テクノロジーが発展した今から少し先の未来。SNS上に、『口縫い男』と呼ばれるホログラムのように半透明のバケモノ、通称『ホログラムゴースト』の噂が流れ始めた。
博物館に展示されているミイラが夜動き出し、人を包帯でグルグル巻きにしてはさらっていくという怪現象の噂を知った、宙＆ガンマモンは博物館へ向かうことに。
『赤くしゃ』と呼ばれる怪奇現象が頻発。スマホで自撮りした写真の一部に妙な落書きが現われ、その部位に異変が起きる。そして、その現象はある女の子にも…
瑠璃たちは、カルチャースクールでハロウィンパーティーの準備中。そこで謎のパンプキンヘッド人形が人々をどこかへ連れ去る事件が発生する。
宙の一年先輩でおなじ寮の東御手洗清司郎は、ずっと自室に起こるポルターガイスト現象に悩まされていた。だがその正体はデジモン・ジェリーモンの仕業だった。
カラオケボックスで、ある特定の歌を歌うと歌っている途中に誰かの不気味な声が紛れ込み、やがてそれは歌っている本人を黒い謎の塊が襲う怪奇現象が発生していた。
都内のあちこちで目撃されている、鳥の形をした飛行物体。同時に大量のカラスが街に現れ、ペットショップや民家を襲撃するという事件が相次いでいた。
高速道路で多発する謎の事故。目撃者の証言によると、怪物たちが道路上を走り回っていたという。それは、いつしか「百鬼夜行」と呼ばれるようになっていた。
宙に異変が起き始めた。何故か彼の時間間隔が狂い始めているのだ。気晴らしに宙を図書館に誘った瑠璃たち。すると、彼らは博識なデジモン・ボコモンと出会う。
ゴーストナビゲーター竹中直人が贈るスペシャル番組の放送が決定！そして、ゴーストナビゲーターの姿が解禁！
