デュエル・マスターの証、ザキラの正体の手がかりを求めてドクター・ルートの研究所に向かう勝舞達。ドクター・ルートはデュエル・マスターの証を預かり保管していた。ザキラを知るドクター・ルートは勝舞達を巻き込みたくないと話すのをためらうが…そこにザキラの配下、バベルが迫る！！
