切札勝舞は世界一のデュエリストを目指す超熱血少年。そんな彼の前に、アジア最強のデュエリスト・ナイトが現れた。そして、ナイトは勝舞をデュエルに誘う。この出会いが、勝舞の運命を大きく変えていく。
勝舞のクラスに空手が得意な美少女・黄昏ミミが転校生としてやってきた。彼女と一緒にデュエルを楽しんでいた勝舞たちだったが、そこに謎のデュエル組織・神殿から放たれた刺客の魔の手が迫る。
すご腕のデュエリストである透からの挑戦を受けた勝舞は、決闘のために指定された場所へ向かう。しかし、そこで待ち受けていたのは黒ずくめの服に身を包んだ暗黒デッキの使い手・黒城凶死郎だった。
黒城凶死郎の攻撃になすすべもなくやられてしまった勝舞。しかし、彼は「自分のデッキを信じろ!」という、父が残した言葉に心を打たれる。そして、己の想いを込めたデッキで再び黒城にデュエルを挑む。
強いデュエリストを求めて、勝舞はJDCが主催するデュエルマスターズ・バトルアリーナへの出場を決意する。まだ見たことがない未知なる強豪たちとの熱きデュエルが、今ここに幕を開けようとしていた。
エキシビションマッチに、JDC最強と名高いデュエリスト・白鳳が登場する。対戦相手は中国選手権のチャンピオンとして有名なトーバン・ジャンだった。2人の強豪の激突で、白鳳の恐るべき実力が明らかになる。
バトルアリーナは準決勝に突入。その第1試合は勝舞と蛇美羅による対戦となった。かつて勝舞に負けたことで神殿から追放された蛇美羅は、今度こそ勝舞を倒すべくさまざまな作戦を用意していたが...。
バトルアリーナの決勝戦で戦う選手は勝舞と透の2人に決まった。勝舞の熱いデュエル魂に魅せられた透。彼は神殿からひそかにデッキを渡されていたが、それを使わずに自らの「進化デッキ」で勝舞に勝負を挑む。
バトルアリーナを制した勝舞は、JDCトレーニングセンターへの入門を果たした。そして、そんな彼の前に突如導師と呼ばれる謎の人物が現れる。導師は白鳳と戦いたければ神殿に来い、と勝舞を挑発し...。
勝舞から「デュエル修行は至って順調」と報告を受けたれく太たち。彼らは修行にいそしんでいる勝舞に会うため、神殿へと忍び込む。だが、そこでれく太たちが目にしたのは、信じられない光景だった。
50人抜きを達成し、神殿の奥へ進もうとする勝舞。だが、彼の前に最終審査官である難波金太郎が立ちはだかる。マナを自在に操る金太郎の戦法に勝舞は苦戦を強いられるが、勝機を見いだそうとする。
大激戦の末、ついに金太郎を倒した勝舞。その戦いの結果、白鳳の率いる「白い騎士団」への加入を認められる。白鳳との距離をさらに縮めるべく、勝舞は強い決意を胸に神殿の中を突き進んでいく。
第1の四天衆・速攻の三国にデュエルを挑んだ勝舞だったが、その圧倒的な速攻によってあっけなく敗れ去ってしまう。かつて味わったことのない敗北感に襲われた勝舞は、デュエルの闘志を失ってしまい...。
難波金太郎から熱い励ましを受け、勝舞はようやく闘志を取り戻す。そして、新しいデッキで三国へリベンジマッチを挑む。速攻の極意を会得した勝舞の激しい攻撃が、いよいよ三国を追い詰めていく。
ありとあらゆるカードを操るといわれている第2の四天衆。その正体は何と、勝舞のクラスメイトでもある黄昏ミミだった。自分のペースを掴めない勝舞に対し、ミミは容赦なく自分の攻撃を仕掛ける。
勝舞にシールド・トリガーデッキを攻略されてしまい、ピンチに陥ったミミ。すると彼女の態度がいきなり豹変する。鋭い眼光を放つ黄昏地獄拳の使い手。それこそが、黄昏ミミに秘められた真の姿だった。
第3の四天衆にしてIQ200の超天才・邪藩牛次郎が勝舞の前に立ちはだかった。しかし、その年の割に老けたおやじ顔を一同に大笑いされてしまった牛次郎は腹を立て、勝舞とのデュエルを拒否してしまう。
勝舞はとうとう牛次郎を追い詰める。だが、とどめを刺そうとした瞬間、牛次郎の様子が突然おかしくなった。そして彼は、涙ながらに自分の悲しい過去を語る。それを聞いた勝舞は一気に戦意を喪失し...。
四天衆の第4の間で待ち受けていたのは、以前対戦した暗黒デッキの使い手・黒城凶死郎だった。「真のデュエル」の意味を知る者たちの思惑が交錯しあうなか、かつてないほどの危険な戦いが始まろうとしていた。
黒城凶死郎の切り札・悪魔神バロムが突然実体化した。そのあまりの威圧感に、勝舞はただぼうぜんとするだけだった。2人が繰り広げるデュエルは、もはや引き返すことさえ許されない禁断の領域へと達していた。
勝舞がずっと夢見ていた白鳳とのデュエルが、ようやく現実のものとなった。大きな歓声が巻き起こるなか、「最強のデュエリスト」という全てのデュエリストが憧れる名誉をめぐり、いよいよ最終決戦の時が迫る。
やはり白鳳はとてつもなく強かった。しかし、勝舞は絶対に負けるわけにはいかない。その時、勝舞がデュエルへのありったけの想いを込めて引き当てた最後の切り札が、奇跡の輝きを放って白鳳に迫る。
久々にデュエルの大会に出場した勝舞は、強者デュエリスト・鉄壁の松平が1回戦で敗退したことを聞いてショックを受ける。松平を破った謎のデュエリスト。勝舞はそのデュエリストの正体を知り...。
謎の赤ちゃん・ジョージの正体は、強いデュエリストたちを片っ端から叩き潰していくというデュエリストキラーだった。勝舞はジョージに導かれるがままに真のデュエルを発動し、激しい戦いを繰り広げる。
激しいデュエルを終えた勝舞とジョージの前に、元JDCの幹部でジョージの師匠でもあるドクター・ルートが姿を現す。ドクター・ルートは、勝舞に対して真のデュエルを挑んでくる。勝舞はその挑戦を受けて立つが...。
ドクター・ルートとの真のデュエルに完全敗北し、勝舞は魂に深い傷を負ってしまった。そして、彼はデュエル恐怖症に陥ってしまう。このまま2度とデュエルができなくなってしまうと思われた勝舞だが...。
デュエル大好きの熱血デュエリスト・切札勝舞（きりふだしょうぶ）の元に届けられ た謎の「スラッシュ・デッキ」。 親友の角古れく太（かどこれくた）によると、スラッシュ・デッキとは、謎の人物が開く謎の大会への参加証らしい。 大会へ挑むことを決めた勝舞とれく太。大会には最強のライバルも参加していた！！ どうなる勝舞！？
勝舞たちを乗せた客船は会場となる海上都市へと到着した。 すると、突然流れる謎の仮面男の声。 彼は語る・・・。この大会では、胸につけた3つの「デュエル魂(だま)」を賭けてデュエルをすること。見事5つのデュエル魂をそろえたら勝ち残れる、と。 さらに驚きの事実が！！それは、「スラッシュ・デッキ」から20枚をベースに、限定されたカードを使用して40枚のデッキを組むという変則ルールの採用だった！ はたして勝舞は勝ち残れるのか！？
なかなか調子をつかめずに失っていたデュエル魂を次々と取り戻していく勝舞。 そんな勝舞の前に現れたのは謎の少年とサルのコンビだった。 意味深なセリフを残して去る少年。 そんな時、謎の仮面男は再びルールの変更を宣言する。 それはなんと、「マナコスト６以上のカードを使用してデッキを組め』というもの。 驚きつつもそれぞれが最強を目指してデッキを組む中、れく太は自分の好きなカードをいっぱい使えると大喜び！ 誰よりも早くデッキを組んでデュエルを挑みに飛び出したのだが・・・！？
謎の少年・ジュラとのデュエルに敗れた勝舞。 ジュラは『デュエルは、勝つことがすべてだ』という白凰と同じ言葉を残し、去って行った。 気持ちを入れ替え、デュエル魂を４つへと戻した勝舞とれく太だったが、そんな時、仮面の男がルール変更を宣言。 それは、今までとまったく逆、「マナコスト５以下のカードを使用してデッキを組め」というものだった。デッキを組み終えた勝舞だったが、デュエル相手が見つからず・・・。 一方、れく太のもとへはジュラ＆ジューンの影が忍び寄っていた・・・。
正々堂々とデュエルをし、デュエル魂を５つにした勝舞。 その時、仮面の男からタイム・アップが宣言された。仮面の男は語る。 この大会は、５名のデュエリストを選抜するためにあるのだと。 一週間後、再び会場に集まることが告げられ、一同は解散した。 日常へと戻った勝舞とれく太。 そこへミミとジョージがあらわれ、デュエルの権威、Ｄｒ．ルートの研究所へ誘う。 研究所には、なんと白凰の姿が！？ そしてさらなる強敵も現れた・・・。 どうなる勝舞！？
Ｄｒ．ルートの研究所で出会った真のデュエリスト・オーガ。 勝舞はドラゴン軍団を召喚し、全力でデュエルするが完敗してしまう。 落ち込む勝舞にルートは小さな木箱を手渡す。 その木箱の中に入っていたのは１枚のデュエル・マスターズカードだった。 カードを手にした勝舞は思い出す。 幼い頃に目の当たりにした、そのカード「ボルメテウス・武者・ドラゴン」の恐るべき力を。 そして再び、海上都市での謎の大会の幕が開く！！ 次なるデュエルははたして！？
新たな切り札「ボルメテウス・武者・ドラゴン」を手にし、自信を取り戻した勝舞。 仲間達もそれぞれ勝ち進み、たがいの勝利を喜んでいたその時、仮面の男から新たな発表が行われる。 それは、今まで使用していたカードの代わりに、２つの新たなデッキを使用しても良い、というものだった。 一つは巨大なパワーを持つエンジェル・コマンドを中心とした「エンジェルデッキ」。そしてもう一つが数々の強力ドラゴンを有する「ドラゴンデッキ」。 この２つのデッキを使うのか否かがデュエルの鍵を握るのか！？ はたして勝舞は？？
勝舞は「ドラゴンデッキ」を使い、見事に対戦相手の坂田ワタルを倒す。 ワタルは自分の敗北を心の底から悔やみ、『デュエルは勝つことが全てだ～！』と叫び、地下へと消えていった。 『勝つことが全て』という白凰の言葉。 デュエルの意味、それが何なのかわからなくなった勝舞は深く思い悩むが、ミミ、そしてジョージの説得で、再び自分の信じるデュエルを貫くと決めた！ そんな勝舞の相手は、因縁の相手、ジュラ！！ 勝舞の切り札『ボルメテウス・武者・ドラゴン』と、ジュラの切り札『ジオメテウス・無限・ドラゴン』の決戦が今、始まる！！
強敵・ジュラとのデュエルに敗れた勝舞は、５つの「デュエル魂（だま）」全てを失い、地の底へと落とされてしまう。 そこでれく太と再会、他にも敗れたデュエリストたちが集められていた。 敗者復活を狙う一同に、仮面の男は「デュエル・コンピュータ」とのデュエルを提案、勝てば望みを叶えてくれるという。 わき立つ一同。だが勝舞は・・・！？ 一方地上では、勝ち残った白凰と黄昏ミミのデュエルが始まろうとしていた。 ミミは憧れの白凰に勝つことができるのか！？
デュエルに破れて落ちた地の底でも、勝舞とれく太は自分達の信じるデュエルを貫いていた。 楽しげにプレイする二人。 地上に戻るべく、必死に「デュエル・コンピュータ」に挑んでいるデュエリスト達にはそれが理解できない。 そんな中、かつて勝舞に敗れたデュエリスト・坂田ワタルが、その恨みを晴らすべく再び勝舞にデュエルを挑んできた。 その頃地上では、ジョージとジュラのデュエルが始まろうとしていた。 地上と地下で行われる2つのデュエルの行方は！？
地上ではミミ、ジョージ、白凰、そしてジュラ達が熱いデュエルを繰り広げていた。 一方、敗者の集う地下では、勝舞とのデュエルを通じて“デュエルの楽しさ”を思い出した坂田ワタルが、「デュエル・コンピュータ」とのデュエルを勝舞に薦めていた。 れく太、そして地下に落とされた多くのデュエリストの声援を受け、ついにコンピュータへ挑む決意をする勝舞。 相手によって変幻自在にデッキを組み替えるというコンピューターに勝つことができるのか！？
最終選抜を経て選ばれたデュエリストは、白凰、ジュラ、黄昏ミミ、ジョージ、そして切札勝舞の５名。 『選抜された５名のデュエリストには、日本一のデュエリストを決定する大会に出場してもらう』と仮面の男は語り、そして自らの顔を覆う仮面を外す。 その下に隠された素顔は・・・。 全てを知り、大会会場を去る一同。 そこで再び勝舞と白凰のデュエルが始まる！ 全力で闘う勝舞だったが、白凰の手にはいまだ誰も使ったことのないカード『スーパー・スパーク』が！！そのすさまじい力とは！？
勝舞は過酷な予選大会を突破し、日本一のデュエリストを決める大会への出場を果たす。 同じく出場を決めたミミ、そしてジョージとともに特訓を開始すべく、Ｄｒ．ルートから教えられた「鬼ヶ山」を目指す勝舞。 特訓の方法とは、なんと山に棲む鬼とデュエルをするというとんでもないもの。はたして鬼の正体とは！？
勝舞たちがデュエルの特訓をしている場所に突然現れた、黒い死神・黒城凶死郎。 どちらがライバル・白凰を倒すのかで揉めた勝舞と黒城は、デュエルで決着をつけることに。 その時、黒城の手の中にあるカードが光を放ち、燃え上がった！ 黒城のカードに何が起こったのか？ そして２人のデュエルの行方は！？
カードを強化させた黒城の圧倒的な力を前に、勝舞は無残にも敗れさった。 『こんなことでは白凰に勝てるはずがない！』勝舞は自らもカードを強化させたいとガムシャラに特訓をするが、カードはピクリとも変化しない。 あせる勝舞に、Ｄｒ．ルートはジョージとのデュエルを提案する。 その真意とは！？
集中を欠き、ジョージとのデュエルに敗れた勝舞。 一方、ジョージのカードは強化の兆しを見せた。 あせる勝舞はその場を走り去り、一人思い悩む。 そんな勝舞を心配したミミは、自分らしさを取り戻して欲しいと、デュエルを申し込む。 勝舞らしさとは何なのか！？
ミミとのデュエルを通じて、自分のデュエルを取り戻した勝舞は、カード強化の兆候を見せた。 そしていよいよ、日本一のデュエリストを決める大会の幕が開く。 会場があるという孤島に到着した勝舞たち一同だったが、他の参加者が全くいないことに気付く。 島を調査する勝舞たちの前に現れた影。 その正体とは！？
大会はプロフェッサー・マーチとその教え子たちに乗っ取られていた。 デュエルでの日本制圧を目指すマーチは、その障害となる勝舞たちを倒すべく、Ｄｒ・ルートを人質に取り、デュエルを挑んでくる。 ルートを救うべく、まずはミミが教え子の一人セプテンとデュエルをすることに。 はたして勝負の行方は！？
プロフェッサー・マーチに人質に取られたＤｒ・ルートを探すため、二手に分かれた勝舞たち。 丘の上を探す勝舞とれく太の前に、マーチの教え子オーガが現れ、「デュエル魂」をかけたデュエルを挑んできた。 かつてのデュエルではオーガに敗れている勝舞。 はたして勝てるのだろうか！？ 一方、ミミとジョージの元には、ジュラとジューンのコンビが現われて・・・！？
オーガとのデュエルの途中、地面が崩れ、地下へと落ちてしまった勝舞とれく太。 なんとか脱出しようとする２人。 その時、勝舞の胸の「デュエル魂」がまばゆい光を放ち、片目のボルシャック・ドラゴンが現われた。 ボルシャックの元に向かうと、そこには一つのデッキが。 それは父、切札勝利のデッキだった！！
オーガとのデュエルでカードを強化させた勝舞。 そこへ白凰、そして黒い死神・黒城凶死郎が現われる。 黒城は白凰にデュエルを挑むが、白凰は、勝舞の「デュエル魂」を奪うことが先決だと取り合わない。 プロフェッサー・マーチたちは何故「デュエル魂」を狙うのだろうか！？
クリーチャーを操る力を持つという、ただひとつの「デュエル魂」。 これを手に入れ、人類を支配することがプロフェッサー・マーチの目的だった。 「デュエル魂」をかけてデュエルをしろと勝舞に迫る白凰。 そんなデュエルはしたくないとその場を去ろうとする勝舞たちの前に、黒城が立ちふさがる。 おたがいの意地をかけて、勝舞と黒城のデュエルが始まった！！
黒城が持つ強化カード、「悪魔神バロム・エンペラー」の強大な力の前に敗れた勝舞。 黒城は勢いづき、白凰にデュエルを挑むが、白凰がデュエルの相手に選んだのは勝舞だった。 『デュエルは勝つことが全て』と言い切る白凰に、勝舞は決死の覚悟で挑む。 はたして勝舞は勝てるのか！？
勝舞と白凰のデュエルは、強化カード「聖鎧亜（せいがいあ）キング・アルカディアス」を持つ白凰に有利に進んでいた。 一方、プロフェッサー・マーチのアジトでは、マーチがかつて勝舞の父、切札勝利に敗れた過去を拭うべく構築したデッキ、「デス・メタル デッキ」が完成していた・・・。 その恐るべき力とは・・・！？
裏切り者の烙印を押された白凰は、ジュラとデュエルをすることに。 白凰の身を心配する勝舞たちはデュエルの場に駆けつける。 心に迷いのある白凰に対し、ジュラは圧倒的な力を持つ「デス・メタル・デッキ」を使い、すさまじい攻撃をくり出す。 このデュエル、勝つのはどちらだ！？
すさまじいデュエルの末、白凰はついにジュラに敗北し、崖下へ転落、海の中に消えていった・・・。 白凰を助けようとする勝舞たち。しかしその前に、セプテンとオクトが立ちふさがり、ジョージ、ミミとのデュエルを迫る。 その時、二人の持つカードが強化の光を放ち・・・！？
ジョージとミミは、セプテン、オクトに敗北、「デュエル魂」を奪われてしまう。 プロフェッサー・マーチにクリーチャーを操る力を与えてしまうかもしれないと一同は落ちこむが、勝舞は希望を捨てておらず、まずは海に落ちた白凰を探しに行くことに。 潮の流れが行き着く洞窟を探していると、深い霧とともにフードをかぶった一人の男が現われ、勝舞を挑発する。 謎の男とのデュエルが始まる！男の正体とは・・・！？
謎の男の正体は、勝舞の父・切札勝利だった。 勝利との壮絶なデュエルを通じ、勝舞はさらに一歩成長した。 再び白凰を探す一同。その前に、プロフェッサー・マーチが敗者を閉じ込めるのに使うカプセルが現れた・・・。 一方マーチのアジトでは、ようやく手に入れたものが、ただひとつの「デュエル魂」ではないことが判明していた。 はたして、ただひとつの「デュエル魂」は何処にあるのだろうか！？
プロフェッサー・マーチのアジトでは、ただひとつの「デュエル魂」を持つに相応しいデュエリストを選び出すために、仲間同士での真のデュエルが始まっていた。 まずデュエルをするのはセプテンとオクト。 激しいデュエルが続く中、勝舞達もアジトに合流する。 ついに敗れるセプテン。次なるデュエルはジュラｖｓオクト。 兄弟同士の非情のデュエルが始まる！！
プロフェッサー・マーチのアジトでは、ただひとつの「デュエル魂」を持つに相応しいデュエリストを選び出すために、仲間同士での真のデュエルが始まっていた。 兄と弟の非情のデュエルは続き、ついに決着の時が来た。 勝者は弟・オクト。敗れた兄・ジュラは、カプセルに封じられそうになるが、危機一髪、勝舞がそれを救い、アジトを脱出する。ジュラをなぐさめる一同。 しかし、プロフェッサー・マーチの『デュエルは勝つことがすべて』という教えの元で育ったジュラには、勝舞達の友情が受け入れられないのだった・・・。
勝舞たちは、ジュラとのデュエルに敗れ、海へ落ち行方不明になっていた白凰をついに発見した！ しかし、その傍らには黒い死神・黒城凶死郎の姿が・・・。白凰とのデュエルを望む黒城。 一方、プロフェッサー・マーチに見捨てられたジュラはいまだ立ち直れずにいた。 そこに現われたディッセンは、ジュラをそそのかし白凰とデュエルさせようと企む。 傷ついた白凰、どうなる・・・！？
ディッセンの策略にはまり、勝舞が白凰より譲り受けた「デュエル魂」を狙うジュラ。 彼の目を醒まし、救いたい勝舞は、デュエルをすることに！！ しかし、プロフェッサー・マーチの組み上げた「デス・メタル・デッキ」を使うジュラの前に勝舞は大苦戦。 ジュラを倒し、救うことはできるのだろうか･･･！？
勝舞は大逆転の末にジュラを敗り、彼に「楽しいデュエル」を教え、救うことができた。 そこへオクトが現われ、勝舞の持つ「デュエル魂」を奪おうと、デュエルを挑んできた！ 「デュエル魂」を渡したくない勝舞たちはデュエルを拒むが、黒い死神・黒城凶死郎がオクトの前に立ちはだかる。 黒城の持つ「デュエル魂」は、クリーチャーをあやつる力を持つ、ただひとつの「デュエル魂」なのか！？ そしてデュエルの行方は！？
「デュエル魂」をかけた黒城凶死郎とオクトのデュエルの結果は・・・オクトの勝利に終わる。 だが、この「デュエル魂」も、ただひとつの「デュエル魂」ではなかった！まさにその瞬間、突然、勝舞の胸の「デュエル魂」がまばゆい光を放ち輝きだした。 これこそがプロフェッサー・マーチの求める「デュエル魂」なのか！？
勝舞の持つ「デュエル魂」をかけて、勝舞とオクトのデュエルは続く。 小さな子供とは思えない、凶悪なまでの実力を持つオクトに、圧倒的に不利な勝舞だったが、白凰の、そしてジュラの想いを受けて、決死の反撃に出る！！ そして決着の時・・・。 「デュエル魂」が集まり、そして・・・！？
無数の「デュエル魂」が集まり、巨大に輝く、ただひとつの「デュエル魂」が現われた。 クリーチャーを操るというその力を手にするべく、あの男がプロフェッサー・マーチに牙をむく。 マーチから奪い手に入れた切札「暗黒凰デス・フェニックス」を操り、勝舞に最後のデュエルを挑んできた！ 武者ＶＳゼロ、人類の未来をかけたラストデュエルの行方は！？
人類の未来をかけたラストデュエルで勝利を収めた切札勝舞の熱いデュエルの激闘を振り返る！デュエルを共にしてきた仲間たちへの思い、クリーチャー達への思いが今語られる！
デュエル世界大会、日本予選に参加するため会場に集まる勝舞達。そこに突如ナゾの集団が現れ大会参加者達にデュエルを挑んでくる。大会前の腕試しにデュエルを受けて立つ参加者達だが次々に敗れ氷のような結晶に閉じ込められてしまう！ナゾの集団の目的は一体何なのか！？
ナゾの集団はザキラの命令で世界各地のデュエリスト達を消すために動いているという。大会参加者に襲い掛かるザキラの手下をとめる為、デュエルする勝舞達。一方、白凰は何者かの気配を察したかのように市街地の高層ビルに向かう。高層ビルに待ち受けているのは一体！？
デュエルマスターの証を奪うためヤエサル様を手にかけデュエリスト達を消していくザキラ。敵を討とうとザキラに挑む白凰のもとに駆けつける勝舞達。だが、目にしたものはザキラの圧倒的な強さに屈しようとする白凰の姿だった！
敗れた白凰を連れ円盤で飛び去るザキラたち。円盤が飛び立ち崩壊していくビルに取り残された勝舞達だったがデュエル世界大会実行委員のマッキーに助けられる。マッキーから明かされる要塞島での惨劇。その驚くべき内容とは！？
デュエル・マスターの証、ザキラの正体の手がかりを求めてドクター・ルートの研究所に向かう勝舞達。ドクター・ルートはデュエル・マスターの証を預かり保管していた。ザキラを知るドクター・ルートは勝舞達を巻き込みたくないと話すのをためらうが…そこにザキラの配下、バベルが迫る！！
ドクター・ルートを逃すためバベルにデュエルを挑む龍牙。だがあえなく敗れ追い詰められるドクター・ルートとジョージ。師匠を守るためバベルとデュエルするジョージだったが、バベルの恐るべき能力、闇眼（やみまなこ）がジョージを追い詰める！果たして、ドクター・ルートたちは逃げ切れるのか！？
谷底の急流に落ちたドクター・ルートをさがす勝舞達。だがドクター・ルートを見つけたのもつかの間、新たな敵、リッチ＆シズカが立ちふさがる！デュエル・マスターの証を追いかけるリッチ＆シズカを食い止めるためデュエルで立ち向かう勝舞とミミ。だが、予想以上の強さに苦戦を強いられてしまう…。
リッチ＆シズカとデュエルすることになった勝舞とミミ。相手の強力な攻撃に押されていく闘いの最中に二人は重要なことに気が付く。一方、ドクター・ルートに追いついたれく太とジョージだったが、そこでドクター・ルートから意外な言葉を聞かされる。
ドクター・ルートを救出することに成功した勝舞達。だがなんとドクター・ルートが記憶喪失に！激しい追っ手の攻撃に対して、勝舞は父から受け取ったバルバルザーク・紫電・ドラゴンを手に、ザキラを倒す決意を固める。しかし新たな追っ手の攻撃が迫っていた！
勝舞達の前に立ちふさがる強敵、イエスマン＆キサナデゥ。絶妙なコンビネーションで攻撃を仕掛けてくる相手に、勝舞の攻撃も通用しない。だが追い詰められたその時イエスマンに異変が...？逆転を信じて紫電ドラゴンで挑む勝舞に勝ち目はあるのか！？
川に落ちたDrルート。後を追っていくと謎のピラミッドの中に入って行ってしまう。勝舞たちも続いて中に入っていくがそこにはザキラの新たな手下、天帝トトが待ち構えていた。仲間同士で本気のデュエルを強要されている少年達を救うため見えない敵と戦うことになった勝舞とミミだが...？
少年達を救うため見えない敵と戦うことになった勝舞とミミ。お互い見えない敵に苦戦するが、実は壁を隔てて勝舞とミミがデュエルさせられていた！卑劣な罠の前にどうすることもできず見守るれく太達。果たして勝舞とミミのデュエルの行方は！？
三方に分かれたDrルートの反応を追って、手分けして探す勝舞たち。ミミと龍牙はそこでザキラに連れ去られたはずの白凰に出会う。再開を喜ぶミミと龍牙だったが、白凰はザキラの手下Ｗ（ホワイト）に成り果てていた！立ちふさがるＷ（ホワイト）を前に勝舞はデュエルを挑む！
激しい戦いを繰り広げる勝舞とＷ（ホワイト）。Ｗ（ホワイト）になっても変わらない白凰の強さに追い詰められていく勝舞！だがあきらめずに戦う勝舞は必死で白凰に呼びかける。徐々に記憶を取り戻していく白凰は「デュエルが好き」という勝舞の言葉に正気を取り戻したかに見えたが...。
Ｄｒルートを追いかける勝舞達はジュラとジューンに再会する。彼らもザキラと戦っていたのだった。喜びもつかの間、オクトたちがザキラの手下との戦いで行方不明になったことを聞かされる。そのとき、Drルートの反応がある洞窟にオクトたちもいることが判明するが、駆けつけようとする勝舞達の前に力を解放したイエスマン＆キサナドゥが現れる！
洞窟に閉じ込められた勝舞たち。そこで、勝舞の戦いに戸惑う様子を指摘するジュラ。そして、洞窟の奥でオクトを発見するが、すでにデリートされていた。そこにイエスマン＆キサナドゥが現れる！勝舞の戦いに戸惑う心を見抜いたジュラは代わりにデュエルで迎え撃とうとするが･･･？
Drルート探索の途中でだべべ村を通りかかった勝舞達の前に懐かしい顔、カブト丸が現れる。勝舞との再会を喜ぶカブト丸だったが、突如襲い掛かるザキラの手下を相手にあえなく敗北してしまう。怖気づいて逃げ出す村人達を尻目にデュエリストとしての意地をみせようとするカブト丸。一方、ミミは新たに現れたリッチと対峙していた！
デュエリストとしての意地。それはデュエルを愛する気持ちから生まれたカブト丸の想いだった。村人からデュエルを奪おうとしている敵を許すわけにはいかない！同じ思いでミミはリッチと戦い、勝舞もカブト丸を手助けする。その気持ちが村人に伝わったとき、奇跡が起きる・・・？
ようやくDrルートを見つけた勝舞達。だがＤｒルートはまたしても走り去り、古城に逃げ込んでしまう。後を追いかける勝舞達だったが、そこには共同作戦を練りバベルとトトが待ち構えていた！立ちふさがるバベルと円盤から様子をみるトト。二人の共同作戦とは一体？！
立ちふさがるバベルとデュエルするジョージ。そのとき突然の振動と共に上空に円盤が現れ城を破壊し始めた。なんとトトが城ごとデュエルマスターの証を奪おうと仕掛けた罠だった！捨て駒にされたことに怒るバベルとジョージのデュエルは激しさを増していく。一方、バベルを出し抜き作戦に成功したかに見えたトトだったがその前に黒城が現れた！
トトは現れた黒城をデュエルで排除しようと戦いを始める。お互いに譲らぬデュエルを繰り広げていく中、勝舞達はカプセルに入れられたDrルートを見つけ出すことに成功する。そのまま脱出しようとした勝舞達だったが、そのとき異変が！？
Ｄｒルートを救い出した勝舞達。記憶が戻ったルートから聞かされる記憶喪失の真実。ヤエサル様からデュエルマスターの証を守るように言われたルートが最終手段として敵に見つからないようにあえて記憶喪失になるように仕向けたのだった。そんな中、またしてもザキラの手下、イエスマンとキサナドゥが現れる！
龍牙対イエスマン、ジョージ対キサナドゥの激しいデュエルが始まった！そして勝舞は立ちふさがるＷ（ホワイト）と、ミミはリッチとデュエルをすることに！それぞの強敵に苦戦する勝舞達！そして龍牙、ミミ、ジョージはそれぞれの相手に追い詰められていく。残された勝舞はＷ（ホワイト）に勝利することができるのか！？
Ｗとのデュエルに全力をかける勝舞！クロスデッキで猛攻を仕掛ける勝舞だったが、Ｗのブロッカー、シールド・トリガーの前にあえなく敗れてしまう。そこに、復活したザキラがトドメを刺すために現れるが、待ち構えていた黒城がザキラにデュエルを挑む。果たして勝負の行方は！？
ついにデュエルマスターの証をザキラに奪われてしまった！証を奪い取ることに成功したザキラは、手下を使い各地でデュエリスト達を次々とデリートしていく！マッキーに手当てを受けていた勝舞達は、その惨状を目の当たりし、新たにザキラを倒す決意を固めるのだった。
ザキラからデュエルマスターの証を取り戻そうと、要塞島に乗り込む勝舞達。勝舞たちが接近していることを知ったザキラは自らデュエルでデリートしようと勝舞たちの前に現れる。そしてついに勝舞とザキラのデュエルが始まった！！壮絶なデュエルの結末は･･･！？
敗れた勝舞にトドメを刺そうとするザキラ。だが、トドメの攻撃を受ける瞬間、デュエルマスターの証から不思議な力があふれ出し勝舞を守る！しかしその衝撃で勝舞達は海に投げ出されて散り散りになってしまう。無人島で目を覚ました勝舞、れく太、ルーペットはそこでバケツマンという謎の男に出会うが･･･！？
バケツマンと命がけのデュエルを繰り広げる勝舞。だがデュエルの最中にバケツマンに異変が起こる。苦しむバケツマンだったが勝舞もザキラとの戦いの傷が癒えずお互いに満身創痍でのデュエルは引き分けに終わる。そしてバケツマンの口から意外な事実が知らされるのだった。
島で出会ったバケツマンと共にザキラのもとに向かう勝舞たち。だがそこにまたしてもトトとバベルが現れる！筏で移動していた勝舞たちはトトの海上ピラミッドに捕らえられ、勝舞はトトと、バケツマンはバベルとデュエルすることに･･･。二人は勝てるのか！？
勝舞とトト、バケツマンとバベルのデュエルは激しさを増していく。だがそのとき、またしてもトトが卑劣な罠を仕掛けてきた。なんと海上ピラミッドをそのまま海面に沈めてバベル共々バケツマンを沈めようとしたのだ！窮地の中、バケツマンとバベルはデュエルを休止して脱出しようとするが･･･！？
ザキラの本拠地、要塞島に到着した勝舞達。だがバケツマンは一人、手にした写真を見つめたたずんでいた。何か目的があるようだったが、それを隠すバケツマン。そのとき突如、幽と名乗るデュエリストが現れる。幽こそバケツマンが探していた人物だったのだ！だがすでに彼女はザキラの手下になっていたのだった･･･。
バケツマンが探していた幽は、なんとザキラの妹だったのだ！過去にバケツマンは幽と共に、デュエルマスターになり世界に君臨しようとしたザキラを止めようとしたのだが、敢え無く敗れてその体に呪いを受け、幽もまたザキラの力によりその手下に成り果ててしまう。幽を救うために奮闘する勝舞だったが･･･！？
幽とのデュエルでデッキを失ってしまった勝舞。立ちふさがるザキラの手下達を前にどうすることもできない中、代わりにバケツマンが命を削り敵を防ぐ。一方、おとりとなっていた龍牙、ジョージ、ミミ、ルーペットは敵をひきつける為に一方が残り、もう一方は勝舞と合流する。ミミたちと合流した勝舞達一行はキサナドゥ＆イエスマンの円盤から逃げるために駆け込んだ地下道でドラゴン達の導きにより驚くべきものを発見する･･･！
ドラゴンたちの導きにより、新たなデッキを手にする勝舞。それは勝舞の父勝利が残したデッキだった！新たに決意をかため、襲い掛かるキサナドゥを迎え撃つ勝舞。お互いにゆずらないデュエルを繰り広げる中、キサナドゥは勝利を確信した様子をみせるが、そのとき、新たなデッキの力が開放される！
再びザキラの元に向かう勝舞達。その前に立ちふさがるW（ホワイト）。Wとデュエルを開始しようとした瞬間、そこに黒城が現れ、Wと黒城のデュエルが始まった！有利にデュエルを進めていく黒城だったが、Wの攻勢を前に逆に押されていく。そんな中、黒城はザキラに対して異常な執念を抱いていることが判明する･･･。
Ｗに敗れた黒城だが、その執念はクリスタルを打ち砕く程強いものだった！しかし呪いの紋章を体に刻まれ真のデュエルの度に命を削っていく体になってしまう。ひとまずその場から逃げ込んだ洞窟で休む勝舞たち。洞窟の中で黒城の執念を疑問に思う勝舞だったが、黒城は過去にザキラとの深い因縁があった･･･。
ジョージと合流した勝舞達。だが、ジョージは呪いを受け、龍牙も海に消えてしまったことが判明する･･･。そのころザキラのもとでは囚われていた勝利が脱走する。ヴァルキリアス・ムサシを勝舞に届けようと満身創痍の身ながら必死に勝負を探す勝利。勝利の希望は届くのか･･･！？
勝舞にヴァルキリアス・ムサシを託した勝利はイエスマンとのデュエルを始める。勝舞は勝利が勝つことを信じ、ザキラの元に向かうが、その行く手を再び幽が阻む。だが幽と死闘を繰り広げる中、勝利の悲痛な声を聞く勝舞。その目に映ったのはイエスマンとのデュエルで力尽きようとしている勝利だった！
ザキラの元に向かう勝舞達。勝利を失った勝舞は再びザキラを倒す決意を固める。そんな中、勝舞たちの前に立ちふさがったのはリッチと眠りから覚めたシズカだった！「デュエルに愛はいらない」と、愛をなくしたリッチ＆シズカは非情な強さで勝舞とミミを追い詰めるが･･･？
愛をなくしたリッチ＆シズカに押される勝舞たち。しかし、眠っていたシズカを想い待ち続けたリッチの愛に気づいたミミは、リッチに愛を取り戻させようと必死で語りかける。そしてシズカも愛に戸惑い、リッチとの思い出から愛を取り戻したかに見えたが･･･。
ザキラの城の正門にたどり着いた勝舞達。だがそこには、バベルの指揮する手下たちが集結していた！ジョージ、バケツマンは身を挺して勝舞に血路を開く。ジョージ達の助けにより城を進む勝舞達だったが、たどり着いた白い部屋にはかつての仲間、W（ホワイト）が立ちふさがる！デュエルに勝てば、元の白凰に戻せるかもしれないと、微かな望みをかけWにデュエルを挑むミミだったが・・・
W（ホワイト）の繰り出す攻撃に、絶体絶命のピンチにおちいるミミ。それでも彼女は過去の白凰とのデュエルを思い出す。憧れていた白凰に初めて会った日のこと。少しでも近づきたいと、デュエルの腕を磨いてきたこと。その気持ちを隠すことなくWにぶつけるミミ。その想いは白凰に届くのか？そしてデュエルの行方は？
ミミを破り、ザキラのもとに戻るW（ホワイト）。だがその目はすでに白凰に戻っていた。激昂するザキラだったがその前に、黒城があらわれる！ついにザキラの居所を突き止めたのだ。激しいデュエルから繰り出される衝撃波に驚き、玉座の間に集まる勝舞たち。黒城VSザキラ、一騎打ちの結末は？
勝舞とザキラの目前で、白凰とイエスマンの、真のデュエルが始まった！お互い隙のない攻防の中、白凰はイエスマンのシールドをあと一枚のところまで追い詰める！だが、イエスマンの最後のシールドは、シールドトリガーだった。完全制圧を目前に、ザキラは白凰に、再び忠誠を誓えと宣告する。しかし、白凰の視線に淀みはなかった。
イエスマンにデリートされた白凰の姿に、茫然自失の勝舞。バベル・幽・ザキラの勝利宣言が、ただひとりのデュエリストとなった勝舞へと向けられる。だが信念を貫く勝舞は、臆することなくイエスマンとのデュエルに臨む。かつては尊敬し、崇拝していたヤエサル様だったイエスマンを差し向け、ザキラは勝舞に対し動揺を誘う。仲間たちの思いを超聖竜シデン・ギャラクシーに託して、勝舞は叫んだ・・・！
イエスマンから、本来の姿に戻ったヤエサル。勝舞とのデュエルに敗れたことで、ザキラから注がれたパワーを使い果たしたのだ。ヤエサルは息も絶え絶えに、因縁の過去を語り始める。ザキラは、元はヤエサルの弟子だったのだ。話を聞き、新たに覚悟を決めた勝舞たちは、いよいよザキラの城の屋上へとたどりつく。が、そこには幽が待ち受けていた・・・。
バケツマンと幽のデュエルは、最終ターンを迎えていた。しかし、幽の圧倒的な強さの前に、バケツマンは敗れる。恋人である幽を正気に戻そうと旅を続けてきたバケツマンの気持ちを受け継ぎ、幽とデュエルをする勝舞。容赦ない戦術を繰り出す幽だったが、彼女の耳に、どこからかバケツマンの声が響く。 「覚えているかい・・・幽・・・」デリートされたはずのバケツマンの無念の思いが、幽の脳裏に直接語りかけてきているかのようだった。
幽と勝舞のデュエルは、熾烈を極めていた。その時、風に舞った一枚の紙片が、幽の足元に舞い飛んできた。それはバケツマンが肌身離さず持っていた、昔の幽との笑顔のツーショットの写真だった。ハッとなる幽に、勝舞のダイレクトアタックが決まる。目覚めた幽は、バケツマンが、デリートされた身でありながらも必死に自分を救おうと、ここまでやってきたことを知る。
要塞島上空、透明な円盤の上で対峙する勝舞とザキラ。世界の未来がかかったデュエルがいよいよ始まる。 心配そうに見つめる、ミミ・ジョージ・バケツマンらボロボロの仲間たち。『デュエルが大好きな気持ちが何より大事』とする勝舞の願いと、『デュエルは力こそが全てだ』というザキラの信念が真正面からぶつかる！だが強力なナイト・マジック、ロマノフ・ストライクの連続攻撃に、勝舞の切札は沈黙したまま。自信を失う勝舞は、ついにデュエリストの未来をあきらめかけてしまう・・・。
要塞島でのデュエルに敗れ海に消えた龍牙は、世界中に残っている反ザキラ勢力を結集させたルートとマッキーに助けられていた。ザキラと戦う勝舞に、『お前は一人じゃない！』と声援を送る龍牙たち。勝舞は勇気づけられ、デュエルを愛する者すべてにデュエルマスターの証が宿ると確信する。だが、ザキラは嘲笑い、「まもなく決着がつく。お前は敗れる」と言い放つ。勝舞は返す。たとえこのデュエルに負けても、ザキラはデュエルマスターにはなれない。なぜなら、ザキラには「デュエルへの愛」がないからだ。仲間への愛、クリーチャーへの愛・・・・・・それらを持たず、力だけで全てを屈伏させようとするザキラには、証を同化することは決してできない！と叫ぶ。勝舞の言葉にザキラは怒り、ついにトドメを刺そうとするが・・・？
勝舞ＶＳザキラの闘いは、勝舞の勝利でひとまず終わりを告げました。あらたなデュエルが始まる前に、ザキラとの定められた決戦、仲間たちとの出会い、父との絆など、デュエル・マスターズ クロスのオイシイところだけをピックアップし、スペシャルバージョンでお届けします。
ザキラとの死闘を終えて、河川敷でいつものようにミミとデュエマする勝舞。でも、最近ちょっと困ったことが・・・・・・。気負いこんで攻撃しても、ミミにあっさりとやられてしまう。ザキラに勝ったことで勝ちゃんはすっかり目的を見失い、ぼんやりして、無気力になってしまった・・・・・・と心配するれく太。その夜、食欲もない勝舞を見かねた舞は、タンスの奥にしまってあった一枚のカードを勝舞に見せる。それは、勝利が出発前に舞に託していったカード【ボルシャック・ＮＥＸ（ネックス）】だった。翌日、新たなドラゴンカードの入ったデッキを試すと、勝舞は連戦連勝、破竹の勢いで、どんどん自信を取り戻し、さらには暴走していく。その顔は狂気じみた笑みさえ浮かべていた・・・。
勝舞は各地で連勝を続け、ますます暴走、ワルさの度合いも増していく。見かねてデュエマを申し込んだ龍牙も、あっさりと敗れてしまう。心配したれく太やミミたちは、カードショップ【コロンコロン】に集まって、ルートに相談をする。そこで語られたのは衝撃の事実だった。ボルシャック・ＮＥＸはすさまじい威力の反面、弱い心の持ち主が使うと、魂を取りこんでしまうカードなのだ。噂を聞いた白凰は、かつての勝舞に戻すため、療養中の体をおしてデュエマ大会に臨む。増長する勝舞の前に現れる白凰。あたかもＷかと思わせるような、厳しい表情。対する勝舞も、念願の白凰とのデュエルに燃えている。れく太やミミ、龍牙が見つめる中、宿命のライバルのデュエルがスタートする。
白凰と勝舞、宿命のライバル対決が始まる。まだザキラにやられた傷の癒えない体をおして、執念で戦う白凰。「戻ってくれ、勝舞くん･･････。君の大切な仲間も、きっとそれを願っている！」訴え続ける白凰にボルシャック・ドラゴンが応えた！ボルシャック・NEXの攻撃を、自らの意志でブロックしたのだ！動揺する勝舞。白凰の作戦、それは、勝舞が長年愛用したボルシャック・ドラゴンを召喚し、勝舞の気持ちに働きかけることだったのだ・・・。
白凰への見舞い品を積み込み、車を走らせようとする勝舞たち一行。龍牙は「白凰と初めて出会ったのはいつか？」と問いかける。過去、白凰のいた神殿は、デュエリスト育成のために作られた施設であった。だが、そこにいる三国や愛善、ミミは、白凰にとっては強くなるための道具でしかなく、弱い者たちは次から次へと切り捨てられていた。冷酷に強くなることを求めていた白凰の前に現れた切札勝舞。ライバルの二人、運命の出会いが語られる・・・。
「見舞いに来たぜ！」と勝舞。出迎えに来た三国、愛善、ゴブリンとの久々の再会を喜ぶ。 三国は久しぶりのデュエマを勝舞に持ちかけ、かつて神殿で戦った時の自分を思い出し、熱くなる。 負けてしまった三国に対して笑顔で健闘をたたえる白凰。それは、もう弱者を切り捨てる冷酷な主ではなかった。そして、勝舞がいたからこそ、仲間を感じられる自分があると再認識することになる。
白凰の屋敷で、デュエマを楽しむ勝舞達を温かな目で見つめる白凰。そんな彼のもとに寄り添うミミ。彼女の脳裏に、神殿に訪れた頃の自分が思い出される。『最強になり、白凰の側にいたい』その一心で、神殿のデュエリストになったミミ。その視線の先には、『練習台』としてしか彼女を見れない、冷徹なまなざしの白凰がいた。そんな中で勝舞は、ミミをデュエマで打ち破るが、同時に彼女の熱い心に火を灯す。ミミ・白凰の悲しむ姿。笑う姿。勝舞が現れたことで、大きな歯車が動き出したのだ。
修行の旅に出ている勝利から手紙が届く。そこには一枚のカード「神羅ドラグ・ムーン」が入っていた。『究極進化』という特別な力以外は不明の不思議なカード・・・勝舞はルートの研究所へ向かう。だが、ルートも詳しいことは語らなかった。「何はともあれ、デュエマしてみればいいんじゃないか」という仲間たちの話から、研究所の手伝いをしているバケツマンが相手をすることになる。『ボクもあれから修行しているからね・・・キミが思っているよりずーっと強くなってるかもしれないよ・・・』不適に笑うバケツマンと勝舞の、神羅ドラグ・ムーンをデッキに交えたデュエマが始まる・・・。
Ｄｒ.ルートの研究所にて、デュエマをはじめた勝舞とバケツマン。仲間たちも神羅ドラグ・ムーンの登場を、固唾をのんで見守る。『超高速デュエル』という新たなワザを身につけたバケツマンに、勝舞はシールド残り一枚のところまで追いつめられる！白熱するデュエマの中、勝舞はついに【火之鳥ボレアス】を【神羅ドラグ・ムーン】へ究極進化させた！究極進化とは進化クリーチャーをさらに進化元として、さらなる強さを秘めたクリーチャーを召喚できるという力。ドラグ・ムーンはとんでもない強さで、優勢にあったバケツマンにダイレクト・アタックを決める。「神羅ドラグ・ムーン、今日からお前は、おれの仲間だ！」と勝舞は叫んだ。
カードショップ「コロンコロン」に、町の子供たちが集まっていた。ヤエサルさまが主催するデュエマの世界大会が始まるため、エントリーの行列ができているのだ。「よし、みんな、世界一目指して頑張ろうぜ！」と勝舞。そこへ―――「ひゃ～っひゃっひゃっひゃ･･････！」と聞き覚えのある声！黒城凶死郎が、大きな熊を連れて現れる！皆が一気に疑問をぶつけるが、黒城はそのどれにも答えず、当然のようにエントリーシートにサインした。そこへ、なぜか体を凍りつかせて現れたのはマッキー。「黒城くんが、ここに来なかったかい？」スカイというデュエリストを探す旅の途中で、黒城と出会ったのだと言う。黒城と熊のサザンクロス、ある極寒の島での、不思議な出来事が語られる―――
マッキーの話は続く。南極に近い島にスカイというデュエリストを探し、遭難していたマッキーは、熊のサザンクロスに助けられ、その先の小屋で黒城凶死郎にも会う。小屋の主であり、友人のスカイはもう何者かによって葬られた後だった。うなだれるマッキー、そこに空から光る物体が飛来した。それはなんとキサナドゥ！「てめえを倒し、ザキラを倒す！」黒城がキサナドゥにデュエマを挑み、【墓地進化】という新たなコンボで勝利する。マッキーは、ザキラが復活している可能性があると言い、再びザキラ捜索の旅に出る、と勝舞たちに別れを告げ、出ていく。波乱の世界大会になるかも･･･という胸騒ぎをおぼえる勝舞たちだった。
デュエマ世界大会・一次予選のエントリー締め切りが迫っていた。勝舞やミミたちは、互いにデュエマしながらデッキの調整に余念がない。そのなかで一人だけ『みなさん、頑張ってくださいね！』と笑顔でさらりとしてるれく太。自分は強くないから、大会に出ないと言うのだ。あ然とする一同。だがジョージだけは拾ったれく太のカードから、本当に弱いデッキを使っているわけではないことを知る。一念発起したジョージは語りかけた。『お前の気持ち、痛いほどわかるぜ・・・』
「あんときゃ、オレもまだ若かった・・・」ルートのもとに引き取られた頃の、とんでもなくスパルタな修行物語を回想するジョージ。『でも、どうして乗り越えられたんですか？』と真剣な顔で聞くれく太。「さあ・・・。ただ、どんなに辛くても、オレはデュエマが好きだ・・・その気持ちだけは変わらなかった・・・」ジョージの言葉に何かを感じたれく太は、毎日の精神修行に励むのだった。そして最後の締めくくり、れく太は勝舞の前に立つ。「れく太、お前には実力がある。ただ心が弱いだけなんだ・・・」びびっていない冷静さを持ちあわせたれく太は、果たしてどこまで戦うことができるのか・・・？
コロセウムに集まる勝舞たち一行。バケツマンら仲間たちも、勝舞たちを見つけて再会を喜ぶ。・・・と、そこに「白凰、元気になったんだな！」と声をかける勝舞。だが勝舞以外は、うっと苦い顔。白凰のカッコをしているだけの、顔も背丈も、似ても似つかない関西弁のデュエリスト、難波金太郎だ。会場では、実況のＤＪショーが大会の説明する。次の相手が誰になるのかが直前までわからないトーナメント形式で、勝ち残った６名が、次の予選へ進むことができるのだ。・・・そして初戦。勢い込んでいる勝舞の前に、現れたのは先ほどの金太郎。『あ～！白凰！』今だに気づかない勝舞。はたして大丈夫なのか？？
勝舞の初戦が始まる。相手はマナをけずる名人、難波金太郎（なんばきんたろう）「白凰に憧れ、追いつきたい」という気持ちでこの大会に参加したという金太郎に、親近感をおぼえると同時に闘志がわく勝舞。だがデュエマは速攻でしかけようとする勝舞に対し、ドラゴンを１体も召喚できない、ツラい展開になる。シールドを割られても、頼みのツナの紫電ドラゴンを呼ぶことができない！意外と策士の金太郎「白凰はんに追いつくためには、まずあんさんを倒さなあかん！ そして、ようやくその時が来たんや！」と勝利宣言。積年の思いを叶えようとする金太郎だが、一方の勝舞はわくわくしていた・・・。
ミミは二回戦目の相手とデュエマをはじめていた。そこへ現れた龍牙は、全力でミミを応援する。「おんしは勝ち残って、この俺様と決着をつけるんぜよ！」その熱血ぶりに呆れるギャラリーたち。しかも、肝心のミミは全く龍牙の存在など眼中にない。そこに会場のアナウンスでハッとなった龍牙、慌てて自分のデュエマ会場へ。彼を待ち構えていた対戦相手は三国だった。「おんしが、相手かぜよ・・・？！」三国はかつて神殿で、白凰のデュエマ相手として、ミミと共に腕を磨き合った男だ。闘志をむき出しにする龍牙。二人のデュエマが始まる。
三国の猛攻で、絶体絶命の龍牙。それでも諦めず、活路を見いだそうとする。全ては、宿命のライバル・黄昏ミミと対戦し、打ち破るためだ。子供時代のある日、ミミが他の子供たち相手に、デュエマで勝って大喜びしている姿を見て、龍牙が運転手に聞く「あれは何ぜよ？」「たしか、デュエマとかいうもので･･･」それならデュエマで俺が勝てば、他の子供たちのように俺を尊敬するに違いない･･･。龍牙は専門のコーチの指導を受け、デュエマの腕を上げていったが、ミミに勝つことはできなかった。幼い龍牙にとって、人生で初めての敗北、そして屈辱･･･。そこからミミへの長い挑戦が始まったのだ。
大会が一夜明け、勝ち残った選手たちが再び会場に集まる。手ごわそうな奴らばかりだぜ、と気を引き締める勝舞たち。その選手たちの中に一際目立つ、大きなロボットのような人物。そして対戦カードが決まり、れく太の前に現れたのは、ロボットのデュエリスト・茶番馬太郎だ。無名だったが、とても強く、しかも礼儀正しいと言う馬太郎は、自分を作ってくれた博士のデュエマに対する願いを受け継いでこの大会に参加したのだという。その感動秘話に大いに揺れる会場。しかしロボットの視線・・のぞき穴からは、めがね越しの不適な笑みが見え隠れしていた・・・。
れく太と茶番馬太郎のデュエマ。爆進化コンボを狙ったデッキ構成。ケングレンオーを進化させ勝ちを狙う。しかし、馬太郎はことごとくその手を読んでいるかのように、れく太の攻撃をつぶしていく。「まるで先手を読まれているみたいです」と内心驚くれく太。自分の手の内を知られてるのではないかと不信感を持ちつつデュエマするれく太だが、デュエマ好きに悪い人はいない、疑ってはいけない、デッキ内容が知られるわけがないと自分に言い聞かせる。試合は先手を読み、れく太の攻撃をふさいだ馬太郎のペースで進んでいく。『諦めないぞ！最後まで自分らしいデュエマをするんだ』と奮起するれく太だが・・・。
世界大会、次なる対戦はジョージとバケツマン。大会に出る以上、友だちと戦う可能性はあった。『だが・・・まさか君とぶつかるとはね』『これも何かの縁ってモンだぜ』瞳を交わす二人。そしてデュエマ開始。幽のまなざしが力を与え、攻勢に出るバケツマン。『だがな、この俺だって、見守ってくれる人はいるンだぜ。そうだよな、ママン・・・・・・！』と回想するジョージ。生後間もない彼の、大切な人とは？
バケツマンとジョージ、白熱のデュエマは続く。バケツマンの連続攻撃に「こンなのピンチでも何でもねぇ！ママンとのあの地獄の逃亡生活に比べれば・・・！」ジョージは回想する。生まれたばかりのジョージを連れ、ザキラの手下と戦いながら逃亡するママン。気力も体力も限界に達し、ピンチになったその時、ジョージは立った。大切な人を守るため、生まれて間もない赤子がデッキを取ったのだ・・・・・・ママンのことを思い出しながら、攻めに転じるジョージ。彼の本当の目的。それは、決勝大会に進み、世界のどこかにいるママンに、自分の姿を見てもらうことだった・・・・・・！
デュエマ世界大会、２次予選もいよいよ佳境に突入。今回は甦るクリーチャーと題して、今までクロスを盛り上げてきたクリーチャーたちを紹介！勝舞のＮＥＸ、ルピア、ジョージの切り札、白凰、ミミ、黒城のクリーチャーベスト3などクリーチャー映像満載でお届けします。
新たなるデュエマの物語、その主人公の名は「切札ジョー」！！そしてジョーの前にあらわれた謎のデッキケース「デッキー」は、ジョーが描いた絵を見て驚きを隠せない。デッキーが探しているという「デュエルマスター」とは、いったい・・・！？
ジョーが描いたイラストをもとに、デッキーの能力によって生み出されたカード「ジョーカーズ」。そしてジョーカーズの中でも最高レアリティのマスターカード「ジョリー・ザ・ジョニー」と共に新たな日々が始まった。ある日、学校に遅刻しそうになったジョーは、ピンチを切り抜けようと新しいカードを描きはじめる。
ももちゃんから、デュエマがものすごく強いというウワサの男の情報を聞いたジョーだが、まるで興味なし。しかしその正体は成長した親友・キラだった！ 再会を喜ぶジョーは、キラの「ラビリンスデュエル」に挑む・・・！？
とにかくラーメンが食べたいジョー。行きつけのラーメン屋が臨時休業のため、ラーメンを作ってくれるクリーチャー・The ラー漢をデッキーに産んでもらうことにする。The ラー漢は、一体どんなラーメンを作るのか！？
ある日、ももちゃんから「動くかぼちゃを見つけた」と聞いたジョーは、ももちゃんに協力して動くかぼちゃを探すことになる。ところが、ももちゃんが何者かに連れ去られてしまい・・・！？
南国リゾートに出掛けたプリ人・ハンター・シャチョーの3人がうらやましくてたまらないジョーは、バイナラドアを使って自分も南国リゾートに向かうことにする。しかしバイナラドアで行けるのは片道だけ！お金の無いジョーとデッキーは、無事に帰ることができるのか！？
ある日、ジョーはボルツという男に出会う。「マジでバッド」が口癖のボルツはデュエマに勝つと対戦相手のデッキケースを奪い取るらしい。記念すべき100個目のデッキケースを奪い取るために強いデュエリストを探しているというボルツに、ジョーは・・・！？
いつものようにラーメンを食べていたジョーは、ラー漢（めん）から究極の隠し味「ピンクのカバの笑い涙」の存在を教えてもらう。ピンクのカバに心当たりのあるジョーは、レアカードの匂いでカバまろをおびき寄せることにする。
ある日、ボルツはダチッコと名乗る謎の生物を助ける。恩を感じたダチッコから、周囲に気を使わずに思いきりスケボーに乗れる場所を案内してもらい喜ぶボルツだったが、そこにキラが現れる。
学校のテストを翌日に控えたジョー。心配するデッキーに対し、ジョーは「ハンターのほうがもっと点数が悪いから平気」と涼しい顔。ところがその会話をハンターに聞かれてしまい、ハンターと明日のテストの点数で勝負することになる。
キラがマスターカード『オヴ・シディア』との契約を完了した一方、負けたボルツはある決意を抱いていた。その決意とは、自分もクリーチャーワールドへ行き、マスターカードと契約することだった。
ももちゃんと一緒に、デュエマ好きが集まるイベントに遊びに行くことになったジョー！だが、会場にはデュエリスト達をだまして、レアカードといらないガラクタを交換させてしまうという「シャーク団」の姿が！？
遠足に持って行きたいおやつが予算内におさまらず、悩んだジョーは、新たなクリーチャー・チョコっとハウスを描く。だが、高級なお菓子ばかり作るチョコっとハウスはジョーが欲しいお菓子を作れなくて・・・！？
最近、詩にハマっているというももちゃんは、カリスマ詩人として話題のアイアムさんの動画に熱中している。だが、この謎の詩人をめぐる大事件が起きようとしていた・・・！？
ジョー達は、あるラーメン屋を探していた。まるで空に浮いているように見えることからつけられたその名は、「天空のラーメン屋・らぷた」。「らぷた」で幻のラーメンを食べるため、ジョー達の冒険が始まる！？
デッキーの口とつながっているクリーチャーワールドに興味津々（きょうみしんしん）のジョーだが、そこはとても危険な世界らしい。好奇心おうせいなジョーは、デッキーにねだって火のクリーチャーワールドに連れて行ってもらい、そこである男に出会う。
火文明のクリーチャーワールドにやってきたジョーは、火文明のマスター候補となったボルツに出会い、真のデュエルで勝負することに！新しい力を手に入れて帰ってきたジョリー・ザ・ジョニーと共に強敵・ボルツに立ち向かうジョー。一体どんなデュエルになるのか！？
真のデュエルを終え、火文明の世界から人間界へ帰ろうとしていたジョーは、途中でなんとジョーカーズの星を見つける。さっそく行ってみると、この星のクリーチャーを作った偉大な存在として大歓迎され・・・！？
全国から一流の腕を持った職人が集まるラーメンサマーフェス。ジョーとキラは、行きつけのラーメン屋の親父と参加するが、優勝を目指す彼らの前に、うさぎ団やシャチョー達が立ちはだかる。
今回は夏休み超豪華三本立て！『表と裏の仁義なきスイーツ対決』『ウサギ団の夏休み！』『お尻がジョーデッキー』。いったいどんな話なのか、お楽しみに！！
ケシカスくんが「デュエル・マスターズ」のアニメに登場！「デュケシ・カスターズ」とは一体・・・！？番組を乗っ取られそうになったジョーとデッキーは、ケシカスくんと勝負することに！！
シャチョーたちにカブト虫を自慢されて悔しいジョーは、火のクリーチャーワールドに虫捕りに行くことにする。一方、ボルツたちは、ダチッコの友達を倒したのはジョーであると思いこみ、ボルツは自分をだましたジョーへの怒りに燃えていた。
ナゾの多いウサギ団だが、なんと今回は火のクリーチャーワールドに現れた！クリーチャーワールドのルールなんて全く知らないぴょんこ姫たちは、警戒心なく遊びまくる。
母から『ＤＧ』の存在を聞かされたキラ。しかし『ＤＧ』は完成形ではないため、覚醒（かくせい）するには真のデュエルの中で目覚めさせる必要があるという。果たしてキラは伝説のクリーチャー『ＤＧ』の強大な力を使いこなすことができるのか！？
ある日ジョーは、ももちゃんから校内新聞コンクールの話を聞く。自分達が記者になって気になる出来事や面白い発見を新聞にして発表し、なんと優勝すると一週間給食のメニューを決められるというのだ。優勝をねらうジョーは、新しいクリーチャーを描くことにする。
喫茶たきがわで働くウサギ団。じつは職場からすごく遠いところに住んでいた。引っ越しのためにボーナスをもらいたいウサギ団は、るるから倉庫の掃除を頼まれ・・・！？
これまで何度もハンターに「さーせん」して悔しいジョーは、ある日テレビを見ていて強い男にはヒゲが生えているのではないかと思いつく。そこで新しいクリーチャー・ヒゲ総理を描き、ジョーにもヒゲを生やしてくれるようにお願いするのだが・・・。
ジョーが罰怒ブランドを助けたことがきっかけで仲良くなったボルツ。襲われた時のことを思い出すうちオヴ・シディアの仕業だと気付くが、キラと仲良くするジョーを見て、自分自身でキラがどんな奴かを確かめることを決意する。
ボルツがジョーと知り合いだったことに驚くキラだが、たとえジョーの友達であっても容赦なく戦うことを決意する。一方ボルツは、以前オヴ・シディアに負けてから新しい切り札を用意していた。
ある日、ジョーが学校へ行くと、おかしなかっこうをしたシャチョーたちがいた。ジョーはバカにするが、それは世界的デザイナーであるシャレコフスキーの最新作らしく、女子には大人気だ。ぜんぜん知らなかったジョーは、くやしくてたまらず・・・。
ハロウィンの話題で盛り上がるもも達がうらやましくて、自分もハロウィンを楽しみたいジョー。しかしジョーの母・るるはハロウィンが大嫌いで、ジョーにハロウィンを楽しむことを禁止していた。
学校の宿題で自分の家族について発表することになったジョーは、父・勝太のアルバムを見てみることに。そこには小学生時代の勝太と兄の勝舞がドラゴンを使う姿があった。その写真をデッキーに食べさせると、なんと小学生時代の2人が現れ・・・！？
勝太と勝舞のデュエルをまのあたりにし、ますますドラゴンが欲しくなったジョー。勝太から、ドラゴンをあげるかわりにオニ最強なカレーパンを手に入れることを要求され、切札の里にあるという幻のカレーパンを探しに行くことに。
ある日、ジョーは亀に乗った不思議なおじいさんと出会う。和菓子屋を営んでいるおじいさんには、食べた人を笑顔にする究極のお菓子を作る夢があった。それを聞いてジョーもお菓子作りを手伝うことにするのだが・・・。
ひょんなことから、喫茶たきがわが爆発して吹き飛んでしまった。ラビット大佐は店長のるるに、この機会にオシャレなカフェに建て替えたいと提案するのだが・・・！？
ジョーカーズをたくさん作りたいジョーは、デッキーを増やしてクリーチャーを大量生産することを思いつく。
いつものようにレアカードを探していたウサギ団は、炊飯器の中に封印されているカードを発見し復活させてしまう。一方、ももちゃんが突然、高熱を出して倒れてしまうが、それはデュエルウォーリアの仕業らしくて・・・。
ジョーを苦しめるゲジスキーを倒すため、デュエマで戦うキラは、謎の第三の紋章を手にする。ＤＧの真の姿を解放する鍵となるカードだが・・・。
クリスマスなのに、サンタさんが来てくれないかもしれないと落ちこむジョーは、自分でサンタのクリーチャーを描くことにする。ところが、現れたのは・・・！？
キラが繰り出したドラゴン「キラゼオス・サッヴァーク」は、以前ジョーが描いたものだった。思い悩むジョーを、ボルツはデュエマ合宿に連れて行く。
すべてをはっきりさせるため、キラに挑戦状を送るジョー！一方、キラはジョーにデュエル・マスターへの道をあきらめさせようと、徹底的に叩きつぶすことを決意するのだった。
自分の正義を貫こうとするキラに対し、もはやジョーには戦う事でしかキラを止める術（すべ）はなかった。信念をかけたジョー対キラのデュエルが今、幕を開ける！！
激しいデュエルの末、ジョーの勝利でキラとの戦いは幕を閉じた。キラとのデュエルでますますドラゴンが欲しくなったジョーは、一心不乱にドラゴンを描きまくる。だがジョーの熱意とは裏腹に、デッキーはおしりの崩壊に恐怖を感じるのだった。果たしてジョーは・・・いや、デッキーは無事ドラゴンを生み出すことができるのか！？
突如、キラの前に姿を現した謎の男ゼーロ。闇に包まれたデュエル場を舞台に新たな戦いが幕を開ける。 クリーチャーワールドに広がる不安の影。いったい何が起きようとしているのか・・・。
もうすぐバレンタインデー。 愛するジョニー様に最高のチョコを作るため、「伝説のカカオ」を求めるぴょんこ姫の、愛と命をかけた壮絶な冒険が始まる！！
子供たちがレアカードよりも欲しがっている幻のカード「あたりポンの助」。「あたりポンの助」を引き当てた者は願いが叶えられるというウワサが街に流れる。ジョーがウワサの真相にせまる！！
カバまろの様子がおかしい！？心配するぴょんこ姫たちに頼まれ、ジョーは新たなクリーチャー「目玉坊ちゃんず」でカバまろを見張ることに・・・。謎に包まれたカバまろの秘密が暴かれる！！
今さらながら、喫茶たきがわの労働条件が超ブラックなことに気づいたウサギ団。店長るるに時給アップを要求し、熱きシューティングバトルが始まるが、負ければタダ働きが待っている！そして巻きこまれたジョーの運命は・・・。
デッキーのおしりを治すため、スーパー自然薯（じねんじょ）を探しに出かけたジョーは、山で探しものをする謎の少年トンボに出会う。自然薯探しのはずが一転、トンボとデュエマをする事になったジョー。自然文明デッキを操るトンボの実力とは！？
きびしい特訓を乗り越えたデッキーは、ついにジョーが描いた本気のドラゴンを生むことに。しかし、いつまでたっても出てこない・・・。デッキーの体内にひっかかったドラゴンを引っ張り出すべく、ジョーはボルツと共にデッキーの体内に乗りこむのだった。
ついにジョーのドラゴン「ジョット・ガン・ジョラゴン」が誕生した。喜ぶジョーだったが、ジョニーがいきなりジョラゴンに攻撃を仕掛けてくる。信頼していた相棒の裏切りに戸惑うジョー。そして、無情にもジョーとジョニーによる真のデュエルが始まるのだった！
ジョーの新たなる冒険が幕を開ける！ ある日キラを追ってたどり着いたのは、未開の地"自然文明"だった。そこは一面に木々が生い茂り、たくさんの植物や昆虫のクリーチャーが暮らしていた。はしゃぎまわるジョーだったが、不用意な行動からトラブルに・・・。
ジョーに続き自然文明に足を踏み入れたボルツ。合流したジョーと共に遊び回っていたが、自然文明ではタブーである火を使ってしまう。あわや大火事になろうとしたその時、自然文明ガイアハザードの１人カブト鬼が現れるのだった！！
ももちゃん一家からピクニックに誘われたジョー。イラストレーターの父を持つももちゃんとお絵かき大会をする約束をしたのだが、二人とも肝心の画用紙を忘れてきてしまう。ジョーは自由に紙を生み出せる「ガヨウ神」を作るのだが・・・。
ジョー行きつけの親父のうまいラーメン屋の味を盗むべく、スパイを企むシャチョー。企みに気づいたジョーと親父が阻止するも、シャチョーに逆恨みされてしまう。ラーメン屋のお客を横取りするためライバル店を立ち上げたシャチョー。お客争奪を巡るグルメ大戦争が勃発する！！
山で出会った少年トンボと謎の少年トテントを町で見かけたジョー。声をかけるが凄い勢いで逃げられてしまうのだった。トンボたちがデュエルウォーリアではないかと疑い２人の後を追跡するジョー。怪しすぎる行動を繰り返す２人の正体とはいったい・・・
商店街の福引で旅行を当てたるるは、ジョーやぴょんこ姫たちとクルージング旅行を楽しんでいた。しかし、ひょんな事から無人島に吹き飛ばされてしまったジョー。孤島に取り残されたジョーの生き残りを賭けた無人島サバイバルが始まる！！
どんな事にも「ＯＫ」としか答えられなくする恐るべき能力を持った「オッケーBｒｏｓ」。生みの親であるジョーはおろか、街中の人々を完全なるイエスマンへと変えていく。そんな状況に目をつけたウサギ団は、ジョーにレアカードを渡すよう要求するが・・・！？
自然文明に次々落ちる謎の黒い星。触れた者をどこかへさらうその星の正体は、ゼーロが仕掛けた罠だった。何も知らないトンボは黒い星に触ってしまい、闇文明へと飛ばされる。そこに待ち受けていたのはゼーロとの闇のデュエマだった。
自分の考えたヒーローを映画に出演させられる「最強ヒーローコンテスト」の開催を知ったジョー。映画デビューを目指し、今まで作ったジョーカーズの中から代表を１人決める事にする。
ゼーロの手下ゲジスキーがジョーの前に姿を現した。自在にクリーチャーを作り出すジョーに興味を持ち、ジョーカーズを次々に襲っていく。ついにデッキーまで倒れ、悲しみにくれるジョー。絶体絶命のピンチに駆けつけたのは、頼もしいあの男だった！
新作ゲームがやりたくて、ショッピングモールのゲームコーナーに出かけたジョー。そこで偶然、自然文明ガイアハザードの一人・ミノマルと知り合う。二人は協力して、ジョーが作り出したクリーチャー「キング・ザ・スロットン」攻略に挑むことになるのだが・・・！？
「ゼーロと友達になる」。そう言い残し、ミノマルはみずから黒い星に触れ、闇文明へ出向くのであった。待ち構えるゼーロと対峙するミノマル。破壊と和平を賭けた真のデュエルが幕を開ける。果たしてミノマルの願いは叶うのだろうか・・・
激しさを増す、ミノマルとゼーロによる真のデュエル。ミノマルはマスターカードで応戦するが、戦いの最中でも劇的な成長を見せるゼーロの前に、徐々に追い詰められていくのだった。
平穏なジョーカーズ島で事件が起きる。突如、何者かに殺害されたデッキー。後頭部の殴られた跡にはラーメンの器の模様が！？探偵になりきるジョーとオバケになったデッキーが捜査に乗り出す中、第二の犯行が起きる。そして闇に潜む黒い影。いったい誰が犯人なのか！？
カブト鬼にデュエマの借りを返すため、ボルツは自然文明に乗りこみ真のデュエルを挑む。互いの切り札を使い激しくぶつかり合う両者は、一進一退の攻防を繰り広げるのだった。果たして勝利はどちらの手に！？
ジョーとカブト鬼は互いの信念をぶつけ合い激しいデュエルを繰り広げる。追いつめられ、絶体絶命のジョー。その時、ジョーの耳にある声が聞こえてくる。
待ちに待った夏休み！ジョーはデュエマ映画化計画を始動させる。一番の目玉である最強の敵役オーディションを開催するが、集まったのは一癖も二癖もある面々で・・・！？
夏休みの自由研究にちょうど良いからと、デッキーに半ば強引にプロレス観戦に誘われたジョー。たまたま居合わせたウサギ団とシャチョー達のいざこざから、なぜか３対３の「プロレスデュエマ」へと発展してしまう。
ある日、デッキーが腹痛を訴え苦しみだした。デッキーを救うため、再びデッキーのお腹の中に足を踏み入れるジョー。なんとそこには謎の池が出現していた。
カバまろのクシャミで何故か自然文明へワープしてしまったウサギ団。たどり着いたのはガイアハザードのでんでんが侵入者用に罠を仕掛けたテーマパークだった。何も知らないウサギ団は高額時給につられアルバイトを始める。
ジョーの住む町で町内運動会が開催（かいさい）されることに。負けたチームは1年間、町内の清掃（せいそう）をすることになっており、白組のジョーはボルツに助っ人に来てもらう。しかしシャチョー率いる赤組は世界レベルの助っ人・シンタローを呼んでいた。圧倒的な強さを見せるシンタローだが、その正体は・・・！？
自然文明の秘宝を探す冒険に出かけたジョーとボルツ。案内役として生み出したジョーカーズ「ジャンゴ・ニャーンズ」のガイドで自然文明を突き進むジョー達だったが、その道は長く険しいものだった。果たして２人は秘宝を手に入れることができるのか！？
自然文明を破壊するためゼーロが生み出した闇卵。それを仕掛けようと自然文明に向かったゲジスキーだったが、危機を察知した女王の指示を受けたハニーＱが立ちはだかる。ハニーＱの秘められた力が、ついに明かされる！
真の力を解放したハニーＱに敗れたゲジスキー。しかし、ハニーＱはゲジスキーの仕掛けた闇卵に気付く事は出来なかった。同じ頃、キラは探し求めていた伝説の剣「メシアカリバー」をついに手に入れる。そんなキラの前に、またしてもあの男が姿を現すのだった。
デュエル中になぜか余裕を見せるゲジスキー。なんとキラの母親を人質として捕らえていたのだった。激しく動揺するキラをあざ笑うかのように、ゲジスキーは容赦ない攻撃を加えていく。
かんたんなお手伝いで、たっぷりおこづかいがもらえるという誘い文句につられて謎の工場にやって来たジョー。しかし、そこはゲジスキーが仕掛けた闇の瘴気（しょうき）を生み出す工場だった。
自然文明からまた人間界にやって来たミノマル。ジョーはなんとかミノマルを自然文明に帰そうとするが、ももちゃんとすっかり仲良くなったミノマルは、いつまでたっても帰ろうとしない。しびれを切らしたジョーはミノマルにデュエマ勝負を挑む。
自然文明にいまだかつてない危機がせまる・・・！突如として姿を現した闇の巨大生物メガロ・デストロイトは自然文明に毒ガスをまき散らし、大地を汚染していく。異変に気付いたジョーとミノマルは必死に止めようとするが・・・。
今年も書道コンクールの季節がやってきた。最優秀賞には世界一周旅行が贈られると聞き、ジョーは新たなジョーカーズ「ふでがき師匠」を生み出して書道の練習にはげむのだが・・・！？
自然文明の汚染を止められず、ミノマルも行方不明になったままで落ちこむジョー。キラとボルツはジョーに代わって自然文明を救おうと乗り出すが、侵入者だと勘違いされ、ガイアハザードとぶつかる事になってしまう。
友のために戦うキラとボルツ。対して自然文明のために戦うハニーQとでんでん。激しくぶつかり合うデュエマの結末はいかに！？そしてジョーは、行方不明だったミノマルを発見するのだが・・・
シャチョーが持っているVRゴーグルがうらやましくて仕方ないジョー。負けずに最高のVR体験をしようと、新たなジョーカーズ「Vチャロン」を生み出してVRゲームの世界に入りこむのだが・・・！？
自然文明を汚された悲しみと怒りから、ミノマルは怒りの戦士ミノガミへと生まれ変わった。そして、その怒りはゼーロへと向けられる。自然文明の存亡をかけたミノガミVSゼーロのデュエルが幕を開ける。
自然文明で相棒・ジョニーの行方の手がかりを見つけたジョーは、つのる思いを胸に自然文明の中を捜し続ける。果たしてジョニーと再会する事はできるのか！？
ジョニーが捜していた宿敵とは、ジョーが闇工場で敗れた相手メッサー・シュミットだった。ジョニーを追って再び闇工場へと向かうジョー。ジョー＆ジョニーのコンビがついに復活する！！
闇文明の人質になっているメッサーの仲間を救うため、ジョーは闇の工場長ゲオルグとのデュエマに挑む。パワーアップしたジョニーを使い、ゲオルグを圧倒するが・・・
覚醒（かくせい）したミノガミの力はすさまじく、自然文明の大地をも破壊していく。ミノガミの暴走を止めようとカブト鬼が説得に向かうが、その思いは届かない。そしてついにガイアハザード同士のデュエマが始まるのだった。
ももちゃんこそが自然文明を救う鍵である「姫」だった。トンボとトテントは戸惑うももちゃんを自然文明に連れて行こうとするが、ジョーは二人を振り切り、ももちゃんを喫茶たきがわのクリスマスパーティーに連れて行く。
ジョラゴンは生まれて初めての正月気分を味わうためにデッキーの中へ里帰りしたきり出てこなくなってしまった。ももちゃんを捜すため、なんとしてもジョラゴンの力を借りたいジョーは、「ジョーカーズ新年会」を開き、ジョラゴンの気を引こうと試みる。
ミノガミとバラギアラの暴走は続き、壊滅状態の自然文明。ジョーはミノガミを止めるため、ジョニーと共にジョラゴンの新しい必殺技を生み出す特訓を始めるのだった。
荒れ果てた自然文明に追い打ちをかけるように、ゼーロまでもが自然文明に侵入してくる。各地で起こる衝突。混乱が続く中でキラとボルツの助けを借り、ついにジョーとミノガミのデュエマが幕を開けるのだった。
バラギアラを使ったミノガミのすさまじい猛攻がジョーを襲う。絶体絶命の状況の中、ジョーは特訓で生み出した新必殺技を放つのだった。
るるから山ほどお手伝いを頼まれたジョーは、新たなジョーカーズ「名犬機ワンコピー」で自分のコピーを大量に作り出し、自分の代わりにお手伝いをさせようとするのだが・・・
2月14日、ジョーが住む街では、尊敬する相手にふんどしを贈るハッピーふんどしデーのイベントが行われていた。ジョーは新たなジョーカーズ「ベタボメガホン」で自分を宣伝し、ふんどしをもらおうとするのだが・・・
水文明で新たな力が目覚めていた・・・。ゼーロの前にとつじょ現れた水文明からの使者キャップ。そして、謎のゾーンを使うキャップVSゼーロのデュエマが幕を開けるのだった。
南の島で遊ぶジョーの前に、ふいに現れた謎の少年キャップ。自らを水文明のデュエルマスター候補だと名乗り、ジョーに新たな力「超ガチャレンジゾーン」を伝授するのだった。
ジョーはジョラゴンをメカ化しパワーアップさせようと考えるが、今のデッキーでは産むことが出来なかった。そこでデッキーは自分の尻を強化するため、遠く離れた「メカの星」を目指して旅に出る。
デッキーが激しい戦いの末に手に入れた鋼鉄のケツ「鉄ケツ」を使い、新たなジョラゴンを生み出そうと試みるジョー。様々なトラブルにあいながらも、ついに完成する！！
ジョーとキャップが遊んでいるところに出くわしたキラは、キャップから超GRゾーンを教わり、切札のサッヴァークをパワーアップさせる。同じ頃、街ではシャチョー達が怪しい考古学者に出会っていた。
ジョーがミノマルの暴走を止めた事により、自然文明は平和を取り戻したかに見えた。しかし、闇の侵攻を食い止めるために力を使い果たした女王は再び倒れてしまう。自然文明を救うため、ガイアハザード達は姫であるももちゃんを連れ去ろうとするのだった。
自然文明の存続を左右するももちゃんをめぐり、ジョーとミノマルの本気のデュエマが幕を開けた。友達を守りたい想い、文明を救う使命、両者の思いが激突する！！そして、最後にももちゃん自身が選ぶ道は・・・？
水文明からの使者・キャップと超GRゾーンをめぐり、ジョーの新たな物語が幕を開ける！ 闇文明に浸食される水文明を救うすべを求めるキャップは、ジョーカーズを生み出すジョーに可能性を感じ、水文明を救う手助けを頼むのだった。
ある日、遊園地のような建物を発見したジョーとキャップ。中に入ってみるとそこは、謎の研究に没頭している10人の科学者たちが集う、あやしい研究所だった。
自然文明が突然、水不足におちいった。火文明が原因ではないかと疑われたボルツは、真相を突き止めるため水源を探る事にする。そこで謎の栓を発見したボルツが引き抜いてみると…！？
デュエルウォーリアのルブブがジョーの住む街へ観光に訪れた。自分を人間だと思い込んでいるルブブに対し、ジョーは彼がデュエルウォーリアである事をわからせようとするのだが…。
皆の記憶から消えたはずのももちゃんの事を、なぜか覚えている川守田ハカセ。ジョーとキラは理由を聞くために後を追うが、そこで驚きの研究内容を目にするのだった。
ひょんな事からお見合いパーティーに興味を持ったジョー。しかし、お見合いパーティーがどういうものか分からないため、新たなジョーカーズ「パッパラパーリ騎士」を生み出し、お見合いパーティーを開催しようとする。
ラーメン地獄村にあるという「禁断のラーメン」を求め、ジョーたちは旅立つ。その村はかつての人気ラーメンテーマパーク跡地だった。果たしてジョーは禁断のラーメンを食べることが出来るのか！？
消えたジョーを探すため、金田一ハカセとデュエマで対決するキャップ。果たしてキャップはデュエマに勝利し、ジョーを見つけ出せるのか！？そして「禁断のラーメン」とはいったい何なのか…！？
力子先生の代わりとしてジョーのクラスにやって来たのは、なんとカバまろだった。人間の言葉を喋れないカバまろに反発する生徒たちだったが、ある事をきっかけに生徒が次々とカバ化していき…！？
水文明で遊んでいたジョーとキャップは、傷だらけで倒れている水文明クリーチャーを見つける。それが闇文明の侵略者によるものだと知ったキャップは、水文明中枢部へと向かう。
ギャップの思惑により、ゼーロとの真のデュエルに挑むことになったジョー。闇の強大な力を前に劣勢のジョーだったが、切札のジョラゴンを引き当て反撃の一手を繰り出すのだった！
ある日、ジョーが通う学校の生徒達が行方不明になる事件が発生。それはジョーがうっかり蹴り倒した石碑に封印されていた大妖怪が引き起こしたものだった。
いきなり始まったジョーと神楽坂ハカセのデュエマ。しかし、途中で相手がいなくなったり、カードではなくパンツをドローしたりと、なんだかグダグダな感じで・・・！？
ゼーロを封じこめるバリアの材料となる魚クリーチャーを集めるため、文明対抗の釣り大会が行われる。ジョー、キャップ、ボルツによる激しい釣りバトルの行方は！？
とある地下デュエマ場で、史上最強の「デュエキング」の称号をかけたデュエマグランプリが幕を開ける。歴戦のデュリストらが激闘を繰り広げる中、決勝戦に勝ち進んだのは・・・！？
ボルツが釣り大会の優勝賞品としてゲットした水文明のお城。ボルツに誘われ、ジョーも遊びに行くことに。しかしゲジスキーに城の警備システムを乗っ取られてしまい、警備ロボから攻撃を受けるハメになる。
便秘に悩むデッキーの体内から飛び出してきたおしり警察のボス・オケツ団長。デッキーの体内にいる凶悪な尻テロリスト集団を倒すため、協力要請を受けたジョーは、デッキーの尻の中へ飛びこむのだった。
デュエマの夏はツッパリの夏！ジョー達ツッパリ番長が、ツッパリ激戦区を制する大番長を決める熱き闘いを繰り広げる！友情、裏切り、青春、決闘、すべてが詰まったこの夏一番の大乱闘デュエマが幕を開ける！！
今回は、なんとデュエマ史上初の10本立て！主人公のジョーはもちろん、ジョーカーズ、ガイアハザード、博士たちがハチャメチャなショートストーリーを展開する。
ジョーが生み出したジョーカーズが、じつはあんな所やこんな所で活躍していた！？数々のデュエマシーンの陰で奮闘するジョーカーズに注目し、実はがんばってたジョーカーズ大賞を決めることになる。
キャップの兄・ギャップの狙い…。それはゼーロの力を利用して水文明をリセットし、滅びる事のないデータ世界として復活させる事だった。ギャップの目的を阻止すべく、水文明の未来をかけた激しい兄弟デュエルの幕が開く。
倒したはずのギャップが新たな切札とともに復活を果たした。兄と水文明、大切なものを守るためにキャップは苦悩しながらも、再び兄とのデュエルに挑むのだった。
突じょ発生した全文明を覆いつくすほどの巨大なドラゴン型の星雲・ドラゴンズゼロ。五文明が侵略を受ける中、ゼーロはドラゴンズゼロに降り立つのだった。
ギャップとゼーロに対抗する力を得るため、キャップはジョーが水文明のクリーチャーを作れるようにデッキーをパワーアップさせる。
新たな切札を作り出したジョーの前に、ゼーロの配下である闇執事が姿を現す。ジョーにデュエマの勝負を持ちかける闇執事の目的とは…？
迷子になっていたウラギリハカセを連れて研究所を訪ねたジョー。しかし研究所では伊集院ハカセの極秘データが盗まれる事件が発生し、大騒ぎになっていた。ジョーは新たなジョーカーズを生み出し、犯人捜しを始める。
大人に憧れるジョーは、今すぐ大人にしてくれるジョーカーズを生み出す。いざ変身したその姿は中年のおじさんだったが、大人の生活を体験できる夢の国「オトナーランド」に向けて出発するのだった！
公園で遊んでいたジョーとキラは、偶然ウラギリハカセと出会う。一緒にかくれんぼをすることになるが、ジョーは途中でキラやウラギリハカセとはぐれてしまう。一方、研究所ではジョーに関する研究データが盗まれる事件が発生する。
ゼーロを倒すために強くなりたいジョーは、キラやボルツ達と共に、デュエルマスター候補のためのトレーニングジム「ゴールデンマスターズジム」に向かう。様々な試練を乗り越えた彼らは、最後にデュエマで力試しをする事になる。
ゼーロンを成長させるためにドラゴンを食べさせたいゼーロは、ギャップに命じてジョラゴンを狙う。ギャップはキャップになりすまし、ジョーに近づくのだった。
とらわれたキャップを救うため、ギャップとのデュエルに挑むジョー。闘いが激しさを増す中、キャップとギャップ、そして水文明の過去が明らかになっていく。
ジョーとキャップはお互いの絆を強めるために、数多（あまた）の兄弟が頂点を目指しながらも叶わなかったという伝説の塔『TTタワー』に挑むことにする
ついにゼーロのドラゴンが誕生しようとしていた。ゼーロがさらに強大な力を得るのを阻止するため、闇文明に向かう決意をするキラ。そんな時、かつて光文明のデュエルマスターであった父もゼーロと戦ったことを知る。
キラとゼーロによるデュエマが幕を開けた。キラの猛攻により次々とシールドを失うゼーロ。ついにあと一歩のところまでゼーロを追いつめたキラだったが…！？
闇文明のゼーロによって汚染される火文明。そんな火文明では今、クリーチャーが次々にゾンビ化する事件が起きていた。果たしてボルツは火文明を守る事ができるのか！？
キラを失ったショックでジョーはデュエマをやめる決意をするが、母・るるに闇文明の魔の手がせまっていた。一方、ジョラゴンはゼーロンに対抗する力をつけるため、水文明のキャップの所にいた。
ジョーのデュエマの相手は、なんと母・るるだった。果たしてジョーは、ゲジスキーの毒で催眠状態となったるるを助ける事ができるのか！？
ゲジスキーとの闘いで突然、暴走してしまったジョラゴン。ゼーロを倒すためにジョラゴンの力が必要なジョーは困惑するが、そんな時、頼れる相棒が帰ってくる。
文明の力を混ぜた禁断の力により生み出された新たなジョニー。パワーアップした切札を手にしたジョーは、ゼーロとの対戦を前に、様々な相手とデュエマしまくるのだった。
新たな切札を手にゼーロの元へ向かおうとするジョー。しかし、ゼーロのいる宇宙まで行く手段が無いことに気付く。悩むジョー達の前に現れたのは…！？
アアルカイトに乗り、宇宙へと旅立ったジョー達。しかし重力装置の故障で機内は無重力状態になってしまう。そしてなぜか一人また一人と仲間の姿が消えていくのだった…
ついにゼーロのいる龍頭星雲にたどり着いたジョーは、ゼーロとの最終決戦にのぞむ。果たしてゼーロを倒し、闇文明の侵攻を防ぐ事ができるのか！？
ついに全貌が明らかになった零龍（ゼーロン）。その恐ろしい能力に、ジョーは相棒のジョニーやジョギラゴンと共に立ち向かう。果たして勝負の行方は…！？
ジョーがゼーロを倒した事により、キラがよみがえった。しかし喜んだのも束の間、なんとキラは記憶を失っていた。キラの記憶を取り戻そうと、ジョーはこれまでのキラとの思い出を一緒に振り返るのだった。
ゼーロが倒れ、クリーチャーワールドの平和は保たれたかに思えたが、水文明の未来は、まだキャップとギャップの間で揺れ動いていた。最後の決着をつけるため、兄弟デュエマの幕が開く。
このところ、ジョラゴンはずっと物思いにふけっていた。心配するジョーに、ジョーカーズはジョラゴンが恋の悩みを抱えているのではないかと言う。そこでジョー達は、ジョラゴンのためにひと肌脱ぐ事にするが…！？
ジョニーとジョラゴンという、かけがえのない2人の相棒を失ったジョーに、自然文明の大長老から手紙が届く。自然文明を訪ねたジョーは、ももちゃんと一緒に大長老の元へと向かうのだった。
自然文明の大長老からレインボーの力を授かったボルツ。しかし、ひょんなことから火文明のクリーチャー「ロック・クロック・六九」の反感を買い、デッキを使えなくされてしまう。
デュエマでジョーに負けてばかりのシャチョー達。シャチョーはジョーに勝つために、父親の財力を注ぎ込んで学校をデュエマ決戦場に造り変える。そしてついに全校生徒対抗のデュエマ超天決戦が始まった！
キラは相変わらずジョーのことだけ思い出せずにいた。さらに、ジョーとの記憶を無くした事で、非情な正義を貫く昔のキラに戻ってしまったのだ。そんなキラとついに衝突したジョーは…!?
記憶を失ったキラを元に戻す為、真のデュエルに挑むジョー。キラの切札であるサッヴァークを使い、ついにキラを追い詰める。果たしてジョーの熱い想いはキラに届くのか…？そして二人の勝負の行方は！？
五年生に進級したジョーのクラスに、なんとキラとキャップが転入してくる。そしてもう一人、メガネと名乗る謎の転入生がいた。ある日、ジョーはメガネに呼び出され…。
アバクの宣言によって幕を開けた『キング・オブ・デュエマッチ』。魂ポイントを奪い合って世界中のデュエリストが熱戦を繰り広げることになる。さっそくジョーも対戦相手を探すのだが…。
『キング・オブ・デュエマッチ』の記念すべき初戦の対戦カードはアバク対キラ！保有するすべての魂ポイントを賭け、両者の切札がぶつかり合う。果たして勝利はどちらの手に！？
ジョーのクラスに、なんとボルツまで転入してきた。ボルツは今、ラーメン屋の親父の所に居候しているらしい。そんな中、街では魂ポイントを狙った詐欺事件が起きていた。
ジョーの住む街で、人々がチェーンソーを持った男に襲われる事件が起きた。おもいがけずチェーンソー男に遭遇したジョーは、デュエマで退治しようとする。
大会の次なるステージを目指して魂ポイントを貯めるデュエリスト達。ところがジョーは手っ取り早く魂ポイントを集めようと考え、新たなジョーカーズ「ツルーマン将軍」を生み出す。
授業で風景画の写生に出かけたジョー達のクラス。そこへ突然、火文明にあるはずのドラゴンの卵が飛んでくる。ジョーとボルツは、どこかに落ちた卵を必死に探すが…。
キングマスターカードが欲しいキャップ。入手条件はなんと強さを示せというキングマスターカード直々のクエストだった。さらに、キングマスターカードの持主候補としてもう一人、下級生で極度のアガリ症の安賀里が選ばれるのだった。 果たしてキングマスターカードはどちらの手に！？
アバクに敗れたキラはパワーアップの為にキングマスターカードを手に入れるべく、ありとあらゆる勝負を挑む事になった。格闘技やスポーツなど100勝を目指すキラの激しい戦いが幕を開ける！！
パワーアップの為、ジョーは新たなジョーカーズ「スイート」を生み出した。 しかし、触れたものをキャンディーにできる力を持ったスイートをジョーは怒らせてしまうのだった。怒り狂うスイートは町中をキャンディーで固めていってしまう・・・
ジョーからヒドい扱いをされたモモダチの三匹は、ジョー家を飛び出してラーメン屋を営む事を計画するも、ラーメン屋開店には莫大なお金が必要だった。そんな中、モンキッドがワル知恵をひらめくのだった・・・
何者かに攫われたももちゃんを探すジョー達は、街に散らばった紙飛行機からももちゃんのメッセージを見つけるのだった。紙飛行機の飛んできた方角を探ると謎のテーマパーク『MOMOタウン』を発見するのだった・・・
『MOMOタウン』のお城にとらわれたももちゃんを救出すべく乗り込んだジョー達は、様々なアトラクションをクリアしついに最後の敵である大魔王にたどり着く。そこで待ち受ける大魔王の正体とは・・・
大魔王の驚くべき正体を知ったジョーは、デュエマ対決に挑む。その一方でももちゃん救出に向かうキラ、ボルツ、キャップ。果たしてジョー達はももちゃんを助けることができるのか？！
見事ももちゃんを救出したジョー達は、『キング・オブ・デュエマッチ』の戦いに熱中する。そんな中、自然文明へ戻る時が近づくももちゃんが初めてのデュエマに挑戦！ももちゃんのデュエマデビューの行方はいかに！？
夏休みが始まったジョー達は、今まで一度も行ったことがない場所へ行く計画を立てる。地図で見つけた人里離れた一軒家に興味を持ち、早速向かうことにした一行だが、村人にその家について尋ねると何やら不穏な雰囲気で・・・
新学期を迎えたジョー達は、『キング・オブ・デュエマッチ』1次予選の終了日を迎えようとしていた。魂ポイントを1000ポイント以上獲得したデュエリストは予選通過となるが、たくさんの戦いを勝ち抜いたはずのジョーは1000ポイントに届いていない。ジョーに何があったのか？！
デュエルマスターズキングの座をかけた『キング・オブ・デュエマッチ』の2次予選がいよいよ開幕！世界中の強豪が河越に集まる中、謎の黒いカードを使って勝ち続ける正体不明のデュエリストの噂が立ち・・・？！
『キング・オブ・デュエマッチ』2次予選参加者の祝賀パーティーで盛り上がる参加者たち。そこに突如現れた謎の黒いカードを持つデュエリスト！「…お前、黒に沈めてやる…」そう呟く彼は、一体何者なのか？！
遂に『キング・オブ・デュエマッチ』の2次予選が幕を開ける。第一試合に選ばれたのはボルツ！対戦相手となるチョウキは、1次予選で大量の魂ポイントを集めた実力者だ。果たしてボルツはチョウキに勝利することができるのか！？
ジョー達の学校では、誰もいなくなった放課後に人知れず開く、秘密の地下室があるという怪談話が伝わっている。真実を確かめるべく、一行は学校へと向かうのだった・・・
『キング・オブ・デュエマッチ』2次予選突破を目指し、デュエマを練習するジョー達。そんな中、河越DOKIDOKI動物園から狼が脱走した。襲われたデッキーは絶体絶命の大ピンチ。そこに現れたのは、睨んだだけで狼をおとなしくさせてしまう男だった・・・
『キング・オブ・デュエマッチ』2次予選は、佳境を迎えていた。強豪デュエリスト達と火花を散らすジョーとその仲間達。様子を見るアバクはその一方で黒いカードを使う謎の男について調べていたが、未だ正体をつかめずにいた・・・
ジョーの目の前に現れ、廃工場へと連れ去った黒いカード使いの少年。ジョーの意識が戻るやいなや、デュエマをけしかける。そして少年の口から衝撃の事実が明かされて・・・！？
メガネ、ザンコック、デストロ伊藤、大長老、そしてもも！近頃めっきり登場しなくなった彼らの不満が大爆発！！主役になりたい、そんな5人の思いは届くのか・・・
「キング・オブ・デュエマッチ」2次予選も佳境を迎え、ついにジョーVSアバクの直接対決が決定。ジョーはアバクに勝利するため、キラ協力のもと鬼タイム対策を始めるのだった。
鬼タイム対策で考えた戦法を実践するべく、アバクとのデュエマを慎重にすすめるジョー。そんなジョーの前に、新たなるジャオウガが立ちはだかる！果たしてジョーVSアバク、その勝負の行方は？！
地下闘技場でジョーとのデュエマに敗れたサイキが行方不明に。なんとサイキはジョーにリベンジをするべく、無人島で修行をしていた！サイキが修行で得たものとは一体・・・
アバクへのリベンジが早くも決まったジョー。しかしその目の前に現れたのは大人気オニチューバーのカジサックだった！ジョーにデュエマを教えてほしいと懇願するカジサックだが、どうやら何か企んでいるようで・・・
ジョーはアバクへのリベンジの方法について悩んでいた。そこで思いついたのは、キングマスターカードを持つデュエリストの居場所に忍びこみ、強さの秘密を盗み見ることだった！新たなジョーカーズとともに、いざ出発！
モモキングとモモダチたちは、ジョーがデュエマで不調なことに責任を感じていた。そこで、アバクへのリベンジへ向けてパワーアップをはかるべく、ジョー・モモキング・モモダチたちで向かったのは・・・大長老の元だった！
コウキによってポイントを奪われてしまったジョーは、「キング・オブ・デュエマッチ」第2次予選敗退のピンチに！なんとかポイントを賭けたコウキとの勝負をこぎつけたジョー。果たして、勝負の行方は？！
モモダチたちに続き、遂にパワーアップしたモモキングは、「キング・オブ・デュエマッチ」に向けてジョーの役に立ちたいと意気込んでいた。ある日、自然文明から再びやってきたももと一緒にいるジョーの姿をみたモモキング。何かを思いついたようで・・・
「キング・オブ・デュエマッチ」2次予選の終了が明日に迫る。次の勝負で勝利しなければ予選を突破できないジョーの前に現れたのは、ジョーに憧れる少年アン・ラッキー。ジョーとのデュエマを申し込むも、不幸なことに巻き込まれやすい体質の彼は、ことあるごとに不運な目に遭ってしまい・・・？
「キング・オブ・デュエマッチ」二次予選を通過した面々にアバクが用意したステージが明らかに。その名も・・・ファイナルタワーチャレンジ！鬼タワーをのぼり、戦い、勝ちあがった者が頂上にたどり着くが、他にも特別なルールがあるようで・・・？
3人1組のチームデュエマ「ファイナルタワーチャレンジ」。ジョーはキラ、キャップとともにチームを結成する。そんなジョー達の前に現れたのは、意外な3人組だった！予想もつかない展開に、ジョーはどう立ち向かうのか？！
「ファイナルタワーチャレンジ」に挑むジョー、キラ、キャップ。ところがボルツ率いるチームに負けてしまう。続いて戦うのは、チョウキ・コウキ・サイキチーム！！しかし始まったのはデュエマではなくクイズ対決で・・・？！
アバクが用意した次なる「ファイナルタワーチャレンジ」のステージは、河越の街！暗号を解くことで「キング・オブ・デュエマッチ」にまつわる重要なアイテムが手に入るらしい。謎をいち早く解くことができるのは一体誰なのか？！
いよいよ「ファイナルタワーチャレンジ」のチーム戦も佳境を迎えていた。そんな中、「鬼タワー」にとある異変が・・・！大会も中断、戸惑うジョー。誰が、何のためにやったことなのか？「キング・オブ・デュエマッチ」はどうなる？！
遂に鬼タワーの最上階にたどり着いたジョー！！そこで待ち構えていたのは、やる気が鬼のようにみなぎったキラとボルツだった！一方キャップはいつも以上にハイテンションで・・・？！ジョー、一体どうする？！
ついに最終章がスタートした「キング・オブ・デュエマッチ」。キラとボルツを探すため、ジョーはキャップとともに百鬼夜城へ向かう。そこには倒れ込むチョウキの姿が！その頃、城の中では正義の心が鬼のように強くなったキラが暴走していて・・・？！
謎の槍の力に触れたボルツを探しているジョー達。その目の前に現れたのはアバクだった！一触即発の状況をくぐり抜けたと思いきや、なんとジョーがアバクの秘書・コニーと対戦することに！知られざる彼女の過去、そしてデュエマの実力が明らかに？！
行方が分からなくなったボルツを未だ見つけることができないジョー達。百鬼夜城を探し回っていると、一頭のゴリラと遭遇する。槍の力によってゴリラへと姿が変えられてしまったのは・・・まさかボルツ？！元の姿に戻すため、奮闘するジョーだが・・・
ゼーロジュニアの助けも借り、ようやくボルツを探し出すことができたジョー達。強い力を欲する心が鬼のように増幅したボルツは、もはや以前とは別人だった。ボルツを元に戻そうとするジョーだが、なぜかデュエマではなくラーメンで対決をすることに・・・？
強い力を求めるあまり、ついに鬼と化してしまったボルツ。ジョーは元のボルツを取り戻すため、デュエマを挑む。しかし圧倒的な強さで攻撃を繰り出すボルツに苦戦するジョー。ボルツとの友情のため、決して諦めないジョーに好機は訪れるのか・・・？
いよいよ「キング・オブ・デュエマッチ」の王者が決まるときがやってきた！王手をかけたジョーの相手はもちろん宿敵・鬼札アバク。ジョーはアバクの野望を阻止するために勝利を誓う。その一方で街中の人々が次々と鬼化していってしまい・・・
魂ポイントを集め、鬼の世界に塗り替えようとするアバク。すでに鬼と化した人々を救うため、キラとボルツ、そしてキャップ達が奔走する。ジョーは「楽しくデュエマが出来る世界」を取り戻そうとするが・・・いよいよ最終決戦も決着へ！ジョーはアバクに勝つことができるのか？！
デュエマ大好きな小学5年生・切札ジョー。ある日ジョーは、夢の中で不思議な声を聴く。相棒のデッキー、そして友達のキラ・ボルツ・キャップ・もも達と謎を解明すべく、切札家の地下を探索する。果たして、何が起こるのか・・・？！新たなる物語、「王来篇」スタート！！
謎の巻物に「12枚の伝説のカード」を見つけるよう命じられたジョー。カードを見つけるための鍵は、どうやら過去にあるらしい。過去に飛び込むため、ジョーは新たなクリーチャー・ピョンチキを生み出す！その一方で、同じく伝説のカードを集めようと目論む「ガットルズ」が暗躍し始めて・・・？
ジョー達と同じく伝説のカードを探している謎の組織・ガットルズ。彼らを従えるジェンドルは、新たな仲間を入れることを画策していた。狙いは「破壊王ライトニング・ジェレミー」と自ら名乗る男だ。決して強くはないジェレミーをスカウトしようとするジェンドルの狙いとは一体・・・？
今まで見たことのないカードを使うデュエリストが周りに増えていることを訝しむジョー達。その前に現れたのは、かつて世界を滅ぼそうとしてゼーロの息子・ゼーロジュニア！どうやら彼も伝説のカードを探して過去の世界へ飛び回っているらしい。先を越されないよう、ジョーは意気込むが・・・
なかなか伝説のカードを見つけられずにいるジョー。キラ達と河越の街を歩いていると、突如ピョンチキがカードの気配を察知する！その場所はなんと、人々からお化け屋敷と呼ばれている家だった！！そこでジョー達は「三種の神器」の看板を発見する。果たしてカードの手がかりになるのか？！
どこへ行くときもジョーと一緒の相棒・デッキー。ある休日、ジョーはいつものようにデッキーと出かけようとすると姿が見当たらない！どうやら誰かにさらわれてしまったらしい！！モモキングとピョンチキが必死に探していると、なぜか次々とデュエマを挑まれるキラの姿が？！
巻物に新たなクリーチャーのシルエットが出現した！ジョー達が次に探しに行くのは・・・ガイアール・カイザー！！早速ピョンチキの力で過去へ向かうジョー達だが、たどり着いたのはなんと江戸時代だった。果たしてこの時代に手がかりは見つかるのか？！
ガイアール・カイザーの手がかりを求めて過去にタイムスリップしたジョー達。しかし、そこに待ち構えていたガットルズの罠にはまり、ジョーとキャップはヒミコに洗脳されてしまった！一方、行方不明になってしまったボルツ！ジョー達はこのピンチを乗り越えられるのか？！
見たこともないカードを次々と繰り出すガットルズに対し、ジョーは闘志を燃やしていた。そんなジョーの前に現れたのは、ゼーロジュニア！どうやらジョー達の知らないところでガットルズと接触しているらしい。その一方で、ジェンドルは次の一手に向けて動き出そうとしていた・・・
ジョーの前に立ちはだかるのは、ジェンドルの切札・聖魔連結王 ドルファディロム！アルカディアスを白鳳のもとに戻すべく、ジョーは闘志を燃やしていた。ジョーとジェンドル、直接対決もいよいよ後半戦！勝負の行方は果たして・・・？
アルカディアスと心が通じ合ったことが嬉しくてたまらないジョーは、絵を描いてその思いを表現していた。こうして誕生したのは、ハッピーな感情があふれ出す新たなるジョーカーズ！しかし、このジョーカーズがきっかけとなり時空が滅茶苦茶になってしまい・・・？
ハイドにガイアール・カイザーを奪われてしまったことをずっと悔やんでいたボルツ。そんなボルツの前に現れたのは、ガットル3のエスパー・マギだった！しかもマギの手には、ガイアール・カイザーが！！ボルツは奪還のチャンスをものにすることができるのか！？
デッキー、ピョンチキ、ダチッコ、スマホン・・・彼らは月に一度、ひそかに集まって話し合いをしていた！ガットルズの分析や、伝説のカードの所持状況などを議題にのせるミニキャラ達。ジョー達も知らないこの会議、一体どうなる！？
次なる伝説のクリーチャーが巻物に浮かび上がったとき、突然石になってしまったボルツとキャップ！ジョーとキラは危険な力を持つクリーチャーを探し出すために、禁断の古代遺跡へ向かった。遺跡ではジェンドルとヒミコが現れて・・・
ジェンドルによって新たなディスペクターが生み出される。犠牲となってしまった光文明伝説のクリーチャー・ミラダンテを救うべく、ジョー達は作戦会議をしていた。そこでボルツは、ガットルズをだましてカードを奪い取ることを提案。正義に反するこの作戦、果たしてうまくいくのか？！
かつてデュエマーランドで大人気だったマスコットキャラクター・デュエマウス。そんなデュエマウスの現在を明らかにする番組を偶然みかけたジョー達は、いまもなお夢を追い求める彼の姿に感動するが・・・
ドキンダムXの弱点を探すべく、赤城山バサラを探しているジョー。デュエマウスに、ジョーの母・るるが知っているのではないかと助言を受け、早速聞いてみることに。しかし、今のるるはバサラがどこにいるかを知らなかった。そこでジョーは、ピョンチキの力で昔のバサラがいる時代へ向かうことに！
過去にタイムスリップして赤城山バサラを探すジョーだが、なかなか見つけられずにいた。思いがけず有力な手掛かりを得たものの、たどり着いたのは別のデュエリストがいる場所だった。ようやくバサラに会えたジョー。ドキンダムXの弱点を教えてもらうことはできるのか？！
久しぶりに過去から帰ってきたジョーとモモキング。ドキンダンテとまだ戦ってすらいないにもかかわらず、彼らは祝勝会を始めてしまった！油断するジョー達、果たしてこのままで本当にドキンダンテを、そしてジェンドルを打ち負かすことができるのか？！
光文明の影響を受け、様子がおかしくなってしまったモモキング！ジョーに対する態度も変わってしまい、周囲は大困惑。そこに目を付けたのはガットル2・ヒミコ！モモキングを罠にはめようと画策していて・・・？！
ガットル2・ヒミコにモモキングが奪われた！ヒミコは、ボルツを操ってジョーをさらに追い詰めようとする。心配するダチッコをよそに、ジョーを陥れようと暴走しかけるボルツ。しかし、そこにパワーアップしたキャンベロが現れて・・・！？
ドキンダンテを倒すため、喫茶たきがわで切磋琢磨しているジョーとキャップ。打倒ドキンダンテに燃える２人だが、ガットルズのアジトへの手がかりがつかめないでいた。そこにやってきたキャップとスマホン。どうやら何かを知っているようで・・・？
ジョーはドキンダム・モモキングXを使いこなすため、新たなる闇文明のジョーカーズを生み出した。しかし、闇文明の影響を受けたジョーが何やらおかしいことに！さらにはキラやボルツ、キャップやももまでもを巻き込んで大変なことに！！この窮地を救えるのは、闇文明のあの人しかいない？！
モモキングダムXを手にしたジョーは絶好調！しかしそんなジョーを狙う男の姿が！！現れたのは、ガットル３のエスパー・マギ！デュエマを挑まれ余裕のジョーだが、なぜかマギは次から次へとジョーの引き当てるカードを見事に予知していって・・・。ジョー、絶体絶命のピンチ？！
伝説のクリーチャーを求めて昔のアメリカへ向かったジョー達。そこに現れたのは、ロマノフファミリーのボスの娘・モモリーヌ！その姿は、ももと瓜二つで・・・？！モモリーヌはロマノフとどのような関係とは一体！？そしてジョー達は、カードを手に入れることができるのか・・・
伝説のカードを集めようと、ガットルズに闘志を燃やすジョー。そんなジョーのところに、突如鬼ヤバ最強動画専門の悪魔系ヨーチューバー・ブラックがやってきた！どうやら、動画に出れば欲望を叶えてくれるらしい？！ジョーは果たしてこの悪魔と契約してしまうのか？！
美しい森に囲まれたとある町。ここである日、一人の少女・ヘレナが行方不明になってしまった。懸命に捜索するヘレナの父だが、なかなか居場所の手がかりがつかめないでいた。このままでは娘が危ないと焦る父親の前に、とある救世主が現れて・・・！？
行方不明になっていた少女・ヘレナ。彼女をさらった疑いをかけられたジョーは、牢屋に閉じ込められてしまう。一方で伝説のカードを手に入れるべく動き出すガットルズ。しかし、ハイドだけは余裕の表情で・・・？ジョーは脱出できるのか、そして伝説のカードの行方は？！
モモキングダムX、禁断解放？！初の闇のジョーカーズが誕生したストーリーをプレイバック！
いまだジョー達の前に現れていない伝説のカードは、残り３枚！そのすべては、切札家に関係したカードだった！！ジョー達は、ジョーの父・切札勝太の兄である切札勝舞の時代へ・・・！果たして、どのような歴史的デュエマが待ち受けているのか？！
小学生の切札勝舞と戦ったジョー。なんとその後、勝舞がジョーの時代についてきてしまった！気にすることもなく、次のカード探しに出発しようとするジョー。行先は、父・切札勝太の小学生時代であった！！ジョー、勝太、勝舞が大集合？！一体どうなる・・・？
残る伝説のカード・ガイギンガを求め、ジョーは父である勝太の中学生時代にタイムスリップ。一方、同じくガイギンガを狙うハイドは、いち早く勝太にデュエマを挑むが、戦いを拒まれてしまい・・・。ジョー、勝太、勝舞が勢ぞろいのストーリーは、いよいよ最終章へ！
ついに出そろった12枚の伝説のカード。勝舞・勝太から譲り受けたカードで、ジョーは絶好調！その一方で、思うようにカードが集まっていないことに心穏やかではないジェンドル。カードを回収すべく奔走するガットルズだが、ハイドだけは何やら不穏な動きを見せていて・・・
ジェンドルの右腕、ガットル１・ハイド。ジェンドルに従い、ジェンドルのためにカードを集め、常に完璧であることにこだわり続けてきた。敗北を知り、完璧ではなくなってしまったことに動揺するハイドだが、新たな企みを胸にジョーのもとへやってきて・・・
伝説の12枚のカードが、ジェンドルのもとに渡ってしまった！ジェンドルは最強のドラゴンを復活させる儀式を開始する。ジョー達、絶体絶命のピンチ！！果たして復活の儀式の方法とは？すべてはジェンドルの思い通りになってしまうのか？！
中学生の勝太の時代に取り残されてしまっていたジョーの叔父・勝舞！元の時代に戻るため、試行錯誤する勝舞だが・・・。勝舞・勝太・ジョーが勢ぞろいしたエピソードを中心に振り返る、特別編をお届け！
ジェンドルの望み、それは巨大ドラゴンの復活だった。彼の手で呼び覚まされたドラゴンは、世界中の歴史的建造物を次々と消し去っていった。一方で、突然苦しみ始めるモモキング。心配するジョーだが、その様子は悪化の一途をたどっていた。
新たな力を手にして、見事復活したモモキング！ジョーは進化したモモキングとともに、ガットル１・ハイドに挑む！絆の力で絶好調のジョーだが、常に完璧を求めるハイドも鬼気迫る表情で怯む隙を見せない。全力でぶつかり合う二人、勝利を掴むのは・・・？！
ジョーとモモキングによって自らの理想の世界が崩れてしまうことに苛立ちを隠せないジェンドル。いつも冷静な姿を見せていたために、ガットルズは戸惑い始めていた。一方ジェンドルに一矢を報いたジョーは、なぜか浮かない顔をしていて・・・？
ジェンドルの究極の切札・ヴォルゼオス・バラモルド！3枚のカードをそろえることで召喚することができる、最強のディスペクター。その実態は、巨大ドラゴンをジェンドル自身の体内に取り込んで作り出されたものだった！ジョーはモモキングと絆の力で「最強」に挑む！
切札勝舞・勝太・ジョーが大集合の回、再び！切札家最強の切札を集結させて、ガットル１・ハイドに挑む！
モモキングのさらなる進化を目指すジョー達は、光文明の予言書に手がかりを求める。予言書に書かれた「十二の王来に導かれ、桃の王、覚醒す」の文字・・・。予言書をもとに向かうのは、過去の５文明！早速ピョンチキの力でタイムスリップするジョー達だが、ガットルズも動き出していて・・・？！
ヴォルゼオス・バラモルドを倒すため、古代の５文明へ旅立ったジョー達。ジョーとももは自然文明、ゼーロジュニアが闇文明へ行っている間に、キラは光文明、キャップは水文明へそれぞれの文明のドラゴンを探しに行っていた。しかしそこにはガットルズが待ち構えていて・・・？！
絆の力でモモキングがパワーアップ！！未来王龍 モモキングJOの登場回を振り返り！
炎龍神ヴォルジャアクの力を借りるため、太古の火文明へ向かったボルツの帰りを待つジョー達。戻ってくるのが遅いことを心配したジョーは、ピョンチキの力で後を追う。再会したボルツは、火文明で危険な目に遭ったというが、そのピンチを救ったのは意外な人物で・・・
ジェンドルの怒りに触れ、見放されたガットルズ。そんな中、ガットルズの前でジェンドルに反旗を翻すことを宣言するハイド！とまどう面々であったが、ハイドの後を追うことを決意する。一方ジョー達は、モモキングのさらなるパワーアップの方法を模索していた。
ジェンドルを倒すために、ジョー達はモモキングパワーアップの方法を探っていた。なかなか突破口がみえない中、巻物が突如光り出す！そこに現れたのは、ジョーカーズ星！手がかりをつかむためジョー達はすぐに向かったが、ジョーカーズの様子がに異変が・・・。
ジョーカーズ星で手がかりを見つけ、モモキングが見事パワーアップ！見送るジョーカーズだが、共に戦えない悔しさも隠し切れずにいた・・・。打倒ジェンドルを目指すジョー達の軌跡を、熱いエールを届けながらジョーカーズ達が振り返る！
暴走が止まらないジェンドルは、ジョーの存在を歴史から消し去ろうとする。次はいよいよジョーに関する場所を次々と消そうと目論んでいて・・・そこでデッキーが考え付いた秘策とは？！ジョーはジェンドルの野望を止めることができるのか？！
ジェンドルの猛攻止まらず、絶体絶命のジョー！！それでもデュエマが楽しくない未来をなくすため、必死に食らいつく！仲間達が見守る中、絶対にあきらめないジョーは勝利を掴めるか？デュエマの未来を決めるのは、ジョーとジェンドル、一体どっちだ？！
この春から、小学6年生になった切札ジョー。少し大人になったジョーは、自身が生み出した星・ジョーカーズ星に住むジョーカーズ達に会いに行く。同じく大人な雰囲気を醸し出す彼らに、嫉妬したジョーの相棒・デッキーが、まさかのジョーに対決を申し込む？！ジョーの物語、クライマックスへ！！
かつて倒したはずの宿敵・鬼札アバクに、ジョーカーズ星を破壊された上に相棒のデッキーを奪われてしまったジョー。全てを失ったジョーの前に現れたのは、かつて苦楽をともにした仲間・ジョニーだった。ジョーカーズを、デッキーを取り戻すため、ジョニーとジョーの修行が始まった。
鬼札アバクを倒すため、仲間達とともにデュエマの腕を高め合うジョーの前に現れたのは、かつて世界を自らの思う通りにしようとしたジェンドルの仲間・縄文ヒミコだった。いまはアバクと組む彼女を倒し、その目的や居場所を突き止めようとするジョー。ジョニーとの絆が今、試される・・・！
以前ガットルズとしてジェンドルに付き従っていた天王子ハイド。彼もまた、ヒミコと同様にアバクとともに行動していた。かつて王来学園の生徒会長だったハイド、そしてその同級生のアバク・ヒミコ。彼ら三人の因縁と悲しい過去が明らかに・・・。
デッキーを取り戻そうと、アバク達の居場所を探す中で「デュエマが強い男の子２人、女の子１人の３人組」の噂を耳にする。手がかりをもとにジョー達がたどり着いたのは、とんでもない豪邸だった！ここの持ち主はなんと、かつてジョーと敵対関係にあったウサギ団で・・・？！
ジョーVSデッキーがデュエマをした第1話を振り返り！ジョー編最終章、始まりのストーリーをもう一度お楽しみください！！
小学校最後の林間学校へやってきたジョー達。思い出作りに期待を高めるが、到着するや否や山の地主による「究極のレクリエーション」が始まった。怪しいゲームへの参加を躊躇うが、珍しい報酬を手に入れられると分かると目の色を変える児童達。恐ろしいゲームが始まることを、彼らはまだ知らなかった・・・
デッキーの行方がつかめず、落ち込むジョーの前に突如飛行物体が現れる。そこに乗っていたのは、ジョーの父・勝太だった！宇宙でかつての相棒とともにクリーチャーの調査などをしている勝太。滅多に家に帰ることのない勝太がやってきたことには、何か意味があるようで・・・
ジョーの父・勝太の前に、アバクの仲間である天王子ハイドが現れた。ハイドの目的は、デッキーの力を引き出すための鍵を手に入れることだった。一方で半ば強引にデッキーの力を奪おうとする槍をみて、アバク側についたヒミコ、ウサギ団すらその姿に戸惑いと恐怖を隠せずにいた。
王来学園復活のためには、ジャオウガの復活が必要だと槍は語る。同じ頃、ジョー達はジャオウガの復活を止めるために、巨大エネルギーの反応があった学園の地下へ向かっていた。ジョーがアジトまでたどり着くことを危惧するハイドだが、アバクは余裕の表情で・・・
王来学園復活のために、勝太の魂を利用したアバク。勝太の意識を元に戻すために、アバクへ挑むジョー。しかし、鬼軍団に次々と攻められて大ピンチ！ジョニーで応戦し形勢逆転を狙うが、ついに鬼の頂点・ジャオウガが現れた・・・
ジャオウガを倒すために、さらに強くなるにはジョラゴンの力が必要だと考えたジョー。現在のジョラゴンの居場所は、自然文明の姫・ももが知っていた。早速ももに連れられ、ジョーは自然文明の女王様に会いにいくことになるが、簡単にジョラゴンに会えないとある事情があった。
自然文明の女王を説得し、ジョラゴンを復活させることに成功したジョー。久々の再会に心を躍らせるが、ジョラゴンの様子がおかしい。常にハイテンションかつ、突然生配信を始めるなど、以前のジョラゴンとは全く別の性格となってしまっていた。果たして、打倒ジャオウガの助けとなるのか？！
ジョーの家に届いた、一通の果たし状。そこには「学校に来い」とだけ書かれていた。アバクとの再戦に奮い立つジョーだったが、そこにはウサギ団をはじめとしたジョーのかつての敵たちが集まっていた！「脇役軍団」を自称する彼らから提案されたのは、「デュエマ大運動会」だった・・・！
かねてからの望みであった王来学園の復活が実現するが、どこか不満げなアバク。不思議に思ったヒミコはアバクに本来の目的を尋ねるが、答えはない。一方、勝太の魂を取り戻そうとするジョーの前に、とある人物が姿を現す。
多くのものを犠牲にし、王来学園を手にしたアバク。しかし、自身の心が満たされることはなく一人悩んでいた。そんなアバクに彼の心と引き換えに真の望みを叶えると取引を持ち掛ける槍。そこに駆け付けたジョーに、助けを求めるのはなんとヒミコだった。
自身の過去を取り戻すという望みを叶えるべく、槍に心を渡してしまったアバク。決して許されない行為を続けたアバクだが、ジョーはアバクを救いたいと思うようになる。激化するジョーとアバクの戦い。制するのは果たして・・・
ジョーの父・勝太による切札家シリーズ最後の激しく熱いデュエマを振り返り！前後編の前編をお楽しみください！！
ジョーの父・勝太による切札家シリーズ最後の激しく熱いデュエマを振り返り！前後編の後編をお届けします！！
鬼に心を奪われたアバクの暴走を止めるため、再び立ち向かうジョーの姿を振り返り！
ジョーとアバクの最終決戦振り返り・後編！ジョーは勝利をつかみ取ることが出来るのか？！
アバクとの戦いを終え、平穏を取り戻すしたジョー。しかし、相棒・デッキーとの別れから、心から喜べずにいた。さらには仲間との別れの季節が訪れようとしていて・・・。ジョー編、これにて完結！ジョー達の”卒業式”をお見逃しなく！！
新主人公登場！その名は「斬札ウィン」！！デュエマが大好きな彼は、ある日参加した大会で優勝賞品のカードを狙う少年、覚知山ボウイとの戦いに挑む。そこで聞こえてきた謎の声に導かれるままにウィンが召喚したのは、世界の支配を目論む邪神で──！？新たなデュエル・マスターズが今始まる！
ウィンに呼び出された後、カードの中へと戻っていった邪神。空腹を満たすために再びカードから飛び出すも、なんだか様子がおかしいようで……。一方、ウィンとボウイの不思議なデュエルに魅せられたウィンの父パパリンも早速ウィンと対決することに！ウィンは生粋のデュエリストであるパパリンに勝利することができるのか！？
若きカリスマＩＴ社長であり、「D4」のリーダーでもある無敗の最強デュエリスト、プリンス・カイザ。彼の圧倒的な強さを知り対決を望むウィンの前に、同じく「D4」の一人であるボウイが現れる。カイザとの対決しか頭にないウィンに対し、新たなカードを手にリベンジに燃えるボウイは再び勝負を申し込む！
珍獣チバカブラは実在した！ウィンたちが住むチバに潜むという謎の生物チバカブラが持っていたのは、なんとデュエマのカード！？そのカードに興味を持ったウィンと仲間たちで結成された「チバカブラ捜索隊」一行は、チバカブラとカードの正体を探るべく、チバはシラハマの奥地にあるジャングルへ向かうのだった──。
邪神くんが本来の力を取り戻すためには、邪神の一族「アビスロイヤル」の仲間を集める必要があった。ある日、ウィンの友達から漂う魅力的な香りを嗅ぎつけた邪神くんは、その正体を突き止めるためウィンと共に彼らを追いかけることに。邪神くんを惹きつける香りの主は、もしや新たなアビスロイヤルなのか──！？
プリンス・カイザへの挑戦権をかけた大会「ガチデュエバトル」が開催！ウィンは邪神くんと共に大会に参加することに。大会当日、いじめられっ子を助ける謎の美少女カレンと出会いなんだかいい雰囲気のウィン。大会も順調に勝ち進む中、ウィンに嫉妬の炎を燃やすうんちくは自慢の墓地利用戦術でウィンに勝負を挑む！！
マイハマからやってきたギャングデュエリスト、マズキとケンドラ。デュエマ大会でボウイを不可解な戦術で下した二人に対し、その勝利をイカサマによるものと疑うウィンは仲間たちと共に秘密を暴くべく調査を開始！準決勝でマズキと激突するウィンもまた、彼らが仕掛ける罠の餌食となってしまうのか──！？
イカサマを暴かれたマイハマギャング、マズキとケンドラがガチデュエバトルの優勝賞品を奪って逃走！ウィンたちはパパリンを本部長とする捜査本部を立ち上げ、捜査に乗り出す！みんなが楽しみにしている優勝賞品を奪った二人をこのシラハマの街から脱出させるわけにはいかない！ウィンたちよ、シラハマを封鎖せよ！！
プリンス・カイザが社長を務める竜神コーポレーション。その副社長として謎の男、ハリウッドザフクシャチョウが来日！しかし、その就任の裏ではカイザの信念と大人たちの陰謀がぶつかり合っていた──。ハリウッドザフクシャチョウからデュエマを挑まれたカイザ。ついにD4の頂点に君臨する彼の実力が明らかになる！
ある朝目覚めたウィン。今回はなんだかいつもと様子が違うようで……。そんなウィンの前に現れたのは、ハリウッドザコシショウ！？そして、ウィンとまさかのデュエマ対決！？前代未聞の異世界デュエマ、一体どちらが勝利するのか！総集編との二本立てスペシャルだぞ！
最強と謳われるデュエマ四天王「D4」。人々の希望となり、ある大義を果たすために集う彼らにとって、デュエマでの敗北は許されるものではなかった。そんな中、一人スランプに陥り敗北続きのボウイはウィンにリベンジを宣言して特訓を開始。そしてウィンとの決戦の日、ボウイの前に現れたのはなんとあの男だった──。
カイザにデュエマで負け、これまでの敗北も知られてしまったボウイ。失意の中、それでもデュエマをするためにやってきたボウイを見たウィンは、彼を連れて帰ることに。その夜、自分の思いを語るボウイに対しウィンはある提案をする。一方、邪神くんたちアビスロイヤルが住む城には招かれざる客がやってきていた……。
デュエマを愛し仕事はほどほどにこなす、趣味に生きる男パパリン。ある日、会社をクビになってしまうことに！？突然の知らせを受け会社に直談判に向かうパパリンを待っていたのは、親会社の社長であったプリンス・カイザだった。クビ撤回のため、そして息子ウィンのため、パパリンはカイザとデュエマで勝負することに！！
パパリンを打ち破り、弱者と断じるカイザ。彼への怒りと憎しみに燃えるウィンはパパリンの仇を討つため、一人飛び出していく。そんなウィンから放たれる怒りのオーラにより力を増した邪神は新たなアビスを生みだす。カイザとウィン、因縁の対決が今、幕を開ける──。
パパリンを傷つけたカイザへの怒りに燃え、絶対に負けられないデュエルを進めていくウィン。その怒りの理由は過去の思い出にあった。一方、カイザもある目的を胸に秘め、ウィンの実力を試すような戦いを見せていく。お互いの思いがぶつかり合う一進一退の攻防、勝負の行方は果たして──！？
カイザが探し求める存在、「デュエル・マスター」。ウィンはその正体を確かめるべく、シラハマの街で調査を始める。そんな中、世にも恐ろしい地下デュエマが行われていると知ったウィンは、新たな情報を求め地下デュエマに参戦することに。そこでは一体どんなデュエマが繰り広げられているのか！？
最強のデュエリストとの戦いを求め、デュエル・マスター探しを続けるウィン。そんなウィンの前にあのリッチな警官が現れた……と思ったら、事件の容疑者として追われることに！？一方、シラハマのカードショップでは規格外のベイビーが迷子になっていて……。常識外れのゲストにウィンはどう立ち向かうのか！？
シラハマに二人のD4が降り立った──その名は霞ヶ関ファルゴ＆最上川イッサ！彼らもまた、カイザが探し求めている「デュエル・マスター」の存在を確かめるべく、この地にやってきたのだった。自然のD4と水のD4、その実力はいかに！？そしてウィンは二人のデュエマを見て何を思うのか！？
ウィンの中に潜んでいるはずの心の闇を解き放ち完全復活を目指す邪神くんは、部下のアビスロイヤルに命じその闇の正体を暴こうとする。そんな中、新たなルールのデュエマ「デュエパーティー」の存在を知ったウィンたちは早速やってみることに。策略が渦巻く多人数戦で、ウィンの心の闇は見えるのか……！？
なぜかカイザに知られていたウィンの新カード。それが生まれる瞬間を見ていたのは、源さん、ランナー、いいやん、うんちく、ボウイ、カレンの6人のみ！この中の誰かがウィンを裏切り、カイザに情報を流しているということなのか……？ウィンは真相を突き止めるべく、捜査を開始する！
カイザに勝つためには何かが足りない……。さらなる切り札を求め、邪神くんに相談するウィン。一方、邪神くんの城にはアビスロイヤルたちも恐れるほどの脅威が迫っていた──。その名は「邪龍 ジャブラッド」。邪神にすら牙をむく最悪の邪龍の襲来は、ウィンに何をもたらすのか？
これはウィンたちが住む世界とはまた別の世界のお話──。カードの力を宿した生徒たちが集まる学校「デュエマジ学園」で前代未聞のバトルが巻き起こる──！？ウィンたちのこれまでのお話がわかる総集編との二本立てスペシャルだ！！
新たな切り札「邪龍 ジャブラッド」を使いこなすべく仲間たちと大会を開くことにしたウィンは、突如何者かの手によって連れ去られてしまう！たどり着いた先で待っていたのはカイザ！？そしてウィンの前には謎のシノビが刺客として立ちはだかる！果たして、ウィンを裏切り続けていたというシノビの正体とは……！？
裏切り者を撃破し、ついにその正体を知ったウィン。それでも大切な友達だと語りかけたその時、カイザの命を受けた鉄仮面が裏切り者を連れ去ってしまう。大切な人を傷つけてきたカイザに対する怒りと憎しみが頂点に達したウィンはさらなる闇をまとい、邪神と共にカイザとの全面対決に臨む！
一進一退の攻防の中、カイザが召喚した切り札「ボルシャック・カイザ―」。その正体はカイザに協力し続けていた鉄仮面だった！！邪神を滅ぼすべくボルシャックと共に攻勢をかけるカイザ。ウィンは邪神くんを失い、絶望の闇に呑まれてしまうのか……！？ウィンとカイザ、邪神とボルシャック、因縁の対決がついに決着！！
カイザとの対決を終えたウィンは、ランナー、いいやん、うんちくの3人と「中学生になったらやりたいことリスト」を作っていた。そんなウィンの前にボウイが現れ、デュエマが学べる学校「マイハマ学園」への入学を勧める。ランナーたちとの約束とデュエマを極めたいという思いの中で揺れるウィンの決断は──！？
仲間たちに後押しされ、マイハマ学園へ進むことを決意したウィン。しかし、その入試は超難関かつ今年の試験はすでに終わっていた……。絶望的な状況の中、パパリンはどんな試験も合格させてしまう伝説の合格請負人を呼び寄せる。その正体はクセが強すぎるあの人たちだった──！！
伝説の講師陣の熱血指導を受けたものの、依然としてマイハマ学園への道が開けないウィンのもとへ特別推薦入試の案内が届く。その内容はある人とデュエマで戦い勝利すること！ウィンの前に立ちはだかったのはまさかのあの人で──！？ウィンは無事試験を乗り越え、マイハマへと旅立つことができるのか！？
アニメ「デュエルマスターズWIN」を振り返り！そしてこれから始まる「決闘学園編」を徹底解剖！！
デュエマが大好きな少年、斬札ウィンが入学したのはデュエマの学校「マイハマ学園」！毎日デュエマで遊べる夢のような生活！……と思いきや、そこで行われていたのは型にはまった授業ばかり。そこでウィンはとんでもない行動に出て……！？デュエリストが集う学園で、新たな物語が始まる！
デュエマを最高に楽しむクラブ「デュエマさいこークラブ」の設立を目指すウィン。ルームメイトのウガタと共に部室づくりに励んでいると、以前戦ったマイハマギャング、マズキとケンドラに再会！ウィンは部室を根城にしようとする二人とデュエマで勝負することに！果たして勝負の行方は……！？
マイハマ学園での部活動設立には学園に君臨するデュエマ四天王「D4」のリーダー、プリンス・カイザの承認が必要だと知ったウィン。生徒会でもあるD4のもとへ向かい無謀にもカイザを勧誘するが、冷たくあしらわれてしまう。そこでウィンはクラブの承認とカイザの入部をかけてカイザにデュエマを挑む！
無事設立条件を満たして発足した「デュエマさいこークラブ」。ウガタは謎多きウィンの秘密を探るために観察を開始する。一方、ウィンはここ最近のウィンナー不足でカラカラになった邪神くんのためにウィンナーを振る舞うことに。それを食べた邪神くんの体には力がみなぎり始めて……！？
デュエマさいこークラブのみんなは今日も楽しく活動中！しかしウィンたちを目の敵にするD4のファルゴの策略により、マズキとケンドラがあらぬ疑いをかけられクラブは存続の危機に陥ってしまう……。そこで立ち上がったのはまさかのケンドラ──！？ファルゴからクラブを守るため、無謀にも思える勝負を挑む！
斬札ウィン、新たな物語の始まりを振り返り！ウィンが入学したのはデュエマの学校「マイハマ学園」！毎日デュエマで遊べる夢のような生活！──と思いきや、そこで待っていたのは……！？
マイハマ学園の特殊学習施設「心の館」。ウィンたちはそこで伝説のデュエリストと呼ばれる先生からデュエマに必要な「心」を鍛える特別授業を受けることに。楽しみにするウィンだったが、突如現れたファルゴも授業に参加することになり……。デュエマさいこークラブを目の敵にするファルゴの企みとは一体何なのか！？
デュエマさいこークラブの部室が何者かの手による嫌がらせの被害に！その魔の手は顧問のエリザ先生にも迫っていた。ウィンたちは犯人を見つけ出すために立ち上がるが、最も怪しいと思われるファルゴにはアリバイが。一方、ひとり犯人を追うウガタはとある人物を怪しいとにらんでいて……。
ついにファルゴへ宣戦布告したデュエマさいこークラブは部室で迎え撃つ準備をしていた。一方、クラブの一員として過ごすカレンは自分の生い立ちと使命、そして周りの友達とのギャップに思い悩んでいた。そんなカレンにウィンたちがかけた言葉とは？そして、カレンが出した答えとは──！？
学園トップのD4という立場でありながらデュエマさいこークラブをかばってしまったボウイ。そのことをきっかけにファルゴから目を付けられ、ウィンたちのクラブを潰すことを約束させられてしまう。ウィンたちが今後も学園でデュエマを続けるため、悩みながらもデュエマさいこークラブに近づくボウイだったが……。
デュエマさいこークラブ解散のため奮闘したものの、使命を果たすことができなかったボウイ。ふがいない結果を見たカイザは、ボウイにある試練を課すことに。その内容は新たなD4候補とのデュエマ！対戦相手に名乗りを挙げたのはまさかの人物で──！？D4の座をかけた負けられない戦いが始まる！
熱き激闘の果てにD4の座を退いたボウイ。転がり込んだデュエマさいこークラブで自堕落に過ごしながら、これまでとの待遇の差を思い知る日々を送っていた。一方、新たなメンバーを迎えたD4では早速大波乱の予感……！？特別ルールのデュエマによる、カイザの洗礼が幕を開ける！
デュエマさいこークラブ、またも大ピンチ！？大量のお金が必要になったウィンたちは、審査で一位になれば賞金が手に入るマイハマ学園の文化祭に挑戦することに！ただの出し物では優勝できないと考えサーカスへ見学に行くウィンたちだったが、そこで待っていたのは恐怖のサーカス団で……！？
ファルゴの手により、デュエマさいこークラブは文化祭で人気トップにならなければ廃部になってしまうことに！おばけ屋敷を作ることにしたウィンたちは邪神くんに協力を依頼する。自身が生み出したノワールアビスを使うことにした邪神くんだったが、彼らは驚異の進化を遂げていて──！？
マイハマ学園の文化祭がついにスタート！しかし、デュエマさいこークラブのおばけ屋敷はファルゴの妨害でお客さんに避けられてしまい……。気を取り直してデュエマの学校ならではの出し物を楽しむことにしたウィンたち。一方、ファルゴは妨害の最後の仕上げのため、おばけ屋敷の門をくぐる！
邪神くんとノワールアビスたちの活躍により、デュエマさいこークラブのお化け屋敷は大人気！一方、このままではウィンたちが文化祭の人気投票でトップになってしまうと判断したファルゴは奥の手を使うことを決意。デュエマさいこークラブを本気で潰すために動き出す！
ファルゴの策略により、デュエマさいこークラブは廃部の危機に！大事な居場所を守るべくファルゴにデュエマを挑むウィン。しかしファルゴはウィンのデュエマを分析し、アビスに対抗する戦略を用意してきていた。絶体絶命のピンチの中、ウィンは逆転することができるのか！？そしてデュエマさいこークラブの運命は……？
熱きデュエリスト、チアリ＆むーちゃん。そんな二人にとってデュエマとは一体何なのか？答えを探すべく二人が向かった先は「D7サミット」。それは、アニメ「デュエル・マスターズ」を作る者たちによる重要会議だった！アニメ「デュエル・マスターズ」の裏側にカメラが初潜入！
アニメのお話の作り方を学んだチアリ＆むーちゃん。勢いそのままに、映像の制作現場にも突撃することに！ウィンやクリーチャーたちの映像は果たしてどのように出来上がっていくのか？さらにチアリとむーちゃんも制作に挑戦……！？アニメ「デュエル・マスターズ」の制作現場を大解剖！
マイハマ学園に新しい先生がやってきた！その名はリッパー教授！怪しい研究をする科学者？最強のデュエリスト？超能力が使える超能力者？デュエマさいこークラブやD4すらも翻弄するリッパー教授に興味津々のウィン。謎多き彼の正体を解き明かすため、デュエマをすることに……！！
マナを使いこなせば邪神くんの真の力を引き出せる！？リッパー教授からの提案で、「お特別授業」を受けることになったウィン。なんとその内容はウィンを生死の境に追い込み、心の闇を見つけさせることだった！！突然の事態に混乱するウィンは無事に生還することができるのか！？
休日にシラハマへ帰ってきたウィンは人気ディーチューバー「シモカワチャンネル」の動画撮影に参加することに！動画配信の厳しさを実感するウィンたちだったが、シモカワチャンネルの二人はそんな彼らを逃さないようブラックな契約を用意していて……！？皆を助けるため、ウィンはデュエマで勝負をすることに！
見事リッパー教授の「お特別授業」を乗り越え、自身の闇のマナを感じられるほどに成長を遂げたウィン！一方、リッパー教授は邪神くんの闇の力も「お特別授業」でパワーアップさせると言い出して……。果たしてリッパー教授の新たな試練とは！？そして覚醒した邪神くんの新たな姿とは……！？
マイハマ学園の書庫に隠されていた古い地図。そこに記されていたのは、戦った者たちに想像を絶するものを与えるという秘密のバトルフィールド「フィールド・オブ・ウィナ」だった！探索のために学園の七不思議を調べるウィンたちは、ひょんなことからすべてが逆になった学園「逆マイハマ学園」に迷い込んでしまい……！？
逆ウガタとのデュエルに勝利し、逆マイハマ学園から帰還したウィンたち。「フィールド・オブ・ウィナ」を見つけるため次に向かったのは『4つの本の世界に繋がるゴブリンの巣穴』！そこで待ち受けていたのは４人の衛兵。果たしてその先で「フィールド・オブ・ウィナ」を見つけることができるのか！？
「フィールド・オブ・ウィナ」を探すウィンたちがたどり着いたのは学園の屋上の女神像の前だった！！そんなウィンたちの前に学園長から使命を受けたイッサが立ちはだかる……。果たしてウィンとイッサとの勝負の行方は！？そしてウィンたちは「フィールド・オブ・ウィナ」を見つけることができるのか？？
リッパー教授登場のエピソードをもう一度プレイバック！マイハマ学園にやってきたの謎の男、リッパー教授。不思議な「お超能力」を操り、D4すらも翻弄する凄腕のデュエリストに興味津々のウィン。彼の正体を暴くため、デュエマで勝負をすることに！
女神ウィナの導きによってついに伝説のバトルフィールド「フィールド・オブ・ウィナ」を発見したウィンたち。それによって全校生徒参加の大会『デュエル・ウォーズ』が開催されることに！！優勝者は女神ウィナによってどんな願いも叶えてもらえるというが……！？学園全体を巻き込んだ戦いがついに始まる！
激闘が続くデュエル・ウォーズ！父との約束を果たすため、強い決意を胸に奮起するボウイ。そんな彼の対戦相手に選ばれたのは、どん底からゾンビのように復活を果たしたファルゴだった！新たな特殊ルールも発表され学園内もさらなる盛り上がりを見せる中、因縁の新旧D4対決が幕を開ける！
デュエル・ウォーズもいよいよ大詰めを迎える中、ついにイッサVSカレンの現役D4対決が実現！！激闘の予感に興奮する周りをよそに、デュエル・ウォーズの歴史と女神の正体に違和感を覚え調査するイッサ。「学園の秩序を守る」という言葉の裏に隠れるイッサの本当の願いとは──！？
光、水、闇、火、自然──５つの文明が栄え、クリーチャーたちが平和に暮らす超獣世界。そこに突如として現れた「深淵」の穴。それは伝説の古代種族、アビスロイヤルの復活を意味していた。ジャシン帝率いるアビスロイヤルと五文明の熾烈な戦いの火蓋が切って落とされる！そして後半はリッパー教授の活躍を振り返り！
圧倒的な力で世界を蹂躙するジャシン帝とアビスロイヤル。火文明の長であるボルシャック・カイザーを倒し、次に狙いを定めたのは自然文明！仲間たちを守るため戦うゴルファンタジスタの前に邪闘シスが立ちはだかる……！！果たして、アビスロイヤルの進軍を止めることはできるのか！？そして後半はD4イッサの活躍を振り返る！
優勝すれば女神ウィナの力によってどんな願いも叶うという「デュエル・ウォーズ」。激闘の末、大会はついに準決勝に！第１試合は覚知山ボウイ対カレン。かつてD4の座をかけて戦った二人が、今度はそれぞれの願いのために激突！！特訓を経てハイレベルな戦いを繰り広げる両者。果たして勝利はどちらの手に！？
一進一退の攻防を繰り広げるカレンとボウイ！しかし、ニンジャ・チェンジを駆使したカレンが次第にボウイを追い詰める展開に…！！カレンがこのままの勢いでボウイを圧倒するのか？はたまた、ボウイの新たな切札の力で逆転勝利を手にするのか！？互いのすべてをぶつけ合う熱き決闘がついに決着！！！
デュエル・ウォーズ準決勝２回戦でついに激突するカイザとウィン！カイザへのリベンジとサイコーに楽しいデュエマをしたいという願いを叶えるため優勝を目指すウィン。しかしその願いはカイザにくだらないと断じられてしまう…。カイザが望む壮大な願い、そして語られざる母との過去とは一体何なのか……！？
お互い一歩も引かぬウィンとカイザ。火文明とボルシャックの圧倒的な展開力で苛烈に攻めるカイザに対し、アビスの新たな切札によって苦境をひっくり返すウィン。見事な逆転で勝敗が決したと思われたその瞬間！勝利の女神ウィナがカイザへ語りかける。ウィナの導きによってカイザは「希望の光」を手にすることができるのか？
ボルシャックが生み出した太陽の力を制御することが出来なかったカイザ。その影響でデュエル・ウォーズは一時中断してしまう事態に……。そんな最中、ボウイとの準決勝で敗退してしまったカレンは自らの力で病に倒れた頭領を救うため、病気を治すことが出来る薬草を探しに秘境へと向かうのであった──。
デュエル・ウォーズ開幕時には女神の声に導かれ迷いなく行動できていたウガタ。しかし、その後は再び長考する癖が戻ってきてしまっていた。ウィンの素早い判断と行動が実になっている様子を見て、自分も「考える呪縛」から解き放たれたいと願うが──。果たして、ウガタの長考の原因とは一体何なのか？
デュエル・ウォーズが再開されないままマイハマ学園は冬休みへ。束の間の日常に退屈していたウィンはウガタと共にシラハマに帰ることに。そこで待っていたのはパパリン、そしてシラハマの仲間たちとの毎年恒例クリスマスパーティー！デュエマ漬けの楽しい会の中、ウガタはますますウィンへの興味を強めていて──！？
ウィンの心の奥底に眠る闇のマナの根源……その正体は「幼い頃から抱く母親への思い」だと突き止めた邪神くん。闇のマナを手に入れ真の力を取り戻すため、ウィンへ揺さぶりをかけることに！母親への思いを口にさせることで心の闇を引き出すことを目論むが……。果たしてウィンの心の闇は邪神くんによって解き放たれてしまうのか！？
デュエル・ウォーズの再開が待たれる中、マイハマ学園には不穏な気配が──。生徒達がまるでゾンビのように無気力でネガティブになってしまっているのだ！！この原因不明の現象を解明するため、デュエマさいこークラブの面々とカイザ達D4が調査に乗り出す！そして浮かび上がってきた怪しい人物とは……？
マイハマ学園の生徒たちがゾンビのようになってしまう怪現象は大いなる危機が迫っている証だと語るリッパー教授。マイハマの未来が危ぶまれる中、今なお「長考の呪縛」に苦しめられるウガタに、謎のネズミ「チュウ太郎」が道を示す！誘われるまま不思議な部屋にたどり着いたウガタが見たものとは…！？
学園に潜む敵の正体をつかむべく調査を進めていたカイザとボルシャック。そんな彼らのもとに突如として、今は亡き母の声が語りかける。学園の危機、そして母の命を奪った黒幕は「邪神」なのである…と。すべての真実を知り怒りに震えるカイザは邪神に必ず報いを受けさせることを誓い、自らの命を顧みず再び太陽の力を手に入れることを決意した！！！
ウィンの心の奥底に邪神くんが迫るエピソードをプレイバック！真の力を取り戻すべく、ウィンへ本格的な揺さぶりをかけ始める邪神くん。母親への思いを糸口に秘められた心の闇を引き出すことを目論むが……。ウィンの深淵には何が隠されているのか！？
D4が解散！？！？母の仇である邪神を燃やし尽くし、マイハマの未来を奪い返すため、カイザが命を賭して手に入れた新たな力。その全てを焼き尽くす2つの太陽の力によって、カイザは母との思い出やD4との絆すらも燃やし尽くし歩みを続ける…。果たして復讐の炎に身を焦がし暴走するカイザを止められる者はいるのだろうか…。
復讐に怒りを燃やし暴走するカイザ。彼はただひたすらに母の仇である邪神を焼き尽くすためだけに歩を進める。全てを捨て邪神への復讐を決意したカイザを止めるため立ちはだかったのは、ボウイだった！！太陽の炎でも燃やすことのできないダイヤモンドの精神は、カイザを止められるのか！！？
怒りで暴走するカイザを止めるためデュエマ勝負を仕掛けたボウイだったが、必死の想いも太陽の力を手にしたカイザには届かない……。しかし、ウィンはボウイの足止めのおかげで邪神くんのさらなる力を引き出すことに成功したのだった！満を持して再び対峙するウィンとカイザ。因縁のライバル二人の最後の決闘が今はじまる！！！
譲れない思いを胸に戦い続けるウィンとカイザ。互いの切り札がぶつかり合う激闘は苛烈さを増していく──。一方、学園を脅かす闇の正体を突き止めたリッパー教授もまた、その根源を打ち倒すべくデュエマを開始する。マイハマをかけた二つの戦いの結末は一体どこへ向かうのか！？
ついに決着したウィンとカイザの頂上決戦！しかし死闘の余韻に浸るのも束の間、学園を包んでいた暗闇の根源、コンプレックスがついにその姿を現す。マイハマ中の人々から闇のマナを吸い上げ、「ウガタの願い」を次々と叶えていくコンプレックス。自らを「デュエル・マスター」と名乗り、邪神の討伐を掲げるウガタにウィンはどう立ち向かうのか！？
ウガタが胸に秘めてきたウィンへの劣等感。コンプレックスはその心の闇を利用し、ウガタをヒーローウガタへと変身させてしまう。ほのかな憧れを強い憎しみに変え、マイハマを救うヒーローとしてウィンと邪神を滅ぼそうとするウガタ。果たしてウィンは大切な友達を救うことができるのか──！？
各文明を着実に蹂躙していくアビスベル＝ジャシン帝とアビスロイヤル。自らの絶対的な力に酔いしれる中、深淵を狙い放たれた魔力砲を目にする。光の中から現れたのは《芸魔王将 カクメイジン》。果たして、ジャシン帝を狙う新たな影の正体とは──！？そして後半はカレンの活躍を振り返る！
アビスベル＝覇＝ロードとバンキシーの激闘の最中、突如として現れた太陽。それは歴代ボルシャックの力を体内に宿し燦然と輝くボルシャック・バクテラスだった！！再び始まる火と闇の頂上決戦！クリーチャーワールドを揺るがす戦いはついにクライマックスへ！そして後半はウィンとカイザの戦いを振り返る！