イリヤスフィール・フォン・アインツベルンこと、イリヤは冬木市に住むごく普通の女の子。ある日の夜お風呂に入っていたら、うさん臭い魔法のステッキ「マジカルルビー」が突然飛び込んできて、イリヤを魔法少女に仕立てようと勧誘してきて……!?
巻き込まれるままに魔法少女になってしまったイリヤ。なってしまったことは仕方ないと、前向きに魔法の練習をしようとするが、結局ルビーにいじられて終わるだけになってしまう。そんな魔法の使い方もわかってないイリヤに初の任務が課せられることに。
初の任務中に陥ったピンチで登場した謎の少女・美遊。美遊はイリヤのいる学校に転校してきたが、クラスメイトと溶け込むこともなく、イリヤとも共同で戦うことに否定的な態度をしめす。だが、美遊の引っ越してきた先はイリヤの家のすぐ近くで……!?
イリヤと凛、ルヴィアと美遊の２組は、新たなカードを回収するためにやってきた河原でキャスターと対決する。上空にいるため、攻撃が届かないキャスターを倒すために飛ばなければならなくなったイリヤと美遊。イリヤは簡単に飛べたが、美遊は苦戦するのだった。
突如現われたセイバーによって攻撃を受けるイリヤたち。不意をつかれて負傷した凛とルヴィアを助けるため、イリヤと美遊は共同で戦う。だが、戦い慣れていないイリヤではセイバーの相手は難しく、窮地に陥ってしまう。そんな時、ルビーが考えた策とは!?
凛とルヴィアによる攻撃でクラスカード・セイバーを倒せたかに見えた。しかし、セイバーに致命傷は与えるまでに至らず、逆にセイバーの宝具「エクスカリバー」による反撃を受けてしまう。かつて無いほどの凄まじい威力を誇る攻撃を受けたイリヤに異変がおきて……!?
なんとか窮地を凌いだイリヤたち。だが翌日、無理がたたったせいかイリヤは高熱を出してしまう。学校を休んで寝ていたイリヤは、同じく学校を休んでいた美遊とルビーとサファイヤによるテレビ電話のような通信で会話することに。そこで見た美遊のメイド服姿を見たイリヤは……。
アサシン戦での記憶がはっきりと残っているイリヤはショックを受けて、美遊と話すことすらためらってしまう。魔法少女でいることの意味とその代償を理解したイリヤは、このままでいることに恐ろしさを感じてしまい、考えた末に凛に直訴しに行くことにする。
最後のクラスカード・バーサーカーを倒すために鏡面界へと飛んだ美遊、凛、ルヴィア。だが、無敵にも近い能力を誇るバーサーカー相手に苦戦をすることに。一方、魔法少女から逃げ出したイリヤがお風呂でへこんでいると、イリヤのママ・アイリが乱入してきて……!?
クラスカードの能力を活用してバーサーカーにダメージを与えるも、苦戦を強いられる美遊。そのピンチにイリヤは転身し、美遊のもとに駆けつける。最強の敵であるバーサーカーだが、二人のカレイドの魔法少女が力を合わせた時に奇跡は起きる！
激しい戦いの末、どうにか全てのクラスカードを回収し終えたイリヤと美遊は、平穏な学校生活を送っていた。ある日、乱れた地脈に魔力を注ぎ込んで安定化させるため、凛やルヴィアとともに大空洞を訪れた２人。それは魔法少女の彼女たちにとっては、簡単な任務のはずだったが―― 。
「今日は運勢最下位」。朝の占いのとおり、登校中のイリヤを次々に不幸が襲う。ダンプカーに突っ込まれ、猛犬には追いかけられ……。ところがそれは、イリヤの命を狙う“もう一人のイリヤ”の仕業で!? 直接命を狙いにきた彼女に対し、転身して応戦するイリヤだったが――。
尋問の末、ルヴィアの家に監禁されているはずのクロが、なぜかイリヤの家のリビングで士郎を大胆に誘惑していた。まさに「捨て身」の覚悟でクロを止めにかかるイリヤ。そこに、クロの脱走に気付いた凜とルヴィア、美遊の3人がなだれ込んできて!?
イリヤのクラスに編入したクロは、「初ちゅー奪われまし隊」にドッチボール対決を挑まれる！ 圧倒的な身体能力で次々と敵をなぎ倒していくクロ。そんな彼女の前に立ちはだかったのは、崩れゆく日常を何とか押しとどめようとするイリヤだった！
「元の生活に戻りたい」。イリヤの何気ない言葉に激昂したクロは、お互いが決して相容れない敵同士であることを告げて夜の闇へ飛び出す。混乱するイリヤ。翌日、美遊はイリヤたちに何も告げず、ひとり海岸へと足を運ぶ。そこで彼女を待っていたのは――。
イリヤを護るため、美遊はひとりでクロとの戦いに挑む。一歩も引かぬ激闘を繰り広げる美遊だったが、その刃はクロに届かない。「みんな仲良く死んでおしまい、それも良いと思わない？」クロの双剣に沈もうとする美遊の下に、2人を止めようと駆けつけたイリヤと、そして――!?
イリヤの家に住むことになったクロは“普通”の生活をスタート！ ある日の朝、クロは士郎のためにおいしいパウンドケーキを作ると言い出し、イリヤも慌ててそれに張り合うことに。かくして”お兄ちゃん”への想いをかけたスィーツバトルが勃発した！
クラスメイトとも打ち解け、クロはイリヤとともに“普通の”学校生活を楽しんでいた。「これからの未来は、笑っていてほしい」――優しい願いとともに2人の様子を見守るアイリ。しかし、その想いも虚しく、幸せな日常に終りを告げる闖入者がルヴィア邸に現れる。
崩壊したルヴィア邸に茫然とするイリヤとクロの前に、殺気に溢れたバゼットが姿を現す。クラスカードを狙うバゼットの攻撃に対し、激しい抵抗を試みるイリヤとクロ。しかし、その圧倒的な力の前に為す術もなく、絶体絶命のピンチを迎えてしまう。
ライダーを夢幻召喚＜インストール＞した美遊は「宝具」でバゼットを仕留めにかかるが、逆に彼女の「切り札」によって返り討ちにされてしまう。重傷を負っているクロに、残されたカードを回収すべく冷酷に迫るバゼット。絶望的な状況の中、満身創痍のイリヤは最後の抵抗を試みる！
小学生にとっての一大イベント、夏休みがついにやって来た！ 念願の海水浴にそなえ、クラスメイトたちと水着を選びに来たイリヤたちは、際どい水着を前にして大騒ぎ♪ そんな中、魔力が尽きてきたクロが、イリヤを人気のない階段の踊り場に呼び出した。その現場を美々が目撃してしまい!?
夏だ、水着だ、海水浴だ！ 海辺ではしゃいだり、海の家で誕生日会をしたりと、海をたっぷり満喫するイリヤたち♪ そこで出会ったアイスキャンディー売りは、かつて激闘を繰り広げたあの強敵で……。さらに、ルビーの“惚れ薬”のせいで士郎が暴走。イリヤの思いが、意外な形で実る!?
水着を買いに行ったショッピングモールで、イリヤとクロの“栄養補給”を目撃していた美々。その日から、イケない妄想が頭から離れないでいた。そして、雀花のひと言をきっかけに美々は覚醒！ イリヤとクロは、すっかり“薔薇色”にそまってしまった美々の脳内を目の当たりにする。
ルヴィアからチケットをもらったイリヤは、いつものメンバーと遊園地へ！ 力いっぱい遊んでいるうちに、引率役のアイリとはぐれてしまう。アイリ探しの最中に出会ったのは、保健室のカレン先生で!? そんな中、イリヤは、大切なブレスレットの飾りがなくなっていることに気づき……。
イリヤたちの楽しい夏休みは終わらない！ 浴衣に着替えたイリヤは、いつものメンバーと地元の夏祭りへ。ヨーヨー釣やくじ引きなどでお祭りを満喫するイリヤだったが、大変なことに気がついてしまう。下着をつけずに浴衣を着ていたのだ。そんなイリヤを、最大の悲劇が襲う！
庭のビニールプールで水浴びを楽しむアイリとリズ。そんな2人に巻き込まれ、イリヤとクロも水びだしに♪ 終りが近づく夏を楽しむイリヤたちに、ルヴィア邸の再建完了のパーティーのお知らせが届く。それは、8枚目カードの回収作戦開始の合図でもあった。決行は、今夜12時！
イリヤ、美遊、クロ、ルヴィア、凛にバゼットを加えた一同は、鏡面界の地下空洞において8枚目のカードの英霊に対峙する。地脈の中心で、多大な魔力を蓄えた英霊に対する戦略は、持てる力をのすべてを全力投下し、初撃で仕留めること。作戦通り、最大火力をもって英霊を攻撃するが!?
8枚目のカードに宿る英霊の力は、神話の神々の域だった……。絶望的なまでの力の差を感じ取ったイリヤたちは、鏡面界から退避。息つく間もなく、一行を衝撃が襲う。鏡面界を切り裂き、英霊が姿を現したのだ。困惑するイリヤたちをあざ笑うかのように、空中を旋回していた英霊が、ついに動き出す。その行く先は、聖杯が眠る地下大空洞だった。
英霊による聖杯起動の儀式を止めたイリヤの前に現われたのは、すべてを見透かしたかのように自信満々の態度をとる少年だった。彼は、美遊のことを、こう呼んだ「平行世界のお姫さま」――。8枚目のクラスカードとは？ 美遊は一体どこから来たのか!? 少年の登場をきっかけに、真実のベールが剥がされていく。
英霊に取り込まれた美遊を引き摺りだし、その頬をひっぱたくため、イリヤは両手にルビーとサファイアを携えて、“ツヴァイフォーム”に変身する。対するのは、世界を切り裂く剣をもった最強の英霊だ。自分のすべてを犠牲にする覚悟で、大事な友だちである美遊のために戦うイリヤ。その思いの行く末とは!?
イリヤたちの楽しい夏休みは、突然終わりを迎えた。円蔵山に刻まれた8枚目のクラスカードの英霊との戦いの爪痕が一夜にして消えたことを不審に思い、現地に駆けつけたイリヤたちは、美遊を「迎えにきた」という謎の少女たちと遭遇し……。激しい交戦中、不思議な光に包まれるイリヤ。その後、目覚めたのは真冬の冬木市だった!?
エインズワースのドールズの一人、ベアトリスが、謎の少女、田中とイリヤに襲いかかる。圧倒的な力に、追い込まれる二人。万事休すかというその時、ベアトリスは、何者かに呼び戻され、二人は窮地を脱するのだった。その後空腹にさいなまれたイリヤと田中はあやしい店主のいるラーメン屋でさらなるピンチに巻き込まれる。お金が、ないっ!? そんな危機を救ったのは、意外な人物で？
ギルに導かれ、イリヤは田中とともに、エインズワースの屋敷への潜入に成功する。目指すは、美遊が幽閉されているという一室。そこに立ちはだかったのは、ベアトリスとアンジェリカだった。絶体絶命の状況の中、イリヤはマジカルルビーとの運命の再会を果たす。イリヤは再び魔法少女の力を取り戻し、美遊を救うために立ち上がる！
クロの狙撃によって、ベアトリスを退けることに成功した一行は、エインズワースの屋敷から一時撤退し、バゼットたちが拠点としていた学校の校舎で体勢を立て直そうとする。しかし、アーチャー「ギルガメッシュ」と、バーサーカー「雷神トール」のカードを持つ敵への対抗策が見つからず失意に沈むイリヤ。そんな彼女に対し、クロは突然双剣を手にイリヤに襲いかかる……!?
バゼットの結界によって、ドールズ達の急襲は防げたはずだった。しかし、イリヤは学校に侵入しようとしていたエリカという幼い女の子を目撃する。エリカは、なぜかイリヤのことを「お姉ちゃん」と呼び、二人はあっという間に打ち解ける。そんな中、エリカの父と名乗る男が現れる。一見優しそうなこの男は、エリカを迎えに来たというが…!?
エリカを迎えに来た男は、ダリウスと名乗るエインズワース家の当主であり、美遊を攫った張本人だった。強大な力によって、氷の結界型宝具を顕現させるダリウス。結界を破ろうとするクロのカラドボルグをもってしても、わずかなダメージしか与えられない中、ダリウスはイリヤに衝撃的な言葉を告げる……!?
エインズワース邸内の地下牢に捕らえられてしまったイリヤ。エリカは“イリヤの側にいたい”という美遊の願いを叶えようとしてイリヤの意識をクマの人形に移し替えてしまう。持ち前の空想と気合いによって、動きの自由を手に入れたイリヤだったが、自分のカラダを探すため屋敷を探し回る途中、ベアトリスに見つかってしまう……。
サファイアを携えてクマの人形の姿のまま魔法少女に転身したイリヤは、意識を入れ替えられた凛とルヴィアとの激しい攻防の末、エリカとアンジェリカのいる寝室にもつれ込む。本来のカラダを取り戻し、アンジェリカと対峙したイリヤは、美遊に隠された真実を知ることになる。
美遊を犠牲にして、世界を救う……。エインズワースの真の目的は、美遊という聖杯を使って人類の救済を願うことだった。思わぬ展開に混乱するイリヤ。駆けつけてきたクロは、平行世界を救うことよりも、美遊が大事だと即断する。一方でイリヤは、美遊と世界を天秤にかけられ、答えを出せずにいた……。
美遊も世界も、両方救う!! そんなイリヤの願いを実現するためには、エインズワースの手から美遊を取り戻さなければならない。激しい戦いを強いられるイリヤの元に、身を隠していたギルとバゼットが劣勢を覆すべく現れる。遂にイリヤと美遊の再会の時が近づく。
無数の漆黒の英霊を従え、ジュリアンは再び美遊を手中にしようとしていた。一方、拘束から解き放たれた美遊の兄・衛宮士郎は、美遊を守るため投影魔術を駆使し、ジュリアンに立ち向かう。士郎の刃がジュリアンに届こうかという瞬間、その間に立ちふさがったのは、士郎を「先輩」と呼ぶ、一人の少女だった。
聖杯からあふれ出した泥の英霊が、イリヤたちを襲う。セイバーをインストールしたイリヤは、渾身のエクスカリバーを放つも、無限に沸く忌まわしき存在をなぎ払えないでいた。状況を打開できないイリヤだったが、その双眸は、美遊を助け出し、また平行世界の未来を救うために諦めず、未来をまっすぐと見つめていた。
