「全世界は、いや地球は、たった今から私が支配する！」（ランドウ） 狂気の科学者プロフェッサー・ランドウが、巨大ロボット・メタルビーストで全世界への侵略を開始した。対抗できるのは、G鉱石で作られた宇宙開発用メカ・ゲッターロボだけ。開発者である橘博士が戦闘への参加に難色を示す中、正義感を燃やすパイロットの一文字號は、丸腰のゲッターロボで出撃しようと試みる。
「翔、これが戦いだ。戦いとはこんなものだぞ…」（橘博士） 最初の戦闘に勝利したものの、ゲッターロボは大きなダメージを負ってしまった。破損した左手の修理には、かなりの時間がかかるという。しかもG鉱石の量は限られているので、新たな武器を開発する余裕はない。整備班を率いる翔もサポートに回る信一や剴も、対応に追われる中、初めての戦死者が出てしまう。
「お前の心配をしているんじゃない、ゲッターロボは二つとないんだ！」（剴） 戦死者が出たのを機に、橘博士はプロフェッサー・ランドウとの全面対決に乗り出す決意を固めた。ためらっている間に犠牲者を出すくらいなら、ベストの状態で戦わせてあげた方が良いからだ。博士はゲッターロボの武器・ハンディミサイル砲の開発に取りかかる。だが、完成を待たずして、またもやメタルビーストが現れる。
「ミサイル砲を持っている時は、ナックルボンバーが使えませんね」（由自） ハンディミサイル砲に続き、ナックルボンバーがゲッターロボの右手に装着されることになった。片手だけではと物足りない翔は、由自の言葉とボクシング中継をヒントに、左腕にもナックルボンバーを装備しようと思いつく。彼女は昼夜を問わずに作業を進めるが、疲労と睡眠不足がたたって倒れてしまい…。
「自分がゲッターロボで出動する！」（剴） ゲッターロボでの激しい戦闘によって、號の身体はボロボロになっていた。コックピットにガスを放たれた時の後遺症も、まだ色濃く残っている。絶好の勝機が到来したとばかりに、襲い来るメタルビースト。休息が必要な號に代わって剴がゲッターロボで出撃するが、慣れない機体での戦いにピンチに追い込まれてしまう。
「俺は信一さんがメタルビーストに殺されたときに誓ったんだ。もう誰も…誰も死なせはしないと！」（號） 政府首脳との会議に向かっていた橘博士が、ランドウの右腕・ラセツ伯爵に連れ去られてしまった。捜索と救出に専念したくとも、メタルビーストが姿を現せば、戦いを優先せざるを得ない。新装備・ネット捕獲砲を携えて戦場に向かう號たちの前に、橘博士を人質に取ったラセツが出現。無条件降伏を迫ってくる。
「特訓を思い出して、心で戦うのよ！」（翔） 戦いに備えて特訓を重ねる號たちのもとに、剴の弟・大道哲が訪ねてきた。剴は長い間会っていなかった哲を、冷たくあしらって追い返そうとする。彼とは正反対に、由自は喜んで遊び相手を買って出る。ひとりっ子の由自には、哲が弟のように思えたのだ。彼らは剴をよそに、本当の兄弟のように意気投合する。
「奴の弱点は、空からの攻撃だ」（ランドウ） 橘博士は旅客機の墜落事故を不審に思い、翔を現場へ偵察に差し向ける。案の定、そこにはメタルビーストが待ち構えていた。急遽派遣されたゲッターロボは、ランドウの降伏勧告をはねのけて戦いを挑む。ところがメタルビーストは空から攻撃を仕掛けてきた。地上でしか戦えないゲッターロボは、絶体絶命の窮地に陥る。
「ボクが戦うのは、生きていくためよ」（翔） 飛行型のメタルビーストは撃退したものの、號たちの焦りは頂点に達していた。的確に弱点を突いてくるランドウの攻撃を退けるためには、大幅なパワーアップが必要だ。ポチ博士とタマ博士は独自に基地防衛用シールドの開発に着手し、翔はゲッターロボに飛行能力を持たせるための専用ブースターを作り始める。
「ゲッターロボよ、海底があなたの墓場になるのよ」（ラセツ） ゲッターロボの大改造が始まった。橘博士も今や戦いへの覚悟を決め、NISAR基地の人間は一丸となってパワーアップに取り組んでいる。だが、作業が完了する前に、ラセツの潜水艦が猛攻撃を仕掛けてきた。基地は激しい砲火にさらされ、メタルビーストの迎撃に出たゲッターロボも海底で苦戦を強いられてしまう。
「君たち三人でひとつのチームを組む。力をあわせ、頑張ってくれ」（橘博士） プロフェッサー・ランドウは今こそ好機と判断し、NISARを陥落させんと猛攻撃を加えていた。焦る號は改造途中のゲッターロボで出撃しようと格納庫に駆け込むが、そこにあったのはガードロボット一体のみ。博士はどこで大改造を行っているのか？ 號は基地を守ろうと、無謀にもガードロボットで出撃し…。
「ゲッターロボも三体合体で、特にチームワークが大事ですからね」（由自） 三機のマシンが合体しする戦闘用のゲッターロボが誕生し、新しいNISARの基地も完成した。號、翔、剴はチームを組んで戦うことになり、それぞれゲッター1、ゲッター2、ゲッター3に搭乗することが決まる。だが、翔の表情は曇ったまま晴れない。ゲッター2には本来ならば、兄の信一が乗るはずだったのだ。
「眠らないんじゃなくて、眠れないんです。またこの前のように、失敗するんじゃないかって…」（剴） 剴は人知れず苦悩していた。ゲッター剴のメインパイロットを任されたのはいいものの、どうしても自信を持てずに不安感に苛まれていたのである。かつて彼は、ゲッターロボを操縦しようとして危うく命を落としかけたことがあった。いくら訓練を重ねても不安は拭えず、唇をかみしめながらメタルビーストに挑むのだが…。
「ゲッターロボが腕一本でも動いてくれたら、あいつぐらいやっつけられる！」（號） 整備班に所属する中野少年は、ゲッターロボに憧れ、メンテナンスをすることに誇りを持っていた。だが、合体訓練中に警告ブザーが鳴り響き、お前の整備ミスが原因だと號に怒鳴られてしまう。落胆する中野に、ランドウの放った不気味なスライムが忍び寄る。その物体は、相手の姿をコピーする特殊能力を備えていた。
「僕には何もできない。いつもコンピューターの前に座っているだけだ…」（由自） カナダの子供が発進したＳＯＳを、由自がパソコンで受信した。住んでいる町が侵略者に乗っ取られてしまったのだという。由自はゲッターロボを出撃させて欲しいと博士に直談判するが、カナダ政府に問い合わせている最中だからと取り合ってもらえない。彼はしびれを切らし、バトルヘリに乗り込んで単身カナダへ向かう。
「俺は信じる、橘博士の作ったこのゲッターロボを！」（號） マレーシアの沖合で、未知の物質が発見された。アメリカのウィリー博士によると、ゲッターロボの主材料であるG鉱石に近い物質らしい。相談を受けた橘博士は、さっそくポチ博士とタマ博士を派遣して共同調査を開始する。だが、ランドウの幹部・ヤシャ男爵が、物質を奪うべくメタルビーストを差し向けてくる。
「休暇なんて必要ない、そんな暇があったら訓練だ！」（剴） 近ごろ剴はなぜかイライラした様子で、號が提出しようとした休暇の申請書類を破り捨てる。いさかいを始めた二人はメタルビーストが出現しても和解せず、合体を阻止しようとするヤシャの作戦をみすみす成功させてしまう。チームワークを失った號たちに勝ち目はあるのか？ 剴の苛立ちの理由がようやく明かされ…。
「本当のチャンピオンは敵に攻めるだけ攻めさせて、油断させて、最後の一瞬に大逆転するんだ」（アキラ） ポチ博士の息子・アキラがNISAR基地に遊びに来ていた。大のプロレスファンである彼によると、ゲッターロボもプロレス技を覚えれば一段と強くなるらしい。ヤシャが挑戦状を叩きつけてくると、ゲッターロボは出撃。今回のメタルビーストは、世界各地で無差別破壊を繰り返す、格闘戦に特化した強敵だった。
「信一兄さんのためにもボクは戦う！ このゲッターロボには、兄さんが乗り込んでいたはずだもの」（翔） もうすぐ不吉な13日の金曜日がやってくる。折しも號たち研究所の面々は、数日前からメタルビーストの亡霊を目撃していた。そして13日の金曜日の夜、翔が問題の亡霊に襲われてしまう。もともと異様なまでに怯えていた彼女は、ショックからか心身ともに衰弱してゆく。コックピットに座っているだけで精一杯の彼女は…。
「こんな綺麗な海を汚されてたまるかってんだ」（號） タンカーの沈没事件が続発。防衛庁の依頼を受けて調査を開始したゲッターチームは、事件の背後に潜んでいたコウモリ型とタコ型のメタルビーストと戦闘状態に突入した。しかしゲッター1が最初の戦闘でダメージを受け、合体すれば爆発する不具合が生じてしまう。合体成功か爆発か。ゲッターチームの運命は…？
「正義の味方ゲッターロボ、あ、参上！ ってか」（號） ラセツがNISAR基地をミサイルで破壊する作戦を立案。成功させるためには、基地を包むシールドシステムを突破しなければならない。そこでラセツは、レーザー研究の第一人者・レイナー博士を連れ去り、孫を人質にして無理やり協力させようと考えた。企みを見抜いたゲッターチームは、二人を奪回しようと試みるが…。
「結果を急ぐなと言いたい。君ひとりの犠牲で世界が救われても、悲劇は悲劇だ」（橘博士） 国連平和軍の切り札・サイレントドラゴンは、敵に気付かれることなく核ミサイルを撃ち込むことの出来る潜水艦だ。この最新鋭の兵器が突如として反旗を翻した。ハートランド艦長が世界の支配者を名乗り、核ミサイルを盾に全面降伏を突きつけてきたのだ。艦長は誇り高い軍人にして、橘博士の学生時代の親友だった。
「新しいメンバー!?」（由自） ゲッターチームに新たな仲間が加わることになった。“ミラクル・ガイ”の異名をとる国連平和軍のエースパイロット・シュレンドルフだ。面会のため、ドイツへと飛んだ橘博士。シュレンドルフも空港で博士の到着を待っていた。そこにラセツの差し向けたメタルビーストが出現し、二人を抹殺しようと攻撃を仕掛けてくる。
「剴、俺が行方不明になっても助けに来てくれるか？」（號） 號たちは整備班の中野から、不思議な相談を持ちかけられた。野外美術館・アートウッドでガードマンをしていた親友が、何の前触れもなく消失してしまったというのだ。しかも行方不明になった人間は、今まで表沙汰になっていなかっただけで他にもいた。探偵気分で調査を開始した號たちが、中野と共に現場を訪れると…。
「いくぞフンドシ兄弟!!」（號） 剴の弟・哲がNISAR基地にやって来た。夏休みを利用し、基地の仲間たちと海水浴に行く予定になっていたのだ。しかしその日の深夜、メタルビーストがハワイ島に上陸し、島全体を巨大な繭で包むという事件が発生する。急遽、現場に向かうことになった剴たち。楽しみを台無しにされ、哲はヘソを曲げてしまう。
「ボクたち完全に、ビッグネイザーから追い出されたわ！」（翔） ゲッターチームが出撃している隙を狙い、ヤシャがメタルビーストでNISAR基地に侵入した。ラセツが囮になって號たちを遠ざけている隙をついて、地下から突撃したのだ。ヤシャはシールドシステムを誤作動させてゲッターチームを基地から締め出すと、中枢部の破壊を目指して着々と作戦を進めてゆく…。
「美女は使命感より強し…か？」（剴） ゲッターチームに埋立地の地盤を調査するよう命令が下った。調査対象の北九州玄海ベイシティは国連平和軍の研究部門を受け持つ重要な施設で、最近多発している地震の影響が懸念されていたのである。ところが、ベイシティ計画の責任者・望月里美は、安全システムを過信するあまり、調査の受け入れを拒否する。
「ソードトマホークを奪ってやる！」（號） 見知らぬ戦闘ロボットがゲッターロボの助太刀に現れ、脅威的な力を持つ武器・ソードトマホークで、あっという間にメタルビーストを切り伏せた。搭乗者の名は吉井レミ。橘博士と同様にG鉱石の研究を進めていた、吉井博士のひとり娘だ。ついにG鉱石製の剣の開発に成功したか…感慨に浸る橘博士だったが…。
「父さん、ボク後悔なんかしないよ。自分で選んだ道なんだから」（翔） 翔の従姉妹の姉・佐恵子が、沖縄で結婚式を挙げた。幼い頃は母親代わりとして面倒をみてくれた女性だ。その彼女が、ヤシャの襲撃に巻き込まれてしまった。現場に急行した號たちは、佐恵子たちが人質に取られていると知って一時撤退。人質の中に紛れ込むという翔の作戦を採用し、潜入した彼女のサポートに回る。
「攻撃は大気圏外からです！」（由自） 静止衛星軌道上に現れたメタルビーストが、宇宙空間からレーザー攻撃をしかけてきた。次の攻撃は、軌道を一周する90分後。それまでにゲッター翔にロケットブースターを取り付け、大気圏外へ打ち上げなければならない。翔は宇宙飛行士の訓練を受けておらず、無重力での行動経験もないまま、極めて困難な作戦に挑む。
「オーロラの白く輝く雪を汚す者たち…美しくない」（ナルキス） アラスカに展開していた国連平和軍が全滅した。G鉱石の反応がないのは、第三の敵が出現した証拠なのか？ 事件に困惑しているのは、ゲッターチームだけでなくランドウたちも同じだった。彼の前に謎の少年・ナルキスが現れ、右腕になると宣言。ナルキスはゲッターチームを襲撃すると、超能力で異空間に閉じ込める。
「父の遺志を継ぐことができれば…全力を尽くさせてもらいます」（レミ） 新たなパワーアップ計画のため、吉井レミがNISAR基地に呼ばれていた。エネルギー増強プロテクター・Gアームライザーを開発するためには、G鉱石不足を補うことと、吉井博士の研究成果を組み込むことが不可欠だった。しかしそれを阻止するかのように、ランドウに子爵の位を与えられたナルキスが攻撃をしかけてくる。
「僕だってゲッターロボに乗りたいんだ！」（由自） Gアームライザーは完成し、ゲッターロボはスーパーゲッター號へのパワーアップを遂げた。それを知ったヤシャは、ソードトマホーク封じの作戦をランドウに提案。外出中の由自を捕らえると、洗脳によってゲッターチームへの憎悪を植えつけ、メタルビーストに乗せて攻撃させる。同士討ちさせようというのだ！
「何て奴だ、潜水艦を盾にしやがって！」（剴） 世界各国の潜水艦が次々と消息を絶った。搭載火器には核ミサイルも含まれており、悪用されたら世界は破滅してしまう。ゲッターチームは緊急出動して調査を開始するが、想像もしなかった事態に遭遇する。消息を絶っていた潜水艦が、メタルビーストを守るように展開してゲッター剴に襲いかかってきたのだ！
「私には気象条件を自由自在に操る力があるということだよ、一文字くん」（ナルキス） 大型台風が北海道に居座り、一向に衰えることなく猛威をふるい続けていた。NISAR基地司令室に現れたナルキスは、異常気象がメタルビーストの仕業であることを明かし、まるでゲームを楽しむかのように號たちに挑戦状を叩きつける。出撃したゲッターチームは合体を封じられ、ゲッター翔のまま水中戦を強いられる。
「ひょっとしたら號さん、スランプかも…」（由自） ゲッターロボとは一心同体、どんな困難もゲッターとなら乗り越えられる。それが號の信条だった。しかしGアームライザーでパワーアップしたはずのゲッターには違和感があり、なぜか思うように動いてくれない。解決しないまま出撃することになった彼は、メタルビーストにソードトマホークを奪われてしまう。
「一人でもやってやるわ。私たちは青い狼の末裔なんだから」（セレン） 万里の長城の北に住む騎馬民族を、戦いに巻き込まないよう南に移動させてもらいたい…国連平和軍の依頼で現地に飛んだゲッターチームは、白馬を駆る少女・セレンと出逢う。勇猛果敢な彼女や村人たちは、神の導きがなければ移動しないと主張。しかも悪いことに、メタルビーストこそ神だと思い込んでいた。
「支援もなしにゲッターロボ一機で敵の本拠地に乗り込むなんて、無謀すぎます！」（由自） 国連平和軍の調査によって、ネパールにランドウの前線基地があることが判明した。共同作戦を提案する軍上層部に対し、橘博士は不参加を申し出る。前線基地をひとつ潰したところで、何の解決にもならないからだ。結局、国連平和軍はネパールを、NISARは敵本拠地のある北極を攻撃することになるが…。
「美しい。キミのそのひたむきさは、実に美しい」（ナルキス） ゲッターチームは北極の敵本拠地の奇襲に向かったものの、ナルキスの超能力でネパールの前線基地へと瞬間転移させられてしまった。彼らは国連平和軍をサポートしながら、メタルビーストと戦闘状態に入る。ところが、ゲッターロボのパワーがみるみる低下してゆく。メタルビーストの盾に特殊な仕掛けが施されていたのだ。
「剴、足が震えるようだったら、ここで待っててもいいのよ」（翔） メタルビースト出現の報せを受け、ゲッターチームが現場に急行。罠に気付いて離脱しようとした號が、ゲッター1ごと捕らわれてしまった。翔と剴は橘博士から一時帰還を指示されるものの、それを拒否して號の救出作戦を強行。だが、剴まで人質になったばかりか、ゲッター2とゲッター3を奪われてしまう。
「由自は体力がなくても、頭脳で俺たちをサポートしてくれてるじゃないか」（剴） 由自は號たちに比べて体力では劣るが、戦いに臨む勇気にかけては勝るとも劣らない。そんな彼が、苦戦する號たちを救うためにNISAR基地を飛び出した。今回のメタルビーストは、重力を操る特殊能力を持っている。由自は落下したGアームライザーを再起動させるため、倍加された重力の中を墜落現場へと急ぐ。
「やるからにはベストを尽くすんだ！」（橘博士） ヤシャの操る要塞型メタルビーストが、ヨーロッパの都市を蹂躙していた。まるで巨大なローラーのように市街地を踏み潰しては、フランス軍の核ミサイル基地をめざして直進してゆく。號たちは橘博士の命令に背いて強行出撃を敢行する。刻一刻と核ミサイル基地に接近するメタルビースト。人類に未曾有の危機が迫る！
「東京大爆発です！」（由自） ラセツがエネルギーを吸収する植物を開発した。これを応用したメタルビーストなら、東京の全エネルギーを奪うことだって可能だろう。ところがラセツの手柄を快く思わないヤシャが、彼女が乗り込むはずだったメタルビーストを使って、勝手に東京占領作戦を開始してしまう。機体にある細工が施されているとも知らず…。
「この私自身が、神そのものになるのだ！」（ナルキス） ギリシャで続発する謎の人間石化事件は、ヤシャの弔い合戦を口実に出撃したナルキスの仕業だった。彼の目的は、世界各地の遺跡に存在する神秘のパワーを集め、神そのものになること。駆けつけたゲッターチームは襲いかかってきたメタルビーストと戦うが、超能力によってゲッターロボを石に変えられてしまう。
「抜け殻のランドウ、お前の帰ってくるところはもうない」（ナルキス） かねてからナルキスを警戒していたランドウは、ついに彼を葬るべく動いた。自分の魂をメタルビーストに宿らせ、ナルキスの超能力の源であるペンダントを奪い取ったのだ。そしてゲッターチームと戦闘開始。一方のナルキスは、ランドウを葬ってペンダントを取り戻すため、あえてメタルビーストの弱点を號に教えようとする。
「トマホーーク、ブーーメラン！」（剴） ランドウを倒したナルキスがついに軍団の実権を握り、ヤシャもやむなく服従を誓った。ゲッターチームにとっては、誰が相手だろうと敵は敵。挑戦を受けて出撃した彼らを、冷気を自在に操るメタルビーストが迎え撃つ。自己再生能力を持つばかりか、武器を作り出すこともできる強敵だ。しかも、驚きの姿に変身を遂げる。
「敵にゲッターロボを渡せとおっしゃるんですか!?」（橘博士） 爆弾を内蔵したメタルビーストが、世界各地の市街地を一斉に占拠。排除すれば半径50kmを破壊すると宣言する。ナルキスがその気になれば、世界の主要都市は食い止める間もなく廃墟と化すだろう。国連はやむなく全面降伏を決議。NISARに対し、すみやかな武装解除とゲッターロボの明け渡しを要求してくる。
「私もベガゾーンへ行くわ！」（レミ） NISAR基地は、国連平和軍が送り込んできた作戦部隊に制圧されてしまった。號たちは脱出に成功するが、今やすっかり逃亡者となっていた。こうなったら、敵の本拠地・ベガゾーンに直接乗り込むしかない…。彼らは、ベガゾーンに捕らわれた経験を持つ吉井レミに助言を仰ぐが、レミは自分も一緒に行くと言い出す。
「人間とは優しいものだな。生まれるものなら、人間としてこの世に生まれたかった…」（ラセツ） ランドウがラセツの身体を借りて復活した。ランドウは機動要塞に憑依すると、ナルキスとゲッターチームの戦いに介入し、両者をまとめて滅ぼそうとする。一方、ベガゾーン内に単身潜入したレミは人質の救出に奔走。號が止めるのも聞かず、最後の最後まで生存者がいないか探し続け、取り残されたヤシャに遭遇する。
「俺たちの青春を、お前に叩きつけてやる！」（號） 北極での最終決戦は熾烈を極めていた。ナルキスに立ち向かうゲッターチームは、超能力メタルビーストに苦戦。ソードトマホークを無力化されたうえ、Gアームライザーのプロテクターを脱ぎ捨て、ゲッター號、ゲッター翔、ゲッター剴の三つの姿だけで戦わざるを得なくなる。果たして、全てを賭けた戦いの行方は…？