人公カイが所属する人類庇護庁の使命は、かつて人類と敵対し『五種族大戦』を繰り広げた悪魔族、蛮神族、聖霊族、幻獣族を『墓所』に封印し続けること。その甲斐あって、人類は百年に渡り平和を謳歌していた。誰もが他種族の脅威を薄れさせている中、鍛錬を怠らないカイ。その姿は、かつて他種族の英雄を倒し、五種族大戦を終わらせた者……『預言者シド』を彷彿とさせた。 ある日、カイは幼馴染のジャンヌとショッピングに。何気ない日常を楽しむ二人だが、突如『世界輪廻』が発生。世界は変容していく。ただ一人、カイを置き去りにして……。
『世界輪廻』によって『五種族大戦が終わっていない世界』に紛れこんでしまうカイ。友人のアシュラン、サキ、ジャンヌが、命懸けで悪魔族と戦っている世界に、カイは困惑する。手がかりを求めて、元の世界と同じように存在する『墓所』に向かう。
カイの提案を受け入れ、起死回生の反攻に踏み切るジャンヌ。目指すは王都にそびえる政府宮殿。かつてウルザの中枢だった場所は、今や悪魔の巣窟と化していた……。 漆黒の悪魔、ガーゴイル、大型悪魔……数多の悪魔がレジストの行く手を阻む。ジャンヌの指揮のもと、決死の覚悟で戦うウルザレジストの兵士たち。カイに後を託し、ファリン、ジャンヌ、リンネはそれぞれ、強大な悪魔と対決する。 ウルザレジスト全員の想いを背負い、カイはついに、悪魔族の英雄『冥帝ヴァネッサ』と相まみえる……！
ヴァネッサの繰り出す、人間の常識を超越した凄まじい法術を、コードホルダーの力でなんとか凌ぐカイ。駆けつけたリンネも、ヴァネッサの力に、その姿に戦慄する。 決死の想いで結界を張り、ヴァネッサを足止めするリンネ。だがヴァネッサは容易く結界を破壊し、致命的な法術を放つ。為す術なく吹き飛ばされるカイ。カイの手を離れ、宙を舞うコードホルダー。絶望に俯くリンネ。 全ての希望が潰えたかに見えたその時……リンネはその体を変容させていく。……それは五種族が色濃く混ざった、混沌の姿……。
ヴァネッサを倒し、王都を奪還したカイたち。安堵したカイの前に、悪魔族の№２、ハインマリルが現れる。最大限に警戒するカイとリンネ。一方、ハインマリルは余裕の姿勢を崩さない。彼女が提案したのは人間と悪魔の『一時休戦』だった。ヴァネッサが倒されたことで他種族との均衡が崩れることを示唆し、ハインマリルは飄々と去っていく。 カイたちはウルザの復興を後に任せ、五種族大戦を終わらせるために旅立つ。最初の目的地は東方、イオ連邦。彼の地の脅威は、人間の上位互換と称される種族『蛮神族』……！
イオレジストの指揮官、ダンテの不興を買いながらも、兵士たちの信頼を得ていくジャンヌ。そんな折、ダンテがエルフの森で消息を絶つ。ジャンヌはダンテ捜索のため、カイたちと共にエルフの森へ向かう。 罠を避け、慎重に進むジャンヌたち。だが、突然転移門が起動し、エルフの郷へ飛ばされてしまう。そこでジャンヌたちを出迎えたのは、イオレジストに潜入していたエルフ、キュビレイ。キュビレイはさらに奥へ一同を誘う。そこには、英雄に次ぐ力を持つエルフの巫女、レーレーンが待っていた……。
レーレーンと共に天使宮殿に侵入するカイたち。立ちはだかるは蛮神族の英雄『主天アルフレイヤ』。 レーレーンは心優しいアルフレイヤを慕っていた。だが、彼は変わり果てていた。他種族を蔑み、同じ蛮神族であるエルフも、ドワーフも、妖精も不要、と吐き捨てるアルフレイヤ。その変貌ぶりに心を痛めるレーレーン。レーレーンの想いが虚しく踏みにじられようとしたその時、カイはアルフレイヤに対峙する。冥帝ヴァネッサに匹敵するアルフレイヤを前に、カイは一歩も退かない。そして戦いの最中、アルフレイヤにさらなる異変が起こる。
ラスタライザの不可解な攻撃により、突如姿を消すアルフレイヤ。 代わって姿を現したのは、アルフレイヤの『アバター』だった。それは天使と思えない姿で、慈悲の欠片もない言葉を吐く。およそ英雄と称される者の姿ではない、と感じるカイ。そんなカイの言葉を、脆弱種の世迷言だと断ずるアルフレイヤ。 カイとアルフレイヤの激しい攻防が続く。業を煮やし、天使宮殿そのものを攻撃するアルフレイヤ。 崩壊していく天使宮殿で、レーレーンとジャンヌは千載一遇のチャンスを伺っていた。アルフレイヤに一矢報いるために。
聖霊族の英雄、『霊元首六元鏡光』。幻獣族の英雄、『牙皇ラースイーエ』。種族の命運を懸けて、激突する英雄と英雄。一方、カイたちは南のユールン連邦へ向けて移動していた。レーレーンを仲間に加え、道中はより賑やかになる。その最中、休息のために立ち寄った泉で、ジャンヌはリンネとレーレーンに切り出す。ヴァネッサとアルフレイヤ、強大な英雄たちを相手にしてきたジャンヌだからこそ感じる異質。英雄の周囲に現れては消える不可解な怪物、ラスタライザについて……。
謎の声に導かれ、メガリスに入るカイ、リンネ、ジャンヌ。進んだ先に待ち受けていたのは、預言神アスラソラカの石像だった。預言神は伝説に過ぎないと思っていたカイは困惑する。コードホルダーについて、預言者シドについて語るアスラソラカ。そんなアスラソラカですら、全容がわからないという『世界輪廻』、そしてラスタライザという存在……。謎は深まるばかりだが、この旅を続け、五種族大戦を終わらせる、その思いを新たにするカイ。 そしてアスラソラカは預言神の名の通り、ある預言を授ける。
聖霊族の英雄、霊元首六元鏡光との偶発的な戦闘は、一時停戦、という意外な形で決着する。シド、コードホルダー、世界輪廻の記憶を、かなり強く残している六元鏡光。カイが真相に迫ろうとしたその時、やはりラスタライザが現れる。六元鏡光が撃退するものの、倒すには至らない。 そして六元鏡光は語る。ラスタライザは五種族のどれでもない。それ故に、世界全てにとっての敵、と……。 一行は謎の答えを求めて、『墓所』内部へと向かう。
異空間でラスタライザと戦うカイ、六元鏡光。一緒にいるリンネはしかし、恐怖で動けずにいた。戦いの最中、リンネの記憶が蘇っていく。シドの意志、ラスタライザとの因縁……再び失うことを恐れて竦むリンネに、カイは言う。「一人になんかさせない」と。 異空間を脱出したカイとリンネを追い、ラスタライザが迫る。戦いの場は墓所の外、大平原に移り変わる。 ウルザレジスト、ユールンレジストによる人間の作戦に、蛮神族であるレーレーンも力を貸す。全ては世界の敵、ラスタライザを倒すために！
