ゲンドウの独断先行を憂慮するゼーレは、冬月を誘拐し詰問する。軟禁状態の中、冬月の脳裏にすべての始まりとも言える1999年のユイやゲンドウとの出会い、そして、2000年のセカンドインパクト、さらにネルフ誕生等、現在に至る出来事が走馬灯のように甦る。
Kozo Fuyutsuki is kidnapped and interrogated by Seele, who are horrified over the results of the last encounter with an Angel. He recounts his past, providing flashbacks into the creation of Nerv. The pasts of Misato Katsuragi, Ritsuko Akagi, Rei Ayanami and Yui Ikari are also revealed. Ryoji Kaji, meanwhile, decides to find out the truth, no matter the cost.
Kouzou Fuyutsuki, Vizekommandant von NERV, wird von SEELE gefangen genommen und verhört, denn SEELE zweifelt inzwischen daran, ob NERVs Kommandant Gendou Ikari wirklich nach ihren Plänen verfährt, oder nicht doch eigene Ziele zu verwirklichen sucht. In diesem Verhör erinnert sich Kouzou an das Erlebte, an die ersten Kontakte mit Gendou, an den Second Impact und die Zeit danach, an sein Treffen mit Gendou bei NERV, an Gendous Einladung zu NERV zu kommen, um eine neue Welt zu schaffen...
