200X年。インターネットの発達により、人類はネットワークの時代を迎えていた。 人々は誰もが“ＰＥＴ”（パーソナルターミナル）と呼ばれる携帯情報端末を持っており、さらにそのＰＥＴの中にネットナビという疑似人格プログラムが組み込まれている。 小学５年生の光熱斗と彼のオリジナルネットナビ・ロックマンエグゼは、偶然にも謎の組織・ＷＷＷ（ワールドスリー）の凶悪犯罪に巻きこまれてしまう。
ネコ型ロボに噛みつかれケガで入院したデカオを見舞いにデンサンタウンへ出かけた熱斗とメイル。町では人々が暴走した電化製品に襲われ、混乱に陥っていた。ＷＷＷ（ワールドスリー）のエレキ伯爵＆エレキマンの仕業だ。エレキ伯爵の策略により暴走する地下鉄に乗り合わせてしまった熱斗たち。はたして暴走列車を止められるのか・・・！
熱斗のクラスに、飛び級で進級した女の子、綾小路やいとが転校してきた。大金持ちのやいとに振りまわされる熱斗とデカオ。その翌日、ＷＷＷ（ワールドスリー）の色綾まどい＆カラードマンは、秋原町の信号機にウィルスを送りこみ街中を渋滞させていた。信号機にプラグインした熱斗は、交通管制センターがウィルスに支配されていることを知るが・・・。
熱斗の通う学校に特別講師としてやってきた日暮闇太郎。ところが、レアチップマニアの日暮は、やいとの持つレアチップを目当てに、やいとたちを教室に閉じ込めて自分のナビ、ナンバーマンとバトルさせ、チップを奪おうとする。教室外にいる熱斗は、教室にかけられたロックを解き、無事やいとたちを助け出せるのか・・・。
ＷＷＷ（ワールドスリー）のボス・ワイリーの指揮のもと、エレキ伯爵たちが計画したのはロボット水族館のウィルスによる乗っ取り。結果、町は暴走する魚ロボがあふれ大混乱。電脳世界にプラグインしたロックマンは、巨大な津波に飲み込まれそうになるが、突如謎のナビが出現する・・・。
町中の水道から水が出なくなった。水道局のプログラムが、アイスマンによって氷結されてしまったのだ。原因を探りにプラグインしたロックマンもアイスマンに氷漬けにされてしまう。 色綾まどいは、水道局職員の氷川を監禁し、息子の透を脅してアイスマンをオペレートさせていたのである。熱斗は氷川親子を救い出せるのか？
人気ゲームソフトの予約をし損ね、残念がる熱斗たちに、やいとが「パパに頼めばゲームができる」と声をかける。発売日の午前０時まで待てばという提案に乗る熱斗たち。 そこへエレキ伯爵＆エレキマンがゲームのプログラムを狙い、やいとの屋敷に侵入してきた。エレキマンに苦戦するロックマンは、プログラムを守りきれるのか・・・？
ちょっとしたことで仲違いする熱斗とメイル、ロックマンとロール。ロックマンへの復讐に燃えるヒノケンは、騒ぎをおこすことでロックマンをおびき寄せようと画策する。一方ロックマンへの挑戦状を発見したメイルとロールは、ロックマンを差し置いてファイアマンとの決戦に挑もうとする。
テレビで大人気のヨガの達人・マハ＝ジャラマの正体は、ＷＷＷの幹部だった。出演している番組を通じて視聴者に催眠術をかけ、人々を動物にしてしまう。原因をつきとめようとテレビ局に潜入した熱斗だが、マハ＝ジャラマ操るマジックマンの強さは圧倒的だった。 そのピンチの中、ロックマンの前に天才ネットバトラー・炎山とそのナビのブルースがあらわれた。
ネットバトル大会を控え、特訓に余念のない熱斗たち。一方でＷＷＷの面々も大会に出場を決め、悪事を企んでいた。大会当日の朝、日暮のナビ、ナンバーマンがカスタマイズのミスにより暴走、それを止める為に奔走する熱斗たちだが大会に遅刻しそうになる。 が、やいとの自家用機のおかげでなんとか間に合い、第１試合デカオ＆ガッツマンの試合が始まる。
ロックマン初戦の相手はスカルマン。スカルマンのオペレータは骨董品屋にして占い師のみゆきであった。占いの得意なみゆきは、熱斗の敗北を予言する。反発する熱斗だが、スカルマンの素早い攻撃に翻弄され、手持ちのバトルチップも尽きかける。苦戦する熱斗とロックマン。はたして初戦を突破できるのか？
まどいのカラードマンＶＳメイルのロール。メイルとやいとは、試合前にまどいに挑発され、闘志を燃やす。あらゆる汚い手を使って勝とうとするまどい＆カラードマンに、ロールは窮地に立たされるが、思わぬハプニングでチャンスを掴み反撃する。 そして、早くも２戦目突入の熱斗の対戦相手はヒノケン＆ファイアマン。雪辱をはらさんとするヒノケンには、策略があるらしい・・・。
ファイアマンＶＳロックマン（前回の続き）。ヒノケンは、会場の屋根に設置された集光板をウイルスを使って操作。太陽の光をドーム内に集め、異常な熱さで熱斗を苦しめる。デカオたちはウイルス駆除で熱斗をサポート。メイルの声援の力もあって、ロックマンの猛攻が始まる。
大会翌日。初戦の活躍を祝してやいとから高級レストランに招待された熱斗たち。そこで炎山と鉢合わせた熱斗は、炎山に三流ネットバトラー扱いされ、炎山＆ブルースにバトルを申し込む。ブルースの強さに苦戦するロックマン。だがそこに大会出場ナビのデリートを目論むＷＷＷナビ、ボンバーマン・ストーンマンがウイルスを送りこんできた・・・。
先日のブルースとの戦いの中で、伝説の必殺技・プログラムアドバンスが発動しそうになっていたことを知った熱斗だが、どうすれば技が完成するのかわからないまま特訓に励む。次の対戦相手はマジックマン。手強い攻撃に熱斗の持ちチップも尽きるが、三種のソード系チップを送った瞬間巨大な剣が出現した。
メイルと透、ロールＶＳアイスマンのバトルでは、お互い全力を出しきる良い試合ぶり。その後のカードはタッグマッチ戦ということで、ストーンマン＆ボンバーマンＶＳガッツマン＆ウッドマンという組み合わせが発表される。ストーンマンとボンバーマンはオペレートを必要としない自律型ナビで、実はワイリーの直属ナビ。ガッツマン＆ウッドマン勝敗の行方は・・・？
タッグマッチ戦。次の試合はロックマン＆シャークマンＶＳストーンマン＆ボンバーマン。バトル開始後ストーンマンとボンバーマンは試合会場に穴を開け、そこに吸い込まれた４体は別の電脳世界に飛ばされてしまう。10分以内に会場に戻らなければリングアウト負けになってしまうという。消えたナビを追う熱斗とビーフ司令。 そんな中、熱斗はビーフ司令の正体がマサであることを見抜くのだが・・・。
タッグマッチ２戦目。敗者復活戦ということで抽選が行なわれるが、ＷＷＷ（ワールドスリー）の不正行為により出場者は火野とまどいに決まる。ファイアマン＆カラードマンＶＳロックマン＆ロール。一度勝てた相手だからと楽勝気分の熱斗とメイル。 だが、バトル開始後ＷＷＷの策略でロールが悪魔のナビに変身、ロックマンを攻撃し始めた。
悪魔チップの挿入によりロールはエレキ伯爵に操られていた。ファイアマン、カラードマン、そしてロールの容赦ない攻撃にひたすら耐えるロックマン。デカオたちは悪魔ロールを元に戻す為奔走する。そこへ日暮が現れ、メイルにチップの解除のやり方を教えてくれるが・・・。
準決勝・前編。ロックマン＆ブルースＶＳストーンマン＆ボンバーマンのタッグマッチ。プログラムアドバンスの特訓に励む熱斗とロックマン。一方、炎山はやいととともにエレベーターのトラブルに巻き込まれ、エレベーターに閉じこめられてしまう。試合に間に合わなくなりそうになり、やいとと協力するが・・・。
準決勝・後編。ロックマン＆ブルースＶＳストーンマン＆ボンバーマンの闘い。苦戦するロックマンを邪魔者扱いするブルースは、単独でストーンマンとボンバーマンを倒そうとする。だが、再生能力を持つストーンマンに苦しめられるブルース。果たして、ブルースのピンチにロックマンのプログラムアドバンスは発動するのか・・・？
決勝戦。ブルース＆炎山と、ロックマン＆熱斗の激しいぶつかり合い。だが、そんな闘いのさなか会場であるメガフロートが何者かに破壊され沈没するという事態に。観客たちは避難するが、熱斗と炎山はバトルを続行、互いにプログラムアドバンスを発動させる。試合終了後、突如現れた謎のナビ・ファラオマンがブルースに襲いかかるが・・・。
消えてしまったロックマンを思い悲しむ熱斗。熱斗を気遣うメイルやデカオたちは、なんとかロックマンが蘇る方法はないかと模索する。一方ワイリーはファラオマンこそ究極プログラムを持つナビだと確信し、ストーンマンとボンバーマンを量産して、ファラオマンの捕獲に乗り出す。そして暴走するファラオマンは科学省を占拠し、ネットを通じて世界各地に異変を起こしていた・・・。
帰国した熱斗の父・裕一朗は、ロックマンを蘇らせることができるという。そのためには科学省のメインシステム内奥底にあるロックマンのフレームが必要である。ファラオマンが支配する科学省に乗りこむ熱斗たち。科学省の電脳空間はファラオマンの影響により砂漠化していた。プラグインしたロール・ガッツマン・アイスマン・グライドは、ロックマンを復活できるのか？
ボンバーマン・ストーンマン軍団がファラオマンを包囲、攻撃するが無傷のファラオマン。その場に居合せたロール達もファラオマンによって石化させられてしまう。辺りが崩壊する中、ロックマンのフレームを救うブルース。ブルースは単身ファラオマンに戦いを挑むが、危機に瀕したブルースを救ったのは復活したロックマンだった。二人はダブルプログラムアドバンスでファラオマンを攻撃。さらにスタイルチェンジしたロックマンがストーンマン・ボンバーマンを攻撃する。
N-1グランプリ準優勝の副賞はなんと世界旅行・・・ということで、ニホンを旅立った熱斗とロックマン。最初の目的地は南の島ジャワイ島である。やいとの計らいでメイル、デカオ、透と合流、さらにマサまで加わって海を満喫するが、沖から現れた幽霊船にマサと透が攫われてしまう・・・。
ジャワイ島にて。バーチャルアイドル・AKIに因んだアイドルコンテストに応募した少女たちが次々に失踪するという事件が発生。メイルややいとも攫われ、捜索する熱斗たち。どうやら犯人はアイドルコンテストを潰そうとしているらしい。手がかりを追うロックマンは、AKIがウイルスに取り憑かれていることを知る。
アメロッパ・ヘブンズシティにて。到着するなり市長の歓迎を受け、気を良くした熱斗だが、ちょっとした隙にPETを何者かに盗まれてしまう。PETを探して辿りついた先は危険な街ダウンタウン。そこのリーダー・ラウルと出会い、ラウルのナビ・サンダーマンとバトルをすることになるが・・・。
アメロッパ・ブランドシティにて。ママへのお土産に超高価なブランド品を手に入れるため、大金持ちのミリオネア夫人が主催するゲームに参加する熱斗。だがそのゲームはミリオネアがお気に入りのナビを我が物にする為の罠であった。仕事でミリオネアの屋敷に来ていた炎山はその事実を知り、ブルースをゲーム内に送りこむ。
キングランドにて。バスツアーに参加した熱斗だが、その途中バスが原因不明のトラブルで立ち往生、電話も繋がらない状態に。近くの屋敷に救援を求める熱斗。その屋敷はエレキ伯爵の実家であった。エレキ伯爵は熱斗とロックマンを屋敷に閉じこめ、エレキマンとのバトルを強要する。
熱斗の世界旅行の最後の目的地はカレーの国・ナマステイ。マハ＝ジャラマの故郷でもあるナマステイに元ワールドスリーの幹部四人が集結し、ロックマン打倒の策を練る。熱斗はカレー食べ放題ツアーの途中でマハ＝ジャラマの経営するカレー屋に入店、そこでバトルを仕掛けられるが・・・。
世界旅行から帰国した熱斗とロックマンは、メイル＆ロールの案内でネット内にオープンした巨大なインターネットシティに遊びに行く。そのころゴスペルという新たな悪の組織が、世界のネットワークを牛耳ろうと活動を始めていた。メンバーの一人、風吹アラシはやいとの家のシステムに侵入、ガス漏れを起こして入浴中のやいとが危機に陥る。ロックマンは湯沸し器の電脳世界で事件の張本人、エアーマンと戦う。
インターネットシティに大量のウイルスが発生。リンクも遮断され、バーチャルアイドル・AKIが助けを求めて来る。日暮のサーバー経由でプラグインしたロックマン達だが、シティ内ではバトルチップ使用禁止のため苦戦する。シティの奥底にウイルス工場があることをつきとめたロックマンは、ゴスペルに雇われた殺し屋ナビ、シャドーマンに襲われる。
世界有数の大企業ガウス・コンツェルンの会長、ガウス。ガウスは潰れかかった日暮屋に近づき、日暮の口座に多額の金を振り込む。一方、綾小路家からは何故かお金が消えてゆき、やいとは貧しい生活を強いられるはめに。実はゴスペルのメンバーであるガウスは、日暮を利用しニホンの経済の混乱を企んでいたのだ。原因を探る熱斗と炎山は、ガウスのナビ、マグネットマンが首謀者だと知る。
おくデン谷にキャンプにやって来た熱斗たち。付添いのサロマはそこで幼なじみの青年・速見ダイスケと出会う。自然を愛するダイスケは熱斗たちと仲良くなるが、ゴスペルの一員という裏の顔を持っていた。ダイスケはダムのシステムにクイックマンを侵入させ、ダムの決壊を目論むが・・・。
異常気象のニホンではペンギン型の小型クーラーが大流行。だがそれはゴスペルの最高司令官ナビ・フリーズマンによる作戦だった。ペンギンが吐き出す強力な冷気で雪と氷に閉ざされてしまう町。原因はネットシティ内にあると睨んだ熱斗はプラグインできる所を探し吹雪の中を彷徨うが、そこで謎のナビ・ヒートマンに出会う。
ゴスペルの企み（第33話のウイルス工場事件）を単独で潰しに行ったヒノケン＆ファイアマンだが、フリーズマンの攻撃によりヒノケンは負傷、ファイアマンはデリートの危機に陥る。そこへ名人と名乗る謎の人物が現れ、ファイアマンのデータをヒートマンに移植することで蘇らせることが出来ると提案する。
カットマン兄がロックマンに倒されたということで復讐を誓うカットマンの弟たちは、クッチャイナタウンに向かうロックマンを江戸時代風の電脳空間に誘いこみ、得意の切り絵を操ってロックマンを翻弄する。だが、それを影で操っていたのはシャドーマンであった。ロックマンとの通信が途絶え不安になる熱斗は、偶然出会った炎山＆ブルースに助けを求める。
西洋騎士風ナビ・ナイトマンを使う外国人の少年ホイップとバトルすることになった熱斗。ホイップの希望でニホン観光した後、ナイトマンとバトルするロックマン。そこに現れたシャドーマンがナイトマンを襲う。実はホイップの正体はクリームランドの王女プライドで、ナイトマンはゴスペルの狙うプログラムを内包するナビだった・・・。
熱斗とロックマンに挑戦するため西の町・アキンドシティからやって来たチェスチャンピオン・荒駒虎吉とそのナビ・キングマン。虎吉は熱斗に、互いのナビを賭けてのチェスバトルを吹っ掛ける。挑発に乗る熱斗だがチェスのルールをまるで判っていないため、メイルが助っ人として加わりバトル開始となる。頭脳派の虎吉に対し、閃きで切りぬける熱斗はいい勝負を展開するのだが・・・。
何故か現実世界に現れたラッシュ。そして町では巨大な猫の姿が目撃される。さらにロックマンも含め全てのナビやウイルスにネコ耳、ネコひげ、ネコ尻尾などが生え猫化が始まった。落雷をきっかけに広まった猫ウイルスが原因らしい。そんな騒動の中、猫化を免れたラッシュが事態の解決にあたることになったが・・・。
WWWを脱退し、ガウス会長の秘書に転職したまどい。一方、ガウスがゴスペルの一員ではないかと疑うビーフ司令は、ガウス主催の仮装パーティーに罠とも知らず熱斗たちと潜入する。熱斗たちを地下に閉じ込め大量の水を流し込むガウス。水中からプラグインし排水システムを作動させようとするロックマンをマグネットマンが襲う。まどいはゴスペルの非情なやり方に疑問を持ちはじめる・・・。
熱斗のクラスに転校してきたプロ野球選手の息子・星田球太は野球が得意。だが前の学校での野球仲間との別れを寂しく思い落ちこんでいた。そんな球太を元気づける為、ネットワーク上での野球を提案する熱斗。ロックマンを始めとしたナビたち秋原電脳組と、球太のナビ・リーグマン率いるナゴヤンリトルズの野球対決。
ホイップからの緊急連絡を受けた熱斗は、やいとの飛行機でクリームランドへ乗りこむ。クリームランドではナイトマンが暴走し、ネットワークが壊滅しかけていた。ロックマンの力で何とかナイトマンの暴走を止めることが出来たが、今度はグライドの様子がおかしくなる。その背後にはクリームランドの侵略を目論むナビの存在があった。
月面基地のナビがオペレート不能となる事件が発生。調査のため月へと飛んだビーフ司令だが、月には宇宙から来た謎のナビ・プラネットマンが地球征服を目論み潜んでいた。月面上で、ビーフ司令が基地の外に締め出されるというアクシデントが起き、熱斗達は宇宙開発局へ行くことになるが・・・。
旧WWWのメンバーは、ワイリーの遺産の存在を知り、WWW復活のチャンスだと盛り上がる。だが、それを聞きつけた熱斗達も遺産を奪おうと旧WWWを追いかける。さらにガウスも乱入、ガウスは自分がエレキ伯爵の兄だということを明かし、チップを持ったエレキ伯爵を連れ去ってしまう・・・。
ガブゴン社主催で行なわれることになったインターネットシティでのカーレース、ネットモービルＧＰ。ロックマンを始め、ネットエージェント、旧WWWまでもが参加、レースは白熱する。そこにロックマンへの復讐を誓うカットマンブラザーズの妨害も入り大混乱。果たして勝敗の行方は・・・。
世界各地でネットナビが消失するという事件が勃発。何故かニホンでだけそのような現象が起きていないという。熱斗は調査のためニホンにやって来たラウルと再会する。そしてニホンのネットシティでもナビの姿が消え始める。事件は巨大なライオン型プログラムの仕業だったのだ。ロックマン達は絶体絶命の危機に陥るが・・・。
ライオン型プログラム、ゴスペルの前に突如現れ、ゴスペルを圧倒した謎のナビ、フォルテ。ゴスペル首領はフォルテの抹殺をフリーズマンに命じ、ロックマンもまたフォルテの後を追う。一方、ファイアマンの仇討ちを誓うヒノケンはヒートマンでフリーズマンに戦いを挑む。
ブルースもまたゴスペルに吸収されてしまった。炎山の情報によると、今回の事件にはガウスが絡んでいるという。熱斗達は元ＷＷＷ基地からプラグイン、ガウスの電脳空間へロックマンらを送りこむ。そこには消えたナビ達が収容されていた。ロックマンはマグネットマンと戦うが大苦戦。そして再びゴスペルの前に現れたフォルテは一度はゴスペルを自身の中に取り込むが・・・。
巨大化したゴスペルと対峙するロックマン。アクアカスタムにスタイルチェンジして戦うが、プログラムアドバンスでも効果はなく、ロックマンもゴスペルに取り込まれてしまう。だがロックマンはゴスペルの体内から新たなスタイルで復活。ところがロックマンはゴスペル化したかのように暴走しはじめる・・・。
やいとの招きで綾小路家へやって来た熱斗たち。だがメイド・桜子のミスで強力掃除機にウイルスが混入、暴走した掃除機はPETを吸い込んで綾小路邸の奥へと走り去ってしまう。それを追う熱斗たちだが、広大な綾小路邸は実はからくり屋敷だった！PETを取り戻すため、綾小路家を探検する熱斗たち。数々の仕掛けをクリアして、掃除機を止めようと奮闘するのだが・・・。
楽しいはずの花見の席でひとりため息をつくまりこ。どうやら恋の悩みらしい。日暮とマサは、そんなまりこにアタックするが相手にされない。実はまりこの想い人とはビーフ司令だったのだ。やいとの提案でここはネットバトルで恋の決着を、ということになる。そしてネットバトルに疎いマサのため、熱斗とロックマンがマサの代理となり、ビーフ司令＆シャークマンと戦うことに・・・。
デカオの弟・チサオ登場。デカオの頼みでチサオの前ではデカオを師匠として立てることになり、ネットバトルでもガッツマンに負けてみせねばならず心中複雑な熱斗。一方、自分も専用のネットナビを欲しいと願うチサオの前に怪しげな男が現れた。チサオに、マハ一番を潰すことを条件にオリジナルナビをプレゼントするというのだが・・・。
下町の小さな町工場へとやってきた炎山。副社長として、そこで開発している新製品 の契約を結ぶ為なのだが、何故かそこの社長にこき使われる羽目に。PETも取り上げ られ、ブルースも電脳空間で様々な作業に従事させられる。完成まであと１歩、というところで、新製品を狙う者に工場が襲われた。バックアップを盗みオリジナルを破壊しようとするドリルマン。炎山とブルースは新製品を守るため戦う。
祐一朗が消息不明との報を聞き、ジャワイ島へと飛ぶ熱斗たち。その研究場所である巨大ショッピングモールの内部では大量のウイルスが実体化、暴走していた。実体化 したウイルスの弱点が水だと突きとめた熱斗たちは水鉄砲でウイルスバスティング。 そしてロックマンたちも現実空間に現れ、異常の原因となったドリームウイルスを共に倒すため戦う。果たして祐一朗の行方は・・・。
