| Name | First Aired | Runtime | Image | |
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| S06E01 | 兄（イタチ）と弟（サスケ） 遠すぎる存在 |
April 6, 2005
TV Tokyo
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25 | |
| S06E02 | 父と子 ひび割れた家紋 |
April 13, 2005
TV Tokyo
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25 | |
| S06E03 |
開眼 万華鏡写輪眼の秘密
season finale
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April 20, 2005
TV Tokyo
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25 | |
| S06E04 | 親友（とも）よ！ |
April 27, 2005
TV Tokyo
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25 | |
| S06E05 | 涙の咆哮！ オマエはオレの友達だ |
May 4, 2005
TV Tokyo
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| S06E06 | 涙雨（なみだあめ）の結末 |
May 11, 2005
TV Tokyo
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25 | |
| S06E07 | 守れなかった約束 |
May 18, 2005
TV Tokyo
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| S06E08 | 潜入捜査!? 遂にきたきた超S級任務 |
May 25, 2005
TV Tokyo
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25 | |
| S06E09 | 無法者の街 ふうま一族の影 |
June 1, 2005
TV Tokyo
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25 | |
| S06E10 | 清き裏切り はかなき願い |
June 8, 2005
TV Tokyo
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| S06E11 | 恐怖！ 大蛇丸の館 |
June 15, 2005
TV Tokyo
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25 | |
| S06E12 | 二つの鼓動 カブトの罠 |
June 22, 2005
TV Tokyo
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| S06E13 |
サクラの決意
season finale
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June 29, 2005
TV Tokyo
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| S06E14 | 厳戒施設の三悪人 |
July 6, 2005
TV Tokyo
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25 | |
| S06E15 | 走れトントン！ お前の鼻が頼りだってばよ |
July 13, 2005
TV Tokyo
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25 | |
| S06E16 | 新生三人一組（スリーマンセル） 二人と一匹！ |
July 20, 2005
TV Tokyo
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| S06E17 | 炸裂！ ニューフォーメーションいのシカチョウ |
July 27, 2005
TV Tokyo
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25 | |
| S06E18 | 残された野望 大蛇丸の影 |
August 10, 2005
TV Tokyo
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| S06E19 | 因縁の対決！ オマエにオレは倒せねえ |
August 17, 2005
TV Tokyo
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| S06E20 | 超追尾力に赤丸も嫉妬！ 幻の微香虫を探せ |
August 17, 2005
TV Tokyo
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| S06E21 | どこが違うのさ!? 虫って同じに見えないか |
August 24, 2005
TV Tokyo
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| S06E22 | だまして化かしてだまされて！ 壮絶ムシムシ大バトル |
August 31, 2005
TV Tokyo
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| S06E23 | 燃えよ白眼！ これが私の忍道よ |
September 14, 2005
TV Tokyo
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| S06E24 | 生あるものへの葬送曲 |
September 21, 2005
TV Tokyo
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| S06E25 | 心に届け！ 愛の鉄拳 |
September 28, 2005
TV Tokyo
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