宇宙では善と悪の生命体が常に戦い続けていた。悪の生命体・宇宙海賊ガイスターは、新たに「お宝」を強奪する星を地球に定めた。そしてそれを追跡する6つの光、宇宙警察カイザースだった。一方その夜、朝日台に住む星川コウタは明日の遠足の天気を気にして外をのぞくと、流れ星が自宅のガレージに舞い降りたのを目撃する。
テレビを見て「お宝」探しをするダイノガイストは明日開通する超特急リニアモーターカーを盗みだせという指令を部下に下す。出発したリニアモーターカーに遅れて上空に出現したプテラガイストは、駅を破壊して去って行った。テレビを見ていたコウタはガイスターが現われたことをエクスカイザーに知らせる！
電気が盗まれたために各地で停電騒ぎが起こる。ブルーレイカーやコウタからの報告で事件を知ったエクスカイザーは、ドリルマックスに送電線の調査を指令。ドリルマックスは電気を盗む装置を発見し破壊するが、アーマーガイストを取り逃がしてしまう。
コウタとタクミは玩具のロケットで打ち上げ勝負をするが、両者失敗で引き分けに終わる。立派なロケットを持ちながら引き分けになり、悔しむタクミは火星探査ロケットの打ち上げ見学にコトミを誘う。しかし彼女の一言でコウタも参加できることに！
毎回事件に遭遇しながらも写真が撮れないため、記事をボツにされ続ける徳田。それでもメゲない彼の元気の源はドリンク剤である。テレビでドリンク剤のＣＭを見たガイスター達は「飲めばパワーアップできる」モノとして狙いを定めた。
海底火山の噴火のために休止していた観光潜水艦。その運行が再開されることになるも、なんとコース上で沈没船が発見された。それは300年以上前の海賊船と思われる船で、宝物を積んだままではないかと騒がれる。コウタはパパから観光潜水艦の乗船チケットをもらいコトミを誘う。
100年の歴史を持つ遊園地スターランド。しかしハイテク化に乗り遅れて、残り1か月で閉園することに。そこはコウタやコトミだけではなく、パパがママにプロポーズした大切な場所でもあり、みんな残念でならない・・・。更には、その夜スターランドの観覧車やジェットコースターなどの乗り物が姿を消える事件が発生する。
デモンストレーションのためにやってくる最新鋭の超音速旅客機コンドル。その見学に、行けることになったコウタ達は大騒ぎ。その頃、ガイスター達もコンドルの話題で盛り上がっており、ダイノガイストはコンドル強奪指令を発令する。
つまらないものばかり盗んでくるガイスター四将にダイノガイストは怒りを爆発させていた。言い争いの末、全ての責任を押しつけられたアーマーガイストがひとり彷徨い辿り着いたのは、天神山大仏公園。重要文化財の国内最大級大仏が満開の桜にかこまれた風景は「国の宝」とまで称えられた桜の名所だった。
プロ野球開幕直前、ホームラン世界記録を目前にした東京ガンバルズの清野選手は、ファンにとって最高の宝物になるだろうと、世界記録のホームランボールは拾った人にプレゼントするという。開幕戦の日、清野選手のホームランボールを絶対取るとコウタはやる気まんまんで臨む！
楠木村遺跡の発見記念行事に招待されたコウタたちのクラスは、そこで劇を披露することになった。監督のタクミはなかなかセリフを憶えられないコウタにプレッシャーをかける。一方、楠木村遺跡では記念行事を前に黄金の棺が発見され、さらに注目が集まってしまう。
コトミへの誕生日プレゼントにケーキを作ることにしたコウタ。だが、なかなか上手にできず失敗を繰り返した結果、家の小麦粉を使い切ってしまう。その時、全国の小麦粉が何者かに盗まれ、日本から小麦粉が消えたとのニュースが報じられた。こんな事ができるのはガイスターしかいないと思ったコウタとエクスカイザーは小麦粉を探しに出動する！
星川家は富士山の麓へキャンプに訪れていた。はしゃぐコウタ達を見て、エクスカイザーは大自然こそ地球の宝だと感じる。だが、噴火しているうたたね山は富士山と同じ火山帯であり、富士山もその影響を受けないとは限らない。それを知ったダイノガイストは連敗の鬱憤を晴らすべく、富士山を大爆発させるよう指示を出す。
コウタのパパから母を「花の万博2001」に招待するよう休みを与えられた徳田。しかしその約束に遅れてしまい母に手厳しく叱られてしまう。機嫌を直してもらおうと「お母さんは僕の宝、国の宝です」と必死になだめる徳田の姿をガイスターが発見する。
街の中央にある公園の噴水から怪電波が発せられた。睡眠中だったコウタは、部屋で明かりが点いたり、音楽が流れだしたりと起こされてしまう。工事現場では無人の重機が勝手に作動したり、停止不能になったりと街中に騒音や振動が溢れ出していた。そのせいで夜も眠れなかった人々は昼間ひどい睡魔に襲われ・・・・・・。
見かけはポンコツのレースカーだが、優れたテクニックで疾走するコトミの従兄、俊太郎。彼は今度出場するレースの優勝を狙っていた。しかし、タクミのパパのチームはそのレースに世界最高のレースカー「ベルニーニ」を用意。そのオーナーとしてタクミは「この車はレース界の宝」と豪語するが、その報道をダイナガイストにも目撃されてしまう。
都市機能を管理するエリアルコンピュータが連続で盗まれた。生活の全てがコンピュータの制御で成り立っていた街は、あらゆる都市機能が狂ってしまい、パニックに！ 盗難現場を目撃した徳田が現われ、「犯人は恐竜ロボットだ」とパパの書斎で特ダネの原稿を書き出すが、自動ロックが故障し書斎に閉じ込められてしまう。
「時の記念日」。花時計や時計台、世界の標準時を示す電子時計など、世界各地で珍しい時計が盗まれてしまう。さらに世界の標準時を示す電子時計に予備があることに気づくガイスター。「世界に1つしかない時計だからこそ宝」と、他の時計をすべて使えなくすることにしたプテラガイストは時計博物館に取付けたマシンから怪電波を発する……。
ママは朝から上機嫌。それはパパと初めてデートした虹の滝を訪れるからだった。ママの熱意をくんでか、雨も上がり大きな虹が出た！袂には財宝が埋められているという伝説を聞き付けたガイスター達は、虹の袂と誤解してコウタの家の前に出現し、「宝がない！」「お前が取ったな！」と仲間同志で大ゲンカしてしまう。
ホーンガイストは自分達と地球人の文化の違いからか、この星の宝というものが未だによく理解できないでいた。そんな時、テレビでミームン王国のミアン王女とホアン王国のヤーマン王子との婚約発表が放送され、ミアン王女はこの結婚を「何物にも代えがたい宝を得た」ような気持ちと表現し、プテラガイストは目を怪しく光らせた。
時代劇にエキストラとして出演することになったコウタ達。撮影当日、取材陣に対して大前田監督は「映画は人類の宝だ」と語る。ダイノガイストから「映画」の奪取を命じられたアーマーガイストとサンダーガイストは、映画が何かもわからずに映画館を襲う。そしてコウタ達のいる撮影所にも襲撃を始める。
七夕の日。短冊に「恋人が欲しい」と書いているんじゃないかとコウタに図星をさされ、意地になって飛び出したフーコ。夜道でトラックにひかれそうになったところをダッシュマックスに助けられるも、車の姿しか見ることができなかった。フーコはダッシュマックスを美青年が運転している車だと思い、これは運命的な出会いだと思い込んでしまう。
フーコが、オーディション番組「君こそ金の卵だ！」に出演することになった。ダイノガイストは、テレビから次々に生まれるアイドルという金の卵を奪えと指令を出す。ガイスター達はテレビの生産工場や山の中のテレビ中継局に襲撃をかけ始めた！
星川家は豪華客船アンソニー・クレオパトラ号の特別就航に招待され豪華な休日を満喫することになった。しかしこの船はガイスターに狙われており、エクスカイザーはカイザーズ全員に招集をかける！戦いを挑むが、ガイスター達は多数のロボット化した電車メカをカイザーズにけしかけてすぐに撤退してしまう……。
すべての病原菌を取り込んで作られた史上最悪の病原菌集合体「Ｘウイルス」。ガイスターが微生物研究所の隣家の引っ越し荷物を強奪したことから、彼らの目的がＸウイルスだと直感したエクスカイザーは、Ｘウイルスが輸送される日にカイザーズ全員で警戒体制をとることを決意する。
ベイサイド動物公園にやってきたコウタ達。動物園の各所に現れたガイスターが動物達を次々と捕獲して行き、コウタの目の前からは子パンダが攫われてしまう！しかし駆け付けたエクスカイザーによって動物達の強奪を阻止したが、子パンダだけが行方不明となって世間は大騒ぎになってしまう。
地球には流星群が接近していた。地表に落下すれば甚大な被害に見舞われるため、流星群を撃破するための３機の人工衛星「スイーパー」が使われることになった。パトロール中のスカイマックスが、大気圏を抜けて宇宙空間に向かうプテラガイストを発見！追跡の結果、ガイスターの目的がスイーパーであることを判明する。
ガイスターによって学校やタクミの家のプールなどが次々と盗まれていった。次にガイスターが襲ったのは宿題配送センターであったのだが、コウタはこれで宿題をしなくていいと喜ぶ。エクスカイザーはガイスターが夏に関係したモノを盗んでいるのかもしれないと考え、ガイスターの行動を予測する。
人気俳優Ｊ・ローンの写真集が欲しいフーコだが、自分の貯金箱をこわしても全然お金が足りない。徳田が、今から10万円金貨発行の取材で造幣局に行くと言う話を聞きつけたフーコは、１枚くらい金貨を拾えるのではないかと、付き添い見学を頼み込むのであった。
ヘビースモーカーであるコウタのパパ。そのタバコの煙に会社の人達は大迷惑を被っていた。タバコは星川家内でも評判が悪く、パパは半ば強引に禁煙を誓わされるはめになる。「タバコは大人の宝物」との看板を目にしたガイスター達がタバコ畑を一晩で空っぽにし、事件はガイスターの仕業だと確信を持つ。
パパの取材に同行してペルーのナスカの地上絵を見に行く事になったコウタ。テレビでナスカの地上絵を見たダイノガイストは、それを宇宙生命体が古代文字で残した宝の地図ではないかと考える。エクスカイザーは、地上絵が何かのメッセージを教えようとしているのではないかと考え、それを確かめるべく飛び立った！
関東に迫る最大級の台風13号に、開発中の台風制御装置「タイフーンバスター」が初めて使用されることになった。実験は大成功、台風13号は温帯性低気圧に変化し消えていったが、タイフーンバスターそのものの行方はわからなくなってしまう。海中に落ちたと思われていたが……。
コウタのカイザーブレスが、クラスのガキ大将・コスケに盗られてしまう。取り戻そうと彼の家を訪れたコウタは、彼の父親が人間国宝の歌舞伎役者・市川千代ノ介であることを知る。更に彼が父から厳しい稽古でしごかれている姿を目撃して、カイザーブレスを返して欲しいと言いそびれてしまう。
オリンピックを間近に控え、ダイノガイストはガイスター達に「オリンピックを盗め」と指令を出す。一方、オリンピックの聖火ランナーの一人に選ばれていたコウタは、アンカーを務めるジェイナーに聖火を渡す順番にあたるため嬉しくて仕方がない。しかし、コウタの前に走っていたタクミがサンダーガイストに襲われる。
朝日台市民会館でエクスカイザーの活躍を讚える交響詩「勇者」が演奏されることになった。そのピアノ奏者に抜擢されたコトミは、喜びと緊張でいっぱい。だが、エクスカイザーのための演奏会が許せないダイノガイストは、演奏会の妨害とピアノの奪取を命じる！
かぼちゃのオバケが栗や松茸などの秋の味覚を盗みだすという奇怪な盗難事件が続発していた。調査の末、エクスカイザーは秋の味覚展の行われる幕間メッセが次のターゲットではないかと推理する。一方、コウタはオバケの扮装をしてタクミの家で開催された秋の味覚満載のハロウィンパーティーに参加していたが……。
文化の日にちなんで出された読書感想文の宿題。本が嫌いなコウタは、読書が辛くて仕方がない。エクスカイザーは、「本気で探せばコウタの大好きな本が見つかる」と励ます。コウタは再び本屋に向かうが、そこでガイスターと遭遇。ガイスターは本屋、印刷工場、出版社を立て続けに襲撃、ついに街中で本が読めるのは図書館だけになってしまう。
フーコはアイドル騎手の宝豊に夢中。そのためパパと徳田が行く事になっていた宝豊のいる牧場への取材が、いつの間にか星川家のピクニックになってしまう。彼とその愛馬スーパーエースは今度の「サンライズ杯」の優勝候補なのだが、タクミの家が金にモノを言わせてフランスで買ってきたマネーメーカーが強力な対抗馬として現る。
開園したばかりのスペースフロンティア、その中にあるスペースキャンプの２日間の体験学習に訪れたコウタは、宇宙飛行士に一歩近づけるような気がして嬉しくて仕方がない。コウタが楽しみにしていたシャトルの発射シミュレーション。しかしそこへスペースフロンティアを丸ごと強奪しようとガイスターが来襲する！
所田博士が開発した、人間の言葉を理解し自分で行動する高性能ロボット、フューチャーＩ世がロボット博で公開された。「テレビを消せ」と「電源を切れ」の区別がまだつかないフューチャーＩ世は、「テレビを消せ」の命令で会場の電源を切ってしまう。真っ暗になった会場をガイスターがいきなり襲撃！その目的とは……？
基地を失ったガイスター達はテレビでペットの犬が自分達よりもいい暮らしをしているのを見て、犬を憎み始めていた。マリオの散歩をさせていたコウタとフーコは、愛犬を散歩させていたタクミにマリオをバカにされてしまう。悔しがるフーコは、「ワンワンコンテスト」での優勝を目指してマリオの改造を開始する。
あまりの寒さに根城の廃工場でたき火を始めたガイスター達は、燃やせるものをどんどん放り込んでいるうちに火事を起こしてしまい、その上駆け付けた消防車を強奪する。それを目撃したレイカーブラザーズは、ガイスターが消防車を狙っているらしいと推測する。
各地でガイスターに学校が襲われ、銅像や赤門などシンボル的なものからブランコまでが盗まれる事件が多発していた。プテラガイストは、今まで盗んだものは「ガラクタ」で、本当の学校を盗んでやると宣言する。タクミの目の前に現れたガイスターは、校舎そのものをガイスターロボ化させ、児童ごと学校を盗もうと図る。
街はクリスマス一色。ダイノガイストからガイスター達にサンタクロースを攫うように指令が出る。さっそく街に出たガイスターは、マネキンサンタや、その衣装を着た売り子等を次々と襲い始めた。コウタとフーコは、クリスマスの飾り付けをしている時に街中のサンタがガイスターに襲われているというニュースを発見する。
ダイノガイストはプテラガイストとナスカを訪れ、調査の末地図を発見する。次に楠木村古墳で遺跡を掘り返し、大昔に地球にやってきたエクスカイザー達の祖先が残した「エネルギー生命体捕獲装置」を手に入れる。なんと装置の起動に必要な「エメラルドストーン」のありかもダイノガイストは見当がついているらしいが……。
ついにエネルギー生命体捕獲装置とエメラルドストーンを入手したガイスター。盾状の捕獲装置にはめ込まれたエメラルドストーンの光を浴びると、生命体は盾の中に封じられてしまうのだ。これでカイザーズに勝てると考えたダイノガイストは、早速行動を開始する。
ゴッドマックスを捕え、一気にカイザーズを倒そうと盛り上がるガイスターは、レイカーブラザーズが新幹線を利用していることから研究を始め、更にエクスカイザーの正体も突き止めようとしていた。そして、ダイノガイストはエクスカイザーのそばに写っている人間の子供、コウタに注目していた。
コウタとエクスカイザーはガイスターの基地へと乗り込んだ。徳田が捕えられている湖にはエネルギー捕獲装置が仕掛けられていてエクスカイザーは近付けない。湖に潜ったコウタは、湖底の捕獲装置からウルトラレイカーとゴッドマックスの解放に挑み、形勢逆転を狙う！
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