入江の所業により、山本、ラル・ミルチと分断されてしまった獄寺、了平。壁に遮断されていまい、山本たちの救出へ向かうこともできない。混乱し苛立つ獄寺だったが、ほどなくして後方のドアが自動的に開いた。顔を見合わせる獄寺と了平――「罠か？」 匣兵器の瓜を偵察に向かわせようとするが、瓜は全く言うことを聞かない。しかたなく警戒しながら歩を進めていくと、通路の奥から不気味な笑い声が聞こえてきた。そこに待ち構えていたのは、ミルフィオーレの新たな刺客だった……！
獄寺、了平と分断されてしまった山本とラル・ミルチ。しかもラルはジンジャーとの戦いで気を失ったまま意識を取り戻す兆しが無い。ラルを背負い、基地内を彷徨う山本は、パイプの入り組んだ狭い空間に迷い込んでしまう。そこで突如として山本に襲いかかってきたのは死ぬ気の炎を纏ったブーメラン！待ち構えていたのは、入江によって配置されていた新たな刺客だった。容赦なく四方八方から襲いかかるブーメラン。だが狭い空間では時雨金時が使えない。追いつめられた山本は、ある策をひらめいた――。
入江により再びメローネのブロックが移動され、獄寺とγは、因縁の再会を果たした。獄寺の脳裏に、γに惨敗した記憶が蘇る。一方γは、メローネ基地のからくりに気づき、それを獄寺たちに語り始めた。余裕の表情のγだが、入江に対しての不信感がつのり、心中穏やかではない。だが「このバトルには感謝する」――そう呟き、彼は眼光を鋭くした。 真っ先に飛び出した獄寺だったが、了平の晴の炎で強化された縄で制されてしまう。了平は、ここは大人の自分が戦うと獄寺に言い聞かせ、γの前に歩み出る……！
圧倒的な強さを見せつけるγ。それでも了平は、高速自己治癒力でダメージを回復しながら戦いを続けていた。獄寺は、了平の晴の炎で強化された縄に自由を奪われつつもどうにか匣から瓜を出し、縄を噛み切るよう命令する。だが瓜は全く言うことを聞かず、γに向かって行ってしまった！それを止めて、瓜をγの攻撃から守る了平だが、直後にγの容赦ない攻撃を受け、倒れてしまう。γが了平にトドメの一撃を放ったその瞬間、獄寺がスィステーマＣ.Ａ.Ｉ.を起動した！
ボンゴレアジトの集中医療室で未だに昏睡状態のクロームは、夢の中で目覚めようと必死にもがいていた｡雲雀も地下鉄構内に戦いの場を移し、ミルフィオーレの強襲部隊と新たに現れた別働隊との対戦を続けている。メローネ基地ではツナが、Xバーナー完成のためにスパナの協力を受け入れるかどうかの決断を迫られていた。そんな中、獄寺はスィステーマＣ.Ａ.Ｉ.でγを驚嘆させるに至る。しかし、スィステーマＣ．Ａ．Ｉ．の複雑なシステムを理解するまでには、苦悩の日々があったのだった……。
Xバーナー完成のため、スパナの協力を受けるかどうか悩むツナに、ジャンニーニは通信機から猛烈に反対をする。敵の技術者は信用できないというのだ。その頃、獄寺は5つの波動を使い分けた攻撃で、γを追い詰めていた。一時的に物陰に隠れたγは、懐から大切そうに、ある匣を取り出す。それは幻騎士が、ブラックスペルのボス・ユニに頼まれてγに渡したものだった。その直後、γを倒そうと追い立てる獄寺の頭上に現れたのは、ひときわ大きな雷の炎を纏った、黒い狐の匣兵器だった……！
漢我流の腹から飛び出した巨大なヒョウのような匣兵器―― その正体は、晴の活性で成長した瓜だったのだ！γの匣兵器・黒狐（ネレ・ヴォールピ）は、さらに雷の炎を大きくして獄寺たちを威嚇する。どうやらまだ膨大な力を温存しているようだ。成長した瓜は負傷した獄寺を覆うように立ち、黒狐に向かっていく。その姿を見て獄寺は、瓜もまたスィステーマC.A.I.の一部だと確信する。ボンゴレの覚悟を胸に、獄寺の怒涛の反撃が始まった――！
獄寺の攻撃を受け、γは自らのボス、ユニと初めて会った日に思いを馳せる。それは、ブラックスペルの基盤となったジッリョネロ・ファミリーが、白蘭率いるジェッソ・ファミリーから攻撃を受けていたさなかのこと。敵から逃れジッリョネロの隠れ家にたどり着いたγは、先代ボスの訃報に接しショックに打ちのめされる。そんな彼の前に現れたのが、静かに微笑むユニだったのだ。そして、γの記憶はジッリョネロとジェッソの合併、ミルフィオーレ・ファミリーの忌まわしき結成の経緯に及ぶのだった……。
山本は、意識を失っているラル・ミルチを背負ったまま、メローネ基地の中をさまよい続けていた。通路のドアやハッチが自動的に開閉して、彼らをどこかへ誘導しているようだ。その時、背中のラル・ミルチが小さく唸り声をあげ、意識を回復した。長く昏睡していたため、状況を理解できないラル・ミルチは、山本に質問をしながら、今までの戦いを脳内で整理し始める。そして、メローネ基地に突入してからまだ数時間しか経っていないことを、彼女は改めて実感するのだった……。
未だツナの行方を掴めないことに焦燥し始める入江。その頃、ツナはコンタクトレンズに悪戦苦闘していた。なかなかコンタクトを着られないツナ。そのダメッぷりに呆れるリボーンだったが、スパナはコンタクトの素材を変えてみようと提言する。小一時間で済むらしいが、ただ待つのでは勿体ないというリボーン。スパナの提案で、キング・モスカの戦闘プログラムを作る際に使用したというシミュレーターでのツナの戦闘データの再収集が始まる。
匣兵器実験室の壁を破り、姿を現したのは雲雀だった！ついに最強の守護者と言われる男と、この時代最強と評される剣士が接触した。「白い装置はこの先かい？」問う雲雀を尻目に、おもむろに自らの匣を開匣する幻騎士。匣から流れ出たのは幻覚の樹海だった。幻覚は倒れたラル・ミルチや山本を覆って行く。相手が幻術を使うと知った雲雀は、ゆっくりとリングを付け替え、微笑みを湛えながら宣戦布告をする。「術士が嫌いでね……這いつくばらせたくなる」――最強ＶＳ最強のバトルが幕を開けたのだ……！
ひとつの匣に、三つのリングの炎を注入する雲雀。圧倒的な炎の威力に耐えきれずひび割れ、崩れていく匣。中から現れたのは『裏・球針態』。それは闘う当人以外は全て排除される絶対遮断空間。「手っとり早く終わらせたくてね、スケジュールがつまってるんだ」 雲雀の意味深な言葉の真意とは……？ 一方、ツナはアイリス率いる死茎隊に四方を囲まれていた。アイリスの雲の炎による肉体増殖で襲いかかる死茎隊。スパナは、アイリスと死茎隊誕生の経緯について語り始めた……。
崩壊する裏・球針態を見て勝利を確信する幻騎士。しかし粉塵の中から現れたのは10年前の雲雀だった！突然のことに戸惑いを隠せない幻騎士。戦いの最中に10年後雲雀が言っていた「スケジュール」とはこのことなのだろうか？10年前の雲雀は状況を分かっていないようだが、倒れている山本を発見し、その元凶が幻騎士であると知ると、おもむろにトンファーを構えた。「君の行為を並中への攻撃とみなし、僕が制裁を加えよう」 この時代のことは全く理解していないまま、雲雀は幻騎士に戦いを挑む！
激しい肉弾戦を繰り広げる雲雀だが、幻騎士の一撃で瓦礫の中に吹き飛ばされてしまう。10年前の雲雀では幻騎士に敵わないのだろうか……！？ 一方ツナ達の前にはジンジャー・ブレッドが立ちはだかっていた。スパナを裏切り者と認めたジンジャーは、彼に容赦なく攻撃を仕掛け始める。しかしそれでも、スパナはプログラミングの手を止めない。淡々として見える彼だが、内には熱いメカニック魂が燃えているのだ。コンタクト完成――と思われた次の瞬間、ジンジャーの会心の一撃がスパナを襲う…！！
匣兵器実験場では雲雀と幻騎士の戦闘が続いている。優勢に見えた幻騎士だが、戦いの中で違和感を覚え始めていた。炎を練り込んだ攻撃が効かないのだ。１０年前の世界から来たばかりの雲雀は、匣はおろか、リングの炎のことすら知らないはずのに……。幻騎士は自らの匣を開匣し、幻海牛（スペットロ・ヌディブランキ）が紡ぎ出す幻覚で雲雀を取り囲む。１０年後雲雀は経験で目に見えない幻海牛を防いでいたが、果たして10年前の雲雀にはそれができるのだろうか……？
雲雀の匣から出現したのは――なんと、酔っぱらった様な状態の雲ハリネズミだった。起き上がろうとしてはへたり込み、ゲップを繰り返す雲ハリネズミ。注入された炎の量が多すぎて消化不良を起こしているようだ。10年前の雲雀が幻騎士に勝利するための最後の賭けが外れてしまった。しかし、雲雀は穏やかな表情で雲ハリネズミに手を差し伸べた。雲雀の匂いに気づいた雲ハリネズミが振り向いたその時、勢い余り、針で雲雀の手を刺してしまった。動揺した雲ハリネズミは思いもよらない反応をした――！
メローネ基地内を飛行するツナ。目的は入江正一と彼の実験室にあるという白くて丸い装置に絞られた！入江はモニターでツナの動きを確認しながら、メローネのブロックを移動させ、遠隔から行く手を阻もうとする。スパナを背後に、追尾ミサイルに追い立てられ為す術のないツナだったが、スパナの改良したチャフと火炎弾でどうにか事なきを得た。その状況を見てもなお、入江は不敵な笑みを浮かべる――「沢田綱吉、お前達を待つのは最終にして最強の防衛区画」……果たしてツナを待ち受けるものは！？
ダメージにより身動きが取れないツナに、幻騎士は追い打ちで非常事態・特別強襲用の『大戦装備』（アルマメント・ダ・グエーラ）を行使する……！これが彼の白蘭に対する忠誠心と、与えられた任務を遂行しようとする執念なのだ。圧倒的な戦力の差を見せつけ、無駄な抵抗はやめろと言い放つ幻騎士。その言葉を受け、ツナは傷ついた体を必死に起こす。幻騎士の強さを理解した上で、それでも闘うと宣言するツナは、静かにオペレーションＸ（イクス）を発動させた……！
ツナの強き意志を宿した眼にユニの面影を重ね、動揺する幻騎士。彼の脳裏に、ある記憶が甦る。白蘭への忠誠の証として、ジッリョネロファミリーを全滅させる命を受けたものの、ユニの眼に気圧されて実行できなかったのだ。彼の中で神にも等しい存在の白蘭の命を果たせなかったことは、深い悔恨を残していた。その失態を拭うべく、幻騎士はリングの力により、更なるパワーアップを図る。ヘルリングに己の精神を食らわせ、おぞましい姿に変化した幻騎士の戦闘力とはいかなるものなのか……！？
ヘルリングの力により、さらに戦闘力を倍加させる幻騎士。霧の炎に包まれた後、現れたのは予想だにしない姿だった……。強大にして凶悪な力を発揮する幻騎士。しかしツナはその姿に怯むことなく、必殺技の狙いを定める。いまだかつてない炎圧の攻撃――Ｘ（イクス）バーナー超爆発（ハイパーイクスプロージョン）！！ せめぎ合う炎と炎。果たして攻防に打ち勝つのは……！？ そして壮絶な力と力のぶつかり合いによって大破された壁の向こうに見えたものは……。
ついに辿り着いた目的地――入江正一の研究室。 白くて丸い装置を眼前に見据えるツナの前に現れたのは、なんと入江正一本人だった。彼はツナに、捕らえた守護者たちと回収したボンゴレリングを見せつけた。 自分たちには構わず装置を破壊してくれ、と叫ぶ獄寺。しかし、入江は謎に包まれていた白くて丸い装置を開いてみせた。その中に隠されていた秘密に衝撃を受けるツナ達。 そして、とうとう入江の口から真実が語られる時が来たのだった……。
全世界的に、ミルフィオーレに一斉攻撃をしかけたボンゴレファミリー。もちろんボンゴレ独立暗殺部隊・ヴァリアーも参戦していた。一瞬にしてミルフィオーレの拠点を占拠した10年後ヴァリアーだったが、周囲をミルフィオーレの軍勢に囲まれ、籠城戦を強いられてしまう。しかし大人しくディフェンスに甘んずる彼らではない。ルッスーリア、レヴィ、ベル、スクアーロ、そして一癖ありそうなニューフェイス、フラン。スクアーロ作戦隊長の指示のもと、10年後ヴァリアーは再び動き出す！
6弔花 最後の一人は、かつてベルが自分の手で葬ったはずの双子の兄、ジルだった。 幻覚ではないかと疑うベルだったが、自分と左右対称にある腹のあざ、そして自分がつけた傷跡を見て、本物だと認めざるを得なくなる。二度と会うはずのなかった兄を前にして、ベルは幼いころ兄を手にかけた思い出を語り始めた。この世には存在しないハズの人物が何故生きているのか？ メローネ基地の入江は、それは白蘭の能力に起因するという。 しかし、その詳細に関しては重く口を閉ざしたままだった……。
ヴァリアーが占拠した古城を破壊したジルと執事のオルゲルト。余裕でヴァリアーを一網打尽にしたと悦に入るジルだったが、大破された城の一室にいたのは、無傷で椅子に座した10年後のXANXUSだった。目の前に敵がいるにも関わらず、XANXUSはあくびをして余裕の挑発。巨雨ゾウ（エレファンテ・フォルテ・ピオッジャ）で攻撃する執事のオルゲルトだが、XANXUSの強烈な一撃で、ゾウは粉々に！ 後ろで見え隠れする大きな動物のような影は、XANXUSの匣兵器なのか！？
XANXUSの匣兵器の正体――それは大空と嵐、２つの属性をもつ天空嵐ライガー（リグレ・テンペスタ・ディ・チエーリ）だった。匣を閉じ、ジルに白蘭を呼べと命ずるXANXUS。交渉をしてもいいとほのめかすジルだが、それは匣兵器がない状態のXANXUSに攻撃をしかけるための時間稼ぎだった。ジルの匣兵器、嵐コウモリ（ピピストレッロ・テンペスタ）で周囲をかこみ、目に見えない特殊な嵐の炎での攻撃を謀る。だが次の瞬間、閃光が嵐コウモリを打ち砕いた！それはXANXUSの二丁拳銃から発射された憤怒の炎だった。匣兵器無くしてもXANXUSの戦闘力は計り知れない！
入江から、ボンゴレの匣を受け取るツナ。しかし入江の口から驚くべき言葉が発せられた。ボンゴレリングの真の力を引き出し、ボンゴレ匣を開匣するためには、アルコバレーノの７つの印が必要だという。それを手に入れるためには、アルコバレーノの試練に打ち克たなければならないというのだが、１０年後の世界ではリボーン以外のアルコバレーノ達は死亡したと伝えられている。どうすればいいのか困惑するツナだが、入江は、印を得るためにツナ達を一旦過去に戻すと宣言した。
10年前の世界では、アルコバレーノ達がツナに試練を与えるために並盛へ向かっていた。一方、１０年後の世界のツナ達は、１０年前に戻る前に改めて入江に説明を受けていた。アルコバレーノの試練は一週間、その期間内で7つ全ての印を手に入れなくては、白蘭に対抗する手立てが失われてしまう。新たな決意を胸に、ツナ達は入江の装置で、１０年前の並盛に帰還する。久々の平和な並盛に感激するツナ達だったが、口を閉ざしていたリボーンが、ついにアルコバレーノの試練について語り始めた……。
10年前に戻ってから、試練がないまま1日が過ぎてしまった。リボーンは、アルコバレーノがいつどの順番で現れるか分からないという。ひとまず学校に行き、通常通りに過ごしているよう言われるツナだったが、休み時間の屋上でいきなりの襲撃を受ける！相手はゴーグルをした赤ん坊。その正体は――10年前のラル・ミルチだ。ラルはアルコバレーノの試練の立会人だという。最初の試練の相手は、青いおしゃぶりを持つコロネロだ。コロネロによる、ツナと獄寺の「戦闘力」の試練が開始される……！
圧倒的な強さを見せつけるコロネロ。未来で修業をつみ、戦いを経験してパワーアップしたツナ達でさえ、苦戦を強いられる。次々と繰り出されるコロネロの強力なパンチ、キック、そして必殺技「マキシマム・バースト」！ 息をつかせぬコロネロの攻撃で、ツナはＸバーナーを撃てずにいた。しかし、獄寺の機転により、ようやく炎圧を調整する時間が与えられる。同時に放たれるツナのＸバーナーとコロネロのマキシマム・バースト――果たして押し勝つのは……！？
クロームが気がかりで黒曜ランドにやってきたツナ。そこに突如として現れたのは、雲雀と骸だった。過去に因縁のある二人は、目が合うなり戦闘を開始してしまう！困惑するツナだったが、この有り得ない状況は、紫のおしゃぶりを持つアルコバレーノ、スカルの企みによるものだと知る。このままでは雲雀と骸、どちらかが倒れるまでの戦いになってしまう。焦るツナに、ラルは試練の開始を言い渡した。かたやスカルとの試練、かたや雲雀と骸の激闘。さらに、騒ぎに気づいた犬や千種まで現れて場は大混乱！
トリカブトに囚われたユニを救ったのはγだった。かつてはミルフィオーレの隊長として獄寺達と対戦したγだが、今は自分のボスであるユニを守るために現れたのだ。野猿や太猿もブラックスペルとしてではなく、ユニの為に戦えることを心から喜んでいるようだ。しかしマーレリングを奪われたγは本来の力を発揮できない。それでもγは全身全霊の力を振り絞り、身を呈してでもユニを守ろうとする。γとユニに迫りゆくトリカブト――！ と、その時彼らの前に現れたのは超（ハイパー）化したツナだった！
白蘭の命により、最後の真６弔花・ＧＨＯＳＴ（ゴースト）が復讐者（ヴィンディチェ）の牢獄から釈放されることとなった。しかし、アイリスがＧＨＯＳＴの引き渡しを要求すると、復讐者はすでに取引は終了したと告げ、釈放した別の男の画像を見せた。悪魔をも裁くと恐れられる復讐者を欺いた者とは一体誰なのか？そして、ＧＨＯＳＴの代わりに解放された人物とは…？一方、ツナ達はユニの提案で森に身を潜めていた。獄寺達は相当ダメージを負ってしまったようだ。そんな中、ユニは夜明けと共に、最終決戦が始まることを予言した……。
３点からボンゴレを責める計画をしていた桔梗達は、森の一角からの爆発に気付き、移動を止めた。戦闘が開始されたと悟った桔梗は、それでも余裕の表情で一角を見つめる。ザクロが本気を出したのなら、ボンゴレに勝ち目はないという確信があるのだ。傷ついた体で、ギリギリの状態で戦っていた獄寺達は、修羅開匣したザクロを目の当たりにし、愕然とする。ザクロの能力は、想像を絶するものだった！これまでの戦いで新たな覚悟を築いた獄寺は、この戦いでそれを証明出来るのだろうか――！？
瓜のサポートで、何とかザクロに一撃を食らわせることに成功した獄寺。しかし、そこにブルーベルが現れた！力を使い果たした獄寺はもう動くことすらできない。このまま獄寺はトドメを刺されてしまうのか――？ しかし、その時、獄寺を抱え上げる者があった。獄寺達の元に駆けつけてくれたのは、意外な援軍だった！一方、沼地の付近に潜んでいた了平、バジル、ランボ、野猿、太猿の前に、桔梗が現れた。各地で戦いが勃発し、ミルフィオーレとボンゴレの総力戦が始まる――！
ボンゴレ匣の威力を発揮したランボは、桔梗の匣兵器である雲（読み：ヌーヴォラ）ヴェロキラプトルを一掃する。しかしランボは力を出し切ると眠りに落ちてしまった。そこへ桔梗は追い打ちをかけるように修羅開匣する！雲の炎の増殖により無数に現れるスピノサウルスの首。傷だらけの体で戦っているバジルや野猿・太猿では到底対処しきれない数だ。その時、了平が立ちあがり、ボクシングの１Ｒ（ラウンド）である３分で桔梗を倒すと宣言する。ついに了平がボンゴレ匣の力を 発動する時が来た！
ヴァリアーとザクロ・ブルーベルの戦いはさらに激しさを増して行く。遠くから仲間の身を案じることしかできないツナは、言いようのない異変を察知していた。その感覚の正体とは一体何なのか？そんな中リボーンは、いくらヴァリアーは超精鋭とは言え、人間離れした真６弔花が相手では勝敗は分からないとつぶやく。実際戦場では、真６弔花が優勢になり始めていた。ブルーベルの技に捕らわれるベル、レヴィ、ルッスーリア。そして、ＸＡＮＸＵＳまでもが桔梗のスピノサウルスの攻撃を受けてしまい――！？
激しい戦火の中、ついに姿を現した最後の真６弔花・GHOST（読み：ゴースト）。帯電しているかのように発光する体、普通の人間よりふたまわりあろうかという巨体、そして、白蘭と瓜二つの顔。戦場を悠然と歩くその異様な姿に戦場にいる全員が息をのむ。仲間であるはずの桔梗達までもが動揺している。そんなGHOST（読み：ゴースト）の力とは一体どのようなものなのか？獄寺達は先制攻撃として、初めての匣コンビネーション技を仕掛ける！
