Mysteriöse Ringe erscheinen auf den PETs der fünf Freunde. Es stellt sich heraus, dass MegaMans Datenmaterial noch nicht vollständig gelöscht wurde und eine Chance besteht, ihn wiederherzustellen.
PharaohMan has returned, and he's back with a vengeance! Mr. Wily sends an army of StoneMan and BlasterMan clones to capture the NetNavi, but PharaohMan has plans of his own. Meanwhile, Lan gets a shock: Chaud actually feels bad about MegaMan being deleted and offers to help him! But maybe MegaMan isn't gone after all, since Lan and his friends find strange data on their PET's. While they try to figure out how to rebuild MegaMan, PharaohMan, angry because he was imprisoned for twenty years and had his ""kingdom"" taken from him, uses the Cyber Network to cause disasters in the real world. And then, Lan's father shows up to help Lan and his friends--surely he can bring MegaMan back.
消えてしまったロックマンを思い悲しむ熱斗。熱斗を気遣うメイルやデカオたちは、なんとかロックマンが蘇る方法はないかと模索する。一方ワイリーはファラオマンこそ究極プログラムを持つナビだと確信し、ストーンマンとボンバーマンを量産して、ファラオマンの捕獲に乗り出す。そして暴走するファラオマンは科学省を占拠し、ネットを通じて世界各地に異変を起こしていた・・・。
Il Net-Navi supremo PharaohMan si è risvegliato ed ha attivato il suo piano per conquistare il mondo. Nel frattempo, Lan è devastato dalla perdita di MegaMan, ma ci può essere ancora una speranza di recuperarlo dalla rete: parte dei dati di MegaMan sono infatti conservati nei PET dei suoi amici, e il padre di Lan torna a casa giusto in tempo per aiutare la rinascita MegaMan.
PharaohMan est de retour, et il revient en force ! M. Wily envoie une armée de clones StoneMan et BlasterMan pour capturer le NetNavi, mais PharaohMan a ses propres plans. Pendant ce temps, Lan est sous le choc : Chaud se sent vraiment mal à l'idée de la suppression de MegaMan et propose de l'aider ! Mais peut-être que MegaMan n'est pas parti après tout, puisque Lan et ses amis découvrent d'étranges données sur leurs PET. Alors qu'ils tentent de comprendre comment reconstruire MegaMan, PharaohMan, en colère parce qu'il a été emprisonné pendant vingt ans et qu'on lui a retiré son « royaume », utilise le cyber-réseau pour provoquer des catastrophes dans le monde réel. Et puis, le père de Lan se présente pour aider Lan et ses amis – il pourra sûrement ramener MegaMan.
