Beams of light are tearing through cities all over the world, deconstructing anything they touch into network data. Dr. Hikari recognizes this as the dreaded "Spectrum" program, and he commands Lan to quickly rush and destroy something called the "Tadashi Hikari" program. As MegaMan rushes to do so, Bass assaults him, but Colonel intervenes. The destruction of the program is interrupted when a large beast named Nebula Grey appears and absorbs it, causing the NetNavis to retreat. Just then, the Spectrum beams tear through an amusement park, deconstructing many of Lan's friends. Dr. Regal reappears, having transformed into a data being after his demise with LaserMan in Axess, and plans to extract the programming written on Dr. Hikari's retinal pattern, completing Spectrum and transforming the planet into network data. Lan, Chaud, and Raika work together to infiltrate a Netopian army base where Dr. Regal goes through with his plan, and Lan encounters a man named Baryl who claims to be Colonel's NetOp. MegaMan jacks-in to the core of the program to stop Regal, and Bass also appears. In a pinch, MegaMan sacrifices his Ultimate Program to Bass, hoping he can defeat Nebula Grey with it. The resulting fusion creates BassCross MegaMan, a being that obliterates Nebula Grey and spoils Regal's plan. The military base begins to crumble, and Bass absorbs Nebula Grey's power for himself. The NetSavers and Dr. Hikari escape, but Baryl remains behind, uttering the reassuring claim that he is "immortal." Everything deconstructed by Spectrum returns to normal, and peace is restored.
Лучевые потоки рвутся через города по всему миру, деконструируя всё, к чему дотягиваются, в сетевые данные. Доктор Хикари узнаёт в этом зловещую программу Spectrum и приказывает Лэну срочно ликвидировать некое приложение Tadashi Hikari. Пока MegaMan спешит выполнить приказ, на него нападает Bass, но вмешивается Colonel. Уничтожение программы прерывается, когда появляется огромное существо Nebula Grey и поглощает её, вынудив NetNavis отступить. В тот же момент лучи Spectrum проходят через парк развлечений, деконструируя многих друзей Лэна. Возвращается Dr. Regal: после своей гибели вместе с LaserMan в Axess он превратился в информационное существо и теперь намерен извлечь программную запись, записанную на радужке доктора Хикари, завершив Spectrum и превратив планету в сетевые данные. Лэн, Chaud и Raika объединяются, чтобы проникнуть на базу армии Netopia, где Regal пытается осуществить свой план, и Лэн встречает мужчину по имени Baryl…
電脳世界の邪悪な電脳生命体「ネビュラグレイ」が動き出す。ネビュラグレイによって、現実世界では、世界の彼方此方で建物や人々が電子データに分解されては消えていくという、大規模な非物質化現象が起こる。この現象の起きた地区を宇宙から見ると、それは巨大な回路図を描いていた。これを見た光熱斗の父・光祐一郎は何かを思い当たると、近くにいた息子でありネットセイバーでもある熱斗に、「ヒカリタダシプログラム」をデリートするよう命じる。それは熱斗の祖父の光正が作り出したプログラムであり、現在はトリニティブレイン社にあるという。そして、非物質化現象はデンサンシティでも起こり始める。
冒頭、熱斗はアミューズメントパークのプレオープンで行われたネットバトル大会に参加しているが、同プレオープンではデュエル・マスターズのデュエル大会も同時に開かれていて、同時上映の『デュエル・マスターズ』の主人公の切札勝舞がデュエルしている姿を熱斗が観戦しているという、ちょっとした共演も見られる。
