Sonoko, Ran, and Conan go to the school where they discover the real Dr. Araide is back. He informs Conan of what happened, and told him that Jodie told him to tell him everything. Later, Sonoko rants on about the death of a student terrorizing the school, and tells them stories to support this claim. Later the desk is found outside with a name on it. What's strange is that it's raining, yet, there's no footprints in the mud.
Conan va enquêter dans le lycée qu'il fréquentait quand il était Shinichi, ou de mystérieux éléments liés à la mort récente d'un élève surviennent. Le docteur Araide est encore troublé par l'affaire avec Vermouth.
Ran ist in Sorge, weil es an ihrer Schule spuken soll. Conan nimmt die Ermittlung auf. Ran und Sonoko assistieren ihm.
Conan, Ran, Sonoko e Araide (rientrato in città dopo la fuga di Vermouth) indagano sulla comparsa al liceo Teitan del fantasma di uno studente morto cadendo dalle scale. Ad un certo punto, il banco del ragazzo, che era nel magazzino di scuola, viene ritrovato nel cortile
Ran, Conan y Sonoko van al instituto de las chicas, donde el pequeño se encuentra con los compañeros de clase que tenía cuando era Shinichi. Las dos chicas comienzan a investigar, junto con el doctor Araide, el misterio que ocurre.
A l'institut de Teitan, on va la Ran, tothom està espantat perquè diuen que hi ha un fantasma. Asseguren que és l'esperit de l'Hosaka, un noi que fa uns dos anys va caure per les escales i es va matar. I és cert que passen coses estranyes: un dia troben el pupitre de l'Hosaka al gimnàs, un altre dia els llibres que havia demanat a la biblioteca apareixen fora dels prestatges i, per acabar-ho d'adobar, el pupitre torna a aparèixer a fora de l'Institut amb un paper que diu: "el meu rancor encara no ha desaparegut". Tot i que el terra és ple de fang a causa de la pluja, al voltant del pupitre no hi ha cap petjada sospitosa. Potser sí, que es tracta un fantasma, al capdavall. Però en Conan té una idea per enxampar el possible responsable del muntatge...