星空みゆきは、絵本が大好きな中学2年生。転校してきた彼女は、その初日から遅刻しそうになっていた。そんな時でも、爽やかな天気に気分が良くなっていた彼女だが、そこに空から本が降ってくる。
プリキュアになったみゆきは、よくわからないけど面白そう、と乗り気だった。キャンディによると、プリキュアは全部で5人いるという。そんななか、ウルフルンが同じクラスのバレー部員・日野あかねを狙う。
あかねがキュアサニーになった。2人で張り切って残り3人のプリキュアを探し始める、そんな時、学校のポスターコンクールのクラス代表を選ぶことに。みゆきとあかねはイラストが上手な黄瀬やよいを推薦するが...。
お弁当を食べる場所を横取りされそうになってしまったみゆき。そんな時、同じクラスの緑川なおが彼女を助ける。正義感あふれるなおは、スポーツ万能で学校の人気者。そんな彼女をプリキュアに誘おうとするが...。
プリキュアの全員集合まで、いよいよあと1人となった。最後の1人に、学級委員で生徒会副会長の青木れいかに白羽の矢を立てた一同。早速みんなでお願いにいくが、彼女は今は忙しくてできないと話す。
ついに5人のプリキュアが揃った。しかし、みんなはこれから何をすれば良いのか悩んでしまう。その時、また空から絵本が飛んできた。その絵本から、キャンディの兄であるポップという妖精が現れる。
プリキュアやキャンディのことは、みゆきたちだけの秘密だった。そこで一同は、誰にも邪魔されない秘密の基地が欲しいと考える。そして彼女たちは、ふしぎ図書館の本棚ですてきな場所を探すことに。
キャンディと一緒に学校へ行く途中、みゆきは流れ星が落ちるところを目撃する。落ちた場所へ行くと、そこには二つの指輪があった。2人で拾ってみると、みゆきとキャンディの指に勝手にはまってしまい...。
やよいが突然転校することになった。しかも、それは明日の話だという。一緒にプリキュアを頑張っていこうと思っていた矢先で悲しむみゆき。同じく悲しそうなやよいのために、みんなでお別れ会を開くことに。
あかねのお父さんがぎっくり腰で入院することになった。今度の日曜日は、あかねのお父さんの店で町内会長たちが食事会を開くことになっている。そこで、あかねが代わりにお好み焼き屋の店長を務めることに。
ある日、みゆきは不思議な小槌を拾う。それはまるで「一寸法師」に出てくる打ち出の小槌のようだった。それを振ったキャンディが巨大化したと思いきや、よく見るとみゆきたちが小さくなっていて...。
楽しみにしていた修学旅行の日がもうすぐやってくる。そんななか、またウルフルンが現れる。そして、キャンディがどこかへ行ってしまう。しかも今度のアカンベェにはプリキュアの技の効果がないようで...。
いよいよ修学旅行の日がやってきた。しかし、おみくじを引くとまさかの大凶が出てしまう。それからというもの、みゆきにはついていないことばかりが続く。そして、みゆきのドジでみんながピンチに陥ってしまう。
楽しい修学旅行も最後の日を迎えた。グループに分かれて、あかねの故郷である大阪を巡る。早速最初の目的地である大阪城へ到着する。しかし、一同はあかねとはぐれてしまっていることに気づく。
みんなが一生懸命母の日のプレゼントを作っているなか、みゆきはすっかり忘れてしまっていた。焦った彼女はお母さんの手伝いをするが失敗ばかり。そこで、みゆきは手作りのプレゼントを作り始める。
れいかが勉強もプリキュアもやめると言い出した。突然そんな重大な話をされて、みゆきたちは驚き、動揺してしまう。れいかに話を聞くと、「自分が本当にやりたいことを見つけたい」と言うが...。
お笑いコンテストの日が明日に迫る。お笑い芸人のFUJIWARAがやってくるというので、大ファンのあかねは気合が入っていた。そんななか、みゆきたちは5人で舞台に上がることになって緊張してしまう。
体育祭のクラス対抗リレーに5人で出場することになったみゆきたち。なおがコーチになって、リレーの練習をすることになった。そして、ついに本番の日を迎えるが、そんな時にアカオーニが現れる。
やよいの名前をつけたのは、小さい頃に天国に行ったお父さんだった。しかし、やよいはお父さんのことを覚えていなくて不安になってしまう。そんな彼女に、お母さんはある宝物を見せてくれるが...。
ある日、道に落ちていたカメラで撮影すると、みゆきとあかねの姿が消えてしまう。そのカメラのせいだろうと推測する2人だが、肝心のカメラがなくなってしまう。2人は透明人間のまま、何とかしようと奔走する。
七夕の日。みゆきは、メルヘンランドにもペガサスの日というよく似た行事があるという話を聞く。夜には流れ星も見ることができたみゆきは、みんなでウルトラハッピーになれるように、と思っていたが...。
みゆきたちが集めたキュアデコルを、突然現れたジョーカーに奪われてしまった。その上、キャンディまで連れていかれてしまい、途方に暮れる。そんななか、みゆきたちはみんなで一緒にどうするかを考える。
みゆきたちはみんなでバッドエンド王国へと向かう。彼女たちは絶対に3幹部とジョーカーから、キャンディを無事に助け出そうと決意していた。そして、奪われたキュアデコルも一緒に取り戻そうとする。
キュアデコルが全て集まったのにも関わらず、ロイヤルクイーンは目覚めようとしない。その理由をポップが調べている間、キャンディにメルヘンランドを案内してもらう。そして、ポップの術で一同は妖精になる。
夏休みがついに始まった。夏といえば海ということで、あかねに誘われたみゆきは大喜びで海に行く。しかし、海の家の手伝いを頼まれてしまう。そこであかねとまおのライバル心に火がつき、対決が始まる。
今日は商店街の夏祭り。お祭りが初めてのキャンディも、浴衣に着替えて大はしゃぎする。そんななか、キャンディがいなくなる。みゆきがその行方を探すと、輪投げの景品になっているところを発見し...。
みゆきは、おばあちゃんの家に遊びにいくことになった。そこは自然に囲まれて空気もきれいで、食べ物もおいしいものばかり。そして、おばあちゃんはここには宝物がある、と話すが、みゆきには何かわからない。
みゆきとなおのお化け嫌いを克服するため、肝試しをすることに。お化けなんていないと思いながらも、学校の中では不思議なことが次々と起こる。それが本当にお化けの仕業ではないかと不安になり...。
夏休み最後の日がやってきた。しかし、宿題が終わっていなかった。そんな時、落ちていたサイコロを振ると、ゲームの世界に吸い込まれてしまう。時間内にゲームをクリアしないと元の世界に戻れなくなり...。
ふしぎ図書館の本棚を使って、みんなで世界旅行へ行くことに。フランスやモンゴル、中国にアメリカと、みんなで行ってみたい国を巡る。そして、最後にアマゾン川で記念撮影をすることになるが...。
ついにキュアデコルが全て揃った。しかし、現れたのは時計のような物だった。そんな時、ウルフルンのせいで街がバッドエンド空間になる。そこに現れたジョーカーの不思議な玉に、キャンディが閉じ込められる。
ジョーカーのなまけ玉にみんなが閉じ込められてしまった。1人だけ無事だったみゆきは、みんなを助け出そうとする。しかし、なまけ玉の中に入ると、みんな部活も宿題もせず、プリキュアのことも知らないと言う。
今日は時代劇映画村の見学に行くことに。みんなで映画のまねをして遊んでいると、監督から映画に出てみないかと誘われる。映画に出られるということで喜ぶが、そこに現れた男の子はポップだった。
文化祭の日がやってきた。みゆきたちのクラスは、みんなでファッションショーをすることに。しかし、クラスメイトの豊島くんは、一緒にやらないと話す。みゆきは一緒に楽しくやる方法を模索し始める。
みんなでやよいの大好きなロボットのおもちゃを買いに出かけたみゆきたち。そこでマジョリーナたちに遭遇する。マジョリーナが発明した「ロボニナ~ル」の光を浴びたみゆきたちは、巨大ロボになってしまう。
イギリスから留学生がやってきた。彼の名はブライアン。3週間だけ日本へ勉強のために訪れたのだという。あかねは彼に学校や街の案内をすることになるが、ブライアンといるとドキドキしてしまう。
もうすぐ生徒会選挙の日が迫っていた。もちろん今年の生徒会長はれいかに決まりだと思っていた一同。しかし、れいかは立候補しないというので心配する。さらに、怪しい転校生3人が立候補するようで...。
空からいきなり瓶が落ちてきた。中からこぼれた液体を浴びたみゆきたちは、子供の体になってしまう。なおはこの現象がきっとマジョリーナの仕業だという。元の姿に戻るため、みんなでマジョリーナを探し始める。
図書室で見つけた不思議な本の中に吸い込まれ、みゆきはシンデレラになってしまう。憧れのシンデレラになれてウルトラハッピーな彼女だが、そこにウルフルンたちが現れ、物語をバッドエンドにしようとする。
校内コンクールで「私の宝物」をテーマに作文を書くことになったみゆきたち。しかし、あかねだけはなかなか宝物が思いつかない。それで自分で探してみること。バレーボールやお好み焼きが候補に挙がり...。
やよいが漫画コンクールに応募することになる。しかし、描いているうちに自信をなくしてしまう。それでも1人で頑張るというやよいと、彼女を応援したいと思うみゆきたち。そんなやよいの前にアカオーニが現れる。
なおの家に、もうすぐ新しい命が誕生するという。お母さんが病院にいる今日は、なおがお母さんの代わりをすることに。晩ご飯を作っていると、いつの間にか妹のひなと弟のゆうたがいなくなってしまう。
れいかがイギリス留学の選抜メンバーに選ばれた。しかし、プリキュアのことがあって迷っているようだった。みゆきたちは離れ離れになることは寂しいが、れいかのためにも笑って送り出そうと決意する。
偶然出会った女の子が持っていた手鏡を見て、ある思い出がみゆきの脳裏を過ぎる。それは子供の頃、友達を作るのが苦手だったみゆきにおばあちゃんがくれた手鏡のこと、笑顔が大切と教えてくれた友達のことだった。
空から謎の隕石が現れた。すると、突然ロイヤルクロックが輝きだし、キャンディが不思議な形に変貌する。驚くみゆきたちの前に現れた3幹部たち。様子がおかしい彼らにはプリキュア・レインボーバーストが効かず...。
ジョーカーは、みゆきたちにそっくりだが心は正反対のバッドエンドプリキュアを作り出した。絶体絶命の大ピンチに陥ったみゆきたち。その間に、ミラクルジュエルになったキャンディに、ジョーカーは攻撃を仕掛ける。
ついに悪の皇帝・ピエーロが完全復活してしまった。しかし、キュアデコルはみゆきたちのもとに全て集まった。そしてそこにロイヤルクイーンが現れて、ミラクルジュエルとなったキャンディに変化が現れる。
ピエーロの姿が地球よりも大きな闇の塊と化す。みゆきたちは立ち向かうが、その強さには歯が立たない。しかも、彼女たちの変身が解けてしまう。世界がバッドエンドの闇に飲まれそうになったその時...。
