ストーリーは、左腕にサイコガンを持つ海賊コブラは、第7銀河崩壊を目論む海賊ギルドの陰謀を阻止するべく幻の惑星ミロスへ向かう、というもので劇場版オリジナルストーリーとなっており、クライマックスは惑星ミロスでのコブラとクリスタル･ボーイの対決シーンである。
ビデオおよびDVDでソフト化された際に、英語版パイロットフィルムが収録された[10]。また、本作の予告編はこのパイロット版の映像を一部使用して製作されている。
日曜の朝に、不愛想なアンドロイド・メイドのベンに起こされ、不機嫌なジョンソン。気晴らしに、トリップムービーを見に出かけ、美女に囲まれ……、の超豪華な夢を注文する。ところが、そこで見たのは、左腕にサイコガンを持つ不死身の男、海賊コブラが大暴れする夢だった。気をよくして、高級カジノへ繰り込んだジョンソンは、夢に出てきたコブラの宿敵、海賊ギルドの幹部バイケンに出会う。
地球脱出のため宇宙船を調整していたコブラは、追われる謎の美女ビビを助ける。彼女を連れ、隠れ家に移るコブラ。しかし彼女は、なぜか狙われた理由を話そうとしない。彼女の追手との銃撃戦で、初めて的を外してしまったコブラは、地下の射撃場へ、すると、射撃練習中のコブラの後を横切る不審な影。捕らえてみれば、なんとビビだった。
惑星ザグザードにタートル号を取りにやってきたコブラは、酒場で賞金首のドグに絡まれ、やむなくドグを倒す。そこへ現れた賞金稼ぎの美女ジェーンが登場、ドグの仲間を倒す。だが、死体にはジェーンの物ではない弾丸の跡が…不審に思ったジェーンは、コブラの後を追う。彼がコブラだと知らぬジェーンは、コブラの墓の前に立つ彼に、コブラの事を尋ねる。
惑星シドに着くと、ジェーンの妹キャサリンは刑務所に連れていかれた後だった。コブラを宝石泥棒に仕立て、囚人としてシド刑務所に送り込むジェーン。だが、後をつけてきたクリスタルボーイによってジェーンは連れさられてしまう。一方、コブラは資料室でキャサリンの居所を調べているのを、超強化サイボーグの女死刑執行人たちに見つかってしまい、二人を倒す。
またも謎の敵から狙撃され、廃墟の町に逃げ込むコブラとキャサリン。コブラは敵の注意を自分に引きつけ、その隙にキャサリンを建物の中に隠れさせる。だが、敵はあきらめない。敵の照明弾が発射され、キャサリンは撃たれてしまう。
サイコガンで意識を失ったジェーンは、ギルド側のターべージに操られていた。一方、クリスタルボーイはザイーにコブラを捜させる。コブラの寝首を掻こうとするザイーたち。だが、仲間の一人がギルドの殺人兵器、ハンタースネークにやられる。ザイーを倒したコブラは、残った仲間のダッグからターベージのことを聞き出す。コブラにほれたダッグは、ターページを逆にスパイに行く。
キャサリンの仇討ちに行こうとするジェーンを引き留めるコブラ。そこへターベージの麻酔種子の嵐が襲う。麻酔の効かないアーマロイドのレディがターベージを迎え討つが、ターベージにパワーで押される。と、照りつける太陽に弱ってきたターベージは引き上げてしまう。麻酔から覚めたコブラは、ターベージの行く先リフレッシュセンターを突き止め、サイコガンで狙撃する。
エアバイクに乗ってボーイを倒しに向かうコブラ。集まったゲルファイター部隊を峡谷に誘いだし、タートル号で一気に全滅させる。
コブラは、情報屋の占い師ミス・マドウからジェーンの妹ドミンクの居所を聞き出す。ドミニクはルルージュ星の海賊スノウ・ゴリラの中にいるという。ルルージュ星についたコブラは、現金を積んだ雪上バスにギルドの殺し屋ジョーが乗るのを目撃し、バスに乗り込む。すると案の定スノウ・ゴリラがバスを襲撃。ジョーがルートを知らせていたのだ。
なぜ海賊が銀河パトロールを助ける？というドミニクに、ジェーンやキャサリンとの関係を臭わすコブラ。ふたりは、ジェットスキーでスノウ・ゴリラ隊基地から脱出する。サンドラたちの執拗な追撃をかわすため、コブラたちはわざとクレパスの中に突っ込む。勝ち誇るサンドラたちの前に、クレパスの中からタートル号に乗ったコブラたちが現われる。
惑星ザドスに着いたコブラたちを、スノウ・ゴリラの宇宙船が攻撃してくる。なんとドミニクの耳たぶに発信機が仕込まれていたのだ。船はタートル号で撃ち落としたが、戦車ブラックシープが生き残り、攻撃してくる。しかもその隊にサンドラが、最終兵器のあるピラミッドへ走った。
王家の墓の番人を倒し、コブラを出し抜いて、最終兵器を手に入れたサンドラ。眼を持つ卵形をしたその物体は、コブラの持つ宝刀を見て、刀に変化し、さらにサンドラも巨大化。最終兵器とは進化する兵器だった！！
金塊輸送中のビーナス号の行方不明をギルドの仕業とにらんだコブラは、ラスベガス・ステーションへ向かう。実は、そこの支配人はギルド幹部のハンマーボルト・ジョーだった。さっそくコブラはカジノを、レディは倉庫を探り始める。カジノで男に絡まれていたバニーガールを助けるコブラ。
タートル号で宇宙を旅するコブラのところに、突然、光る玉が飛び込んできた。それはベラミという女の子に変わり、追われているからかくまってくれ、と言う。その追手とは大魔王ガルタンという、なんと魔法を使う大男。サイコガンも効かず、コブラもまったく歯が立たない。コブラは気に入られ、ガルタンの宇宙船にタートル号ごと連れてこられる。
コブラは、8年前に命を救ってくれたベガに再会する。彼は、荒廃したウィング星の再建に必要な竜水晶を奪い返すため、残り少ない命を懸けていた。コブラは協力を申し出るが、奪還は容易なものではなかった。
ロド麻薬の取り引きルート解明を依頼されたコブラ。潜入先は、死者も出るほどの危険なスポーツ・ラグボールのプロチームだ。彼は銀河チャンピオンチームの一員となるが、ほかの選手たちから敵意を向けられる。
コブラの実力を認めたオーナーは、2軍の選抜チームを率いて1軍と紅白試合を行うよう命令。コブラは、昔の海賊仲間が所属しているならず者集団の2軍Zチームを選ぶが、彼らはコブラを敵視していた。
1軍と2軍選抜チームの紅白戦でコブラは次々に相手選手を倒していくが、1軍の卑劣な殺人プレーにより、ついに犠牲者が出た。コブラは「ルールを守った上でこの試合に勝ち、なおかつ報復も果たす」と宣言する。
オーナーによるいかさま指令を拒んだコブラは1軍の攻撃を受けて負傷退場する。しかしこれは、ロト麻薬取り引きの証拠を入手するための作戦だった。復帰した彼はバットを高々と掲げ、ホームランを予告する。
砂の海が広がる惑星・バクーサで、突然街の人々が甲冑人間の軍団に襲われる。連中はサイコガンさえ通用しない強敵だ。コブラは生き残った人々から救いを求められ、敵の弱点も見出せぬまま危険な砂の海に乗り出した。
甲冑人間・ソード人に捕らわれたコブラは幽閉されたジーク王と出会い、邪悪なバベル王を倒すための協力を要請される。バベル王の強さの秘密はロボット化された甲冑にあった。コブラはソード人のためにて立ち上がる。
コブラは昔なじみのジンゴロー爺さんと孫娘のユウコに会うためもライフル星を訪れるが、海賊・ギルドによってジンゴローは殺され、ユウコは連れ去られていた。救出に向かったコブラはユウコを見つけるのだが…。
リゾート地で過ごすコブラとドミニクの目の前で、金塊を積んだ豪華客船が攻撃され、ドミニクが連れ去られた。襲ったのはアイアンヘッド率いる女海賊軍団・シーメンだ。コブラは連中の弱点を見抜き、反撃に出る。
ある計画のため現地調査に訪れたコブラは、ロボット市場で奇妙なロボットを買う羽目になる。鎖で繋がれていた左手を切り離したところ、街中のロボットが次々と殺人を犯し、やがて合体して1つの巨人の姿となった。
ギルド本部から3万個のダイヤを盗み出したコブラは、昔なじみの医者が住むラーク星に向かった。しかし海賊・ギルドがレディを誘拐し、おびき寄せたコブラを瞬時に凍結させようと特殊液体窒素の中に突き落とした。
戦争の混乱に乗じてロイヤルルビーを奪取したコブラは、偶然出会った少女を連れて宇宙空港を目指す。途中で4人の生き残り軍人も合流するが、スパイの工作によって危機が続発。コブラは少女を守るため必死に戦った。
身の危険を感じたドミニクから連絡を受けたコブラは、待ち合わせ場所に向かうが、すでに彼女が襲われた後だった。そしてコブラは奮戦の末に敵の正体を知る。それは、ギルド宇宙軍の元帥・サラマンダーだった。
コブラはサラマンダーに復讐するため、かつての仲間3人を集める。1人は早撃ちの名手・ドグ。もう1人は監獄惑星に収監されているパンプキンだ。彼を脱獄させるため、コブラとドグは監獄惑星に潜入するのだが…。
コブラたちは3人目の仲間・バットに会うためにある惑星の北極地帯を訪れるが、彼はギルドに捕らえられていた。コブラたちはギルドの雪上列車を襲い、バットを救出するが、彼は漁師たちとの平穏な生活を望んでいた。
コブラたちはギルドの幹部一行に成り済まし、幹部会が開かれるカジノステーションに乗り込む。ついに現れたサラマンダーは、バリヤーで守られておりサイコガンも通用しない。そこでコブラは一計を案じるのだが…。
倒したはずのサラマンダーによってバットとパンプキンが殺され、コブラと一緒に旅をしていたドグまでが襲われた。やがてコブラは教会の総本部を訪れて、ギルドの恐るべき計画を目の当たりにする。
