Die Detective Boys, Kogoro, Ran und Sonoko machen Urlaub in Kyoto. Dort besuchen sie, mit Ausnahme von Kogoro, zu aller erst ein Schokoladen-Geschäft, um dort regionale Schokolade zu erwerben. Doch leider sind die sogenannten "Kyoto Vögel" auf merkwürdige Weise verschwunden. Die Verkäuferin ist sich jedoch ziemlich sicher, dass am heutigen Morgen 40 Kisten von diesen geliefert wurden. Kurz darauf erscheint Kozo Umehara, der zuständige Lieferant und erzählt, dass auch viele der anderen Geschäfte keine Schokolade mehr haben. Herr Umeharas Angestellte können sogar noch weitere Geschäfte ausfindig machen, denen die Schokolade ebenfalls gestohlen wurde. Auch Kogoro erscheint etwas später und bietet seine Hilfe an.
Conan, Mitsuhiko, Ayumi and Genta has been elected to experience the voyage of Maritime Self-Defense Force Aegis, in meanwhile they come across a stolen sweet case
Conan, Mitsuhiko, Ayumi et Genta ont été élus pour vivre le voyage de la Force maritime d’autodéfense Aegis, dans l’intervalle, ils tombent sur une mallette volée
Durante le vacanze, Conan, Ran, Sonoko, Kogoro ed i Detective Boys si recano a Kyoto. Le ragazze vogliono comprare i tipici dolci al cioccolato, ma sono spariti in tutti i negozi. Il presidente dell'azienda dolciaria chiede aiuto a Kogoro. Arriva anche l'ispettore Ayanokoji con il suo scoiattolo, ma è fuori servizio e deve chiamare il suo assistente, l'agente Kurumazaki. Il sospetto è una giovane ragazza di Osaka, ma Mitsuhiko scopre che, proprio come Ran, era alla ricerca dei dolci. Conan scopre la verità e rivela la soluzione sfruttando il fatto che Kogoro è già stato tramortito da Ran come punizione per aver bevuto eccessivamente durante un caso. I colpevoli sono i due chef (padre e figlio): hanno simulato il furto di dolci mai prodotti per non venderli durante il primo anniversario della morte del loro ex-capo, poiché li odiava. L'attuale presidente decide allora di non denunciarli alla polizia per truffa, ma soprattutto di non oltraggiare la memoria del suo predecessore. Quella notte, mentre Conan e gli altri dormono esausti in un albergo, la nave da guerra Hotaka è già ancorata al porto della baia di Maizuru e quella delle spie americane con materiali esplosivi si avvicina alla costa dove si trova il faro.
이지스 함 승선을 위해 교토를 방문한 소년 탐정단의 보호자로서 따라온 코고로와 소노코. 란의 제안에 따라 화과자점을 방문한 탐정단 일행은 초코맛 화과자가 5개의 화과자점에서 사라진 사건과 조우. 탐문 과정에서 분홍색 자동차를 운전한 분홍색 드레스의 여성이 용의자로 떠오르지만 코난이 생각하기엔 선대 사장에 일어난 사건에는 모두가 모르는 다른 내막이 숨겨져 있다는 예감을 직면하게 되는데... 마지막엔 극장판 17기 절해의 탐정 편이 언급 된다.
Conan y los demás se dirigen al puerto de Kyoto por lo que primero llegan a la estación de Kyoto. Mientras están visitando los alrededores de la ciudad ¡Se involucrarán en un caso!
Conan i els altres es dirigeixen al port de Kyoto pel que primer arriben a l'estació de Kyoto. Mentre estan visitant els voltants de la ciutat S'involucraran en un cas!
