천둥 번개가 치는 깊은 밤,박치의를 비롯한 무리들은 허균을 구하기 위해 의금부를 습격한다. 하지만 허균은 이미 이이첨에 의해서 광해군 앞으로 끌려가고 옥은 비어있다. 자신의 절치한 벗이자 신하였던 허균의 역모소식을 믿을 수 없는 광해군은 허균에게 직접 진의를 묻는데..
꼬마 허균은 하인 복장을 하고 강가로 바람쐬러 나갔다가 잠적했던 스승을 만나 집에 돌아오고 어른들은 균의 자유분방한 사고에 대해 심히 걱정한다. 균의 아버지 허엽부터 지인으로 지내오던 서산대사조차도 꼬마 균을 보고 그 천성에 우려를 나타낸다.
허균은 동인의 아버지 허엽에게 서인친구인 권필을 소개하지만 서인들과는 상종도 하지 말라는 꾸지람만 듣는다．또 스승 이달이 뛰어난 실력에도 불구하고 서출이기 때문에 관직에 오를 수 없음을 알고 불합리한 세상에 대해 분노를 품기 시작한다．이달에게 연정을 품고있던 허초희는 억지로 하게되는 혼인에 낙심한다.
매형 김성립을 두들겨 패준 허균은 성옥과 함께 밤을 지내게 된다．성옥의 아버지 송취대는 기회를 잡았다는듯 성옥을 데리고 허균의 집으로 쳐들어가 책임지라며 소란을 피운다．역적의 후손이라는 이유로 처참한 생활을 하고 있으나 큰 야망을 품은 이이첨은 이산해를 찾아가 목숨건 제안을 한다.
성옥은 허균이 금강산으로 떠나버리자 그에 대한 그리움을 떨치지 못한다. 허균은 서산대사와 사명대사를 만나 자신이 앞으로 뭘 해야할 지를 고민하게 된다. 이 즈음 작은형 허봉이 혈혈단신으로 관아의 횡포에 대항하다가 말에서 떨어져사경을 헤매는 사건이 발생하는데..
작은형 허봉의 허무한 죽음을 지켜본 허균.그는 조정에 들어가 백성을 위한 정치를 할 것을 다짐하며 생원시에 응시하여 장원을 차지한다. 이이첨 역시 진사시에서 장원을 차지하면서 두 사람의 묘한 관계가 시작된다. 자신의 능력을 제대로 펼쳐보지도 못했던 허초희는 마침내 생의 종지부를 찍는다. 누구보다 누이의 삶을 잘 알고 있는 허준은 누이의 요절을 마음깊이 슬퍼한다.
동인의 이산해와 유성룡은 이이첨의 묘책을 이용해 정철을 위시한 서인세력을 몰아낸다. 하지만 왜국의 침입에 대한 의견충돌로 세력은 다시 나뉘게 된다. 한편 성옥은 자신이 사모하는 허균과 자신에게 진정으로 따뜻하게 대해주는 허균의 처 사이에서 이러지도 저러지도 못하고 가슴만 아파한다. 드디어 선조 25년,국론이 분열돼있는 동안 왜군은 부산포로 진격해오는데..
아내의 죽음으로 슬픔에 잠겨있던 허균은 광해군을 만나 도움을 받는다. 강릉으로 피난 온 허균은 성옥의 진실된 마음을 알고 그녀에게 마음을 조금씩 연다. 한편 이이첨은 왜군의 경계를 뚫고 단신으로 세조의 영정을 찾아온다.
허균은 광해군을 가르치는 시강원 설서로 뽑힌다. 그는 거침없이 왕실의 잘못을 이야기해 광해군의 마음을 사로잡는다. 한편 이재영은 자신에게 관심을 두지 않고 허균만을 마음에 두는 소랑을 보며 좌절하고 이를 신분의 탓으로 돌리며 괴로워한다. 이달,권필은 의병 유희경을 만나 부안에 갔다가 최고의 기녀 매창을 만나는데.
광해군은 이이첨에게 유성룡을 어떻게 탄핵할 수 있냐며 따지지만 이이첨의 똑소리나는 논리에 흔들리고 만다．허균이 스승 유성룡의 탄핵에 괴로워할 때 친구 이재영이 법을 무시하고 과거에 급제하여 선조 앞에 버젓이 나타나는 사건이 벌어진다．한편 성옥은 남몰래 자신을 괄시하는 허균의 처 때문에 괴롭기만 하다.
허균은 부안에서 이달과 매창을 데리고 올라온다．이재영은 이이첨에게서 한리학관직을 제의받고 허균을 염탐할 것을 약속한다．성옥과 동시에 임신한 허균의 처는 보약에 아이 지우는 약을 섞어 성옥에게 먹일 계획을 세운다．허균은 기방에서 시비가 있었던 명나라 제독 유정을 병조에서 접대하게 되는데 유제독은 허균을 못마땅히 여겨 자리를 떠난다．
광해군은 나라 장래를 위해 명나라 유재독에게 협조 할 것을 허균에게 부탁한다. 허균은 소랑에게 세자를 위해 명나라 제독에게 수청들 것을 부탁한다. 송취대는 이이첨이 보낸 첩자 조서방에게 광해군이 밤에 찾아온 것을 발설한다. 이로인해 광해군은 물론 허균까지 난감한 처지에 놓인다. 한편 소랑은 허균을 위해 명나라 제독에게 몸을 바치고 그를 따라 고국을 떠나는데..
허균과 재영은 이이첨의 농간으로 서로를 오해하고 권필은 재영의 배신에 충격을 받는다．박치의와 서양갑은 이이첨의 집에 몰래 들어가 간신 짓을 그만두라고 위협하고 칼을 휘두르지만 결과는 실패로 끝난다．한편 강릉댁은 보약에 아이 지우는 약을 섞어 별당으로 보내고 성옥은 내키지 않지만 안채 형님을 의심할 수 있냐며 약을 마신다．
봉학의 습격으로 위험에 처한 허균을 박치의 일행이 구해낸다. 이재영은 이이첨이 허균을 죽이려 한다는 소식을 듣고 이이첨을 만나 허균을 염탐하는 일에서 손을 떼겠다고 말한다. 이이첨은 중전의 병을 걱정하는 광해군에게 영의정자리에 이산해를 밀어야 왕위를 보장받을 수 있다고 부추긴다. 한편 매창과 술잔을 나누던 허균은 매창의 매력에 강하게 이끌리는데..
박치의와 서양갑의 무예에 힘입어 허균은 목숨을 구하고 봉학은 사로잡힌다. 관찰사는 자신이 관련된 사실이 드러나는 것을 막기 위해 호송 도중에 봉학을 처치할 계획을 세운다. 허균은 기세를 몰아 임해군의 땅을 몰수한다. 한편 송취대와 진안댁은 거짓으로 허균 처를 모함했다는 이유로 집에서 쫓겨나고 임해군의 명을 받은 차인들 수 십명이 곡괭이 등을 들고 허균을 찾아오는데.
인목이 영창대군을 낳고 선조는 그 아이를 총애한다.그러던 중 선조는 쓰러져 위독해진다.유영경 일파는 자신들이 어린 영창대군의 운명과 더불어 갈 수밖에 없음을 깨닫고 어쩔 수 없이 광해군을 옹립하라는 선조의 교지를 빼돌리려 한다.선조의 유언을 듣기 위해 침소로 찾아간 광해군은 출입을 허가 받지 못하고 위기 상황에 빠진다.
이이첨은 임해군을 만나 그의 의중을 떠보려 하다가 광속에 갇히고 만다. 다음날 산릉의 공사를 살피러 간 광해군을 노리는 임해군.하지만 절대절명의 순간에 풀려난 이이첨이 역모를 고발하고 임해군 일당의 역모는 수포로 돌아간다. 한편 공주로 내려온 허균 처는 매창의 존재를 알게 된다. 무륜당이 있는 여주로 가던 허균은 자객이었던 봉학을 만나게 되는데..
이산해와 학금이 세상을 떠난다. 송취대에게 학금의 죽음을 전해들은 허균은 매창과 헤어져 변산으로 향한다. 광해군은 이이첨의 세력 확장을 우려해 허균을 등용하려 하고 인목대비 역시 허균에게 도움을 청한다. 광해 2년 허균은 전시 시관에 오른다. 한편 이이첨은 사위 박자흥을 부정한 방법으로 등과 시켜 외손녀를 세자빈으로만들 생각을 하는데..
매창의 병은 나아질 기미를 보이지 않고 허균의 걱정은 깊어간다.한편 이이첨과 박승종은 자신의 핏줄을 과거에 합격시키기 위하여 부정을 저지르고 이를 눈치챈 허균을 오히려 궁지에 몰아넣는다.이이첨 일파는 허균이 자신의 조카를 부정으로 합격시켰다고 광해군에게 고하고 광해군은 이를 믿지 않으나 이항복을 걱정한 허균은 그를 위해 죄를 뒤집어쓴다.
매창은 허균의 이상이 실현되는 것을 보지 못한 채 눈을 감는다. 이이첨 일당은 전 성균관 유생 김직재에게 역모 죄를 씌워 허성을 위시한 남인 세력을 몰아내려고 한다. 허성은 이이첨에 의해 억울한 역모 혐의를 받자 분노한 나머지 또다시 쓰러진다.
기준격은 이달의 집에서 무륜당 이야기를 엿듣게 된다. 이이첨은 권필을 고문해 허균까지 역모 음모에 집어넣으려 하고, 의식을 되찾은 허성은허균에게 남인을 위해 싸우라고 당부한다. 한편 무륜당은 막대한 자금을운반하는 은상을 털기로 한다.
영창대군 처리문제로 고심하던 광해군은 영창대군의 목숨은 살려두되 폐서인으로 내칠 것을 명한다.또 이달은 앞날을 기약하라는 유언을 허균에게 남기고 죽는다. 이에 허균은 이이첨을 찾아가 거짓 충성을 맹세한다. 허균을 시험하려는 이이첨은 영창대군을 죽이는데 앞장서라고 말한다. 결국 허균은 광해군을 찾아가 영창대군을 죽여야 한다고 주장하는데..
4년 후 혁명을 준비하기 위해 이이첨의 부하가된 허균은 많은 사람들의 비난을 받는다. 허균은 이이첨과 함께 인목대비를 폐위시키고 이에 반대하는 이항복과 기자헌을 귀양 보낼 것을 강력히 주장한다. 한편 혜명대사는 거사 준비를 마쳐간다. 한편 광해군은 허균이 무륜당과 함께 역모를 꾀했다는 기준격의 상소를 받는데..
광해군은 후금과의 타협이 문제가 되면 자신을 지켜줄 사람은 허균뿐이라고 말한다. 한편 박치의의 무리와 혜명,송취대,돌한은 누르하치와 유구가 침략할 것이라는소문을 퍼뜨려 민심을 혼란시킨다. 허균은 하남대장군이 와서 광해군을 죽이고 서궁을 다시 대비로 모실 것이라는격문을 만든다. 이 격문을 붙이던 현응민과 하인준은 이이첨이 보낸 미행자들에게 체포된다.
허균은 우경방의 체포사실을 듣고 좌포도대장김예직에게 서찰을 보낸다. 김예직은 허균에게 받은 서찰을 이이첨에게 고해 바친다. 하인복장을 한 허균은 가마행렬을 꾸며 감시를 피해 박치의를 만나 거사 당일의 계획을 전한다. 그 후 광해군을 만난 허균은 우경방의 관인위조도 이이첨 세력을 막기 위한 방편이었다고 말한다. 그리고 의금부에 들어갈 것을 자청하는데..