Conan klärt noch immer mit Kogoros Stimme den Mord an Etsuto Murobashi auf. Taisaku Noto wirft ein, dass Satoru Ando, den Kogoro als Täter identifiziert hat, nicht einfach ein zusätzliches Glied in die Sicherheitskette hätte einfügen können. Außerdem wäre der Plan missglückt, wäre die Lampe über seiner Kabine nicht defekt gewesen. Auch Mari Idenami argumentiert, dass sie nur den Zugbegleiter gerufen hat, da die Weckeruhr geklingelt hatte. Auch dies hätte der Täter nicht vorhersehen können. Doch Kogoro erwidert, dass der Zugbegleiter erwähnt hatte, dass die Uniform eines Kollegen fehlt, wofür auch Ando verantwortlich ist. Er verkleidete sich als ein Schaffner, um Vorbereitungen für den Mord treffen zu können und präparierte somit Kette, Lampe und Weckeruhr zuvor. Ando verteidigt sich nicht mehr und erzählt die Beweggründe für seine Tat. Vor etwa zwei Jahren erkannte er eines seiner Bilder auf einer Auktion wieder, obwohl dieses bei dem Feuer vor fünf Jahren hätte verbrannt sein müssen. Er fand heraus, dass der Besitzer des Gemäldes Murobashi war und schlussfolgerte, dass Murobashi das Gemälde damals stahl und anschließend das Feuer legte, um den Diebstahl zu vertuschen. Jedoch beachtete er dabei nicht, dass zahlreiche Menschen sterben würden. Ando wollte Murobashi eigentlich dazu bewegen, seine Tat zu gestehen, doch als dieser eine abfällige Bemerkung machte, die sich auf das Feuer von vor fünf Jahren bezog, bei dem auch Andos Frau starb, änderte er seinen Plan und entschied, Murobashi zu töten.
All the lines of truth will be crossed in Mystery train, Bourbon identity finally revealed, Conan unable to do anything ! Secret of Scar Akai revealed ! What could be worst than drama explosion that will change whole storyline !!
L’énigme du meurtre en chambre close est résolue, mais les stratagèmes du Mystery Train viennent à peine de prendre leur essor. L’affrontement au sommet entre l’Organisation des hommes en noir et les survivants de leurs terribles machinations se développe alors que Yukiko et Vermouth discutent. Malgré les apparences, il semblerait que les invités spéciaux de Shinichi vont permettre de changer la donne.
Conan, utilizzando la voce di Kogoro, spiega come l'assassino abbia potuto inscenare un delitto a porte chiuse. Nel frattempo Yukiko parla con Vermouth e le dice che Shinichi presume che la donna non abbia parlato ai suoi compagni del fatto che l'apotoxina rimpicciolisca le persone. Inoltre, la madre di Shinichi è a conoscenza del fatto che Sharon ha richiesto all'ingegner Itakura un particolare software che può avere qualche attinenza con la creazione del farmaco. Vermouth afferma però di aver scoperto che Yukiko vuole fingersi Shiho e far perdere le sue tracce all'organizzazione. Sharon aziona, quindi, dei fumogeni che fanno pensare ai passeggeri che ci sia un incendio a bordo. Ai, ormai tornata adulta, si reca verso il finto incendio, separandosi da tutti gli altri. Qui la ragazza incontra Tooru Amuro che le rivela di essere Bourbon. Il malvivente la conduce sul fondo del treno con l'intenzione di sganciare gli ultimi vagoni e fare in modo che Sherry venga prelevata dai suoi complici.
코난이 범인을 쫓아 추궁하고 있을 때에 6호차 E실에서 유키코는 베르무트하고 대치하고 있다. 베르무트는 아이를 밝혀내기 위해 발연제로 연기가 피어오른다. 코난 일행은 이걸 화재로 착각해서 앞차로 피난하고 아무도 없는 8호차에서 쉐리의 모습으로한 아이가 돌아온다. 그러자 아이 뒤에 버본이 오는데...
Yukiko, que estaba también a bordo del tren, arrincona a su amiga y empiezan a tener una interesante charla, pero Sharon inicia un incendio en el tren. Con una gran humareda por los vagones, aparece Haibara transformada en Sherry, que sabe que no tiene escapatoria. En ese momento "alguien" la encuentra y se enfrenta a ella revelando su verdadera identidad... es Bourbon que tiene preparado un plan para capturarla con ayuda de Vermouth. Cuando todo parece indicar que es el fin, un invitado muy especial sale a escena.
Yukiko, que estava també a bord del tren, arracona la seva amiga i comencen a tenir una interessant xerrada, però Sharon inicia un incendi al tren. Amb una gran fumera pels vagons, apareix Haibara transformada en Sherry, que sap que no té escapatòria. En aquell moment "algú" la troba i s'hi enfronta revelant la seva veritable identitat... és Bourbon que té preparat un pla per capturar-la amb ajuda de Vermouth. Quan tot sembla indicar que és la fi, un convidat molt especial surt a escena.
