Ein riesengroßer Virus aus dem Stall von Kid Grave bedroht Net City. Er verschlingt nichtsahnende NetNavis mit Haut und Haar. Selbst ProtoMan und MegaMan können nichts ausrichten, und ihnen droht, selbst verspeist zu werden.
Grave's attack begins when they awaken the Grave VirusBeast, a huge monster that begins absorbing the internet. It strikes in NetCity and threatens to delete MegaMan and ProtoMan, but a mysterious NetNavi named Bass appears to chase the monster off at the last moment.
世界各地でネットナビが消失するという事件が勃発。何故かニホンでだけそのような現象が起きていないという。熱斗は調査のためニホンにやって来たラウルと再会する。そしてニホンのネットシティでもナビの姿が消え始める。事件は巨大なライオン型プログラムの仕業だったのだ。ロックマン達は絶体絶命の危機に陥るが・・・。
L'attacco finale della Grave inizia quando viene risvegliato il Virus Bestia, un enorme mostro che inizia ad assorbire tutti i Net-Navi del mondo cibernetico. Giunto all'arena degli incontri di Net-City, il Virus Bestia minaccia di eliminare anche MegaMan e Protoman, ma un Net-Navi misterioso chiamato Bass sembra riuscire a scacciare il mostro, domando all'ultimo istante la sua furia.
