サラリーマン、三上悟は通り魔に刺されて死んだ。暗闇の中で意識が戻ると三上はなんとスライムになっていた！何もすることがないので薬草と鉱石を食べて暇を潰すスライム三上。そのうち、300年前にこの地で勇者によって、スキル“無限牢獄”で封じられた暴風竜ヴェルドラと遭遇してしまう。最初は怯えていたものの、話していくうちにスライム三上は、ずっとひとりぼっちのヴェルドラと友達になってしまう。スライム三上はヴェルドラから自分が、この世界でも珍しい＜転生者＞であることを聞く。
友達となったスライム三上と暴風竜ヴェルドラは互いに名前を送り合う。ヴェルドラはスライム三上にリムルの名を送り、リムルはお互いのファミリーネームをテンペストと名付けた。そして、リムルはヴェルドラの封印を解くためスキル・捕食者でヴェルドラを体内に取り込んだ。ところがこれによってジュラの大森林周辺の国家に衝撃が走る。リムルに取り込まれたことでヴェルドラの脅威が消失したため、ジュラの大森林を通って大国が小国へ侵攻することも可能になる。そんなことはいざ知らずリムルは洞窟を抜け、ゴブリンたちと遭遇する。
洞窟を出たリムルが出会ったのは、牙狼族の襲撃に追い詰められたゴブリンたちだった。なりゆきでゴブリンの村を助けることになるリムル。その夜、牙狼族がゴブリンの村を再び襲撃する。しかし、リムルのスキルを生かした作戦が功を奏し牙狼族が次々と倒れていく。ボスをやられ、リムルの圧倒的な力に屈した牙狼族は、リムルの配下になることを誓う。リムルは自らを慕うゴブリンと牙狼族に名前をつけ、ゴブリンはホブゴブリンとゴブリナ、牙狼族は嵐牙狼族(テンペストウルフ)へと進化する。
リムルたちは、ゴブリンと嵐牙狼族(テンペストウルフ)の衣食住を支える技術者を求めてドワーフの王国・武装国家ドワルゴンを訪れる。ところが、入国の際の事件でリムルたちは牢獄に繋がれてしまう。獄中での機転がプラスに働きなんとか牢を出ることができたリムルたちは、警備隊長のカイドウに、腕のいい鍛冶屋としてカイジンを紹介される。しかしカイジンは難題に頭を悩ませていた。魔鋼を使ったロングソード20本をあと5日で王に届けなくてはいけないという。
リムルのスキルのおかげで無事にロングソードを王に届けることができたカイジン。ふたりは祝杯をあげにエルフの店へと繰り出す。そこで始まった余興の水晶玉占い。リムルの運命の人が占われると、そこには日本人らしい女性の姿が映し出される。彼女は一体……。そこへカイジンに難題を課した大臣のベスターが現れる。リムルをバカにしたベスターにカイジンは手を上げてしまう。この争いは武装国家ドワルゴンの王ガゼルの御前で行う裁判に持ち込まれることになってしまった。
武装国家ドワルゴンから超一流の鍛冶屋カイジンとその弟子たちが加わり、近隣のゴブリンも合流してますます賑やかになる村。そんなある日、リムルは自由組合（ギルド）の冒険者、カバル、エレン、ギドと遭遇する。そこにはパーティーの臨時メンバーとして、仮面の人物、シズもいた。このシズこそ、リムルが占いで見せられた“運命の人”だった。シズはリムルと同じ日本からこの世界に呼び出された召喚者。リムルはスキル思念伝達で、シズに故郷・日本の現在の風景を見せる。
シズは夢を見ていた。彼女を空襲に燃える東京から召喚した魔王レオン・クロムウェル。彼によって上位精霊イフリートを憑依させられたことによる悲劇と絶望。シズはかつて爆炎の支配者と讃えられた伝説の英雄として知られていた。だが今、イフリートが暴走を始め、シズの体は乗っ取られてしまう。物理攻撃を受け付けないイフリート。そこに単身挑むリムル。イフリートの炎化爆獄陣（フレアサークル）がリムルをとらえ、巨大な炎が巻き上がる。
魔王レオンのもとにいたシズを救い出したのはある勇者だった。その勇者のことを胸に、長い間、人々を救うために働いてきたシズ。イングラシア王国では、異世界から来た子供たちの指導者も務めた。そしてシズは今、最期の時を迎えようとしていた。リムルに最期の願いを伝える。「私を――、君の中で眠らせて……」。願いを受け入れ、スキル捕食者を発動するリムル。そしてリムルは、シズによく似た人間の姿を手に入れることになった。
ムルたちの村の開発は着々と進んでいた。カイジンたちがさまざまな道具や住居を建設し、ゴブリン・キングに任命されたリグルドのもとゴブリン・ロードが村を治める。順調に進む村の様子を見ながらリムルは、シズから受け継いだスキルを試しに、ひとり洞窟へと向かった。そこにランガから思念伝達で救援要請が入る。リムルが駆けつけると、そこには6人の大鬼族（オーガ）がいた。大鬼族（オーガ）のひとりがリムルに告げる「正体を現せ、邪悪な魔人め」。ジュラの大森林になにが起きているのか。
６人の大鬼族（オーガ）たちは、豚頭族（オーク）の軍勢に襲われた生き残りだった。豚頭族（オーク）たちは身鋼鎧（プレートメール）で武装し、道化の仮面をつけた謎の魔人者も同道していたという。リムルは大鬼族（オーガ）たちに自分の部下にならないかと持ちかける。「豚頭族（オーク）の首魁を倒すまで」という条件で受け入れる大鬼族（オーガ）。そこでリムルは６人に名前を授ける。その頃、豚頭族（オーク）の軍勢は、シス湖周辺の湿地を領地とする蜥蜴人族（リザードマン）に対し侵攻を始めていた。蜥蜴人族（リザードマン）首領は息子ガビルにあることを命じる。
大鬼族（オーガ）のベニマルたちを迎え入れ、さらに仲間が増えたリムルの村。そこに、リムルの村の噂を聞いた蜥蜴人族（リザードマン）のガビルがやってくる。ガビルはジュラの大森林を巡り、豚頭族（オーク）の侵攻に怯える様々なゴブリンの村をどんどん配下に従えていたのだ。挑発的な態度のガビルに対峙したランガは、ゴブタに勝てたら話を聞いてやろうと条件をつける。ガビルとの勝負に挑むコブタ。果たして勝敗の行方は。
リムルの前に現れた樹妖精（ドライアド）のトレイニー。大森林の管理者である彼女は豚頭帝(オークロード)の脅威を知りリムルに討伐を依頼しに来たのだ。強力なスキルを持つ豚頭帝(オークロード)とその貪欲な力に突き動かされる20万の豚頭族（オーク）は森を席巻しつつあった。蜥蜴人族（リザードマン）と同盟を結び豚頭帝(オークロード)と戦うことを決意するリムル。そのころガビルのもとに、謎の魔人・ラプラスが現れ、ガビルに部族の首領の座を奪うようにそそのかしていた。
蜥蜴人族（リザードマン）と同盟を結ぶため湿地帯を目指すリムルたち。道中、リムルたちは豚頭族（オーク）に襲われていた蜥蜴人族（リザードマン）を助ける。それはガビルの妹だった。ガビルの妹はガビルが謀反を起こし、先走って豚頭帝（オークロード）に戦いを挑んだことを打ち明ける。その上で、ガビルと一族を助けて欲しいとリムルに懇願するのだった…。一方ガビルは豚頭族（オーク）の大軍と戦っていた。ユニークスキル飢餓者（ウエルモノ）の力を目の当たりにしてガビルは驚愕する。
ついに魔人ゲルミュッドが姿を現す。ゲルミュッドの真の狙いは豚頭帝（オークロード）を豚頭魔王（オークディザスター）へと進化させ、ジュラの森を支配させることだった。ゲルミュッドに名付けられたガビルは、その計画を知り動揺する。さらにゲルミュッドは役に立たなかったガビルを処分しようとするが、リムルによって阻まれる。ゲルミュッドの真意を感じ取った豚頭帝（オークロード）はその野望を叶えるためにゲルミュッドを食い、豚頭魔王（オークディザスター）へと進化してしまう…。
豚頭族（オーク）との戦いは終わった。戦後処理の席でリムルは豚頭魔王（オークディザスター）・ゲルドと交わした最期の約束を打ち明ける。それはリムル自身がオークの罪を背負い、残った豚頭族（オーク）を受け入れるというものだった。驚くべき内容だが、蜥蜴人族（リザードマン）、大鬼族（オーガ）は度量を見せてそれを受け入れる。続けてリムルは、多種族が共生する国家の建設を提案。そして、ここにジュラの森大同盟が成立することになる。
リムルを盟主とするジュラ・テンペスト連邦国は武装国家ドワルゴンとの間に同盟が成立した。そのまま穏やかな日々が訪れるかと思われたある日、リムルは、巨大な魔力の塊が接近するのを感知する。その魔力の塊は、異常な速度でリムルのいた場所へと正確に降り立つ。着地と同時に舞い上がった爆煙が晴れるとそこには人影があった。それはただひとりの竜魔人（ドラゴノイド）にして、破壊の暴君（デストロイ）のふたつ名を持つ魔王・ミリムだった。その強大な力の前に、ランガやベニマルたちは圧倒される。
ジュラの大森林には魔物たちが住む町とそこを治めるスライムがいる。自由組合支部長(ギルドマスター）・フューズはそれを確かめようと決意する、その頃、中央都市リムルは、魔王・カリオン配下の三獣士のうちのひとり、魔人フォビオの来襲を受けていた。だがフォビオはミリムの返り討ちにあい瞬時にノックアウトされてしまう。カリオンの命を受けたファビオは、豚頭族（オーク）に勝利した魔人たちをスカウトしに来たのだという。
ミリムへの怒りが収まらないフォビオ。その前に現れたのは中庸道化連の怒った道化（アングリーピエロ）のフットマンと涙目の道化（ティアドロップ）のティア。2人はフォビオに自ら魔王になって復讐すればいい、暴風大妖渦（カリュブディス）の力を使えばそれが可能になるとそそのかす。一方、ジュラ・テンペスト連邦国は、リムルたちから目をそらすため、ヨウムを「豚頭帝（オークロード）を倒した英雄」として旅に出す計画を実行していた。
封印を解かれた災厄級モンスター、暴風大妖渦（カリュブディス）は、空泳巨大鮫（メガロドン）を引き連れて、中央都市リムルを目指して進む。リムルたちはジュラ・テンペスト連邦国の総力を結集してこれを迎え撃とうとする。そこにガゼル王からの助太刀としてペガサスナイツ100騎も参戦する。だが、固有スキル「魔力妨害」とエキストラスキル「超速再生」を持つ暴風大妖渦（カリュブディス）は手強い。その時、リムルが新たなスキル・暴食者（グラトニー）を解き放つ。
暴風大妖渦（カリュブディス）の脅威は去った。その夜、リムルは夢を見る。それはシズがイングラシア王国で、召喚された子供たちの先生をやっている夢だった。シズの未練が見せた夢。リムルはシズの想いに応えるため、平和なジュラ・テンペスト連邦国をあとにし、イングラシア王国の王都を目指すことを決める。リムルはまず、自由組合（ギルド）を統括するユウキ・カグラザカに会うことにする。ユウキもまた召喚者でシズの教え子だった。
シズの教え子たちの先生となるリムル。しかし、一方的に召喚され、限られた寿命となった子供たちの胸中は複雑で、リムルにも反抗的な態度をとってくる。そこでリムルは、模擬戦をしようと子供たちに持ちかける。
自由学園の子供たち。彼らはやがて死ぬ運命にあった。そこでリムルはひとつの解決策を考える。それはシズと同様、子供たちにも上位精霊を宿らせれば寿命が尽きることはないだろう、というものだった。必ず救うという決意を胸に、リムルは子供たちとともに上位精霊がいるという「精霊の棲家」へと足を踏み入れる。先へ進むリムルたちだったが、妖精ラミリスの操る全身が魔鋼で造られた魔人形（ゴーレム）が襲いかかってくる。
リムルたちはついに精霊の棲家の最深部へとたどり着いた。そこにある光の台座で精霊を呼び出すのだ。果たしてうまく精霊を呼び出せるのか。不安の中最初に挑戦したのはゲイル。続いてアリス、ケンヤ、リョウタも台座に登る。そして、最後に挑戦したのはクロエ。クロエのもとに現れたのは、精霊ではなく、それと同様の精神体だった。膨大なエネルギーを持つ精神体の正体とは。ラミリスはそこに何かを感じたようだったが……。
これはリムルが転生してくる前の物語。フィルウッド王国が多くの冒険者を集めて、復活した悪魔の退治を依頼する。そこには「爆炎の支配者」の二つ名で知られるシズの姿もあった。だがこの依頼には大きな裏があった。
リムルの中に取り込まれたイフリート。気がつくと、彼は暴風竜ヴェルドラを前にしていた――。ヴェルドラはイフリートを自分がいる場所へ誘導し、話し相手にしたのだ。こうして、ヴェルドラとイフリートはリムルの中から彼の行動を見守ることに。ヴェルドラとイフリート視点で、本編映像を振り返ります。
魔王カリオンの治める「獣王国ユーラザニア」との国交を結ぶことになったリムル。相手の使節団を迎え、もてなす準備をしていたが、やってきたのは大型魔獣白雷虎（サンダータイガー）が牽引する、物々しい虎車だった。
一悶着あったものの、ユーラザニアとの国交を結ぶことができたリムルは、続いて武装国家ドワルゴンにて行われる友好宣言の式典へ赴くことに。ところが、自分も同行させて欲しいと駄々をこねるシオンが大暴れして…。
ガゼル王との会談と、武装国家ドワルゴンとの二国間友好宣言に伴う民衆への演説。ふたつの大仕事を終えたリムルは、シュナとシオンの目を盗んで、かつてゴブタと約束した「あの楽園」に意気揚々と向かうのだった。
リムルの帰還を控え、宴の準備を進めるテンペスト。そこに、ヨウム一行が新メンバーの魔導師（ウィザード）ミュウランを伴い到着。一方、ファルムス王国では不穏な動きが…
クレイマンの指示により行動を起こすミュウラン。そしてもう一つの勢力――ファルムス王国が送り込んだ三人の異世界人が、盟主不在のテンペストに牙をむく。
テンペストが攻撃を受ける中、リムルの前にも刺客が現れる。それは、シズのもうひとりの教え子である、最強の聖騎士（ホーリーナイト）――ヒナタ・サカグチであった。
ヒナタとの戦闘で絶体絶命の状況に陥り、最後の手段、暴食者（グラトニー）を発動したリムルの運命は――。その頃、テンペストは悲壮な血と煙に包まれていた…。
クレイマン、そしてファルムス王国の企みを知るリムル。仲間の命と温かな日常を失い、失意の底で目を伏せるリムルの耳に飛び込んだのは、エレンの意外な言葉だった。
「俺は魔王になろうと思う」――自らにケジメを付け、シオンたちを蘇生させるため、決戦を前にリムルは仲間たちに人間だった過去を打ち明ける。
雪辱戦の口火がきられた。ベニマル達は各々の任務を遂行していく。ハクロウたちも再度ショウゴとキョウヤとの戦いに挑む。そしてリムルの怒りが、ファルムス軍を包みこむ。
進化に必要な魂を確保したリムルに「魔王への進化（ハーベストフェスティバル）」が訪れる。強烈な睡魔に襲われたリムルは、取り逃した敵を捕らえるため、悪魔を召喚する。
ファルムス軍を退けて、何とか事なきを得たテンペストだが、問題は山積みで……。そんな中、智慧之王（ラファエル）から「無限牢獄の解析に成功した」と吉報が舞い込む。
ヒナタとの邂逅、ファルムス王国の襲撃、魔王への進化―――怒涛の出来事を胃袋から見守り続けてきたヴェルドラとイフリート。リムルとヴェルドラが洞窟で出会ったあの日から２年―――月日は流れ、「最初の約束」が果たされようとしていた。相変わらずの2人が、マイペースに、時に「何か」におびえながら、いろいろあったテンペストのこれまでを振り返る。
仲間達の蘇生とヴェルドラの復活を祝した宴。束の間の平和を楽しんだリムルは、皆に今後の方針を話す。リムルは全世界に向けて魔王を名乗り、クレイマンに宣戦布告することを決意する。そして、武装国家ドワルゴンからはガゼル王、ブルムンド王国からはフューズ、魔導王朝サリオンからは大公爵にしてエレンの父、エラルドが赴き、今後のテンペストの動向を決める重要な会議が開催される。
ラプラスたちはクレイマンにまつわる計画を企てていた。そこには、とある人物も同席していて―――。一方リムルは、ヴェルドラとの出会いを含め、各国の要人にこれまでのあらましを話す。エラルドはリムルと敵対するより友好を選ぶべきと判断し、ドワルゴン、サリオン、ブルムンドとの協力関係を再確認。そんな中、「この国、テンペストは滅亡する！！」―――不穏な警告を叫び、乱入してきたのはラミリスだった。
リムルはファルムスの新たな王にヨウムを擁立するという計画を発表。それを聞いたガゼル王はヨウムに覚悟を問う。そんな会議の様子を黙って聞いていたエラルドだったが…。
ジュラの大森林に新たな勢力が勃興し、その盟主であるスライムが魔王を騙ったため、制裁する」という名目で、クレイマンが魔王達の宴（ワルプルギス）を発議した。リムルも本格的に、クレイマンとの戦争に備えるが、敵軍の動きを観察するうちに、クレイマンが狙っているのは目下のテンペストではなく、ユーラザニアであると判明。クレイマンの軍勢がユーラザニアに到着するまであと２日―――。リムル達は間に合うのか……！？
ユーラザニアの民の救出、クレイマン軍への対抗。後手に回ったリムルは「智慧之王（ラファエル）」からの助言を受ける。さらに、クレイマン討伐の策は秘書からの進言で！？
予想外の抵抗を見せるリムルに、怒りを募らせるクレイマン。一方、最古の魔王ギィと魔王レオン、そしてヴェルドラの姉ヴェルザードは、リムルへの関心を強めていた。
人形を依り代にトレイニーを霊樹人形妖精（ドリュアス・ドール・ドライアド）に進化させるなど、魔王達の宴（ワルプルギス）に向け準備を進めるリムル。一方で、転送魔法でユーラザニアに到着したベニマル達は、クレイマンの軍勢にゲルドが仕掛けた”罠”で一気に畳みかける。その傍ら、カリオン救出に意気込む三獣士は、敵軍首魁の討伐に向かう。アルビスは、五本指筆頭のヤムザと一騎打ちに。フォビオは、ティアとフットマンに挑む。
依然として激しい戦いが各地で繰り広げられる中、三獣士のスフィアは竜を祀る民、ミッドレイに苦戦を強いられていた。一方のアルビスはヤムザを追い詰めるが…。
リムルは、ついに魔王達の宴（ワルプルギス）へと赴く。一方で、シュナたちもクレイマンの領地に向けて出発するが、城の近くに到着すると同時に敵の妨害を受けてしまう。
リムルとクレイマンの一騎打ちになるかと思いきや、クレイマンは洗脳したミリムをけしかける。ミリムの相手はリムルが引き受け、クレイマンはシオンが迎え撃つことに。
クレイマンの手駒も、クレイマン自身も、リムル達に全く歯が立たない。窮したクレイマンは、ミリムに狂化暴走（スタンピート）を発動させ、皆殺しにするよう命じる
クレイマンを追い詰め、黒幕を聞き出そうとするリムルだが、クレイマンは死んでも口を割らない。仕方なくリムルは、クレイマンを処刑する。10人だった魔王はクレイマンが死に、カリオンとフレイが魔王の座を降りると宣言したことで、リムルを加えて８人となった。新しく呼び名を考えるようギイに強要され、リムルは「八星魔王（オクタグラム）」と命名。一匹のスライムが八人の魔王のひとりとなり、新たな時代へ突入したのだった。
神聖法皇国ルベリオスの法皇直属近衛騎士団筆頭騎士にして西方聖教会聖騎士団長であるヒナタ・サカグチは、東の商人から親書を受け取る。そこには魔物の国「ジュラ・テンペスト連邦国」の驚くべき実状が書かれていた。かつてシズの教え子だったヒナタは、リムルの存在を知り何を思うのか…。これまでのリムルの歩みを振り返りながら、物語はついに激動の新章へ歩き出す――。
