ついにゼーロのドラゴンが誕生しようとしていた。ゼーロがさらに強大な力を得るのを阻止するため、闇文明に向かう決意をするキラ。そんな時、かつて光文明のデュエルマスターであった父もゼーロと戦ったことを知る。