ハルジオンの町に立ち寄った新人魔導士の少女・ルーシィは、サラマンダーと名乗るキザな魔導士にナゼか心を奪われてしまう。それは魅了(チャーム)という“相手の心を術者に惹きつける”禁止された魔法のせいだった！偶然、出会った少年・ナツと猫のハッピーのおかげで難を逃れたルーシィだったが、サラマンダーが憧れのギルド・｢妖精の尻尾｣(フェアリーテイル)の魔導士だと聞き、彼の主催する船上パーティーに参加することに！だけど、そこでルーシィを待ち受けていたのは、とんでもない陰謀だった！？
ナツに誘われ、晴れて｢妖精の尻尾｣(フェアリーテイル)の一員となり、期待に胸をふくらませるルーシィ！だけど、その直後、ちょっとした問題を目の当たりにすることに。ギルド仲間のマカオが｢仕事｣に出たっきり、一週間も帰ってこないというのだ。マカオを探しにギルドを飛び出したナツに、興味本位(？)で同行するルーシィは、マカオの仕事内容を知ってビックリ！たどり着いた場所は、猛吹雪！！なぜなら依頼は、凶悪モンスター“バルカン”の討伐！！燃えまくるナツを尻目に、ルーシィはビビリまくりです！！
お気にの新居も決まってご機嫌のルーシィは、ナツとハッピーとチームを組んで、ついに初仕事へ！依頼の内容は、｢エバルー公爵の屋敷から一冊の本を取ってくる｣というもの。和気あいあいと出かける三人！一方その頃、｢妖精の尻尾｣(フェアリーテイル)では、みんなの騒めきが‥‥。ナント、依頼の報酬が急に10倍にアップしたのだ！！依頼内容もナゼか変更されて｢本の破棄｣に！！報酬アップに燃えまくるナツたち。だけど、この依頼、な～んかイヤな予感が！？
依頼の本・｢DAYBREAK｣(デイブレイク)には隠された秘密があった！？エバルーが“自分を主人公に”無理矢理書かせた、一見駄作のこの小説には、魔導士でもあった作者・ケム・ザレオンの、ある魔法がかけられていたのだ。そのことに気づいたルーシィは本を破棄せずに、依頼主のカービィ氏に届けることを決意！自分の悪事の数々を漏らされると思い、必死に襲いかかってくるエバルー！星霊と共に迎え撃つルーシィ！！ルーシィが届けたい“本当の秘密”、その意味とは！？
定例会でマスター不在の｢妖精の尻尾(フェアリーテイル)｣に、鎧を纏った最強の女魔導士・エルザが帰ってきた！風紀員のごとく皆を仕切る彼女の迫力に、新入りのルーシィもビックリ！！そんなエルザが突如、ナツとグレイにチームの結成を呼びかける。闇ギルド・鉄の森(アイゼンヴァルト)の不穏な動きを調査しようというのだ。この最強チーム(？)に同行することになったルーシィは期待と不安でいっぱい！！一方、アイゼンヴァルトの連中は“ララバイ”という魔法で何やらヤバイ計画を進行中のようで！？
魔笛・ララバイとは、その音色を聞いた者全てを滅ぼす集団呪殺魔法だった！！そして、アイゼンヴァルトの死神・エリゴール率いる一団はオシバナ駅を占拠！その動きを察知し駆けつけたエルザたちに対し、ララバイを周辺に鳴り響かせることを宣言する。計画の実行のために、その場を立ち去るエリゴールを追って、さっそく戦闘開始！！エルザの活躍で戦況は有利に働くものの、エリゴールには何やら別の目的があるみたいで‥‥！？
アイゼンヴァルトの本当の目的は、ギルドマスターの集う定例会でララバイを放つことだった！邪悪な計画を遂行すべく、着々と定例会会場を目指すエリゴール。しかし、ナツたちはエリゴールの仕掛けた風の結界・魔風壁(まふうへき)によって駅構内に閉じ込められ、成す術なく立ち往生！！このままではマスターたちの命が危ない！！そんな時、一筋の光明が！！その希望とは‥え！？ルーシィ！？
魔風壁(まふうへき)を突破し、エリゴールに追いついたナツ！！“風”を操るエリゴールに対し、ナツの“炎”は歯が立たず大ピンチ！！しかし、風の弱点に気づいたハッピーの機転で、ナツの滅竜魔法(めつりゅうまほう)が炸裂、大逆転勝利をおさめる！！遅れて駆けつけたルーシィたちも一安心‥と思いきや、エリゴールの手下のカゲヤマが一瞬の隙をついてララバイを奪取、マスターたちの下へ向かってしまう！！一難去ってまた一難、今度こそ“ララバイ”は止められない！？
闇ギルド・アイゼンヴァルトの邪悪な企てを阻止したナツたちが、帰路の途中に迷い込んだのはクローバー大峡谷の奥‥そこは大自然の迷宮！？何やら怪しい廃村にたどり着いたものの、そこへ容赦なく空腹が襲ってくる！空腹は異常事態よりも優先だ！！ってことで、うごめく家、駆け回るイス、飢えたナツたちは何でもいいから食べようとして‥‥！？しかし、この村には意外な真実が秘められていた！！
ケンカ上等！！炎の滅竜魔導士(ドラゴンスレイヤー)・ナツと鎧の妖精女王(ティターニア)・エルザの戦いに盛り上がるフェアリーテイル！！荒くれ者たちが集うこのギルド、語り合うにはやっぱり拳！！格上のエルザに対し、気合十分のナツも一歩も退かない！！二人の白熱のケンカの行方は！？そして一方、評議院ではアイゼンヴァルト事件における｢妖精の尻尾(フェアリーテイル)｣の行動が問題になっていた。その内容は‥エルザの逮捕！？
S級クエスト‥それはマスターに認められた魔導士だけに認められる危険な依頼！！‥‥なんだけど、そのS級クエストにナツ&ハッピー&ルーシィが勝手に行ちゃった！！向かった先は、｢呪われた島・ガルナ島｣。ナント、そこに住む人々は、月の魔力によって悪魔の姿に変化してしまっていた！！そこで、ナツたちが聞かされた呪いを解く方法は唯一つ‥｢月を破壊する事｣！？この依頼、一体どーなるの！？
呪いを解くヒントを探す為、島を探索するナツたちは、何だか怪しい遺跡にたどり着く。そこで発見したものはナント、かつてグレイの師匠・ウルが北の大陸に封印したはずの不死身の悪魔・デリオラだった！！そして、月の魔力を使って、その封印を解こうとしている零帝と名乗る男とその一味に遭遇、零帝の声を聞いたグレイは激しく動揺する！！ガルナ島の呪いとデリオラには何か関係が！？グレイと零帝との関係は！？この呪いに潜む“因縁”とは！？
零帝・リオンの手下が村を襲撃！！空から容赦なく“毒毒ゼリー”を浴びせかけ、村は壊滅状態に！！怒りに燃えるナツの相手は、“魔法の効かない”魔導士・波動のユウカ&毒爪のトビー！！そしてルーシィは“人形撃”駆使するシェリーに星霊を操られて大ピンチ！！グレイが戦線離脱し劣勢の中、相性最悪の敵を相手に、ナツたちは勝機をつかめるか！？
星霊を操られ、勝機を見い出せないルーシィ！だけど、決してあきらめないのが｢妖精の尻尾(フェアリーテイル)｣の魔導士！！ルーシィは、切り札の星霊・アクエリアスを召喚、捨て身の一手に出るが‥‥！？一方、一人でリオンの下に向かったナツは、遺跡を破壊し傾かせ、デリオラ復活の儀式を阻止する！！暴走するリオンとの第2ラウンド‥今度こそ炎の拳をブチかませ！！
ついに明かされるグレイとリオンの因縁。10年前‥デリオラに家族を奪われ、傷ついたグレイを救ったのは、ウルとリオンだったのだ。ウルに弟子入りしたグレイは、リオンと共に造形魔法の修行に明け暮れる。しかしその矢先、デリオラの所在を耳にしたグレイは、無謀にもデリオラに戦いを挑んでしまう。そのことが引き起こした悲劇とは！？罪を背負ったグレイと、夢を失ったリオン‥‥二人の決着をつける時がきた！！
ウルが命をかけて封じたデリオラ。その復活を阻止しようと、グレイは捨て身の攻撃でリオンに挑む。一方、ナツの相手は仮面をかぶった変な奴・ザルティ。なんと、時を操る魔法でナツが傾かせた遺跡を復元し、ムーンドリップを再開させてしまう！！氷が溶けだし、轟くデリオラの咆哮！！厄災の悪魔復活も、もう時間の問題‥その時、グレイが決意した“覚悟”とは！？
響き渡るデリオラの咆哮！！ナツは“時を操る”ザルティと対峙、エルザは儀式の阻止を計るが、奮闘むなしく、ついに不死身の悪魔が復活してしまう！！ウルと同じく、その命を犠牲にする魔法“絶対氷結(アイスドシェル)”で、デリオラを再び封印しようとするグレイ！！それを制するナツ！！そして、デリオラの凶悪なる拳がナツたちを捉えようとした瞬間、事態は予期しえぬ展開に‥‥！？
｢今から、あの月を破壊する｣‥‥デリオラを倒しても、悪魔の姿が解けない村人たちを前に、エルザが堂々と宣言！？投擲力を上げる“巨人の鎧”を纏い、闇を退ける力を持つ“破邪の槍”をナツの炎で加速させて、月に向かって全力投擲！？自信満々のエルザだけど、そんなの月に届くはずがない‥‥って、本当に月が割れちゃった！？なんと、そこには意外な真実が隠されていて‥‥！？
｢この文字の意味を解いてください｣‥‥リクエストボードに張り出された奇妙な依頼書。そこに書かれた古代文字を読んだ途端、ナツとロキ、ルーシィとグレイ、そしてハッピーとエルザの人格が入れ替わっちゃった！？しかも、この古代魔法、30分以内に呪文を解除しないと元に戻れないらしい！？思いもよらぬ大ピンチに、ギルドはいつにもまして大騒ぎ！！みんな、一体どうなっちゃうの！？
ミラジェーンの口から語られる、在りし日の｢妖精の尻尾｣(フェアリーテイル)。そのキッカケは、ルーシィが偶然見つけた一枚の絵だった。そこには、幼い頃のナツにグレイ、エルザやミラ、エルフマンなどなど、6年前のみんなが描かれていて‥‥あれ！？でも、ハッピーがいない！！なぜかドラゴンはいるんだけど‥‥！？ルーシィの知らない、空飛ぶ不思議な猫・ハッピーの誕生秘話が明らかに！！
ギルド間抗争勃発！？何の前ぶれもなく｢幽鬼の支配者｣(ファントムロード)が｢妖精の尻尾｣(フェアリーテイル)を襲撃してきたのだ！！怒り心頭、報復しようとするナツたちを制するマカロフだったが、なんと、その魔手がレビィたちにまで及んでしまう！！さすがに堪忍袋の緒が切れたマカロフ、“戦争”を宣言し、ギルドのメンバーを率いてファントムロードに殴りこみをかける！！
怒りを拳に宿し戦う｢妖精の尻尾｣(フェアリーテイル)のメンバーたち！！ナツは鉄の滅竜魔導士(ドラゴンスレイヤー)・ガジルに、ギルドの誇りをかけて挑む！！攻勢をかけるフェアリーテイル‥‥そして、ついにマカロフは｢幽鬼の支配者｣(ファントムロード)のマスター・ジョゼと対峙する！！しかし、なんとジョゼの下には、捕らわれたルーシィが！！動揺を隠せないマカロフ！！奴らの本当の狙いはルーシィ！？この抗争の裏にある陰謀とは！？
マカロフの戦線離脱により、撤退を余儀なくされた｢妖精の尻尾｣(フェアリーテイル)！｢幽鬼の支配者｣(ファントムロード)の目的が自分だと知り、責任を感じるルーシィを励ますナツたち。そこへファントムロードが追い討ちをかけるべく、なんとギルドごと攻めてきた！！そしてジョゼは、魔導集束砲“ジュピター”でフェアリーテイルを消滅させようとする！！かつてない脅威を前にナツたちに残された手は！？
｢幽鬼の支配者｣(ファントムロード)内部に乗り込んだナツとグレイ、そしてエルフマン。ナツの頑張りでなんとかジュピターそのものを破壊するが、ファントムにはさらなる切り札が！！なんとギルドを“超魔導巨人・ファントムMk II”に変形させ、禁忌魔法・煉獄砕破(アビスブレイク)を放ち、ギルド一帯を消し去ろうというのだ。一刻を争う緊急事態、ナツたちの前にはファントム屈指のエレメント4が立ちはだかる！！
エルフマンがエレメント4の一人・大地のソルを撃破！！するとファントムMk IIの動きがなぜか鈍くなる。なんと、この“巨人”はエレメント4が動力となっていたのだ。エレメント4全員を倒せば、煉獄砕破(アビスブレイク)は阻止できるはず！！残るは、あと二人！！ナツは大空のアリアと、そしてグレイは大海のジュビアと対峙する！！煉獄砕破発動まで、あと僅か！！｢妖精の尻尾｣(フェアリーテイル)の誇りをかけた戦いの行方は！？
“大空のアリア”に気合十分で挑むナツ。しかし、アリアが繰り出す“空域”魔法の前に全く歯が立たず、勝負は一方的な展開に！！そこへ現れたのは、なんと瀕死の重傷を負ったエルザ！！エレメント4最強と謳われるアリアに対し、手負いのエルザに勝機はあるのか！？一方、ルーシィは、ガジルにより捕らえられてしまう！！勢いづく｢幽鬼の支配者(ファントムロード)｣‥‥新たな局面を向かえた抗争の行方は！？
火竜の拳が鉄竜に炸裂！！ルーシィのピンチにかけつけたナツは怒りをその拳に宿し、ガジルに挑む！！二頭の竜が暴れるが如く苛烈さを増す滅竜魔導士(ドラゴンスレイヤー)同士の戦い！！しかしエレメント4との連戦で力を消耗してしまったナツは次第に押され始める！！戦況も徐々に｢幽鬼の支配者(ファントムロード)｣の優勢に傾いて‥‥！！激化するこの抗争、｢妖精の尻尾(フェアリーテイル)｣の運命は！？
エレメント4、そして鉄竜(くろがね)のガジルと、屈強な敵を撃破したナツたち。残るは聖十大魔道に名を連ねるジョゼ、ただ一人！！己の全てをかけてエルザが挑むが、ジョゼの圧倒的魔力の前に、敗北は時間の問題と思われた。しかしその時、魔力を取り戻したマカロフが現れた！！多くの哀しみが生まれたこの戦い‥‥怒りと誇りを胸に、マカロフが繰り出す魔法とは！？聖なる光が今、審判を下す！！
ギルドの誇りをかけた｢幽鬼の支配者(ファントムロード)｣との抗争が終わり、一週間。大きな傷跡を残したものの、崩壊したギルドの再建に向け、｢妖精の尻尾(フェアリーテイル)｣にも活気が戻りつつあった。しかしその矢先、なんと父親との確執に胸を痛めていたはずのルーシィが、書き置き一枚を残して実家に帰ってしまう！！｢フェアリーテイル｣を愛してやまないルーシィ‥‥彼女のとった行動、その真意とは！？
次世代を担う若者たち。妖精の尻尾(フェアリーテイル)にもラクサス、エルザなど二代目マスター候補はいるものの、まだまだその座を譲るには日が浅いと痛感する(！？)マカロフの毎日！！そんな折、エルザを中心としたナツたちフェアリーテイル最強チームが仕事に出かける！！はりきる面々、その依頼の内容は舞台の演出‥‥のはずが、なんと役者に変更！！まさかの事態にも、意外と乗り気な皆だけど‥‥！？
仕事終わりにやって来た温泉地・鳳仙花村！！ナツたちはそこで偶然、ロキに遭遇！！相変わらずルーシィと距離を保とうとするロキだけど、今回はどこかいつもと違う雰囲気！？そして、なんとロキがルーシィにとんでもない告白を！！そこには想像を絶するロキの“真実”が‥‥。誰も知らないロキの秘密が今、明らかに！！
ロキの罪、それは友の為に星霊界のルールを破ってしまった事‥‥。結果、ロキは星霊界を永久に追放され、生命力も無くなりつつあった。償いとして自分がこの世から消滅する事だけを願っていたロキ‥‥。でも、星霊を愛するルーシィが黙っていない！！｢仲間を想う気持ちは罪なんかじゃない！！！！｣‥‥ルーシィの叫びは星霊界に届くのか！？
“妖精”たちの休息！？‥‥ってことで、仕事を忘れビーチで羽を伸ばすナツたち！！しかし、バカンス気分も束の間、突然、謎の一味の襲撃を受け、エルザとハッピーを連れ去られてしまう！！しかも、その連中は、なんとエルザの“昔”の仲間だった！！エルザの秘められた過去が今、世界を揺るがす事態を誘(いざな)う！？彼らが向かう“楽園の塔”とは一体！？
エルザの昔の仲間にして意外な素性(！？)をもつジェラール。彼が支配する｢楽園の塔｣‥別名・Rシステム、それは死者を蘇らせる禁忌の魔法を意味していた！！そして事態の真相を知らないナツたちが、エルザとハッピーを取り戻すべく塔への潜入を試みていた頃、Rシステムの存在を把握した魔法評議会は、その存在を消し去るべく、恐ろしい決断に踏み切ろうとしていた！！
秘められたエルザの過去‥楽園の塔の強制労働からの解放を求めて戦った代償、それはジェラールを“失う”ことだった！！黒魔導士・ゼレフに魅入られ、悪にその身を堕としたジェラールとエルザの間に横たわる、凄惨で哀しい二人の真実とは！？一方、魔法評議会では楽園の塔に究極の破壊魔法・エーテリオンを投下すべきか議論されていた！！事態は予測不能な未来に向かって‥‥！？
エルザを生け贄としてゼレフ復活の儀を行おうとするジェラール。彼が名づけた“楽園ゲーム”・・それは暗殺ギルドの魔導士・“三羽鴉(トリニティレイブン)”とナツたちとのバトルロワイヤルだった！！しかもそれは、いつ評議院がエーテリオンを投下してくるか分からない中での命がけのバトル！！ジェラールの悪魔の微笑が見守る中、戦いは新たなステージへ！！
命がけの“楽園ゲーム”！！ナツは鳥頭の正義(ジャスティス)戦士・梟(フクロウ)と、そしてルーシィ&ジュビアは髪を振り乱すロックでパンクなヴィダルダス・タカと対峙する！！見た目はふざけていても、暗殺ギルドの実力はダテじゃない！？その比類なき魔法の前に、戦いは想像を絶する展開に！！エーテリオンの脅威が迫る中、ナツたちはエルザを過去から解き放つ希望の光を見い出せるのか！？
ヴィダルダス・タカと梟(フクロウ)を撃破し、残る三羽鴉(トリニティレイヴン)は斑鳩(イカルガ)ただ一人！！決死の覚悟で挑むエルザだが、斑鳩が繰り出す剣閃に、なんと最強の鎧までも粉々に切り裂かれてしまう！！エーテリオン投下のカウントダウンが始まり、残された時間はあと僅か‥‥エルザはこの強敵を打ち倒し、ジェラールの元へたどり着けるのか！？
ついに、その時は訪れた‥‥。ナツ、エルザ、ジェラールらを楽園の塔に残したまま、エーテリオンが投下されてしまった！！そして尊い犠牲に皆が胸を痛めた瞬間、衝撃の出来事が！！なんと、塔の外壁が崩れて巨大な魔水晶(ラクリマ)が現れたのだ！！それは評議院をも巻き込む、ジェラールの狡猾な罠だった！！今、ジェラールの信じえぬ真実が明らかに！！
ナツvs. ジェラール！！本来の魔力を取り戻したジェラール、その圧倒的な魔力はナツに攻め入る隙を与えない！！一転、塔そのものを破壊してしまおうとするナツだが、それに怒(いか)ったジェラールはエルザもろとも葬り去ろうと最強の天体魔法｢暗黒の楽園(アルテアリス)｣を放つ！！絶体絶命のピンチ、その先には衝撃の結末が待っていて！？今、ナツの滅竜魔導士(ドラゴンスレイヤー)としての真価が問われる！！
楽園の塔が消滅し、過去の呪縛から解き放たれたエルザ、そしてショウたちは、それぞれ新しい一歩を踏み出そうとしていた。そしてマグノリアに戻ったナツたちを待っていたのは、新しく生まれ変わった｢妖精の尻尾(フェアリーテイル)｣！！プール、遊技場なども新設され超豪華！！だけど、ギルドが変わっても、みんな、おかまいないなしに大騒ぎ！！‥‥そんな折、ギルドに不満を持つアイツが帰ってきて！？
マグノリアの街に収穫祭の季節がやってきた。妖精の尻尾(フェアリーテイル)もこの祭りに当然参加、｢ミス・フェアリーテイルコンテスト｣を開催して大盛り上がり！！ しかしその最中、ラクサスとその親衛隊・雷神衆が乱入、コンテストにエントリーしていたルーシィやエルザたちを石化させ人質に取ってしまう！！ なんと、その目的は、フェアリーテイル最強を決める“バトル・オブ・フェアリーテイル”だったのだ！
ラクサスたちを倒そうとする妖精の尻尾(フェアリーテイル)の魔導士たち！しかし、雷神衆の一人、フリードの魔法・“術式”によって、なんと仲間同士の潰し合いを強要されてしまう！！ しかも、頼みのナツは、何故かバトルに参加できなくて・・・・！？ラクサスたちに優位な戦況の中、石化したルーシィたちを救う術(すべ)は！？
石化から一人復活したエルザは、雷神衆のエバーグリーンと対峙する。また、妖精の尻尾(フェアリーテイル)最強候補の一人、ミストガンも参戦し、一気に形勢を巻き戻したフェアリーテイル！ しかし、そこにラクサスが新たな一手を打つ！なんと雷(いかづち)の魔水晶(ラクリマ)・“神鳴殿”を発動させ、街の人々全員を人質に取ってしまったのだ！新たな局面を向かえたこのバトル、本気の潰し合いの行方は！？
石化が解けたルーシィたちも加わり、ますます白熱するバトル！そして、レビィの力でフリードの術式から逃れたナツとガジルも、いよいよバトルに参戦！！しかし一方で、フリードの圧倒的な力の前に、妖精の尻尾(フェアリーテイル)のメンバーは次々と屈してしまう。そして、その矛先はミラジェーンにまで及び・・・・！？ミラジェーンの秘められた真の力が今、解き放たれる！
マグノリアの空中に無数に設置された雷(いかづち)の魔水晶(ラクリマ)・“神鳴殿”！その発動まであと10分となる中、カルディア大聖堂にいるラクサスの下に、ミストガンがたどり着く！！妖精の尻尾(フェアリーテイル)最強の座をかけ、二人の戦いの火蓋が切って落とされた！想像を絶する強大な魔法の応酬！そんな中、一足遅れてナツとエルザも大聖堂に到着する。そこで彼らが目にした驚きの事実とは・・・・！？
エルザを中心に、妖精の尻尾(フェアリーテイル)の魔導士たちは、力を合わせて“神鳴殿”への攻撃を試みる！一方、格上のラクサスに一人立ち向かうことになったナツは、その圧倒的な魔力の差に、絶体絶命のピンチに陥る！しかし、そこへもう一人の滅竜魔導士(ドラゴンスレイヤー)・ガジルが現れる！ 共闘する二人の滅竜魔導士(ドラゴンスレイヤー)、その魔力はラクサスの野望を打ち砕くことができるのか！？
マスターの座を手に入れ、妖精の尻尾(フェアリーテイル)を変えようとするラクサスは、マカロフの魔法・“妖精の法律(フェアリーロウ)”を放つ！術者が敵と認識したものを全て標的とする超絶審判魔法が導いた結末とは・・・・！？ナツ vs. ラクサス、そしてバトル・オブ・フェアリーテイル、ついに決着！！
収穫祭も終わり、ギルドも日常を取り戻しつつあった‥‥んだけど、そこはやっぱり｢妖精の尻尾(フェアリーテイル)｣！！魔法専門誌｢週刊ソーサラー｣の取材で、みんなが我先にと大騒ぎ！！一方、｢私のカードが言ってるよ。今日はあんた、運命の出会いをする日だ｣‥‥というカナの占いで、なんとルーシィに恋の予感が！？ルーシィの前に現れたのは、｢週ソラ｣の記者と小説家の青年！！ルーシィの運命の相手‥‥本命は一体！？ [アクション/バトル]
｢妖精の尻尾(フェアリーテイル)｣に、またまた恋の予感が！！｢ナツはルーシィの事 好きなのかもね～｣というミラジェーンの一言に、ルーシィの胸は高鳴って！？一方、グレイに恋して病まないジュビア‥‥その切ない乙女心は、グレイの気をひく為、禁断の“魔法薬”へと向かってしまう！！実はこの“魔法薬”、フェアリーテイルを崩壊の危機に導く(！？)のだけれど‥‥みんなを巻き込む恋の大騒動、その結末は！？
最近、ルーシィをつけ回すアヤしい影‥‥ナントそれは、変わり果てたルーシィの父親だった！！事業に失敗し、会社も私財も全て失ったというのだ。金を無心してくる父親に失望し、突き放すルーシィ。しかし、再起をかけて父親が向かった商業ギルドが、闇ギルドに占拠されてしまう！！｢あんな人だけど‥それでも あたしが‥助けに行かなきゃ！！！！｣‥‥ルーシィはたった一人で父親の救出に向かう！！
闇ギルド最大勢力“バラム同盟”！！その一角を担う闇ギルド｢六魔将軍(オラシオンセイス)｣が不穏な動きを見せているらしい。そこでオラシオンセイス討伐のため、｢妖精の尻尾(フェアリーテイル)｣を含む4つの正規ギルドが連合軍を結成することに！！集まった連合軍の顔ぶれは、ヤンキーにホストにナルシスト、そして‥‥お子ちゃま！？
「六魔将軍（オラシオンセイス）」の目的は、古代人が封印した強大な破壊魔法「ニルヴァーナ」を手に入れる事だった!! それを阻止すべく、作戦を遂行しようとする連合軍だが、敵の魔の手は既にそこまで迫っていた!! なんと、隙をつかれたジュラと一夜の二人が早くも手負いにされ、切り札となるはずだった魔導爆撃艇までも、ナツ達の眼前で破壊されてしまう!! そしてその直後、大胆不敵にもオラシオンセイス全員が現れて‥‥。“連合軍 vs. 六魔”、いきなり全面対決に!?
「六魔将軍（オラシオンセイス）」に連れ去られたウェンディ、その正体は“天空の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）”で、治癒魔法の使い手だった!! 先の戦闘で毒に侵されたエルザを救うためにも、ナツ達は一刻も早くウェンディを奪還しようと六魔の後を追う!! 一方、オラシオンセイスはウェンディの治癒魔法で、ニルヴァーナの鍵を握る“ある人物”を復活させようとしていた!! しかし、その正体はあまりにも意外なものだった!!
ウェンディの奪還を急ぐ連合軍の前に、数多の闇ギルドが立ちはだかる!! そして、並み居る強敵をなんとか蹴散らし、いち早くウェンディの元にたどり着いたナツとハッピーだが、そこで目の当たりにした現実は、想像を絶するものだった!! ナントそこにいたのは、楽園の塔でエーテリオンに飲み込まれて消えたはずのジェラールだったのだ!! そして一人、その場を立ち去ったジェラール‥‥彼を軸に、事態はますます混沌の渦へ!!
エルザ回復の鍵を握るウェンディをナツに託し、一人で六魔の一角・“レーサー”と対峙するグレイ!! しかし、圧倒的な“スピード”を誇るレーサーの魔法はさらにグレードアップ、「デッドGP」なる魔導二輪での“レース”バトルに引きずり込まれてしまう!! 敵の土俵での勝負に劣勢を強いられるグレイ。しかしそこに、かつての兄弟子・リオンが現れる!! 志を共にした二人のタッグは、レーサーのスピードを“奪う”事ができるのか？
ウェンディの治癒魔法により、一命を取り止めたエルザ!! 歓喜に湧くナツ達だが、時を同じくして、突如、ワース樹海から天を突き刺す黒い光が発生する!! まさか、そこにニルヴァーナが!? 一瞬のためらいも見せず、“光”に向かって疾走するナツ!! 一方、六魔最強と言われるミッドナイトが眠りから覚めて‥‥!! 事態が混沌と化す中、ついにニルヴァーナの恐ろしい“力”が明らかに!!
ニルヴァーナ‥‥それは光と闇を入れ替える恐ろしい魔法だった!! それを知ったルーシィはヒビキらと共に、ナツを追ってニルヴァーナの下に急ぐが、その前に六魔の一人・星霊魔導士のエンジェルが立ちはだかる!! 星霊を道具としてしか見ていないエンジェルに違和感を覚えるルーシィ。しかし、格上のエンジェルの前に成す術なく跪いてしまう!! 絶体絶命のピンチ‥‥ルーシィの星霊への想いは奇跡を呼び起こせるか!?
“ジェラールが生きていた”‥‥驚愕の事実を知り、複雑な思いを抱えながらもジェラールの下を目指すエルザ。そして、その時は訪れた。再会した二人‥‥しかし、そこにいたのはエルザの知っているジェラールではなかった!! “変わり果てた”ジェラール‥‥彼がニルヴァーナの封印を解いた訳、その意外な真実とは!? そして、その悲壮なる覚悟が導いた衝撃の事態とは!?
ジェラールが命をかけて仕掛けた“自立崩壊魔法陣”!! これによってニルヴァーナは消滅するかと思われた。しかし、突如そこに現れた六魔将軍（オラシオンセイス）のブレインによって自立崩壊魔法陣はいとも簡単に無効化され、ついにニルヴァーナが復活してしまう!! 邪念に支配されたニルヴァーナ‥‥その先には闇の世界の台頭が!! しかし希望は繋がっている!! ナツ達のあきらめない思いが、オラシオンセイスの闇に挑む!!
復活したニルヴァーナ!! その動きを止めるため、ブレインの下にたどり着いたナツとハッピーの前には、六魔のコブラが立ちはだかる!! ナツ＆ハッピー vs. コブラ＆毒蛇キュべリオスの空中戦‥‥しかしナツ達は、コブラの“心の声を聴く魔法”に大苦戦!! すべての攻撃が“聴かれて”しまい、成す術のないナツ達‥しかし、そこへコブラの意外な真実が追い討ちをかける!?
光と闇を入れ替える超反転魔法・ニルヴァーナ!! なんと「六魔将軍（オラシオンセイス）」のブレインは、そのニルヴァーナをウェンデイとシャルルのギルド「化猫の宿（ケット・シェルター）」に向けて放とうとしていたのだ!! 非道なるブレインに対し、怒りを爆発させる「蛇姫の鱗（ラミアスケイル）」のジュラ!! 聖十大魔道に名を連ねるその魔力は、ブレインを倒し、ニルヴァーナを止められるのか!?
「六魔将軍（オラシオンセイス）」最後の一人・ミッドナイトがエルザとジェラールの行く手を阻む!! なんと、その実力は、いとも簡単にジェラールを退けてしまうほどだった!! “全ての物を捻じ曲げて歪ませる”ミッドナイトの魔法・屈折（リフレクター）に苦しむエルザ‥‥六魔最強と謳われる相手に対し、勝機を見出す事ができるのか!?
「六魔将軍（オラシオンセイス）」全滅!! 激闘の末、勝利を収めたナツ達連合軍‥‥しかし、これはさらなる死闘への入り口だった!? なんと、六魔全てを倒した事により、生体リンク魔法によって封印されていたブレインのもう一つの人格、オラシオンセイスのギルドマスター・“ゼロ”が目を覚ましたのだ!! 破壊を好み、凶悪な魔力を持つというゼロ‥‥「化猫の宿（ケット・シェルター）」目前、ナツ達はかつてなき強大な敵に挑む!!
「化猫の宿（ケット・シェルター）」へ向けニルヴァーナが発射されてしまった!! だが、間一髪、ヒビキ達が動かす魔導爆撃艇「クリスティーナ」が現れ、直撃を阻止。そして緊迫する事態の中、ニルヴァーナを止める方法が判明する！ ヒビキが念話でナツ達に伝えたその方法とは、ニルヴァーナの足にある六つの魔水晶（ラクリマ）を全て同時に破壊する事だった。満身創痍のナツ達だが、まだ心はくじけていない！ ナツ達はゼロの野望を阻止できるのか!?
ニルヴァーナを止めるため、傷ついた体を奮い立たせる連合軍の魔導士達。ナツの本能が嗅ぎ取ったのか、ナツが選んだ魔水晶（ラクリマ）で待っていたのは最強の敵、マスター・ゼロ！ 気合十分でゼロに挑むナツだが、相次ぐ激戦でもはや魔力も体力も限界に達し、窮地に追い込まれてしまう。しかも、その目の前に別のラクリマへ向かったはずのジェラールが現れ、ナツを魔法で攻撃してきた。ジェラールはまたも闇に堕ちてしまったのか!? 絶対絶命、どーするナツ!?
滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）としての真の力を解放したナツは、マスター・ゼロと魔水晶（ラクリマ）をついに撃破する!! 残る全てのラクリマを仲間達が打ち砕き、ニルヴァーナは地響きと共に崩れ去った！ 勝利を迎え、わき立つ連合軍一同。だが、何者かによって張り巡らされた“術式”によってナツ達は閉じ込められてしまった!! ナツ達を取り囲む男達の正体は、なんと新生魔法評議院の強行検束部隊。突如現れた彼らの目的とは一体!?
記憶はなくなっても、罪は消えない‥‥。新生魔法評議院の目的は、「六魔将軍（オラシオンセイス）」ではなく、ジェラールを逮捕する事だった!! その事実を受け、悩むエルザの姿を見たナツと仲間達は、逮捕を阻止しようとする。それを見たエルザが出す答えとは？ そして、「化猫の宿（ケット・シェルター）」に戻ったウェンディ達にギルドマスター・ローバウルから語られる衝撃の真実。ケット・シェルターの大いなる秘密とは——!?
「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」に久しぶりに帰ってきたナツ達。変わらないギルドの空気に触れ、激戦の疲れも癒えてきた。ウェンディとシャルルも仲間に加わる事になり、盛り上がるギルド！ 数日後、にぎわうギルドの中でグレイが驚くべき情報をもたらす。グレイが語ったのは、ダフネと名乗る人物がドラゴンと会ったという噂‥。それを聞いたナツ達はダフネがいるライズという宿屋に向かう。そこでナツ達を待ち受けていたのは!?
グレイの情報を頼りに、ライズという宿屋にやって来たナツ達だが、そこで出会ったダフネの罠にはまり、宿屋から出られなくなってしまう！ しかも、そこへなんとグレイがやってきて、突如ナツに襲いかかって来る!! 氷と炎‥相反する二人の戦いは次第に熱を帯びて!? 一方、深夜になっても帰らないナツやウェンディを心配し、ルーシィとエルザが宿屋へ向かうと、その道中、不気味な黒フードの人物が現われて!?
ダフネの目的は、ナツを捕らえ、彼女が長い年月をかけて作り出した人工生命体“ドラゴノイド”を起動させる事だった！ 滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）の魔力が動力源のドラゴノイドは、ナツの魔力を吸収して動き出し、マグノリアの街に襲いかかろうとする!! 何とかそれを阻止しようとする「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」の魔導士達だが、ドラゴノイドの体内にナツがいるため思うように攻撃できず、絶体絶命のピンチに追い込まれてしまい!?
「こいつを‥‥オレごとぶっ壊せ!!」 ナツの悲痛な叫びがドラゴノイドの体内から聞こえてくる。その頃、ギルドに連れ戻されたグレイは、幼い頃ナツが「音なしの町」で交わした約束と、ドラゴノイドの秘密をマカロフに伝えるのだった。ナツの魔力吸収が完了するまであとわずかとなり狂喜するダフネ。このままナツはドラゴノイドの中で力尽きてしまうのか!? そんな中、マカロフがグレイに授けた秘策と、エルザ達が取った行動とは!?
日夜過酷な依頼をこなす「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」の魔導士達も、この日ばかりは日々の激務を忘れて大騒ぎ。一年に一度のビックイベント、それは「お花見」！ ギルドに入って初めての「お花見」を明日に控え、ドキドキわくわくのルーシィは、仕事でナツ達と共に極寒のハコベ山へ行く事に。それは、とある薬草を取ってくるという一見簡単そうに見えるクエストだったのだが‥‥。ルーシィはそこであるトラブルに巻き込まれてしまい!?
ギルドにも慣れてきたウェンディは、もっと大きな仕事に挑戦してみんなの役に立ちたいと意気込むが、それが元でシャルルと口論になってしまう。そんな中、一人で仕事を請けるウェンディを気遣って、マカロフは何故かハッピーとフリードにウェンディのサポートを指示して!? 真面目すぎるウェンディと超マイペースなフリード、それに振り回されるハッピー。かくして始まる二人と一匹の珍道中‥果たして無事に依頼を達成できるのか!?
ルーシーは、依頼人がフェアリーテイルの女性寄宿舎フェアリーヒルズにあるオブジェを探しているという謎の手書きの依頼に気付く。その仕事がいたずらでないことを確認するために、彼女はそれを確かめに行く。寮に着くと、彼女は依頼人が寮の長であるヒルダであることを知る。ヒルダは困った猫の格好をしている彼女に「輝く宝物」を探してほしいと頼む。
「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」恒例のビッグイベント‥‥それは、全魔導士強制参加の”24時間耐久ロードレース”!! 知力＆体力を競うこのレース、“飛行”以外の魔法は使用無制限!! それぞれのプライドを賭けた（？）過酷なレース、優勝するのはいったい誰!? そして、最下位に与えられる恐ろしい罰ゲームとはいったい!?
いつもと変らずのどかな「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」!! そこに急遽鳴り響く鐘の音が!? そう、フェアリーテイル最強の魔導士・ギルダーツが3年ぶりに帰ってきたのだ!! その実力といえば、100年間誰も達成できていない”100年クエスト”に赴くほど!! ギルダーツの帰還をことさら喜ぶナツ‥‥しかし、ギルダーツがナツに用意したおみやげは意外なもので!?
今日も笑顔の「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」の面々‥‥の中で、なぜかシャルルだけご機嫌ナナメ!? 何か思いつめているようだけど!? そんな折、ウェンディとシャルルの前に、“ジェラール”と同じ顔を持つミストガンが現われる!! なんと幼い頃ウェンディと出会ったジェラールとは、ミストガンだったのだ!! しかし再開の喜びも束の間、ミストガンの口から衝撃的な一言が!! そして、フェアリーテイルの日常に未曾有の危機が迫る!!
ナツ＆ハッピー、そしてウェンディ＆シャルルを残して、フェアリーテイルがギルドごと、超亜空間魔法“アニマ”を通って異世界・エドラスに吸収されてしまった!! エドラスから来たというシャルルが語るには、魔力が枯渇してきたエドラスの人々が、この世界（ルビ：アースランド）から魔力を吸い取ろうとしているというのだ!! 仲間を救うため、エドラスに乗り込むナツ達‥‥まだ見ぬ別世界・エドラス、そこで待ち受けるのは!?
エドラス‥‥そこはまるでパラレルワールド!? アースランドとは違う独自の文化と歴史を持つこの別世界、まったく“別の”妖精の尻尾（フェアリーテイル）が存在し、なんとリサーナまで生きていたのだ!! 戸惑いを隠せないナツ達‥‥しかし、事態はさらに混迷を極め、突如、王国軍が攻めてくる!! その理由は‥フェアリーテイルが闇ギルドだから!? そして、その刺客とは、ナツ達にとって想像しえぬ人物だった!?
魔力としてエドラスに吸収された仲間を救出するため、エドラスの王都を目指すナツ達!! しかし、魔力が有限のエドラス‥魔法を使えないナツ達の道中には早くもトラブルが発生!! エドラスのルーシィの協力でなんとか難を逃れたものの、その後も王国軍に追われたりと、前途は多難!! そんな折、別世界のエドラスでナツ達の前に姿を現したのは‥‥!! この遭遇がもたらすのは希望!? それとも‥‥!?
ナツ達の前に現れたのはナント、アースランドのルーシィ!! ミストガンの差し金で、エドラスにたどり着いたルーシィはナゼか魔法が使え、王国軍を見事撃退する!! そして心機一転、王都を目指すナツ達だが、その道中、ギルドの仲間達が巨大魔水晶（ラクリマ）にされていて、その魔力抽出が2日後だと知る。窮地に立たされるナツ達‥‥そこへ現れたのは“ファイアボール”の異名を持つエドラスのアイツだった!!
王都にたどり着いたナツ達は、そこで巨大魔水晶（ラクリマ）にされた仲間達、そしてエドラス国王・ファウストの非道さを目の当たりにする!! 悔しい気持ちを押し殺し、いったん退いて仲間を救う作戦を立てるナツ達‥‥すると、ある“妙案”を思いつき、シャルルの脳裏に浮かぶ“情報”を基に、エドラス国王のいる城までの潜入を試みる事に!! しかし、その先で待ち受けていたのは、信じられない残酷な“真実”だった!?
ハッピーとシャルルが“任務”を完遂した“エクシード”!? ナツ達が王国軍に囚われる一方、手厚くもてなされるハッピーとシャルルは、エクシードの国・エクスタリアに連れていかれる。そこで二人は自分達の存在が、人間の上に立ち、人間を導く立場である事を聞かされる。そして戸惑う二人に、さらなる残酷な真実が明かされる。シャルルも知らない本当の任務‥‥エドラスがハッピーとシャルルに託した本当の“使命”とは!?
ルーシー・ハートフィリアは、フェアリーアカデミーの転校生です。ナツ、ウェンディー、エルザ、グレイ、そしてギャングも同様だ。しかし、フェアリーアカデミーの予測不可能なクラスメートたちにとって、トラブルはそれほど先のことではない。ライバル校が暴力団、ガジェールとジュビアを先頭にトラブルを起こしており、ナツとグレイは彼らを止めに乗り出した。一方、クラス委員長のエルザさんは、ハンサムな見知らぬ人との恋愛問題に直面しています。
「オイラ達でみんなを助けるんだ!!!」‥‥自分達の運命に抗うかのように逃走するハッピーとシャルル!! そんな二人を追っ手から匿ってくれたのはエクシードの夫婦・ラッキーとマールだった。自分の意志がエクスタリアに操作されていると聞かされ塞ぎこむシャルルだったが、ラッキーとマールの優しい心に触れ、本来の自分を取り戻していく。ハッピーとシャルル‥‥二人の心の“翼”は、仲間達を助け出す光を見出せるのか!?
ルーシィに対して抹殺命令!? 冷酷なるエドラスのエルザにルーシィの命が奪われようとした瞬間、ハッピーとシャルルが見事、ルーシィを救出!! しかし、上空からはエクスタリア近衛師団、地上からはエドラス王国軍に包囲され万事休す!? ‥‥と思ったその時、予想しえぬ事態が!! エドラス国王が「コードETD」を発令‥‥その驚愕の全貌が今、エドラス、そしてアースランドの未来を変えてしまう!?
窮地に陥ったルーシィ達の前に現われたのはナント、グレイとエルザ!! ガジルの滅竜魔法によって魔水晶（ラクリマ）から復活していたのだ!! そして、エルザ vs. エルザ‥‥魔力も互角の二人の戦いが始まった!! 一方、ナツとウェンディを救出したルーシィ達は、ウェンディから「コードETD」の目的、そして非情なるその手段を聞かされる。エドラスのエクスタリアへの反応‥‥永遠の魔力を欲するエドラスの暴走を、ナツ達は阻止できるのか!?
「コードETD」を阻止するため、エドラス王の下へ急ぐナツ、ルーシィ、そしてグレイ!! しかし、その前には王国軍屈指のヒューズとシュガーボーイが立ちはだかる!! 永遠の魔力を手に入れるために、フェアリーテイルの仲間、そしてエクシードの命を犠牲にしようとするエドラス‥‥その邪望にナツ達の怒りは爆発する!! しかしその間にも、「コードETD」は最終段階に入ろうとしていた。予断を許さぬ緊急事態、ナツ達必死の戦いが続く!!
ルーシィは竜鎖砲の鍵を持って逃げてきたココと遭遇する。ココは仲間さえも犠牲にしようとするファウストに疑問を持ち、逃げてきたのだ。助けを求めるココとルーシィの前にエドラス王国軍幕僚長のバイロが現れ、二人に襲いかかる！ ルーシィの攻勢にひるむバイロだが、まだ奥の手を隠し持っているようで!? そして、グレイはシュガーボーイと対決。全ての運命を握る鍵をかけた戦いは、さらに激化する!!
迫る危機を告げにエクスタリアを訪れたウェンディとシャルル。だが、エクシード達は、女王シャゴットの力を信じて、二人の言葉を全く聞き入れてくれない。一方、氷の造形魔法により竜鎖砲の鍵を手中にしたナツとグレイ。その前にエドラスのエルザが立ちふさがる！ 捕らわれてしまった二人、ついに竜鎖砲発射の準備は整ってしまった。絶体絶命のナツ達は、魔水晶（ラクリマ）にされた妖精の尻尾（フェアリーテイル）の仲間達を救えるのか!?
発射された竜鎖砲により、エクスタリアの浮遊島へ妖精の尻尾（フェアリーテイル）の仲間達を取り込んだ巨大魔水晶（ラクリマ）が迫る！ 必死に止めようとするナツ達。一方、ウェンディとシャルルの前に、エクシードの女王・シャゴットがついに姿を現した。「時が来た」と語る彼女の口から、今まで隠されてきた衝撃の真実が明かされる。エクシード達の間に動揺が広がる中、島と巨大ラクリマがついに衝突寸前!! その時、ナツ達が目にした驚くべき光景とは!?
ミストガンの壮大なる策により、最悪の事態は防がれた。歓喜するナツ達とエクシードだったが、そこへ、ファウストが王国最強の兵器「ドロマ・アニム」を駆り、現れた。それは竜を模したドラゴンの強化装甲。魔法を無効化する装甲と圧倒的な攻撃力でミストガンを撃墜するドロマ・アニム。だが、凶大なる敵に反撃を試みる者達が！ 相手はドラゴン、倒せるのはドラゴン狩りの魔導士。ナツ、ウェンディ、ガジル‥トリプル滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー） vs. ドロマ・アニム、最終決戦開始!!
トリプル滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー） vs. 魔導兵器ドロマ・アニム、ぶつかり合う巨大な力と力。ドロマ・アニムの無尽蔵の魔力により、苦戦を強いられるナツ達。一方、エルザ・スカーレットとエルザ・ナイトウォーカーの戦いも熾烈を極め、一瞬の隙も見せられない互角の戦い。エドラス王国軍に数で押されるルーシィ達も窮地に追い込まれ、絶体絶命！ だが、その時、一つの希望の芽が開く——!!
エドラスに生きる全ての生命のために、限界を超えても立ち上がるナツ、ウェンディ、ガジル。火、空、鉄‥‥三人の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）の力が合わさる時、それは想像を超えた力となり、悪を討つ！ 壮絶なるバトルもついに決着の時が訪れる！ しかし、絶望を乗り越え、希望の兆しが見えたと思った瞬間、空に浮かんでいた島が崩れ落下し始めた！ 未だ過ぎぬ危機、一体何が‥‥!?
全てが解決したと思った矢先、城下で暴れまわり、街を破壊する奴らが現れた！ 「我が名は大魔王ドラグニル！ この世界の魔力はオレ様が頂いたァァ!!」その正体は、ナツ！ ファウストを捕えた、ナツ、ウェンディ、ガジルはエドラスの国民を怯えさせ、逃げ惑わせる！ そして、止めてみろとミストガンを挑発するナツ。その真意は——!? 妖精の尻尾（フェアリーテイル）、エドラス、エクシード、それぞれの想いを胸に、別れの時が迫る!!
ギルドもマグノリアの街も全て元に戻り、無事アースランドへと帰ってきたナツ達。元々、魔力を持っていたエクシード達も一緒にアースランドへやってきた。自分に与えられた“使命”が許せないシャルルは、エクシード達をエドラスに返すべきと主張するが、それには秘密があり‥‥!? そして、アースランドのサイズに合わせて小さくなったパンサーリリーが現れ、怪しい奴を捕まえてきたと言う。その人物とは、まさかの!?
たとえ、魔力が無くても強く生きる事は出来る!! ミストガンを王に抱き、新たな国造りへ向けて着実に歩みだしたエドラス。一方、元通りになったアースランドの妖精の尻尾（フェアリーテイル）はいつもの活気を取り戻し、メンバー達は大騒ぎ！ しかし、波乱の火種はすでにくすぶり始めていた‥。フェアリーテイルを危険視し、厳しく取り締まるべく雄叫びを上げる新生魔法評議院！ そして、誰もいない島で一人、ナツを待つ謎の男！ 新展開、突入——!!
S級魔導士昇格試験の出場者が発表！ 試験会場は妖精の尻尾（フェアリーテイル）の聖地、天狼島!! ナツ、グレイ、フリードなど総勢8名の錚々たる顔ぶれが出揃い、出場者達は気合全開。そんな出場者の中でカナだけが、なぜか浮かない顔‥。試験のルールで、パートナーを一人選びペアを組む事になったのだが、順調に決まる人もいれば、なかなか決まらない人もいて!?
天狼島へ向かうナツ達の前に、異様ながら壮大な、妖精の尻尾（フェアリーテイル）・初代ギルドマスター「メイビス」が眠る地、天狼島が姿を現した。そして、マカロフから一次試験の内容が発表される。その内容は、島にある8つのルートを突破する事。だが、そのルートにはそれぞれ試練が待ちうけている！ 中には、エルザやミラジェーン達S級魔導士とのバトルもある。激闘必死のS級試験、ついに開始!!
「激闘」ルートでの対戦が次々と決まる中、エルザがいると思ってナツが選んだルートで待っていたのは、なんとギルダーツ！ 「終わった」と泣くハッピーを傍目に「燃えてきたぞ!!!!」と気合十分のナツ。戦いが始まると同時に全力全開で挑むナツだが、ギルダーツは全ての攻撃を弾き返す。底が見えない最強魔導士の魔力！ 諦めないナツだが、ギルダーツの魔法が直撃してしまい!?
一次試験を突破した出場者達が挑む次の試験は、島のどこかにある「メイビス」の墓を見つけるというものだった。一方、試験から脱落したメストは、「妖精の尻尾（フェアリーテイル）についての、ある重大な秘密がこの島に隠されているらしい」と言い、ウェンディを誘って天狼島の探索を始める‥。そんなメストに不信感を抱くパンサーリリー。その理由とは!? そして、ウェンディの運命は!?
謎の青年から放たれた生命を奪う禍々しき黒い波動！ 間一髪、エルフマンとエバーグリーンの危機を救ったナツだったが、脅威の魔法が再び襲いかかる！ だが、イグニールのマフラーが身代わりとなり、ナツ達を救った！ そして、青年は姿を消してしまう。同じ頃、天狼島に史上最強の闇ギルド・悪魔の心臓（グリモアハート）の飛行艇が接近。計り知れない巨大な闇の力が、妖精の尻尾（フェアリーテイル）に、ナツ達に迫る！ 混沌極める天狼島。運命の戦いが、いま始まる——!!
絶妙なコンビネーションで魔法を繰り出す、悪魔の心臓（グリモアハート）のヨマズ・カワズに、ガジル＆レビィは大苦戦！ そして、ヨマズの口から天狼島にグリモアハートの全部隊が向かっている、という衝撃の事実が語られる。想像を超えた事態に危機を覚えたガジルは、この事をみんなに知らせるようにと、レビィを一人逃がす。そして、ガジルは傷ついた体を奮い立たせ、ヨマズとカワズの前に立ちはだかる！ グリモアハート屈指の魔導士達をそろえた「煉獄の七眷族」もついに姿を現し、戦いはさらに加速していく！
パンサーリリー、ウェンディ達を煉獄の七眷族の一人、アズマが襲う！ 全てを圧倒する脅威の力に、なすすべなく倒れされていく一同‥。そして、悪魔の心臓（グリモアハート）の飛行艇が天狼島に迫る。だが、その前に立ちはだかったのは巨人化したマスターマカロフ!! 心の強さを拳に込めた怒りの鉄槌が飛行艇をなぎ払う！ マカロフはグリモアハートを撃退できるのか!?
ますます激化する悪魔の心臓（グリモアハート）との戦い。次から次へと押し寄せてくるグリモアハートの大軍団を迎え討つナツ達。その前にひときわ異彩を放つ、黒い炎を操る魔導士が現れた。その男は、煉獄の七眷族・ザンクロウ。「弱者はいらねぇ!!!!」と味方をも焼き尽くす残虐非道な男はナツへと、黒い炎を放ってきた。炎を食べられるナツは、その炎を食べようとするが、なんと食べる事ができない！ かつてない魔法の使い手にナツはどう挑む!?
圧倒的な力を持つ失われた魔法（ロスト・マジック）の使い手達。その力を前に、苦戦を強いられる妖精の尻尾（フェアリーテイル）の面々。滅神魔導士（ゴッドスレイヤー）・ザンクロウと戦うナツは、竜をも超える神の炎に対抗する術がない。瀕死のマカロフの目の前で、神の炎に包まれたナツ。すべてを灰にする黒い炎の中で、ついにナツの魔力が消えてしまった‥‥！ “絶対なる力”の前に、ナツはこのまま力尽きてしまうのか!?
型破りな戦法でザンクロウを撃破したナツ！ しかし激闘の傷は深く、ナツはその場で倒れてしまう。リサーナを守ってミラジェーンが倒れ、エルフマンとエバーグリーンも苦戦している。そんな中、七眷属の長・ウルティアがゼレフに接触！ 混沌と闇の王、伝説の黒魔導士・ゼレフを擁し、悪魔の心臓（グリモアハート）が目指す「大魔法世界」とは!? 恐るべき野望がついに明かされる!!
魔力なき人間がすべて消し去られる絶望の未来。「大魔法世界」を実現させるわけにはいかない！ しかし、エルフマンとエバーグリーンは、ラスティローズのロスト・マジック「具現のアーク」の前に力尽きてしまう！ 一方、カプリコの力に圧倒されるルーシィ、グレイ、カナ。ロキは、なぜか三人をその場から遠ざける。ロキが見破ったカプリコの驚きの正体とは!?
カプリコの正体は、体を乗っとられ、悪の道を歩かされていた星霊カプリコーンだった！ ロキの捨て身の戦法で解放されたカプリコーン。本来の主であるルーシィの母・レイラと交わされていた、ルーシィに関わる約束とは‥‥!? そして、回復したナツは七眷属の長・ウルティアとぶつかり、ルーシィとカナは「メイビスの墓」場所を示すヒントにたどり着く‥‥！
カナに眠らされてしまったルーシィは、煉獄の七眷属の一人、華院＝ヒカルに襲撃されてしまう！ 見かけによらず強いヒカルに、ルーシィは追い詰められる。絶体絶命のその瞬間、ウルティアとバトル中のナツが乱入してきた！ ウルティアはすぐに離脱したものの、ヒカルとその呪殺魔法「丑の刻参り」に苦戦するナツ達。バトルの勝敗は!? ナツ・ルーシィ・ハッピーが三人一緒に繰り出した、驚きの必殺技とは!?
息の合った連携で華院＝ヒカルを倒したナツ＆ルーシィ＆ハッピー。“家族”が受けた痛みを自分達で返すため、ドランバルトからの救出の申し出を一蹴する。一方、メルディの攻撃に苦戦するジュビアは、グレイを殺すというメルディの言葉に怒り爆発！ グレイへの愛を力へと変え、本来の力を解放した！ 追い込まれたメルディは、己の唯一の目的を果たすため、ジュビアを利用してグレイを殺す“最悪の秘策”を発動する!!
メルディとジュビアとグレイ。失われた魔法（ロスト・マジック）「マギルディ＝センス」によって、一人が死ねば全員が死ぬという状態に陥った三人。グレイを殺すという目的達成のため自らを殺そうとするメルディを、ジュビアは止める事はできるのか!? そして悪魔の心臓（グリモアハート）の副司令ブルーノートがついに参戦！ 強大な重力魔法の使い手に、いきなりの大ピンチを迎えるナツ達！ ハデスさえも一目置く、最強の男の力とは!?
ついにメイビスの墓にたどり着いたカナ。墓には妖精三大魔法の一つ、“妖精の輝き（フェアリーグリッター）”が封じられていた！ ルーシィの救難信号を受けたカナは、最強の魔法を携えて、ブルーノートに襲撃される仲間のもとへ駆けつける。しかしカナの“フェアリーグリッッター”では、ブルーノートに対抗する事はできない！ すべてが終わると思われた瞬間、妖精の尻尾（フェアリーテイル）を救いに現われたのは、カナが12年間待ち続けたあの男だった!!
ギルダーツ、フリード、ビックスロー。絶体絶命の危機に駆けつけた頼りになる男達！ 傷つき疲れた妖精の尻尾（フェアリーテイル）の仲間を助け、悪魔の心臓（グリモアハート）を圧倒する。アズマと対するエルザも、仲間への思いを力に変えて戦い続けるが、そのアズマが仕掛けた失われた魔法（ロストマジック）が、天狼島のシンボルである天狼樹に重大な異変を起こし‥‥!! 妖精の尻尾、全滅へのカウントダウンが始まった!!
天狼樹を支配されてしまい、全魔導士が魔力を奪われていく妖精の尻尾（フェアリーテイル）。本気の妖精女王（ティターニア）と対する事を望むアズマに、唯一動く事を許されたエルザだったが、アズマの強大な魔力の前に力尽きてしまう。しかしその時、聞こえるはずのないジェラールの声を聞き、見えるはずのないナツや仲間達の笑顔を見る。フェアリーテイルを救うためには、アズマを倒すしかない!! エルザは、立ち上がる力を取り戻す事ができるのか!?
アズマを打ち倒したエルザの活躍により天狼樹は解放され、妖精の尻尾（フェアリーテイル）のメンバー達は魔力を取り戻す。危機に陥っていたギルダーツやフリード、ビックスローも、悪魔の心臓（グリモアハート）に反撃開始！ 一方、七眷属の長・ウルティアとグレイは、ウルティアにとっての母、グレイにとっての師匠であるウルをめぐる愛憎に決着をつけるため、本気のバトルを開始する!!
ウルへの相反する思いを抱え、戦うグレイとウルティア。グレイが武器とする氷は、時間が戻れば水になり、時間が進めば蒸発してしまう。失われた魔法（ロスト・マジック）で時間を操るウルティアには、氷の造形魔法が通じない！ しかし、ウルから受け継いだ氷の魔法を信じるグレイは、仰天の方法でウルティアに対抗する！ 母に捨てられた過去‥‥溶けない氷に固められたウルティアの心。バトルの中で明かされる、母と娘の真実とは‥‥!?
妖精の尻尾（フェアリーテイル）と、悪魔の心臓（グリモアハート）のギルドマスター・ハデスの直接対決が始まった！ だが、ナツ達が全力を込めた合体魔法（ユニゾンレイド）を準備運動と切り捨てるハデスの強さは想像を絶するものだった！ ハデスの指先の攻撃だけで、次々と打ち倒されていくナツ、グレイ、エルザ‥‥。果たして、フェアリーテイルに勝機はあるのか!? そして、あのザンクロウを一瞬で死に至らしめたゼレフがつぶやいた‥‥「アクノロギア」とは一体!?
フェアリーテイル」 の著者・真島ヒロ氏が監修した新作オリジナルストーリーが2012年2月17日に公開されました。「過去の世界」では「夏の秘密」が公開されます。ギルドの倉庫にある「魔法の本」に導かれ、夏、ルーシー、ハッピー、グレー、エルザは過去へと旅立ちました!!
ナツにとどめをさそうとするハデスの前に立ちふさがったのは、なんとラクサス！ 破門中のラクサスは“元妖精の尻尾（フェアリーテイル）”を名乗るが、ギルドが受けた痛みに怒り心頭。圧倒的な力でハデスに対抗するが‥‥！ 一方、七眷属の生き残り、華院＝ヒカルやヨマズ、カワズの奇襲を受けるベースでは、戦いで傷ついたミラジェーンやエルフマン達を守るため、リサーナと雷神衆が立ち上がる!!
ラクサスの全魔力が込められた雷を食べてしまったナツは、なんと炎と雷を融合させた“雷炎竜”へと変化した！ 雷を帯びた灼熱の炎「雷炎竜の咆哮」が炸裂し、ついにハデスを倒したかに見えたその時‥‥ハデスは封印していた「悪魔の眼」を解き放つ!! 絶望的な魔力を操る、底の見えないハデスの恐怖。成す術はなくとも、それでも一丸となって立ち向かう妖精の尻尾（フェアリーテイル）!! 魔導戦艦の船底で、ハッピー達が見つけた“ある物”が、この戦いの命運を握るカギ‥‥!?
仲間の全力を受けたナツの拳が、ハデスの顔面に直撃！ 裏魔法で武装したはずのハデスに一体何が‥‥!? ハッピー達が魔導戦艦の船底で見つけたのは、ハデスの力の源となる“悪魔の心臓”だった。ハッピー達に己の“心臓”を破壊されたハデスは、その強大な力を失ってしまったのだ！ 妖精の尻尾（フェアリーテイル）とハデスの戦いは、いよいよ本当のクライマックスへ!! そして、覚醒したゼレフが、誰も想像できない、驚愕の世界の訪れを告げる‥‥!!
妖精の尻尾（フェアリーテイル）に敗れ、戦艦で逃げ出した悪魔の心臓（グリモアハート）の前に、ゼレフが姿を現した！ 絶望の黒魔導士が、非道の闇ギルドに報いの鉄槌を落とす！ 一方、街を襲い家族を奪った事をメルディに告白したウルティアと、ずっと秘密にしてきた父と娘の関係をギルダーツに打ち明けたカナ‥‥。人間達の愛情と現実が交錯する天狼島に、“アクノロギア”の影が迫る！ 「時代の終わりを告げる」という、その正体とは!?
“アクノロギア”とは、黙示録にある黒い竜！ 天狼島に降り立ち、妖精の尻尾（フェアリーテイル）に襲いかかる！ ギルダーツもラクサスも歯が立たない、その圧倒的なパワー。絶体絶命、虫ケラのように蹴散らされるフェアリーテイルをかばい、巨大な竜の前に立ちはだかったのは、みんなのマスター‥‥マカロフだった！ 我が子らを未来へ生かすために、生命を捨ててアクノロギアを止めるマカロフに、ナツ達はどうする!?
アクノロギアによって天狼島が消滅して7年。島と共に、ナツ達が消滅して7年。妖精の尻尾（フェアリーテイル）はかつての力を失い、フィオーレ最弱のギルドに落ちぶれていた。四代目マスター・マカオは、帰ってこない仲間達を思い出す事しかできない今のギルドを解散してしまおうかと悩んでいる。そんな時、フェアリーテイルを訪れた青い天馬（ブルーペガサス）のメンバー達。一夜はマカオに「天狼島はまだ残っている」と告げるが‥‥!?
天狼島を襲ったアクノロギアの“咆哮（ブレス）”から、ナツ達が生還した！ フェアリーテイル初代マスター・メイビスの力に守られ、人知れず7年間眠り続けていたのだ！ 帰ってきた天狼島組は、空白の時間を埋めるかのように、ギルドの仲間と大騒ぎ。しかし、失われた7年はやはり長く、物事が変わるには十分すぎる時間‥‥。父・ジュードを訪ねたルーシィが聞かされたのは、ジュードはひと月前に亡くなっているという事実だった‥‥！
不在だった7年の間に金庫を盗まれてしまい、明日の食費にも困っていたナツとハッピー。400万ジュエルの報酬を狙って、脱獄囚・ベルベノを捕まえに、バルサミコ伯爵主催の魔法舞踏会に乗り込む！ ベルベノの狙いは伯爵家に代々伝わる大切な指輪。その指輪を持つ者は伯爵の一人娘スーと結婚できるという。めちゃくちゃなダンスで舞踏会を大混乱させる妖精の尻尾（フェアリーテイル）のメンバーは、ベルベノを捕まえる事ができるのか!? そして、ベルベノの真の目的とは‥‥!!
ナツ達が請け負った依頼は、とある資産家の金塊を無事に送り届けるというもの。しかし金塊を運ぶ列車で乗り物酔いにやられ、ナツはいつも通りダウンしてしまう。そこに襲いかかったのが、密かに金塊を狙っていた大怪盗！ その名も“ケツプリ団”!! 必殺の大放屁（超クサイッ！）で、ルーシィ、ハッピー、シャルルは吹き飛ばされてしまい、グロッキーのナツとウェンディだけが取り残されてしまった。ナツと金塊を守るために、ウェンディがとった驚きの作戦とは!?
「あたし‥‥透明人間になっちゃった!? 」 お風呂上りのルーシィは、自分の身体を見てビックリ。はじめは慌てていたルーシィだったが、誰にも見えない事を利用して、妖精の尻尾（フェアリーテイル）のメンバーにいたずらを仕掛ける！ ルーシィのいたずらで大混乱に陥ったものの、なんとか落ち着きを取り戻したギルド。さあ、戻る方法を考えようと思ったが‥‥。いくら知恵を絞っても、戻る方法が見つからない！ しかも、戻れないだけじゃない、衝撃の事実も判明し‥‥。絶体絶命の大ピンチ、ルーシィの運命やいかに‥‥!?
“連続教会破壊事件”が新聞を賑わしているある日の事。ルーシィを訪ねて、妖精の尻尾（フェアリーテイル）に見知らぬ少女がやって来た。彼女の名はミッシェル。今は亡きジュードの遺品を渡すため、娘であるルーシィをずっと捜していたという。渡された遺品は、何に使うのかわからない一本の鉄の棒。首を傾げるルーシィだったが、それ以上に、突然現れた妹分のようなミッシェルが気になってしまう。ルーシィは、これから行くあてがないというミッシェルに、一緒に暮らす事を提案する。
ジュードの遺品に、突然古代文字が浮かび上がった！ 文字の解読にとりかかるルーシィだったが、それが一向に進まない。一方、久しぶりに出会ってしまったナツとラクサスとガジルは、一触即発乱闘寸前！ マグノリアの街を巻き込んで、決着をつける“決闘祭り”に発展してしまう。最強ラクサスと、ナツ、ガジルのガチバトルの行方は‥‥!? そして、仕事から戻ったレビィの協力で遺品の古代文字を解読したルーシィ。そこに書かれていた、謎のメッセージとは‥‥!?
ある日、妖精の尻尾（フェアリーテイル）を訪ねてきた、ココ、ヒューズ、シュガーボーイ。エドラスで旧知の面々だ。しかし三人は「ルーシィを渡せ」と言い放ち、いきなり襲いかかってきた！ なんと彼らはアースランドのココ、ヒューズ、シュガーボーイだったのだ！ ヒューズの魔法でナツが操られ、ギルドは火の海に！ このままではルーシィが連れ去られてしまう!! 彼らの狙いとは!? そして、その時ミッシェルがとった驚きの行動とは!?
人を自由に操るヒューズの魔法で、崖から転落するルーシィとミッシェル。ルーシィは星霊の力でなんとかヒューズに対抗する。ナツは、相手の魔法を吸収してしまうシュガーボーイの魔法に大苦戦中だ。彼らの正体は、フィオーレ最大の教会組織「ゼントピア」に所属する戦闘部隊・レギオン隊！ 襲撃は勢いを増し、ギルダーツとバイロ、パンサーリリーとココなど、フェアリーテイルとレギオン隊の乱戦はエスカレート！ そして、ルーシィを狙うレギオン隊の本当の目的が明かされる!!
レギオン隊の目的は、ルーシィの父・ジュードの遺品である時計の針を奪う事だった。父の遺品を奪われ意気消沈するルーシィ‥‥しかしナツ達は、レギオン隊が掲げる「聖戦」の意味を探り、遺品を奪還するため早速動き出す！ 時計の針に隠された秘密を探るべくルーシィの生家へとやって来たナツ達。ジュードが残した謎かけ（アナグラム）を解き明かし、ついに重要な手掛かりを手に入れるが、そこにまたもやレギオン隊が現れる!!
「星空の鍵」という絵本に、ジュードの遺志と世界に訪れる混沌の謎が隠されている事がわかった。父は自分に針を託し、残りの部品を各地の遺跡に分散して隠したのではないかと推測するルーシィ。時計の部品が集まった時、一体何が起きるのか。レギオン隊が求める聖戦と混沌とは何か。その答えを求め、妖精の尻尾（フェアリーテイル）は五つのチームに分れて、残りの部品を探す旅に出る!!
砂漠に遺跡の入口を見つけたナツ達は、流砂と共にその内部へと飲み込まれてしまった。遺跡の中は様々なトラップだらけ。暴れるだけのナツに少々おマヌケなルーシィとハッピー。そこにミッシェルとロメオを加えたこのチーム。目的の最深部へ、たどり着く事ができるのか!? 一方、グレイ、ジュビア、リオンの三人も教会跡の遺跡に到着。そこは岩が浮遊する不思議な空間だった。岩の仕掛けをクリアしたグレイ達は、同じく時計の部品を探しにレギオン隊のシュガーボーイに出会う!!
ルーシィの父・ジュードの遺品の謎を追って、地下聖堂にたどり着いたナツ達。そこにレギオン隊のダンとココが襲いかかってきた！ ダンの槍のせいで、ルーシィがちっちゃくなったりハッピーが巨大化したりの大騒ぎ！ ナツとダンのバトルが激しさを増す一方で、ルーシィ達を追いかけていたココが落とし穴にはまってしまう。とっさにココの手をつかんだルーシィだったが、結局二人とも奈落の底へ‥‥。敵同士なのに助けてくれたルーシィに心を揺らすココの目の前で、今度はルーシィが危険な罠にはまって‥‥!?
時計の部品を手に入れるべく魔導図書館に到着したエルザ達が出会ったのは、あの真の悪（ワル）・ケツプリ団だった！ エルザ・シャルルとケツプリ団は早速険悪な雰囲気になってしまうが、この出会いを何とか平和的に解決したいウェンディは自ら再び黒タイツ姿に変身する！ さらに、なぜかエルザも黒タイツ姿になって‥‥!? 一方、ダンと激闘を続けるナツ達。ダンが持つ魔法を拡散させる盾には、ナツの炎が通用しない。打つ手がない状況で、ハッピーとミッシェルが思いついた秘策とは‥‥!?
シャドウ・ギアとガジル＆パンサーリリーのチームは、目的地である険しい岩山にたどり着いた。そこで待ち構えていたのはレギオン隊の頭脳・サミュエル。リリーとサミュエル、エクシード同士のバトルが幕を開ける！ だが力と経験で上回るリリーはサミュエルを圧倒、ガジル達も時計の部品を掘り当てて勝負あり‥‥と思われたが、それはすべてサミュエルの計算であり作戦だった!! 一転大ピンチに陥るガジル達は、緻密に積み上げられたサミュエルの計算を超える事が出来るのか!?
ダンを倒したナツ達の前に、レギオン隊を束ねるバイロが現れた！ 最強の力で襲いかかるバイロにナツ達は‥‥!? そして、ミラジェーン、エルフマン、リサーナの三人も時計の部品を手に入れていたが、そこにはレギオン隊のマリー・ヒューズが！ 人間を意のままに操る事の出来るタクトを持つヒューズは、ミラジェーンの体からサタンソウルだけを引きずり出す。暴走するサタンソウルに倒されるエルフマンとリサーナ。弟妹を助ける事が出来ないミラジェーンは、サタンソウルを凌ぐ、封印されていた第二の魔力を出現させる‥‥!!
ルーシィの父の遺志と遺品を守るため、隠された時計の部品を探す妖精の尻尾（フェアリーテイル）。時計の針を奪われたナツは、魔法を無効化する能力を持つバイロと激突する。炎をかき消され本来の力を発揮できないナツは、格闘でもフィオーレで5本の指に入るというバイロに叩きのめされる。仲間のために何度でも立ち上がるナツと、自身が信じる正義のためには何を犠牲にしてもかまわないというバイロ。二人の戦いが沸点に達したその時、誰もが驚くまさかのヤツらが現れた‥‥!!
妖精の尻尾（フェアリーテイル）とレギオン隊の前に現れたのは、かつてニルヴァーナをめぐりナツ達と死闘を繰り広げた六魔将軍（オラシオンセイス）！ ブレイン二世をリーダーに、パワーアップした新生オラシオンセイスは、圧倒的な攻撃でフェアリーテイルとレギオン隊を戦闘不能にしてしまう。完成した無限時計と共に消えてしまったオラシオンセイス。世界の命運を握る“時計”の物語‥‥フェアリーテイル、レギオン隊、オラシオンセイス、三つ巴の激闘が、ここに幕を開けた!!
六魔将軍（オラシオンセイス）が無限時計を奪い去ってから、フィオーレ全土で頻発する教会襲撃事件がさらに激しさを増した。なぜ教会が襲われるのかはわからないが、これ以上ヤツらの勝手にはさせられない！ オラシオンセイスの居場所の特定とメンバーの組分けをカナの占いにゆだね、ナツ達は反撃のため出発する！ それと同時に、レギオン隊が属するゼントピアの裏側では、事態をさらに悪化させる陰謀が進行していて‥‥。
カナの占いで新たなチームを編成した妖精の尻尾（フェアリーテイル）。ナツ、ルーシィ、エルフマン、ミッシェルのチームは、教会爆破を目論む六魔将軍（オラシオンセイス）のジャックポットと出会う。チームの連携がとれず苦戦するナツ達。ナツ達だけではなく、ほかのチームもメンバーの折り合いが悪く、どこも険悪ムード。絆が自慢のフェアリーテイルを襲う突然の不協和音。対する敵は、どのチームも超強力！ ナツ達だけじゃない！ ガジルやジュビア、ウェンディにも危機が迫る‥‥!!
無限時計を巡る妖精の尻尾（フェアリーテイル）、レギオン隊、新生六魔将軍（オラシオンセイス）の三つ巴の戦いは激しさを増していく！ ナツ達は教会襲撃を続けるオラシオンセイスとフィオーレ各地で大激闘！ その頃、評議員のラハールとドランバルトは、とある教会の奥で一人の少女と出会う。「生きる事を諦めた」という彼女に、ドランバルトは自分が見捨て死なせてしまったと思い込んでいるウェンディの面影を重ねる。そこへ現れたオラシオンセイスのレーサー。ドランバルトは、襲いかかる強大な敵から少女を守る事ができるのか!?
ギルダーツとラキが保護した女性の名は、ミッシェル・ロブスター。しかしミッシェルは、ナツやルーシィと共に教会襲撃騒動に巻き込まれている最中のハズ。ルーシィの血縁を名乗り現れたミッシェルとは、一体何者!? エルザ vs. コブラ（六魔）、ガジル＆ジュビア vs. ガットマン（レギオン隊）。各地で激戦は続き、いよいよこの戦いの真の狙いが明かされる‥‥！ そして、ナツとルーシィの前に現れた、六魔将軍（オラシオンセイス）最後の一人とは‥‥!?
無限時計とは、「リアルナイトメア」という“時”を操る大魔法を発動させるための装置だった。六魔将軍（オラシオンセイス）を束ねるブレイン二世は、「リアルナイトメア」による世界の破滅を目論んでいたのだ。正体を現した六魔最後の一人イミテイシアに気絶させられたナツは、牢獄の中で目を覚まし、ルーシィの姿がない事に気づく。同じ牢獄に囚われていたケツプリ団と共に脱獄を試みるが‥‥。
無限時計は、ついに「リアルナイトメア」を発動させてしまった！ ルーシィを生贄に、魔法が完成するまでもう時間がない！ すべてを知って、無限時計を止めるために動き出した妖精の尻尾（フェアリーテイル）も、ガジルが老けたりハッピーが犬になったり、「リアルナイトメア」のせいで大混乱！ そこに襲いかかったレーサーと、仲間を先に行かせるため対峙する役を買ってでたミラジェーン。二人の壮絶バトルの行方は!? そして、牢を抜け出しルーシィを探すナツの前に、最悪の敵ガットマンが現れる!!
無限時計復活のために捕らわれたルーシィを追って無限城を駆け上がるナツ達だったが、六魔将軍（オラシオンセイス）の妨害にあい、思うように先に進めない。限られた時間の中で、焦る妖精の尻尾（フェアリーテイル）のメンバー。そんな中、ハッピーがある事を思いつく。「新生オラシオンセイスを全員倒せば、無限時計の所有権が解除され、ルーシィも開放されるんじゃ‥‥」ハッピーのアイデアで作戦は決まった！ フェアリーテイル全員で、オラシオンセイスをぶちのめせ!!
ついにルーシィのもとにたどり着いたナツ達の前に、ミッシェルの仮面を脱ぎ捨て、ルーシィを渡すまいとするイミテイシアが立ちはだかる。エルフマンを軽くあしらうほどの力を持ったイミテイシアを倒さなければ、ルーシィを開放する事はできない！ 一方、無限城の他のフロアでは、エルザ×コブラ、グレイ×エンジェルのバトルもスタート！ 巨大な無限城を揺るがして、フェアリーテイルの大暴れが始まる‥‥!!
刻一刻と無限時計に取り込まれていくルーシィ。イミテイシアに苦戦するナツの前に、さらにブレイン二世も現れた！ 二人の強敵に、ナツはやられてしまうのか!? 一方、ルーシィと無限時計の融合を遅らせる手段を発見したフェアリーテイル。レギオン隊も協力し、無限城から無数に伸びる鎖を破壊するが、残された時間はあまりにも少なく‥‥。そして明かされる、ルーシィの過去に秘められていたイミテイシアの正体とは!?
「戻りたい‥楽しかったあの頃に‥」 最後の力を振り絞り、ルーシィに想いを伝えるイミテイシア。その言葉を聞いた途端、ルーシィの中に眠っていた彼女との幼い頃の記憶が蘇る。一方、ブレイン二世のジェネシス・ゼロによって発動された闇に飲み込まれたナツ。未来を犠牲にしてまで強大な力を手に入れたブレイン二世に、今を生きるナツの渾身の一撃が放たれる！ 世界の運命は？ ナツはルーシィを救えるか!? 未来を懸けた最終バトル、ついに決着!!
星空の鍵を巡る戦いが終わった。いつも通りの騒がしさを取り戻した妖精の尻尾（フェアリーテイル）のギルドに、バイロ達レギオン隊の面々がやって来た。昨日の敵は今日の友！ 事件解決を祝って、全員入り乱れての宴が始まる!! 一方、帰還したナツの事を話す二人の魔導士。それぞれにネコを連れた二人が所属するギルド・剣咬の虎（セイバートゥース）は、ナツ達が天狼島で眠っていた7年の間にフィオーレ最強に上り詰めたという‥‥。待望の新章「大魔闘演武編」スタート!!
久しぶりの手合わせで、ナツがマックスに大苦戦!? 天狼島組が眠っている間も修行を積み、着実に強くなっていたライバルの姿に、失われた7年の大きさを痛感するナツ達。手っ取り早く魔力を上げられる方法を探すものの、ポーリュシカに一喝されてお手上げ状態！ そして、この7年の間にギルドの勢力図も一変し、今や断トツの最弱ギルドに成り下がってしまった妖精の尻尾（フェアリーテイル）。その汚名を一気に返上する方法があるというのだが‥‥!?
マビスは、天竜島での一人旅に飽きてしまい、仲間たちが一緒に合宿に行くことを知らずに、ギルドを訪ねることにした。そのグループはナツとグレーによって引き起こされる多くの問題に直面している。女の子が酔っ払ったらどうなりますか?
最強ギルドの称号と3千万ジュエルを手にするため、目指すは「大魔闘演武」優勝！ 大魔闘演武とは、魔法を使った様々な競技で“魔”を競い合う祭だ。大魔闘演舞は3か月後に開催される。それまでに7年のブランクを埋められなければ、とてもじゃないが優勝なんて出来るわけがない。天狼組はそれぞれに合宿をはり、パワーアップを目指す事になった。ナツ達が合宿の場所に選んだのは海！ しかし、順調（？）に魔力を上げるナツ達の前に突然バルゴが現れ、星霊界が滅亡の危機にあると告げる‥‥!!
星霊界での1日は人間界での3か月!? 時間の流れの違いにより、貴重な修業期間を失ってしまったナツ達。フィオーレではナツ達が大魔闘演武に参加する事が知れ渡り盛り上がっている。困り果てるナツ達は、何者かの呼び出しを受け出向いた場所で、今も投獄されているはずのジェラールと悪魔の心臓（グリモアハート）のウルティア＆メルディに出会う。三人は、ナツ達がある依頼を受けてくれたら、その代わりに大魔闘演武で戦えるよう魔力を増大できるようにしてくれるというが‥‥!?
大魔闘演武が開催されるフィオーレ王国の首都クロッカスにやって来たナツ達。「参加者は深夜12時までに指定された宿に帰る事」という規則を確認し、それぞれにクロッカスの街へと繰り出す。しかし、ナツとハッピーは剣咬の虎（セイバートゥー）の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）・スティングとローグに出会ってしまい、一触即発の状態に！ 自分達を第三世代と称し、ナツを旧世代とバカにする二人。本戦で思い知らせてやる事を心に誓うナツ。そして近づく深夜12時‥‥。謎に満ちた、大魔闘演舞の幕が開く!!
ついに始まった大魔闘演武！ まずは予選の空中迷宮（スカイラビリンス）！ この迷宮を抜け、先にゴールへたどり着いた8チームが本戦へ進出できる。時間に間に合わなかったウェンディの捜索をリサーナとハッピーに任せ、エルフマンをチームに加えたナツ達。スカイラビリンスは、空に浮かぶ巨大な球で、それ自体が回転する立体迷路。予選突破は狭き門。ナツ達は、8位以内でゴールできるのか!? そして、姿を消したウェンディとシャルルの行方は!?
大魔闘演武本戦、5日間に及ぶバトル祭がいよいよスタート!! イケメン軍団・青い天馬（ブルーペガサス）や聖十（せいてん）のジュラを擁する蛇姫の鱗（ラミアスケイル）、妖精の尻尾（フェアリーテイル）に私怨を向ける闇ギルド・大鴉の尻尾（レイヴンテイル）など、強力なギルドが次々と登場して歓声高まる会場は、優勝候補筆頭、最強ギルド・剣咬の虎（セイバートゥース）の入場を待って興奮最高潮へ！ しかし、一つ残った出場枠‥‥。誰も予想できなかった、意外なチームが現れる‥‥!!
本戦のオープニングゲームは「隠密（ヒドゥン）」！ マトーくんの掛け声と共に、競技場に広大な街が出現した!! これは参加者達のコピーであふれる街の中から本物を見つけ出し、一撃を与えポイントを獲得していく競技だ。騙し騙され、一触即発のかくれんぼ！ 妖精の尻尾（フェアリーテイル）Aチームからは、必勝の決意でグレイが参加するが、なぜか大鴉の尻尾（レイヴンテイル）のナルプディングに執拗に狙われてしまう。どんどんポイントを奪われるグレイに反撃の手はあるのか!?
大魔闘演武初日の後半戦は1対1のバトルパート！ 競技パートで0ポイントだった妖精の尻尾（フェアリーテイル）Aチームからは、ルーシィが選出される。相手は、大鴉の尻尾（レイヴンテイル）から伸縮自在の赤髪を操るフレアだ。ウェンディにグレイ、仲間を続けて傷つけられた因縁のギルド相手に、ルーシィの怒りが爆発。いきなり星霊を二体同時に呼び出し、フレアを圧倒する！ しかし、魔力では勝てないと悟ったフレアは、観客席で応援している幼いアスカを人質に取る。フレアの卑劣な手になすすべがないルーシィは、このまま敗北してしまうのか‥‥!?
第3試合はオルガ・ナナギア vs. ウォークライ。目下最強のギルドと謳われる剣咬の虎（セイバートゥース）の実力を見ようと、ナツやエルザ達も大注目！ そして第4試合、妖精の尻尾（フェアリーテイル）Bチームから、ジェラール扮するミストガンが登場。屈辱を味わったルーシィ達のためにも勝利を誓う！ だが対するは‥‥今大会最強候補筆頭、大陸中でたった10人にしか与えられない聖十（せいてん）の称号を戴くジュラ！ ジェラールは最強の相手から、フェアリーテイルの初勝利をもぎ取る事が出来るのか‥‥!?
大魔闘演武初日が終了し、妖精の尻尾（フェアリーテイル）はA・Bチームが揃って惨敗！ しかしナツを筆頭に、誰一人うつむく者はいなかった。「今日の敗戦は明日の勝利への糧」と、2日目以降の巻き返しを誓う！ そして2日目。競技パートは連結された戦車の上から落ちないようにゴールを目指す、その名も「戦車（チャリオット）」。フェアリーテイルAチームからは満を持してナツが登場！ Bチームからガジル、剣咬の虎（セイバートゥース）からはスティングが出てきて‥‥競技はまさかの展開に!?
大魔闘演武2日目バトルパート第2試合は、四つ首の番犬（クワトロケルベロス）のS級魔導士バッカス vs. 妖精の尻尾（フェアリーテイル）Aチームのエルフマン！ かつてはエルザと互角に戦ったというバッカス、試合に勝ったらミラジェーンとリサーナをもらうと宣言する。姉と妹、何より自分自身を侮辱されたエルフマンは怒りのテイクオーバーで対抗するが‥‥!? 一方、ウェンディとシャルルが誘拐された事件には、意外な人物が黒幕にいる事が判明。大魔闘演武に隠された陰謀が、ついに姿を現し始める!!
2日目バトルパート第3試合。妖精の尻尾（フェアリーテイル）Bチームからミラジェーン、対するは青い天馬（ブルーペガサス）からジェニー。しかしこのバトルには特別ルールが採用され、どちらがよりセクシーで魅力的かを観客にアピールするグラビア対決になってしまう！ 元トップモデル同士の競演に、美しさに自信を持つ人魚の踵（マーメイドヒール）がなぜか参戦!? さらにルーシィやエルザ、ジュビアまで乱入してきて‥‥!! スク水、ネコ耳、ウェディングドレス、次々と出されるお題に応える事はできるのか!?
大魔闘演武2日目、バトルパート最終試合は剣咬の虎（セイバートゥース）ユキノ vs. 人魚の踵（マーメイドヒール）カグラ！ この戦いの勝敗に互いの生命を賭ける取り決めを交わした二人。星霊魔導士のユキノは、黄道十二門・双魚宮のピスケスと天秤宮のライブラを召喚して戦うが、カグラには通じない。カグラの強さを悟ったユキノは、黄道十二門を超える力を持つという十三番目の星霊を呼び出す‥‥!! 虎と人魚の戦いの結末は!?
大魔闘演武2日目の夜。エルザは、楽園の塔で仲間だったミリアーナと再会する。人魚の踵（マーメイドヒール）の魔導士になっていたミリアーナ。思いがけない再会を喜ぶエルザだったが、ミリアーナの心がジェラールへの深い恨みに支配されている事を知ってしまう。一方、カグラに敗れたユキノは、剣咬の虎（セイバートゥース）の名を汚した罪でギルドを辞めさせられてしまう。屈辱に落とされたユキノは、その足で妖精の尻尾（フェアリーテイル）がいる宿を訪れるのだが‥‥!?
自らが持つ黄道十二門の鍵二つをルーシィに譲るため、妖精の尻尾（フェアリーテイル）のもとを訪れたユキノ。剣咬の虎（セイバートゥース）が仲間であるはずのユキノにした仕打ちを聞いたナツは、怒りに震えセイバーの宿に殴り込みをかける！ ナツと最強ギルドの場外乱闘の行方は!? そして大魔闘演武3日目。100体のモンスターを順番に倒していく競技・パンデモニウム（伏魔殿）。フェアリーテイルから満を持して登場したエルザが言い放った、会場中が驚愕する宣言とは‥‥!!
8人の参加者が順番に100体のモンスターを倒す、その名もパンデモニウム（伏魔殿）。ランクの高いモンスターがいる事を考慮し、欲張りすぎず戦う事が重要なこのゲーム。参加者達が頭を悩ませる中、クジ引きで最初の挑戦権を得たエルザは、なんといきなり「挑戦権100」を宣言してしまう！ エルザ1人対モンスター100体！ あまりにも無謀な、妖精女王（ティターニア）の死闘を見届けろ!!
100体のモンスターをただ一人で倒しきったエルザ！ MPF（魔力測定器）でカウント不能の数字を出したカナ！ 大魔闘演武が始まって以来いいとこなしの妖精の尻尾（フェアリーテイル）、いよいよ本気の反撃が始まった!! 3日目のバトルパートは進み、フェアリーテイルBチームから登場したラクサスの相手は大鴉の尻尾（レイヴンテイル）アレクセイ。レイヴンテイルのマスターは、ラクサスの父であり、フェアリーテイルのマスター・マカロフの息子であるイワン。因縁深すぎる対決に、思いもよらぬ仕掛けと思惑‥‥!?
大魔闘演武3日目、バトルパート第3試合。父・イワンの謀略により大鴉の尻尾（レイヴンテイル）のメンバー五人全員と戦う事になってしまったラクサス。妖精の尻尾（フェアリーテイル）を倒すために集められた精鋭と実の父を相手に、ラクサスは勝利する事ができるのか!? そして第4試合、ウェンディと戦うのは蛇姫の鱗（ラミアスケイル）のシェリア！ 可憐すぎる美少女対決は、あっと驚く壮絶バトル‥‥!?
天空の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）・ウェンディと天空の滅神魔導士・シェリア、二人の天空魔法がぶつかり合う大激闘！ 魔法で自己回復ができるシェリアには、どんな攻撃も通用しない。一方的にやられるウェンディだったが、仲間の思いを背負ってギルドのために戦う覚悟は揺るがない。ウェンディ、起死回生の秘策とは!? 小さな拳を握り締める、二人の少女の戦いの結末は!? 一方、闘技場の外では、ミストガンを装って大魔闘演武に参加しているジェラールが、評議員のドランバルトに正体を見抜かれるのだが‥‥。
大魔闘演武はいよいよ4日目！ 競技パートは、宙に浮いた水の球の中で戦う海戦（ナバルバトル）！ 得意の水流魔法で他の魔導士達を圧倒するジュビアと、星霊アクエリアスを召喚して対抗するルーシィ。全チーム参加のバトルロイヤルは、妖精の尻尾（フェアリーテイル）の独壇場かと思われたが、それまでまったく存在を消していた剣咬の虎（セイバートゥース）のミネルバが一転して攻勢に出る。ミネルバの圧倒的な力と残虐性が、ルーシィに襲いかかる‥‥!!
ただ勝つだけでは飽きたらず、ルーシィをいたぶったミネルバの戦い方に、ナツやエルザ達の怒りは爆発寸前！ 妖精の尻尾（フェアリーテイル）と剣咬の虎（セイバートゥース）は一触即発の状態になってしまう。そして続いて行われるバトルパートでは、なんとその両者がぶつかる組み合わせに！ 大鴉の尻尾（レイヴンテイル）の失格により、A・Bチームを統合して臨むフェアリーテイルの新たなメンバーは？ 闘技場がヒートアップするタッグバトルは、青い天馬（ブルーペガサス）一夜の登場で幕を開ける!!
大魔闘演武4日目、バトルパートはタッグバトル！ 第2試合は蛇姫の鱗（ラミアスケイル）リオン＆ユウカ vs. 人魚の踵（マーメイドヒール）カグラ＆ミリアーナ！ カグラからの試練で、一人バトルを任されたミリアーナはリオンとユウカ相手に大奮闘するが‥‥!? そして第3試合、ついに始まる妖精の尻尾（フェアリーテイル） vs. 剣咬の虎（セイバートゥース）！ ナツ、ガジル、スティング、ローグ‥‥四人の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）が激突する異次元の闘い!!
超えるべき目標としてきた相手を前に、序盤から一気に攻め立てるスティングとローグ。しかしその攻撃をものともせず受け止め、二人に格の違いを見せつけるナツとガジル。白熱するバトルは、スティングとローグが自らの意志でドラゴンフォースを発動させた事で様相が一変‥‥第三世代ドラゴンスレイヤーの進化した力がついに発揮される！ 圧倒的なパワーで襲いかかるスティングに、ナツとガジルは敗れ去ってしまうのか!?
全身全霊をぶつけ、万感の思いを込めたバトルもついに決着！ 不遇の7年を強いられた仲間のため、傷つき倒れたルーシィと、ハッピーの揺るがない信頼に応えるため、ナツは仲間への思いを力に変えてスティングとローグを圧倒する！ だが、スティングとローグの合体魔法（ユニゾンレイド）「聖影竜閃牙」がナツに炸裂し‥‥!? 勝利者の名が宣告されたその時、そこに立っていたのは誰だ!?
第298章より転載。グランド・マジック・ゲームの開催中、様々なギルドがプールに集まって遊ぶ(その結果起こる混乱は)のが舞台。
はるかかなたの町で、真島さんの漫画 「フェアリーテール」 のルーシーさん、奈津さん、ハッピーさんはトラブルメーカーを見つけて対処することを使命としている。事情が分からずにはぐれてしまいました。同じことが、真島さんの漫画 「レイヴマスター」 のエリーさんとハルさんにも起こる。ルーシーとエリーは何とかお互いに出会い、一緒になってそれぞれのパートナーを見つけようとする。
フィオーレ一番のギルドを決める魔導士達の祭典『大魔闘演武』。その四日目の戦いでタッグバトルをナツが制し、フェアリーテイルはついに首位に躍り出る。その夜、チームの快進撃を祝い、ギルドのメンバー達は盛大な宴会を催していた。そんな祝勝ムードの彼らの元に、闘技場の地下で、あるモノを見つけたというガジルがやってくる。彼が発見したモノ、それはおびただしい竜の骨で埋め尽くされた『ドラゴンの墓場』だった。
竜の幽霊ジルコニスから、ドラゴンスレイヤーが生まれた理由を聞かされたナツ達は、その衝撃の事実に戦慄する。そこへ、王国を救う為のある計画を遂行するべく、王宮の騎士団長アルカディオスが接触。彼はナツ達をメルクリアス城に案内し、星霊魔道士であるルーシィに協力を願い出る。しかし、そのすぐ後ろには、アルカディオスの計画を快く思わない、王国の大臣ダートンと兵達が迫っていた。
ついに始まった大魔闘演武最終戦。そのバトル形式は、クロッカスの街を丸ごと舞台にしたチーム全員参加のサバイバルゲームであった。街の至るところで激戦を繰り広げる各ギルドの魔導士達。目まぐるしく戦況が変化する中、フェアリーテイルチームは、何故か一歩も動こうとしない。果たして、彼らの真意は？一方、別働隊のナツ達は、囚われてしまったルーシィを救出するべく、再びメルクリアス城内へと向かう。
大魔闘演武の最終戦で、記憶の造形魔法を使うセイバートゥースの魔導道士・ルーファスと対決するグレイ。大会初日に彼に敗れた事もあり、グレイは何とかその雪辱を晴らそうと奮闘するが、またもや苦戦を強いられ、次第に追い込まれていってしまう。しかし、それでも彼の勝利を信じて見守るフェアリーテイルのメンバー達。果たしてこの圧倒的不利な状況のグレイに、打開する策はあるのか。
セイバートゥースのルーファスを相手に、辛くも勝ち星を上げるグレイ。勝利に沸き立つ、フェアリーテイルのメンバー達。一方、王宮メルクリアスの地下にある『奈落宮』へ落とされたナツ達は、出口を探しさ迷っていたところ、重傷を負ったアルカディオスを発見する。事情を聞こうとするナツ達だが、そこへ謎の集団が襲いかかる。それはフィオーレ王国に仇なす者を始末する、王国最強の処刑人『餓狼騎士団』だった。
奈落宮で餓狼騎士団と激闘を繰り広げるナツ達は、戦闘の最中、魔力のぶつかり合う衝撃でバラバラに弾き飛ばされてしまう。はぐれた後も、各所で戦いを続ける仲間達。その一角、ルーシィとユキノは騎士団の一人・ウオスケと戦うことになる。重力変化の魔法で二人を翻弄するウオスケ。一方、星霊を召喚する『星霊の鍵』が奪われている為、ルーシィとユキノはまともに戦う事が出来ない。果たして、彼女たちに反撃のチャンスはあるのか。
ウオスケの攻撃でマグマの中に落とされ、大ピンチのルーシィとユキノだったが、アルカディオスの決死の覚悟により、何とか溶岩の中から脱出する。しかし、二人を助け出したアルカディオスは力尽き、マグマに沈んでしまう。そんな絶体絶命の窮地を救ったのは、ルーシィの星霊であり、フェアリーテイルの仲間でもある『獅子宮の星霊レオ』だった。彼の助力で、星霊の鍵を取り戻したルーシィとユキノは、ついに反撃に出る。
餓狼騎士団との攻防もいよいよ大詰め。奈落宮の一角で、騎士団の一人カミカと戦うミラジェーン。多彩な効果を持つ紙を操る魔法で攻撃するカミカだったが、サタンソウルで悪魔の力を接収したミラジェーンには敵わない。同じ頃、各所で餓狼騎士団と激闘を繰り広げていたナツ達、他のメンバーも次々と敵を蹴散らしていく。仲間を想い、本気になったフェアリーテイル達には、王国最強の処刑人達も圧倒されてしまうのだった。
フィオーレ王国の影の処刑人・餓狼騎士団との闘いを制したナツ達は、奈落宮の出口と思しき扉へとたどり着く。しかし、いざ先へ進もうとすると、扉の向こう側から「マント姿の少女」が現れるのだった！ジェラールたちがかねてから追っていた「ゼレフに似た謎の魔力」を持つという少女の正体が、ついに明かされる！？一方、地上の大魔闘演武決勝戦では、エルザと人魚の踵(マーメイドヒール)のカグラが激闘の火花を散らすが、そこへ乱入する人物が現れて！？
ミネルバの卑劣な策に巻き込まれたミリアーナ。彼女を救うべく、エルザとカグラは戦いを余儀なくされる。そのバトルで、仇であるジェラールに味方をするエルザに、憎しみの炎を燃やすカグラ。怨みを力に変えた彼女の前に、エルザは圧倒されてしまう。そして彼女の口から語られる、悲しい過去。それはエルザにとっても、辛い過去を思い起こさせる出来事だった。
カグラとの激闘を続けるエルザ。しかし、必殺の鎧換装の魔法もことごとく打ち砕かれ、なす術がない。だが、満身創痍になりながらも、それでもエルザは、自分を生かす為に死んでいったかつての仲間の為、そして自分の勝利を信じる今の仲間の為、決して勝負を諦めない。一方、未来から来たルーシィと出会ったナツ達は、彼女からフィオーレ王国全てを震撼させる、恐るべき事実を聞かされる。
大魔闘演武決勝戦も佳境。クロッカスの街の一角で、セイバートゥースのローグと対決するガジル。戦闘は、鉄竜の魔法を駆使するガジルがローグを圧倒していたが、その時、ローグに謎の声が届き、その声に導かれたローグが突然豹変。異質な影の力を宿し、突如ガジルを圧倒し始める。一方、奈落宮を脱出したナツ達は、仲間と合流するべく王宮の通路を駆け抜けていた。
大魔闘演武決勝戦で、黒い影に憑依された剣咬の虎（セイバートゥース）のローグはガジルを追い詰めていた。だがガジルは影の属性を自らも吸収し、反撃に転じる！ 猛烈な勢いでローグを翻弄するガジルの影。型破りの戦いで、勝利を手にするのはどちらなのか････！？ 王宮では、行く手を阻む王国軍兵士の魔法部隊と交戦していたナツたちの前に、またしてもあの強敵が立ちはだかっていた。悲惨な未来を変えようと奮闘するナツたちの想いと、罪人を決して許さない敵の理念がぶつかり合う！
大勢の敵に取り囲まれながら、ナツたちがなんとか突破口を開こうとしている頃、蛇姫の鱗(ラミアスケイル)のジュラとラクサスは、力の限りに激突していた。全身全霊のぶつかり合いに、胸の内が熱くたぎるのを感じる二人。エルザは己の怒りの全てをミネルバへの攻撃に込め、同様にクロッカスのあちこちでは、グレイやジュビア、ガジルたちも皆、最後の力を振り絞っていた。戦いの中で輝く若者たちの姿をメイビスが見つめる。そして今、ついに大魔闘演武････決着！！
大魔闘演武のフィナーレにクロッカスの街は盛り上がるが、ナツたちは未だ王宮の地下で餓狼騎士団に足止めを食らっていた。ところが、いきなり敵勢である王国軍兵士の「影」が動き出して････！？一方、ドラゴンの大群が国を襲うという予言を真実だと結論づけ、エクリプス計画の第2段階を宣言するヒスイに、地下から戻ったアルカディオスはある疑念を唱えた。時を同じくしてジェラールは、察知した謎の魔力の正体に気づき、誰もが見過ごしていた恐るべき事実に辿りつく！
影から姿を現したのは、未来のローグだった！ドラゴンに対抗する唯一の手段を今後ルーシィが邪魔する、という理由で、未来ローグは現在のルーシィを亡き者にしようとしていたのだ。未来ローグの攻撃を自ら身代わりとなって受けた未来ルーシィは、全てをナツに託して倒れた。自分たちのやり方で未来を守ると語るナツは、炎をまとい未来ローグの闇に立ち向かう！だが、地上ではヒスイの指示のもと、着々と「エクリプス・キャノン」の発射準備は進んでいて･･。重々しい音を立て、エクリプスの扉が、開く。
月蝕が支配する夜空の下、ついにエクリプスの扉が開いた！だが、ルーシィは扉を閉めなくてはならないと言い出し、扉に歩み寄っていく。襲い来る一万のドラゴンに対抗できる唯一の兵器だと未来ローグが語ったエクリプスの、真の姿とは････！？開いた扉の向こうに待っていたのは、誰もが予想だにしないものだった。現れた巨竜マザーグレアは大地を切り裂き、その咆哮が人々を絶望に陥れる。ナツは、そしてルーシィは、未来を守ることができるのか･･！？
未来ローグの策略も加わり、人類は４００年の過去からドラゴンの群れを招き寄せてしまった！操竜魔法でドラゴンを意のままに動かす未来ローグと戦うナツ。一方、グレイたち妖精の尻尾(フェアリーテイル)の仲間や他のギルドのメンバーは、街を破壊するドラゴンたちを止めるべく、それぞれに戦闘を開始していた。魔導士たちによる、人類の生き残りをかけた総力戦が始まる！そんな中、ジェラールの手引きで、評議院に捕えられていたある男が呼び寄せられ････。
ドラゴンの群れと魔導士たちの戦いが続く中、マザーグレアから大量の卵が街に降り注ぐ！卵から生まれた小型のドラゴンが魔導士たちにさらなる苦戦を強いるが、この時のためにドラゴンスレイヤーがいるのだというナツの言葉が、スティングたちに仲間を守る勇気を与えていた。そこに六魔将軍（オラシオンセイス）の毒の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）・コブラも参戦！戦況が人類に有利になったかに見えたその時、以前ナツたちがドラゴンの墓場で出会ったジルコニスが、思わぬ攻撃に出て････！？
７人の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）と７体の巨竜、さらに無数の小型ドラゴンや魔導士たちが入り乱れる戦場で、ルーシィは未来の自分が残したメモを発見、そこに記された内容に驚く。一方、炎のドラゴン・アトラスフレイムを利用してパワーアップしようとするナツ。抵抗するアトラスフレイムは、必死にしがみつくナツの中に炎竜王イグニールの存在を感じとって･･。果たして世界は、新たな竜の王となった未来ローグによって支配されてしまうのか･･！？
世界を元に戻す為とはいえ、罪のない“現代のローグ”を短絡的に殺そうと考えたウルティアは、自分の罪深さを知り一人愕然とする。その頃、ドラゴンとの局地戦を繰り広げる各ギルドの魔導士達は、ドラゴンの圧倒的なパワーに苦戦しながらも何とか踏みとどまっていた。その一角、リオンとグレイ、ジュビアは、共闘して小型ドラゴンの一掃を試みる！しかし、死角から現れた小型ドラゴンにエネルギー弾を放たれて・・・！？
激戦虚しく、街のいたるところで魔導士の命が奪われていく。滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）達も苦戦を強いられ、徐々に絶望の色が濃くなる中、ナツとルーシィは、未来を守ることができるのか・・・！？一方ウルティアは、かつて悪魔の心臓（グリモアハート）のマスターハデスが使用を禁じた、時魔法・「ラストエイジス」について考えていた。それは、時間を戻す代わりに、術者に大きな代償を払わせる魔法だというが・・・・・・！？
エクリプスの扉を破壊すれば未来が変わる！？未来ルーシィの残したメモ帳から一筋の光明を見出したルーシィ達は、ありったけの魔力で扉を壊そうとする。一方、ドラゴン・マザーグレアの上では、ナツと未来ローグの激闘が続いていた。凶気によって、過去を絶望に変えることすら厭わない未来ローグに対し、ナツの怒りが爆発！アトラスフレイムの炎を纏い、ナツ渾身の一撃が、炎の弾丸となって炸裂するのだった！！人と人、竜と竜、人と竜との前代未聞の闘いが、いよいよ決着の時を迎える！！！
ドラゴンとの死闘から数日後、王宮では「大魔闘演武打ち上げパーティ」が開かれることに。招待された各ギルドの魔導士たちも各々着飾って参加し、宴は大いに盛り上がるのだった。そんな中、会場の一角では、セイバートゥースのスティングたちと、かつてのギルドメンバーであるユキノが鉢合わせ！気まずい雰囲気に、ユキノはその場を去ろうとするが！？さらにヒスイ姫は、エクリプス計画の責任を取る為、国王の御前に自ら進み出て！？
ジェラールとメルディは、姿を消したウルティアを探し街中を彷徨っていた。すると一人の老婆が現れ、ある女性から預かったという１通の手紙を差し出す。ウルティアからの手紙だとメルディは喜ぶが、そこには思いもかけない言葉が記されているのだった。一方、馬車でマグノリアへ帰るナツたち一行の中で、グレイは一人、浮かない顔をしていた。小型ドラゴンと戦った時の、予知のような不思議な感覚を忘れられずにいたのだ。しかもそれは、子供の頃に感じた、ある感覚にも通じるものがあって･･･！？
大魔闘演武で優勝し、マグノリアに凱旋帰京を果たしたフェアリーテイル一同は、街の人々から盛大な祝福を受け、嬉しい記念品の贈呈を受けるのだった。王国最強になったことで、その後ギルドには沢山の依頼が来てみんな大忙し。ナツ・ルーシィ・ハッピーは“モグラ退治”の仕事に出かけることにする。しかし、依頼先のドロマーズの村へ着いてみると、地面はドロドロの泥沼状態で、巨大モグラ(？)が現れる！グレイ、エルザ、ウェンディ、シャルルにも手伝ってもらいつつ、果たして“モグラ退治”は成功するのか！？
スティングがマスターとなった新生セイバートゥースに、フロッシュと買い物に出かけていたレクターが、大声を上げて戻ってきた。フロッシュが行方不明！？スティング・ローグ・ユキノは、レクターと共にフロッシュを探しに出る。途中、通りすがりのガジルやウェンディ達に聞き込みをしながら、ようやくフロッシュを発見！するとフロッシュは、自力でギルドに帰ろうとしていた。ローグの発案で、フロッシュの様子を影から見守ることにするのだが･･･？フロッシュ初めての単独行動は、珍道中で･･･！？
ギルドの地下酒場は、グレイとジュビアが依頼主から貰ってきたビリヤード台で盛り上がっていた。そこへやってきたエルザは、ビリヤードの球を見て、ある懐かしい記憶を思い起こす。それは、ルーシィがフェアリーテイルに加入する前のお話。とある街のビリヤード店に来たエルザは、フェアリーテイルの所属だと嘘をついて悪事を働く、「ムーランルージュ」という女盗賊のことを知る。ギルドの名を汚されて怒り心頭のエルザは、隣のスイーツ店にいたムーランルージュに即時対決を挑むのだが････!?
「エクリプスの扉」の件で力を貸してくれた星霊たちに、お礼をしようと考えたルーシィとユキノは、空が開けた見晴らしの良い『星の丘』にやって来た。「みんなのやってみたいと思っていることを実現させてあげよう！」と、ルーシィ達は黄道十二門の星霊を順番に呼び出していく。ナツとハッピーにも手伝ってもらって、星霊たちのおもてなしは順調!!･･･のはずが、彼らの願いは、思いもよらない個性豊かなものばかりで･･･!?
フィオーレ王国では、最近各地で異常気象や自然災害が続いており、それらが天体の異常によるものではないかと、星霊魔導士に原因調査の依頼を出した村があった。自分にぴったりの仕事だと張り切るルーシィは、ナツ・ハッピーと共に、依頼主の村へ向かう。しかし、到着してみるとそこに村はなく、いきなり巨大ウミウシが襲ってきた!!しかも、応戦しようとルーシィが黄道十二門の星霊を呼び出そうとしても、全く反応がない!?やっとのことで召喚できたホロロギウムに尋ねると、星霊界に大変なコトが起きていると告げるのだった!!
ルーシィ達の前に現れた、姿も性格も豹変し、過去の記憶もないという黄道十二門の星霊達。彼らは、「完全なる自由」を手に入れるための儀式・“リベラム”を行おうとしていた。その後、ユキノが持ち込んだ古文書によって、リベラムには“天球儀”が必要なことが分かり、ギルドの面々は、チームに分かれて情報収集に当たることに。しかしそんな中、ナツは勢い込んで、単身星霊界に乗り込んでしまう！一方、魔導図書館に着いたルーシィ達の前には、「おしおき」をしたがるバルゴが現れ、猛攻撃を仕掛けてくる!!
ルーシィ達は、リベラムという儀式で自由を手に入れた星霊達が、「12日間の命」となってしまうという驚愕の事実を知る。そこで、星霊達を守るため、儀式が行われるという“アストラル・スピリタス”の場所を探す旅に出た一同は、道中ヒスイ姫とアルカディオスに偶然出会うのだった。星霊の異変は自分のせいだと言うヒスイは、なんと彼らを「強制閉門」できる鍵を持っていた!!これで戦わずに星霊を星霊界に送り返すことができる！と喜ぶルーシィ達。しかし、そこへユキノの星霊・ピスケスが現れ、鍵を奪ってしまい…!?
亜空間・「アストラル・スピリタス」では、黄道十二門の日蝕星霊たちが儀式･「リベラム」を行おうとしていた。ルーシィたちも、ようやくアストラル・スピリタスへたどり着き、「儀式が成功しても、与えられる自由は12日間だけ」という事実を彼らに伝える。後を追って来たエルザらも加わり、儀式を中断させることには成功するが、レオたちは、各星霊の宮へと繋がる12の門の中へ、それぞれ姿を消すのだった。そこでナツたちは、「強制閉門」の鍵を手に、それぞれの日蝕星霊たちの元へ向かう!!
「強制閉門」をするため、日蝕星霊を追うフェアリーテイルメンバー。ナツはレオのいる獅子宮の世界、ルーシィはバルゴのいる処女宮の世界へ。そんな中、宝瓶宮の世界に向かったウェンディとシャルルは、遊園地のような建造物に驚いていると、「あそぼー！」と言って無邪気に攻撃を仕掛けてくる子供姿のアクエリアスに遭遇！ しかも、言葉とはうらはらにアクエリアスの攻撃は圧倒的なパワーで、ウェンディたちはあっという間にピンチになってしまい･･･!?
双魚宮の世界でピスケスと戦うミラジェーン。日蝕星霊となり水の弱点を克服したピスケス母子との、水中バトルが繰り広げられる!! 一方、磨羯宮の世界で行われていたのは…カプリコーンとレビィによる、クイズ番組形式の「カルトクイズバトル」だった!! そして、天蠍宮の世界で行われていたのは、スコーピオンとカナによる「カードバトル」！ スコーピオンは日蝕星霊、カナはフェアリーテイルの仲間たちをフィールドに召喚できるカードを使い、強制閉門をかけたバトルがスタートする!
磨羯宮の世界でカプリコーンとクイズバトルをしているレビィは、予期せぬ問題に苦戦中。一方、宝瓶宮の世界で合流したナツ、ハッピー、ウェンディ、シャルルは、レオの匂いを辿って、いつの間にか獅子宮の世界へと移動していた。処女宮の世界では、バルゴのエスカレートするお仕置きに、ルーシィが絶体絶命!? そして、巨蟹宮の世界へ行ったグレイはキャンサーとダンスバトルをすることに!! 少し踊っただけでも赤面のグレイ。ダンスバトルは一体どうなる!?
双児宮の世界では、ジェミニに捕らわれたガジルとリリーがリスの姿に変えられてしまっていた！ リリーのサポートを得て、ガジルは小屋からの脱出を図るが･･･。同じ頃、人馬宮の世界では、エルザとサジタリウスによる流鏑馬の３本勝負が始まっていた。エルザも換装を駆使してサジタリウスに応戦。しかし、地中の障害物を上手く察知することができずに苦戦してしまう。さらに、レオを追っていたナツたちの前に現れた、黄道十二門十三番目の星霊・オフィウクスが、恐るべき真の姿を見せる！！
日蝕星霊の強制閉門に成功したエルザ達は、新たに現れたダンジョンで合流することができた。未だ戻らない仲間を心配していたところ、つい先程まではなかったはずの扉が、ダンジョンの中に現れる！一方、処女宮ではルーシィとバルゴ、天秤宮ではユキノとライブラの対決が続いていた。そして、蛇遣い座・オフィウクスによって真の姿を現したアストラル・スピリタスでは、自由になるための儀式・リベラムを再び行おうとするレオと、阻止するナツの激闘が始まる！！
ルーシィとユキノは、それぞれ処女宮と天秤宮で苦戦を強いられていた。また、ナツの勝利でレオの強制閉門を果たしたにもかかわらず、なぜか儀式・リベラムは止まらない！バトルのダメージでナツは高熱でフラフラになりながらも、オフィウクスに立ち向かう！！そんな中、ハッピーの機転でオフィウクスに攻撃を仕掛けると、アストラル・スピリタスに異変が起こり･･･！？一方、ナツ達の元へ駆けつけたヒスイは、オフィウクスの企てる真の目的に気付く！！
黄道十二門の日蝕星霊たち全員の強制閉門を果たしたナツたち。しかし、リベラムは止まらず、ついに蛇遣い座・オフィウクスの真の目的が明らかになる！さらにナツは、オフィウクスの笛の音・“死の舞踏”により、体の自由を奪われ攻撃すらままならないピンチに陥ってしまう！！一方、ダンジョン内のエルザたちは、古文書に記されていた“トリニタス”という言葉の意味に気付き、連携した破壊活動を始める。そして、ルーシィ、ユキノ、ヒスイは、天球儀を壊すべく、古の超魔法『ゴットフリート』の発動を試みるのだった！
リベラムの赤い光が止まった!!これでやっと星霊たちを救えると、安堵するルーシィたち。しかし、金の鍵は未だ何の反応も示さない。アストラル・スピリタスが崩壊し始めたため、一同がとりあえずの脱出を図ろうとしていたところ、突然地の底から響くような激しい雄叫びが耳をつんざく。リベラムの阻止が間に合わなかったのだ！助けを求めて来たホロロギウムに導かれ、ナツたちは覚悟を決めて星霊界へ。到着した一同が目にしたのは、荒廃し強風吹きすさぶ世界。そして、雄叫びの主は、星霊獣と化した日蝕星霊王だった!!
星霊獣に外側から攻撃を続けるエルザたち。一方、勢いを付けて星霊獣の体内へ飛び込んだナツとハッピーは、ロキの匂いを追って先を急ぐが、辺りは混沌とした暗闇で、隕石の攻撃も受けて苦戦を余儀なくされてしまう。しかし、遂にナツたちは、星霊獣の体の中心にたどり着き、今回の危機の起因ともなる恐るべき現象を目の当たりにするのだった！星霊界は、星霊獣によって最早崩壊寸前。絶体絶命の瞬間に試される、仲間との絆！ ナツやルーシィたちは、星霊たちを救うことができるのか！？日蝕星霊編、いよいよ完結。
フェアリーテイルに平和な日常が戻って来た。アルザックとビスカに頼まれ、彼らの一人娘・アスカを１日預かることになったナツ。ジュースを奢ったりして面倒見の良いナツ…のはずが、射的ゲームでアスカに負けて、彼女の頼みを１日何でも聞いてあげることになってしまう！「仕事がしたい」というアスカの願いに応えるため、ナツ・ルーシィ・ハッピーは、アスカと共にギルドの依頼をこなすことに…。一方、ケーキを食べたいアスカのために、エルザやウェンディが一役買った末、何故か「フィオーレ一」のケーキ作りが始まってしまう。
料理を美味しくしたり、万能薬にもなるという魔法の氷・ハコベアイスを見つけて取ってくる依頼を請けたナツ・ルーシィ・ハッピーは、極寒のハコベ山へやってきた。簡単な仕事だから楽勝！と、張り切るルーシィだったが、急な雪崩と猛吹雪で３人は身動きが取れなくなってしまう！！しかも、偶然見つけた洞窟に入って吹雪が止むのを待とうとするが、なんとそこは、世にも恐ろしい「生きた洞窟」で、３人はいとも簡単に閉じ込められてしまい･･･！？
たくさんの依頼をこなすために、もっといろんな魔法を覚えたいと考えたルーシィは、ミラジェーンに頼んで「変身魔法」を教えてもらうことに。興味を持ったナツとハッピーも、ルーシィと一緒に変身魔法のお勉強。そして、彼らから少し離れたところにも、変身魔法を隠れて練習する人たちがいた･･･。一方その頃、エルザ・ウェンディ・エバーグリーン、そして何故かガジルとパンサーリリーは、街のとある洋服店でショッピングをしていた。エルザとガジル、リリーは、その店である「スーツ」に目が留まり･･･！？
ある日空から大きな卵が降ってきた！ナツの顔面に直撃した卵･･･孵化させてみると、なんと黒い謎の生き物が誕生した。ナツはそれに「ケモケモ」と名付けて、新しい家族として可愛がる。同じ頃、魔法評議院の計らいで、大魔闘演武上位６ギルド間での交換留学制度が始まる事に。ナツは、ケモケモを知っている人を探すため、いつものメンバーと共に留学先のギルドへ向かう。しかし、お騒がせのナツたちが行く先々では、当然のように（？）珍騒動が発生！しかもケモケモは、その間どんどん体が大きくなっていき･･･！？
フェアリーテイルのリクエストボードに掲出されている依頼書、それはラクサスを指名するものだった。ラクサスは雷神衆と共に雷被害に悩まされている依頼先の町へ向かうが…。
フェアリーテイルのあるマグノリアの街に、世にも恐ろしい魔の手が…!!街の片隅から始まった、突然に訪れた恐怖とは…!?
大魔闘演武優勝の功績により、フェアリーテイルには連日依頼が殺到。ギルドに新しく建設された大浴場では、日々の疲れを癒すメンバーたちが、それぞれ会話に華を咲かせていた。そんな中、女湯ではルーシィの前に突如珍客が現れるのだった！！それから数日後、ギルドではナツとグレイが大喧嘩をしていた。そこへ、彼ら2人を指名する緊急の依頼書が舞い込む。依頼内容を見たマカロフは驚愕。依頼者は、聖十大魔道の一人で、イシュガルの四天王と呼ばれる偉人からのものだったのだ！！
聖十大魔道でイシュガルの四天王の一人、ウォーロッド・シーケンの依頼を請け、ナツ達は「太陽の村」に到着する。建物・生き物すべてが凍り付くこの村は、驚くべきことに巨人の村だった！しかも、村を覆う氷は、ナツの炎でも溶かすことのできない、不思議な魔力を帯びている。そんな中、村の秘宝「永遠の炎」を狙うトレジャーハンターギルド・風精の迷宮（シルフラビリンス）が現れた！なんと彼らは、村の氷を溶かすことができるという「月の雫（ムーンドリップ）」を持っており、ナツたちは交戦を余儀なくされるのだが･･･。
凍った村を元に戻す手がかりをさがすため、ひとり別行動をしていたエルザは、何の因果か、突然子供の姿になってしまった！！一方、月の雫（ムーンドリップ）を持つトレジャーハンターギルド・風精の迷宮（シルフラビリンス）を追いかけるナツたちは、意外と強い彼らに苦戦気味。そんな折、一部だけ氷が溶けた地面から、ナツはとある声を感じ取る。どこかで聞いたことのある声、聞こえてくる声の元を目指して走り出すナツ！しかし、その先でナツも何故か子どもの姿になってしまい･･････！？
風精の迷宮（シルフラビリンス）と対峙するルーシィ・ウェンディの下に、元・大鴉の尻尾（レイヴンテイル）のフレアが加わった！彼女は、凍りついてしまったこの「太陽の村」と何か関わりがあるらしいのだが･･･。一方、突如子供の姿になってしまったエルザの前には、闇ギルドに身を落とした元・剣咬の虎（セイバートゥース）のミネルバが現れ、執拗に襲いかかるのだった！！そして更に同じ頃、別行動をしていたグレイの前にも、新たな敵の陰が近づいてきて･･･！？
闇ギルド・夢魔の眼（サキュバス・アイ）のドリアーテが使う魔法「退化ノ法」により、それぞれ子供の姿に変えられてしまったナツ・グレイ・エルザ。体格が変わり、力や速度、耐久力、魔力が低下し圧倒的不利な中、グレイは造形魔法と持ち前の機転によって、臆することなく眼前のドリアーテに対抗する。善戦の甲斐あり、ドリアーテの魔法が解けて、元の姿に戻ることができたグレイ達。しかしそれも束の間、戦況は一変する！なんとドリアーテが激しい息遣いと共に巨大化し、異形の姿へと変化してしまうのだった！！
凍りついた“永遠の炎”を溶かす方法に心当たりがあるというグレイ。その言葉を信じたナツは、一行をしつこく追い回す怪鳥と戦う役を一人で引き受ける。ナツが怪鳥と激闘を繰り広げる間に、グレイは永遠の炎に直接触れる。山ほどの大きさの氷を溶かす方法とは、魔力を通して「自分の氷に作り替える」こと。グレイの魔力によって氷は見事に溶けおちたが、その跡には肝心の“炎”も残っていなかった。全員が動揺する中、ウェンディだけが何かの気配を感じ取っていて……？
復活した“永遠の炎”によって、村の氷は溶けおちた。ナツたちは、炎の残留思念から、ゼレフ書最凶最悪の悪魔“END”の名を知らされる。一方、氷漬けから解放された巨人たちは、祝いの宴を行う。しかし、その席にフレアの姿がない。かつてこの村を捨てて出て行ったことが後ろめたくて宴に参加するのをためらっていたのだ。そんなフレアを、巨人たちは体と同じくらい大きな心で、再び迎え入れるのだった。すべてが落着したと思われたその裏で、しかし闇ギルド「冥府の門（タルタロス）」はすでに暗躍をはじめており……？
冥府の門への対策会議が行われていた魔法評議院ＥＲＡが、何者かによって襲撃、爆破されてしまう。９人の評議員は全員死亡。生き残っていたドランバルトの前にあらわれたのは、犯人を自称する半獣の男。男は自らを、冥府の門・九鬼門の一人、ジャッカルと名乗った。一方、妖精の尻尾（フェアリーテイル）へ帰ってきたナツたちは、ゼレフ書の悪魔・ＥＮＤの正体を調べていたが……。
レストラン・８アイランドを急襲した九鬼門・テンペスター。居合わせたフリード、ビックスロー、エバーグリーンが応戦するも歯が立たない。そこへラクサスが参戦、テンペスターとの激闘が始まる。三人を圧倒したテンペスターだったが、ラクサスの凄まじい戦闘力の前に敗北。勝利を諦めたテンペスターは、自らの命と引き換えに、全身を「魔障粒子」という物質に変え、町中を汚染してしまう。次々と倒れていく住人たちを救うためにラクサスがとった手段は……？
元評議員たちを狙い始めたタルタロスに対し、フェアリーテイルはチームに分かれ、それぞれ護衛の任に就く。ナツたちが訪れたのは、元評議員・ミケロの家。そこを九鬼門・ジャッカルが強襲、ナツとの激しい戦闘が始まる。関係のない町の人々を巻き込んで爆発を引き起こすジャッカルに対し、猛攻を仕掛けるナツ。はじめはナツがジャッカルを圧倒するが、ジャッカルにはまだ奥の手があり……？
ナツとジャッカルの激戦は続く。触れたものを爆弾に変えるジャッカルの呪法に、苦戦を強いられるナツ。しかし、ナツが爆発を「食う」コツを掴んだことで、形成は逆転。追い詰められたジャッカルはついに本性を現し、悪魔の姿となってナツに襲い掛かる！ジャッカルの変身に動揺しながらも、ナツはその拳に「戦う理由」を宿し、強敵に真っ向から立ち向かう！
タルタロスが狙う白き遺産“フェイス”。その正体は、大陸中の魔力を消滅させる兵器、魔導パルス爆弾だった。魔法評議員の元議長・クロフォードの家へ向かったエルザとミラジェーンは、“フェイス”の保管場所を尋ねる。その時、クロフォードの家をタルタロス兵が襲撃！エルザとミラジェーンの共闘がはじまる。一方、ドランバルトとの取引で牢から脱出したオラシオンセイスたちの前には、ジャラールが現れ……？
タルタロスに捕らえられたエルザとミラジェーンを救出するため、敵の本拠地へと乗り込んだナツとハッピー。出くわした九鬼門のひとり・フランマルスが２人に襲い掛かる！仲間を奪われた怒りを力に変え、ナツはフランマルスに対して優勢な戦いを続けるが、その時、敵に増援が現れる。同じく九鬼門のひとり“絶対零度のシルバー”。その男の匂いに、ナツはある違和感を感じ取るが……。
牢に囚われたナツとリサーナ。セイラに操られ、不審な行動を取るエルフマン。そして元議長・クロフォードとフランマルスは、フェイスの封印を解くためにジェラールの行方を探す。そんな時、自分がタルタロスの標的になっていることを知らないジェラールは、荒野でオラシオンセイスとの激闘を続けていた。たったひとりで４人を相手に奮戦を続けるジェラールだったが、思いがけない窮地が彼を襲い……？
タルタロスのアジトでは、捕らわれていたナツ、リサーナ、エルザ、ミラたちがそれぞれ自由の身に。フェアリーテイルの反撃がはじまる！！
仲間たちを探してタルタロスのアジト内を駆けまわるナツの前に現れたのは、黒魔導士ゼレフ！挑みかかるナツを軽くいなしたゼレフは、意味深な言葉だけを残し、再び姿を消してしまう。その頃、管制室らしき部屋にたどり着いたルーシィたちは、すでに魔導パルス爆弾・フェイスが起動してしまっていることを知る。そして、フェイスの発動を阻止しようと行動を起こそうとした彼女たちの前に、２人の九鬼門・フランマルスとキースが立ちはだかるのだった！
キューブ内でナツたちの前に立ちはだかるフランマルスは、自身の持つ「最強の魂」に変身する。その魂とは、かつてナツたちを追い詰めた悪魔の心臓(グリモアハート)のマスター、ハデスだった！一方、ミラジェーンはセイラと、エルザはキョウカと、グレイはキースと、それぞれ激闘を繰り広げていた。そして動き出したフェイスを止めるため、出現場所に急行するウェンディとシャルルを、九鬼門・エゼルが襲う！
フェイス発動を止めるため、九鬼門・エゼルに立ち向かうウェンディ。苦戦しつつも、ドラゴンフォースを手に入れ、反撃をはじめる！しかし、エゼルもまた九鬼門としての意地を見せ、戦いは拮抗状態へ。フェイス発動の瞬間が刻一刻と迫る中、全力を出しつくしたウェンディの一撃がついにエゼルを倒し、背後にそびえていたフェイスまでも破壊する。しかし、発動までのカウントダウンは依然止まらず……？
ウェンディとシャルルが見事フェイスを破壊したことを感じ、勢いを取り戻すナツたちフェアリーテイルのメンバー。想定外の事態に困惑するタルタロス・九鬼門だったが…!!
「フェアリーテイル」と「タルタロス」の激闘は加熱の一途をたどる。そんな中ジェラールは「六魔将軍(オラシオンセイス)」を伴い、山深い廃墟でその身体を休めていた。
悪魔の本性を現し、ミラジェーンに襲いかかる九鬼門のセイラ。その圧倒的なパワーと、暴走とさえ言える攻撃性に、シュトリとなったミラには抗うすべが見つからない。
突如鳴動を始めた冥界島（キューブ）は、その姿を“冥王獣（プルトグリム）”に変え、フェアリーテイルやタルタロス兵を吸収してしまった!!プルトグリムの体内で、壁や地面に取り込まれ石のように動かないナツやハッピーたち。ただ一人難を逃れたルーシィだったが、九鬼門、そして残ったすべてのタルタロス兵から狙われてしまう。ギルドのみんなを取り戻すため、ルーシィは持てる魔力を振り絞り、星霊三体同時開門を試みるが･･･。
マルド・ギールが発動させた大呪法・アレグリアにより、冥王獣(プルトグリム)に取り込まれてしまった“妖精の尻尾（フェアリーテイル）”の面々。その中でただ一人難を逃れたルーシィは、大切な星霊の鍵を壊すという最大の犠牲を払い、星霊王を召喚する！星霊王とマルド・ギールのバトルがド派手に始まり、と同時に、悲しみにうつむいたままのルーシィに襲いかかるジャッカルの爆撃！ルーシィはこの危機を乗り越えることができるのか!?
フェイスは止めた！空飛ぶ本部も落っこちた！“冥府の門（タルタロス）”壊滅に向け、一気呵成（いっきかせい）に攻めかかるフェアリーテイル。しかし、九鬼門は誰一人劣勢を意に介すことなく、その攻撃を撃ち返してくる。まだ…終わってはいない…？死を覚悟して一機のフェイスの起動を止めたウェンディとシャルルが知ったのは、すべてをふりだしに戻し、さらに状況を“二千倍”悪化させる衝撃の事実だった!!
大陸中の魔法を消滅させてしまう魔導パルス爆弾・フェイス。それは一機だけではなかった。今や大陸には確認されているだけでも二千機のフェイスが出現し、起動までのカウントダウンを進めている！絶望的な状況にあっても、前を向き明日をつかむための戦いを続けるナツたち。“剣咬の虎（セイバートゥース）”のスティング＆ローグも加わり、今も戦況は刻一刻と変化する。そんな中、シルバーと相対するグレイは、同じ氷の属性を持つシルバーに、自身の人生を変えるほどの告白を聞かされて……!?
シルバーの肉体はすでに亡くなっていたグレイの父のもの。その肉体を操っているのは、師匠・ウルがその生命をもって封印したはずの悪魔・デリオラ！父の身体と師の思い、グレイにとって最大級に大切なものが踏みにじられているこの状況。その上同じ属性を持つシルバーにグレイの魔法は効かないが、シルバーの“滅悪魔法”はグレイの身体を切り刻むことができる。絶望に絶望が重なる中で、グレイが見出した勝機とは!?
「アンタはデリオラじゃねえ…オレの…親父だろ…」ついにシルバーを打ち倒したグレイの口から絞り出された衝撃の真実！その問いに答えるように、シルバーは自分がここへとたどり着いた道のり、グレイと戦わなければいけなくなった悲しみの過去を語る。父と子といえど、今は「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」と「冥府の門（タルタロス）」。グレイは、実の父にとどめを刺すことができるのか…!?そんな中、突然ジュビアに届いたシルバーの声。そこで頼まれたある願いとは…!?
フランマルスから制御室の場所を聞き出したエルザたちは、魔導パルス爆弾・フェイスを止めるため、瓦礫となったプルトグリムの中を急ぐ！同じ頃ついにジュビアがキースを倒し、ナツとガジルの前に残ったのはトラフザーとテンペスター。滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）達はそれぞれ“雷炎竜”と“鉄影竜”にモードを切り替え、悪魔たちもエーテリアスフォームとなってそれに対抗する!!しかし、その後トラフザーの呪力により、ナツたちの周りには黒い液体が溢れだして…!?
トラフザーが作り出した冥界の黒い水の中で動けなくなってしまったナツ、ルーシィたち。体を鉄へと変化させて、悪魔の攻撃にかろうじて意識を保ち対抗するガジルだったが、このままでは呼吸がもたない。限界寸前のガジルのもとに、間一髪レビィの救いの手が届いた！さらにレビィの魔法のサポートも受けて、ガジルの反撃が始まる。今回の「冥府の門(タルタロス)」との戦いで、ある特別な思いを抱えていたガジル…。初めて明かされる、ガジルの胸に秘められていた悔恨とは…!!
力を使い果たしたガジルを襲うテンペスターの前に立ちはだかったのは…ラクサス！ 魔障粒子に侵された身体に鞭打ってテンペスターと戦うラクサスだったが、その気力もついに限界を迎える…。“家族”を背負って戦うラクサスが、最後にとった反撃の手段とは!? そして、さまざまな場所で同時に進行する「妖精の尻尾(フェアリーテイル)」と「冥府の門(タルタロス)」の戦い。制御室にたどり着いたエルザたちの前にも、またもや敵が現れて!? 「フェイス計画」を阻止し大陸を守るため、戦いはいよいよ最終局面に突入する!!
全フェイス発動まで、残り３２分。発動を阻止するため、エルザは最後に残った九鬼門・キョウカと対峙する。互角以上の戦いを繰り広げるが、決着をつけるには至らない。一方、ナツたちも意識を取り戻し、最終局面に臨もうと意気込んでいた。そのとき、突如としてウェンディが昏倒。時を同じくして、辺りに轟音が響き渡る。聞く者すべてを震撼させたそれは、絶望のはじまりを告げる咆哮だった。
「妖精の尻尾(フェアリーテイル)」と「冥府の門(タルタロス)」の激闘に呼び寄せられたかのように、突如として姿を現したアクノロギア。そのアクノロギアに立ち向かうべく、ナツがずっと探し続けていた火竜・イグニールが、突如眼前に現れた！ 二頭のドラゴンは上空で死闘に突入するが、気持の整理がつかないナツは、その争いに割って入る。口論の末、イグニールはナツに一つの依頼を出すのだった。「マルド・ギールの持つ本を奪え」と！イグニール vs.アクノロギア、ナツ vs.マルド・ギール。決着、近づく！！
フェイスと生体リンクを行い、エーテリアスフォームとなったキョウカ。これまで互角の戦いを続けていたエルザだったが、一秒ごとに魔力を増していくキョウカの前に、成すすべもなく倒れてしまう。痛覚を剥き出しにされ、五感すべてを奪われ、嘲笑され、罵倒され、それでもエルザは傷だらけになって立ち上がる。エルザの道を照らすもの――それは、仲間を想う、強い気持ち！
空中ではアクノロギアとイグニール、地上ではナツとマルド・ギールの戦いが続いていた。マルド・ギールに押されつつあったナツのもとに、「剣咬の虎（セイバートゥース）」の双竜、スティングとローグが駆けつける！共闘する３人のドラゴンスレイヤーを前に、防戦を強いられるマルド・ギール。やがて、その顔から余裕が失せ、ひとつの表情が現れる。それはまぎれもない、怒りの形相――!!
フェイスを止めるために、ルーメン・イストワールを解き放つことを決心したマカロフ。一方、余裕を取り戻したマルド・ギールは、ナツたちに「ゼレフ書の悪魔」について語りはじめるのだった。ゼレフは何故悪魔を創造したのか、そして、彼らの最終目的・願いとは!? 明かされた、身勝手とも言える理屈に怒りを覚えつつも、攻勢へ転じることができないナツたち。しかしそこへ、絶大な“魔力”を手にした人物が現れて!?
ナツ＆グレイ vs.マルド・ギール、スティング＆ローグ vs. ジエンマ！「冥府の門(タルタロス)」との激闘は最終局面に突入する。悪魔に転生したかつてのマスターの前に、苦戦を強いられるスティングとローグ。しかし、今度こそ本当の意味で強いギルドになるため、「フェアリーテイル」のようになるため、２人は死力を振り絞る。その強い思いが届いた時、ナツとグレイによる、マルド・ギール・タルタロスへの反撃がはじまるのだった！
マルド・ギールの放った究極の呪法「メメント・モリ」によって、力尽きたかと思われたナツとグレイ。しかし、半身を悪魔の力で覆ったグレイが、わが身を盾にしてナツを守っていた。グレイの決死の想いを受け取ったナツが、ドランゴンフォースを纏って反撃に出る！ 圧倒的な攻撃を仕掛けるナツだったが、紅蓮鳳凰劍を喰らってなお、マルド・ギールは倒れない。しかし、そこに追撃の矢が！同時に、フェイス発動のカウントダウンがついに00:00を指し示し――!?
ついに発動してしまったフェイス！しかし、大陸を絶望に陥れるはずだったその兵器は、ドラゴンたちによって一掃されるのだった。勝利の喜びに沸く一同、しかしそこに水を差すようにアクノロギアが攻撃を再開。炎竜王イグニール vs. 闇の翼アクノロギアの、最後の激闘がはじまる。時を同じくして、ENDの書をめぐり対立するナツとグレイ。しかし、本は突然現れた男によって奪われてしまう。その男こそは、悪魔たちの生みの親、黒魔導士ゼレフ――!!
イグニールの命と引き換えに、片腕を失ったアクノロギアはいずこかへ姿を消し、長きにわたった激闘についに終止符が打たれた。同じく、グランディーネ、メタリカーナ、バイスロギア、スキアドラムにも永遠の別れの時が訪れる。悲しみの涙を流すナツの心に響いたのは、イグニールの最後の言葉だった……。多くの傷跡を残しながら「ひとつの時代」が終わり、新たなる物語が幕を開ける――！
魔導士ギルド「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」。その創設秘話がついに語られる。ナツたちの時代から約100年前、初代マスター・メイビスは、まだ魔法も使えない少女だった。幼くして両親を亡くしたメイビスは、魔導士ギルド「赤い蜥蜴（レッドリザード）」で働いていた。厳しい環境にありながら、いつか妖精に会うことを夢見るメイビス。しかし、その夢をあざ笑うかのように、ギルドは突然の襲撃を受ける……。
魔導士ギルド「赤い蜥蜴（レッドリザード）」が「青い髑髏（ブルースカル）」に襲われてから７年後のx686年。唯一生き残ったメイビスとゼーラは、天狼島で暮らしていた。図書室の片付けをしている２人の前に現れたのは、島の宝である天狼玉を探しに来たトレジャーハンターのユーリ。ユーリは天狼玉の在り処を聞き出すため、メイビスに「相手の真実を当てるゲーム」を仕掛ける。この出会いが、すべての冒険のはじまりだった！
盗まれた天狼玉を探すため、ユーリたちとともに島を出たメイビスとゼーラ。生まれてはじめて島から出たメイビスは、見るもの触れるものすべてに興味津々。ユーリの仲間であるプレヒトやウォーロッドとも親睦を深めようとするが、いまいち上手くいかない。そんな航海の途中、ひょんなことから海底神殿を見つけたメイビスは、新たな仲間のために、財宝を探しに行くことに。けれども、その神殿には、罠や怪物がいっぱいで!?
天狼島を出たメイビスとゼーラがはじめてたどり着いた地「港町ハルジオン」。人の多さに圧倒されるゼーラと、はじめて触れる町にはしゃぐメイビス。
魔法の力を使って“青い髑髏（ブルースカル）”の情報を聞き出すことができたメイビスは、ユーリたちと共に敵ブルースカルの本拠地があるというマグノリアへ向かう。途中、森でキャンプをすることになった一行。森を探索する中で、不自然に枯れている植物や動物の死骸があることに気付く。似た光景を見たことがあるというトレジャーハンターの３人は過去の遺跡での出来事を思い出すのだが、そこからユーリとウォーロッドの口喧嘩が始まって…パーティーは解散の危機！？
商業都市マグノリア。ようやく目的地にたどり着いたメイビスたちが目にしたのは、荒れ果てた街の姿だった。辺りの様子を見てみることにした一行は、「青い髑髏（ブルースカル）」の紋章をつけた魔導士が、か弱い親子に向けて魔法弾を撃っている場面に遭遇。助けた親子から、「ブルースカル」の市民に対する圧政の実情を知らされるのだった。 その後再び市民を襲うブルースカルの魔導士に対し、魔法を使って応戦するメイビスたち。しかし、そこへブルースカルのマスター、“ジョフリー”が現れて…！？
判断ミスによりユーリに怪我を負わせてしまったと落ち込むメイビスは、潜伏先の森の奥で、謎の青年と出会う。「自分に近づく者は皆死んでいく」という青年にかけられた呪いが、「アンクセラムの黒魔術」だと看破したメイビスは、自分達に魔法を教えて欲しいと青年に頼み込む。名を名乗らず、メイビスたちと距離を置こうとする青年。彼こそは伝説の黒魔導士・ゼレフ！ かくして、数奇な運命の巡り合わせにより、メイビスたちはゼレフから直々の魔法指南を受けるのだった。
ゼレフの教えによって魔法の力を身につけたメイビスたちは、圧制に苦しむマグノリアの街を救おうと立ち上がる。反撃の時は来た！ 青い髑髏（ブルースカル）へ不満を持つ市民を集めることに成功し、彼らと共にブルースカルのギルドへと向かう。 しかし、いくら黒魔導士直伝の魔法が使えても、正面から戦って魔導士ギルドのマスターであるジョフリーには勝つことはできない･･･。そう判断したメイビスは、とある作戦を立てるのだった。
青い髑髏（ブルースカル）の本拠地・カルディア大聖堂で、ついに天狼玉を発見したユーリとプレヒトだったが、天狼玉にはメイビスたちの知らない危険な秘密があった！ 天狼玉に支配され、青い髑髏（ブルースカル）の「骨の竜」と一体化し暴走するユーリ。圧倒的な力で街を破壊し続けるユーリに、絶望の色を隠せない仲間たち・・・。しかしその中で唯一、メイビスは「古代の超魔法」でユーリを助けようと立ち上がるのだった！
青い髑髏（ブルースカル）の支配から解放されたマグノリアの街は、ギルドがなくなったことで経済が混乱していた。一方、メイビスが自身の犠牲を払ったことで助けられたユーリは、彼女のためにある重大な真実を告げる！それは、メイビスにとってはあまりにも衝撃的で、信じられない内容なのだが、ゼーラはメイビスが歩き出せるよう、励ましの言葉を贈る。 天狼島から始まった物語は、ここに一つの終焉を迎える。メイビスは前に進むため、大いなる決断をするのだった！
「冥府の門(タルタロス)」との激闘の果て、「妖精の尻尾(フェアリーテイル)」のギルド解散を告げられてから１年後、ルーシィはフィオーレ王国の首都クロッカスで暮らしていた。今年の大魔闘演武を取材するルーシィの今の職業は、なんと「週刊ソーサラー」の記者！ その目的は、ギルドが解散してから各自の道を進み始めたフェアリーテイルのメンバーの情報を集めるためなのだが…。
修行の旅に出ていたナツは、１年前とは比べ物にならないほどの魔力を宿して帰ってきた！ しかし、帰還早々大魔闘演武でひと暴れして、ハッピー共々捕られてしまうのだった！！ その後ようやく解放された２人が聞いたのは、あまりにも意外な妖精の尻尾（フェアリーテイル）解散の事実。解散を受け入れているかのように話すルーシィに、ナツは怒りをぶつける。しかしその晩、ルーシィの家で彼女の本当の気持ちを感じ取り、ナツは新たな決意をするのだった。
グランド・マジック・ゲームズの間に賭けをしたおかげで、チーム・フェアリー・テールAとBはついに、相手チームに自分のやりたいことをさせる特権を誰に与えるかを決める時期に来た。
エルザが熱いお風呂の質を楽しんでもらうことでメイビスを助けるためにナツをスカウトすると、チームナツとジュビアは、最初に与えられた任務よりもずっと困難になってはいるものの、100年前に第一船長自身が埋葬した隠された財宝を探すというウォーロッドの依頼を引き受ける。
ルーシーのアパートは、何人かの友達のクリスマスパーティーの会場になります。しかし、エルザがギルド・マスター・ゲームを一緒にプレイするようギルドの他のメンバーを強制すると、お祝いはすぐに混乱に陥る。エルザは友達に恥ずかしいことをしろと命令するが、情け容赦がない。グレイはついに全員の復讐に成功し、試合終了後、エルザに全裸で歩いて帰るよう命令する。パーティーを後にすると、彼女はジェラールに出会います。ジェラールは親切にも彼女をかばってくれ、彼女の家に付き添ってくれます。
妖精の尻尾（フェアリーテイル）が解散してから一年後の大魔闘演武で、ルーシィと再会を果たしたナツとハッピー。三人はフェアリーテイル再建を掲げて仲間探しの旅に出る。ルーシィの案内によって訪れたマーガレットの街では、蛇姫の鱗（ラミアスケイル）が感謝祭を催していた。そこで見たかつての仲間の変わりように、ナツとハッピーは言葉を失ってしまうのだった。
マーガレットの街に魔物の大群を放ち、夜襲を仕掛けてきた魔導士ギルド・蛇鬼の鰭（オロチノフィン）。リオンやルーシィが街に侵入してきた魔物を退治する一方、敵の本隊を叩くために空を駆ける天空シスターズのウェンディとシェリア。敵の隙をつき、奇襲をかけることに成功した二人だったが、そこで彼女たちを待ち構えていたのは思いもよらぬ強敵だった。
アメフラシの村でジュビアと再会を果たしたナツたちは、消息を絶ったグレイの話を聞かされる。失踪する直前のグレイの様子は、一年前に未来から来たローグがナツに語った、ある恐るべき内容を彷彿とさせるものだった。それを確認するため、ナツはルーシィを連れて剣咬の虎（セイバートゥース）へと急ぐ。同じ頃、心を黒く塗りつぶしてたグレイが微笑を浮かべているとも知らず･･･。
「浄化作戦」を計画している黒魔術教団（アヴァタール）。グレイの消息を追う中で、その本部を見つけたナツ、ルーシィ、ハッピーは、バルゴの力を借りて敵地への潜入を試みるものの、早々に教団幹部と一戦を交えることになってしまう。次々と襲い来る高位黒魔導士に一切ひるむことなく応戦するナツ。しかしそんな中、闇に染まったグレイが、冷徹な表情で彼らの前に姿を現わすのだった･･･。
死の集まるところにゼレフが現れると信じて、ひとつの街をまるまる生贄に捧げようと企てている黒魔術教団（アヴァタール）。グレイを通じ、水面下で動いていたエルザから真相を知らされたナツたちは、教団の悪行を止めるため、浄化作戦の決行地・マルバの街へ急行する。敵は数千にもおよぶ黒魔導士だが、心に光を宿した妖精たちが今、鉄槌を下す！
集結した妖精の尻尾（フェアリーテイル）の主力メンバーが、黒魔術教団（アヴァタール）を追い詰める。しかし神官アーロックは、「浄化作戦」を遂行すべく、人智を超える存在・ヤクマ十八闘神の一人、『イクサツナギ』を召喚する。仲間を軽んじるアーロックに怒り心頭のナツは、巨大な闘神を止めるべく立ち向かうのだった。
孤独な黒魔導士は夢を見た。それは、一人の滅竜魔導士(ドラゴンスレイヤー)が竜の血を浴び続けて黒竜へと変化した、今から約400年も昔の話。ある一人の天才少年は、亡くした家族を忘れられず、禁断魔法の研究に没頭していた。まわりの大人が止めるのを聞かずに研究を続けた彼は、やがてアンクセラム神の怒りに触れて矛盾の呪いをかけられてしまうのだった。
ルーシィの手紙を受け取り、約1年振りにマグノリアに集結した元・妖精の尻尾（フェアリーテイル）のメンバーたちは、ギルド復活を掲げ、倒壊した建物の再建を始める。一方で正式なギルドとして認めてもらうにはギルドマスターの存在が不可欠である。マカロフ不在のフェアリーテイルで誰がギルドをまとめるのか。七代目ギルドマスターとして選ばれたのは……。
１年前に「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」のギルドが解散となった真相を知ったナツたち。エルザの指揮の下、六代目マスターのマカロフを助けるために、少数精鋭で西の大陸・アラキタシアへと向かう。その道中で諜報員と落ち合うため、カラコール島に立ち寄ろうとした一行だったが、そこには不穏な空気が漂っていたのだった。
ナツたちはアルバレス帝国軍の精鋭、ブランディッシュ・μの洗礼を受ける。島ひとつ消すほど強大な力を持つ彼女を前に、一行は戦慄する。マカロフ救出への道は閉ざされたかのように思えたが、そこで彼らに手を貸してきたのは、思いもよらぬ者だった。一方その頃、アルバレスの首都では、皇帝スプリガンが久々に帝国への帰還を果たしていた。
無事にマカロフと再会を果たしたナツたちは、アルバレス帝国からの脱出を試みる。それを逃すまいと追いすがるのは、スプリガン・トゥエルブの砂漠王アジィールだった。グレイとルーシィが応戦するも、規格外の攻撃を放つ砂漠王に徐々に追い詰められていく。窮地に陥ったナツたちは無事にイシュガルへと帰れるのか。
最終戦争（ラグナロク）開戦を前に、メイビスが妖精の尻尾（フェアリーテイル）の面々に語るのは、これまでギルドの最高機密として扱われていた、ルーメンイストワールに係ること。それは今から100年以上も昔、ある呪われた少年と少女の出会いから始まる「一なる魔法」の物語であり、ギルド創設の裏側で起こった、悲しき運命の物語でもあった。
約100年前にメイビスとゼレフが起こした「奇跡」は、やがて秘匿されるべき強大な魔法「妖精の心臓」（フェアリーハート）へと進化する。過去の自身の罪により、今後ギルドを戦いに巻き込んでしまうと悔いるメイビスだったが、仲間たちは彼女を温かく包み込む。しかし同じ頃、西の大陸・アルバレス帝国では、イシュガル侵攻に向けて準備が着々と整いつつあった。
ギルドの存亡をかけた、かつてなき強大な敵との戦いを控え、それぞれの一夜を過ごす妖精の尻尾（フェアリーテイル）の仲間たち。そんな彼らをあざ笑うかのように、アルバレス帝国軍が急襲を仕掛けてきた！ 突然の攻撃に浮足立つマグノリアの街。先手をとられたフェアリーテイルは、このピンチを乗り切ることができるのか？
アルバレス帝国の大軍に四方を囲まれ、さらにマグノリアの街に12（トゥエルブ）の侵入を許してしまった妖精の尻尾（フェアリーテイル）。審判者ワールの兵隊が街を蹂躙する中、ルーシィの前に現れたブランディッシュは彼女との因縁をほのめかす。同じ頃、西の空ではアジィールを相手にエルザがピンチに陥っていた･･･。
エルザとビスカが強敵を撃破した。しかし、その喜びもつかの間、街の中は新たなトゥエルブ・審判者ワールの脅威にさらされる。応戦するグレイたちを退けてワールが向かうのはカルディア大聖堂。そこにはマグノリアの街全体を魔障壁で守っているフリードがいた。術式が解かれれば西の空の大艦隊から集中砲火を受けることになるが……！？
妖精の尻尾（フェアリーテイル）はアルバレス帝国の第一陣をしのいだ！ 四方を囲まれている危機的状況は変わらないが、故郷を守るために立ち上がったフィオーレ中の魔導士ギルドが一緒に戦ってくれることになり、メイビスは次の戦いに向けて作戦を打ち出していく。そんな中、ナツはハッピーと共に西の空を駆けていくのだった！
イグニールから託された執念の炎を右手にまとわせて黒魔導士ゼレフと対峙するナツ。そんな中、死を予感したゼレフが口にしたのは、ナツも知らない彼の出生の秘密･･･。衝撃の事実を突きつけられてなお、ナツはトドメの一撃を振りかぶる。それは家族を守るためか、それとも自身の体に刻み込まれた使命によるものなのか……。
フィオーレの各地で激闘が続く中、マグノリアの「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」ギルド内でも事件が起こっていた。ひとまずの危機が去り、ルーシィは自身の母・レイラの情報を聞き出そうと、ブランディッシュの声に耳を傾ける。しかしそれもつかの間、憎しみと怒りに染まった手が、ルーシィへと迫るのだった！
東の脅威へと向かったイシュガルの四天王は、ゴッドセレナひとりによって窮地に追い込まれていた。しかし終局に近づく中で、闘いは思わぬ方向へと一変してしまう。同じ頃、妖精の尻尾（フェアリーテイル）の援軍部隊は、連戦の疲労や傷跡が癒えないまま、各地へとそれぞれの歩みを進めていた。彼らが向かう先に待ち受けているものとは……。
フリードたちの仇を取るため、スプリガン12のワールに挑むラクサスだったが、得意とする雷属性の魔法が効かないばかりか、体を蝕む魔障粒子汚染が限界を超えて動けなくなってしまった。一方、ディマリアと対峙するウェンディ、シェリア、シャルルの三人も、絶対不可侵の力を前にその命を奪われそうになっていた。ハルジオン港の奪還は失敗に終わってしまうのか！？
秘術「第三魔法源（サードオリジン）」の解放は、一時的に大きな力を得る代わりに代償を背負うものだった。親友を守るために、禁断の力を手にした少女が今、「時の神」と一体になったディマリアに立ち向かう！ こうして南部ハルジオンで大激闘が繰り広げられる中、マグノリアの「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」にも、スプリガン12の新たな影が迫っていた！
暗殺者・ジェイコブを退けるべく、見事なコンビネーションを発揮し応戦するナツとルーシィ。しかし敵の戦力は侮れず、ジェイコブの操る暗殺魔法によってナツたちは窮地に追い込まれ、仲間たちの命をも脅かされてしまう。その頃、南方ハルジオン港では、これまで沈黙していたナインハルトが、満を持して動き出すのだった！
ナインハルトによって呼び起こされた屍の強敵が、妖精たちの前に立ちはだかり、ハルジオン港の戦況を終わりへと導いていく！ 蘇った斑鳩、アズマ、キョウカが忘れていた苦しみと痛みをエルザに思い出させる。連戦による傷が残る体で奮闘するエルザは、再び立ちはだかった過去の苦難を乗り越えることができるのか！？
オーガストとの交渉に向かうナツたち。同じ頃、フィオーレ北方に援軍として駆けつけたガジルらは、反撃の狼煙をあげた！ しかし勢いづく彼らの前に「死神」と恐れられる12（トゥエルブ）のブラッドマンが立ちはだかる。怒りに燃えるガジルの鉄槌は、死神が運ぶ死を打ち砕くことができるのか！？
ブラッドマンが操る「魔障粒子」に毒されて、レビィが倒れてしまった！ ガジルが取るべき道はただひとつ。一刻も早く敵を倒し、魔障粒子汚染からレビィを開放すること。ところがブラッドマンに思うような攻撃が通じず、焦りばかりが募っていく。無敵の死神を相手にガジルに勝機はあるのか！？
アイリーンの放った「ユニバースワン」によってフィオーレ全土は再構成され、ナツたちは各地に散り散りに飛ばされてしまう。戦況が混沌と化す中、それでも魔導士たちは互いに手を取り合い、目の前の敵に立ち向かう。しかしその頃、妖精の尻尾（フェアリーテイル）のギルドでは、アイリーンの思惑により、メイビスに新たな試練が降りかかるのだった。
ハイネとジュリエットを倒したミラジェーンの背後に、緋色の絶望が忍び寄る。魔力を消耗しきった今の状態では、12（トゥエルブ）最強の一角であるアイリーンとまともに戦えるはずもない。そして、敵アルバレス軍は今、ゼレフを頂点に残存兵力が一つにまとまり、新たな局面へと進んでいくのだった。
ギルダーツの勇姿を見て元気付けられたナツたちは、ギルドへの道を突き進んでいく。しかし勢いづく彼らが見るのは、集結していた12（トゥエルブ）の真の恐ろしさだった。しかもその中の一人、凍てつく冷気を纏った冬将軍が、戦場を一瞬で凍土へと変えてしまう!! 圧倒的な劣勢の中、戦況をくつがえしてメイビスを助けることができるのか。今こそ仲間との団結が試される！
インベルの魔法「アイスロック」によって心を支配され、互いが殺し合うよう仕向けられてしまったグレイとジュビア。グレイを傷つける行為に耐えられず、自身の命を絶つことを決意したジュビアは、インベルに強制された思考に抗って、水の刃を自身に向けて振り下ろそうとするがのだが……！？
ENDの正体をグレイが知ってしまった頃、ナツはブランディッシュの魔法で再び倒れ込んでしまい、ルーシィは必死に彼女への説得を試みていた。ブランディッシュとの間に芽生えた友情を大切にしたいルーシィだが、その心は相手に届かない。それぞれが胸に抱く守りたいもの、譲れない想いをかけた戦いはやがて、新たな危機を招いていくのだった。
ゼレフを倒すため突き進むナツの前に立ちはだかったのは、敵討ちに震えるグレイだった！ 止まれない理由を背負い、憎しみに心を支配された二人は、互いの拳をぶつけ合う。同じ頃戦場の最前線では、敵軍を突破するためにエルザたちが奮闘していたが、圧倒的な敵の戦力にはその気概も空しく、仲間たちは徐々に疲弊してゆくのだった。
エルザの涙によって正気に戻ったナツとグレイ。苦楽を共にしてきたかけがえのない仲間たち。互いを思う気持は、憎しみの仮面を剥ぎ落とすようにそれぞれの心へ沁み込んでゆく。一方、アルバレス軍は残存12（トゥエルブ）がイシュガルへの猛攻撃を始め、新たな強敵も現れるのだった。
グレイとの激闘後に意識を失ったナツは、謎の力によって体を蝕まれ、自身の心の中を彷徨（さまよっ）ていた。そこに現れた「心の案内役」が、ナツの知らない「400年前の記憶」を彼に語り始める。一方、残存12（トゥエルブ）の一人、強敵ラーケイドによる容赦ない魔法攻撃によって、ユキノとカグラ達は窮地へと追い込まれていた･･･。
白影竜の力を手にしたスティングがラーケイドを圧倒！ しかし、死へ誘うラーケイドの強力な魔法、「R・I・P（レストインピース）」が放たれ、抗えぬ欲求の波に、スティングは苦戦を強いられてしまう。時を同じくして、意識が戻らないままのナツにも変化が起き始める。ルーシィやハッピーが心配する中、重篤な状態へと変化していくのだった･･･。
12（トゥエルブ）最強の一人と言われるアイリーンがエルザとウェンディに語り始めたのは、今から約400年前の事。悪しきドラゴンの脅威にイシュガルの人々が戦慄する中、人とドラゴンの共存を望み立ち上がった、とある王国の女王のお話。それは、エルザの出生に関わる秘話であり、滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）に関わる物語でもあった。
自身の出生に関する衝撃的な秘密を聞かされたエルザだが、その心に迷いはなかった。ギルドへの道をふさぐ敵を討つため、ウェンディと力を合わせ、目前の敵に立ち向かう。二人の息ピッタリのコンビネーションによって、徐々に追い詰められていくアイリーン。ところがその顔には不気味な笑みが浮かんでいた！
ドラゴンの姿に変化したアイリーンは、エルザもろとも周辺一帯を破壊すべく、人知を超えた力で隕石を落下させる！ 愛する仲間や家族（ギルド）を守るため、エルザはその想いを自身の刀に乗せて空を駆ける。ドラゴンと妖精、二人の女王がぶつかる激しい死闘。そこに待ち受けていた衝撃の結末とは･･････!?
ユニバースワンが解除され、マグノリアはあるべき姿を取り戻した。各地に散らばりながらも勝利への手ごたえを感じた妖精の面々は、軍師メイビスによる指揮の下、ギルドへの道を突き進む。しかし、そんな彼らを静かに見据えていた男がいた。その名は、12（トゥエルブ）筆頭、「厄災」の異名を持つオーガストだった。
大切な仲間を守るためにグレイが繰り出したのは、自身の命だけでなく存在そのものを消し去ってしまう、消失(ロスト)属性を付加した禁忌の魔法。温かい思い出の詰まったギルドの空間が哀しむように凍てつき、伝説の黒魔導士を追い込んでゆく。そんな中、同じマグノリアの街に、人々の未来を黒く染める新たな脅威が近づくのだった！
親子の愛情を知らないオーガスト。彼の不穏な言葉によって怒りを爆発させたギルダーツは、娘・カナとの連携を乱し不利な状況を生み出してしまう！ あらゆる魔法を無効化してしまう強敵に、防戦一方の親子は反撃の糸口を見つけられるのか!? そして、時を同じくして「妖精の尻尾(フェアリーテイル)」のギルドには、一つの影が近づきつつあるのだった･･･。
父と慕うゼレフに存在を否定されたラーケイドは、悲しみに顔を歪める。そして、親子の愛を知らずに育ったオーガストは、娘を守ろうとするギルダーツから反撃を食らい、何を思うのか!? 激闘に打たれる終止符。回る運命の歯車は、幸せであるべき家族の関係すらも壊してしまうのだろうか･･･。
天馬・クリスティーナの船内に現れた謎の女性は、エルザやウェンディがよく知る人物に似ていた。その女性が語る「知られざる真実」と、打倒黒竜への「秘策」によって、一条の光が射しこんでゆく。一方、「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」のギルドでは、最終戦争（ラグナロク）の真の目的が、黒魔導士によって明かされようとしていた！
アンナが見つけた「時の狭間」に一縷の望みを託し、天馬・クリスティーナで空を駆ける一夜とエルザたち。悪しき竜(ドラゴン)の脅威にさらされ続けた歴史は、終わりへと向かっていく！ しかし、マグノリアでは「ENDの書」を手にしたルーシィたちが覚悟を決める中、ナツと対峙するゼレフが静かに微笑を浮かべていた。
メイビスの望んだ結末は訪れず、妖精の心臓（フェアリーハート）を奪ったゼレフは、時をも超える「神の力」を身につけて、ネオ・エクリプスの完成へと動く。倒れたメイビスを両手で抱え、怒りの炎を燃やすナツは、持てる全ての力を拳に集中させて、ゼレフ目がけて解き放つのだった！
「時の狭間」をめぐって天馬と黒竜が攻防を繰り広げる中、マグノリアではルーシィが「ENDの書」から消えた文字を補い、ナツを復活させることに成功するが、悪魔の文字を操った代償としてルーシィは闇の力に浸食されていくのだった･･･。ネオ・エクリプス完成間近のゼレフと起死回生を果たしたナツ。宿命の対決の行方は！？
「矛盾の呪い」によって回り始めた、ゼレフとメイビスの運命の歯車。ナツとの激闘に敗れたゼレフと、ギルドで二人きりとなった今、メイビスの口から様々な想いが語られる。約100年前にゼレフとの出逢いがもたらした愛情と憎悪。矛盾するふたつの気持ちを抱えるメイビス･･･。最終的に二人がたどり着いた答えとは！？
Zerefはなくなり、Acnologiaは時間の裂け目に閉じ込められました。 祝う時が来たように、空に不吉な亀裂が現れます。 さらに、すべてのドラゴンスレイヤーが突然消えて薄い空気になります。 戦いはまだ終わっていません！
精神と肉体に分裂した黒竜・アクノロギア。「時の狭間」では、精神体の黒竜を相手に、ナツたち７人の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）による「ドラゴン狩り」が始まる。一方のマグノリアでは、肉体の黒竜が、目に映るすべてを破壊しようと攻撃を仕掛けていた。竜王祭（りゅうおうさい）の再来。果たして勝つのは人間か、ドラゴンか･･･！？
それは今から約400年前の、語られたことのないもう一つの物語。竜を尊敬する一人の若き青年が、憎しみに身をやつしてくまでの、悲しき秘話･･･。時を経て今また訪れる「竜王祭」。ハルジオンでは、絆の魔法を発動させようと、ルーシィや仲間たちが手を取り合う。時の狭間では、執念の塊となった孤独な竜王が、なおもナツたちに襲い掛かるのだった！！
