Während Lan verreist war, ist die Computerstadt Net City online gegangen. Dort hält sich auch der Schurke Arashi auf, der das Ventilationssystem in Yais Haus manipuliert, so dass die Ärmste fast sterben muss.
Back home, Lan is introduced to NetCity, an online city for NetNavis to interact in. Meanwhile, a NetNavi named AirMan traps Yai in her bathroom and fills it with hot steam. MegaMan goes to stop the NetNavi who claims to be a member of Grave, a new net-crime syndicate.
世界旅行から帰国した熱斗とロックマンは、メイル&ロールの案内でネット内にオープンした巨大なインターネットシティに遊びに行く。そのころゴスペルという新たな悪の組織が、世界のネットワークを牛耳ろうと活動を始めていた。メンバーの一人、風吹アラシはやいとの家のシステムに侵入、ガス漏れを起こして入浴中のやいとが危機に陥る。ロックマンは湯沸し器の電脳世界で事件の張本人、エアーマンと戦う。
Tornato finalmente a casa dopo il suo viaggio intorno al mondo, Lan è introdotto da Maylu nel sistema di NetCity, una città virtuale in cui tutti i Net-Navi possono interagire tra loro. Nel frattempo, un misterioso Net-Navi di nome AirMan, intrappola Yai nella sua stanza da bagno, riempiendola di vapore caldo. Lan e Maylu corrono a casa di Yai per salvarla, mentre MegaMan affronta AirMan, il quale afferma di essere un membro di Grave, un nuovo sindacato net-criminale che minaccia non solo il mondo reale, ma anche la rete di NetCity.