新学期を迎えたジョー達は、『キング・オブ・デュエマッチ』1次予選の終了日を迎えようとしていた。魂ポイントを1000ポイント以上獲得したデュエリストは予選通過となるが、たくさんの戦いを勝ち抜いたはずのジョーは1000ポイントに届いていない。ジョーに何があったのか？！
