Aelita and new warrior William are forced to battle XANA while the others attend to their schoolwork. But when XANA wins the battle and turns William against the others, they must act quickly to save Lyoko in their most difficult battle.
Tous les Territoires de surface sont détruits, l'accès direct dans Carthage a été découvert et William fait désormais partie de la bande. De retour à Kadic, Jérémie, Ulrich et Odd sont bloqués dans le collège tandis que le frère de Yumi, Hiroki, empêche sa sœur de sortir. Seuls Aelita et William peuvent aller sur Lyoko défendre le cœur victime d'une nouvelle attaque. Mais William, novice, se fait capturer par la Méduse. Sous le contrôle de XANA, William est imbattable, il dévirtualise Aelita, Yumi, Ulrich et Odd qui viennent juste d'arriver. Sous les yeux impuissants du groupe, il détruit le cœur de Lyoko. Atterrés par la perte de William, de Lyoko, et par la même occasion de Franz Hopper, le groupe se réunit à l'Ermitage. C'est alors que Jérémie reçoit sur son ordinateur portable un message du Réseau, Franz Hopper est toujours vivant. William, toujours sous le contrôle de XANA, l'est également.
William si è unito al gruppo dei Guerrieri Lyoko. Non vede l'ora di partecipare al suo primo combattimento per affrontare XANA e i mostri virtuali!
تُجبر اليتا والمحارب الجديد ويليام على محاربة اكزانا بينما يحضر الآخرون واجباتهم المدرسية. ولكن عندما يفوز اكزانا بالمعركة ويقلب ويليام ضد الآخرين، يجب عليهم التصرف بسرعة لإنقاذ الليوكو في أصعب معاركهم.
Ulrich, Yumi, Odd, Aelita i Jeremie ostatecznie decydują się przyjąć Williama jako czwartego wojownika Lyoko. Chłopak zostaje zeskanowany, co chroni jego pamięć przed skutkami powrotu do przeszłości. Następnego dnia na sali gimnastycznej odbywa się konkurs jazdy na desce, w którym bierze udział m.in. Odd i Samantha. Jeremie kończy program, pozwalający na odnalezienie ojca Aelity. Ponieważ chłopak zostaje zatrzymany przez Milly i Tamiyę, które chcą przeprowadzić z nim wywiad, Aelita sama idzie do fabryki wypróbować program. Tam odkrywa, że Xana przypuścił kolejny atak na serce Lyoko.