妖怪だらけの百鬼学園に赴任してきたヘタレ教師・安倍晴明。個性豊かな妖怪教師・生徒たちにもみくちゃにされながら、教師としての一歩を踏み出した！ 全員でクラス写真を撮るために、引きこもりの座敷童子・紅子に会いに行くが…！？
生徒たちの身体測定で大混乱の百鬼学園！ 一つ目小僧・連助の視力検査、ダイダラボッチ・大田の身長測定など、百鬼学園の洗礼に四苦八苦の晴明。だがそこへ更なる不運が舞い込み、プール掃除をする羽目になった晴明だったが…！？
神酒先生の妖怪学授業を見学する晴明。酒乱の酒呑童子・神酒先生に、晴明は退魔の力で対抗するが…！？ 一方没収されたゲーム機を取り返そうと、夜の職員室に忍び込む泥田たちだったが、晴明、神酒、秦中の3人が待ち受けていて・・・。
妖怪テレビが晴明に密着取材！？ 課外授業のドタバタの中でも、晴明に華を持たせようと団結する生徒たちだが、普通に終わるわけがない！ 放送コードギリギリ？！ むしろアウト？！ 果たして無事に放送されるのか……！？
GWに帰省することになった晴明。そんななか、妖怪学校の教師をやめさせようとする兄・雨明が登場！ 悪ノリでついてきた佐野たちもびっくりする中、晴明の意外な過去が明らかになる……！？
百鬼学園体育祭、開幕！ 借り物リレー、マンドラゴラ入れ……妖怪ならではの体育祭に大盛りあがり！ だが、こんな大きな行事で、何も起こらないわけがない！ 弐年参組の優勝と晴明の××××を賭けた熱き戦いが、今始まる！
百鬼学園体育祭、第二幕！ 白熱する体育祭はいよいよ佳境に！ 6クラス中3位と奮戦する弐年参組は、最後の競技・障害物リレーで1位を狙う！ だが、アクシデント発生で体育祭は思わぬ方向に…？ 弐年参組の命運や如何に！？
晴明の代わりに双子の兄・雨明が先生になっちゃった！？ 驚いたのもつかの間、柳田の惚れ薬で学園中が大混乱！ 最後はクラス全員の入浴シーンまで！？ 弐年参組の甘酸っぱい恋模様を、ドタバタエピソード満載でお届け！
動物妖怪が誘拐され、毛を刈られる謎の事件が発生！ 豆吉や玉緒、秦中も姿を消し、救出に向かう晴明や佐野たち・・・。犯人の目的とは？ その正体とは？ 謎が謎を呼ぶ一大事。晴明はみんなの“モフモフ”を守り抜くことが出来るのか…！？
今日の大エベントは林間学校！……とは名ばかりの化楽（ばけがく）の期末テストだった！ 旧校舎を舞台に、様々な恐怖ら試練に立ち向かいながら、生徒たちは無事に突破することは出来るのか！？
教師として初の家庭訪問に赴く晴明。もちろん親御さんも超個性豊かな妖怪で、一筋縄ではいかない展開に！ その帰り、修学旅行の下見に京都へ行く晴明、神酒、秦中。そこである出来事を思い出し……？
雷門に東京タワー！ 遠足に来て超ウキウキ気分もつかの間、何と晴明が満員電車の波にもまれ、迷子になってしまう！ 力を合わせ、東京中を探す弐年参組の生徒たち。すると佐野は何やら嫌な予感を感じ取り……？
ついにやってきた夏休み！ 泥田と連助は紅子特製のかき氷を頬張り、豆吉と玉緒は虫取りに夢中！ 一方、烏丸天丸のバイト先である古書店を訪れた晴明と佐野。何気なく手に取った「面白い仕掛け」の本が、まさかの波乱を巻き起こす！？
夏休みも中盤に差し掛かった頃、紅子の実家である民宿がオカルト雑誌の取材を受けることに。妖怪を信じない科学者を相手に、紅子たち生徒は力を合わせ、怪奇現象の出血大サービス！ 朝までに科学者をビビらせろ〜！
まだまだ続くよ夏休み！ 大江山にある神酒の実家に呼び出された晴明。そこで知ったのは、神酒凜太郎の暗い過去と闇だった。 さらには超がつくほどの凶悪な『敵』が立ちはだかり……。これって妖はじ史上最大の危機〜！？
晴明の実家に、神酒が秦中の子供たちを連れてやってきた！ 慣れない子守にてんやわんやの晴明。そこへ悪党妖怪テケテケが登場し、蔵の中の「貴重なもの」を盗み出す！ 百鬼学園島を舞台に、てんてこ舞いな大捕物劇、いざ開幕〜！
