Ce jour-là, c'est la grande fête du collège. Milly et Tamiya, les deux journalistes, veulent faire un reportage. Mais Sissi vexe Milly en lui disant qu'elle est trop jeune et qu'elle ne trouvera pas de cavalier. Milly s'enfuit en pleurant se réfugier dans la cabane à outils du jardinier avec son ours en peluche auquel elle se confie. Tamiya la rejoint et elles repartent ensemble, Milly laissant son ours. XANA attaque et prend alors le contrôle de l'ours en peluche. Aelita repère l'attaque, Odd part sur Lyoko, tandis que Ulrich et Yumi préviennent le collège. Mais, sur Lyoko, le danger rôde...
En plein cours de physique, une panne de courant survient anormalement. Jérémie décide de contacter Aelita, qui ne ressent aucune pulsation. Pendant ce temps, Odd monte un groupe de rock, mais l'ordinateur de Jérémie tombe en panne alors qu'il vient de découvrir que le pylône électrique à côté du collège va exploser. Yumi décide de prévenir les autorités, mais, sur Lyoko, la tour reste introuvable car XANA l'a bien dissimulée. Jérémie comprend alors que, si le pylône emmagasine assez de voltage, XANA enverra le tout sur la centrale nucléaire...
Jérémie a trouvé le moyen de se faire coller pour la durée des vacances pour rester près de XANA. Sissi, le soupçonnant d'activités clandestines, demande à son père si elle peut rester au collège. C'est sous la surveillance de Jim que Jérémie et Sissi vont devoir faire leur travail. Mais, alors que Sissi demande à Jim si elle peut aider Jérémie, XANA attaque et répand dans tout le collège une fumée toxique. Jérémie prévient les autres, mais XANA est plus rapide : il a réussi à piéger Jim et Sissi dans le collège, et c'est Ulrich qui doit les chercher, tandis que, sur Lyoko, Aelita approche de la tour activée...
Depuis plusieurs années, Ulrich tient un journal intime dans lequel il raconte des choses sur Lyoko. Malheureusement, Sissi trouve le journal et s'en sert pour faire chanter Ulrich : elle veut faire partie de la bande. Mais, lors d'une sortie à la piscine, XANA prend le contrôle du bus dans lequel se trouvent tous les élèves. Odd saute du bus pour rejoindre l'usine pendant que Yumi essaye de retrouver le journal d'Ulrich. Yumi est alors virtualisée sur Lyoko, mais XANA envoie une tempête de sable et un mégatank...
Alors que Jérémie crée un nouveau programme pour repérer les attaques de XANA, celui-ci envoie un virus sur Internet pour perturber toutes les banques de données. Deux trains entièrement automatisés sont alors hors de contrôle et l'un d'eux transporte des produits toxiques dangereux. Pendant ce temps, au collège, Odd et Ulrich ont eu la mauvaise idée de se servir de Kiwi, le chien de Odd, pour faire une blague à Sissi. Celle-ci, vexée, applique le règlement et préviens Jim qui met en colle Odd. Sur Lyoko, la tour est proche, mais bien gardée...
e proviseur a décidé d'agrandir le gymnase avec des bulldozers. Pendant ce temps, Jérémie, par un coup de chance de Odd, a enfin trouvé la clé de la matérialisation de Aelita, et il compte l'utiliser dès le lendemain. XANA prend le contrôle des bulldozers en pleine nuit, et prend pour cible l'usine. Sur Lyoko,, alors que Aelita arrive dans la tour, Yumi tombe dans la mer numérique, devenant alors virtuelle à jamais. Aelita devra attendre : il faut ramener Yumi...
Lors d'une mission de routine sur Lyoko, alors qu'Aelita entre dans la tour qui devrait être activée, Yumi hurle et se rematérialise dans un des scanners. Jérémie l'emmène à l'infirmerie. A son réveil, Yumi attaque Yolande et refuse toute autorité de la part du proviseur qu'elle assomme. Alors que Jérémie demande à Aelita si elle a découvert quelque chose, Yumi arrive et essaye d'embrasser Jérémie pour le forcer à retourner à l'usine avec elle. Ulrich, arrivant au même moment, et c'est la zizanie dans le groupe. Mais Aelita découvre que la vraie Yumi est prisonnière d'un gardien sur Lyoko et la délivrera à temps pour affronter son « double » sur Terre...
Le réalisateur James Finson se met en tête de prendre l'usine comme décor pour son nouveau film dont le contenu doit rester secret. Pour protéger leur secret, les Lyoko-guerriers doivent l'en empêcher de s'installer. Sissi décroche alors un petit rôle dans le film, et Ulrich, connaissant l'usine comme sa poche, se propose à l'équipe de tournage de leur faire visiter. Après avoir montré son monstre aux autres, un alien de caoutchouc, Finson devient un peu parano. Mais XANA se réveille et prend le contrôle du monstre qui se met en tête de se débarrasser des Lyoko-Guerriers. Sur Lyoko, Aelita et Odd ont un problème : deux tours se présentent face à eux. L'une est la vraie, l'autre est un leurre...
En plein cours de physique, tous les portables se mettent à sonner dans le vide et sont confisqués. Odd et Ulrich décident de récupérer leurs portables malgré les interdictions des professeurs. Jérémie découvre que XANA utilise la parabole téléphonique du collège pour se connecter à l'antenne relai de la télévision, ce qui lui permettra d'avoir accès à un satellite militaire armé d'un rayon laser de destruction d'une précision redoutable. Mais, sur Lyoko, tout se gâte car la tour est bien dissimulée...
Jérémie continue ses recherches pour matérialiser Aelita, mais il doit aller en cours. Sur le territoire des montagnes, Aelita disparaît. Le lendemain, Yumi range une armure de samouraï dans le placard de sa salle d'histoire en vue d'un exposé. De son côté, Jérémie voit arriver une nouvelle fille dans sa classe, Talia, qui ressemble comme de gouttes d'eau à Aelita. Jérémie se persuade qu'elle est vraiment Aelita, puisque celle qu'il connait est injoignable sur Lyoko. Pendant ce temps, XANA intervient et prend le contrôle de l'armure. Croyant Talia devenue amnésique en se matérialisant, Jérémie l'emmène à l'usine et lui montre le labo. Ulrich et Odd arrivent pendant que Yumi est interrogée sur l'armure. Jérémie les envoie alors sur Lyoko où ils y retrouvent Aelita prisonnière d'un gardien. Une fois libérée, elle devra désactiver la tour rapidement car Yumi est aux prises avec le samouraï...
XANA prend le contrôle des rats d'égout de la ville. De son côté, Jérémie a un sérieux problème : le psychologue du collège veut lui faire passer des tests de QI pour le faire entrer dans une école pour surdoués. Les autres sont tous aussi effondrés que lui : sans Jérémie, ils n'auront plus qu'à éteindre le Supercalculateur et lui dire adieu. Jérémie décide d'échouer au test en donnant de fausses réponse, mais les rats attaquent le collège et encerclent les bâtiments. Yumi arrive à la rescousse et, après être parti vers l'usine, Jérémie lui donne toutes les informations dont elle a besoin. Sur Lyoko, XANA intervient et essaye de faire chuter Aelita dans la mer numérique, mais Jérémie arrive à temps pour envoyer Yumi sur Lyoko et aider Aelita à désactiver la tour.
XANA a pris le contrôle des frelons du parc. De son côté, Ulrich reçoit une lettre de Yumi dans laquelle elle lui déclare des sentiments amoureux, et Ulrich en reste bredouille. Durant le cours d'E.P.S, il s'allonge pour penser à sa lettre. Il décide alors de déclarer son amour à Yumi. Mais elle lui répond qu'elle ne lui a jamais écrit de lettre. Ulrich comprend que c'est Sissi qui lui a fait le coup, mais le temps presse car les frelons attaquent. Sur Lyoko, Aelita est poursuivie par des monstres...
Après une tentative désastreuse de Jérémie pour matérialiser Aelita, le programme de fusion avec les tours de Aelita est endommagé. En effet, si une tour est désactivée, Aelita disparaît de Lyoko. Mais XANA attaque et se sert d'ultrasons destructeurs pour faire s'effondrer le collège. Le sacrifice d'Aelita est inévitable. Elle désactive la tour et disparaît à jamais. Mais Jérémie, Odd, Ulrich et Yumi refusent de la laisser disparaître ainsi...
C'est l'anniversaire d'Aelita : Jérémie décide de lui offrir un cadeau, mais il ne sait pas quoi lequel. Odd lui conseille une pièce montée numérique. XANA active une tour et prend le contrôle de l'usine et de toutes les machines. Jérémie et Odd veulent aller au Supercalculateur mais l'ascenseur ne démarre pas. Ils vont donc dans la salle des machines et sont pris au piège par celles-ci. Pendant que Yumi et Ulrich arrivent dans le monte-charge, Sissi, qui les a suivis, arrive et leur demande ce qu'ils font là. Le monte-charge, piégé par XANA, s'écrase au fond du puits. Alors que Ulrich a un bras cassé, Yumi remonte au labo, mais l'eau commence à envahir le puits de l'ascenseur : une brèche d'eau est ouverte...
Mme Hertz a apporté un nouveau produit en cours de chimie : le protoxyde d'azote, N2O ou gaz hilarant. XANA profite de la nuit pour s'emparer du gaz et le répandre dans tout le collège. Parallèlement, suite à une dispute entre les parents de Yumi, ils se font la tête. Yumi profite de la pièce de théâtre du collège pour les réconcilier. Mais pendant la nuit, le N2O s'est faufilé dans l'usine, et Odd en est victime durant son transfert. Ulrich et Yumi en sont victimes au collège. Le retour vers le passé sera lancé juste à temps, et les parents de Yumi ne se disputent plus.
Pendant que Jérémie travaille sur la matérialisation d'Aelita, Ulrich et Odd font un match de foot. Un nouveau arrive à Kadic et semble faire craquer Sissi, au grand désappointement d'Hervé. Pendant le diner, XANA intervient et fait sauter le disjoncteur qui électrifie toutes les prises du réfectoire. Le lendemain, alors que Jérémie et Yumi vont papoter avec Aelita, toutes les prises sautent et le réfectoire est sous tension. Sur Lyoko, une nouvelle surprise attend Yumi : les Krabes possèdent dorénavant 100PV au lieu de 50...
Mme Hertz a apporté un nouvel appareil en cours de sciences, la nanosphère, lieu de développement de nanos-robots. Mais XANA intervient, et crée des nano-virus capables d'effacer la mémoire des hommes. Ulrich en est la première victime et Sissi en profite pour lui faire croire que Jérémie et les autres sont ses ennemis. Ulrich ne pourra compter que sur ses flash-backs pour retrouver le bon chemin au sein de sa mémoire annihilée...
Odd écoute une chanson pendant que Ulrich a un devoir à finir. Après s'être disputé avec son colocataire à ce sujet, Ulrich va passer la nuit dans la chambre de Jérémie. Le lendemain, la bande découvre que le coeur d'Odd bat de plus en plus lentement. En effet, XANA touche les médias afin de faire tomber les humains en catalepsie. Sur Lyoko, alors que Aelita arrive vers la tour avec Yumi, une surprise attend les deux jeunes filles...
Jérémie s'est disputé avec Aelita, et, du coup, il pense qu'elle lui en veut. Après en avoir parlé avec les autres, il décide de se rendre sur Lyoko pour se faire pardonner. Mais, suite à une erreur de saisie de Yumi, Jérémie se retrouve coincé entre les deux mondes. Aelita va devoir transférer la mémoire des quatre tours de passage pour le ramener...
Cette semaine, ce sont les rencontres robotiques à Kadic. Les deux surdoués du collège, Jérémie et Hervé, s'affrontent pour la finale. Mais XANA crée à son tour un robot, un androïde tueur destiné à éliminer les Lyoko-Guerriers. Il détruit également le poste de contrôle de Lyoko, Jérémie doit le réparer. Yumi et Ulrich, quant à eux, ont besoin de l'aide d'Hervé pour se débarrasser d'un des androïdes, puis ils se rendent sur Lyoko où une « surprise tournante » les attend...
C'est la rencontre de foot contre le collège Diderot. Mais des évènements étranges alertent les Lyoko-Guerriers. Pourquoi les bâtons de majorette de Sissi ne retombent pas ? Pourquoi le réseau électrique a-t-il des problèmes ? Et pourquoi Yumi s'envole-t-elle ? De question en question, les héros comprennent que XANA a modifié la gravité dans le collège, et qu'ils doivent donc désactiver la tour aussi vite que possible avant que Kadic ne se retrouve en orbite. Pas facile, avec des Frôlions dans le territoire des montagnes...
Comme d'habitude, les héros ont réussi à désactiver une tour. Mais, de retour 12 heures plus tôt, Ulrich commence à en avoir marre : ils subissent toujours les attaques de Sissi, ont toujours 2 ou 3 fois les mêmes cours, et Yumi ne semble guère s'intéresser à lui. Du coup, Ulrich décide de fréquenter une autre fille, ce qui attire la jalousie de Yumi. Celle-ci et Ulrich se disputent, ce qui crée des tensions dans le groupe. XANA passe à l'action et active encore une tour, mais personne n'arrive à déterminer l'attaque. Une fois sur Lyoko, les héros se rendent compte que XANA a saboté le programme de dévirtualisation, et qu'ils disparaitront si leurs points de vie tombent à zéro...
Yumi décide d'organiser une soirée chez elle car ses parents sont d'accords. De son côté, Odd s'occupe de la musique avec une fille du collège Mathesson. Mais il s'avère que Sam (la fille) est venue dans l'objectif de dérober un ordinateur portable. Alors qu'Odd essaie de l'en empêcher, il est accusé par Jim d'avoir commis le vol. Rapidement, XANA attaque en faisant s'enfoncer dans le sol le collège, ainsi que toute la ville. Sur Lyoko, pas facile de combattre, surtout quand les Frôlions sont dans les montagnes...
Comme d'habitude, les héros ont désactivé une tour, mais de retour 12 heures plus tôt, Odd, Ulrich et Yumi ne sont pas revenus de Lyoko. Sur ce, Jérémie alerte Aelita qui, tout à coup, ressent des pulsations. Alors que Jérémie échappe au proviseur et arrive à l'usine, Aelita lui montre une vidéo très étrange : Odd, Ulrich, Jérémie et Yumi sont à Kadic, en plein cours de sport. Jérémie comprend qu'ils sont tombés dans un canal fantôme, une reproduction du monde réel, et qu'ils y vivent sous le contrôle de XANA. Jérémie se rend dans cette reproduction afin de sauver ses amis...
Jérémie a enfin trouvé la clé de la matérialisation d'Aelita. Jim continue de les surveiller, et, informé par Sissi, va voir ce qui se passe dans la chambre de Jérémie. Mais le proviseur arrive, et empêche Jim de continuer ses âneries. Alors qu'Aelita se rend à la tour du passage de la forêt, d'où elle sera matérialisée, elle se rend compte que l'entrée est gardée. Jérémie, alerté, part pour l'usine avec les autres, mais se rend compte qu'il s'est trompé de CD. Il retourne pour le chercher mais, poursuivi par Jim, il se blesse dans les escaliers. Jim est alors renvoyé pour son comportement dangereux. Alors qu'il vient s'excuser, Jérémie accepte de lui révéler son secret s'il l'aide. Aelita est enfin matérialisée...
C'est le grand jour : le groupe va débrancher le Supercalculateur. Mais Aelita s'évanouit au moment où Jérémie éteint la machine, et celui-ci doit donc la rallumer. Tard le soir, elle se réveille, et Jérémie va la scanner pour déterminer la nature du problème. Il s'avère que XANA a transmis un virus à Aelita qui la lie à lui : si XANA est détruit, Aelita le sera aussi. Jérémie se met en tête de chercher l'antivirus. Le lendemain, la bande découvre que XANA a réussi à matérialiser des Kankrelats. Sur Lyoko, la tour reste bien cachée, ce qui complique la tâche...
Pour mieux affronter les prochaines attaques, Jérémie a fabriqué des véhicules à ses amis sur Lyoko, mais, en rétorsion, XANA crée un nouveau monstre : la Tarentule, nommée ainsi par Odd. Jérémie a aussi profité de son temps libre pour programmer un Super Scan, un détecteur de tours contrôlées par XANA plus puissant que l'ancienne version. En résumé, Aelita n'est plus obligée de rester constamment sur Lyoko, et elle peut maintenant vivre sur Terre. Elle est même inscrite au collège avec l'aide de Odd, qui fait croire au proviseur qu'elle est sa cousine canadienne. Mais voilà que Aelita a des visions. Guidée par la peur et l'instinct, elle se retrouve dans une étrange maison abandonnée nommée l'Ermitage. Alerté par Jérémie, Odd, Yumi et Ulrich, guidés par Kiwi retrouvent Aelita. Yumi et Ulrich se retrouvent alors coincés dans une pièce où la chaleur monte, sous l'effet d'une attaque de XANA, Odd et Aelita partent sur Lyoko désactiver la tour...
Aelita, ne pouvant plus supporter d'être si seule au collège, décide de se virtualiser sur Lyoko. Une fois arrivée, elle se fait enlever par surprise par un transporteur qui l'emmène dans un territoire inexploré. Cherchant un moyen de la retrouver, Jérémie détecte un faible signal qui lui fait découvrir le cinquième territoire de Lyoko. Pendant ce temps, une Méduse créée par XANA tente de voler la mémoire d'Aelita. Ses amis doivent aller dans le territoire inconnu pour la sauver...
Nos héros veulent explorer le cinquième territoire de Lyoko pour tenter de découvrir de nouveaux renseignements. Mais ils sont contraints par un chronomètre de trois minutes qui, arrivé à terme, reconfigure tous les murs et chemins s'ils n'activent pas à temps un interrupteur. Réussissant à passer cette épreuve, nos héros accèdent à une interface de contrôle. Aelita, en farfouillant dedans, découvre que le cinquième territoire est l'antre de X.A.N.A.
Un soir, à l'heure d'aller se coucher, Sissi enregistre une conversation dans le couloir entre Jérémie et Aelita où celle-ci lui parle de sa peur que l'on découvre qu'elle est virtuelle. Le lendemain, elle menace de tout dévoiler à son père, qui est le proviseur de Kadic, si Ulrich ne se met pas à sa merci. Soudain, XANA passe à l'action en prenant contrôle du retour vers le passé... Jérémie découvre, lors d'un troisième retour dans le temps, que XANA devient de plus en plus fort à chaque retour vers le passé, et qu'il peut désormais prendre possession de n'importe quel être humain, Sissi en étant la première victime...
Aelita n'arrête pas de refaire le même cauchemar chaque nuit. Elle vient en parler à Jérémie qui lui propose de retourner explorer la maison abandonnée nommée l'Ermitage. Nos héros trouvent une poupée du nom de Monsieur Pück qui est apparemment dans les cauchemars d'Aelita depuis qu'elle est sur Terre. Plus tard, lors d'un chahut dans la classe, ils trouvent une clé cachée tombant de la poupée qui ouvre un casier de consigne de gare, et y trouvent des CD-ROM cryptés contenant le journal de la vie de Franz Hopper. Mais, un peu plus tard, XANA active une tour pour prendre possession de Jérémie, lui faisant détruire tous les cédéroms et attaquer ses amis. Odd, Ulrich, Aelita et Yumi ne pourront compter que sur eux-mêmes pour tenter de désactiver la tour. Après que Jérémie n'est plus sous le contrôle de XANA, Yumi lui dit que la réponse du fait que Jérémie peut être sous le contrôle de XANA est claire: Jéremie n'est pas un lyoko-guerrier !
Aelita reçoit un beau matin de 14 Février un cadeau anonyme devant sa porte. Apporté par un mystérieux inconnu possédé par XANA. Elle en parle à Yumi, qui présume que c'est Jérémie qui le lui a offert pour la Saint Valentin. Elle court donc remercier Jérémie qui, pour ne pas la décevoir, fait semblant d'être bel et bien l'expéditeur. Il demande, lors du cours d'histoire, à Ulrich et Odd si ce sont eux qui ont fait ce cadeau. Odd répond qu'Aelita est censée être sa cousine, Jérémie insiste, ayant du mal à le croire, et se met à piquer une grosse crise de jalousie, perturbant ainsi le cours d'histoire. Odd et Jérémie se retrouvent donc chez le proviseur. Pendant la récréation, Aelita se sent mal à l'aise et s'en va boire un peu d'eau, quand, soudain le collier de XANA se met à prendre le contrôle de la conscience d'Aelita. De retour en classe, elle insiste auprès de Jérémie pour aller explorer seule le cinquième territoire de Lyoko en prétextant savoir où pourraient se trouver les codes sources qui permettraient à Jérémie de fabriquer l'antivirus. Jérémie refuse dans un premier temps en lui disant que c'est trop dangereux d'y aller seul. Un peu plus tard, Jérémie, sous la pression conjointe d'Aelita et de Yumi, cède. Une fois arrivée sur Lyoko, Aelita fausse compagnie à Yumi et fonce avec un Overboard en direction du territoire Banquise pour se faire voler sa mémoire par la Méduse. Commence alors une infernale course-poursuite pour Yumi, qui va devoir tenter d'arrêter Aelita avant qu'il ne soit trop tard...
Aelita, aidant William à réparer la table de mixage à platines de disques pour la soirée DJ organisée, s'essaye au mixage. William découvre qu'Aelita est assez douée pour être disc jockey. Il lui propose alors d'animer la soirée techno : Aelita accepte. Plus tard, après les examens partiels des élèves, XANA prend possession de Jim qui, pendant la soirée de la fête, envoie un court-circuit via le disjoncteur du gymnase en direction de la table de mixage, ce qui électrise alors Aelita. Jim, possédé par XANA, kidnappe Aelita et la virtualise sur Lyoko pour que la Méduse puisse tenter de lui voler sa mémoire...
Yumi, Ulrich, Odd et Aelita se retrouvent dans le territoire de la forêt pour aller faire une excursion sur le cinquième territoire, mais la Méduse vole l'A.D.N. virtualisé de Yumi, ce qui l'empêche de se faire rematérialiser sur Terre. Et comme c'est le jour de la photo de classe, Odd et Ulrich vont devoir tout mettre en œuvre pour tenter de la remplacer sous peine qu'elle se fasse exclure. Aelita a alors une idée : transférer son A.D.N. à Yumi pour lui permettre de revenir sur Terre. Jérémie, en désaccord avec cette suggestion, tente de dissuader Aelita de commettre cette erreur, mais elle refuse de l'écouter en coupant la communication. Ce qu'elle ne sait pas, et ce que Jérémie tentait de lui dire, c'est que cela risque de donner un accès libre à XANA sur sa mémoire. Jérémie rappelle alors Odd et Ulrich pour leur faire porter le message d'avertissement à Aelita sur Lyoko. Réussissant à avertir Aelita, cette dernière arrête le transfert d'A.D.N.. Mais à ce moment-là vint une idée à Jérémie : ils doivent aller dans le cinquième territoire pour récupérer l'A.D.N. de Yumi. Mais XANA compte bien les empêcher de réussir dans leur mission...
Le père de Yumi s'est fait licencier de son travail, ce qui risque de l'obliger, lui et sa famille, à retourner au Japon, leur pays d'origine. Si ce projet venait à se concrétiser, Yumi ne pourrait plus rester à Kadic pour aider ses amis à combattre XANA. Plus tard dans la soirée, Ulrich, étant en train d'écrire une lettre au président tout en écoutant la radio dans sa chambre, entend les résultats de la Loterie Nationale, ce qui lui donne une idée : il note les numéros gagnants sur un bout de papier et file en douce à l'usine pour déclencher un retour vers le passé. De retour dans le matin de la même journée, Ulrich fait valider un ticket de loterie dans un kiosque à journaux et s'en va sonner à la porte des parents de Yumi pour leur donner ledit ticket, gagnant. Pendant ce temps, Jérémie, Yumi, Aelita et Odd s'interrogent sur la façon dont le retour dans le passé a pu se produire alors que XANA n'y est pour rien, et que Jérémie avait créé un logiciel pour en bloquer le processus. (Voir l'épisode Un grand jour.) Jérémie soupçonne alors Ulrich et le bannit de leur bande, car chaque usage du retour dans le passé renforce la puissance de calculs et de connaissances de XANA...
Après un cours de Mme Hertz sur la vie sociale des fourmis et après une question de Sissi sur les fourmis tueuses d'humains, Jérémie a alors une idée qu'il tente de partager avec ses amis. Ces derniers, fatigués d'avoir suivi pendant deux heures le cours de Mme Hertz, l'interrompent par l'intermédiaire d'Odd qui lui dit qu'il a des choses plus importantes à faire. Yumi, Ulrich et Aelita lui en disant autant, Jérémie prend alors l'initiative de développer seul un logiciel à l'usine, sur le modèle des fourmis tueuses. Il nomme sa création la Marabounta. Un peu plus tard, il propose à Aelita et Odd de venir sur Lyoko pour tester et observer sa création. Ces derniers acceptent et se font virtualiser sur Lyoko. Mais la Marabounta commence alors à échapper au contrôle de Jérémie et s'en prend à Aelita, en croyant qu'il s'agit d'une créature de XANA, à cause du virus que ce dernier lui a implanté. Odd la défendant, la Marabounta se met à recouvrir tout le territoire. XANA vient alors étonnamment en aide à nos héros, car lui non plus ne veut pas perdre Aelita...
Le supercalculateur a un énorme problème : sa pile nucléaire à l'uranium arrive en fin de vie. Résultat, Aelita, liée à XANA, fait des arrêts cardiaques pendant que Lyoko s'efface. XANA prend alors possession de Pierre Nanquin, un détenu dangereux en cours de transfert vers sa prison pour voler une barre d'uranium de remplacement. Jérémie doit alors aider XANA à sauver le supercalculateur tout en échappant à l'homme « xanatifié »...
Depuis quelque temps, Jérémie agit de plus en plus bizarrement. En effet, il insiste pour recourir aux retours dans le temps contre l’avis de ses amis qui connaissent le danger que cela représente : XANA augmente sa puissance à chaque retour dans le passé. Après enquête, les héros découvrent que, tenté par XANA, Jérémie a utilisé les notes de Franz Hopper pour construire une machine qui utilise les retours dans le temps pour décupler son potentiel intellectuel. Mais le procédé met la santé de Jérémie en péril, et ses amis essaient donc de l’aider à sortir de cette obsession...
Ce jour-là, au collège Kadic, les élèves de 4e et 3e sont en apprentissage du « code de la route ». Objectif : familiariser les adolescents avec les règles de la conduite. Ulrich et William, qui veulent briller aux yeux de Yumi, sont à couteaux tirés. Pendant ce temps, XANA a lancé une nouvelle attaque. Pour venir à bout de ses ennemis, il a réussi à matérialiser trois Krabes dans le monde réel. La lutte pour contrer XANA va être rude et obligera Ulrich et William à faire équipe...
Un matin, un des spectres de XANA s'attaque à Kiwi, le chien de Odd. Celui-ci répand un virus contagieux en mordant les élèves du collège Kadic, qui se transforment alors en zombies. Le groupe doit rejoindre Lyoko sans se faire zombifier à leur tour...
Jérémie invente une bombe EMP capable, par impulsion électro-magnétique, de détruire les individus possédés par XANA. Mais une tour a été activée sur Lyoko, et Jérémie, Aelita et Ulrich sont néanmoins contraints de se rendre en cours par Jim. Malheureusement, voilà que Yumi et Odd se font enlever par le proviseur, possédé par XANA. William, qui a assisté, impuissant, à la scène, alerte l'école entière de l'agression. Jérémie reçoit en cours un message de XANA exigeant Aelita en échange de leurs deux amis...
Après une mission sur Lyoko, nos héros se rematérialisent dans les scanners. Problème : un dysfonctionnement du programme a échangé les personnalités de Yumi et Odd. Les deux amis sont obligés de s'adapter tant bien que mal à un corps qui n'est pas le leur, sous l'œil amusé du reste de la bande. Mais l'incident prend des proportions plus graves lorsque nos héros se rendent compte que les structures atomiques de Yumi et Odd sont instables et que tous deux risquent la désintégration définitive...
Au collège, c'est la zizanie amoureuse, et Jérémie va même jusqu'à se disputer avec Aelita. Ne comprenant pas ce qui arrive à son ami, elle s'enfuit à l'Ermitage. Mais elle y est rejointe par Jérémie qui en profite pour se réconcilier avec elle, et même l'embrasser. Mais quand Jérémie l'accompagne hors de l'Ermitage ce sont Odd, Ulrich, Yumi et... Jérémie qui l'attendent. Le Jérémie en face d'elle lui explique que l'autre Jérémie est un clone polymorphe. XANA capture alors Aelita, et essaye de l'emmener de force à l'usine. Sur Lyoko Yumi est dévirtualisée, tandis que le clone arrive à l'usine...
Ulrich est sujet au vertige, ce qu'il n'a jamais avoué aux autres. Durant un concours d'escalade, il se fait ridiculiser sous les yeux de Yumi par William. Par ailleurs, lors de leur précédente mission dans Carthage, les Lyoko-guerriers ont récupéré des données qui ont permis à Jérémie de libérer Aelita de XANA. Mais le programme bugue, et Aelita devient invisible. Presque aussitôt, XANA attaque en prenant le contrôle des loups de la forêt...
J.T, éminent journaliste, vient au collège où il est admiré par tous les élèves. Il cherche les élèves dont la moyenne est en dessous de 8/20. Seul Odd semble être dans ce cas. Mais le Superscan sonne; et une tour s'active dans la montagne. Alors qu'Aelita entre dans la tour, elle se désactive d'elle-même. Une nouvelle tour fait pareil dans la banquise. Du coup, Jérémie inspecte le Supercalculateur avec Aelita, mais XANA lance alors une vraie attaque en faisant tomber la température en dessous de -20 °C...
Aelita a de nouveau des visions d'elle et de Franz Hopper. Elle en informe Jérémie, qui pense que XANA y est pour quelque chose. La classe de Jérémie va à la piscine où Aelita a de nouveau de nouvelles visions. Elle part alors à l'Ermitage, où les visions continuent. Jérémie se rend compte qu'une tour est activée. Les héros partent sur Lyoko, mais Aelita se rend à l'extrémité du territoire, et va dans le 5eterritoire où l'attend la Méduse...
C'est la visite médicale au collège et XANA en profite pour prendre le contrôle de Yolande, l'infirmière. Elle kidnappe Aelita et l'emmène à l'usine. Ulrich essaie de l'intercepter alors que Jérémie pixellise Odd en activant une tour à son profit, afin qu'il puisse être de taille à affronter Yolande. Mais XANA essaie de prendre le contrôle de la tour de Jérémie. Aelita a alors deux choses à faire : sauver Odd, et arrêter Yolande qui va s'en prendre à Jérémie...
Après avoir lu dans le journal du collège une rumeur qui affirme que la chaufferie serait hantée, Sissi invite Ulrich à un rituel pour invoquer l'esprit du mort. Mais XANA fait planter le Superscan et active une tour sur Lyoko. Quand Sissi commence l'invocation, XANA fait apparaître un spectre qui commence à s'en prendre à Ulrich. Plus tard, à l'usine, Odd part inspecter les territoires pendant que Aelita et Yumi vont déboguer le Superscan depuis le 5eterritoire. Mais ce n'est pas facile avec une clé piégée...
Alors que Yumi dort, Jérémie l'appelle en lui disant que XANA a activé 5 tours en même temps. Mais lorsqu'ils arrivent au labo, une surprise de taille les attend : Franz Hopper assis aux commandes en train de désactiver les tours. Il explique aux Lyoko-Guerriers qu'il a réussi à s'échapper de Lyoko. Mais le lendemain, il décide de désactiver le Supercalculateur. Jérémie lui explique alors que XANA a transmis un virus à Aelita, et que, si le Supercalculateur est éteint, Aelita meurt avec. Mais, à la fin de l'épisode, les intentions de Hopper deviennent évidentes : il a été créé par XANA dans le but de livrer Aelita à la Méduse...
Sissi se met à agir bizarrement, comme possédée. Une tour est activée sur Lyoko, mais les signes indiquent que X.A.N.A. n'est pas à l'origine du mal. M. Delmas envoie sa fille à l'hôpital. X.A.N.A. prend alors le contrôle d'une médecin, et tente de se débarrasser de Sissi. Secourue par le groupe qui l'emmènent à l'usine, elle n'aura que le temps de fournir des données cryptées à Jérémie avant que la tour sur Lyoko ne soit déconnectée par des Mégatanks. Les héros découvriront par la suite que c'est Franz Hopper qui a tenté de les contacter, et qu'il souhaite leur venir en aide contre X.A.N.A.
Jérémie a décidé d'activer une tour pour décrypter le journal de Hopper. Mais XANA crée un clone polymorphe à l'effigie de Odd. Le clone est virtualisé à la place de ce dernier, qui est enfermé à l'Ermitage sous une plaque d'égout qui s'inonde rapidement. Tandis que, sur Lyoko, XANA essaye de s'emparer de la tour que Jérémie a activée afin d'accéder à la partie sécurisée du Supercalculateur, où Jérémie a installé tous ses programmes. Heureusement, Franz Hopper réagira juste à temps pour sauver la tour...
Jérémie a enfin découvert comment libérer Aelita de XANA. Celui-ci ne lui a pas transmis de virus, mais lui a volé un fragment d'elle. Jéremie croit l'avoir trouvé dans le 5e territoire. Mais Aelita n'est pas de cet avis, et elle tente d'arrêter le Supercalculateur, pour mettre un terme à sa vie. Jérémie arrive à temps pour rallumer le Supercalculateur et sauver Aelita. Malheureusement, le fragment s'avère être un leurre, et, tout a coup, la salle où se trouve le fragment s'écroule, ce qui entraîne la dévirtualisation des Lyoko-guerrierrs. Il n'y a plus rien à faire : Aelita est seule, et la Méduse a tout son temps pour lui voler sa mémoire. XANA est désormais libre du supercalculateur, et Lyoko va être détruit. Seule lueur d'espoir pour les héros : Franz Hopper sauve finalement sa fille, et fait revivre Lyoko.
Aelita a de nouveau des visions de son enfance. Elle demande alors à Jérémie s'il y a un moyen de ramener son père sur Terre. Jérémie, absorbé par ses recherches, déclare que c'est impossible. Aelita, qui est déçue et têtue, décide alors de se rendre dans Carthage pour retrouver la trace de son père. Mais, alors que Odd se rend avec elle sur Lyoko, XANA active une tour dans le territoire des montagnes. Jérémie, Yumi et Ulrich se rendent au labo. Tandis que Ulrich et Yumi affrontent les monstres, Odd active la clé de Carthage, ce qui se voit dans l'holosphère. Jérémie leur ordonne de revenir dans le territoire des montagnes, mais ils découvrent que la tour n'est qu'une diversion : XANA attaque le cœur de Lyoko...
Au retour des vacances d'été, qui ont été étrangement calmes, les héros sont confrontés à trois nouveaux problèmes : Odd n'est pas dans la même classe que les autres, XANA revient en force, et il attaque dans le 5e territoire. Pour aller dans la même classe que ses camarades, Odd décide de faire chanter Jim, en lui disant qu'il va montrer un film de disco, dont le surveillant est l'acteur. Jim reste quand même sévère avec Odd. Jérémie découvre alors que XANA attaque dans une nouvelle salle du 5e territoire, et que cette salle abrite le cœur du monde virtuel...
C'est l'élection des délégués de classe. Jérémie, qui pense n'être en rivalité qu'avec Hervé, est confronté à Odd, qui veut recruter tous les élèves de sa catégorie (les cancres). Mais XANA se réveille et prend possession de tous les élèves et professeurs du bus où se trouve Yumi. Ulrich part l'aider dans la forêt avec William. Mais alors qu'Odd affronte les Tarentules, la Méduse revient et attaque Aelita. Après quoi, la Méduse lui implate un virus qui Xanatifie temporairement l'elfe virtuel. Sous le contrôle de XANA, elle rentre dans la tour du passage de la forêt et entre un nouveau code : Code XANA. L'effet est immédiat : le territoire disparaît, et Jérémie a juste le temps de sauver les autres de la mer numérique. Les héros comprennent alors que XANA veut détruire tous les territoires de surface pour empêcher l'accès au 5e territoire...
C'est la journée « mangez équilibré » au collège Kadic. Du coup, Odd ne mange pas à sa faim et décide d'entrer en douce dans le réfectoire. Mais il croise Jim qui a la même intention. Mais alors que Ulrich arrive, XANA prend le contrôle de tous les aliments du réfectoire, et s'en sert pour créer un immense monstre de nourriture. Sur Lyoko, XANA fait monter la mer numérique afin d'inonder Lyoko. Aelita et Odd se retrouvent alors seuls sur le 5eterritoire pour empêcher XANA de détruire le cœur de Lyoko. Odd doit même y aller seul car Aelita doit trouver le moyen de faire descendre la mer numérique...
Jérémie s'est introduit par erreur dans un système ultra sécurisé, et deux agents ont découvert que des documents top secret avaient disparus. Ils débarquent alors au collège où ils demandent l'aide de Jim. Mais XANA se montre sur un territoire... Du coup, Jérémie est un peu désorienté, et les deux agents arrivent à l'usine et emmènent Jérémie au collège. L'un d'entre eux est resté à l'usine pour voir ce qu'était le Supercalculateur. XANA attaque alors pour de bon, et prend le contrôle des deux agents. Celui présent à l'usine essaye alors de détruire le Supercalculateur, ce qui fait boguer tout Lyoko. Résultat, Odd, Yumi et Aelita sont coincés sur une moyenne plate-forme pour affronter trois Mégatanks...
Ulrich et Odd aiment se vanter chacun avec leur scores sur Lyoko. Jérémie a donc mis au point un nouveau programme qui va permettre d'enregistrer les statistiques d'un combat sur Lyoko. Il décide d'appeler ceci Lyoko Stat. Johnny, l'ami d'Hiroki demande à Ulrich des conseils pour que Yumi s'intéresse à lui. Ulrich, jaloux, lui répond de tourner autour d'elle, alors que Yumi déteste les pots de colle. XANA active une tour et prend le contrôle des corbeaux. Ceux-ci blessent gravement Yumi. Jérémie active son programme Lyoko Stat et virtualise ses amis dans le Territoire du Désert. Aelita désactive la tour, mais trop tard, car les corbeaux avaient attaqué et assommé Jérémie pour l'empêcher de lancer un retour vers la passé et de sauver Yumi. De plus, Ulrich et Odd sont aveuglés par les Lyoko Stats. Aelita est la seule personne à se battre correctement, mais elle se fait attaquer par la Méduse. Les choses vont très mal : Yumi est blessée, Jérémie est inconscient, des Frôlions attaquent les Lyoko-Guerriers sur Lyoko, Aelita se fait capturer par la Méduse, Odd se fait dévirtualiser, Ulrich perd son sabre et Aelita se fait posséder par XANA et Ulrich ne peut faire que compter sur Odd qui n'arrive pas à programmer un sabre... Une Manta emmène Aelita vers la tour de passage. Ulrich et Odd devront tout faire pour sauver Yumi, Jérémie, Aelita et surtout le Territoire du Désert...
XANA a activé une tour. Yumi sort de son sommeil pour aller aider ses amis, mais elle se fait renverser par William, ce dernier s'était enfui de Kadic pour aller au cinéma. Il lui demande où elle va. Quand Yumi arrive a l'usine après s'être débarrassé de William, la tour était déjà désactivée. Mais, en plein cours, XANA réactive une tour et prend le contrôle d'un ouvrier d'une société d'explosion pour détruire l'usine ... William découvre l'usine avec Yumi et doivent se battre contre l'ouvrier. La tour est désactivée, mais la Méduse s'en prend à Aelita puis la Xanatifie. William, Ulrich et Odd doivent trouver les bombes déposées par l'ouvrier lorsqu'il était sous le contrôle de XANA. Yumi doit aller dévirtualiser Aelita avant qu'elle n'entre le Code XANA et la destruction du Territoire de la Banquise ... Et les héros doivent sauver l'usine de l'explosion...
Lors d'une bataille dans le 5ème territoire, 2 Mantas réunissent leur lasers et tirent sur Odd et Ulrich, mais ces derniers ne se dévirtualisent pas alors qu'ils leurs restaient un minimum de points de vie, à la grande surprise de Jérémie. Lors d'une répétition de théâtre, Odd se met à voir des Kankrelats, et Ulrich des Blocks. A cause du tir, Ulrich et Odd se croient dans Lyoko au collège, et au collège quand ils sont dans Lyoko. Pour corriger ce problème, ils doivent aller dans une tour de passage. Mais, au même moment, des monstres attaquent le coeur de Lyoko...
Un matin, Jérémie constate que le Supercalculateur a été saboté par Michel Rouiller, le jardinier de Kadic, sous l'emprise de XANA. En conséquence, le Supercalculateur sera irrémédiablement détruit si Jérémie ne le répare pas rapidement ! Et c'est le moment que XANA choisit pour activer une tour ...
Jérémie pense avoir trouver le moyen de virtualiser ses amis directement dans le cinquième territoire. Ulrich est désigné pour tester le programme. Tout semble bien se passer… Mais, après quelques instants, Jérémie constate qu’Ulrich n’est pas apparu dans le 5ème territoire. Il a… disparu. L’ambiance est à la déprime. En fait, ce que Jérémie et les autres ne savent pas, c’est qu’Ulrich a perdu son enveloppe corporelle. Il n’est plus qu’un spectre, incapable de communiquer. Ce n’est qu’en prenant possession du corps de quelqu’un d’autre qu’Ulrich va être capable de communiquer avec ses amis et de leur dire qu’il a un souci. Informé et rassuré, Jérémie se lance dans la recherche du programme qui rendra à Ulrich sa forme humaine. Mais ce n’est pas si simple… surtout quand XANA décide de lancer une attaque en prime !
Odd en ayant assez de ne pas avoir de pouvoir, Jérémie lui en crée un : la téléportation. Odd se rend tout de suite sur le territoire Montagne avec Aelita et l'essaie. Mais, au bout de la deuxième fois qu'il l'utilise, Odd constate qu'à chaque téléportation, il crée un clone de lui-même. Odd doit héberger 2 Odds avec lui au collège. De son côté, XANA crée un gaz qui permet de pétrifier tout le collège...
Les héros sont épuisés. Leur emploi du temps de lutte contre XANA est surchargé… Du coup, côté collège, ils ne s’en sortent plus. Mauvaises notes, convocations chez le proviseur, avertissements… c’est la débâcle. Jérémie, Odd, Ulrich et Aelita suggèrent une nouvelle fois d’engager William dans la bande, mais Yumi s’y refuse catégoriquement. Il est trop tête brûlée ! Il serait un danger pour le groupe !… Xana en profite alors pour lancer une attaque particulièrement vicieuse. Les héros vont vivre une aventure éprouvante au dénouement dramatique. L’avis négatif de Yumi sur William va-t-il changer ?…
Tous les Territoires de surface sont détruits, l'accès direct dans Carthage a été découvert et William fait désormais partie de la bande. De retour à Kadic, Jérémie, Ulrich et Odd sont bloqués dans le collège tandis que le frère de Yumi, Hiroki, empêche sa sœur de sortir. Seuls Aelita et William peuvent aller sur Lyoko défendre le cœur victime d'une nouvelle attaque. Mais William, novice, se fait capturer par la Méduse. Sous le contrôle de XANA, William est imbattable, il dévirtualise Aelita, Yumi, Ulrich et Odd qui viennent juste d'arriver. Sous les yeux impuissants du groupe, il détruit le cœur de Lyoko. Atterrés par la perte de William, de Lyoko, et par la même occasion de Franz Hopper, le groupe se réunit à l'Ermitage. C'est alors que Jérémie reçoit sur son ordinateur portable un message du Réseau, Franz Hopper est toujours vivant. William, toujours sous le contrôle de XANA, l'est également.
