第３新東京市に降り立った少年・碇シンジを出迎えたものは、人類の存在をも脅かす驚異 －－使徒と国連軍との激しい戦闘であった。シンジは葛城ミサトの手引きにより、 特務機関ネルフの本部へと向かう。そこで再会した父・ゲンドウは、 汎用人型決戦兵器エヴァンゲリオンへの搭乗、 及び使徒の殲滅をシンジに促すのだった。
ＥＶＡ初号機に搭乗したシンジは、 使徒との激闘の末、 生還する。 ミサトに引き取られる事になったシンジ。 知らない町、 知らない人々。 そして、 ミサトのマンションで彼が見たものも、 知らない天井でしかなかった。 シンジの脳裏をかすめる使徒との激戦の追憶。 その先に彼が見たものは−−。
新しい中学校に転入したシンジは、 友人を作れないでいた。 彼がＥＶＡのパイロットであるという事が発覚し、 ざわめき立つクラスメイト。 ＥＶＡと使徒との戦闘で負傷した妹を持つトウジとの対立。 シンジの気持ちは誰にも理解されないのか。 そんな中、 新たな使徒の襲来を告げる警報が、 第３新東京市の空に鳴り響く。
新たな環境に馴染めぬシンジは、 現実から逃避するようにミサトの元から去ってしまう。 第３新東京市を、 あてどなく彷徨するシンジ。 クラスメイトのケンスケとの出会いは一時の安らぎを与えたが、 翌朝、 ネルフの大人達により連れ戻される。 彼を待っていたものは、 厳しい現実と、他人としてのミサトの冷たい言葉だった。
綾波レイ。 感情を表に出さず、 他人と必要以上の接触をしようとしない少女。 シンジは、 自分よりも父に近い位置にいる彼女に興味を持ち、 接近しようする。 だが、 彼女はシンジに心を開こうとはしない。 父を信頼できないと云う彼をレイは非難し、 頬を叩く。 ＥＶＡ零号機の再起動実験が成功した時、 第５の使徒が第３新東京市に迫っていた。
第５の使徒の放った加粒子砲の直撃を受け、 死線を彷徨うシンジ 一方、 攻守共にほぼ完璧と云える能力を有する第５の使徒に対し、 葛城ミサトは日本全国の電力を総動員し、 極大エネルギーの陽電子砲によって、 射程外からの超長距離射撃で撃滅する計画——「ヤシマ作戦」を立案、実行に移す。 勝利確率８.７％の戦いが、 今、 始まる。
ネルフのＥＶＡに対抗し、 日本重化学工業共同体は巨大人型自走兵器Ｊ.Ａ.（JET ALONE）を建造。 ミサトとリツコが出席した完成披露会場でＪ.Ａ.は、 突如暴走を始める。 動力源である原子炉の、 炉心融解の危機が迫る。 リツコの制止も聞かず、 ミサトは単独でＪ.Ａ.に乗り込み、 自らの手でプログラム消去のパスワードを入力しようとするが……。
ミサトとシンジら４人は、 ＥＶＡ弐号機を搬送中の太平洋艦隊へ。 そこには、 セカンドチルドレン、 惣流・アスカ・ラングレーと、 ミサトの元恋人の加持リョウジとの出会いが待っていた。 強気で自己主張の強いアスカは、 シンジをライバル視する。 第６の使徒が来襲。 アスカはシンジと共に弐号機に乗り込み、 出撃する事になるが——。
弐号機が一刀両断した第七使徒は、 ２体に分離再生し、 ＥＶＡを倒す。 Ｎ２爆雷によって足止めに成功するも、 再侵攻は時間の問題だった。 ２体の使徒を倒すのは、 両方の核に同時に荷重攻撃を加えるしかない。 ミサトはシンジ、 アスカのコンビネーションを完璧にすべく、 ユニゾンの訓練を開始する。
羽化前の第八使徒が浅間山の火口内で発見された。 ネルフは使徒を生きたまま捕獲・回収する作戦、 Ａ—１７を発令。 ３体のＥＶＡのうち、 唯一極地戦用特殊装備に対応可能な弐号機を駆り、 アスカは火口へ降下する。 だが、 無事捕獲が終了したかにみえた時、 使徒が羽化を開始。 灼熱のマグマの中で、 アスカの孤独な戦いが始まった。
ある朝、 第３新東京市は予期しない停電にみまわれ、 都市機能は完全に停止した。 ゲンドウと冬月は外部の人間による謀略と判断、 マギとセントラルドグマの維持に奔走する。 そこへ襲来する第九使徒。 危機を察したシンジ達は、 必死にネルフ本部へ向かう。 そこで待っていたのは、 ゲンドウが手動で待機させていたＥＶＡだった。
大気圏外より自らを落下させて、 ネルフ本部に直接攻撃を仕掛けようとすると第十使徒。 司令・副司令不在の本部で指揮を執ることになったミサトは、 勝率 0.00001％の作戦を提唱する。 奇跡は起こしてこそ価値が出るもの、 と言い切るミサト。 だがリツコはそれを私的な復讐心だと指摘する。 落下する第十使徒、 果たして奇跡は起こるのか？
初めてネルフ内部に侵入した第11使徒は、 細菌サイズの微少なものだった。 猛烈な勢いで進化しながら施設を汚染していく使徒。 やがて使徒はマギシステムをハッキング、 ネルフ本部の自爆を提訴する。 リツコは使徒に対し、 逆ハッキングで自滅促進プログラムを送ることを提案する。
人類補完委員会の招集を受けたゲンドウは、 本部に使徒が侵入したことを否定する。 ネルフ本部では、 パイロットと機体との相互互換試験が行われていた。 しかし突然、 零号機からシンジへの精神汚染が発生し、 零号機は暴走してしまう。 まるで憎しみをぶつけるように、 モニター室を殴る零号機。 その目標はレイなのか、 それとも…。
かつての恋人加持に対し、 ミサトは今も複雑な感情を抱いていた。 父への思いと恋人の想いを整理しきれずに悩むミサトを、 加持は優しく受け止める。 だがミサトは、 加持がネルフに所属していながらネルフを内偵していることを知っていた。 加持はミサトをセントラルドグマへと導く。 そこでミサトが目にしたものは…。
第12使徒レリエルは、 内部にディラックの海と呼ばれる虚数空間を持っていた。 油断していたシンジは、 初号機ごと使徒の内部に取り込まれてしまう。 ミサト達は外部から救出を模索する。 一方、 シンジは生死の境目を漂いながら、 もう一人の自分との自問自答を繰り返していた。 果たしてシンジは生還できるのか？
米国のネルフ第２支部はＳ2機関実験中のＥＶＡ４号機と共に消滅した。 ＥＶＡ３号機は日本のネルフ本部にて起動試験が行なわれる事となる。マルドゥック機関により、 新たに選ばれる専属パイロット…フォース・チルドレン。 逡巡するミサト、 何も知らないシンジ。 そして“彼”は…。
米国からＥＶＡ３号機が日本に到着、 ミサト達は起動試験のため松代に向かう。 シンジ、 レイ、 ヒカリそしてトウジはそれぞれの思いを胸に前日を過ごす。 試験開始直後、 ３号機は暴走し、 使徒に寄生されている事が判明する。 ゲンドウは３号機を第１３「使徒」と認定、 シンジたちに殲滅を命じるのだった。
ゲンドウの冷徹さに怒るシンジは、 ＥＶＡを降りる決意を固める。 第３新東京市を去ろうとするシンジ、 その時襲来する第１４使徒。 それは圧倒的な力でネルフ本部を蹂躪し、 迎撃する弐号機、 零号機をも葬り去る。 爆炎と悲鳴の中、 シンジは一人の男と出会う。
初号機とのシンクロ率が４００パーセントに達したシンジは、 戦闘後もＥＶＡから降りることはなかった。 彼の肉体はＬＣＬと融合してしまったのだ。 自己との対話を続ける“彼”は何を願うのか？ ＥＶＡに取り込まれたシンジを救出をすべくリツコ達によるサルベージ作戦が計画される。
ゲンドウの独断先行を憂慮するゼーレは、 冬月を誘拐し詰問する。 軟禁状態の中、 冬月の脳裏にすべての始まりとも言える1999年のユイやゲンドウとの出会い、 そして、 2000年のセカンドインパクト、 さらにネルフ誕生等、 現在に至る出来事が走馬灯のように甦る。
異常なまでのシンクロ率の低下を一番深刻に受け止めているのはアスカ自身だった。 彼女の頭にフラッシュバックする幼き日の残酷なる記憶。 自分の存在意義を賭し、 使徒迎撃に出撃するアスカ。 しかし、沈黙したままの弐号機に、 そのプライドは完全に打ち砕かれる。
新たなる使徒の迎撃に出撃したレイは、 肉体と精神を侵食されてしまう。 その救出のため、 ゲンドウは委員会の凍結命令を破り、 初号機を起動させた。 しかし、シンジもまた使徒によって侵食されそうになった。 その時、 レイは自分自身の意志によって、 ある決断をする。
５thチルドレンとしてやってきた少年、 渚カヲル。 彼は、シンジに対し好意を示す。 戸惑いながらもシンジは彼を唯一語り合える存在として意識する。 しかし、 カヲルはゼーレによって遣わされた存在であった。 シンジは過酷な選択を迫られる。
信じる者に裏切られ、 全てを失ったシンジは、 己の心の深淵を覗き込む。 彼は、 その深き闇の中で、 自らの存在理由を自問する。 果たして彼の心の舞台に現れしものは何か？ 全てを拒絶し、 自己の存在すら危うい少年に、 救いの手はあるのか？ 現実が、 世界が、 心の闇の中で急速に閉じてゆく…。
欠けたヒトの心を埋める。 それが人類補完計画の真実なのか？ シンジは自己の内宇宙を漂い、 己の不安と向き合う。 全ての世界は一人の少年の心が産み出した幻影なのか？ 自己の安息を願う少年は、 可能性の世界の存在を知る。 心の旅の果てにシンジが見たモノとは？
本作は、TVシリーズ（第壱話〜第弐拾四話）の再構成である『DEATH』編と、第弐拾伍話のリメイク（実態は完全新作）の前半部分『REBIRTH』編の2部構成となっている。なお、サブタイトルの「シト新生」は、DEATH & REBIRTH の直訳「死と新生」と「使徒新生」とを掛けている。略称は「シト新生」、「春エヴァ」、「デスリバ」。
1995年秋から1996年春まで放送された同テレビアニメシリーズ、『新世紀エヴァンゲリオン』の第弐拾伍話と最終話をリメイクし、完全新作として上映されたものである。本作をもって『新世紀エヴァンゲリオン』は完結を迎えた。 当初は1997年春公開の『新世紀エヴァンゲリオン劇場版 シト新生』で完結する予定だったが、『REBIRTH』編の制作が間に合わなかったために途中までの公開となり、同年夏に本作が公開されることとなった（詳しい経緯は『新世紀エヴァンゲリオン劇場版 シト新生』を参照のこと）。なお『REBIRTH』編で公開されていた部分についてはアフレコ、SE、BGMの録り直しや、画面上での若干の修正、追加が行われている。 第25話『Air』（エアー）は、劇中BGMに使われているヨハン・ゼバスティアン・バッハ作の『管弦楽組曲第3番第2曲』の「G線上のアリア」(Air) から。また第26話『まごころを、君に』は、 ダニエル・キイスの著作『アルジャーノンに花束を』が映画化された時の邦題「まごころを君に」から。
大災害「セカンドインパクト」後の世界を舞台に、人型兵器「エヴァンゲリオン」のパイロットとなった少年少女たちと、第3新東京市に襲来する謎の敵「使徒」との戦いを描いたTVアニメ『新世紀エヴァンゲリオン』（以下「TVシリーズ」と表記）を、新たな設定とストーリーで「リビルド（再構築）」したものが『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』シリーズである。本作はその全4部作の内の第1作目にあたり、スタジオカラー設立第1回作品でもある。タイトルの『序』は、雅楽の用語「序破急」に由来する。
大災害「セカンドインパクト」後の世界を舞台に、人型兵器「エヴァンゲリオン」のパイロットとなった少年少女たちと、第3新東京市に襲来する謎の敵「使徒」との戦いを描いたTVアニメ『新世紀エヴァンゲリオン』（1995年–1996年）を、新たな設定とストーリーで「リビルド」（再構築）したものが『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』シリーズである。本作は全4部作の内の第2作目にあたり、2007年9月に公開された『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序』の続編にあたる。タイトルの『破』は、雅楽の用語「序破急」に由来する。
大災害「セカンドインパクト」後の世界を舞台に、人型兵器「エヴァンゲリオン」のパイロットとなった少年少女たちと、第3新東京市に襲来する謎の敵「使徒」との戦いを描いたテレビアニメ『新世紀エヴァンゲリオン』（1995年 - 1996年）を、新たな設定とストーリーで「リビルド」（再構築）したものが『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』シリーズである。本作は2007年公開の『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序』、2009年公開の『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:破』に続く第3作目にあたる。タイトルの「Q」は、当初は雅楽の用語「序破急」に由来する「急」とされていた。
大災害「セカンドインパクト」後の世界を舞台に、人型兵器「エヴァンゲリオン」のパイロットとなった少年少女たちと、第3新東京市に襲来する謎の敵「使徒」との戦いを描いたテレビアニメ『新世紀エヴァンゲリオン』（1995年 - 1996年）を、新たな設定とストーリーで「リビルド」（再構築）したものが『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』（新エヴァ）シリーズである。 Source: Wikipedia.jp
ゲンドウの独断先行を憂慮するゼーレは、冬月を誘拐し詰問する。軟禁状態の中、冬月の脳裏にすべての始まりとも言える1999年のユイやゲンドウとの出会い、そして、2000年のセカンドインパクト、さらにネルフ誕生等、現在に至る出来事が走馬灯のように甦る。
異常なまでのシンクロ率の低下を一番深刻に受け止めているのはアスカ自身だった。彼女の頭にフラッシュバックする幼き日の残酷なる記憶。自分の存在意義を賭し、使徒迎撃に出撃するアスカ。しかし、沈黙したままの弐号機に、そのプライドは完全に打ち砕かれる。
新たなる使徒の迎撃に出撃したレイは、肉体と精神を侵食されてしまう。その救出のため、ゲンドウは委員会の凍結命令を破り、初号機を起動させた。しかし、シンジもまた使徒によって侵食されそうになった。その時、レイは自分自身の意志によって、ある決断をする。
５thチルドレンとしてやってきた少年、渚カヲル。彼は、シンジに対し好意を示す。戸惑いながらもシンジは彼を唯一語り合える存在として意識する。しかし、カヲルはゼーレによって遣わされた存在であった。シンジは過酷な選択を迫られる。
