茶屋でアルバイトしていたフウは、ムゲン・ジンの2人に会う。2人は茶屋で大暴れした挙句、代官に捕らえられ処刑されようとしていた。フウは助けるかわりに、ある約束を2人にさせる。それは「ひまわりの匂いのする侍」を探しにフウと一緒に旅をするというものだった。
ムゲンに片腕を斬られた竜二郎は、復讐に燃え二人に刺客を送り込む。ジンには小物に見えて実は恐ろしく腕の立つ男を。ムゲンには鬼の形相をした怪力の大男を。フウは竜二郎にさらわれ、ムゲン・ジンはそれぞれ彼らと戦う事になる。
フウのあまりの口やかましさに嫌気がさしたムゲンとジンは、フウを置き去りにし別々に同じ宿場町にやって来る。そこの町を仕切っている二つの組、ムゲン・ジンがそれぞれ用心棒として雇われる事になった。一方、遅れて同じ町にフウもやって来る。
それぞれが違う立場で再会するムゲン・ジン・フウ。ジンを雇った組の息子、宗介の過ちにより、二つの組の抗争も激化しそれを収める為、丁半博打で勝負をつける事にする。だがそこに現れた壺振りはフウだった。
渡し舟の金が払えず立ち往生する三人。渡し賃を稼ぐ為、各自町に散っていく。フウは浮世絵師のナンパ男に誘われ浮世絵師のモデルになり、渡し賃稼ぎに精を出す。だがそのモデルの仕事は罠だった。
ついに江戸に到着したムゲン達。早速「ひまわり侍」聞き込み調査と思いきや、なぜか大食い大会に出場していた。そこで知り合った変な日本人？丈二と共に江戸観光を始めてしまう三人。しかしその四人の後を異人江戸侵入の情報を受けた同心達と、謎の虚無僧チームが追って来ていた。
久しぶりの飯にありつこうとしたムゲン達、だが一瞬の隙をつかれスリの新輔に大事な財布を掏られてしまう。町中駆けずり回り新輔を探すムゲン達。だが、ムゲン達以外にもヤクザの小五郎達が、印籠を取り返す為新輔を探していた。町中で出会う新輔・フウ・小五郎達、咄嗟に新輔はフウを人質に取り油問屋の中に逃げ込むが…。
自称・将軍になる男、ばっちり髪型をリーゼントに決めた永光はなぜかメガネをかけた侍ばかり襲う。ある飯屋でフウ達三人に出会う永光。ピンときた永光は、早速フウをナンパ。無理矢理デートに連れ出されてしまう。そこで永光の口からフウは驚くべき事を聞かされる…。
ダフ屋からニセの手形を掴まされ箱根の関所で捕まってしまうムゲン達。このまま３人磔処刑か？と思われたところ、奉行の衣笠から、山を越えて罪人の首を届け日没までにこの関所に戻ってこられたら、命を助けてやると言われる。人質として残されるジンとフウ。ムゲンは首を持ち駆け出していくが…。
ある宿場町で侍ばかりを狙った辻斬り事件が頻繁に起こっていた。その事件の遺体には外傷は無く、体中から血を噴きだして死んでいた。たまたまその町の寺でアルバイトしていたフウ達は、事件の犯人を捕まえた者に賞金が出る事を聞き、アルバイトそっちのけで犯人探しを始める。
雨が止まず、町に立ち往生するフウ達。宿代を稼ぐ為、それぞれアルバイトをする事に。ムゲンは賭場の用心棒。フウは茶屋のホールスタッフ。ジンはうなぎ屋台の売り子に。うなぎに戸惑うジンに一人の女性が、さばき方を教えてくれる。名前を紫乃と言い、明日から遊郭で働くのだという。
久しぶりに宿に泊まる事になった3人。フウが風呂に入っている間にジン・ムゲンの二人は、フウが書き綴った日記を見つけ勝手に盗み見る。その日記には、男・食べ物・旅の事などが、赤裸々に書かれてあった。
山沿いの道を、迷いながらぶらぶら歩いていたムゲン達。ふいに、道が開け、ついに、海まで出てしまう。そこでムゲンは、昔の幼なじみの少女コザと偶然再会する。喜ぶコザに対し、ムゲンの表情は険しい。そこに現れる一人の男。それは昔のムゲンの仲間で、今は海賊のボスとなっていたムクロであった。
ムクロとの賭けに負け、御用船の金を奪う計画に加わるムゲン。フウやコザが心配する中、ついに計画が動き出し、嵐の海に船を漕ぎ出すムゲン。順調に計画は進行していく。だが、その計画と同時に別の計画が動き出している事は、唯１人以外、誰も知る由は無かった。
山深い森の中、追われている一人の男。追っているのは忍装束に身を包んだ、影の軍団。男、逃げながら胸元から袋を取り出し、近くの池目がけ力一杯ブン投げる、沈んでいく袋。次の日、その池で釣りをしているムゲン一行。そこでジンが一つの奇妙な袋を見つける。それは昨日男が、投げた袋だった。
ちょっとした口喧嘩によって、3人別々の道を行くことになったムゲン達。ふいにムゲン目掛けて矢が放たれる。「誰だ！」咄嗟に避け、矢を放った人物を追いかけるムゲン。そして同時刻ジンは無住心剣道場からの刺客、雪丸を相手に戦っていた。激しく展開する刀と刀の攻防。その頃フウは足を滑らせ川に落ちてしまい…。
勘違いにより男達に襲われるムゲン。男達はオクルと言う名の男を探していた。北のある村を焼き滅ぼしたのだと言う。「あいつは俺が倒す。てめぇらは手をだすな！。」月光の夜、オクルが奏でる楽器の音色が山に響く。その音色に誘われるようにやってくるムゲン。満月の月の下、二人だけの闘いが始まろうとしていた。
建物や壁に落書き「タギング」が頻発する、安芸の国までやって来たムゲン達。ココでムゲン、字が読めない事実が判明し、寺小屋にて、字の勉強をする事に。その頃、ジンは世話になった人の道場を訪れ、寂れ果てた道場と、剣の修行をやめ「タギング」に夢中になっている二人のバカ息子を目にする。
一人、ムゲン・ジンの帰りを小屋で待つフウ。そこに駆け込んでくる女性、百合。キリスト教の信者で追われているという。百合を匿うフウだったが、追っ手に見つかり連れ去られてしまう。その頃、ムゲンとジンは街道でキリシタン狩りに遭遇。ムゲンがまた問題を起こしかけたその時、颯爽と馬で現れる一人の男が現れて…。
ある日、雨宿りで立ち寄った居酒屋で、盲目の女旅芸人、沙羅と知り合いになるフウ達。意気投合した沙羅とフウ達は途中まで一緒に旅をする事に。久しぶりの美人に浮き足立つムゲン、四人の旅は楽しく順調に進んでいく。が、四人の旅最後の夜、フウは沙羅から思いもよらない言葉を告げられ驚く。
沙羅から告げられた事、それはムゲンかジンどちらかに旅についてきて欲しいというモノだった。悩むフウだったが、ある朝、ジンに「沙羅と一緒に旅をして欲しい」と告げてしまう。沙羅と供に旅に出るジン。二人を見送るムゲンとフウ。が、これが悲しく儚い戦いの始まりになるとは、この時、二人はまだ気づいていなかった。
山道を歩いていたムゲン達。ふと見ると、木の根元に松茸の様なキノコが生えている。一目散に駆け寄り、食べるムゲンとジン。フウが二人をたしなめている時、急に道が崩れ、三人は転落してしまう。転落したのは巨大な発掘現場で、平家の子孫のシゲをリーダーに人々が平家の埋蔵金を探して穴を掘り続けている場所だった。
ふとした事での野球のセンスを認められたムゲンは、アメリカ艦隊チームと影丸という男率いる野球チームとの試合に巻き込まれ、強引に影丸チームのメンバーにされる。ジン・フウもメンバーに入れられ、三人に野球の猛特訓が始まる。そしてついに、二つの国の命を賭けた対抗戦が、青空の下行われようとしていた。
目的地の生月島までの道のりも残りわずか、ムゲン・ジン・フウの厳しくも楽しい三人旅も終盤に差し掛かっていた。ある日の夜、焚き火を囲んでムゲン・フウ・ジンは、今まで明かさなかった自分の過去を語り出す。縮まっていく三人の距離。しかし、背後には江戸から来た最強の敵と、凶暴な三兄弟が迫っていた。
フウはムゲンとジンを残し、一人、生月島に渡る。が、そこでムゲンに怨みをもつ、三兄弟の藤兵衛・馬之介に捕まってしまう。ジンはムゲンを生月島に行かせる為、最強の刺客、刈屋景時を相手に一人闘っていた。船に乗り、島に急ぐムゲンだったが、そこに現れた三兄弟の一人、伝鬼坊に襲われてしまう。
フウを助ける為に刀を捨て、馬之介に痛めつけられるムゲン。景時に太刀筋を読まれ、攻撃をかわされるジン。二人にとって、この旅最大の危機が訪れる。ムゲンとジンは如何にしてこの危機を脱するのであろうか？ ヒマワリの侍にフウは出会えるのか。そしてムゲンとジンの勝負の決着は？
