中に矢が刺さって絶命した野笛を発見。コナンは遺体の下敷きになったもう１本の矢に気付く。小五郎は傷口を見て矢に毒が塗ってあったと推理する。この後、小五郎は樹上の小屋で犯行に使ったと思われる洋弓を発見し、洋弓が趣味だった荻人が犯人だと推理する。だが、コナンは傷口が１つなのに２本の矢があった事が引っ掛かっていた。その時、目暮は警備の巡査から荻人が崖から転落する姿を見たという連絡を受ける。コナンは荻人が柵の越えた時、サイレンが鳴らなかった事を不思議に思う。さらにコナンは柵の近くに設置された監視カメラに気付き、事件の真相に近づく…。
コナンと蘭はタウン誌記者の梨田輝之（なしだてるゆき）に案内され、岡山を観光する。蘭がタウン誌主催のスイーツグルメツアーの体験執筆者に選ばれたのだ。観光中、コナンらは夢二郷美術館の前で記憶喪失になった女性と知り合う。彼女は後楽園で詩歌「宵待草」を口ずさんでいた女性だった。この後、岡山駅にいた小五郎も彼女が運ばれた病院に駆け付ける。彼女は何らかの衝撃により、突発的な記憶障害になっていた。 小五郎は女性から依頼され、彼女が何者かを調べる事に。医師は彼女の記憶の一部と説明し、彼女が描いた８枚のスケッチを小五郎たちに見せる。２枚は後楽園と夢二郷美術館の事と判明。梨田はタウン誌のウェブ版に彼女の写真とスケッチを掲載して情報を募る。コナンらはスケッチを手掛かりに彼女の記憶を辿る事に。途中、コナンは何者かが彼女を尾行している事に気付く。この後、女性は老夫婦の携帯から流れる水琴窟の音に反応する。 コナンたちは水琴窟がある旧野崎家住宅を訪ねる。そこに彼女を知る友人の野々宮香苗（ののみやかなえ）が現れ、彼女は吉瀬万由子（きちせまゆこ）と判明。香苗は万由子を捜していたらしく、記憶喪失と知って動揺する。昨日、貴金属店から３億円相当の宝石類が盗まれる事件が発生。容疑者として逮捕されたのが香苗の兄、野々宮圭吾（けいご）だった。圭吾は真犯人に襲われ、濡れ衣を着せられたと身の潔白を主張。万由子はその様子を見ていたらしく、圭吾の無実を証明するためには万由子の証言が必要だった。 コナンらが万由子のアパートへ行ってみると、部屋は何者かに荒らされていた。コナンは顔の部分が破られた１枚の写真に注目。その人物の胸にはバッジのようなものが光り、小五郎はこの人物が部屋を荒らしたと推理する。コナンは冷蔵庫に貼られた紙片に注目。それはオーダージーンズの注文票だった。コナンらはその店を訪ねて店員から話を聞く。店を出た後、梨田は有名パティシエの平良賢三（たいらけんぞう）に声をかけられる。２人の会話から梨田が有名なソムリエだった事が判明。コナンは写真の男性のバッジがソムリエバッジだったかもしれないと考えるが…。この後、万由子が突然姿を消して…。
突然、コナンたちの前から走り去ってタクシーに乗り込んだ万由子。万由子がいた場所には「過去を知りたければ、一人になれ！」というメモが落ちていた。コナンは蘭と共にタクシーに乗って万由子の跡を追う。鷲羽山展望台に到着後、万由子は何者かに拉致されそうになるが、コナンがキック力増強シューズを使って撃退する。かすり傷を負った万由子は念のために再入院し、梨田は友人の見舞いに来ていた平良とロビーで再会する。 万由子の話を聞いた平良は何でも協力すると言って梨田と握手を交わす。コナンはそんな２人を見て何かに気付く。万由子は去っていく平良を見て、どこかで見た事があると感じるが、平良はマスカットパフェで有名な人気パティシエ。梨田は雑誌でも取り上げられる有名人だから知っていると推測する。すでに何を描いているかがわかったスケッチは３枚。コナンたちは残る５枚を再度確認し、１枚の絵が吉備津神社の鳴釜神事を描いている事に気付く。そして、コナンたちが神社に行くと、万由子は神事を見て涙を流し始める。 この後、神社の阿曽女は一昨日、万由子が神事に来たと証言。それはジーンズを注文した日、強盗事件の前日だった。その時、万由子は過去を捨ててやり直したいと話していたという。次にコナンたちはタウン誌のウェブ版に書き込まれた倉敷で万由子を見たという目撃談を頼りに倉敷へ移動する。コナンたちは大橋家住宅、美観地区の倉敷格子が１枚のスケッチと一致している事に気付く。この時、コナンは観光客に紛れて男と話し込む香苗を目撃。コナンが何かあったかと訊ねると、香苗は道を聞かれたと答える。 他のスケッチと一致するものも次々と見つかり、万由子の記憶も少しずつ蘇っていく。そして、桃らしきもの、ブドウらしきものが描かれた２枚のスケッチが残る。万由子は桃らしきスケッチを見て、桃太郎からくり博物館へ。その時、コナンは博物館の鏡のトリックを見た小五郎の発言を聞いて何かを閃く。この後、万由子は何者かによって再び連れ去られそうになるが、その人物に噛み付いて何とか逃げ出す。この時、コナンはある人物の不審な行動を目撃。コナンはその人物にある事を自白させる作戦を思いついて…。
正月早々、風邪を引いたコナンにテレビ電話をかけてくる光彦、歩美、元太、哀。この日は歩美の自宅マンションでカルタ取りをする約束だったのだ。コナンが事情を説明していると、歩美の部屋の呼び鈴が鳴り、同い年位の浦船正男（うらふねまさお）が訪ねてくる。正男は知らない奴らが家に来たと助けを求めるが、その直後に父親と母親が現れ、正男のウソを謝罪。正男は２人を知らないと訴えるが、両親に連れて行かれてしまう。 歩美は先日、同じフロアの2806号室に引っ越してきた家族と推測。歩美らは正男の悪ふざけと考えるが、テレビ電話でやりとりを見ていたコナンは正男がトラブルに巻き込まれていると推理。コナンは正男と２人が血の繋がった親子ではないと断定し、警察を呼べと伝えて電話を切る。元太たちは意識がもうろうとしていたコナンの推理に半信半疑。高木刑事に電話する前に2806号室の隣りの住人たちに話を聞いて確かめる事に。 2807号室の女性は2806号室の前の住人なら知っていると証言。それは磯部商事の社員だった植村で、磯部商事は脱税疑惑で騒がれている会社だった。女性は正男にひどいイタズラをされた事を明かす。2805号室の男性は２週間位前に2806号室に入っていく日売テレビのプロデューサー、桧田を見たと証言。男性は正男にとんでもないウソをつかれたという。どちらの隣人も正男の両親とは面識がなかったが、元太たちは隣人の話から、正男の先ほどの発言もウソと考える。哀は日売テレビに連絡して桧田から話を聞こうとする。だが、桧田は２週間位前に交通事故に遭い、昨日まで意識不明だったという。 光彦は桧田が2806号室の秘密を知り、事故に見せかけて襲われたと推理。正男も秘密を知ってトラブルに巻き込まれた可能性があり、哀たちは直接2806号室に行って確かめる事に。玄関先に出てきた母親は先ほどのウソを正男に謝罪させ、すぐに皆を帰らせようとする。夕方、出掛ける用事があるという。だが、歩美は出掛けるまで家の中でカルタをやろうと提案。正男もカルタをやりたいと訴え、母親も渋々納得する。この後、カルタが始まり、哀は正男がカルタの文字で何かのメッセージを作ろうとしている事に気付くが…。
カルタ中、哀は正男が特定のカルタだけ必死に取ろうとする姿を見て、カルタの文字でメッセージを作ろうとしていると察する。そして、カルタの札が残り４枚になった時、正男はトイレに行きたいと言い出す。読み手の母親が付いていく事になり、カルタは一時中断される。母親によれば、正男は閉所恐怖症。１人ではトイレに行けないという。 この時、正男はあのタオルを出してと母親に頼む。正男は諏訪湖の毛ガニのタオルだと説明し、あれがなきゃできないと訴える。母親は訳がわからずにキョトンとなる。歩美は部屋を出て行く２人の様子を見て本当の親子と推測。だが、光彦は母親が正男に付いていった事が気にかかり、哀も妙な真似をさせないように監視するためと感じていた。そして、哀は正男がトイレに行ったのは暗号を解く時間を与えるためと判断する。 この後、哀たちは「る」「こ」「に」「て」という正男が取ったカルタ４枚の暗号解読に取りかかる。同時に哀たちは風邪で寝込んでいるコナンにもメールで暗号などの情報を送る事に。メールには2807号室、2805号室の住人の証言、タオルの事、４枚の札の事を記入する。哀はメールを送信した直後に暗号を解読し、正男が言っていた事は正しかったと気付く。あれがなきゃできないという正男の発言は暗号を解読するためのメッセージだった。 哀は訳がわからない歩美たちに解読した内容を伝える。「諏訪湖」「毛ガニ」「タオル」という単語の真ん中の文字は「わ」「が」「お」。これを助詞に置き換えて３つの単語を読むと「す」は「こ」、「け」が「に」、「た」を「る」に変換するというメッセージに。これを踏まえると「るこにて」は「助けて」という言葉になるのだ。 哀は母親の名乗る女に気付かれないように正男が暗号を考えたと推理。その頃、蘭は布団で寝ているコナンのために着替えを用意。だが、布団は「すぐ戻るから」というメモを残して、もぬけの殻になっていた。哀は何食わぬ顔をして外に出た後、高木刑事に連絡しようと考える。その時、哀はテーブルに置かれた通話中の携帯電話に気付く。それは母親を名乗る女が置いておいた携帯だった。哀たちの会話は全て筒抜けになっていた…。
蘭が高校に急遽泊まる事になり、外食する事になった小五郎とコナン。２人は死ぬほど美味いラーメンとうたうチラシを見て、そのラーメン店を訪ねる事に。そこはカウンター６席の年季が入ったお店だった。小五郎たちは花が置かれた一番奥の席に座ろうとする。すると店長の小倉功雅（おぐらかつまさ）は別の席にして欲しいと頼む。先日他界したお得意様の席だったらしく、四十九日が過ぎるまではそっとしておきたいという。 小五郎たちはアルバイトの大橋彩代（おおはしさよ）にラーメンを注文。この後、小倉は来店した客を見て、帰れと怒鳴り声を上げる。それはコート姿にメガネをかけた不動産会社社長の西津徳盛（さいずとくもり）だった。地上げ屋の西津は立ち退きを迫り、小倉が断ると、若い連中を使って店内で騒ぎを起こし、客が激減してしまったという。西津は奥の席に座り、わざと花を飾ったコップを零すが、小倉は自分で拭けと激怒。西津は文句を言いつつ胸ポケットからハンカチを取り出し、右手で溢れた水を拭き取る。 隣りの理髪店で散髪してきた西津は理髪店店長の谷中篤（たになかあつし）が悪口を言っていたと小倉に告げ口。谷中はお洒落な商店街にボロいラーメン店は似合わないと話していたという。すると谷中が来店し、改装すればもっと繁盛すると言っただけと弁解。谷中は小五郎の隣りに座ってラーメンを注文する。間もなく、コナンと小五郎のラーメンが完成。小五郎の目の前の箸立てが空っぽだったため、谷中は別の箸立てを取ってくれる。 コナンと小五郎はラーメンの味を絶賛し、小倉は今後も店は安泰だと胸を張る。すると西津は会社が火の車で死にたい気分だと泣き言を言う。この後、西津のラーメンも完成。コナンは左手を伸ばして箸を取る西津に違和感を抱く。先ほど、右手でテーブルを拭いていたからだ。子供の頃、両親に直され、両利きになったという西津は食べるのは左だと説明する。西津はこのラーメンを食べて誰かが死ねば、すぐに店は潰れると悪態をつく。小五郎は西津の言動に我慢ならず、表へ出ろと西津の襟首を掴む。その時、西津は急に苦しみ出す。小倉はまた騒動を起こすつもりと相手にしないが、西津は本当に絶命していた…。
地上げ屋の西津はラーメンを食べた直後に苦しみ出して絶命。ショッピングモールの建設を計画していた西津は、商店街を潰すために社員を使って度々営業妨害をし、商店街の人たちに煙たがられていた。西津は青酸系の毒物を摂取。目暮警部らは殺人事件と判断して捜査を開始する。容疑者は店にいた店長の小倉、アルバイトの彩代、隣りの理髪店店長の谷中の３人で、谷中だけは西津にも西津のラーメンにも近づいていなかった。 谷中が西津に一番近づいたのは小五郎たちに箸立てを取ってくれた時。だが、その箸を西津は使っていなかった。箸の補充は彩代の仕事だが、西津が座った常連客の指定席の箸には触れていないという。この後、彩代は先日他界した常連客が父親だった事を打ち明ける。弁護士だった彩代の父親は西津の営業妨害に困り果てた商店街の人たちに頼まれ、訴訟を起こす準備をしていた。だが、高血圧だった父親は店で騒いだ西津の部下たちが起こしたケンカを止める時、持病の発作が起きて亡くなってしまったのだ。 この後、ラーメンから毒物が検出されなかった事が判明する。毒が検出されたのは西津の左手の親指と人差し指、西津が使っていた箸、及び座った席のテーブルの上。さらに西津の上着の内ポケットから同じ毒物の粉末が出てきたという。谷中は会社が火の車で死にたい気分と西津が言っていた事を思い出し、小倉もラーメンに毒を入れて店を潰してやると西津に脅されたと証言。目暮は自殺した可能性もあると考えを改める。目暮は西津が倒れた時の状況をもう一度説明して欲しいと小五郎に頼んで店の中へ入っていく。 コナンは西津の上着のポケット以外の持ち物から毒が検出されなかったかを高木刑事に確認。高木はハンカチや財布、タバコ、ライター、床に転がっていたメガネを調べたが検出されなかったと説明する。すると、今度は容疑者３人の身体検査をしたかを確認するコナン。だが、３人は毒を入れるような容器を持っていなかったという。コナンは高木から３人の所持品を聞いて何かに気付き、西津が以前起こした食中毒騒ぎの事を高木に詳しく聞く。話を聞いたコナンは犯人とトリックを見破り、店内の小五郎に麻酔銃を発射して…。
ケーキバイキングを食べるため、バスに乗って杯戸ホテルへ向かうコナン、蘭、園子。蘭は空手の関東大会で優勝し、園子は優勝したらケーキバイキングを奢ると約束していたのだ。途中、園子はお尻を触られたと騒ぎ、世良真純（せらますみ）の腕を差し上げる。園子から懲らしめてと頼まれた蘭は世良に足蹴りをしようとする。だが、蘭は逆に世良に回し蹴りをされそうになる。世良はジークンドーの使い手だった。 この後、コナンが痴漢は別の人と園子に伝え、世良への疑いは晴れる。世良も杯戸ホテルに行くところだという。ホテルに到着後、コナンたちはフロントで世良と別れ、改装中という別館のロビーへ向かう。コナンたちはお目当てのカフェがある２階に移動するため、エレベーターに乗ろうとする。その時、エレベーターから昼川利子（ひるかわとしこ）が出てくる。昼川はこのエレベーターではカフェに行けないとコナンたちに教える。 連れの男性と女性と合流した昼川は上住貞伍（うえすみていご）が泥酔して悪態をついた事を報告。上住は酔いが覚めたら、謝罪して罪を認めると約束したらしく、昼川たちは謝罪を録音するため、車に乗ってレコーダーを買いに行く事に。杯戸ホテルのオーナーの息子である上住は振り込め詐欺の首謀者。一度逮捕されるが、証拠不十分で釈放され、昼川たちはその被害者だった。そして、コナンたちがお目当てのカフェを見つけた直後、ドーンという大きな音が聞こえてくる。コナンは音がした駐車場へと駆けていく。 駐車場では昼川たちが立ち尽くし、頭から血を流した上住が倒れていた。昼川は車をバックさせた途端、上住が落ちてきたと証言。この直後、昼川は屋上に不審な人物がいたと発言。コナンは昼川たちと屋上へ行ってみる事に。エレベーターは前後に扉があるタイプで、昼川は怖がって屋上に降りる事を躊躇する。だが、屋上に人影はなく、縁には上着の上に揃えた靴が置かれていた。男性はこの状況を見て自殺したと判断する。その時、世良が現れ、これは殺人だと指摘。世良は自殺の時、靴を揃えるのは映画やドラマの演出と説明し、泥酔して靴を揃える事もあり得ないと言い放つ。世良はコナンと同じ探偵だった…。
振り込め詐欺の首謀者、上住がホテルから飛び降りて自殺。だが、コナンと探偵の世良は何者かに殺害されたと推理する。世良はコナンたちが屋上に向かった後、エレベーターが６階と２階に止まったと証言し、詐欺の被害者の女性は幽霊がボタンを押したと怖がる。別館には幽霊が出るという噂があり、夜中に徘徊する無人の車イスを見た人がいるという。すると、昼川は幽霊騒ぎの原因を語る。被害に遭った昼川の母親は体を壊し、父親は別館にいる上住に謝罪を要求していたという。入院した母親が亡くなると、父親は跡を追うように自殺。体が不自由な父親はホテルで電動車イスに乗っていたという。 別館２階の壁は上住にスプレーで落書きされ、廊下にはペンキ缶が散乱していた。２階には電動車イスがあり、千葉によれば、発見した時はまだ動いていたという。さらに千葉刑事は車イスの車輪の間に妙な釣り糸が付いていたと目暮警部に報告。この車イスは上住が使っていたものだが、上住は足が悪かったわけではなかったという。高木刑事は上住が幽霊騒ぎを起こしたと推理。無人の車イスを釣り糸で操り、皆を脅かしていたと考える。 車イスに付いた釣り糸はかなり長く、先端には切れた輪ゴムが数個付いていた。コナンは足掛けについた傷に注目し、犯人が上住を殺害した時に車イスを使ったと推理する。だが、そこは上住が転落した駐車場の逆側。目暮は車イスを使っても何もできないと考える。コナンはエレベーターの扉が前後にある理由をホテル従業員に確認。別館の１、２階には大ホールがあり、他の階と反対の扉を使った方がスペースを広く使えるという。 この後、世良は上住が以前割って、今はシートが被せられた窓ガラスを調べる。世良はこの窓が転落現場の真上なのは偶然ではないと考えていた。コナンは窓の下の壁と床の境目に大量のペンキが付着している事に気付く。ペンキは完全に乾ききっていて、上に何か置いてあったような跡が残っていた。さらにコナンは後ろに転がっているペンキ缶の側面の傷、エレベーターの下部の傷を見て、犯人が上住を殺害したトリックを見破る。ほぼ同時に犯人に気付いた世良は皆の前で自身の推理を披露する。それを聞いたコナンは…。
毛利探偵事務所に爆破予告の電話がかかってきた。小五郎はイタズラを疑うが、直後に事務所前の路上に停められた車が爆発。犯人は謎の暗号とともに「爆弾を見つけなければ、さらに大勢が犠牲になる」と脅迫する。その頃、東都スタジアムでJリーグの試合を観戦していたコナンは、蘭からの電話で爆破予告の話を聞き暗号解読に乗り出すが…。タイムリミットが迫る中、コナンは無事爆弾を見つけ出せるのか!? そして、犯人の真の目的とは？
コナンは元太、光彦、歩美、哀と阿笠博士の家に集まり、カレーを作っていた。その時、阿笠が所有する壺の話題になる。その壺は数年前にフリーマーケットで古臭い絨毯と一緒に購入したもの。最近、壺と絨毯が倉庫から出てきたという。阿笠は壺の価値が知りたくて動画サイトに鑑定を求める映像をアップし、絨毯はリビングに敷いて使っていた。 この後、元太が蹴ったサッカーボールがカレーの鍋に入り、近くにいた歩美はカレーまみれに。カレーを作り直す事になり、コナンと哀、元太、光彦は足りない食材を買いに行く。その間に歩美はシャワーを浴びてカレーを洗い流し、汚れた服の代わりに哀の服に着替える。買い物中、阿笠の動画に哀が映っていた事が明らかになり、コナンは黒ずくめの組織に哀の所在を気付かれたかもしれないと心配する。 コナンたちは急いで阿笠邸へ戻り、リビングで気を失った阿笠を発見する。目を覚ました阿笠は呼び鈴が鳴り、玄関を開けた直後、何者かにスタンガンで気絶させられたと状況を説明。光彦は壺を狙った犯行かもしれないと考えるが、壺は盗まれていなかった。この後、元太は歩美が誘拐された事に気付く。床にはコーヒーが零れていて、コナンは犯人が歩美を零れたコーヒーの上で押さえつけたと判断。コナンは絨毯がない事にも気付き、犯人は歩美を絨毯に包み、業者を装って連れ出したと推理する。 コナンは手掛かりを掴むために阿笠の動画を確認し、阿笠のメガネに映り込んだ哀に気付く。歩美は哀と間違えられて誘拐された可能性が高かったが、コナンは現場の状況から黒ずくめの組織の犯行ではないと考える。その時、壺から携帯の着メロが聞こえてくる。壺の中には歩美の携帯があり、貼り付けられた紙にはメールを読んで指示に従えと書かれていた。犯人は阿笠の携帯を盗み、その携帯から指示を出してくる。犯人のメールには灰色の猫の画像が添付され、この猫を見つけ出せと書かれていた。阿笠がアップした動画に犯人が探している猫が偶然映っていたのだ。コナンたちは手分けして近所に猫を探しに行くが、なかなか見つける事ができない。そんな中、再び犯人からメールが届いて…。
犯人は自分たちで猫を見つけ、歩美を絨毯に包んだまま解放する。絨毯は裏が少し汚れていたもののシミ１つなかった。歩美は犯人が２人組だったと証言。犯人は主人の猫だから見つけなきゃヤバイと話していて、歩美を絨毯から一度出して水を飲ませてくれたという。コナンは犯行の手際が良い事から阿笠の家の事情を知っている人が犯人と推理。最近、３組が壺の動画を見て阿笠の自宅を訪れたらしく、コナンはこの中に犯人がいると考える。 見栄えするため、絨毯の上に壺を置いて３組に鑑定を頼んだ阿笠。１組目の若い姉妹はしばらく壺を眺めた後、500円で売って欲しいと頼んできたという。２組目は、壺には触れずに虫眼鏡で念入りに調べていた中年夫婦。この夫婦は高価な壺かもしれないから、きちんとした鑑定家の所に持って行った方が良いと勧めてきたという。 ３組目は失礼な親子。息子は壺を少し触り、中を見ただけでニヤニヤしながら値段を聞いてきたという。小馬鹿にした態度をカチンときて、絨毯をおまけに付けて50万円とふっかけた阿笠。すると、父親の方が見る目がない人は悲しいと言ってきたという。３組とも家に来たのは哀が学校に行っている時間帯。３組の中に哀の帰宅時間や友人の事などを聞いていた人たちがいたが、阿笠は誰だったか覚えていなかった。 哀は３組の中に猫の事を聞いてきた人がいたはずと考えるが、不思議な事に猫の話題に触れた人はいなかったという。コナンは犯人が探していた猫に見覚えがあった。それはロシアンブルーという妃英理の飼い猫と同じ種類だった。猫の話になると、歩美と光彦は“ツボ猫動画”の話題を話し始める。それは壺に猫が入る姿がかわいいと評判の人気動画で、話を聞いたコナンは動画のタイトルを阿笠に確認する。阿笠は動画に「ワシには猫に小判な、この壺の鑑定を…」というタイトルを付けていた。コナンはタイトルを聞いて「猫」と「壺」で動画を検索。すると阿笠の動画の１つ上に英理の飼い猫の映像が出てくる。英理の猫と犯人が探していた猫は驚く程そっくりだった。この後、コナンは歩美が連れ去られた時の状況を聞いて犯人の本当の狙いを見抜き、３組の中の誰が犯人かを特定する…。
コナンは元太、光彦、歩美、哀、阿笠博士と映画を観に行く。その帰り、コナンは駐車場で車上荒らしをされた車を発見。その車は後部座席にプラモやフィギュアの箱を大量に載せていて、車内の天井には赤いスプレーで「死ね」と書かれていた。そこに千葉刑事と友人がやってくる。被害に遭ったのは千葉の車だった。交通課の宮本由美によれば、同じ手口の車上荒らしは３件起きていて、千葉は４人目の被害者だった。 千葉は気付かないが、由美と一緒に現場に来た新人の三池苗子は千葉が小学生の時に撮影した特撮ドラマの出演者。彼女は千葉の初恋の人だった。千葉は勝手にフラれたと勘違いしていたが、コナンたちは２人が両想いだと知っていた。千葉は他の被害者の車の写真を確認。１台目はリアウィンドウにキャラが貼られたオタクの“イタ車”。２台目は後部座席にゴルフバッグを大量に載せた会社員の車、３台目は改造している走り屋の車だった。 事件は米花町内の駐車場で起きていて、コナンたちも由美たちの捜査を手伝う事に。コナンは千葉と苗子に２人きりで捜査するように仕向け、皆と一緒に２人を尾行する。この後、千葉と苗子はデパートの駐車場へ入っていき、コナンたちは名和武朗（めいわたけろう）の改造車の影に隠れて様子を伺う。その時、コナンたちは重井徳子（しげいとくこ）から車の近くにいたら危ないと注意され、近くにいた福地明歳（ふくちあけとし）に庇ってもらう。結局、コナンたちは駐車場の出入り口で千葉たちが出てくるのを待つ事に。 30分後、駐車場から大きな音が聞こえてくる。駐車場では福地の車に後ろから徳子の車が追突していた。徳子の車のフロントガラスには「死ね」と書かれ、運転席には誰も乗っていなかった。福地は娘に頼まれた人形が売り切れで別の店に行こうとした時、追突されたと証言。その時、頭を打って意識を失ってしまったという。苗子は駐車場から出ようとする名和に駐車場を封鎖したと伝える。この後、駐車場に戻ってきた徳子は追突した自分の車を見て驚く。徳子の車の鍵穴はこじ開けられたような傷が付いていた。事故の後、駐車場からは誰も出ておらず、車上荒らしの容疑者は名和、徳子、福地の３人に絞られる…。
車上荒らしの容疑者は駐車場にいた名和、徳子、福地の３人に絞られる。自分も疑われていると知った福地は妻と娘が帰りを待っていると言って泣きそうになり、徳子も夫の夕食の支度をしないといけないと迷惑がる。名和は両親が学校の先生らしく、親がうるさいので早く帰りたいという。名和は車検に通らないような高さのあるウイングを車の後部に付けていて、コナンは３番目の被害者の車にもウイングが付いていた事を思い出す。 コナンは同じようにウイングが付いているのに名和の車は被害に遭わなかった事を不思議に思い、被害者の車の写真をもっと詳しく見たいと考える。苗子は被害者の車を色々な角度から撮った写真をミニパトへ取りに行き、千葉は元太たちに促されて苗子を手伝う事に。その時、風が吹いて苗子が被っていた帽子が舞い、千葉はその光景をポカ～ンと眺める。２人は立ち止まって見つめ合い、イイ雰囲気になる。 この後、被害者たちの写真を見たコナンはある事に気付き、最近この辺で子供が巻き込まれた交通事故がなかったかを由美に訊ねる。由美は先月、高校の先生のワゴン車が事故を起こしたと教える。先生は家族で海水浴に行く途中に事故を起こし、全面的に過失を認めて示談が成立。車の中には浮き輪やビーチボール、ゴムボートなどをたくさん積んでいたという。事故の詳細を聞いたコナンは車上荒らしが狙う車の共通点に気付き、容疑者３人の中の誰が犯人かを見破る。 苗子はデパート側から封鎖している駐車場に客の車を入れたいと催促された事を由美に報告。由美は警察署に移動して容疑者３人から話を聞く事に。コナンは“イタ車”のプリントをしてくれる知り合いがいないかを千葉に確認。千葉は２、３時間でやってくれる知り合いがいると答える。事情聴取の間にコナンたちは佐藤刑事の車のリアウィンドウにキャラクターのシールを貼って犯人を誘き寄せるトラップを仕掛ける。すると、佐藤の車の車に犯人が近づいてきて…。
コナン、小五郎、蘭、安室透は圭を自宅マンションの部屋の前まで送り届ける。皆が帰ろうとした時、コナンは部屋から異臭がする事に気付いてトイレに行きたいと騒ぎ出す。すると安室と小五郎もトイレを我慢していた事を明かし、圭は皆を部屋に上げてお茶を出す事に。テレビでは、すでに小五郎の事務所の事件が報じられていた。蘭が携帯の電源を切っていた事に気付いて電源を入れると、すぐに電話がかかってくる。 蘭に電話をかけてきたのは心配した世良真純だった。だが、通話は途切れ途切れになり、安室は電話が繋がりにくいのは部屋に盗聴器が仕掛けられているからと考える。安室は全室回って盗聴器の設置場所を突き止めていいかと確認し、圭は片付けるから５分待ってほしいと伝える。だが、圭はこっそり外へ出て行こうとする。コナンが声をかけると、圭はコンビニに行くと説明。コナンは一緒に行くと言って圭の車の後部座席に乗り込む。圭が外出した事に気付いていない安室と小五郎、蘭は合図を待てずに盗聴器探しを始める。 次々と盗聴器が見つかる中、小五郎は変な臭いがする大きなスーツケースを発見。中には小柄な男の遺体が詰め込まれていて、安室は圭が発覚を恐れて逃げたと推理する。その頃、コナンは圭からもらったジュースを飲んで眠りに落ちていた。蘭たちはコナンがいない事にも気付き、小五郎が圭の携帯にメールを送ると、圭からすぐに返信が届く。圭は遺体の事に触れた後、夜が明けたら一緒にいるコナンを解放すると約束。ただし、警察に通報し、逃亡の邪魔をするならコナンの身の安全は保障しかねると書かれていた。 蘭は阿笠博士に連絡し、追跡メガネを使って探偵バッジを持っているコナンを見つけ出してほしいと頼む。阿笠と哀は車を修理に出していたため、沖矢昴に車を出してもらって追跡を開始する。安室は部屋の状況から、この部屋の住人が銀行強盗事件に何らかの形で関係していると推理。安室は、部屋の住人は男性と睨んでいた。テレビには銀行強盗事件を報じる番組ばかり録画されていて、蘭は録画されていた番組を見て、ある事に気付く。強盗事件で殺害された銀行員、庄野賢也は圭が兄と話していた男性だった…。
圭は車の中から３人の女性に電話をかけるが繋がらずに苛立つ。この後、圭は眠っているはずのコナンに声をかけられて驚く。コナンは睡眠薬入りの飲料を飲んでいなかった。コナンは圭の名前が本当は浦川芹奈（うらかわせりな）という事を見破る。コナンは寝たフリをして芹奈が持っていた携帯を調べ、芹奈が自分の携帯と事務所で亡くなった本物の樫塚圭の携帯をすり替えたと推理する。芹奈は縛られて何もできなかったと主張するが、コナンはトリックを使えば、ガムテープで自分を縛る事はできると考えていた。 さらにコナンは芹奈が自殺にみせかけて圭を殺害したと推理し、発射残渣が出ないように靴ヒモやタオルを使ったトリックも言い当てる。強盗犯を捜し回っていたと芹奈。圭は強盗犯の１人で、圭のマンションで遺体となって発見された小柄な男も強盗犯だった。芹奈は圭の携帯の電話帳から３人目の痩せた強盗犯を捜していて、３人の女性と連絡を取ろうとしていた。強盗犯の中に女性がいた事はマスコミに発表されておらず、コナンはこの事実を知っている芹奈は強盗現場にいたと考える。コナンは銀行員の賢也が犯人に向かって発した言葉は「OK！止めてくれ」ではなく、「おい圭！止めれくれ」だったと推測。賢也は強盗犯の中に友人の圭がいると気付いてしまい、圭に口封じのために殺害されたのだ。芹奈は賢也の妹ではなく、同じ銀行に勤めていた彼女だった。 芹奈は強盗犯３人に復讐しようと計画し、賢也の友人から圭を見つけ出す。芹奈は圭の留守中に自宅を訪ね、襲い掛かってきた小柄な男を撲殺。圭は姿を消した小柄な男が逃げたと思い、ロッカーに隠した現金をもう１人の犯人と山分けしようと企む。だが、隠し場所は小柄な男しか知らず、圭はロッカーを捜し出してほしいと小五郎に依頼したのだ。芹奈は圭と仲間のやりとりを盗聴。小五郎に圭が銀行強盗だと気付かれたら、復讐の機会を失うため、芹奈は事務所で圭を待ち伏せしたのだ。コナンは最後の強盗犯を特定するため、３人の女性に会ってみようと芹奈に提案。豊北倫子（とよきたりんこ）、降屋栄絵（ふりやさかえ）、手川隆代（てがわたかよ）の自宅を訪ねたコナンは誰が強盗犯かを見破るが…。
痩せた強盗犯を特定するため、豊北倫子、降屋栄絵、手川隆代の自宅を訪ねるコナンと芹奈。コナンたちは引っ越して来たと言って倫子の自宅アパートを訪ねる。コンビニで深夜に働いているという倫子。訪ねた時、倫子は自炊した料理を食べようとしていた。続いて、コナンたちは同じように引っ越しのあいさつを装って栄絵の自宅アパートにやってくる。栄絵はブランド物の袋をたくさん持っていて、明日にはこのアパートを出ていく事を明かす。栄絵は宝くじに当たったらしく、お金を使いまくっているという。栄絵は帰ろうとするコナンたちにゴミ袋を渡し、ゴミ集積所に出して欲しいと頼む。コナンはゴミ袋にコンビニ弁当の食べかすばかり入っている事に注目する。 最後にコナンたちは隆代の自宅マンションを訪ね、引っ越して来たとあいさつする。隆代はライターをやっていて、締め切り間際だという。仕事机には電気スタンド、メモ用紙などが置かれていた。コナンは大きなゴミ袋に目を留め、隆代が牛丼ばかり食べている事に気付く。３人の自宅を訪ねたコナンは誰が痩せた強盗犯かわかったが、教える事はできないと芹奈に伝える。コナンは芹奈が強盗犯を殺害して自殺するつもりだと考えていた。 その頃、昴が運転する車に乗ってコナンの救出に向かう阿笠と哀。小五郎と蘭も安室が運転する車で痩せた強盗犯の自宅に向かい、蘭から話を聞いた世良もバイクに乗って安室の車の後に続く。芹奈は自殺する気だとコナンに見抜かれて動揺する。コナンは言う通りにしてくれるなら強盗犯を教えると芹奈に伝える。コナンは推理に納得したら強盗犯を警察に任せて、自首してほしいと考えていて、芹奈は言う通りにすると約束する。 コナンは強盗犯３人を捉えた防犯カメラの映像から痩せた強盗犯の特徴を見つけ出していた。痩せた強盗犯は右手で拳銃を構えていたが、コナンは痩せた強盗犯の他の行動から本当は左利きだと見抜いていた。この後、コナンは３人の中の誰が左利きかの強盗犯かを芹奈に教える。コナンは部屋を訪ねた時の状況からも強盗犯を特定していた。そんなコナンたちの会話を盗み聞きする人物がいた。それは拳銃を手にした痩せた強盗犯だった…。
京都舞鶴港沖、海上自衛隊によるイージス護衛艦"ほたか"の体験航海に参加したコナン一行。電子武装されたハイテク艦で繰り広げられる迫力の演習に、大興奮の子供たちだったが、訓練終了の直前に未確認物体が艦体に接近し、艦内に不穏な空気が流れ出す。"スパイX"というフレーズを聞きつけ、艦内を探るコナンは自衛隊員の左腕だけが発見された現場に遭遇。服部平次に協力を仰ぐと、今度は若狭湾の造船所で左腕のない遺体が発見され…。
新一と蘭は遊園地トロピカルランドでデート中に事件に巻き込まれる。 2人がジェットコースターに乗っている最中に殺人事件が発生。 容疑者の乗客7人の中には黒ずくめの組織のジン、ウォッカの姿も。 新一は犯人と殺害トリックを見破って事件を解決するが…。 その後、新一は怪しい雰囲気漂うジン、ウォッカの跡をつけ、闇の取引現場を目撃する。 だが、ジンたちに気付かれた新一は組織が新開発した毒薬を飲まされ、子供の姿になってしまう…。 今回の完全新作では、新一と最後に別れた時の蘭の届かぬ想い…、新一が子供の姿になった時の衝撃の事実…、 黒ずくめの組織ジンとウォッカの真の企み…など、800話以上の物語へと繋がる知られざる真実が次々と明らかになる!?
千年の時を超え〈哀しき真実〉が今、暴かれる！ 爆破された、大阪のシンボル！ 日売テレビで、爆破事件が発生！その時百人一首界を牽引する「皐月会」が開催する会見が行われており、大パニックに！崩壊していくビルの中、西の名探偵・服部平次とその幼馴染・遠山和葉だけが取り残されるが、間一髪の所でコナンによって無事救出される。まるでテロのような事件、しかし犯人の目的もわからない不可解な状況に違和感を禁じ得ないコナンと平次。 平次の婚約者？謎の美女・大岡紅葉！ 爆破騒動の中、コナンは平次の婚約者だと言い張る女性と出会う。その名は、大岡紅葉。紅葉はなんと競技かるたの高校生チャンピオンだった。ひょんなことから、和葉はそんな紅葉に平次を懸けた勝負を百人一首で挑むこととなり、実力者である平次の母親・静華を師に、特訓する日々が始まった。 残された、京都のメッセージ！ 時を同じくして京都・嵐山の日本家屋で、皐月杯の優勝者が殺害される事件が発生。その時、殺害現場のモニターに映し出されていたのは、紅葉の姿。そして意味深に数多のかるた札が被害者の周りに散らばっていた。果たして紅葉と事件の関係とは？ 恋の歌が生んだ、悲劇！ コナンと平次は大阪府警・京都府警とともに、２つの事件に関係する皐月会の捜査を始める。やがて、次々と捜査線上に浮かび上がる謎の存在。紐解いていくと、そこには“百人一首にまつわる共通点”が隠されていた――。大阪と京都、２つの事件が1つに繋がる時、仕掛けられた運命の歯車が加速し始める！ 東西の名探偵を翻弄する、古からの歌。 時を超えて詠み継がれるその歌は、 秘めし想いが綴られた“恋歌”か、 復讐に血塗られた“哀歌”か—。
次郎吉は幕末の絡繰師が作った絡繰箱を開けてほしいと公華から頼まれる。絡繰箱には他界した夫の遺品である世界最大の月長石、月の記憶（ルナ・メモリア）が入っていた。絡繰箱を開ける方法が書かれた紙は次郎吉に寄贈する本１万冊の中の１冊に挟んであるという。次郎吉は怪盗キッドをおびき出すため、月の記憶が入った絡繰箱を展示。コナンたちは箱を開ける方法に思案を巡らせ、キッドは誰かに変装してコナンたちの近くにいた…
次郎吉は怪盗キッドをおびき出すため、世界最大の月長石、月の記憶が入った絡繰箱を展示。次郎吉は公華から夫の遺品の絡繰箱を開けてほしいと頼まれていた。コナンはキッドが傍にいる気配を感じて警戒する。皆は公華が寄贈した本１万冊の中にある箱の開け方が書かれた紙を見つける事に。この後、公華は本を見つける参考になるかもしれないと夫との思い出を語り、コナンは紙の在処、箱の本当の中身に気付くが、キッドが動き出して…
コナン達は副担任の若狭と学校にある古い倉庫の地下室で白骨遺体を発見。遺体は１０年くらい前に亡くなったものだった。１０年前、近所の資産家の家に４人組の強盗が入り、２億円相当の金塊を奪って逃走。同じ日の深夜、怪しい数人が帝丹小学校に入る姿が目撃されたという。コナンたちは遺体が握っていたハチマキに書かれた暗号の解読に取り掛かる。そして、コナンは歩美が倉庫で拾った古い時間割表が暗号の解読表だと気付いて…
コナン達は副担任の若狭と学校の古い倉庫の地下室で死後１０年位経った白骨遺体を発見。コナンたちは遺体が握っていたハチマキに書かれた暗号の解読に取り掛かる。歩美が倉庫で拾った古い時間割表が暗号の解読表だった。この暗号は４人組の強盗が資産家の家から２億円相当の金塊を奪った１０年前の事件と関係。白骨化遺体は強盗のボスだった。コナンは暗号を解読し、分け前と狙う強盗犯３人を一網打尽にする作戦を決行するが…
小五郎は倉田屋駒吉という謎の人物から家宝を譲り渡したいという手紙をもらい、コナン、蘭と共に山口県にやってくるが、強盗の仲間に間違われて取り調べを受ける。駒吉は１年前に古民家カフェ店主、宝田の腕に発砲し、時価数億円の慶長小判千両を盗んだ強盗犯だった。小五郎はニュースサイト記者の明日香に誤解を解いてもらって釈放される。小五郎はコナンたちと強盗事件を調査するために萩を訪れるが、犯人に命を狙われて…
１年前に古民家カフェ店主、宝田の腕に発砲し、時価数億円の慶長小判千両を盗んだ強盗犯の倉田屋駒吉。小五郎はニュースサイト記者の明日香に頼まれ、コナン、蘭と共に事件を調査する事に。そんな折、明日香が何者かにさらわれ、小五郎とコナンは二手に分かれて明日香を捜す。小五郎は不審な行動をとる鷹丈警部を駒吉と疑う。コナンは鋳物工場で手足を縛られた明日香を発見。ベルトコンベアの上の明日香は金属溶解炉に迫っていて…
小五郎は事務所で競馬中継を見ていたが、賭けたレース全てを外して落ち込む。この日は色々とついていない事があって散々だったと愚痴る小五郎。場外馬券場に行った時、路上で誰かとぶつかり、財布を落として路上に小銭が散乱したという。挙句の果てに財布が落ちたのは水溜まり。中に入っていた馬券もびしょ濡れになったという。コナンは財布に入っていた第9レースの馬券を確認して当たっている事に気付く。1万円購入して100倍のため、100万円の万馬券だった。だが、小五郎がこの馬券を買った覚えがなく、コナンは小五郎が財布を落とした時、誰かの馬券を拾って財布に入れたと推理する。
小五郎は100万円の万馬券を拾い、コナン、蘭を連れて米花いろは寿司に行き、ミステリーファンの板前、脇田は小五郎の来店を喜ぶ。客の原島、宗近、芦野が別々に来店後、聖沢が店にやってきて、この中の誰かにポーチを盗まれたと激怒。電車の中でポーチをスラれ、ポーチの中のスマホのGPSで犯人がこの店にいると突き止めたという。聖沢は電車の中で100万円の万馬券が当たったと友達と話して犯人に狙われたという。聖沢は手の指をケガしていて、ポーチを奪われた時、犯人のシャツの袖を掴んで血を付けたという。だが、芦野、宗近、原島のシャツの袖に血の痕はなかった。
早朝、プロゴルファーの伴野貞悟は海外ツアー挑戦のため、彼女の飯山来美に別れ話を切り出す。来美は慰謝料1億円を要求し、伴野は夜に食事しながら改めて話そうと頼む。約束は午後6時30分で、伴野は料理を仕度しておくと伝える。隣に住む帝丹小1年B組の副担任、若狭先生は登校時に2人の会話を偶然聞く。コナンたちは学校で一休さんの劇の練習をする。若狭は屏風にバケツの水をかけてしまい、帰宅して屏風に絵を描き直す事に。コナン、元太、光彦、歩美、哀も手伝うために若狭についていく。
若狭先生の隣りに住むプロゴルファーの伴野の部屋で、伴野の恋人の来美が殺害される。伴野は妙な女に襲われたと証言するが、コナンは来美を殺害したのは伴野だと確信する。数人のマンション住人は妙な女を目撃。エレベーターの防犯カメラにも女は映っていた。目暮たちは伴野の熱狂的ファンの犯行として捜査を進める。コナンは伴野が自分の顔に文字を書いたトリックを解けていなかったが、哀と元太の言動から事件の真相に近づいて…
シンイチ、ランとそのクラスメートは修学旅行で京都にやって来て、映画「ファイティングレッド天狗」のスタッフとキャストメンバーであるニシキとイハヤの殺害に巻き込まれます。犯罪現場に残された証拠は、殺人が天狗によって犯されたことを示唆しているようです。セラは、イハヤの死を取り巻く状況について容疑者に質問し、ケイコ、アガタ、マヤマのいずれかが彼を殺した可能性があると信じています。後で、モミジからのヒントは、シンイチと彼の友人が、暗号が京都の場所の名前を参照していることを理解するのに役立ち、暗号を解読することに一歩近づきました。圭子と元同級生に暗号を作ったデクリについて聞いてみると、デクリが5人に恨みを持っていたことが明らかになった。シンイチは、ケイコと彼女の元クラスメートについて、母親のユキコに電話をかけると、新しい情報を得る。真一が真実に迫る中、ホテルの受付係と綾小路警部に尋問し、犯人を特定。しかし、彼らを逮捕するのに十分な証拠がないので、シンイチは綾小路に助けを求めます。翌日、犯人は彼の最終目標に対して彼の動きをします...
警視庁交通部交通課の百崎橙子、八木紫織が立て続けに殺害された。 佐藤刑事、高木刑事、千葉刑事など警視庁の刑事たちは、八木の落下現場付近の聞き込み開始。一週間前に付近で別の事件が発生していたことを知る。そこに交通課の宮本由美がやってきて、“駐車禁止の標識”が２人のダイイングメッセージではないかと助言する。一週間前、百崎と八木が取り締まった青野健吾、赤峰萬治、白山祐三という３人の男性に容疑者は絞られるが、決定的な証拠はない。由美は、八木が残したもう一つのダイイングメッセージ『７１５５』から、さらなるヒントを得るために前日、２人と一緒にカラオケに行っていた三池苗子に電話をする。 そんな苗子の話を聞き『由美』という名前に怒りを燃やす怪しい男がいた…。 一方、現場にやってきた江戸川コナンは千葉刑事に声をかけ、現在の捜査状況を知る。コナンは千葉刑事に車で送ってもらっている最中、あることに気が付く…。
江戸川コナンは、警視庁交通部交通課の八木紫織が殺害された現場で千葉刑事に声をかけ捜査状況を確認。ダイイングメッセージなどから犯人が、一週間前、運転中にスマホをいじっていたことで交通違反の取り締まりを受けた青野健吾であることを特定する。さらに佐藤刑事たちは、取り締まりを受けていた際に“由美”という名前を耳にしていたことを知る。実際には二人の友人だが、交友関係から同じ交通部の宮本由美が狙われるのではないかと、犯人の捜索が始まる。しかし、犯人の姿は見つからず、由美ともなかなか連絡が取れない。そのころ三池苗子は、由美の連絡先を聞きだそうとする青野に監禁されていた。決死の覚悟で千葉刑事に連絡を入れるが喋ることができず、監禁場所のヒントを残すだけで携帯電話を取り上げられてしまう…。
コナンと蘭は、駅前で失踪した妻を探す男性・樋口正樹と出会う。妻の樋口知実が失踪した日は、お祝いをする予定で、財布や携帯電話も自宅に置いたままだという。事件だと考えたコナンと小五郎は、樋口の自宅近くで聞き込みを開始するが、目撃情報も少ない。 そんな中、『今夜は許して！』『殺すのは明日にして！』など河原で物騒な言葉を聞いたという青年、正樹と知実が怒鳴り合う声を聞いたという主婦、公園で『私を追い出して！』と叫んでいる知実を見かけたという女性の目撃証言を得る。出てきた話は正樹と知実が揉めていたというようなものばかり。 さらに「奥さんの遺体を庭に埋めていた」という匿名の通報で目暮警部、高木刑事たちがやってくる。庭の捜索を始めると、そこから遺体が発見され…。
とあるマダムに依頼され、行方不明になったペットの“アルマジロ君”を探すことになったコナンと小五郎。捜査中に乗ったタクシーの運転手は小五郎の大ファンで猛アプローチ！ 先ほど乗車した不審な“サングラスの兄弟”について語り、その道順を案内し始める。 兄弟は行き先を告げず遠回りし、小さな百円パーキングで降りて行ったという。その後、向かっていった公園では『お化け煙突祭り』のお囃子の練習が行われていた。 ハロウィンの影響で盛り上がっている『お化け煙突祭り』では、売上金を大きな金庫で管理しており、それは当日の交通規制で銀行の集金車が回収しに来ることになっている。コナンは、兄弟がこの売上金を狙っているのではと推理する。
投資会社社長の土田義博にボディーガードを依頼された小五郎は、コナンと共に様子を見に行く。そこには顧客である北村満や阪東篤子がいた。彼らは「詐欺だ！」と怒り心頭。投資の内容を見た小五郎も「法に触れているのでは？」と依頼を断って帰ろうとする。 しかしそのとき悲鳴が聞こえ、コナンと小五郎が駆けつけると、そこには呆然としている事務員・永瀬綾子の姿と、倒れている土田がいた。さらに、扉の向こうにはナイフを胸に刺された秘書・梶浦勇人の姿が……。そこに外で梶浦を待っていたという恋人・牧村希美もやってくる。 小五郎は、怒っていた顧客たちの中に犯人がいるのではと考え……。
公園にバードウォッチングにやってきたコナンたち少年探偵団は、“推理力向上”のために双眼鏡で川の対岸の人間観察を始める。職業あてをして遊んでいたところ、変装した高木刑事たちが張り込みをしているのを発見。どうやら、誘拐事件の現金の受け渡しが行われているようだ。向こう岸に行こうとするが、移動までの時間がかかるため、そのまま見守ることにする。 その後、現金の受け渡しに犯人が現れ確保されるが、コナンは何か引っかかる。犯人は、誘拐事件ではなく、特殊詐欺の受け子だった。少年探偵団の面々は、それぞれ犯人らしき人物に目星をつけ観察しはじめ……。
小五郎のもとに「大切なブローチを盗まれた」という女性・香苗がやってくる。香苗は犯人から『宝物のブローチは預かった。返して欲しければ、あの世まで取りに来い。公園だ。ただし、警察に知らせたらお宝は即刻処分する』という手紙を受け取っていた。 指定された公園に向かった小五郎と香苗は、そこにあったカラクリ時計から新たな手紙を発見する。そこには二人の行動を見張っていたような文章と次の場所が指定されていた。手紙の“あの世まで”という言葉、そしてたびたび起こる危険に小五郎は香苗が命を狙われているのではと考える。 次々に場所を移動させられていた小五郎は、２年前に解決した“ある事件”を思い出していた……。
毛利小五郎探偵事務所に、高木刑事と佐藤刑事がやってくる。「最近、おかしな事件がいくつも起きている」という２人は、事件の資料を小五郎に見せる。 事件の内容は結婚詐欺、銀行殺人、空き巣……とバラバラ。しかし、これらの事件には共通点があり”事件のプロット”が証拠品の中に必ず入っているというのだ。捕まった犯人たちの供述によると「犯罪アドバイザー」から犯罪計画書を売ってもらったという。居場所を突き止めた２人は警察側のアドバイザーとして小五郎に白羽の矢を立てたのだった。 ”現代のモリアーティ”と名乗った犯罪アドバイザーの浜中繰は、「犯罪小説のプロットを売っている」と言って自分のやってきたことを認め、犯罪教唆で逮捕される。佐藤刑事の凄みに押され、かかわっている事件について浜中は話し始めるが、『石神隆復習計画』というプロットの容疑者だけが見当たらず……。
江戸川コナンたち少年探偵団が、公園を通りかかるとそこには傷だらけの猫がいた。猫はどうやら何者かに暴行を受けたようだ。急いで病院に連れて行き、少年探偵団は猫の爪に残っていた血痕と繊維から犯人捜しを開始する。 そんな中、目暮警部たちの乗る覆面パトカーを目撃。追いかけると規制線の張られた『坊っちゃん亭』という料亭があった。『坊っちゃん亭』は、夏目漱石の有名な小説『坊っちゃん』を再現した料亭。そこでは、接客係主任の“うらなり”が遺体となって発見されていたのだ。 彼の上着は、猫の爪に残ってた繊維と酷似していて……。
コナンたち少年探偵団がケガをした猫を保護した日、夏目漱石の小説『坊っちゃん』を再現した料亭『坊っちゃん亭』で接客係主任の“うらなり”が遺体となって発見された。警察の捜査が進む中、犯人の有力候補と思われた経営者の“赤シャツ”までもが、翌日、遺体となって発見される。警察は逃られないと思い詰めた末の自殺だと考える。 しかし、“うらなり”の遺体が移動させられていたことに気が付いたコナンは、敷地内に住んでいた“赤シャツ”に疑いの目を向けさせるための偽装だと見抜く。 そのことを小五郎や目暮警部に伝えようとするコナンを止め「あの猫にひどいことした犯人、私たちで見つけたい！」という歩美の提案により、少年探偵団はそちらの犯人について捜査することにする……。
平次と和葉は、コナンたちと博物館“鈴木ミュージアム”に行くため、新幹線で東京に向かっていた。 鈴木ミュージアムには、世界最大級のコンクパール「妖精の唇(フェアリーリップ)」が展示されており、怪盗キッドがこれを狙っているらしい。コナンたちは鈴木次郎吉のキッドへの挑戦状でそのことを知る。挑戦状には「その宝石は全方向から速やかに見ていただける準備をしています」と書かれていた。 鈴木ミュージアムでは、「妖精の唇」を硬質ガラスでできた部屋で、巨大な氷柱の中に入れて展示。そこには中森警部とともに、長野県警本部捜査一課の諸伏高明警部がいた。 一方、怪盗キッドはすでに機動隊員に紛れて下見に来ており、高校生探偵２人と頭の切れる高明警部の存在を脅威に感じていた。予告状を出すことをためらっていたが、そこに「預けた本物のコンクパールの指輪に模造品を付け替えられて返された」と訴える人物が現れ……。
コナン、蘭、小五郎、そして大阪からやってきた平次、和葉は世界最大級のコンクパール「妖精の唇(フェアリーリップ)」を見るため、博物館“鈴木ミュージアム”にやってくる。 一方、「妖精の唇」を盗むと予告した怪盗キッドは和葉に変装して平次を翻弄。展示部屋に潜入し、氷の中にたくさんの宝石を増殖させるマジックをみせる。それが“フローラルアイスパフォーマンス”と高明警部が見破ったことにより、その場にいた平次と和葉は怪しまれる。しかし、入り口に設置されていたセンサーは反応せず、なんとか切り抜けることができた。 コナンは、言動から和葉が“怪盗キッドの変装”だと見抜く。コナンからその事実を伝えられた蘭と小五郎は“平次も気が付いており一緒にいるのは捕まえておくためだ”と怪盗キッドを泳がせることにするが……？
毛利小五郎探偵事務所に、武藤雅子という女性がやってくる。 雅子は姿を消した夫・武藤一誠を探しているという。先日、友人とランチをするために車を運転していた雅子は、勤務先ではない町で夫を見かけた。一緒にいた見知らぬ女性と別れたところで声をかけたが、何故か逃げられ姿を見失ってしまったというのだ。 コナンと小五郎は、自宅にあった名刺から夫が勤める会社を訪ねるが、そこは若い起業家達が安い資金で起業するために使う架空のオフィス“ヴァーチャルオフィス”だった。 夫はいったい、何をしていたのか……？
毛利小五郎事務所にやってきた武藤雅子の夫・武藤一誠。失踪していた彼の本来の仕事は貿易商ではなくリサイクル業者の社長だった。見栄を張って雅子に隠し事をしていたことを反省し、武藤夫婦は無事和解したかに思えた。 しかし翌日、一誠が遺体となって発見されたと探偵事務所に連絡が入り、急いでコナンと小五郎は現場に向かう。 遺体の死亡推定時刻は本日2時から6時の間。死因はまだわかっていなかったが、遺体は燃やされ黒焦げになっており、身元の判明を遅らせるためか歯がすべて抜かれていた。 コナンは、死亡したのは本当に一誠かと疑問を持つ。小五郎とともに会社へ聞き込みに行くと、無断欠勤している社員・野中貞彦の存在を知る。コナンと小五郎は、野中の自宅に向かうが彼の姿はない。そんな中、コナンはある所持品がないことに気が付き……。
レストランに食事に行ったコナン、蘭、小五郎は、そこで通販サイト『クレーノ』の社員たちが“会社解散パーティ”をひらいているのに出くわす。そこには、社長の呉野次郎、広報担当の戸田潤之介、商品管理担当の越元栄路、経理担当の成田摩由、ウェブデザイナーの上条広雄がいた。労いの言葉とともに花束を渡された呉野が倒れてしまう。その花束には、毒針が仕込まれていたのだ。 話を聞くと、参加者それぞれに殺害の動機があった。そんな中、従業員から花束の前にしゃがみこみ何か細工をしている越元の姿を目撃したとの証言が出てくる。参加者たちを再び集めるが、そこに越元の姿がなく……。
コナン、蘭、園子はショッピングモールに買い物に来ていた。そこでスマートフォンで操作できるアザラシのおもちゃを販売している４人のモデルを見かける。 そんな中、転んでしまったコナンは、蘭、園子とともにバックヤードで休憩させてもらうことになる。そこには、先ほど見かけたモデルたちがいた。西条彩華、深本舞衣、小諸美奈、大淀祐子の４人は、それぞれに雰囲気が悪く、特にＣＭのオーディションで争った彩華と舞衣は最悪なものだった。 買い物に戻ったコナン達だったが、直後に悲鳴が聞こえる。悲鳴の聞こえた倉庫に駆け付けると、そこには立ち尽くしている舞衣と、頭から血を流して倒れている彩華がいた。 彩華は、工事中だった倉庫の足場から転落したようで、事故、殺人どちらの可能性もあった。控え室のゴミ箱から『舞衣へ。さっきはごめんなさい。私、調子にのってた。謝りたいので、倉庫の二階に来て。彩華』という手紙が見つかり、現場にブローチが落ちていたことで、舞衣に疑いの目が向くが……。
コナンたち少年探偵団は登校中、歩美から「絵日記に何を書いていいか迷っている」と相談を受ける。それぞれに案を出し、コナンも「歩美ちゃんなりの観察眼で、毎日周囲を見渡すんだ。そうすればネタはきっと見つかるはずだよ」とアドバイスする。 そんななか、通学路にある米花町商店街の宝石店『金子宝石店』に人だかりができているのを見かける。店のショウウインドウには豪華な宝飾時計があった。店主が「町おこしのために」と仕入れた商品で、住民たちも興味津々の様子だ。装飾時計は世界に5本しかない限定品で、値段は億はくだらないという。当然、万全のセキュリティで守られているのだが、コナンは泥棒に狙われていることに気が付く。 そのきっかけは、コナンのアドバイスを受けて歩美が描いていた数日間の絵日記だった……。
毛利探偵事務所に依頼人・大出房矢がやってくる。房矢の依頼は、父親・大出頼太が殺害された事件の犯人を見つけてほしいというものだった。 事件は先週の水曜日、手倍町の自宅で発生。一人でいた頼太が何者かに頭を殴打され亡くなり、現金三十万円ほどが盗まれた。十日経った今も、犯人はまだ捕まっていないというのだ。 房矢は生真面目な父親への反発でグレていた時期があった。最近、姉が地元では有名な資産家一族の御曹司と婚約したのを聞きつけ、その頃のワル仲間が「婚約相手を自分たちにも紹介しろ」と迫ってきていたのだ。姉に迷惑をかけないよう家出を計画していたため、事件の日、在宅しているはずの時刻に家にいなかった。房矢は、そのせいで強盗に入られたのだと考え後悔していたのだった……。
依頼人・大出房矢が家出をしている間、自宅に1人でいた父親・頼太が強盗に入られ殺害された。コナンと小五郎は、盗みをした人物を見つけるが「殺害はしていない」という。 なかなか犯人像が見えない中、再び現場に向かうコナンたち。「ソファがあるにもかかわらず床で寝ていたのはなぜか」という疑問から、小五郎は睡眠薬を飲まされたと考える。そこで思い当たったのが、駅前で大出家の3人を薄笑いで見ていた女性・曽保呉美だった。呉美が薬剤師だと知った小五郎は、彼女に会いに行くことにする。 一方、コナンは姉の杏と、母親の伊緒に当日の話を聞き、殺害された時間に疑問を持つ……。
コナンは、蘭、園子とＳＮＳ映えすると評判のドーナツを出す町家カフェにやってくる。 しかし、店内には店長の富田智、店員の酒井千登勢、客も怪しげな2人しかいない。1人はずっと挙動不審な古川義久、もう1人はずっとドーナツを観察して撮影している野中健司。 そんななか、トイレに行った野中の悲鳴が聞こえる。そこには頭を殴られて倒れている富田の姿があった。 容疑者は店内にいた3人に絞られる。ずっとドーナツを揚げている音がしていた酒井、テーブルに居たことを全員が証言できる古川。一方で、被害者の次にトイレに行き、近くでカフェをやっていて「いつもこの店に偵察に来て、レシピを盗んでいっている」と言われる野中に疑いの目が向くが……。
コナン、蘭、園子、京極、世良の５人で映画を見に行った帰り道、拳銃を持ち女性を人質にとった男に遭遇。京極の活躍で事件は解決……と思いきや、それはＴＶドラマの撮影をしている俳優だった。京極は気絶してしまった俳優の代役を務めることになる。 コナン達が見学にやってきた撮影現場は廃校の校庭と四階の教室。そこには、監督の富岡茂松と助監督の尾取大策、俳優の徳園彩也、神明奈々子、メイクの油井英香、ＡＤの吠木曜太といった多くのスタッフがいた。京極は刑事役とアクションの練習を始める。 休憩後、四階から徳園が落下シーンを撮るためのカメラが校庭にセットされた。その時、悲鳴と共に徳園が落下し、四階の窓から京極が姿を現す……。
京極が代役を務めることになったＴＶドラマの撮影現場に、コナン、蘭、園子、世良は見学にやってくる。しかしそこで俳優の徳薗彩也が、撮影現場の校舎四階から転落する事件が発生する。 犯人に気づいたらしい助監督の尾取大策は、こっそりメッセージを送り何かを企んでいる様子。 徳薗のスマホが、四階の窓の外という不自然な場所に置かれていたことから警察は事件として捜査を開始する。 一方、世良はコナン達に“工藤新一”について「妙な薬飲んでないかな？」「新一くんがいる時、コナンくんいないんじゃないか？」などと探りを入れてきて……。
京極が代役を務めることになったＴＶドラマの撮影現場である校舎四階から俳優の徳薗彩也が、転落する事件が発生。捜査が進む中、助監督の尾取大策も毒殺されてしまう。直前まで持っていた飲み物のシェイクから毒物は発見されず、べつに食べ物などを渡した人物もいない。しかし尾取が所持いたはずのスマホが見当たらない。 コナンは捜査をしようとするが、一緒にいた世良が“工藤新一”さらには“灰原哀”についても探りを入れ始め、気が気ではない。 一方、少年探偵団と遊んでいた灰原は、話の流れから２５年前に倒産した“白鳩製薬”。そこで働いていた父・宮野厚司について語り始め……。
のどかな里山にある古民家カフェ・竹の家にやってきたコナン、蘭、小五郎。そこでは《奥穂里山フェス》が行われていたが、店内には古民家カフェ経営の夫婦・竹原玄一と竹原佐登子、鷹匠の赤柴徹、ポン菓子の実演を行う石間明彦しかおらず、フェスとは思えないほどガランとしている。それでもコナンたちはポン菓子や鷹匠を体験し楽しむ。 そんな中、イノシシ猟に出ていた玄一が銃で撃たれ負傷した姿で現れ、目の前で絶命してしまう。直前に、鷹匠の鷹がバランスを崩し、玄一がいた茂みの中に入っていたのを見ていたため、小五郎は「鷹に襲われそうになったことに驚き、身を守ろうとして咄嗟に猟銃を撃ったが暴発してしまった」と考える。 しかしコナンは、トイレに行った際に見かけた玄一と客でもない人物がコソコソと会って話をしていたことや、鷹がバランスを崩す前に何かが光ったことなどが引っかかり……。
コナンと小五郎は寂れた商店街を通りかかる。目に入った八百屋で買い物をしようとするが、店主の山崎は元気がない様子だ。そこへやってきた“疲れきった商店街を元気にするプロデューサー”マダム・ガガと、その助手・ラビット鈴木。 マダムは「商店街を盛り上げるため、プロレス大会を開催しましょう！」と呼びかける。 商店街の店主たちは様々なトレーニングで体を鍛え上げていき、小五郎もレフリーとして参加することになるが……。
公園で遊んでいたコナン、元太、光彦、歩美、灰原は、激しい犬の鳴き声と女性の悲鳴を聞く。現場に向かうと、主婦の山田幸子と愛犬のパンが目出し帽の男に襲われていた。飼い主を助けるかと思いきやどさくさに紛れて逃げだすパン。コナンたちが助けに入ったことで、幸子は難を逃れることができた。襲われた理由が分からない様子の幸子は戻って来たパンとともに帰宅するが、コナンたちは男の目的が気になり調査を始める。
横丁のイタリアンバルで店主の山浦と話しながら楽しい食事の時間を過ごしていたコナンと小五郎は、店の壁が破壊される現場に遭遇。犯人は横丁のオーナー・楠見だった。立ち退きを了承しない店への嫌がらせで、その心労で亡くなった店主もいるようだ。騒動を聞きつけてやってきた寿司屋店主・史緒と創作居酒屋店主・米沢の助力もあってなんとか楠見を追い払う。しばらくしてトイレに立った小五郎は、トイレである人物を発見し……。
コナン、蘭、小五郎は病院で揉める男性たちに出会う。彼らは『会澤フーズ』社長・謙蔵の息子で長男・涼一、次男・玲二、そして間に入っていたのが専務の板東。謙蔵は処置室に入っており、それが言い争いの原因らしい。三人は小五郎に“冷蔵倉庫で謙蔵が倒れていた状況”を伝えようとするが、その際に処置が終了。目を覚ました謙蔵に話を聞くと「疲れていて居眠りしてしまった」という。しかしコナンは謙蔵の言動に違和感を覚える。
コナンと蘭は、東京に来た和葉と縁結びにご利益がある杯戸神社へ向かう。特別な“１１５縁”の日ということで境内は人が多い。人気スポットだと知らなかった蘭は、和葉にどうやってここを知ったのか質問する。情報源は平次で、たまたま調べているのを見かけたのだという。最近の言動から平次も来ていると確信したコナンは、怪しい狐面の男を発見し追いかける。一方、和葉は人ごみに縁結び目的ではなさそうな人物を見
新装開店した駄菓子屋にやってきたコナンたち少年探偵団。チンドン屋が演奏しており、お祝いなのか駄菓子のスモモが配られる。初めての駄菓子に夢中になる歩美、光彦、元太だったが、コナンは興味がなさそうだ。そんなコナンに対して「大人ぶって思い上ってる！」と怒る元太。二人はケンカになり、コナンは一人で帰ることにする。その道中、路地から飛び出してきた老紳士が「オムライスの死体を見た！」と助けを求めてきて……!?
園子の招待で、新進気鋭のアーティスト・べこべ素子の展覧会にやってきたコナンと蘭。素子は、伝統的な赤べこと現代アートを融合させた前衛的な作品を発表しており、世界でも注目を集めているらしい。三人が展示会場を見て回っていたところ、叫び声が聞こえてくる。駆け付けると、そこには首を絞められて絶命している素子の遺体があった。 遺体の左手には赤べこ、右手の指の先には血のダイイングメッセージ『フク』が残されており、警察の捜査によると凶器はまだ特定できていないという。ダイイングメッセージから『フク』が付く人物が犯人の可能性があると言う園子。しかし展示会場には、第一発見者であり元交際相手のダンサー・福井純也、素子の事務所所長・福元俊晴、学生時代に同じ工房に居たことのある赤べこ職人・福良一という三人の『フク』が居た。それぞれ話を聞くが、三人とも素子と因縁があるようだ。しかし決定的なものはなく、コナンたちは名前の『フク』でない可能性も考え始めるが……。
不動産会社経営者・真田の依頼を受け自宅を訪れたコナンと小五郎。しかし真田は「依頼しようと思っていた件はもう結構」とキャンセル料を押し付けてくる。早く帰ってほしいという様子を見て小五郎が問い詰めると、真田は「殺害する気などなかった」と話し始める。三日前、真田の不動産屋に犬丸という男が訪ねてきた。身に覚えのない悪行で強請られた真田は友人の川勝にも相談していたが、ある事件が起こってしまう。
平次と和葉は、コナンたちと博物館“鈴木ミュージアム”に行くため、新幹線で東京に向かっていた。 鈴木ミュージアムには、世界最大級のコンクパール「妖精の唇(フェアリーリップ)」が展示されており、怪盗キッドがこれを狙っているらしい。コナンたちは鈴木次郎吉からキッドへの挑戦状でそのことを知る。挑戦状には「その宝石は全方向から涼やかに見ていただける準備をしています」と書かれていた。 鈴木ミュージアムでは、「妖精の唇」を硬質ガラスでできた部屋で、巨大な氷柱の中に入れて展示。そこには中森警部とともに、長野県警捜査一課の諸伏高明警部がいた。 一方、怪盗キッドはすでに機動隊員に紛れて下見に来ており、高校生探偵２人と頭の切れる高明警部の存在を脅威に感じていた。予告状を出すことをためらっていたが、そこに「預けた本物のコンクパールの指輪に模造品を付け替えられて返された」と訴える人物が現れ……。
毛利探偵事務所に、自宅マンションに中傷ビラが貼られるようになった真壁五月が依頼に来る。マンションで張り込みをしていた小五郎は、不審な若い男を取り押さえるが……。数日後、高級マンションの一室で遺体が発見された。被害者の堂場諒一は、周りの評判が悪い人物。匿名の電話によって、容疑者として五月が警察に呼び出される。五月はアリバイを主張するが、一緒に居たはずの弟は「誰にも会っていない」と言い出し……。
『探偵女子５』こと蘭、園子、灰原、歩美、佐藤刑事は「忍者の恰好で指定された場所へ行く」という怪しい高額バイトの求人に犯罪の匂いを感じ、潜入捜査をすることにする。
小五郎は、文芸評論家・上湯鷹彦から「地方に行く三日間、家で留守番をしてほしい」という依頼を受ける。探偵の仕事とは思えずに断る予定だったが、報酬が高いわりに、やることは飼い猫の世話で、気になることは二日目に入るという工事の騒音程度。家にある酒や食べ物は自由で、コナンと蘭も呼んでいいという好条件だったため、小五郎は依頼を引き受けることにする。しかし上湯邸でくつろいでいると、次々と客が訪ねてきて……。
コナンたち少年探偵団は、小林先生の引率で乱歩邸を訪れる。江戸川乱歩が書庫として使用していた土蔵には貴重な本が大量にあり、コナンたちは大興奮。そこへ佐藤刑事と高木刑事が訪れ、近くの公園で殺害事件が発生したことを告げる。しかも、被害者の遺留品は普段公開していない土蔵に関係していたようで……。この難事件に現代の少年探偵団が挑む！
コナンたち少年探偵団と小林先生は、江戸川乱歩邸の管理者・五藤教授に土蔵の中を案内してもらう。しかし五藤は、警察に殺害事件の容疑者として連れていかれてしまった。被害者は、乱歩の作品を愛読する人の集まり『乱歩会』に所属しており、前日に土蔵を見学、五藤と言い争いになっていた。その後、『乱歩会』の奥元了介の遺体が土蔵内で発見される。他の『乱歩会』メンバーの三人にはアリバイが無く、事件として捜査が始まる。
世界中を股に掛けて宝石を狙う怪盗キッドのところに、彼との対決に執念を燃やす大富豪・鈴木次郎吉からの挑戦状が舞い込む。世界最大の飛行船ベルツリー号の宝石“天空の貴婦人”を盗んでみろという次郎吉の申し出を知らされ、コナンや蘭、小五郎も駆けつけるが……。
12月のある日、再選を果たした朝倉都知事宛に謎の脅迫状が届き、翌日開通したばかりの地下鉄トンネルが爆破された！ コナンの機転で怪我人は出なかったものの、犯人は朝倉都知事が国土交通大臣時代に建設したダムの関係者だと思われ、コナンたちはダムが建設された新潟県へ向かう。移設5周年の記念式典を迎え多くの観光客で賑わう村、コナンは調査を始めるが、その矢先、雪原で不審な男性遺体が発見され…。
米花町の銀行に保管されているチェリーサファイアを強奪したルパン三世。銭形警部らの追跡を巻いたルパンは、謎の男アラン・スミシーと電話で連絡。同じ頃、超人気アイドルのエミリオが美人マネージャーのクラウディアを伴い来日。その際、コナンはエミリオのボディーガードをしている人物が、ルパン一味の次元大介だと見破る。そんな中、エミリオに脅迫状が届き……。
シンガポールのマリーナベイ・サンズにあるラウンジバーで、実業家で犯罪行動心理学者のレオン・ローが弁護士のシェリリン・タンとある取引について話し合った直後、シェリリンが何者かに刺殺され彼女の車も爆破される。爆破の影響でホテルが停電し宿泊客らがパニックに陥る中、ほぼ同時刻に1階に到着したレオンが冷静に現場保存に努める。パニックも収まり、マーク・アイダン警部補率いるシンガポール警察が予備警察官のリシ・ラマナサンと共に殺害現場に到着し調べると、そこには何故か「血まみれになった怪盗キッドのカード」が残されており、その直後にマーライオンの口から赤い水が吐き出される。
4年に1度のスポーツの祭典「WSG ワールド・スポーツ・ゲームス」で賑わう東京。開会式では最高時速1000キロを叩き出す世界初の「真空超電導リニア」の開発が発表される。そんな中、名だたる企業のトップたちが、次々と拉致される事件が発生。一方、混乱に陥る会場を、FBIを待機させた赤井秀一が監視していた。
本庁の刑事恋物語～結婚前夜
