Sisi, die Tochter des bayrischen Herzogs Max, wächst unbekümmert und naturverbunden mit ihren Geschwistern am Starnberger See auf. Als der junge, österreichische Kaiser Franz Joseph deren große Schwester Helene heiraten soll, fährt Sisi nur widerwillig mit nach Bad Ischl zur Verlobung. Doch eine schicksalshafte Begegnung zwischen Sisi und Franz ändert den Lauf der Dinge schlagartig.
Sisi hat sich in Franz verliebt. Ohne zu zögern, folgt sie ihm als seine zukünftige Frau nach Wien. Doch das strenge Hofzeremoniell macht der freiheitsliebenden bayrischen Prinzessin schnell zu schaffen. Aus Liebe zu Franz ist sie trotzdem bereit, alle Strapazen und Pflichten in Kauf zu nehmen. Sie weiß, dass sie sich den Respekt am Hof erst verdienen muss. In Fanny, die sie unter falschem Namen als Zofe ins Schloss einschleust, findet Sisi eine Freundin und Vertraute.
Die Hochzeitsnacht des jungen Paares verläuft nicht wie geplant und Sisi braucht Fannys Rat mehr denn je. Doch Gräfin Esterhazy enttarnt Fanny als Hochstaplerin und verbannt sie vom Hof. Erst während der Flitterwochen in Laxenburg finden Sisi und Franz langsam zueinander. Auf ihrem ersten, offiziellen Empfang als Kaiserin überrascht Sisi alle mit ihren hervorragenden Kenntnissen der ungarischen Sprache und der Güte, mit der sie die ungarischen Adeligen behandelt.
Sisi ist schwanger. Viel Zeit, um das gemeinsame Glück zu genießen, bleibt dem jungen Kaiserpaar nicht. Die Konflikte in Ungarn spitzen sich zu, auch im Rest von Europa brodelt es. Gräfin Esterhazy hofft, dass Sisi den Kaiser dazu bringen kann, mit dem ungarischen Adel zu verhandeln. Sie vereinbart ein geheimes Treffen zwischen Sisi und Graf Andrassy. Bevor sie aber mit Franz sprechen kann, wird während der Taufe ihrer Tochter Sophie ein Attentat auf ihn verübt.
Franz hat das Attentat in der Kirche nur knapp überlebt. Doch als es in Italien zu Aufständen gegen die Habsburger kommt, zieht er in den Krieg. Um den Soldaten ebenfalls beizustehen, hilft Sisi in einem Militärspital in Laxenburg mit und versorgt die Verwundeten. In Ungarn ist die Stimmung immer noch aufgeheizt. Sisi gelingt es, Franz zu überreden, während eines Empfangs in Budapest Graf Andrassy zu treffen und einen Friedensvertrag auszuhandeln. Auf dem Höhepunkt der Festlichkeiten kommt es erneut zu einem gefährlichen Zwischenfall.
Das neuerliche Attentat auf Franz konnte verhindert werden, doch das junge Kaiserpaar wird in Budapest von einem schrecklichen Schicksalsschlag getroffen. Die kleine Prinzessin Sophie stirbt. Sisi verfällt in tiefe, unermessliche Trauer und Franz entfernt sich immer mehr von ihr. In Europa stehen die Zeichen weiter auf Krieg, Napoleon III beansprucht Teile der Habsburger-Ländereien in Italien für sich. Sisi weigert sich, aufzugeben und kämpft – für sich, ihr Volk und die Liebe zu Franz!
Um einen neuen Krieg in Europa zu verhindern, müssen Sisi und Franz nach Frankreich reisen und Napoleon III. um Hilfe bitten. Doch nicht nur ihr alter Feind bereitet ihnen Sorgen, sondern auch ein unverhofftes Wiedersehen.
Auf dem Landgut Graf Andrassys fühlt sich Sisi an die unbeschwerte Freiheit ihrer Kindertage erinnert. Während die höfischen Zwänge von ihr abfallen, zieht die einfühlsame Art des Ungarn die Kaiserin immer mehr in ihren Bann.
Als Sisi ausgerechnet mit Graf Andrassy in gemeinsame Gefangenschaft gerät, muss sie sich schließlich fragen, wie lange sie standhaft bleiben kann... Nur Gräfin Esterhazy kann die Kaiserin jetzt noch retten.
Sisi und Graf Andrassy reisen gemeinsam nach Wien, um Franz von der Notwendigkeit eines ungarischen Parlaments zu überzeugen. Doch die besondere Nähe zwischen Sisi und Andrassy bleibt Franz nicht verborgen.
Franz bricht mit Graf Andrassy und riskiert in letzter Minute die Unterstützung der Ungarn im bevorstehenden Krieg. Während Sisi sich allein in Wien als Herrscherin beweisen muss, ist ihr Herz bei Franz und Andrassy auf dem Schlachtfeld.
Der Krieg hat tiefe Wunden geschlagen. Franz lässt Sisi nicht an sich heran und schickt sie zurück nach Ungarn. Noch ahnt sie nicht, dass es ein Abschied für immer sein könnte, doch tief verletzt beschließt Sisi zu fahren.
Das Ausrufen der Republik und der Sturz von Napoleon III. führen auch in Wien zu Unruhen. Deswegen beschließt Franz, die Militärausbildung seines Sohnes Rudolf früher zu beginnen. Gleichzeitig befielt er Grünne, sich inkognito unter die protestierenden Arbeiter zu mischen, um herauszufinden, wer ihr Anführer ist. Sisi kann ihren sensiblen Sohn nicht vor der Armee bewahren und beschließt, ihn auf eigene Faust zu befreien.
Sisi packt ihre Sachen und hinterlässt Franz ein Ultimatum. Sie wird erst mit Rudolf an den Hof zurückkehren, wenn Franz ihr die Erziehung überlässt. Trotz der Garde von Franz, die Sisi und Rudolf dicht auf den Fersen ist, gelingt ihnen die Flucht. Dabei ist die Fotografin Alma behilflich, welche Mutter und Sohn mit nach Südfrankreich nimmt. Allerdings bleibt ihr Ankommen auf einer kleinen, idyllischen Insel nicht unbemerkt.
Mutter und Sohn finden auf der Insel endlich zu ihrer Lebensfreude zurück.Gleichzeitig entwickelt Sisi eine vertrauensvolle Beziehung zu Alma. Franz kämpft gegen ein Bündnis zwischen dem Deutschen Reich und Russland, welches er nur mithilfe seiner Mutter verhindern kann. Doch dann erfährt er von einem Spion, wo Sisi und Rudolf sich aufhalten.
Franz sucht Sisi und Rudolf in Frankreich auf. Endlich ist die Familie wieder vereint. Kaiser und Kaiserin verbringen eine leidenschaftliche Nacht miteinander, aber schon am nächsten Tag nimmt Franz Rudolf heimlich mit nach Wien zurück. Sisi und Franz versuchen einander in fremden Armen zu vergessen. Franz' harter Umgang mit den aufständischen Arbeitern lässt Grünne an seiner Loyalität gegenüber der Krone zweifeln.
Als Sisi erfährt, dass Franz Rudolf aus der Armee genommen hat, kehrt sie an den Hof zurück. Trotz ihrer Beziehungsprobleme empfangen Sisi und Franz gemeinsam den russischen Zaren für die Bündnisverhandlungen. Indes macht sich einer der unglücklichen Arbeiter auf den Weg an die Hofburg, um ein Attentat an der Kaiserfamilie zu verüben.
Sisi erfährt, dass ihr Sohn von einem Arbeiter entführt wurde, der das Leben des Kaisers im Gegenzug für die Freilassung des Kronprinzen fordert. Dicht gefolgt von Franz, reitet Sisi los, um Rudolf zu retten. Während sich Erzherzogin Sophie und Gräfin Esterhazy um den Deutschen Reichskanzler Bismarck kümmern, finden sich Sisi und Franz in einer scheinbar ausweglosen Situation wieder.
