ジョーがミノマルの暴走を止めた事により、自然文明は平和を取り戻したかに見えた。しかし、闇の侵攻を食い止めるために力を使い果たした女王は再び倒れてしまう。自然文明を救うため、ガイアハザード達は姫であるももちゃんを連れ去ろうとするのだった。
