Kenshin and Kaoru leave on a boat to visit a graveyard. In exchange for dinner, Sanosuke assists Megumi with the chopping of firewood. Yahiko is currently working at the Akabeko under Tae with Tsubame. Meanwhile, Kenshin and Kaoru spend the night at a local couple's house because of the rain.
翁が斬られるのを目のあたりにした操は、もはや自分は蒼紫を追い求めてはならないと心に決め、京都御庭番衆御頭となることを宣言し、蒼紫を倒すことを剣心に依頼する。京都大火を阻止し、さらにその奥にある志々雄の策略を未然に防がなければ。京都の防衛は薫や弥彦、そして操たち御庭番衆に任せられた。斎藤と左之助、剣心は大阪港に向かう…。
愁云惨淡的明治时代，曾遭到新政府利用和背叛的志志雄真实（池田政典 配音）从地狱活转，而今他的阴影笼罩在和平年代的上空。似乎与此同时，绯村剑心（凉风真世 配音）以及伙伴们皆明了志志雄的真正目的，即利用京都大火的混乱进军大阪。以此为契机，剑心、斋藤、相乐左之助分头向大阪挺进，而薰、弥彦、比谷清十郎以及京都御庭番众则留守戒备，随时迎接志志雄爪牙的入侵。濑田宗次郎、破军、四乃森苍紫等绝世高手相继登场，与原作大相径庭的经典对决，渐次拉开序幕……
本片根据和月伸宏的同名漫画改编，为动画版上映15周年纪念作。
Kenshin y Kaoru salen en un bote para visitar un cementerio. A cambio de la cena, Sanosuke ayuda a Megumi a cortar leña. Yahiko está trabajando actualmente en el Akabeko bajo Tae con Tsubame. Mientras tanto, Kenshin y Kaoru pasan la noche en la casa de una pareja local debido a la lluvia.
