西国ウェスタリス情報局対東課〈WISEワイズ〉は諜報員エージェント〈黄昏たそがれ〉に、東国オスタニアで戦争計画を進めるデズモンドの調査を命じる。〈黄昏たそがれ〉は精神科医ロイド・フォージャーに扮し、標的と接触できる名門イーデン校に子供を入学させるため孤児のアーニャを引き取る。実はアーニャは他人の心を読む超能力者だった。ある日、〈黄昏たそがれ〉を狙うマフィア組織にアーニャが連れ去られてしまう。ロイドは任務の仕切り直しを考えるが……。
市役所事務員ヨル・ブライアには、殺し屋〈いばら姫〉という秘密の顔がある。ヨルは独り身の女性がスパイ疑惑をかけられる風潮に不安を感じていた。一方、イーデン校の面接試験に向けてアーニャの母親役を探すロイド。彼は訪れたブティックで偶然ヨルと出会う。ヨルの心を読んで殺し屋と知ったアーニャは、自分のためにも彼女を母親役にしようとロイドを促す。
ロイドとアーニャの家にヨルが引っ越してきた。家族の体裁が整い、次は面接試験の準備だ。しかし今のアーニャとヨルでは、まともな面接すらできそうにない。そう判断したロイドは、上流家庭の一般常識や3人の間で共通認識を作るため家族で出かけることに。劇場や美術館を巡るが、アーニャたちにはなかなか響かない。さすがの〈黄昏〉も挫けそうになるが…
ついに決戦の日！ 準備を整えたロイドたちはイーデン校の面接試験へ向かった。校内に入った途端、ロイドは何者かの視線を感じ取る。それは陰から受験者を採点する教員たちの監視の目。試験は既に始まっていたのだ。採点を行う寮長ヘンダーソンは、ロイドたちフォージャー家の立ち振る舞いに注目し、彼らが名門イーデン校の面接試験を受けるに相応しいかを見極めるべくさらなる試練を指示する。
この日はイーデン校の合格発表。しかしアーニャの受験番号はなく絶望に沈むロイドたち。そこに現れたヘンダーソン。面接でのロイドたちを高く評価して、アーニャが補欠合格者の1番手であることを告げる。そして3日後、補欠合格の連絡が！ フランキーも駆けつけてお祝いで盛り上がり、頑張ったアーニャにご褒美をあげることに。アーニャのお願いとは!?
アーニャの制服が仕上がった。ロイドはWISEの作戦会議のため、制服の受け取りをヨルに任せて隠れ家へ。そこでオペレーション〈梟〉完遂のために、イーデン校で"星"と呼ばれる褒章を８つ獲得し特待生になる必要があることを確認する。一方、制服を手に入れたアーニャは大はしゃぎ。しかし裕福なイーデン校生徒を狙う者も多く、アーニャに目をつけるチンピラ集団が現れる！
入学初日、デズモンド家の次男ダミアンを殴り飛ばして“雷(トニト)”を食らってしまったアーニャ。早くもクラスで浮いてしまい落ち込むが、ベッキーと友達になって学校が楽しくなっていく。そしてダミアンに殴ったことを謝ろうとするが、なかなか言い出せない。オペレーション〈梟(ストリクス)〉遂行のためにロイドも学校関係者に変装しては、陰からアーニャに仲直りを促すのだが……。
東国(オスタニア)の防諜機関・国家保安局は、国内の治安維持を目的としたスパイ狩りや市民の監視を行い、「秘密警察」と呼ばれ恐れられている。ヨルの弟ユーリも実は秘密警察の一員で、姉や周囲には正体を隠して国を陥れるスパイを追っている。そんな彼が、突然フォージャー家を訪れることに。秘密を抱えたフォージャー家と、裏の顔を持つユーリが相まみえる！
ユーリに偽装夫婦と怪しまれたロイドたちは、本物の夫婦であることを証明するためにキスをすることに。オペレーション〈梟(ストリクス)〉のため即座に対応しようとするロイドとは逆に、とてもシラフではできないと、ワインをガブ飲みして泥酔するヨル。そんな姉を見るユーリも、同じく泥酔して正常な判断ができず……。
イーデン校１年生の間で、今度の体育の授業で活躍した生徒には“星(ステラ)”が授与されるとの噂が広まっていた。アーニャは“星(ステラ)”を入手するためにヨルの特訓を受け、「ほし、つかむ」と決意を固める。そしてセシル寮とウォルド寮によるクラス対抗ドッジボール戦が始まった！勝利に意気込むアーニャたちの前に、怪童ビル・ワトキンスが立ちはだかる。
イーデン校の懇親会に出席するためには、子供が特待生になる必要があるが、勉強が苦手なアーニャは大苦戦。そこでロイドは勉強以外で“星（ステラ）”を獲得する方法としてアーニャに社会貢献をさせようと考えるが、アーニャはボランティア先の病院で失敗ばかり。そんな最中、アーニャはプールで溺れる子供の声を超能力で察知して――!?
〈WISE（ワイズ）〉の任務に忙殺されて、この日もロイドはヘトヘトになって帰宅。そんな時、彼は自分が家族をないがしろにしているという近隣住人の噂話を聞く。わずかな疑惑がオペレーション〈梟（ストリクス）〉に支障をきたすことを恐れたロイドは、仲の良い家族を周囲に見せつけるため、次の休日に水族館へ行くことに。しかしそこでも〈WISE（ワイズ）〉の新たな任務が発生してしまい……！
アーニャの〈星〉獲得のご褒美のため、ペットの犬を探しに行くフォージャー家。その途中、ロイドは西国ウェスタリスの外相を狙った爆弾テロを未然に防ぐ任務に駆り出されることになる。一方、犬を選んでいたアーニャは見知らぬ白い大型犬の心に、なぜか自分たち家族の姿を見る。気になって犬を追うアーニャ。迷い込んだ先はテロリストのアジトだった！
未来を予知する不思議な犬と出会ったアーニャ。犬のお陰で一時は難を逃れるものの、ふたたびテロリストの手に落ちてしまった。そこにヨルが駆けつけて敵を撃退！そんな中、再び犬が未来を予知する。犬の心を読んだアーニャが見たものは、爆破されたビルの瓦礫の中で倒れるロイド……。この未来を変えるべく、アーニャは犬とともに事件現場へ向かう!!
敵の爆弾犬と対峙するロイド、人知れずロイドを救ったアーニャ、そして逃走するテロ首謀者を発見したヨル。家族それぞれが関わることとなった爆弾テロ事件、果たしてその結末は!? そして当初の目的であった〈星（ステラ）〉獲得のご褒美として、アーニャは事件で出会った未来予知をする大型犬をペットとして飼いたいと言う。犬たちの裏事情を知るロイドは渋るが、アーニャは飼わなければ学校を辞めるとまで言い出して……。
ヨル's キッチン: ロイドは最近、ヨルの帰宅が遅いことを気に掛けている。アーニャもボンドの予知で見たヨルの様子を心配していた。当のヨルは二人には秘密で同僚・カミラの家に通っていた。その目的とは!? 情報屋の恋愛大作戦: ロイドがフランキーに呼び出される。好きな女性ができたので、デートの必勝法を教えて欲しいとのことだ。熱意に押されて、凄腕スパイの会話術をレクチャーすることに。
ぐりほんさくせんを決行せよ： 図工の授業で同じ班になったアーニャとダミアン。アーニャは「ナカヨシ作戦」のためにダミアンの工作を手伝おうと張り切る！ 〈鋼鉄の淑女（フルメタルレディ）〉： 表向きは西国（ウェスタリス）の外交官として働く〈WISE（ワイズ）〉管理官（ハンドラー）・シルヴィア。常に監視されている彼女の日常は、隙を見せることが許されない。 オムライス♡： 幼き日のブライア家。ヨルはユーリのためにオムライスを振る舞っていた。ユーリは姉の愛情を一身に受けて成長していく。
家庭教師の叔父: 来週はイーデン校の中間試験。その日はアーニャが超能力を使えなくなる新月の日で、カンニングができない。ヨルの提案でユーリに家庭教師をしてもらうことになり……。 〈東雲（しののめ）〉: 中間試験が終了。アーニャの試験の出来に不安を感じたロイドは、答案を改ざんするためイーデン校へ。そこには同じように潜入を目論む、あからさまに怪しい男が!?
デズモンドへの復讐計画： 中間試験で優秀な成績を修めて〈星（ステラ）〉を獲得したダミアン。周囲からちやほやされる彼を、クラスメイトのジョージは恨めしそうに見ていた。その理由とは……。 母、風になる： アーニャを学校に送り出した直後、ヨルは机の上に体操着を見つける。このままではアーニャが体育の授業で困ってしまう。ヨルは忘れ物を届けるために走り出した！
総合病院を調査せよ： 授業で「興味のある職業」のレポートを書くことになったアーニャは、ロイドの職場・バーリント総合病院の見学へ。ロイドが席を外した隙にアーニャの大調査が始まった！ 難解な暗号を解読せよ： スパイアニメの影響で暗号解読に興味を持ったアーニャは、自分でも暗号文を作り、ロイドたちに機密文書を配りだした。果たして解読できる者はいるのか……!?
〈夜帷（とばり）〉： ロイドの病院で働く事務員・フィオナの正体は〈WISE（ワイズ）〉の女性諜報員〈夜帷（とばり）〉。「オペレーション〈梟（ストリクス）〉」の遅れに苛立つ彼女は、「フォージャー婦人」の役を自分に替えるよう提案。さらに独断でフォージャー家を訪問してヨルと対面する！ はじめての嫉妬： ロイドにもらったペンギンのぬいぐるみがお気に入りで、一緒に寝るアーニャ。その様子を嫉妬深く見つめる白い影が……。
東西戦争の火種になるとされる機密書類・ザカリス文書。その隠し場所とされる名画を手に入れるため、ロイドとフィオナは絵画のオーナー・キャンベルが主催する闇のテニス大会に出場する。大会に優勝すれば、望みの美術品が贈呈されるとのことだ。夫婦を装って試合に臨むロイドたちに、元プロプレイヤーなどの猛者たちが襲い掛かる！
地下テニス大会もいよいよ決勝戦。ロイドたちの対戦相手・キャンベル兄妹は、改造ラケットや周囲のスタッフを使った妨害工作など、数々の汚い手を使う強敵。しかし〈WISEワイズ〉が誇る諜報員ペアはこれをことごとく回避し、ロイドのトドメの一撃が炸裂！ところが試合直後、機密書類の存在を知った保安局が割り込んできて……。
母役と妻役： フィオナの登場で偽装結婚に不安を感じるヨル。その様子を見たロイドは、ヨルが自分に対して恋愛感情を抱き始めたと考える。任務のためには女性すら利用する〈黄昏（たそがれ）〉モードへ！ ともだちとかいもの： アーニャに可愛い服を選ぶため、ベッキーはアーニャを連れてデパートへ。お嬢様の財力で店舗を借り切って、二人の可憐なるファッションショーが始まった。
イーデン校では半期に一度の懇親会が行われていた。特待生とその親、東国（オスタニア）のVIPたちが集まる会場は侵入者を許さない厳戒態勢。一方でダミアンは、懇親会を訪れる父親に会いたいと兄に伝言。親子の待ち合わせを知ったロイドは、ダミアンを利用してターゲットへの接触を図る。
〈ガーデン〉の仕事で負傷したヨルは、痛みをこらえながら帰宅。その様子にロイドは、自分が彼女を不機嫌にさせたと勘違い！ 翌日、ロイドはヨルの機嫌を取るためにデートに誘い、ヨルも普通の妻としての行動を学ぶため張り切ってこれを受ける。そしてお留守番のアーニャは、フランキーとともにデート中の二人を尾行するのであった。
ボンドの生存戦略 不穏な未来を予知し、ヨルの手作りご飯が原因だと考えたボンド。運命を変えるため、ロイドを探しに家を出る! ロイドを見つけるボンドだが、〈WISE〉の任務の最中ですぐに帰れそうになく……。 ダミアンの野外学習 寝坊の罰で寮母を手伝うことになったダミアン。ダミアンを放っておけないエミールとユーインも、わざと罰を受けて合流する。そんな彼らにヘンダーソンは、グリーン先生との野外学習を命じて……!?
任務と家族 秘密警察の仕事に精を出すユーリ。この日は東国を揶揄する記事を西国に売っていると疑わしい元新聞記者を調査することに。調査を続けるユーリは、元新聞記者の胸中や家庭状況を知るが……。 華麗なるボンドマン アーニャが大好きなアニメの主人公・ボンドマン。華麗なるスパイの活躍に迫る!! 子ども心／目覚まし フォージャー家やイーデン校生たちのゆかいな日常を紹介!!
知恵の甘味 イーデン校の学食に幻のスイーツが登場！食べた者は“”になれると言われる 限定マカロンをめぐり、アーニャたちの熾烈な頭脳戦が開幕!! 情報屋の恋愛大作戦Ⅱ カフェの店員に恋をしたフランキーは、彼女のために逃げた飼い猫を探すことに。途中で出会ったヨルの協力も得て捜索を続ける中、フランキー自慢の発明品が威力を発揮する⁉
ヨルは〈いばら姫〉の任務として、豪華客船での市役所の業務を装いながら、裏組織のグレッチャー家の生き残り、オルカとその子どもを国外に逃がすため護衛することに一方、アーニャは福引でクルーズ船の旅行を引き当てる！ その船は、奇しくもヨルが任務で乗る船と同じだった。大波乱のバカンスが始まる――!!
クルーズ船に乗ったヨルは客室でオルカたちの護衛についていた。一方ヨルの上司・マシューは、オルカたちを狙う殺し屋を船内で発見。捕まえて問い質すと、大量の殺し屋たちが乗り込んでおり、それぞれが独自にオルカたちを狙っているという。その頃、ヨルが控えるオルカの部屋のドアを、何者かがノックして……。
アーニャの機嫌を取ろうと、「楽しく愉快な父親」を目指してお土産を選ぶロイド。一方その頃、護衛任務中のヨルは、殺し屋の一人・鎖鎌使いのバーナビーと対峙していた。殺し屋たちの襲撃が激しさを増していくなか、ヨルは〈いばら姫〉として戦う理由を自問自答するのであった……。
花火大会を前に賑わうクルーズ船のデッキ。アーニャもロイドと一緒に花火を楽しんでいた。その一方で、ヨルの任務はいよいよ佳境へ。オルカたちを脱出させようとするが、殺し屋たちに囲まれてしまった！夜空に綺麗な花火が打ち上がる中、ヨルは殺し屋たちとの死闘で鮮血を飛び散らせる!!
ロイドは保安局員たちの動きから、船内に爆弾が仕掛けられていることを知る。急いでアーニャを託児所に預け、元軍人に変装して爆弾処理へ。そしてアーニャもまた、ヨルを助けようと託児所を抜け出していた。駆け付けた通路でヨルが落とした武器を見つけたアーニャは、武器を甲板へと放ち――！
殺し屋の襲撃と爆弾騒動から一夜明け、クルーズ船はリゾート島に到着。ロイドとアーニャはヨルと合流して、家族一緒にバカンスを楽しむ！アスレチック、乗馬、シュノーケリングなど、数々のアクティビティを満喫してアーニャもすっかりご満悦！そんなアーニャの笑顔を見て、ヨルはこの平和を噛みしめるのであった。
恋愛ドラマで盛り上がったベッキーは、写真で一目ぼれしたロイドに会うべくフォージャー家を訪れる！ 必死にロイドにアプローチするベッキー。そしてアーニャも裕福になる暮らしを想像して、「なしじゃない」と少しだけベッキーの恋路を応援⁉ そこにヨルがボンドの散歩から帰ってきた。ライバル(?)との直接対決にベッキーの闘志が燃え上がり……!!
ロイドと一緒に散歩中のボンドは、道々で未来予知した事故を防ごうとしては騒動を起こし、ロイドに注意されてしまう。そんな中、今度は火事で燃え上がる建物と、その前で泣き叫ぶ女性の姿を予知する。注意されたばかりにも関わらず、現場へ駆け出してしまうボンド！ただならない様子にロイドもボンドを追う。たどり着いた先で見たものはーー。
