The Sanada Ninjas have joined the Black Knights in the search for the Divine Medicine but the Sanada Ninjas will take over Japan. Meanwhile Yutaro has Professor Hans' note book, he soon finds out that there is a medicine that can possibly cure any illness. The Black Knights are after the Divine Medicine so they can sell it and gain money and start to rule the world. Kenshin figures out that the Divine Medicine is somewhere in Suwa Sea so they take a trip there, trying to find any hints Kenshin asks local people questions. As they are moving, Sanada Ninjas attack Kenshin and the others, the Oniwabanshu helped and stopped the attack. The ninjas retreated and went back to base, the head leader of that group was getting annoyed of the outsiders and was arguing with the leader of the ninjas, the Black Knights step in and fight that particular group. Later on, Misao tags along with Kenshin and they get ready to get into Sanada's base.
Yutarou lê o diário do Dr. Hans, que contém informações sobre um elixir milagroso escondido no Japão. Kenshin e seus amigos resolvem procurar a tal fórmula e protegê-la dos Cavaleiros Negros, que querem usá-la para dominar o mundo. Por meio de enigmas, os dois grupos buscam o remédio. Os ninjas Sanada se aliam aos Cavaleiros Negros desde que Misanagi tenha o controle total do Japão. O grupo de Kenshin está comendo na floresta quando é atacado pelos ninjas. Por sorte, aparece a gangue Oni, sob a liderança de Misao, que também segue na aventura em busca do elixir milagroso. Kaita lidera um grupo que se rebela contra Misanagi, pois não concordam com a aliança com os alemães. Eles são executados.
Los Sanada Ninjas se han unido a los Caballeros Negros en la búsqueda de la Medicina Divina, pero los Sanada Ninjas se harán cargo de Japón. Mientras tanto, Yutaro tiene el cuaderno de notas del profesor Hans y lo lee, pronto descubre que hay un medicamento que posiblemente puede curar cualquier enfermedad. Los Caballeros Negros son élites en su campo y pueden ser peligrosos, persiguen la Medicina Divina para poder venderla y ganar dinero y comenzar a gobernar el mundo.
유타와 함께 온 한스 박사가 의문의 집단에게 공격을 받는다. 이유를 알아보던 켄신 일행은 문제의 자객이 흑 기사단이라는 비밀 결사 집단이며 이들은 한스 박사가 알아낸 신비의 영약을 빼앗기 위해서 뒤를 쫓아온 사실을 알게 된다. 켄신 일행은 영약을 찾기 위해서 여행을 떠나는데…
