幕末の動乱の時代､｢人斬り抜刀斎｣と呼ばれ恐れられた伝説の維新志士がいた－。明治11年､東京の下町に姿を現したその男は､腰の逆刃刀に不殺(ころさず)を誓う流浪人(るろうに)･緋村剣心となって､人々の幸せを守るため闘い続けていた。そんなある日､横浜を訪れた剣心は､元会津藩士･時雨滝魅と出会う。幕末そして明治を生きる剣客としてお互いに共鳴しあった二人にとって､遠い過去の因縁など知る由もなかった。時雨は､幕末に命を散らした者達の遺志を継ぎ､明治政府に不満を持つ者達を集め反乱を起こす。戦闘の最中､“新･維新”なる維新の再来を宣言する時雨の前に､剣心の逆刃刀が立ちはだかる！剣心の｢飛天御剣流｣と時雨の｢斎鬼鹿沼流｣ 最強の刃の壮絶なぶつかり合いが､二人の過去の因縁を呼び醒ます！
明治11年初夏。大久保卿暗殺の黒幕である志々雄真実が企む「京都破壊計画」を阻止する為に、京都御庭番衆の頭・翁は先代の遺児・巻町 操に一つの任を与えた。かつて人斬り抜刀斎と呼ばれ明治維新を裏で支えた男、緋村剣心の探索である。操は東海道を登り、想い人・蒼紫の消息を知るかもしれないその男を見つける。
翁が斬られるのを目のあたりにした操は、もはや自分は蒼紫を追い求めてはならないと心に決め、京都御庭番衆御頭となることを宣言し、蒼紫を倒すことを剣心に依頼する。京都大火を阻止し、さらにその奥にある志々雄の策略を未然に防がなければ。京都の防衛は薫や弥彦、そして操たち御庭番衆に任せられた。斎藤と左之助、剣心は大阪港に向かう…。
