Allein der geheimnisvolle NetNavi Bass ist immun gegen die Kräfte des Cyber Biests. Unklar ist, wer von seiner Macht profitieren wird: Megaman oder Grave? FreezeMan soll im Auftrag von Kid Grave Bass auslöschen. Dieser wiederum verschwindet mit dem ohnmächtig gewordenen Megaman und versetzt dessen Freunde in große Sorge.
FreezeMan is sent to capture Bass, but HeatMan intervenes to get revenge for the deletion of his former being. Bass instead captures MegaMan and begins reading his memories to learn the truth about his existence; he and the Grave VirusBeast were created from PharaohMan's left-over data. Meanwhile, Protoman has a run-in with the Virus Beast. He ends up getting deleted in an attempt to save a young toddler navi. Also, the true leader of Grave is revealed to be Mr. Wily himself.
ライオン型プログラム、ゴスペルの前に突如現れ、ゴスペルを圧倒した謎のナビ、フォルテ。ゴスペル首領はフォルテの抹殺をフリーズマンに命じ、ロックマンもまたフォルテの後を追う。一方、ファイアマンの仇討ちを誓うヒノケンはヒートマンでフリーズマンに戦いを挑む。
FreezeMan viene inviato a catturare Bass, ma Mr.Match e HeatMan intervengono per vendicarsi dell'eliminazione di TorchMan. Bass intanto cattura MegaMan ed inizia a leggere i suoi ricordi al fine di scoprire la verità sulla sua esistenza: lui e il Virus Bestia sono stati creati a partire dai dati di PharaohMan; questo perché il vero leader della Grave si rivela essere in realtà lo stesso Mr. Wily. Nel frattempo, ProtoMan si scontra a Net-City con il virus Bestia, ma finisce per essere eliminato nel tentativo di salvare un giovane Net-Navi.
