| Name | First Aired | Runtime | Image | |
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| S06E01 | 消えた凶器捜索事件 |
February 15, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E02 | 青の古城探索事件（前編） |
February 22, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E03 | 青の古城探索事件（後編） |
March 1, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E04 | 最後の上映殺人事件（前編） |
March 8, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E05 | 最後の上映殺人事件（後編） |
March 15, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E06 | SOS！歩美からのメッセージ |
April 12, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E07 | 結婚前夜の密室事件（前編） |
April 19, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E08 | 結婚前夜の密室事件（後編） |
April 26, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E09 | 疑惑の天体観測 |
May 3, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E10 | 上野発北斗星３号（前編） |
May 10, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E11 | 上野発北斗星３号（後編） |
May 17, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E12 | 本庁の刑事恋物語（前編） |
May 24, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E13 | 本庁の刑事恋物語（後編） |
May 31, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E14 | 路面電車急停止事件 |
June 7, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E15 | 遊園地バンジー事件 |
June 21, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E16 | 自動車爆発事件の真相（前編） |
June 28, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E17 | 自動車爆発事件の真相（後編） |
July 5, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E18 | 謎の老人失踪事件 |
July 12, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E19 | 園子のアブない夏物語（前編） |
July 19, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E20 | 園子のアブない夏物語（後編） |
July 26, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E21 | 水中の鍵密室事件 |
August 2, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E22 | 本庁の刑事恋物語２（前編） |
August 9, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E23 | 本庁の刑事恋物語２（後編） |
August 16, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E24 | 沈黙の環状線 |
August 23, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E25 | 怪奇五重塔伝説（前編） |
September 6, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E26 | 怪奇五重塔伝説（後編） |
September 13, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E27 | 流水亭に流れる殺意 |
September 20, 1999
YTV (JP)
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25 | |
| S06E28 |
空飛ぶ密室 工藤新一最初の事件
season finale
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September 27, 1999
YTV (JP)
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