ベイスタジアムで戦って最後まで残った方が勝つ、超高速回転で行われる新時代のベーゴマバトル、それがベイブレードだ！
カイのベイブレード「ドランザー」と対決し、自分のベイブレードを破壊されてしまったタカオ。だが強敵の登場にタカオは闘志を燃やし、キョウジュやアキラの協力を得て新しいベイブレードを作り出す。
練習中だったタカオは、川でおぼれた子犬を助けたのをきっかけにマックスというブレーダーと出会い、仲良くなった。さっそくマックスと勝負するタカオ。
『スーパーバトルトーナメント』、それはブレーダーたちが夢見る日本一への一本道だ。タカオもキョウジュもマックスも、そしてカイもその戦いの場へと参加していた。
最後の予選ブロックDとで20人の参加者を倒し勝ち残った少年レイ。その未知の強さにタカオが闘志をかきたてられる中、準決勝の第1試合マックスvsカイが始まった。
バトルトーナメント2日目、準決勝第2試合。昨日の夜からキョウジュの姿がないことを気にかけつつもタカオは試合にのぞんだ。
祖父達の応援を受けて決勝戦に向かうタカオ。待ち受けるは強敵カイとドランザー！ タカオはいきなり必殺技で勝負をかけ、その嵐でカイを吹っ飛ばす。
タカオたち日本代表チームは、キョウジュを専属メカニックに加え、まずアジア大会に向けて出発した。最初の目的地は香港。初の海外旅行に、タカオはちょっと浮かれ気味。
タカオたちに挑戦者をけしかけた少年の名はキキ。彼はレイを挑発し、勝負を持ちかけてくるが、そこで黙っていられないのがタカオだ。再び始まるバトル！
いよいよ始まるアジア大会。タカオたちはAブロック第1試合でタイチームとぶつかった。レイもマックスも、予想以上に強い相手に苦しめられるが、なんとか勝利を収める。
レイから白虎を取り返そうとする中国チーム。中でもキキは、香港での一件があり特に執念を燃やしていた。
白虎の力を失ったレイは、チームの足手まといにならぬようにと、置き手紙を残して姿を消してしまった。だが、それを納得できないタカオはレイを追って飛び出してしまう。
大会もいよいよ準々決勝を迎え、中国チームはモンゴルチームとの闘いにのぞんでいた。先鋒のガオウは空腹のために集中出来ず、熊の聖獣を出現させながらも敗退してしまう。
準決勝の朝、タカオは夜更かししたために思い切り寝坊していた。レイが起こそうとするも失敗し、結局タカオとレイを残してメンバーは先に出発することに。
いよいよ決勝戦の幕が切って落とされた。第1戦はマックスvsガオウ。共に最大の防御と攻撃を誇る聖獣のビットのぶつかり合いとなった！
紫禁城を模したスタジアムで始まる決勝戦第2試合。レイはマオとのファーストバトルへ臨むが、マオのガルクスの不意打ちと一瞬の迷いで遅れを取ってしまった。
タカオvsライ、中国大会決勝の火蓋が切って遂に落とされた。砂と岩に覆われたステージで先制攻撃を仕掛けるドラグーン。しかしライのガルオンは、あっさり逆転し強さを見せつけた。
世界大会への切符を手にしたタカオたちが一休みするため戻った日本では、今やベイブレードがブームとなっていた。日本チームの活躍がそれに火を付けたのだ。
いよいよアメリカへ降り立ったタカオたち日本チームが最初に目指すのは、アメリカのベイブレード研究所だ。そこではキョウジュが目を輝かせるほどの最先端技術がベイブレードに注がれていた。
ひとまず見学が終わりジュディと食事を共にする日本チーム。後は宿に戻るだけなのだが、そこでタカオが1つ提案をする。
アメリカチーム1軍の実力を見せ付けられ悪夢にうなされるキョウジュ。そんな時、タカオたちの元に大転寺会長から特訓場所を示すメールが届く。
アメリカ大会前夜祭のチャリティ会場。そこでは特別イベントが始まろうとしていた。それは大会参加者から選ばれた世界選抜チームとアメリカ大統領チームによるドリームマッチ！
いよいよ幕を開けたアメリカ大会。日本チームの最初の相手はメキシコチームだ。第1試合にレイを登録しようとするキョウジュ。だが、そこでカイが初めて動いた。
タカオたちの次の相手はエクアドルチーム。試合の朝、エミリーは日本チームの負けと、エクアドルが最も警戒すべき敵であることを告げる。
いよいよ準決勝を迎えたタカオたち。相手はブラジルチーム、そうチャリティマッチでマックスと共に闘ったマリオのチームだ。
決勝戦前夜。既にデータ収集を終え、万全を期したアメリカチーム。対する日本チームはキョウジュがマックスを外したメンバー編成を提案していた。
果敢に攻めるも圧倒的なパワーの前に為す術のないタカオ。だが、カイとレイが与えた助言により活路を見出し、苦戦の末に必殺のファントムハリケーンで逆転勝利を収めた。
アメリカチームのリーダー、マイケルの力は凄まじかった。第1セット、緊張の取れないマックスのドラシエルをたった一撃で場外に叩き出したのだ。
アメリカ大会を終え、日本チームは次の戦いの場、ロシアへ向かうことになった。旅立ちを前に、キョウジュはこれまでの戦いを振り返る。
世界大会決勝戦の舞台、ロシアへ一路向かうタカオたちは今、豪華客船の上だった。プールに食事、ゲームと娯楽だらけの船内だが、キョウジュに説得されタカオたちは過去の教訓を踏まえた訓練に入った。
イギリスに到着したタカオたちは、食事をしに行っている間に何と船に置いて行かれてしまった!?
陸路でロシアへ向かうことになったタカオたちは、高速列車でフランスを目指す。何故か客の姿がない列車に、貸切だとはしゃぐタカオ。だが、不審に思ったレイは車内を調べに出た。
世界大会の妨害を狙う“チームWHO”。カイは、強敵の出現に備えるべく、1人姿を消す。一方、置いていかれたタカオたちは見物も兼ねてパリの街へと繰り出していた。
チームWHOを退け、束の間の休息を得た日本チームは思い思いの場所へ出かけていた。タカオも、キョウジュと共にルーブル美術館に行く事に。
オリビエの言葉に従いイタリアにやってきた日本チームは、チームWHOのカイロナを倒したという少年、ジャンカルロの家を目指す。
ジャンカルロに完敗したタカオ。だが、落ち込むどころか次こそは勝つと、訓練に打ち込んでいた。キョウジュやレイ、マックスも進んでそれを手伝い、アンフィリオン打倒の秘策を相談する。
ジャンカルロはタカオたちを連れて、仲間であるラルフの城へと向かう。そう、豪華客船で圧倒的な力を見せたあのラルフの元へ。
打倒ラルフ、打倒ジョニーを誓ったタカオたちは、ラルフの城に居座ってでも意見を通すことを決める。そんな中、カイは一人敗戦から立ち直るべく特訓を自分に課す。
リベンジに燃えるカイは、特訓の成果でジョニーの必殺技ファイヤーロッドを一度は防ぐが、聖獣同士の戦いに持ち込まれ大苦戦する。
ヨーロッパを離れ、一路ロシアへと向かうBBAチーム。今、彼らの関心は謎に包まれたロシアチームにあった。全ての試合を負けなしで来ている強豪ロシアに、タカオは闘志を燃やす。
ヴォルコフ修道院で見た光景を夢に見てうなされるカイは、1人原因を探りに修道院へ潜入する。一方のタカオたちも、やはり見物やトレーニングに出かけるが、そこで懐かしい相手と出会う。
カイの前に立つヴォルコフ。彼は修道院で訓練していた頃のカイを知っており、自分たちの元“ボーグ”へ帰ってくるように言う。しかし、カイは昔の自分ではないと警備員を振り切って脱出を図った。
カイが戻らぬまま夜は明け、ヴォルコフバトルドームの完成記念マッチ、ロシアｖｓアメリカチームの試合が始まろうとしていた。第1試合はスティーブｖｓイワン。
まるでシェルキラーの頃に戻ってしまったかのごとく、ただ強さのみを求めるカイは、ロシアチームの他のメンバーを無視して中国チームに対してさえ1人で戦うことを決めてしまった。
仲間だと思っていたカイの離反にタカオたちはショックを受けていた。が、そこへカイからの招待が舞い込む！ ジュディたちを見送りに行ったマックスを除いたメンバーはこれを受けて一路バイカル湖へ。
タカオたちと和解したカイは、ボーグ本部へと舞い戻る。そしてブラックドランザーで施設を破壊すると、今度こそボーグに別れを告げるのだった。
徒歩で会場へ向かう羽目になったタカオたちBBAチームは、通りがかりのジャンカルロたちユーロチームのバスに拾われる。だがボーグへの怒りでタカオは平常心を失っていた。
ついに世界大会決勝、BBA対ロシアの戦いが始まろうとしていた。我こそはと先鋒を買って出ようとするタカオ。だが、それを制してカイが名乗りを上げる。
カイがまさかの敗北を喫し、後の無くなったBBAチーム。次鋒はレイ…対するはファルボーグを操るボリスだ。だが、試合が始まるやファルボーグの攻撃はドライガーだけでなく、レイをも襲った！
決勝の最終試合を前に、タカオはカイを相手に特訓に余念がない。そこへ現れるマイケル、ラルフ、ライ。彼らも特訓に協力するために来たのだ。
そして始まった第2セット。突然吹き荒れるブリザードに閉じ込められるタカオ。何とそこはウルボーグが作り出した異空間だった。
ベイブレード世界大会を制したBBAチームは解散し、マックスはアメリカ、レイは中国へ渡った。カイだけは行方が判らない。タカオはじっちゃんの稽古から逃げ出す毎日を送っていた。
謎の少年の操るベイの前にタカオとキョウジュはその敗因を探るが、肝心のデータがきちんと取れておらずどうにも進まない。一方アメリカのマックス、そして中国のレイの前にも謎の挑戦者が現れる。
タカオが謎の少年オズマと公園で対峙していた頃、キョウジュは何とか謎のベイの正体の掴もうとしていた。急ぎタカオの元へ向かい、それを伝えるキョウジュ。
キョウジュは、突然現れた謎の男たちに、居合わせたヒロミと共に捕まってしまった。車で連れ去られる2人を追いかけようとするタカオだが、間に合わず失敗。
聖獣を狙う2つの敵がいる。キョウジュはタカオにそう自分の予想を語った。連絡の取れないマックス、レイ、カイの身を案じる2人。
ある目的のため聖獣を捕獲しようとしているギデオン。その本拠地はギデオン・チャンバーと呼ばれ、様々な研究やブレーダーの養成が行われていた。
タカオとスネーキーのバトルからデータを得たギデオンは、世界チャンピオンであるBBAチーム4人の聖獣を欲していた。
マックスとレイが来日し、タカオたちBBAチームはさっそくチーム・サイキックとの勝負に向けて強化合宿に入った。その目玉はマグトラムのデータを元にジュディが開発した「MGコア」。
南海の孤島に放り出されたBBAチーム。タカオは脱出を試みる途中で足にケガをした。しかし諦める訳にもいかず、勝負を受けて突破するか、灯台から助けを呼ぶかの2組に分かれて行動する事に。
南海の孤島に放り出されたBBAチーム。タカオは脱出を試みる途中で足にケガをした。しかし諦める訳にもいかず、勝負を受けて突破するか、灯台から助けを呼ぶかの2組に分かれて行動する事に。
灯台を目の前にするカイたち。しかしそこにはベイスタジアムと刺客のフィーゲルが待っていた。避けられぬと見て挑戦を受けるカイ。キョウジュも援護とばかり聖獣捕獲装置の妨害を試みる。
無人島から大転寺会長に助けられたBBAチームだが、タカオは足のケガで入院中だった。見舞いに現れた大転寺会長に、タカオは改めて見えない聖獣を操るオズマたちを捜すことを頼み込む。
サイキックの車に張り付いた少年ユスフは、アジトへの潜入に成功し、デジタル聖獣の存在を突き止める。それを知ったオズマは、タカオたちの聖獣を成長させるべく行動を開始した…彼らの真の目的は？
マリアムとユスフの連携攻撃の前に敗れたマックスとレイ。だが、そこへ追いついたタカオがオズマに再戦を申し込む！ ドラグーンvsフラッシュレオパルド。仲間たちが見守る中、因縁の戦いが始まる。
デジタル聖獣の存在を知り、タカオたちの聖獣を成長させようと仕向けるオズマたち。しかし、真の目的は四聖獣を手に入れることにあった。ただ、オズマだけは何か考えがあるようだが…。
暴走を引き起こしたデジタル聖獣。しかしそれは改良され、遂に完成した。その使い手を捜すようギデオンは命を下す。
完成したデジタル聖獣が自己進化することを知ったギデオンは、今度こそベイを操れるブレーダーを捜すよう命令する。が、デジタル聖獣の力を見たタカオたちは訓練にも身が入らず…。
ギデオンのアジト…そこではケインたち４人組の１人、ジムがサイバードラシエルのベイをテストしていた。過酷な攻撃の中で自己進化するデジタル聖獣。ジムは辛うじてその力を制御するが…。
デジタル聖獣の破壊力を目の当たりにして悪夢にうなされるタカオは、今のままでは勝てないと考え特訓を始め、キョウジュにもドラグーンの強化を頼み込むが…。
タカオがキョウジュに頼んだ改造ドラグーン…その姿は以前よりも攻撃的で、本来ベイブレードに定められたルールから外れたものだった。
ついにサイキックとの試合の日を迎えたBBAチーム。タカオたちはこれまでの戦いを思い起こし、闘志を燃やす。一方でサイキックは舞台であるバトルタワーの準備に余念がなかった。
逆転したはずのマックスだったが、サイキックは恐るべき反則で逆襲を仕掛けてくる。何と試合場自体がデジタル聖獣を修復するシステムになっていたのだ！
次なる相手はサリマ！ だがレイは、彼女がデジタル聖獣に捕われていることを見て取り愕然とする。そして迷いの残るレイはサイバードライガーを攻め切れず、逆にピンチに陥ってしまう。
第３試合はカイｖｓゴウキ！その頃オズマたちは奪われた玄武の居場所をようやく探り当てたが、ドゥンガの先走りで奪回に失敗してしまう。
遂にタカオはケインと対峙した。だが、ケインは以前とは違いデジタル聖獣の呪縛を受けていた。更にギデオンは試合場を高圧電流のオリに囲んでしまう。
サイバードラグーンは周囲の電流を取り込んで成長を始めてしまった！ケインもそれを止めるどころか制御すらままならない状態だ。
タカオの闘志に応えた青龍は、再び力を取り戻しサイバードラグーンに立ち向かう。しかし、サイバードラグーンは倒れるどころか遂にはケインの体が耐えられないほどにまで強大になった。
ナイトメアの野望を阻止したタカオたちは今、アメリカ行きの飛行機の中にいた。マックスの母ジュディが、傷ついたベイの修理とバカンスも兼ねて招待してくれたのだ。
友人であるアランが盗賊団に荷担していたことを知り落ち込むマックス。しかし万が一に賭けて、約束した地元大会へと向かう。新しいベイを手に現れるアラン。
アメリカで奪われた石版の行方を追って急ぎ日本へと戻ってきたタカオたち。出迎えた大転寺会長は、かつて自分も不思議なエネルギーを発する石版の研究に携わっていた経験を語った。
盗まれた石版と、唯一の手掛かりになりそうなザガートの行方は不明。しかしその間にもザガートは石版を解析して生み出したベイを、配下のブレーダー・フォクシーに与えて聖獣を奪う刺客としていた。
キョウジュの分析から、フォクシーの出した聖獣が奪われた石版の力によるものと判明し、驚くタカオたち。オズマたちも含め、青龍たち四聖獣を狙ってくる連中に怒りを覚えるタカオは…。
ようやく石版の文字を解読し、聖獣を石版に封じる者の存在を知ったタカオたち。その時、ユスフが現れタカオたちを挑発する。
オズマに先手を打たれ焦るドクターＫは、ザガートに無断でクモ型聖獣を石版から呼び出し刺客を放った。一方、白虎奪回に燃えるタカオとマックスの練習を見ていたゼオは、そこに聖獣の姿を見る。
ドランザーで練習中のカイが突然風に襲われた。狙ったように周囲の物まで切り刻んでいく風に警戒するカイ。タカオやマックスもまた同じように狙われ、ゼオは自分のベイ・ゼロニクスを破壊された。
白虎を奪ったドゥンガに挑発され、玄武を狙って動き出すセント・シールズのマリアム。しかし、ドクターKもまた新たな刺客をマックスへ差し向けていた。
四聖獣を封印するべく、セント・シールズは全面対決を仕掛けた。これを受けて立つタカオたちBBAチーム。レイもドライガーのパワーアップを果たし、8人のブレーダーが早朝の遊園地で向かい合う！
次なる勝負はカイｖｓドゥンガ。互いの因縁に決着をつけるべくドランザーとボルテックエイプが激しくぶつかり合う。だが、状況不利と見るやユスフのバニシングムートが乱入！
BBAチームとセント・シールズの勝負も最後の時が来た。自分の使命のため引けないオズマと、青龍と共に自分のバトルを貫こうとするタカオ。その2人がぶつかり合う！
オズマたちセントシールズとの戦いを終えても、トレーニングに余念のないタカオたち。そこへ久しぶりにゼオがやってきた。
いよいよ始まったワールドチャンピオンシップ。タカオたちは予選を戦うゼオを応援に来ていた。ゼオもまたその応援に応えて予選を勝ち抜き、タカオたちと純粋に勝負することを楽しく語り合う。
ケルベロスのベイを手にトレーニングを積むゼオ。しかし最強と言うだけあって、その力は半端ではなかった。一方、大会に参加するタカオたちもパートナーを決めるのに苦労していた。
ドランザーを失ったカイのため、キョウジュは新たにドランザーV2を開発する。新ベイを手に闘志を燃やすカイ。だが、キングたちの元にはドクターＫの魔の手が伸びていた。
何とザカートは自ら大転寺会長へゼオとガルダを大会に出すよう提示してきた。その場を訪れたタカオたちは、そこで初めてゼオがザカートの息子であると知りショックを受ける。
いよいよ大会決勝の組み合わせが決まり、周囲が盛り上がる中、タカオはゼオになぜ聖獣を狙うのかを問う。しかしゼオは、きっぱりと「聖獣を守りたいなら戦え」とだけ答えるのだった。
第1戦でのゼオの戦いぶりに様々な思いを巡らせるタカオ。しかしカイの忠告がその迷いを断ち切る。その頃、タカオたちの対戦相手であるケインとジムはトレーニングに励んでいたが…。
南アメリカ代表ペアを見事下して駒を進めるカイとレイ。だが、話題は次のキング＆クイーン戦にあった。そこへ現れるジュディ。マックスは母との再会、そして新型ドラシエルのプレゼントに大喜びだ。
準決勝第二戦、カイ＆レイｖｓゼオ＆ゴルドの幕が上がろうとしていた。まずはレイｖｓゴルド。得意のスピードで攻め込むレイ。だが、これまでの戦いを研究していたゴルドはこれを完全に見切っていた。
朱雀をゼオに奪われたカイ。そしてゼオは高らかに言い放つ。仲間など役に立たない、自分のために闘うからこそ僕は強いのだと。その言葉に苛立ち、迷うタカオ。
決勝戦の組み合わせ順はタカオｖｓゴルド、そしてゼオｖｓマックスとなった。始まる第一戦。これまでにない回転力でドラグーンを放つタカオだが…。
放ったベイとケルベロスの力に耐え切れず壊れていくゼオの体。何と彼はザガートが死んだ息子に似せて作ったロボットだった。ザガートは四聖獣の力で彼を人間に生まれ変わらせようとしていたのだ。
世界連覇を成し遂げたタカオは今、「ベイブレード教室」の先生として少年たちと共にバトルを楽しんでいた。その時、自分を日本一と言い、タカオに突然勝負を挑んできた少年がいた。
大地に続いてタカオへ挑戦状を突き付ける疾風のジン。だが大地も勝負を諦めず、3人のバトルロイヤルへ。止めようとレイも割って入り、収拾がつかないところへマックスがニュースを持って来た！
朝も早くから大地の「勝負！」に追い回されるタカオ。キョウジュの誘いでプールに行くが、ここでも大地のおかげで一騒ぎに。
カイの前に姿を見せるジン。挑発とも取れるその行動の意図は…？ 一方、キョウジュもブレーダーとして参加すべくベイの開発に余念がない。
いよいよ始まった予選大会。Aブロックにはタカオとキョウジュ。Bブロックにはカイと大地がエントリーしていた。状況を見守る大転寺会長とジン。予想通りタカオは順調に勝ち上がっていく。
タカオの勝利に沸くAブロックへ姿を現す疾風のジン。そして「ベイはブレーダーの気持ち次第で強くも弱くもなる」と言い残し、去って行く。
世界戦に向けて各地でも試合が進む中、アメリカ地区予選もいよいよ決勝を迎えていた。Aブロックはマックスvsエミリー。そしてBブロックはマイケルvsリック。
日本代表となったタカオたちは、新チームBBAレボリューションとして大会に向けて合宿に入った。だが、何とカイが代表を辞退したことが監督のヒトシから告げられる。
大会会場のあるアメリカについたタカオたち。飛行機の苦手な大地も足が地に付いてようやく一安心だ。しかし、油断した所で何とタカオも大地もベイを盗まれてしまった！
ついに始まった世界大会。集まった精鋭の6チームが一同に揃う。だが、タカオの視線はロシアのネオボーグに移籍したカイに釘付けだった。
カイの件と敗戦のショックでタカオは荒れていた。しかしその原因が自分にあると認められず大地とケンカ別れをして外に飛び出してしまう。
ユーロチームを破り代表となったバルテズソルダ。そこには不明瞭な点も多い。が、練習場へ入った取材からは爽やかな一面が見えるのみだった。
対ネオボーグ戦から外され、怒るタカオ。困惑するキョウジュ。だがヒトシは決定を翻さなかった。再び控え室を飛び出したタカオは、そこで1人の老人と出会う。
気迫を込めてユーリのウルボーグに向かって行くキョウジュのアインシュタイン。予想外の反撃に焦れるユーリ。後ろにはカイがいる。無様な真似は見せられないのだ。
毎夜毎練習に励むライ。しかし度を越えた練習は体調を悪化させていく。そんな時、バイフーズは散歩に出た先でベイを使ったジャグラーの曲芸に出会う。
新ベイ、ドラシエル・グラビティを手に次の試合に臨むマックス。対戦相手は強敵ネオボーグだ。バルテズソルダ戦以来、悪役扱いのPPBオールスターズ。
バルテズソルダに破れ、ユーロ地区代表の座を奪われたラルフ。彼はバルテズの卑劣な手段をタカオたちに伝えた。だがタカオはそれを訴えず、真っ向勝負を決める。
バルテズの作戦に従わなかったミハエルは次の対ネオボーグ戦から外されてしまった。だが、彼はタカオとの戦いで掴み取った思いをメンバーたちに伝える。
未だに連携の取れないPPBオールスターズ。リックはマックスの戦い方を認められず、とうとう1人出て行ってしまった。
カイやレイ、マックスの熱い戦いに触発されて次の試合に闘志を燃やすタカオ。しかしそこには罠が潜んでいた。試合前日の練習で大地と絶妙な連携を見せるタカオ。
チャンピオンという称号に縛られ、その重圧で思うように戦えないタカオ。そんな中でテレビ局の密着取材が始まる。
決勝戦進出への最後の戦いが始まろうとしていた。既に進出が決定しているネオボーグを除けば何と5チームが横並びしているだけにどのチームも負けられない。
カイとレイ。タカオと戦うには互いに譲れない試合が始まる。ユーリとライの先鋒対決はユーリが勝利し、追い詰められるバイフーズ。レイは修行を省みてライたちの思いと共に戦うことを心に決めた。
タカオとマックスの勝負が近づいていた。意気上がるタカオ。だが、大地は何やら機嫌が悪い。皆がタカオに注目しているからというだけではないようだが…。
タカオvsマックス。仲間でありライバルでもある2人の対決が遂に始まる。攻撃型のドラグーンと防御型のドラシエルはその性格ゆえに戦い方はシンプルだ。
決勝戦会場の日本へと戻ったタカオたち。しかし勝ち残った3チームで試合をどう組むかが決まらず、選手たちはしばしの休息を取ることに。
BBAレボリューションvsＦサングレの火蓋が遂に切って落とされた。先手はBBA。ドラグーンGTのパワー、そしてタカオと大地の連携がＦサングレの意表を突く！
Ｆサングレとの戦いに勝利を収めたBBAは次なる試合に向けて意気も上がっていた。が、対するネオボーグは全くの無傷。
激しい戦いの末、力尽き果てた大地とユーリに大転寺会長は正式に引き分けの裁定を下し、第2試合の勝負で優勝を決すると発表する。
ドラグーンとドランザー。タカオとカイの想いを乗せたベイのぶつかり合いは何とスタジアムさえも破壊する。倒れ伏す2人。ここで大転寺会長はこれ以上の危険を憂慮し、両者優勝にしようとする。
世界大会に優勝したタカオたち。しかし雑誌などで取り上げられるのはタカオばかりで大地は面白くない。このままパートナーで終わるつもりのない大地は書置きをすると修行の旅に出た！
ある朝、その事件は突然ニュースで知らされた。何と大転寺会長が辞職し、BBAは新たにプロリーグを立ち上げるための組織へと生まれ変わるというのだ。
かつてロシア代表としてボーグ軍団を率いて聖獣兵器による世界征服を目論んだ男、ヴォルコフ。BBAを乗っ取りBEGAを立ち上げたのはこの男だった。
中国は白虎族の村。そこでは不思議な現象が起きていた。マオやライ、キキ、ガオウたちの前にふわりと姿を現し、そして消えた少年。鳥のように空を舞う彼は？
果たしてBEGAに参加するべきか否か、ヴォルコフを信じていいのか悩むタカオ。それは以前のヴォルコフを知る者に共通する悩みでもあった。
BEGAのブレーダーの１人であるガーランドとユーリの戦いはヴォルコフの周到な手配により瞬時に世間に広まり、公開試合となってしまった。
BEGAに挑戦を突き付けたタカオに対しヴォルコフは5対5のチーム戦で決着を付けようと申し出た。タカオは当然受けて立つ構えだが、カイが敵に回った今、メンバーは4人しかいない。
ヴォルコフがBEGAの秘密兵器と呼ぶ少年、ブルックリン。ヒトシは彼のコーチに付くことに。タカオたちはベイを極限まで酷使したために、キョウジュによる新たなベイの開発を待つ状態だった。
BEGAのID登録作戦によりパーツを入手できないタカオたちは、新ベイの開発に行き詰っていた。そこへ現れる世界大会で戦ったライバルたち。
あまりの扱い難さに新ベイをまともに回すこともままならないタカオたち。一方、ヴォルコフは情報をうまく操作してマスコミにアピールすることでタカオたちを悪役に仕立て挙げる。
まだ完全ではないが、ヘヴィメタルシステムの扱いを習得しつつあるタカオたち。だが今度の対BEGA戦の登録選手は5名でメンバーが足りていない。
激しくブルックリンに仕掛けるカイ。しかしブルックリンはそれをことごとく避け、カイを追い詰めていく。持って生まれた天性の才能はカイのこれまでの努力を容易く上回り、奮戦空しく倒れるカイ。
いよいよ始まった「ジャスティス5」。ミンミンのアイドル然とした所が気に食わない大地は始めから全力で攻め立てる！ が何とミンミンはそれを真っ向から受け止めた。驚くタカオたち。
ジャスティス5第2試合はレイvsモーゼス。妹モニカの手術が行われるのと同じ日に試合とあってモーゼスのテンションは最高に高まっている。
2連敗で後がなくなったGレボリューションズ。次はマックスの番だが防御を主体とするマックスに対し変幻自在の攻撃を持つミステルが有利というのが概ねの予想だ。
BEGAとの勝負は5戦中で既に2敗1引き分けとなり、後がなくなったタカオたちGレボリューションズ。タカオは河原でレイやマックス、大地を相手に特訓を続けていた。
遂に始まる第4試合。余裕のブルックリンはガーランドに試合を任せて、自分は一休みという状態だ。しかし決意の表情で現れたタカオは、改めて第4試合の選手を呼び出す。
生まれ持った才能ゆえに努力することなく全てにおいて頂点を極めるブルックリン。彼の力とはまさにブラックホールのようなものだった。だが、カイは己の全てを掛けて神をも超える領域に挑戦する。
BEGA最後の戦士ガーランド。スポーツの世界をことごとく制覇する彼らの一族、ツェットバルト家には勝つための家訓がある。家の名誉のため戦うというガーランド。
波乱を呼んだジャスティス5は2勝2敗の1引き分けという互角に終わり、決着の第6試合を行うことに。BEGAはブルックリンを選手に選び、再び戦わせようとするが…。
長い戦いに遂に終止符が打たれるその日がやってきた。BBAレボリューションからはタカオが、BEGAからはブルックリンがスタジアムに立った。
天才ゆえに孤独だったブルックリンは真正面からぶつかってくるタカオに対して拒絶反応を見せ、それは強烈な攻撃となってタカオに襲い掛かり、その余波は観客たちにさえ及んでいた。
