妖怪だらけの百鬼学園に赴任してきたヘタレ教師・安倍晴明。個性豊かな妖怪教師・生徒たちにもみくちゃにされながら、教師としての一歩を踏み出した！ 全員でクラス写真を撮るために、引きこもりの座敷童子・紅子に会いに行くが…！？
生徒たちの身体測定で大混乱の百鬼学園！ 一つ目小僧・連助の視力検査、ダイダラボッチ・大田の身長測定など、百鬼学園の洗礼に四苦八苦の晴明。だがそこへ更なる不運が舞い込み、プール掃除をする羽目になった晴明だったが…！？
神酒先生の妖怪学授業を見学する晴明。酒乱の酒呑童子・神酒先生に、晴明は退魔の力で対抗するが…！？ 一方没収されたゲーム機を取り返そうと、夜の職員室に忍び込む泥田たちだったが、晴明、神酒、秦中の3人が待ち受けていて・・・。
妖怪テレビが晴明に密着取材！？ 課外授業のドタバタの中でも、晴明に華を持たせようと団結する生徒たちだが、普通に終わるわけがない！ 放送コードギリギリ？！ むしろアウト？！ 果たして無事に放送されるのか……！？
GWに帰省することになった晴明。そんななか、妖怪学校の教師をやめさせようとする兄・雨明が登場！ 悪ノリでついてきた佐野たちもびっくりする中、晴明の意外な過去が明らかになる……！？
百鬼学園体育祭、開幕！ 借り物リレー、マンドラゴラ入れ……妖怪ならではの体育祭に大盛りあがり！ だが、こんな大きな行事で、何も起こらないわけがない！ 弐年参組の優勝と晴明の××××を賭けた熱き戦いが、今始まる！
百鬼学園体育祭、第二幕！ 白熱する体育祭はいよいよ佳境に！ 6クラス中3位と奮戦する弐年参組は、最後の競技・障害物リレーで1位を狙う！ だが、アクシデント発生で体育祭は思わぬ方向に…？ 弐年参組の命運や如何に！？
晴明の代わりに双子の兄・雨明が先生になっちゃった！？ 驚いたのもつかの間、柳田の惚れ薬で学園中が大混乱！ 最後はクラス全員の入浴シーンまで！？ 弐年参組の甘酸っぱい恋模様を、ドタバタエピソード満載でお届け！
動物妖怪が誘拐され、毛を刈られる謎の事件が発生！ 豆吉や玉緒、秦中も姿を消し、救出に向かう晴明や佐野たち・・・。犯人の目的とは？ その正体とは？ 謎が謎を呼ぶ一大事。晴明はみんなの“モフモフ”を守り抜くことが出来るのか…！？
今日の大エベントは林間学校！……とは名ばかりの化楽（ばけがく）の期末テストだった！ 旧校舎を舞台に、様々な恐怖ら試練に立ち向かいながら、生徒たちは無事に突破することは出来るのか！？
教師として初の家庭訪問に赴く晴明。もちろん親御さんも超個性豊かな妖怪で、一筋縄ではいかない展開に！ その帰り、修学旅行の下見に京都へ行く晴明、神酒、秦中。そこである出来事を思い出し……？
雷門に東京タワー！ 遠足に来て超ウキウキ気分もつかの間、何と晴明が満員電車の波にもまれ、迷子になってしまう！ 力を合わせ、東京中を探す弐年参組の生徒たち。すると佐野は何やら嫌な予感を感じ取り……？
ついにやってきた夏休み！ 泥田と連助は紅子特製のかき氷を頬張り、豆吉と玉緒は虫取りに夢中！ 一方、烏丸天丸のバイト先である古書店を訪れた晴明と佐野。何気なく手に取った「面白い仕掛け」の本が、まさかの波乱を巻き起こす！？
夏休みも中盤に差し掛かった頃、紅子の実家である民宿がオカルト雑誌の取材を受けることに。妖怪を信じない科学者を相手に、紅子たち生徒は力を合わせ、怪奇現象の出血大サービス！ 朝までに科学者をビビらせろ〜！
まだまだ続くよ夏休み！ 大江山にある神酒の実家に呼び出された晴明。そこで知ったのは、神酒凜太郎の暗い過去と闇だった。 さらには超がつくほどの凶悪な『敵』が立ちはだかり……。これって妖はじ史上最大の危機〜！？
晴明の実家に、神酒が秦中の子供たちを連れてやってきた！ 慣れない子守にてんやわんやの晴明。そこへ悪党妖怪テケテケが登場し、蔵の中の「貴重なもの」を盗み出す！ 百鬼学園島を舞台に、てんてこ舞いな大捕物劇、いざ開幕〜！
夏休みもいよいよ終盤戦！ 青い海、白い砂浜……遊び倒す弐年参組の生徒たち。お〜い、宿題は大丈夫か〜！？ そんな中、妖怪学の宿題で、妖怪の出生について調べていた佐野。すると、ある生徒の出生の秘密が明らかに……！？
神様の学校から、福ノ神の恵比寿夷三郎が臨時教師としてやってきた！ 弐年参組の副担任となるが、どこか裏がありそうで……？ そんな中、教師としての自信をなくした晴明が職員室に立てこもり……？
文化祭を前に、買い出しに出かけた晴明と生徒たち！ 見慣れない電車に乗り込むと、なぜかたかはし先生と歌川さんが……？ ていうかこの電車、どこか変じゃない……？ 不穏な気配満載の買い出しは、いつしか大騒動に！
文化祭の準備で盛り上がる百鬼学園。弐年参組も準備に追われ大忙し！ そしていよいよ、百鬼学園夜行文化祭が開場〜！ 弐年参組の出し物は「人間迷宮」と題された脱出ゲーム！ 一体どんな仕掛けが・・・！？
文化祭二日目！ 備品調達大臣に任命された玉緒と一緒に学園の地下へやってきた晴明。でもそこは何だか怪しげで異様な雰囲気。するとそこへ、何やら怪しい人物が現れ……？ 感動必至の裏文化祭編、スタート！
連助が自主退学！？ 突然やってきた妖怪省の大臣で連助の父、入道一（はじめ）の前に、タジタジの先生たち。戸惑い、引き留めようとする弐年参組。連助に隠された過去とは一体！？ 「アニメ妖はじ」、いよいよ最終章へ突入！
連助を連れ戻す大作戦、スタート！ 襲い来る目玉妖怪のオンパレードに、大苦戦の弐年参組。学園長の退任と、晴明の教師生命をかけた奪還作戦は、果たして実を結ぶのか――！？
連助を連れ戻すため、全員で入道家に乗り込んだ晴明＆弐年参組。そんな中、みんなの協力を得て玉緒が連助の元へと走る！ そして、連助が取った行動とは……！？ 「アニメ妖はじ」、いよいよ感動のクライマックス！
