時は戦国。のちの天才軍師・黒田官兵衛（岡田准一）は、播磨・姫路城主の嫡男として生まれた。幼名は万吉。好奇心旺盛な少年だった。父・職隆（柴田恭兵）は、主君である小寺政職（片岡鶴太郎）の領地を守るために日々奮戦していた。そんな中、万吉は病弱な母・いわ（戸田菜穂）のため、薬草を摘みに敵の領内に入ってしまう…。同じころ、木下藤吉郎（竹中直人）は、織田信長（江口洋介）と運命の出会いを果たしていた。
元服した官兵衛（岡田准一）は、政職（片岡鶴太郎）の近習となり、初陣の時を迎えた。敵の陽動作戦を見抜いた官兵衛は、絶体絶命の左京進（金子ノブアキ）を救うが、逆恨みされてしまう。同じころ、宿敵・赤松家への対抗策として、黒田家に政略結婚の話が持ち上り、官兵衛の幼なじみ・おたつ（南沢奈央）が花嫁に選ばれる。お互い憎からず思いながら引き裂かれてしまう官兵衛とおたつ。そして婚礼の日、悲劇が幕を開ける…！
婚礼の夜、おたつ（南沢奈央）は宿敵、赤松の軍勢に命を奪われる。怒りと絶望のあまり復しゅう心にかられる官兵衛（岡田准一）を、祖父・重隆（竜雷太）が「命の使い道を考えろ」と諭す。心の晴れぬ我が子を見かねた職隆（柴田恭兵）は、官兵衛を堺への旅に送り出す。官兵衛は道中、荒木村重（田中哲司）という牢人（ろうにん）に命を救われる。村重の案内で堺に向かう官兵衛は世界の広さを知り、生きていることの重みを痛感する。
室町幕府再興を狙う足利義秋（吹越満）は、各地の大名に助力を求める書状を送っていた。政職（片岡鶴太郎）は、その書状が職隆（柴田恭兵）に届いたのを知り、力を増す職隆をけん制するために官兵衛（岡田准一）を重用する策に出る。その一環として、官兵衛と櫛橋家の娘・力（酒井若菜）との縁談を進めるが、官兵衛を嫌う力の兄・左京進（金子ノブアキ）は猛反発する。そんな折、官兵衛は、力の妹・光（中谷美紀）と偶然、出会う。
家督を継いだ官兵衛（岡田准一）と、光（中谷美紀）との間に、嫡男・松寿丸（のちの黒田長政）が生まれた。武兵衛（永井大）も侍女・お国（中川翔子）と恋仲になり、黒田家には穏やかな時が流れていた。信長（江口洋介）は足利義昭（吹越満）とともに上洛を果たし、藤吉郎（竹中直人）は天才軍師・竹中半兵衛（谷原章介）を陣営に引き入れる。そんな中、黒田の宿敵・赤松政秀（団時朗）が大軍を率いて姫路を襲う！
赤松との合戦で多くの犠牲を出した黒田家に新たな家臣が集まる。荒くれ者の母里太兵衛（速水もこみち）がしばしば問題を起こす中、官兵衛（岡田准一）は、栗山善助（濱田岳）に家中をまとめるよう命じる。一方、信長（江口洋介）は将軍・足利義昭（吹越満）を追放。室町幕府を滅ぼし、権力を天下に示す。官兵衛は、信長に帰順し摂津の国主に任じられた荒木村重（田中哲司）と再会。村重の妻・だし（桐谷美玲）の美しさに驚く。
官兵衛（岡田准一）のもとを、毛利家使僧・安国寺恵瓊（山路和弘）が突如訪れる。それは東から迫る新興の織田信長（江口洋介）と西国の雄・毛利家が播磨で激突するという大嵐の前触れだった。義兄・櫛橋左京進（金子ノブアキ）が毛利方として暗躍するが、官兵衛は答えを悩み続ける。天正３（１５７５）年、小寺政職（片岡鶴太郎）は大評定を招集。織田か、毛利か、生き残りを賭けた激論の中、官兵衛はついに態度を明らかにする。
官兵衛（岡田准一）は岐阜城を訪れ、信長（江口洋介）に謁見。明智光秀（春風亭小朝）ら織田家重臣たちが居並ぶ緊張と信長の鋭い視線にさらされる中、必死の思いで播磨攻略法を説く。官兵衛を気にいった信長は名刀を授け、播磨攻めの総大将に秀吉（竹中直人）を任命する。秀吉は、官兵衛を自身の居城・長浜城に連れて行き、妻・おね（黒木瞳）や石田三成（田中圭）らと引き合わせ、夜が更けるまで語り合った二人は意気投合する。
秀吉（竹中直人）と意気投合した官兵衛（岡田准一）は、ついに竹中半兵衛（谷原章介）と出会う。希代の軍師との出会いに心躍らせたのもつかの間、半兵衛に挑発され、主君・政職（片岡鶴太郎）たち播磨名門三家を信長（江口洋介）に拝謁させると約束してしまう。半兵衛は、官兵衛の力量を試したのだ。早速、三家の説得に乗り出す官兵衛。話をまとめ、拝謁の日取りも決まったところで、肝心の政職が「行かない」と言いだした！
信長（江口洋介）に対抗するため石山本願寺と同盟を組んだ毛利勢が、官兵衛（岡田准一）を倒すため五千の大軍で姫路の南西、英賀（あが）の浦に襲来する。わずかな手勢で出陣した官兵衛は、農民や老人、女子供の力も借り、必死の奇策で迎え撃つ。だが、毛利の智将・小早川隆景（鶴見辰吾）にとって、この戦はほんの小手調べに過ぎなかった。播磨全土が戦場と化す中、光（中谷美紀）ら女たちもいやおうなく争乱に巻き込まれていく。
秀吉（竹中直人）の播磨出兵の知らせに、喜ぶ官兵衛（岡田准一）。だが、信長（江口洋介）は勢いを増す反信長同盟に対抗するため、播磨出兵の延期を命じる。官兵衛は、このままでは織田についた播磨の大名が離反してしまうと東奔西走。備前の宇喜多直家（陣内孝則）やキリシタン大名・高山右近（生田斗真）らと出会う。そんな中、北国攻めに駆りだされていた秀吉が信長に無断で帰国。切腹の危機と知った官兵衛が駆けつける。
官兵衛（岡田准一）は、秀吉（竹中直人）の播磨出兵が決まって安どする。信長（江口洋介）は出兵の条件として、政職（片岡鶴太郎）ら播磨諸将に人質を差し出すよう命じる。政職は嫡男を手放すのを渋り、延期を繰り返す。期限が過ぎ、苦境に立たされた官兵衛は、ついに自らの一粒種・松寿丸（若山耀人）を差し出す決意をする。光（中谷美紀）は猛反対。そして、松寿丸は今までにない父母の言い合いの一部始終を聞いてしまう。
官兵衛（岡田准一）は、待ちに待った秀吉（竹中直人）の軍勢に姫路城を丸ごと明け渡し、秀吉から義兄弟の誓紙をもらう。光（中谷美紀）や職隆（柴田恭兵）は、ますます秀吉のためにと張り切る官兵衛に一抹の危惧を抱く。続いて官兵衛は、織田帰順の証しとして、主君・政職（片岡鶴太郎）を秀吉に拝謁させようと躍起になる。だが、政職は一向に腰を上げない。焦るばかりの官兵衛に対し、半兵衛（谷原章介）は驚きの行動をとる。
秀吉（竹中直人）の播磨平定は順調に進み、残るは光（中谷美紀）の姉・力（酒井若菜）の嫁ぎ先、上月城のみ。官兵衛（岡田准一）が投降を説得するもむなしく拒絶され、姉妹は敵味方に引き裂かれてしまう。主家・尼子家の再興を悲願とする猛将・山中鹿介（別所哲也）が味方に加わり、官兵衛とは意気投合する。籠城を強いられた上月城では宇喜多直家（陣内孝則）の援軍を頼みとするが、織田に勝てぬと見た直家は驚がくの一手に出る。
秀吉（竹中直人）は播磨平定に成功するが、光（中谷美紀）の兄・櫛橋左京進（金子ノブアキ）は、官兵衛（岡田准一）が播磨に戦乱を持ち込んだと怒りをあらわにする。秀吉は毛利との決戦のため播磨諸将を集め評定を開くが、裏ではひそかに毛利による播磨分断の陰謀が張り巡らされていた。一方、石山本願寺の顕如（眞島秀和）との和ぼく交渉に失敗した荒木村重（田中哲司）は、信長（江口洋介）から降格を言い渡され衝撃を受ける。
調略で播磨分断に成功した毛利は５万の大軍で、打倒秀吉（竹中直人）の兵を起こす。官兵衛（岡田准一）は、毛利から奪った上月城を守備する山中鹿介（別所哲也）を救おうと謀略の限りを尽くすが、城は孤立する。信長（江口洋介）は播磨に援軍を派遣するが、秀吉を嫌う武将たちの動きは鈍い。そんな中、敵に回った兄・櫛橋左京進（金子ノブアキ）を説得するため光（中谷美紀）が無謀にも単身、志方城に乗りこむという事件が起きる。
官兵衛（岡田准一）と秀吉（竹中直人）は毛利の大軍に包囲された上月城を救おうとするが、信長（江口洋介）の厳命で見捨てるはめとなってしまう。官兵衛は断腸の思いで城に潜入、鹿介（別所哲也）に別れを告げる。織田の非情さに村重（田中哲司）や政職（片岡鶴太郎）は動揺する。一方、宇喜多直家（陣内孝則）の動きを警戒した毛利方の小早川隆景（鶴見辰吾）は撤退を決断、左京進（金子ノブアキ）の志方城も見捨てられてしまう。
官兵衛（岡田准一）と秀吉（竹中直人）は、敵対する三木城を厳重に囲い込み、兵糧を断つ策に出る。さらに宇喜多直家（陣内孝則）の調略に赴いた官兵衛は「背後に用心しろ」という謎めいた忠告を受ける。一方、信長（江口洋介）の不興を買った村重（田中哲司）は、必死の申し開きで、事なきを得たかにみえたが、家臣が敵に通じていたことが発覚。右近（生田斗真）やだし（桐谷美玲）の懸念もむなしく次第に謀反へと傾斜していく。
村重（田中哲司）が信長（江口洋介）に謀反を起こし、右近（生田斗真）ら摂津諸将も反織田包囲網に加わった。秀吉（竹中直人）の説得も物別れに終わる中、官兵衛（岡田准一）のもとに主君・政職（片岡鶴太郎）まで毛利方に寝返ったという知らせが入る。政職を翻意させるには大本の村重を説得しなければならない。周囲の反対を振りきり決死の覚悟で単身、村重の籠もる有岡城へ向かう官兵衛。それは人生最大の苦難の始まりであった。
官兵衛（岡田准一）は村重（田中哲司）によって有岡城に幽閉され、共に信長（江口洋介）を倒そうとの誘いを拒絶し続ける。消息が途絶え、官兵衛はすでに死んだとの情報が飛び交う中、光（中谷美紀）や職隆（柴田恭兵）は懸命に家中の動揺を抑える。一方信長は、敬けんなキリシタンである村重側の右近（生田斗真）に対し、村重を裏切らねば、信徒を皆殺しにすると脅す。そして官兵衛はだし（桐谷美玲）を味方につけ脱獄を図るが…。
官兵衛（岡田准一）は村重（田中哲司）の怒りを買い、劣悪な土ろうに閉じ込められてしまう。善助（濱田岳）ら家臣団が有岡城下に潜入、救出の機会をうかがう中、信長（江口洋介）が有岡城を総攻撃するも大敗。官兵衛が村重に寝返ったと思い込んだ信長は、官兵衛の嫡男、松寿丸（若山耀人）を殺すよう秀吉（竹中直人）に命じる。ためらう秀吉に代わり半兵衛（谷原章介）が実行を引き受け、松寿丸を育てるおね（黒木瞳）と対じする。
劣悪な環境の有岡城の土ろうに１年間幽閉され、官兵衛（岡田准一）は、身も心もぼろぼろになりながら何とか命をつないでいた。一方、死期を悟った半兵衛（谷原章介）は秀吉（竹中直人）と最後の面会を果たすため療養先を引き払う。そんな中、村重（田中哲司）は自ら毛利に援軍を請うため、だし（桐谷美玲）たちを見捨て城を抜け出る。主を失い落城が迫る中、善助（濱田岳）ら黒田家臣団は官兵衛を救うべく城内への突入を敢行する。
官兵衛（岡田准一）は救出され、療養先の有馬温泉で光（中谷美紀）との再会を果たす。秀吉（竹中直人）は官兵衛を信長（江口洋介）のもとに連れていき、謀反の疑いを晴らすことに成功する。一方、村重（田中哲司）から見捨てられた、だし（桐谷美玲）ら荒木一族には信長から過酷な処分が下る。幽閉の後遺症で心身の傷が癒えず自暴自棄になる官兵衛だったが、思いがけぬ形で亡き半兵衛（谷原章介）から戦陣復帰の決断を迫られる。
播磨の反織田勢力は勢いを失い、残るは御着城の小寺政職（片岡鶴太郎）と三木城の別所氏のみとなった。官兵衛（岡田准一）は見事に三木城を開城させるが、その人が変わったような冷徹さに秀吉（竹中直人）らは驚く。一方、政職は城を放棄し逃げ出すが、善助（濱田岳）ら黒田家家臣に捕えられる。かつて己を裏切り幽閉へと追い込んだ張本人・政職に怒りをあらわにする黒田家の家臣たち。そこに現れた官兵衛が下した意外な裁きとは。
毛利との決戦を前に秀吉（竹中直人）の命で、官兵衛（岡田准一）は織田家の出世頭となった光秀（春風亭小朝）と会う。光秀からは軍師になれと誘われるが断る。朝廷は光秀に接近を図り、力を増す信長（江口洋介）を抑えようとするが、その権勢は絶頂を極めつつあり、毛利方の小早川隆景（鶴見辰吾）は、織田との戦いに決死の覚悟を固める。そしてついに官兵衛の嫡男・松寿丸は元服、長政（松坂桃李）と名乗り、戦いに加わる。
毛利攻めで初陣を迎えることとなった嫡男の長政（松坂桃李）が血気にはやることを危ぶんだ官兵衛（岡田准一）は、太兵衛（速水もこみち）に目付役を命じる。そして毛利の守りの要、備中高松城の清水宗治（宇梶剛士）の調略を図るが失敗、城攻めの奇想天外な策を思いつく。一方、光秀（春風亭小朝）は、強引な信長（江口洋介）の手法への不満を募らせる。そんな中、姫路では、光（中谷美紀）の１４年ぶりの出産に沸きかえる。
官兵衛（岡田准一）は毛利が守る備中高松城を攻めるにあたり、川の流れをせき止め城を水に沈める前代未聞の奇策「水攻め」を実行、秀吉（竹中直人）を驚かせる。姫路では、出奔していた又兵衛（塚本高史）が光（中谷美紀）と再会、黒田家に仕える事に。一方、安土城を訪問した徳川家康（寺尾聰）の接待役を務めた光秀（春風亭小朝）は、信長（江口洋介）から叱責され、さらに衝撃の野望を聞かされ、ついに打倒信長の決意を固める。
光秀（春風亭小朝）が謀反、京・本能寺に攻め入った。お濃（内田有紀）が刃（やいば）に倒れ、信長（江口洋介）も炎の中に消えていく。事件を知らずに備中高松城を包囲していた官兵衛（岡田准一）は、付近の農家でやつれ果てた政職（片岡鶴太郎）と思わぬ再会を果たす。やがて一大事のしらせが京から備中に届き、いち早く知った官兵衛は秀吉（竹中直人）の天下を実現するため、知略の限りを尽くした一世一代の大勝負に打って出る。
秀吉（竹中直人）の天下取りのため、官兵衛（岡田准一）は真っ先に京に戻り謀反人・光秀（春風亭小朝）を討つ策を巡らす。そのために信長の死を隠したまま、目前の敵・毛利との和睦を進める。一方の光秀も、新たな天下人として地位固めに躍起になる。大混乱の中、家康（寺尾聰）やおね（黒木瞳）は命からがら逃亡を続ける。遂に和睦成立、京に反転を始めようとしたその時、秘密が毛利方に漏れる。そこで官兵衛が打った手とは…。
毛利と和睦を果たした官兵衛（岡田准一）と秀吉（竹中直人）は、光秀（春風亭小朝）を倒すため京へと全軍で向かっていた。味方が集まらず焦りを募らせていた光秀はすさまじい速さで秀吉軍が迫っていることを知りがく然とする。官兵衛は右近（生田斗真）ら去就に迷っていた大名を取り込み、さらに秀吉嫌いの信長の遺児の説得に成功、秀吉軍は大軍勢にふくれあがる。そして、ついに京に近い山崎の地で天下分け目の決戦が幕を開ける。
信長のあだ討ちを果たした秀吉（竹中直人）は、織田家の後継者を決める清洲会議で柴田勝家（近藤芳正）を論破、優位に立つ。秀吉包囲網を画策する勝家を官兵衛（岡田准一）は各個撃破で孤立させる策に出る。たまりかねた勝家は賤ヶ岳に出陣、秀吉に決戦を挑む。動乱の中、官兵衛は天下の茶人・千宗易（伊武雅刀）と出会い、その導きで道糞と名乗る村重（田中哲司）と再会。そして黒田家では長政（松坂桃李）の縁談が持ち上がる。
秀吉（竹中直人）は、官兵衛（岡田准一）の忠告を無視し、小牧・長久手の戦いで家康（寺尾聰）に手痛い敗北を喫する。側近として頭角を現す三成（田中圭）は家康を敵視するが、官兵衛は逆に取り込むよう進言、激しく対立する。一方、黒田家は新たに与えられた播磨・山崎に居を移すが、留守を任された長政（松坂桃李）の厳しさに領民が反発、騒動が勃発する。祖父・職隆（柴田恭兵）は領主としての心構えを説き、長政を改心させる。
秀吉（竹中直人）は関白となり、更に姓を豊臣に改める。秀吉のおとぎ衆、道薫（田中哲司）と亡き妻「だし」との幼い息子を見つけた官兵衛（岡田准一）は親子を引き合わせるが道薫は逃げる。茶々（二階堂ふみ）の望みで城を捨て逃げた過去の話をするよう秀吉に命じられた道薫は居合わせたすべての者を「化け物」と罵り、殺されることを望むが官兵衛に止められる。やがて、官兵衛は右近（生田斗真）の勧めでキリシタンに興味を示す。
秀吉（竹中直人）は大友宗麟（上條恒彦）の願いを受け九州攻めを宣言、東の脅威を取り除くため、家康（寺尾聰）の封じ込めを図る。秀吉に先立ち官兵衛（岡田准一）が先ぽうとして西に向かい、毛利勢を加え九州に乗り込もうとするが、小早川隆景（鶴見辰吾）はなぜか腰が重い。隆景の兄・吉川元春（吉見一豊）が長年の宿敵、秀吉に臣従することを快く思わず、出兵を拒んでいたのだ。そこで官兵衛は元春を動かすため、勝負に出る。
遂に家康（寺尾聰）が秀吉（竹中直人）に帰順、東の脅威がなくなった秀吉の九州出陣が決定した。九州に先乗りしていた官兵衛（岡田准一）は、豊前の領主・宇都宮鎮房（村田雄浩）に本領安堵（ど）を約束、味方につける。出陣した秀吉は九州でキリシタンが大きな力を持つことを知り警戒を強め、信徒である右近（生田斗真）や官兵衛の不安が高まる。一方、茶々（二階堂ふみ）が秀吉の求愛を受け入れると言い出し、秀吉は大喜びする。
秀吉（竹中直人）からキリスト教信仰を捨てよと命じられた右近（生田斗真）は、身分や領土など全てを投げうち信仰に生きることを決意、官兵衛（岡田准一）に別れを告げる。一方、黒田家は新たに豊前に領地を与えられ播磨から九州に移り住むが、秀吉からの本領安堵の約束を破られ、追い出された宇都宮鎮房（村田雄浩）が激しく反発、一揆を起こす。官兵衛は宇都宮との戦を禁じるが、長政（松坂桃李）は敵の誘いに乗り出陣する。
長政（松坂桃李）は一揆を起こした宇都宮鎮房（村田雄浩）のわなにはまった。多くの家臣を失い討ち死に寸前のところを命からがら帰還、官兵衛（岡田准一）に叱責される。各地の一揆を鎮圧した官兵衛は、宇都宮家と和睦、平和共存を図る。人質としてやってきた鎮房の娘・お鶴（市川由衣）も次第に黒田になじんでゆく。しかし秀吉（竹中直人）は宇都宮の討伐を厳命、従わねば黒田家を滅ぼすとどう喝、官兵衛は次第に追いつめられる。
秀吉（竹中直人）からの宇都宮討伐の命令を長政（松坂桃李）が実行したと知った官兵衛（岡田准一）は苦渋の末、鎮房（村田雄浩）の嫡男朝房（橋本淳）の処遇を決断、実行する。一方、光（中谷美紀）は鎮房の娘・鶴（市川由衣）を救うよう長政に迫る。何とか黒田家の存続はかなったものの秀吉は官兵衛に対する警戒心を強めて行く。そして大坂城を訪れた家康（寺尾聰）とついに初の対面を果たした官兵衛は、衝撃の事実を教えられる。
官兵衛（岡田准一）は家康（寺尾聰）から、秀吉（竹中直人）が「次の天下人」として自分を警戒していると聞きがく然とする。疑念を解くため長政（松坂桃李）に家督を譲ると申し出るが、秀吉は認めてくれない。そんな中、茶々（二階堂ふみ）が懐妊。実子がいなかった秀吉は大喜びするが、茶々に夢中なことを風刺した落書きに激怒し、疑わしき者を次々と処刑する。秀吉の暴走を止めるため、おね（黒木瞳）は官兵衛に説得を依頼する。
秀吉（竹中直人）待望の実子・鶴松を産んだ淀（二階堂ふみ）の権勢は、正室のおね（黒木瞳）をしのぐまでに高まり、三成（田中圭）は淀と結託し、自らの権力を確固たるものにしようと謀る。そんな中、天下統一を阻む最後の大敵、小田原の北条攻めが始まるが、官兵衛（岡田准一）が三成の策に異を唱えたことから二人は激しく対立する。包囲が長引く中、官兵衛は単身、城に乗り込み戦なき世を実現するため降伏するよう北条氏に迫る。
官兵衛（岡田准一）の活躍で秀吉（竹中直人）は、ついに天下を統一するが、大陸への進出という新たな野望をむき出しにし、官兵衛の説得も拒否、おね（黒木瞳）を困惑させる。利休（伊武雅刀）が厳しい言葉でいさめたところ秀吉の怒りを買い、三成（田中圭）の策謀もあって切腹を申しつけられる。官兵衛は利休を救おうと奔走するが、利休は謝罪を拒み死を選ぶ。そんな中、秀吉最愛の嫡男・鶴松が重い病にかかり事態は急展開する。
秀吉（竹中直人）は諸大名に渡海しての出兵を命じ、自らは官兵衛（岡田准一）に築かせた肥前名護屋城に陣取った。関白の座を譲り太閤（たいこう）と称する天下人・秀吉を止められる者は誰もおらず、官兵衛や長政（松坂桃李）も朝鮮へと出陣。破竹の勢いで半島を進撃した日本の軍勢だったが、次第に戦況は悪化、官兵衛は首都を死守せよとの秀吉の命を無視し全軍の撤退を提案。そんな中、淀（二階堂ふみ）は再び秀吉の子を身ごもる。
三成（田中圭）のわなにかかり秀吉（竹中直人）のげきりんに触れた官兵衛（岡田准一）は、てい髪し如水円清と名乗り秀吉の許しを請う。おね（黒木瞳）からの助命嘆願や淀（二階堂ふみ）が新たな世継ぎ・拾（後の秀頼）を産んだこともあり、何とか切腹を免れた如水は隠居を宣言。一方秀吉は実子を得たことで関白の座をおいの秀次（中尾明慶）に譲ったことを後悔し両者にあつれきが生じる。秀次を危ぶんだおねは如水に助けを求める。
秀吉（竹中直人）に男子・拾（後の秀頼）が生まれ、生母・淀（二階堂ふみ）と三成（田中圭）は拾を豊臣家の跡継ぎにすべく暗躍。邪魔者と化した関白・秀次（中尾明慶）は切腹に追い込まれる。秀吉の死期が近いことを悟った如水（岡田准一）は、再度の朝鮮出兵を宣言した秀吉の側に仕え、その暴走を押さえこむ道を選ぶ。如水、長政（松坂桃李）より朝鮮出陣を止められた次男・熊之助（今井悠貴）は思わぬ行動に出て、悲劇を招く。
父・如水（岡田准一）と兄・長政（松坂桃李）の後を追い、船で朝鮮へ向かった熊之助（今井悠貴）は行方不明となり、出発を目撃しながら制止しなかった糸（高畑充希）は罪悪感を募らせる。死期が近づいた秀吉（竹中直人）は、豊臣家の先行きを憂い、如水を朝鮮から呼び戻し、秀頼らの行く末を託すが、如水は意外な答えを口にする。一方、淀（二階堂ふみ）と三成（田中圭）は天下をうかがう家康（寺尾聰）への警戒を強める。
秀吉（竹中直人）の死により、長政（松坂桃李）らを取り込んだ家康（寺尾聰）と、大老・前田利家（横内正）と結ぶ三成（田中圭）との権力闘争が始まる。家康は秀吉の遺言を次々と破り三成を挑発、天下への野心をあらわにする。如水（岡田准一）は一触即発の事態の収拾を図るが、淀（二階堂ふみ）とおね（黒木瞳）の亀裂も決定的となり利家の死で均衡は崩れ、家康派の武将による三成襲撃事件が勃発。如水は家康の行動の真意を悟る。
家康（寺尾聰）によって隠居に追い込まれた三成（田中圭）は反撃の機会をうかがう。対して、如水（岡田准一）は天下へ名乗りを上げるべく、ひそかに形勢を探り始める。家康は黒田と関係強化を狙い、長政（松坂桃李）に養女の栄（吉本実憂）との縁談を持ちかける。家康を天下人に押し上げると覚悟を決めた長政は糸（高畑充希）に離縁を告げる。家康は上杉を討つため出陣。大坂が空になり、ついに三成が挙兵、如水も出陣を決意する。
家康（寺尾聰）打倒を掲げ挙兵した三成（田中圭）は大坂城に入り、東軍諸将の妻子を城に集めるよう命じる。光（中谷美紀）と栄（吉本実憂）は善助（濱田岳）、太兵衛（速水もこみち）と決死の大坂脱出を試みる。一方、長政（松坂桃李）は豊臣恩顧の武将たちを東軍に取り込むため調略に動きだす。そんな中、如水（岡田准一）は九州中津で瞬く間に九千ものろう人兵を雇い入れ天下を驚かせる。ついに天下を狙った大勝負の幕が上がる。
如水（岡田准一）はひそかに天下取りの野望を抱き九州平定に乗り出した。黒田勢は三成（田中圭）により九州に送り込まれた大友勢と激突、九郎右衛門（高橋一生）の活躍で敵の猛将、吉弘統幸（的場浩司）を討ち取り大勝利、九州を席けんしていく。一方、家康（寺尾聰）と三成、東西両軍激突の瞬間が近づいていた。長政（松坂桃李）の調略が功を奏し西軍は内部分裂状態。形勢挽回を図る三成は関ヶ原に兵を集め家康に一大決戦を挑む。
関ヶ原の戦いは長政（松坂桃李）の活躍で家康（寺尾聰）が勝利した。そのころ如水（岡田准一）は天下を狙って九州の大半を手にしたが、天下分け目の決戦が一日で終わりその夢は破れる。三成（田中圭）は謀反人として捕らえられ、長政は筑前５２万石の太守となる。如水は大坂で天下人となった家康と対じ、その志の高さに触れ潔く負けを認める。新たに築城した福岡で如水は静かな晩年を過ごし、やがて戦国乱世は最後の瞬間を迎える。
