12歳のゴンは父と同じハンターになるため、育ての親であるミトさんとのある約束を果たし、ハンター試験の旅へと出た。試験会場へと向かう船で、ゴンは同じハンター志願者のレオリオとクラピカに出会う。彼らはお互いを良く思わず、いざこざが始まってしまい・・・。
試験会場のある街に着いたゴン、レオリオ、クラピカの3人は、船長のアドバイス通り、試験会場への近道を目指す。途中にあるスラム街に入ったところに、3人を老婆たちが待ち構えていた。老婆は3人へ、答えられなければ試験に即失格のクイズを出す。
キリコに連れられて、ついに試験会場の中に入った3人。会場にはすでに多数の受験生たちがひしめいていた。試験のベテランだと語るトンパ、不気味な雰囲気をだすヒソカ、おしゃべりな忍者のハンゾー、そしてスケボーを手にした少年キルア。いよいよ1次試験が始まる。
1次試験は、2次試験会場まで試験官サトツについて行くこと。ゴールの見えない単調なコースに数名の脱落者が出始めていた。クラピカと共に走るレオリオにも余裕がなくなっていたが、ハンターへの執念からなんとかついていく。80キロ地点をこえたところで目の前には階段、さらにはサトツのペースも上がり・・・。
長い地下トンネルを抜けた受験者に待ち受けたのは、霧の濃い湿原地帯だった。見晴らしが良くないことで、様々なモンスターに襲われる受験者たち。ゴンとキルアは前の方へと走っていたが、後ろを走るレオリオとクラピカの目の前では、ヒソカが受験者たちに囲まれていた。
ヒソカとの対峙の後、ゴンたちは2次試験会場に無事たどり着くことができた。2次試験を担当する試験官はメンチとブハラ。彼女たちが出す課題は、料理をつくることだった。美食ハンターのメンチを満足させる料理を作るため奮闘する受験生たち。はたして、メンチを満足させる料理は出てくるのか・・・。
2次試験を無事に終えたゴンたちは3次試験会場へ向かうため飛行船に乗っていた。飛行船の中を探検していたゴンとキルア。二人は探検中にでくわしたネテロとゲーム対決をすることになった。しかも、ネテロが持っている球を奪うという単純なゲームなのに、勝てばハンターの資格をもらえるという。
飛行船がついた先は3次試験会場トリックタワーの屋上、制限時間72時間以内に地上に生きてたどりつけば合格。なんとかタワー内に入ることができたゴン、キルア、クラピカ、レオリオ。しかし、それ以上は5人のメンバーが揃わないと前へ進めないようになっていた。あと1人は誰が来るのか・・・。
４試合中3勝しなければならないゴンたち。2試合目はローソクの火が先に消えると負けの勝負にゴンが挑んだ。しかし、ゴンのローソクには仕掛けがされていた―。続くクラピカは連続殺人犯のマジタニとデスマッチをすることに。勝負を受け入れたクラピカだが、マジタニの背に幻影旅団の証であるクモの刺青を発見し・・・。
ゴンとクラピカが勝利し、２勝１敗になったかと思われたが、マジタニは気絶しているだけでクラピカの勝負は決着がついていないと敵に主張される。とどめを刺さないクラピカに対して焦りから苛立ちを募らせるレオリオ。5人の間に不穏な空気が流れ始め、時間ばかりが過ぎていく・・・。
レオリオが制限時間をチップに行っている賭け勝負。気付けばレオリオの残りチップは10時間になっていた。窮地に立たされたレオリオが選んだ賭け勝負はジャンケン。自信満々のレオリオだったが、まんまと相手の心理作戦に負けてしまう。2勝2敗、後がない状況で勝負の行方はキルアに託された。
50時間の待機時間を5人はそれぞれに過ごしていた。やっと再スタートを切り幾度と無く多数決で難関を切り抜け残り1時間のときに２つの扉の前にたどり着く。一つは5人で行けるが長く困難な道。もう一つは3人しか行けないが短く簡単な道。再び多数決で行く道決めなくてはならない5人が進んだ道とは・・・。
育ての親のミトは、危険なハンター試験を受けに行ったゴンを心配していた。そんなミトに、気が合う受験者との出会いや彼らと難関を突破しているゴンからの手紙が届いた。
第4次試験会場のゼビル島へ向かう受験者たち。そこで行われるのはくじで引いたナンバーの受験生が持っているプレートをとれば3点、自分のプレートが3点、その他のプレートが1点で1週間で6点持っていれば合格の試験が実施される。ゴンが引いたターゲットとは・・・。
ゴンはターゲットであるヒソカを好血蝶を頼りに探し出し、なんとか得意の釣竿でプレートを奪えないかとタイミングを待っていた。一方、レオリオはトンパに騙されて、自分のプレートを奪われてしまうが、クラピカの助けにより取り戻す。お互いがターゲット同士でないとわかったクラピカとレオリオは同盟を結ぶ。
ヒソカに狙われたクラピカとレオリオだったが、交渉により戦うことは回避できた。しかし、殺気がおさまらないヒソカは次なるターゲットを探す。ヒソカがターゲットを襲う瞬間を狙ってゴンは釣竿でヒソカのプレートを奪うことに成功した。しかし、逃げようとした瞬間、他の受験者に襲われプレートを奪われてしまい・・・。
キルアはあとをつけてくるイモリに勝負をしかけ、難なくかたをつけていた。一方ゴンは、レオリオとクラピカの元へ合流。レオリオのターゲット、ポンズのプレートを奪うために作戦を練ることに。3人はポンズを追って怪しい洞窟へたどり着く。単身乗り込んでいったレオリオだったが―。
洞窟の中で毒蛇に囲まれ八方塞のゴンたち。毒蛇の罠をしかけた張本人であるバーボンは既に死んでしまい、解除の仕方もわからない。そんな中、毒蛇にかまれたレオリオの容態は悪化していく―。なんとか、脱出に成功したゴンは無事に試験を突破。次なる試験の前に最終試験受験者はネテロと面接をすることに・・・。
ついに最終試験へと進んだゴンたち。最終試験は勝ったものから抜けていくトーナメント戦だった！相手を殺したら即失格のルールのもと、行われた第一試合はゴン対ハンゾー。ハンゾーに手も足も出ないゴンだが全く降参しようとしない。ついに痺れを切らしたハンゾーは腕を折ると脅したが―。
ハンゾーとの闘いにより腕を折られたゴンは、病室で目覚めたときにサトツからハンター試験の合格を言い渡される。落第者がキルアだと聞かされたゴン。信じられないゴンは、サトツから兄であるイルミと対決したときのキルアの様子を聞き―。
キルアに人殺しを無理矢理させていたのなら許さない――。イルミに対し怒りをぶつけるゴンは、キルアを連れ戻しにククルーマウンテンに行くことを決意する。旅立つゴンたちを見送りながら、サトツは「まだハンター試験は終わっていない」と呟く・・・。
パドキア共和国に到着し、キルアがいるククルーマウンテンへ観光バスで向かうゴン、レオリオ、クラピカ。しかし、城壁のような正門に阻まれてしまう。脇にある守衛の門から入ろうとしても、番犬に食い殺されるという。なんとしてもキルアに会いたいゴンたちは守衛にキルアの友達だと名乗り、取り次いでもらうよう頼み込むが―。
キルアに会うために「試しの門」から中へ入ることを選んだゴンたち。門を開けるため、使用人の部屋で身体を鍛えることとなる。一方そのころ、キルアはゴンたちが自分に会いに来ていることを知る。特訓の成果を発揮し、門を開け中に入ったゴン、レオリオ、クラピカだったが、執事見習いカナリアに行く手を阻まれ―。
キルアを想うカナリアの手助けで、屋敷へ近づけたゴンたち。しかし、キキョウから独房にいるため、キルアには会えないと言い渡される。そのころキルアはシルバに呼ばれ、「友達に会いたいか？」ときかれる。正直に会いたいと告げたキルアは、ゴンたちのもとへ行くことをゆるされ・・・。
カナリアに案内されて、執事室へたどり着いたゴンたち。そこで出会った執事のゴトーから、キルアの友達としてふさわしいかを判断するコインゲームをもちかけられる。ゲームを切り抜けて、無事にキルアとの再会を果たしたゴンは次なる目標にむけて進み始める…。
くじら島にすむミトさんにゴンから手紙が届き・・・。
上階へ行くほど強い人と戦える天空闘技場で修行と小遣い稼ぎを始めることにしたゴンとキルア。1階から一気に50階への入場が許された二人は同年代の少年、ズシに出会う。ズシと対戦したキルアは隙も多いズシが使おうとした不思議な技がイルミと向き合ったときに似ていることを感じ・・・。
ズシの師匠であるウイングから『燃』と呼ばれる存在を知らされるゴンとキルア。しかしキルアはウイングが語った説明に疑問を感じる。その奥に隠された秘密を掴めないまま、試合を繰り返す二人はついに200階クラスに辿り着くが・・・。
200階で待ち構えていたヒソカの『念』の壁を突破するため、ゴンとキルアは無理やりにでも念能力を発動させてくれるようウイングに頼む。選手受付のタイムリミットが迫る中、『念』の基本的な要素「四大行」の一つである『纏』の修行が始まる。
天空闘技場200階クラスでの初戦で、念能力者・ギドと戦うことになったゴン。『纏』を使用して戦うゴンだが、『念』を込めた独楽を自在に操るギドの前に防戦一方となる。「どうすればもっと戦っていられる！？」追い詰められたゴンが取った行動とは・・・。
ゴンが重傷を負ってから1ヵ月後、天空闘技場でヒソカとカストロの試合が行なわれようとしていた。カストロは、過去にヒソカからダウンを奪ったことがあり、今回の試合でも「勝算がないなら戦わない」と自信を見せる。ヒソカもまた不敵な笑みを湛えたまま試合へ臨む。
自分の分身を作り出す念能力で試合を有利に進め、ヒソカの腕を奪うことに成功したカストロ。しかしヒソカは両腕を失ったにも関わらず、余裕の表情を見せる。苛立つカストロにヒソカの反撃が始まる・・・・。
2ヶ月ぶりに念の修行を再開したゴンとキルア。そんな二人の前にギド、サダソ、リールベルトが現れ「自分たちと闘え」と告げる。三人の企みを知るゴンたちは申し出を拒否するが、サダソの態度からキルアはある疑念を抱く。
ギド、リールベルトとの試合を迎えたゴン。ズシを利用されたことへの怒りを内に秘めて試合に挑む。ギドの放つ技を全て受けきるなど終始、圧倒する戦いぶりをみせるゴン。その様子を見つめるヒソカは怪しい笑みを浮かべていた。
念能力の集大成である『発』の習得に向け、更なる修行に励んでいたゴンとキルア。そして、ゴンはハンター試験で受けた借りを返すため、ヒソカに挑む決意をする。「ヒソカの顔面に一発ぶち込んで、プレートを突き返す！！」遂にゴンとヒソカの戦いが幕を開ける・・・。
ヒソカに一撃を加えたゴンは、ハンター試験でヒソカに渡されたプレートをたたき返す。そんなゴンの成長にゾクゾクがとまらないヒソカは自身の念能力を使ってさらなる攻撃にでる。言い知れぬ恐怖を覚えるゴンは、捨て身の特攻をかける！果たして勝負の結末は―。
念能力を身につけ、晴れて本当のハンターになったゴンは、キルアを連れてくじら島へ帰ってきた。そこで、ミトからある箱を渡される。それはジンが「ゴンがハンターになったときに渡すように」と託したものだった。しかし、箱はどれだけ力を入れても開かない・・・。
ジンが残した箱を開けたゴンは中に入っていたカセットテープを聴くことに。そこに残されたジンの声。しかし、テープを止めると中身は上書きされて消されてしまった！ジンを探す手がかりは箱に残っている指輪とゲームのロムカードだけになり・・・。
幻影旅団・・・。それはクラピカにとって憎悪の対象。5年前のあの日、親類、友人、そして『緋の目』・・・旅団は全てを奪っていった。奪われた同胞の『目』を取り返し、旅団を地獄へと叩き落す。クラピカの戦いの幕が上がる・・・！！！
人体収集家の館を訪れていたクラピカたち5人は、武装した謎の集団に襲われる。襲撃者を撃退しつつ、冷静に周囲の状況を探るクラピカの目は、不審な行動を取る一人の人物を捉えていた・・・。一方、ゴンたちもジンが残したゲーム『グリードアイランド』の手がかりを求め、ヨークシンシティへ向かっていた。
世界最大のオークションが開催される巨大都市・ヨークシンシティ。幻影旅団・団長のクロロの招集を受けて、旅団メンバー全員がこの都市へ集結する。クロロから告げられる今回の目的とは？オークションを目前に控え、殺戮の盗賊集団が動き出す！！
ついにオークション初日を迎える。『グリードアイランド』落札のための軍資金集めに奔走するゴン、キルア、レオリオ。オークション会場の監視任務にあたるクラピカ。そしてオークション会場へ忍び寄る幻影旅団(クモ)。今、それぞれの運命がヨークシンシティで交差する！！
幻影旅団が、マフィアの取り仕切る地下競売場を襲撃する。競売場は完全に制圧され、競売品はおろか、参加者までもが消えてしまう。マフィアは襲撃者に懸賞金を懸け、追跡を開始。警備についていたクラピカも襲撃者の捕獲へ向かう。そして、クラピカと幻影旅団の運命の出会いは目前に迫っていた・・・。
マフィアの切り札である陰獣が、ウボォーギン達の殲滅に乗り出した。しかしウボォーギンはひとりで陰獣を次々に倒していく。その戦闘の中、ウボォーギンの背中にクモの刺青が！遂に見つけた幻影旅団メンバーにクラピカは戦闘に向かおうと決意する・・・。
ついに幻影旅団メンバーのひとり、ウボォーギンを捕らえたクラピカ。拘束されているにも関わらず横柄な態度のウボォーギンにクラピカの憎悪は膨らんでいく。そこにヒソカから一通のメールがクラピカに届き・・・。
仲間の助けで逃げ出したウボォーギン。しかし、プライドを傷つけられた怒りからクラピカを倒すため居場所を探し始めた。居場所が幻影旅団にばれていることを掴んだクラピカは、ボスを安全なところに避難させたのち、自分は幻影旅団をひとり待ち受けることに・・・。
同胞のクルタ族を壊滅させた幻影旅団のひとり、ウボォーギンと対面したクラピカ。クルタ族のことを何一つ記憶にないというウボォーギンの態度にクラピカの怒りはどんどん増していく。そして、いよいよクラピカとウボォーギンの一騎打ちが幕を開けた・・・。
G.I.獲得にむけて、資金集めに奔走しているゴン、キルア、レオリオ。そんな時、骨董市で値打ちのある品を見極める方法を見つけたゴン。値打ち品を安く買って高く買ってもらうことを思いつくが、見つける品すべてに同じ名前の先客が・・・。
旅団にかかった懸賞金で資金を一気に集めようとしているゴンたち。そんなときウボォーギンが帰ってこないことを不審に思い、「鎖野郎」を探しにマチとノブナガが人混みに姿をあらわした。旅団の情報を聞きつけ、気付かれないように尾行していたゴンとキルアだったが・・・。
幻影旅団に捕まったゴンとキルア。旅団が探す「鎖野郎」について尋問されるが、鎖野郎がクラピカだと知らない二人は知らないと答え、解放してもらえるかに見えた。しかし、ノブナガが二人を気に入り旅団への入団を団長にすすめるために二人を拘束。出口のふさがれた部屋から逃げることはできるのか！？
クラピカは旅団抹殺のためにマフィアによって結成された殺し屋チームに召集された。一方、クラピカがいなくなったノストラードの護衛団はネオンのお守りの真っ最中。しかし少し目を離した隙にネオンはオークション参加のため逃げ出してしまう。ネオンに接触したのはなんと、旅団の団長クロロだった・・・。
仲間の敵討ちのために、オークション会場のあるビルに乗り込んできた幻影旅団。十老頭が召集した殺し屋たちも、団長クロロに次々と倒されていく。会場内が騒然とする中、伝説の暗殺一家・ゾルディック家のゼノとシルバが旅団抹殺へ行動を開始する。
幻影旅団のリーダーが死んだ・・・。突如として舞い込んだ情報に驚愕するクラピカ。どうしても信じられず、自らの目で確かめようと現場へと向かう・・・。一方、予定通りにオークションが開催された会場には、死んだはずの団員たちの姿が！？
久しぶりに揃ったゴン、キルア、クラピカ、レオリオの4人。これまでの経緯と、自身の念能力の特殊性について語るクラピカ。それをきいたキルアは、旅団の生き残りに記憶を読む女がいることを思い出し、クラピカに危険が迫ることを恐れる。一方、クロロはネオンから盗んだ能力で団員たちの未来を占っていた―。
クロロの占いによって、団員から裏切りの疑いを掛けられるヒソカ。クロロと闘いたいが故に、占いの改竄という危険な賭けに出たヒソカの思惑にクロロは・・・？また、旅団が生きていることを知ったクラピカはゴンたちと協力し、パクノダを捕らえるための作戦を実行に移す。
クロロはネオンの素性から鎖野郎・クラピカの居場所を見つけ出そうとしていた。一方、幻影旅団のアジトを見張っていたキルアは、センリツと合流し、旅団がクラピカのホテルに向かっていることに気づく。ついにクラピカを追う旅団と旅団を追うクラピカたちの運命の糸が交わろうとしていた・・・・。
ついにウボォーギンを倒したのがクラピカだと幻影旅団にばれた。旅団に捕まったゴンとキルアがクラピカの仲間とわかるのも時間の問題か？！クロロはゴンらを連れて、ホテルのロビーでパクノダらと落ち合う。そこに突然の停電。暗闇に乗じて逃走を図るゴンとキルア。しかし気づくとクロロの姿が消えていて・・・。
クロロを捕まえたクラピカ。クラピカはゴンとキルアの解放を条件にパクノダに取引を持ちかける。旅団の団長を目の前に終始動揺が隠せないクラピカ。クラピカのとった報復とは・・・。ついに旅団との戦いに幕がひかれようとしていた。
いよいよジンの手掛かりであるゲームソフト、G.I.のオークションが開始される。ゴンとキルアはG.I.を競り落とした人にプレイヤーとして雇ってもらおうとするが、二人の念能力では無理だと一蹴される。プレイヤー選考に合格するため、二人はそれぞれ必殺技の特訓をすることに・・・。
ゴンとキルアはG.I.プレイヤー選考会にいよいよ挑戦する。審査を担当するツェズゲラから提示された合格の条件はただ一つ「練を見せる」こと。合格できる者は200人中32名という狭き門だが、ゴンとキルアはくぐり抜けることができるのか！？
ジンが残した手掛かりであるG.I.の世界へ足を踏み入れたゴンとキルアだったが、そこにあったのはメッセージだけだった。ゲームを楽しむことにしたゴンたちは情報収集のため近くの街へ向かう。そこでゲームのクリアをめざす集団に仲間にならないかと誘われるが・・・。
少数民族クルタ族は凶暴な盗賊集団「幻影旅団（クモ）」に襲撃され、ただ一人生き残ったのがクラピカだった。クラピカは旅団に奪われた「緋の眼」を奪還すべく旅していたが、クラピカ自身の緋の眼を奪われてしまう。ゴン＝フリークス、キルア＝ゾルディック、レオリオの助けで命拾いしたクラピカだったが、そんな中、4人の前に幻影旅団（クモ）が待ち構える。
スペルカードを求めて魔法都市・マサドラへと向かうことにしたゴンとキルア。その道中、様々な怪物がゴンたちの前に現れる。やっかいな怪物たちに苦戦し、なかなか先には進めない。その戦う二人の姿を興味深そうにじっと見つめる少女・ビスケの姿があった。ビスケのねらいとは・・・。
ゴンとキルアの師匠を買ってでたビスケ。最初に二人に与えた試練は、賞金首ハンター、ビノールトを2週間で倒すことだった！相手はダメージを受けているとはいえ、自身も賞金首がかかっているほどの凄腕。二人はどうするのか！？
ビスケの指導のもと、着実に念能力を向上していくゴンとキルア。最初は捕まえられなかったモンスターたちも捕まえられるように！二人が修行に明け暮れるころ、手を組んでゲームクリアを目指していた者たちの前にボマーが現れていた・・・。
ビスケからジャンケンの話を聞いたゴンは、ジャンケンになぞらえて強化系、放出系、変化系の必殺技を習得するために修行を続けていた。一方、キルアはハンター試験を受けるために一度ゲームを離れ、現実世界に戻った。そんなとき、ゴンとビスケはボマーの実態について知る・・・。
２度目のハンター試験を難なくクリアしてハンターになったキルアがゲームに戻ってきた。ゴン、キルア、ビスケの３人が再び集まり、本格的にゲーム攻略を目指すことに！順調にカードを集めていく３人。一方、クリアを目前にしたプレイヤーたちが攻略へ向けて策をめぐらしていた。
ツェズゲラ組を騙してついに96種の指定ポケットカードを手に入れたゲンスルー組。ゲンスルーをクリアさせないために、共同戦線をはることを持ちかけられたゴンとキルア。早速、ゲンスルーが持っていないカード・一坪の海岸線を独占すべくソウフラビへ向かった！
一坪の海岸線を入手する条件は街にいる15人の海賊を追い出すこと。早速、ボスであるレイザーと接触を試みたゴンたちだったが、相手の強さに圧倒される。再び対決を挑むため、より強い仲間を求めて、「クロロ」を名乗る人物と接触することに・・・。
ヒソカとゴレイヌと一緒にレイザーに再チャレンジすることにしたゴンたちは、残りの仲間にツェズゲラ組を引き込むことに。事前に対策をとっていた種目を次々に勝利していくも、最後に待ち受けていたのはレイザーとのドッジボール対決だった！
レイザーの投げたボールを受けきれず、外野に出ることになったゴン。バックを宣言し内野に戻るも、ヒソカも負傷し劣勢の戦いに思われた。しかし、ゴンはレイザーを負かす秘策を思いつく。それはキルアと協力しあう作戦で・・・。
本気を出したレイザーのボールを受け止めるためゴン、キルアそしてヒソカ。3人で真っ向から立ち向かう。そして遂に受け止めきったボールに全力の念を込めて渾身の一発をレイザーに向けて繰り出すゴン。いよいよドッチボール対決の決着がつく！
ゲームクリアするにはゲンスルーとの直接対決は避けられない。ツェズゲラの提案で3週間ゲンスルーの気を引く間、ゴンたちは特訓をすることに。そしてゲンスルー足止めのために一旦ゲーム外に出たツェズゲラだったが、バッテラから予期せぬことを告げられる・・・。
ゲームに戻ってこないツェズゲラたち。ゲンスルーの矛先はついにゴンたちに向かってきた！ゴンはゲンスルーと、キルアはサブと、ビスケはバラと一対一で戦うことに。ビスケの真の姿とは！？キルアの作戦はうまくいくのか？そして、ゴンはゲンスルーに勝てるのか・・・。
ゲンスルーは圧倒的な力の差を見せつける。しかし一歩も引かず立ち向かうゴンに遂に本気を出しリトルフラワーでの攻撃を開始。ボロボロに傷つくゴン。ゴンに勝機はあるのか？そして、キルアたちとした特訓の成果とは・・・。
遂にゲンスルーを倒し、指定ポケットを99枚集めたゴンたち。最後のイベントであるプレイヤー全員でのクイズ大会に参加することに。見事優勝したゴンは、「支配者からの招待」をゲット！！招待された城で、出会った人は…？
ゲームから持ち帰ったカードを使って、ジンと思われる「ニッグ」の元へ向かったゴンとキルア。しかし、そこにいたのはジンではない別の男。しかもついた途端、男に突き飛ばされ、怒鳴られるゴンたち。しかしゴンはこの怒られる感じに覚えがあり・・・。
ゴンとキルアは、カイトたちが行っているキメラアントの生物調査に参加することに。キメラアントは食べた生き物の特徴を引き継いだ子孫を残す危険な生き物。カイトの不安が高まる中、キメラアントはついに人間を捕食し始めようとしていた。
カイトはキメラアントの腕が発見された場所とそのときの海流情報から、腕の持ち主の居場所をつきとめた。そこは一切の機械文明を遮断した国で、情報が出てこない閉鎖的な場所だった。一方その頃、キメラアントたちはさらに進化をとげようとしていた。
厳重な入国審査をパスし、キメラアントがいると思われるNGLに入国したゴンたち。しかし既に10組のハンターがNGLに訪れているという。そのころ、名前を得て、個性を持ったキメラアントはそれぞれの意思で人間を襲い始めていた。
ポックルとポンズはキメラアントの排除をハンター協会に伝えようとポンズの蜂に手紙を託す。一方、キメラアントはＮＧＬの裏組織として麻薬や銃の密輸をしていた支配者ジャイロを襲撃し、武器を手に入れていた・・・。事態が悪化していく中、ポンズの手紙はゴンたちの手元に届けられた。
ゴン、キルア、カイトは襲撃された跡のある村を見つける。そこでゴンたちは初めてキメラアントと遭遇する。スピードも力もあるキメラアントに動揺するゴンとキルア。しかし、カイトからは倒せないようなら帰れと言われてしまい・・・。
好戦的な蟻がＮＧＬの裏組織にいた悪人を捕食したことで、更に凶悪さを増したキメラアント。非道な行動に目を背けるゴンを、カイトは一喝する。そして先へ進むために、決死のバトルが始まる！一方、遂に念能力を身につけたキメラアントが誕生しようとしていた・・・。
キメラアント討伐にハンター協会も動き始めた。その頃、ゴンたちは“レアモノ”を食べたいキメラアントたちに狙われていた。兵隊長クラスの蟻とタイマンをはることになった3人は次々に敵を倒していく。実戦を重ね強さを増していくゴンとキルアを前に、カイトは正体のわからない嫌な予感がしていた・・・。
レアモノを狙うハギャは、ゴン、キルア、カイトを襲撃するため部隊を差し向ける。森の木々に囲まれ思うように戦えないゴンたちに、キメラアントが次々に襲いかかる。一方、その頃女王の城ではついに女王直属の護衛団のひとりが生まれようとしていた・・・。
カイト・ゴン・キルアは、前方を行くハギャ達の念を捉えて追い、キメラアントの巣である女王の城に向かって森の中を進んでいた。しかし、城を目前にしたその時、３人の目前に女王直属の護衛団・ピトーが現れる。圧倒的なスピードで追い詰められたカイト。そしてゴンたちがとった行動とは・・・。
自ら囮となったカイト。その無事を信じ強くなりカイト救出を誓うゴンとキルア。 しかしＮＧＬに戻るには、討伐隊を率いるネテロ会長から出された「刺客２人を倒し割符奪う」という条件をクリアしなければならなかった。条件をのむ決意したゴンとキルアは、駅の待合室の掲示板の前に立っていた。しかし突如、背後におぞましいオーラを感じ…
割符を奪うための特訓に入ったゴンとキルア。特訓が終わり、疲れきったゴンたちにビスケはこれからナックルと決闘しにいくと言い出す。勝つ自信も持てないままナックルのところへ行くゴンたち。いかつい容姿のナックルに圧倒されるゴンたちは勝つことができるのか。
ナックルとの戦いで疲れ果てたゴンとキルアを襲おうとしていた２人目の刺客、シュート。しかし彼は襲いもせずに冷や汗をかき震えていた。基礎能力向上修行の進捗に不安を抱くパームに、必ず勝つと誓いをたてるゴン。その頃、女王の居城では胎児の王はさらに大きく成長をつづけ、その血管は不気味に脈打っていた…
ついにゴンとナックルは本気で対峙する。しかしナックルはゴンの必殺技・ジャジャン拳に弱点があると指摘した。弱点を狙うようにナックルの攻撃が繰り出される。反撃の余地もないゴン・・・。真っ向から手に念を集めてジャジャン拳の体勢をとるが。
ゴンとキルアは、いよいよナックル、シュートとの決戦に臨んでいた。 キルアはシュートと、そしてゴンはナックルと向かい合う。俊敏なナックルをオーラで感じとる事に成功したと思ったその時、ゴンの左腕の陰からポットクリンが現れた！一方キルアは、シュートの攻撃に戸惑い焦り、苦戦していた。
女王の居城では、ついにその時を迎え、王が誕生した。「これが……王……!!」その禍々しいオーラは従うキメラアントたちでさえも凍りつくものだった。ピトー、プフ、ユピーの護衛団三人は床に片膝を突き恭しく迎えるが、同時にそれはかつての主・女王を必要なきものと見限ったのであった。
白旗を掲げ降伏を申し出たコルトの願いは、瀕死の女王を助けて欲しいというものだった。それを聞き入れたモラウは、すぐキメラアントの研究チームを女王の居城に派遣する。そして城の奥でナックル、シュートは異様な光景を目にする・・・。
王が動き出した。独裁国家である東ゴルドー共和国に侵入した王は念能力者のオーラを食する事によって、力を増幅させた。瞬く間に東ゴルドー共和国の宮殿を占領した王・メルエム。一方、ナックルとシュートに敗れたゴンとキルアはパームの待つ宿に帰ってくる。パームをNGLに連れて行く約束を守れなかったゴンとキルアにパームは怒りを露にする…。
ゴンがパームとデートをする中、背後を尾けていたキルアは森の中でラモットと遭遇する。念能力が使えないゴンに戦闘をさせるわけにはいかない。キルアは一人でラモットと戦う決心をする。しかし、幼い頃から勝てない戦いはするなと教育をされてきたキルアに兄・イルミの声が頭の中から離れない。「逃・ゲ・ロ…。」
ヂートゥと対戦するナックルとモラウ。キメラアントと人間との身体能力の差は歴然。余裕をかますヂートゥの攻撃のスピードに翻弄されているかに見えた。だが、ナックルとモラウには勝算がある。「知恵と経験かね」とナックルがニタリと笑いつぶやくと、モラウの口から吐かれた白い煙に二人と一匹が包まれる…。
流星街。幻影旅団の故郷。そこにカルト、フェイタン、シャルナーク、フィンクス、シズク、ボノレノフの旅団員たちがいた。キメラアントが流星街にも侵入した情報を聞きつけての帰郷。街で彼らは異形の遺体を目にする。それは流星街のゴミの山の中にそびえ立つ巣を作り、君臨するザザンの仕業だった・・・。
幻影旅団の故郷・流星街に巣を築き上げたキメラアント、ザザン。幻影旅団のメンバーはザザンを倒すべく巣の中へ・・・。四方バラバラに分かれて行動を始める旅団。するとそれぞれの前にザザンの部下たちが立ちはだかる。旅団同士も完全に知らない旅団メンバーそれぞれの能力が明らかになっていく中、旅団はキメラアントを殲滅する事が出来るのか。
ゴンとキルアは“選別”という名の下に行われようとしている“虐殺”を阻止すべく、東ゴルドー共和国へ侵入する。とある村にたどり着き、辺りの様子を伺うも、そこに人の気配はない。しかし、床や壁には僅かに残った血痕があった。血痕をたどり家の外に出ると、野犬に掘り返された遺体があった。「国民大会の真の目的はこれだ。」キルアがそうつぶやく。キルアが気づいた真の目的とは・・・。
“選別”を阻止する為、キルアと別行動を取る事にしたゴンの前に新たなキメラアントが登場する。フクロウ男とコウモリ女。共に闇を狩り場とする夜のハンターだ。コウモリの大きな羽音に相反してフクロウの静かな羽音の攻撃にゴンは翻弄される。ゴンの超人的な対応能力によって、空振りする攻撃も精度を上げていく。このままでは埒が明かないとゴンは念を高め、「最初はグー！」と身構える。だが…。
ヂートゥを待ち伏せしていたナックルとシュート。ヂートゥが接近してきたかと思ったら、直前で進む方向を変更して二人の前から消え去ってしまった。「何故、待ち伏せがバレた！？…まさか！」ハッとした二人は何者かの存在に気がつく…。一方、キルアとゴンもまた尾行されている気配を感じていた。そしてついにゴンの前に尾行していたキメラアントが姿を現す・・・。
ゴンと別行動をしていたキルアに襲いかかる刺客がいた。タコ型のキメラアント・イカルゴである。イカルゴの能力は人間を宿主とし、足を変形させて作るエアガンからノミの弾丸を打つ事であるが、宿主を見つける前にキルアに捕獲されてしまう。仲間の能力を教えればイカルゴの命は保障すると交渉を持ちかけるキルアに対して、イカルゴは「仲間は売れない」とキルアの掴んでいた自らの銃口を折り、湖に身を投げる…。
仲間を裏切り、敵であったはずのキルアを救出したイカルゴ。その頃、ゴンもメレオロンというキメラアントと心を通じ合わせようとしていた。メレオロンは自らの能力をゴンに説明した。念能力者にとって自らの能力を明かすことは、リスクを負
選別までの間、王は暇を持て余していた。将棋、囲碁の名人を呼びつけては次々に勝利をしていく王・メルエム。戦闘能力だけではなく、知能においても人間以上の潜在能力を持つ絶対的存在。次に王が呼んだのは東ゴルドー共和国の国技でもある「軍儀」と呼ばれる盤上競技の世界王者・盲目の少女コムギ。杖をつきながら王の前に座った彼女は、対局が始まると目を見開き、盤を見つめた…。
ハンター・ノヴは、宮殿に向かって突き進んでいた。キメラアントのレオルとフラッタはノヴの能力を見定めようと監視しながら追跡するがノブの姿を見失ってしまう。また、ヂートゥの念能力に阻まれていたモラウがいよいよ反撃に出ようとしていた。キメラアントとハンターの攻防が続く中、宮殿では長時間にわたって「軍儀」を対戦する王とコムギがいた。一定のリズムをくずさないコムギに苦戦を強いられる王。しかし、徐々に王も要領を得て来た頃、コムギの手が止まる…。
つかみ所のない軍儀世界王者コムギという少女の出会いによって、王は苛立っていた。しかし、一方では其れを楽しんでいる。対局が再開し、王はコムギに賭けを提案する。コムギが勝てばコムギの望むものを。コムギが負ければ王はコムギの左腕を差し出すように要求をした。欲望と恐怖を与えて動揺を誘う王に対して、コムギはいつも対局の際に賭けているものではどうかと提案する。コムギがいつも賭けているもの。それは「命」だった…
王とコムギの対局が続く一方、ノヴは宮殿への侵入に成功した。他のハンターの侵入経路を確保する為の四次元マンションの入口の設置のためである。キメラアントの兵隊に見つかりながらも、極度の緊張状態の中、入口を作りながら徐々に玉座に近づいていく。中央の階段に迫り、二階にも四次元マンションの入口を作りたいと考えていたノヴ。しかし、中央階段まで来たノヴは階上からの不気味なオーラに身動きが取れなくなってしまう。「行けば…確実に…殺される…」
ライオン型のキメラアントのレオルに追われていたモラウは地下の教会で一騎打ちをする。レオルは念能力を発動し、巨大な高波とサーフボードを繰り出した。大きな波がモラウを襲う。レオルの乗ったボードがモラウに迫る。ボードで横一文字に切られ、傷口から血が吹き出る。「どーだ！オレ様のボードの切れ味は！？」レオルがモラウを挑発するとモラウの表情が変わる。「オメーの能力じゃねえだろ。そいつはオレのダチの能力だ。」怒りの表情でモラウの逆襲が始まる。
選別の開始まであと三日。新たな仲間を得たゴン達が突入作戦への準備を進めている中、軍儀を続けている王メルエルとコムギ。宮殿内では傷の治療を終えた王が軍儀を打ち続けていた。コムギは既に疲労困憊であった。王の側近シャウアプフは疲れきったコムギを見て、コムギの敗北も時間がかからないだろうと読んでいた。しかし、そんなコムギの表情を見た王は休憩を提案する。先の休憩の後は一切休まないという王自身の言葉を撤回したのだ。コムギと言う少女との出会いが少しずつ王を変化させていった。
選別開始まで残り一日。ゴン、キルア、イカルゴの三名が今夜行われる作戦の確認をしている。ありとあらゆるパターンをシュミレーションする必要がある。一方ペイジン市内では、突如けたたましいサイレンの音が響き渡る。「これより宮殿への移動を開始する。」というアナウンスが流れる。いよいよ選別開始の準備がなされようとしていた。少なくともかかっている５００万人の命。ハンターチームの討伐軍は王を…キメラアントを倒す事が出来るのか…。
宮殿の前で行進をする大群衆。選別が始まろうとしていた。一方宮殿内では、オオカミ型のキメラアント・ウェルフィンが何者かが宮殿に侵入していたことに気づいた。またビゼフ長官もパームが姿を消したことに気づき、宮殿内を探していた。ウェルフィンは鋭い嗅覚で侵入者の追跡を試みる。その中、ゴンたちもいよいよ行動を開始しようとしていた。
ゴンとキルア、クラピカ、レオリオは、戦いの祭典「バトルオリンピア」が開催される天空闘技場を訪れていた。多くのハンター。要人たちが詰め掛ける会場を、武装集団が襲撃！要人警護のSPたちを次々と倒す男たちの正体は、数十年前に葬られたはずの《影》！！ 《影》の目的は、ネテロに葬られた仲間たちの復讐、そして《影》を切り捨てたハンター協会への復讐だった……。「全てのハンターに死を！」宣戦布告をしたのは、かつてネテロと共にハンター協会を支えていた、《影》の隊長“ジェド”。ジェドは、“怨”能力でネテロを拘束。天空闘技場は《影》によって完全封鎖された。ゴンは“怨”能力者・ジェドに打ち勝ち、ネテロを救う事が出来るのか？“ハンター協会の闇”が、本作で明らかになる！！
「突入一分前」。四次元マンションの内部で集結するゴン、キルア、ナックル、シュート、メレオロンの面々。モラウが激を入れる。「いくぞお前ら…」その二分前…東ゴルドー共和国のはるか上空から二つの光が落下していた。その存在に誰よりも早く気づいたのはネフェルピトーだった。「何かが来る…」その数秒後に予感が確信に変わる。「敵！」上空の雲間から巨大な龍が舞い降りてきた。いよいよヒト対キメラアントの決戦が始まる。
突然のゼノとネテロの攻撃により混乱する宮殿内。ゴン、キルア、シュートは王のいる部屋の下の階段で、王の元への侵入を阻止するユピーと遭遇する。そして、王の安否が気になるピトーとプフは早急に王の元へ向かった。王の元にたどりついたピトーが見た光景に、ピトーは目から涙を流す。王の身に一体何が・・・。
宮殿に突入したゴン達は異形と化したユピーの一撃により分断された。モラウの念の煙に包まれるユピー。煙によってユピーをかく乱し、モラウはシュートとナックルにすべてを託し、王の元を目指して進んでいった。一方、ゴンとキルアもそれぞれ単独で行動を開始した。
シャウアプフはモラウ。モントゥトゥユピーはシュートとナックル。それぞれがそれぞれの場所で戦闘を開始していた。そして、王もネテロ、ゼノと対峙。ゼノは巨大な龍のオーラを練りだす。王に向けて放たれたゼノの念オーラ「ドラゴンヘッド」。王はゼノのドラゴンヘッドに背を向けたまま避けようともしない。果たして王の真意とは…。いよいよ王とネテロの死闘が始まろうとしていた。
宮殿の地下でイカルゴはパームを救出するべく、独り奮闘していた。その一方で、ナックルはメレオロンのパーフェクトプランによって完全に消していた姿をユピーの前に表し、ユピーと全面対決にでた。メレオロンもほかの仲間を助けるために行動にでる。そのころ、頭のきれるウェルフィンはイカルゴの扮するフラッタに疑問を抱き、またかすかに臭うメレオロンの匂いにも気づき、追跡を開始していた。
「中の事はお前等で判断せい。」意味深にゼノがキルアとゴンに言った言葉の意味が明らかになる。カイトのカタキであるネフェルピトーのいる塔の奥へと進んだゴンとキルア。すると、ピトーの能力「ドクターブライス」が発動していた。ドクターブライスの触手が伸びる先は床に横たわった瀕死のコムギであった。ピトーを見つけたゴンはけたたましいオーラを漂わす。そばにいたキルアはピトーとゴンの気配に違和感を感じていた。それはピトーから敵意を感じないこと。そしてピトーはゴンに懇願する…。「なんでも、なんでも言うことを聞くから！」ピトーの思いとは…。
宮殿を後にしていたゼノをヂートゥが引き止める。新しい能力を手に入れ、ゼノに対して繰り出す気でいる。「後ろに気をつけた方がいい」ゼノがヂートゥにそう言った次の瞬間、何者かがヂートゥの背後から襲いかかる。一方で、瀕死のシュートを抱え、ユピーから逃げようとするナックルだったが、親友・シュートのためにユピーに一発殴らないと気が済まないとユピーに再度対峙する決意をする。またユピーもなかなか勝敗のつかない戦いに苛立ちを隠せないでいた。そしてユピーがとった更なる攻撃が始まろうとしていた。
ユピーは、「時間です。利息がつきます。」といくら攻撃を当てても離れないナックルの能力”ポットクリン”の存在に苛立ち暴れているように見せるため偽りの気炎をあげていた。。そんな中、変装したイカルゴはパームを救出しようと王宮の中を探しまわっている。と、何かに気づくイカルゴ。壁にオーラによって光る文字が記されていた。その文字は”凝”によって読み取る事が出来る。イカルゴがその文字を読み取る。「宮殿へ…決行時まで連絡無き場合……亡き者として行動されたし…」
ユピーが討伐軍の能力に対し、畏敬の念を持って認め始めていた頃、プロヴーダの砲撃を受けて粉々にされたトラックの下に隠れているイカルゴがいた。パーム救出のため宮殿に侵入していたイカルゴはプロヴーダが乗り込んだエレベーターが上に行かないのを見ると好機と太い眉を上げた。「エレベーターを起動させるには暗証番号が必要。暗証番号を知らないものが乗り込むとドアはロックされ、催眠ガスが流れ込む。」「眠ったプロヴーダを始末する」と脳内シミュレーションを終えたイカルゴ…そして「暗証番号（コードナンバー）を入力してください」エレベーターのアナウンスが流れるが…
顔を強ばらせたナックルが立ち尽くしている。瀕死であったシュートが居なくなっていた。そんな頃、プフのサナギの前に悩み続けていたモラウが遂に行動に出ようとしていた。巨大キセルを肩に担ぎ、ネジを巻くようにググッと体を捻る…そして視線の先にあるサナギを破壊した。その中には読み通りプフはいなかった…。プフは玉座の間の外、ドーム状の屋根の上に立っていた。「くっ、くっ…」と不気味に笑い出すプフ。モラウはプフの異様な気配を感じていた。
傷ついたコムギを、自身の能力『ドクターブライス』で治療するネフェルピトー。そのそばで、じっと治療の終了を待つゴンがいる。背後でその光景を見ていたシャウアプフは、その雰囲気にただならぬものを感じていた。一方、中央塔の付近では、怒りをコントロールすることで肉体を次々に変異させたモントゥトゥユピーがいた。ユピーが念能力の使用が不可能になるまであと３分５０秒。ユピーはモラウが最後の力を振り絞って作ったナックルの化身に対して狂ったように歓喜をあげ、「オレをもっと怒らせろ！」と嬉しそうに攻撃をはなつ。戦いはついに最終局面を迎える。
決戦の地へと、ゼノの能力・ドラゴンヘッドが星の瞬く夜空を飛んでいる。龍の腕には王・メルエム、龍の胴体にはネテロ。到着した荒野でネテロと向き合う王は「なぜ戦う？」と問う。王はコムギとの出会いを通し、人間にも”生かすに足る人間”がいる事を知り、ネテロもそれに該当すると考えたのだ。矛を収めるのであれば許すとの王の提案に、聞けない相談と念をまとい構えるネテロ。遂に王と会長の闘いが始まろうとしている。
王とネテロ会長の真の闘いが始まろうとしていたその頃、ブロヴーダにとどめを刺せなかったイカルゴが宮殿地下のモニター室でコンソールに突っ伏し、涙で顔を濡らしながら悔しげに泣き続けていた。しかしイカルゴは、パームを探すという使命を思い出し、自身に気合を入れ顔を上げる。だが、その目に飛び込んできたモニター映像は、イカルゴを困惑させるものだった。閉まっているはずの防火壁が上がり、扉も開放されている…。そして突如、背後から「動くな」の声。ミサイルマンの能力を発動させ、構えるウェルフィンだった。
宮殿内の部屋で充電が完了したキルアは、目にも止まらぬ速さでゴンのもとへと走り出すが、何者かの気配を感じ立ち止まった。覚えのある気配を纏い、静まりきった廊下でキルアに歩き近づいて来たのは、無表情で長髪細身の女…パーム。しかし面影を残しながらも以前のパームではない事が明白なその姿は護衛軍に捕まったことが明らかであり、キルアの神経を激しく波立たせる。もしパームの心までも完全に変えられていたら、ゴンは壊れるかもしれないと確信したキルアは、自身が確かめるしかないと決意、パームの正面に立ちはだかる。
王の下（もと）へ急ぐシャウアプフとモントゥトゥユピー。その頃、宮殿２階の部屋では、座って待つゴンの前で、ネフェルピトーがドクターブライスでコムギの治療を続けていた。また、後方でそれを見るプフの背後には、メレオロンの制止を振り切ってプフとの直接対決に臨もうとしているナックルの姿があった。しかしプフは、ここにいるのは分身であり、本体は王の元に向かっているとナックルに告げる。プフは何故その事実を先にナックルに伝えたのか。…緊迫した心理戦が行われる。しかしそのような中でも、ゴンの視線はピトーにだけ向けられていた。 一方、兵器実験場の岩山では王・メルエムは王自身の名を知るというネテロに驚く。そしてネテロは「負けを認めさすことができれば」それを教えるというが・・
激しく強烈な連打を放ち続けるネテロの奥義”百式観音”は、その巨大な手で王を地面に叩き飛ばし、虫を殺すが如く王を叩き潰す。しかし王自身はまったくの無傷。連続する百式観音の攻撃から飛び出した王がネテロに反撃を仕掛けるが、ネテロも王の攻撃をかわすハイレベルな戦闘が続いている。王との戦いに悦びを感じるネテロ。それは王も同様だった。王は攻撃をかわし、仕掛けながらもひたすらに考え、感じていた。ネテロに対しての惜しみなき賞讃を…。
「メルエム……それがお主の名だ」。迫る王にネテロは遂に名を告げる。そして次の瞬間、白い光がすべてを飲み込んだ。胸に仕込んであったミニチュアローズと呼ばれる抜群の殺傷能力をもつ爆弾を、ネテロは自らの心臓を止めることで起動させた。全てを終わらせるためにネテロは自爆した。人と蟻はどこが違うのか。今となっては確かめようもない。兵器実験場に向かっていたプフとユピーは瞬時に事態を理解し、爆煙に向かって全速力で向かってゆく。
王・メルエムの変わり果てた姿を見たプフとユピー。この世の終わりを嘆くが如く悲しみに満ちた声がただ響き渡る。涙に顔を濡らし、絶望に苛まれる二匹。が、王はまだ死んではいなかった。プフは瞬時に王を救う方法を思いつく。「私を召し上がっていただく」。王の命を救うため自らの身を捧げるプフの表情は、絶望の涙から王をいやせる歓喜の涙に変わった。そして…
蘇った王は自らをメルエムと名乗るものの、その記憶の一部は失われていた。シャウアプフとモントゥトゥユピーを連れ、自身の記憶を取り戻すべく王は宮殿へ向かう。 プフは護衛軍として、女王の遺志を継ぐ者として、コムギに関する記憶が戻らないままの方が王のためであると考え、分身をいち早く宮殿へ差し向けコムギを消すべく宮殿を捜索する。そしてコムギを背負い宮殿の一角の壁の上の通路に立つキルアの姿を発見し…。
宮殿へと降下する王メルエム、ユピー、プフの眼下には選別で集められた数万人もの人民の列。そしてその列にまぎれているナックル、傍らのメレオロン、宮殿裏のパーム、回廊の屋根の上のイカルゴらは、王達の帰還を知り険しい顔で見上げた。一方、王の記憶を呼び起こす鍵となるであろう軍儀の盤とコマを捜索していたプフの分身は、壊れ散らばる盤とコマを発見、隠蔽を図る。その頃ゴンは、ペイジンの隠れ家の古城でカイトを治すべく、ネフェルピトーを先に立たせ広い廊下を進んでいた…。
「カイトを元に戻してよ。お願いだよ……？」ゴンはピトーに大粒の涙を流しながら訴える。ピトーの足元には動かぬカイトの姿。しかし、ピトーが自身の能力・ドクターブライスで治しているのはカイトではなく自らの腕であった。治療の終了を左手の指を１本ずつ動かし確認し、ピトーは言った。「残念だけど、君を殺さなきゃ。王の為に」。ゴンは驚いたようにピトーを見つめ、オーラを纏い「嘘つき…」とつぶやいた。室内のロウソクの火が消え、風が吹き始める…。
ゴンとピトーの戦闘が終わった。その頃、メルエムとユピー、プフは西塔の前にいた。メルエムがコムギの記憶を取り戻す事が心配で、気が気でない様子のプフ。メルエムは西塔の室内を観察し「何か足りぬ…」と焦燥を感じていた。ピトーを呼び戻すというユピーの提案にメルエムの頭が痛みだす。ピトーに何か頼んだはず。ピトーをすぐに呼び戻せ…護衛軍にメルエムが指示を出す。
コムギをメルエムが思い出すことに不安を抱くプフ。そう思いながらも彼はおびただしい数の人民達に鱗粉をまいていた。王へ自身を献上した事による明らかなパワーダウンを感じながら……。ピトーがまだ戻って来ていない事に気がつくプフ。プフはゴンとピトーの戦いの結末を知らない。一方、地下ではイカルゴとパームがトラックの荷台の中にいたブロヴーダ、ウェルフィンと行動を共にしていた。イカルゴたちはウェルフィンにコムギの存在を王に知らせる為のメッセンジャー役を頼む。ウェルフィンはその行動を懐疑的に思いながらもその役を引き受けることに…。
ミニチュアローズにより瀕死の状態に陥りながらも復活した王・メルエムだが、コムギについての記憶を失い思い出せぬ事に苛立つ一方、シャウアプフが何かを隠している事には気づいていた。王はより高い次元の能力へ昇華させた“円”を全身から放ち宮殿の隅々までを把握、そして新たにその”円”に反応したウェルフィンの目前に瞬時に降り立ち、問う。「ユピーを仕留めたのは貴様か？」王メルエムの鋭い目はウェルフィンを戦慄させる。
ウェルフィンのたった一言でメルエムはコムギの存在を思い出した。宮殿地下通路から地下の家に歩みを進めた王は、光子に変えたオーラにより、そこに隠れるパームの存在を完全に把握していた。王の口から、戦いの終結とここへ来たたった１つの驚くべき理由を聞き、パームは動揺した。しかし王が腰を落とし頭を垂れてまで頼むその重大さを、既に体の一部がキメラアントであるパームは強く理解、遂に王にコムギの場所を告げる決心をした。但し、ある１つの条件と共に…
王・メルエムの死によって人類対キメラアントの闘いは終幕を迎えた。多大な犠牲を出した人類だが、結果キメラアント軍に勝利した。ウェルフィン、ブロヴーダ、ヒナ、シドレらキメラアントは、前世の記憶が有る者、無い者、各々それぞれ別の人生を歩んでいく事になる。シドレとブロヴーダは、とある村にたどり着いた。キメラアントの２匹を見るや否や、忌避する村人たち。だが、やがてブロヴーダの言葉に耳を傾け始める。
ハンター協会の最高幹部集団“十二支ん”が集結した。その中にはゴンの父親・ジンの姿もあった。彼らはネテロが言い残した次期会長の選出について議論をするが、副会長パリストンのせいで議会は紛糾する。この議会、果たして決着はつくのだろうか…
ネテロ会長の後継者を決める第13代会長総選挙の投票が遂に開始された。ハンター協会本部ビルには投票にきたハンター協会会員達の長蛇の列が出来ていた。その選挙のルールは、協会員661名全員が候補者かつ投票者であり、95％以上の投票率を確保しないと再選挙になるというもの。選挙は混迷を極め、1回目の選挙は不成立、そして2回目も条件不成立により再選挙が決定。2度の選挙にわたり圧倒的得票数を獲得しているのは副会長パリストンであり次期会長の可能性が濃厚だが、十二支んのメンバー達はこのまま彼に次期会長を任せるのが不満であった。その頃キルアはゾルディック家の屋敷に向かい、ゴンを救うべく、父・シルバの前にいた。果たしてキルアの父との交渉は、そして総選挙の結果はいかに…
キルアがきょうだいのアルカと再会を果たしていた頃、兄・イルミはヒソカの協力を得るべく、ゾルディック家の秘密・アルカの能力について語っていた。それはゾルディック家を滅ぼすほどの脅威の能力であり、アルカの『おねだり』を３つ叶えると『お願い』を叶えてくれるが、それは等価交換を要する恐ろしい能力であった。先の闘いで誓約と制約にて一時的に強力な念を使用し大きな代償を負ったゴンを治すためキルアはアルカに『お願い』をする事を決意していた。果たしてその代償は…
除念師の力をもってしても、ゴンにかかっている誓約と制約を解除できない。ゴンを必ず元通りにすると家族の反対を押し切り、アルカを外に連れ出そうとするキルアには、ゾルディック家の監視と複数の執事が追尾についた。しかしキルアは止まらない。果たしてキルアは無事アルカをゴンの元へ連れて行き、彼を救う事ができるのか。
ハンター協会本部ビル。ネテロ会長の跡を継ぐ、会長選抜の4回目の総選挙が執り行われた。結果はパリストン1位、チードル2位、そしてレオリオが3位。だが、またも条件不達成のために再選挙が決定、上位16名による第5回選挙となったがパリストンはいつもの余裕の微笑みを見せている。一方、ハイウェイを走る車に乗るキルアは選挙結果を中継で見、レオリオの順位に驚くが、その時突如、執事・ゴトーの携帯がなる。電話の主はキルアの兄・イルミであった。
キルアを援護するゴトーたちの前に立ちはだかったのは、イルミに協力しアルカの抹殺を図るヒソカ。アルカを抱きかかえ森の中を走り抜け、次の町・パラスタに向かうキルアの背後には、迫り来るひとつの影…追って来たのは執事のツボネであった。キルアのスピードに巻かれたツボネは携帯を取り出し、同じく孫で執事のアマネに先回りするように伝える。果たしてキルア達は無事にゴンの所までたどり着けるのだろうか…
第5回13代ハンター協会会長総選挙は、上位8名による再選挙という結果になり、引き続き選挙戦が行われる。一方キルアを追うヒソカは、「清凛隊」と呼ばれる組織が針人間捕獲のために送り込んだハンターたちを次々抹殺し、キルアの乗る飛行船の着陸地点の記されていた地図を手にしていた。またイルミも追っ手から地図を入手しキルアを追い、同じくその飛行船を執事のツボネとアマネも追っていた。
総選挙は引き続き行われ第7回13代ハンター協会会長総選挙の結果、上位8名から更に絞り込まれ上位4名での再選挙が決まった。「決まらない事が決まった」と意味深な事を言い不機嫌な顔をして本部ビル廊下を歩くジンに、どうしたらパリストンに勝てるのか、その方法をチードルは問う。ジンの答えは「アイツは勝とうと思っていない 負けようとも思っていない だから強いんだ」その答えが意味するものとは…
会長総選挙は回を重ね、8回目に突入していた。ビーンズによって即時開票され、大モニターに映し出された結果に会場がざわつく。会場がざわついたその結果は、1位レオリオ、2位パリストン。しかし、レオリオの得票数が50％を超えず、上位2名の最終決戦投票となる。一方、ゴン専用の病院では、キルアの膝を枕に寝ていたアルカが目を覚ました。アルカに---否、ナニカに対しキルアはついに禁断の「おねがい」をする。
会長総選挙が行われているハンター協会本部ビルの会場は、ゴンの復活に歓喜する仲間達とそれを祝うハンターたちにより、拍手につつまれた。そしてゴンは、初めて父・ジンの姿を目の当たりにする。ミトの家に飾られた写真のジン、サトツが、レイザーが、カイトが語ったジン。そのジンが今、目の前でゆっくり振り返り、ゴンに向かって片手をあげ目礼をした。ゴンは駆け寄り、ジンに話かける。その言葉とは…。
キメラアントのコアラは赤毛の少女にこれまで自分が犯してきた罪を告白する。コアラの懺悔が終わると、少女が静かに語り始めた。一方、ゴンは死んだと思っていたカイトが生きていると知り、カイトに会いに向かっていた。カイトに会ってゴンが言いたかったこととは、、、。
ゴンは世界一高い木を登る。その頂上にはずっと探していた父・ジンが待っていた。ゴンはジンに今までの旅を話したかった。ジンを探すため故郷・くじら島を旅立ったこと。過酷なハンター試験を突破し、プロのハンターになったこと。旅の中でたくさんのかけがえのない仲間を得たこと。ゴンとジンのはじめての親子の時間が待っていた。
