Following the encounter with the Black Organization, the FBI requests Haibara to go into Witness Protection. The Detective Boy’s stumble onto a case that Takagi and Sato are pursuing.
Conan et Ai se remettent tranquillement des aventures de l'affaire précédente. Alors que Ai doit prendre une terrible décision pour son futur, Ayumi est mêlée à une enquête en rentrant de l'école.
Die Detective Boys und Kommissarin Sato jagen einen Serienkiller.
Ran e Sonoko vanno a trovare Jodie in ospedale. Anche James Black fa visita a Jodie . Il giorno successivo Ayumi viene scaraventata a terra da un uomo che sta scappando dopo aver ferito una ragazza. L'unico indizio che i Detective Boys hanno per trovare l'uomo è una "S" al contrario rimasta impressa per un attimo sulla mano di Ayumi dopo che questa l'ha appoggiata su un oggetto metallico che poi l'aggressore ha recuperato
Ayumi ve la marca que tiene un ladrón y resulta ser la misma que tiene Genta en el pantalón. Resulta que se le quedó la marca de un coche cuando se sentó encima. Conan, junto a Sato y Takagi, intentará encontrar al ladrón.
L'Ai ja es troba bé del seu refredat, i pot tornar a l'escola. Mentrestant, la Jodie es recupera de la seva ferida a l'hospital. La Ran i la Sonoko la van a veure i totes tres recorden com van salvar l'Ai de la Vermouth. En Conan, l'Ayumi, en Genta i en Mitsuhiko tornen junts cap a casa des de l'escola. Quan l'Ayumi s'acomiada d'ells per seguir sola cap a casa seva, topa amb un home que porta una gavardina i els dos cauen a terra. Resulta que l'home, que fuig de seguida, és un assassí que corria pel barri i, de resultes de la topada, a l'Ayumi li queda un número cinc gravat a la mà. I això no és tot, perquè aviat descobreixen que en Genta... té el mateix número marcat al cul! I... com és que el cotxe de la inspectora Sato té la mateixa marca?
