Conan, Kogorou, and Ran are investigating a strange string of murders and cross paths with Heiji and Kazuha, who are also investigating the same crimes. They learn that the murders are linked to Takeda Shingen and his chosen war strategy Fuurinkazan.
Kogorô est appelé pour une affaire des plus étranges, où un homme a été retrouvé mort, un cadavre de mille-pattes posé à son côté. Par hasard, Hattori Heiji est aussi sur l'enquête, lui appelé par la famille rivale de celle de la première enquête, dont l'un des membres a aussi été assassiné, un mille-pattes déposé près du cadavre. Les détectives de l'Est et l'Ouest vont s'associer à nouveau, avec l'aide d'un membre des forces de l'ordre bourru du nom de Yamato Kansuke.
Kogoro viene assunto dalla famiglia Torada per indagare sulla morte di Yoshiro Torada. Il ragazzo è stato risucchiato da un tornado, ma qualcuno, invece di aiutarlo, ha lasciato un millepiedi accanto al capo del cadavere. I Torada credono che il colpevole sia una persona della famiglia Tatsuo, una famiglia rivale
La familia Torada llama a Kogoro, Ran y Conan. Su hijo fue asesinado hace unos años y creen que el asesino es alguien de la familia Tatsuo. A su vez, la familia Tatsuo llama a Heiji y Kazuha porque su hijo también fue asesinado supuestamente por alguien de la familia Torada. El elemento común, es que, en ambos crímenes, al lado se encontró un ciempiés muerto.
