早秋の大川端。るい（高島礼子）を訪ねて、長崎遊学の神林東吾（中村橋之助）が帰って来る。１年ぶりの再会に、幼なじみの二人の恋は一気に燃え上がる。そんな折、植木屋の娘・お糸（宝積有香）の縁談で、相談が持ち込まれる。相手の清太郎（吉田栄作）に、気になる幼なじみがいるという。早速、居酒屋で働く、おてい（鈴木砂羽）を調べると…。
春の節句の頃、るい（高島礼子）は、親友の五井和世（有森也実）に再会する。和世の兄、兵馬（佐々木蔵之介）も江戸に戻ったと知った、東吾（中村橋之助）は、連続強盗事件の一味に兵馬がいると見当をつける。東吾は兵馬と剣術の同門だった。一味は新たな犯行に失敗し、兵馬は子供を人質にして捕り方に囲まれる。と、逃げた子供を庇って、るいが小太刀を抜いた！
東吾（中村橋之助）はるい（高島礼子）の宿に、道場荒らしをしながら人捜しをする女剣士・小田ひろ（国分佐智子）を連れて来る。その尋ね人は、ひろの姉の駆け落ち相手・尾形彦三郎（大石継太）。尾形は幼児誘拐事件の一味であった。そして、番頭の嘉助（小野武彦）の孫が誘拐される。るいは、その母親に変装し、ひろも夜鷹に化けて、金の受け渡し場所へ行くが…。
るい（高島礼子）は、山口屋（小倉一郎）の放蕩娘・お鹿（吉野沙香）が心配だった。放蕩の原因は、初恋の相手との結婚が許されなかったためだ。一方、東吾（中村橋之助）を初恋の相手として思いを寄せる娘が、るいの身近にいた。通之進（草刈正雄）の妻・香苗（仁科亜季子）の妹、麻生七重（吉本多香美）である。父親の麻生源右衛門（井川比佐志）は、東吾に「七重を嫁にして欲しい」と申し出る…。
幽霊が出るという噂の鰻屋「逍遥亭」で、女将のおきた（新藤恵美）が殺された。この事件を東吾（中村橋之助）と源三郎（宍戸開）が調べ始める。一方、かわせみでは、るい（高島礼子）の亡き父に世話になったという女・お仙（荻野目慶子）が泊まり客となる。じつはこのお仙、逍遥亭の若主人・清吉（寺島進）が駆け落ちしていた相手であった。一連の事件に、店の乗っ取りを企む番頭・吉兵衛（徳井優）の姿が見え隠れする…。
かわせみのるい（高島礼子）のもとに、産気づいた女・おみつ（中島唱子）が運び込まれる。おみつは無事に出産できたのだが、探し当てたその子の父親・材木問屋丸茂屋の正太郎（吉見一豊）には妻がいた。おみつの連れの男・政吉（永澤俊矢）は丸茂屋をゆすり、百両を持ち逃げする。そして、おみつの小判を狙って正太郎の妻・お町（中村久美）が盗みに入る。一方、贋金づくりを追いかけていた東吾（中村橋之助）は…。
東吾（中村橋之助）は縁日でお役者松（山本耕史）というスリに間違えられ、盗んだ財布を手渡される。その財布から三河屋の長男幸吉（斎藤羅慈）の誘拐を知るが、母親・お久仁にも見当がつかない。お役者松はひょんなことからかわせみの板前となり、るい（高島礼子）との仲を東吾は心配する。そんなおり、三河屋から「幸吉が大金を盗んだ」との知らせが入るのだが…。
東吾（中村橋之助）のところへ、加江（山田里奈）という女が調べごとを頼みに来る。持参金付きで嫁に行った姉が、夫である坂上周庵（マイケル富岡）に殺されたに違いないというのだ。るい（高島礼子）は、お見合い相手になりすまし坂上家に近づくが、姉の謎はなかなか解らない。東吾に反対されたにもかかわず、るいは周庵の家を探ろうとする…。
師走で忙しいが、相も変らぬ大川端の宿「かわせみ」に新しい美人の女中・おきた（松尾れい子）が雇われる。ある日、宿泊客の夫婦が５０両を盗まれ、客の若い男・佐吉（金山一彦）に疑いがかかる。番頭の嘉助（小野武彦）は佐吉を知っていて、凶状持ちだが、るい（高島礼子）の父親が信じた人柄だとかばう。その無実を誰もが信じたいと思う中、おきたの一言で、東吾（中村橋之助）は事件の鍵を思いつき、夫婦の狂言だと推理する。
定町廻り同心・畝源三郎（宍戸開）は暴漢に襲われた町娘・おとよ（長澤奈央）を助ける。おとよは源三郎に一目ぼれをして以来、源三郎を追いかける。一方、町では人を殺して金を奪う女スリが暴れていて、元与力と札差しの二人が殺される。十手持ちの長助（蛍雪次朗）が、殺された二人は牢内で死んだ盗賊を逮捕した関係者であることに気づく。残る関係者は源三郎唯一人、そして盗賊には一人娘がいて、おとよの年頃だったと…。
子供の無い井筒屋徳右衛門（鶴田忍）は、昔、顔も見ずに手放した隠し子を茶道具屋の跡取にしようと探すが、見つかっていない。そんな折、遊び人の新之助（忍成修吾）が息子だと名乗りを上げる。徳右衛門は喜び、跡取として迎えるが、新之助は店に馴染めない。手代の清太郎（笠原秀幸）が、自分と同じ藍染川の思い出を持っていると知り、新之助は、清太郎が自分の兄弟だと思い到り、跡継には清太郎がふさわしいとも考え始める。
夜の本所で、るい（高島礼子）と女中・おさと（久保内亜紀）は、物の怪の「狐の嫁入り行列」を見てしまう。他にも目撃が相次ぎ、東吾（中村橋之助）は探索を始めて、人間の仕業だと推測する。一方、るいは、借金のかたで非道な金貸しに嫁ぐ、大店の娘（萩野なお）がいると知って、思い当る。深川の芝居一座、嵐梅之丞（橋爪淳）は、その大店に大恩を受けている、ならば、物の怪に乗じて花嫁を奪い返す企みだと、るいは考えた。
定町廻り同心・畝源三郎（宍戸開）が恋をした。相手は美しい尼の紫香（宝生舞）。源三郎の乳母だったおよね（菅井きん）の灸の療治をしている。るい（高島礼子）と東吾（中村橋之助）は、実りのない尼僧との恋の行方を思い悩む。と、殺人事件が起きる。紫香尼の庵の傍で、住職（江藤漢斉）が殺される。医者（大島宇三郎）と間違われて殺されたと思われたが、東吾の調べで、事件の鍵は紫香尼が握っていることが明らかになる。
若い美男の医者・天野宗太郎（鈴木一真）が宿に泊まる。市中では呉服屋の四条屋が倒産し多くの被害者が出る。東吾（中村橋之助）と宗太郎は、男に追われた女二人を助けて感謝されるが、女たちは四条屋の女主人・おとみ（高瀬春奈）と娘・お春（片山さゆり）で、追っていた男は染物職人の左太郎（三上大和）で、倒産の被害者が代金の返済を迫っていたと分かる。しかも倒産が計画的な偽装と判明し二人は名誉回復の一計を案じる。
連続強盗事件が起きる。小僧に手引きさせ店に忍び込み、小僧を殺すという手口だった。小僧も一味か。ある夜、茶問屋が襲われ小僧が殺される。小僧の姉で、清元語り・おきん（真矢みき）は弟を信じて、仇討を誓う。かわせみ出入りの御用聞き・末松（佐藤雄）も店が襲われ殺される。探索に出た東吾は、おきんと知り合う。るいは（高島礼子）小僧達と賊を繋ぐのは「抜け参り」だと気付く。と、おきんから文が舞い込み、東吾が走る。
大工の棟梁・源太（高橋長英）と息子の小源太（山崎裕太）は、互いに相手を思う気持ちを伝えらずけんかばかりしている。市中を押し込み強盗が荒らし廻り、襲われた店はみな源太が普請した店と分かる。そして昔ぐれていた小源太が疑われる。息子の疑いを晴らそうと病を押して、源太は普請した店で寝ずの番を始める。小源太は犯人なのか？ 東吾（中村橋之助）が探索を進め、親子の協力で賊は捕まるが、源太の余命は尽きてしまう。
武家の屋敷を盗賊が荒らし回り、目付・麻生源右衛門（井川比佐志）は武門の恥とみずから探索に乗り出す。そして家宝をおとりに賊をおびき出そうと企て、盗賊逮捕まで東吾（中村橋之助）を屋敷に泊まり込ませる。源右衛門の娘・七重（吉本多香美）は、るい（高島礼子）の恋敵だった。実は源右衛門は、事件を口実に七重と東吾を近づけるのが狙いなのだ。るいは東吾を信じつつも不安が募る。そして、麻生の屋敷を本当に盗賊が襲う。
江戸で仇（かたき）討ちをと、京都の武士・進藤喜一郎（細山田隆人）が、お付きのおくみ（小橋めぐみ）と宿に逗留（とうりゅう）する。仇は喜一郎の父親を殺し母親と駆け落ちした男。仇の行方が分かり喜一郎は神社に向かう。るい（高島礼子）と東吾（中村橋之助）も顔見知りで、仲の良さが評判の治兵衛（清水紘治）と志乃（高畑淳子）の夫婦がいる。仇の男と母親だ。傍らに咲く卯（う）の花がにおって父親の死の真相が明らかに…。
縮問屋の若だんな・伊之助（蟹江一平）が、深川の娘・おすみ（金子さやか）との初恋が実り、祝言を挙げようと長岡から迎えに来たのだが、おすみは死んでいた。一瞬だが、おすみの姿を目にした伊之助は、あれは幽霊だと言われ、失恋の痛手で寝込んでしまう。そこに、親戚の娘・おりき（雛形あきこ）が見舞いに来る。おりきの発案で東吾（中村橋之助）や、るい（高島礼子）らが一芝居を打って初恋の真相が、ついに明らかになる。
るい（高島礼子）は名主の娘・お三重（滝祐可里）から、幼いときに家出した母親・おとく（秋本奈緒美）とそっくりの女を見た、その真偽を確かめてほしいと頼まれる。東吾（中村橋之助）の調べで、女は江嶋屋の入り婿・忠三郎（京本政樹）の妹・おしずだと分かる。おとくの家出は、久之丞という男との駆け落ちだった。久之丞が忠三郎に、おとくがおしずに化けているのだ。身の危険を感じた忠三郎は江嶋屋に押し込み、逃走を企てる。
旅籠（はたご）の藤屋の火事で、お幸（前田愛）が父親違いの妹を亡くし、るい（高島礼子）が数日預かる。お幸は、扇問屋近江屋の先代主人が京都の女に産ませた子だった。当主の由太郎（酒井敏也）は、お幸を温かく迎え入れるが、家付き娘の、お内儀おりき（林真里花）と、妹およう（太田有美）は歓迎せず、いじめる日々だった。ある日、事件がおきる。おりきが、お幸の着物を着ていた妹おようを、お幸のつもりで殺してしまう。
麻布で、「秋の虫聞きの会」を楽しんだ東吾（中村橋之助）は、父・弥助（大門正明）と二人で暮らす娘・おすず（遠野凪子）と知り合う。すると、おすずが、かわせみに家出してくる。昔、自分を捨てて駆け落ちした母・おもん（原日出子）が家に戻って来て、再び弥助と暮らし始めたのが許せないのだ。るい（高島礼子）と東吾は、三人に折り合ってもらおうと相談に乗るが、親子の仲も夫婦の仲もまことに難しく、糸がほぐれない。
赤ん坊を道具に使う強盗が頻発する折、若い夫婦の清吉（志賀麻登佳）、おとみ（平田裕香）が宿に泊まる。二人は、赤ん坊の息子の見えない目を手術で治そうと江戸に来た。子を思う親心に、るい（高島礼子）は感動し、東吾（中村橋之助）の義姉・香苗（仁科亜希子）も雨の中、駆けつける。雨宿りをさせたいと、赤子を抱いた・おせい（高松あい）を連れて来るが、おせいは逃亡して来た盗賊の一人で、かわせみが賊に囲まれる。
畝源三郎（宍戸開）に武家の娘・おいね（仁科仁美）との縁談が持ち上がる。一方、札差の娘・千絵（小西美帆）はひそかに源三郎を恋い慕うが、一人娘ゆえに嫁には行けない。おいねが妊娠していると分かり、るい（高島礼子）と東吾（中村橋之助）は心配だが、源三郎はすべて承知の上で、祝言を断れば、おいねは自害の覚悟と語る。祝言の日、おいねは駆け落ちして、花嫁が不在となり、神林通之進（草刈正雄）は一計を案じる。
春の夜、神林東吾（中村橋之助）は辻斬（つじぎ）りに襲われる。太刀（たち）筋から、自害した同門の五井兵馬（佐々木蔵之介）の弟子と見当をつける。兵馬は、るい（高島礼子）の琴仲間・和世（有森也実）の兄だった。調べると、兵馬の恋人・お栄（杉本彩）が東吾を逆恨みし、東吾の仇（あだ）討ちをそそのかしたのだ。すると弟子から東吾に“果（は）たし状”が届き、花御堂に向かう。
東吾（中村橋之助）の弟子・伊太郎（生田斗真）の養父・庄右衛門（益岡徹）は、武士にあこがれる伊太郎の気持を察し、実の親・吉田織部（並樹史朗）の家で武家奉公させたいと、東吾に口添えを頼む。ある夜、強盗が商家の主人一家を殺す。手代・喜八（渡辺宏行）は主人のめかけの子だが、息子と認められず奉公人として扱われるのを恨み、強盗と組んで実の親を殺したのだ。喜八の姿を見た伊太郎は、真の父が誰なのか気づく。
初夏、るい（高島礼子）は眼病治癒祈願のため、茶の木稲荷に行く。そこで視力が衰える病の娘・小雪（渋谷琴乃）に誘われ、兄・彦四郎（大沢健）と住む「牡丹（ぼたん）屋敷」と呼ばれる家に行く。のちに彦四郎が溺（でき）死し、その屋敷は名刀だけを狙う盗賊の根城だったことが判明。東吾（中村橋之助）らの働きで、賊は捕まる。残された小雪は、彦四郎が新種の牡丹に「小雪」と名付けていたと知り、兄の深い愛を思う。
三春屋を装った者らが、縁日で下剤入りのまんじゅうを配り、お吉（鷲尾真知子）や大勢の人が腹痛を起こす。三春屋の手代・宗七（松田洋治）が、被害者なのにわざわざ詫（わ）びに訪れる。るい（高島礼子）は、心労で倒れた女将（おかみ）を訪ねる途中で誘拐され、佃島の漁師小屋に監禁される。三春屋は１０年前に代替わりし、宗七はつぶれた店の手代で、八丁堀の町方をしていたるいの父・源右衛門に深い恨みを抱いていた。
たく鉢僧・浄心（鷲生功）が、腹痛で動けない行商人・伊之助（岡田義徳）を助け、宿に連れて来る。一方、錠前を器用に開ける夜盗が横行している。東吾（中村橋之助）らが調べると、浄心と伊之助は２０年前の大火で生き別れとなった兄弟で、伊之助が夜盗だとわかる。ある夜、弟・伊之助は忍び込んだ屋敷で深手を負い、兄・浄心の寺に逃げ込んで再会を果たすが、ついに捕らえられてしまう。
病人のいる屋敷ばかりを狙い、大金を盗んで殺すという盗賊が暴れていた。東吾（中村橋之助）らの調べで、３年前に悪事を重ねた忠三郎（京本政樹）が岡崎半次郎と名を変え、医者に化けて強盗を働いていたとわかる。すると、七重（吉本多香美）と宗太郎（鈴木一真）が誘拐される。２人が惚（ほ）れ合うのを知った忠三郎は、七重を人質に、宗太郎に毒薬の作り方を翻訳させ、世の中を転覆しようと企（たくら）んだのだ。
七重（吉本多香美）の祝言の夜、雪の帰り道で、東吾（中村橋之助）は身投げ寸前の娘・お久麻（遠山景織子）を助けて家に送る。お久麻は幼いころにいたずらされ、心の傷を負い結婚に失敗、世をはかなんだのだ。「助けると思って抱いてほしい」と東吾にすがる。夜明け前、東吾はかごで帰るが、その家がどこかはわからず、東吾は調べを続ける。後日、女中・おその（愛川裕子）が訪れ、お久麻の名は清水琴江、旗本の娘だと真相を語る。
東吾（中村橋之助）は町中で、女スリ（寺田千穂）を捕まえる。だが女は裸になり、背中の「滝夜叉（たきやしゃ）姫」の入れ墨を見せて無実だと言ってすごむ。後に、仲間が何人もいて、殺して大金を奪うような賊の一味だとわかる。そのころ、おまさ（奥貫薫）が宿に逗（とう）留し、るい（高島礼子）に「父親の敵を討ちたい、捨て子の自分を育ててくれた、スリの名人・将門の彦六を殺された恨みを晴らしたい」と打ち明ける。
数年前、おみや（西尾まり）は家出をしてケガを負った清太郎（川口貴弘）を助け、後に夫婦となった。今や、内助の功で、清太郎の作る竹細工は評判が高い。実は、清太郎はしにせの竹細工屋の跡取りだった。るい（高島礼子）は、おみやに、清太郎が実家に戻れるよう口利きを頼まれ、親子の涙の対面を果たす。だが、おみやは清太郎と一緒に実家に入らず、ひそかに身をひく決意をしていた。それに気づいて、るいはおみやの説得に行く。
通之進（草刈正雄）の許しがでて、東吾（中村橋之助）はついに、るい（高島礼子）に求婚する。るいはあふれるほどの幸せに浸りながら、なぜか不安を覚える。一方、宿では、客の長太郎（東根作寿英）が育ての母を捜していた。酒問屋の跡取り・長太郎が家出して１５年、店もつぶれ一家は離散、芸者だった生みの母も死んでいた。ようやく、育ての母・おきぬ（沢田亜矢子）を捜し当て、長太郎は一緒に暮らそうと、おきぬを迎えに行く。
宿の客、母・おさだ（黒田福美）と娘・おたか（山田麻衣子）は、仲人医者の鶴田典庵（樋浦勉）に婿探しを頼んでいた。しかし典庵は結婚詐欺同然の仲人だった。るい（高島礼子）と東吾（中村橋之助）は破談を勧めるが、母娘は取り合わない。おたかは、典庵にだまされ不幸な結婚をして心中した姉の敵を討ちたかったのだ。祝言の日、宴席半ばでおたかは角隠しを外す。すると、漆にかぶれた化け物のような醜い顔が現れ大騒ぎとなる。
るい（高島礼子）と東吾（中村橋之助）の祝言が近づき、頑固な麻生源右衛門（井川比佐志）に、るいを紹介する日も間近となる。はたしてるいを気に入るか？ 雨宿りをしたるいは、飯屋の軒先で源右衛門に出会う。店の中に逃走中の盗賊が店の者と長助（螢雪次朗）を縛って隠れていた。るいと源右衛門が賊に気づいて戦いとなり、息の合った２人の戦いで、一味はお縄となる。祝言の夜、源右衛門の高砂の謡が２人を祝福する。
