De retour de la guerre de Troie, Ulysse et son équipage se retrouvent prisonniers d’un cyclope, fils de Poséidon. Le roi d’Ithaque ne se doute pas que le terrible dieu des mers, a juré sa perte…
En faisant naufrage, le groupe se retrouve séparé. Une partie doit alors affronter la monstrueuse Scylla, tandis qu’une autre doit échapper à Charybde, le gouffre meurtrier.
Ulysse et ses amis descendent aux Enfers pour interroger Tirésias le devin sur le chemin à prendre pour retrouver Ithaque. Mais c’est sans compter sur Poséidon et ses machinations, ainsi que sur les nombreux dangers du royaume d’Hadès.
Poséidon ordonne à Aglaopé, reine des sirènes, d’attaquer la Nef par ses chants mélodieux… et fatals.
Le groupe fait naufrage sur une île peuplé de bêtes féroces, obéissant à Circé, la puissante magicienne. Celle-ci transforme Diomède et Titan en porcs.
Après bien des péripéties, le groupe est enfin de retour à Ithaque où Ulysse retrouve sa famille. Toutefois, le héros se rend vite compte que quelque chose ne va pas… Et pour cause ! Son équipage et lui sont plongés dans une illusion des Parques, avides des souvenirs d’Ulysse.
Après un naufrage, Ulysse et ses amis se voient confrontés aux Lestrygons, des géants agressifs et cruels.
Lorsque l’équipage de la Nef est capturé par Bellérophon, jeune fils de Poséidon, Ulysse ruse et promet au jeune homme de l’aider à réaliser son plus cher désir : capturer Pégase, le cheval ailé. Mais la fabuleuse créature semble impossible à piéger. Et la monstrueuse Chimère se dresse également contre eux.
Ulysse et son équipage doivent affronter Méduse et sa sœur Sthéno, plus féroces que jamais. En effet, le dieu des mers a promis l’immortalité à celle qui lui offrirait la vie d’Ulysse.
En affrontant une tempête, l’équipage arrive chez Éole, maître des vents…et le très affectueux père de Zéphyr. Fou de joie en retrouvant son fils, le dieu ne semble toutefois pas prêt à le laisser repartir.
Après avoir touché la Perle du Désespoir, Datès tombe gravement malade. Pour le soigner, un seul remède : une boîte dorée renfermant l’Espoir. Mais celle-ci se trouve dans les immenses forges du dieu Héphaïstos, qui la garde jalousement.
Après un naufrage, Ulysse et ses compagnons sont recueillis par Chiron, pacifique seigneur des centaures. Mais Poséidon fait une offre à ce dernier : sauver l’île des centaures, menacée d’une éruption. Mais en échange Chiron doit défier Ulysse dans un combat à mort.
La reine des Harpies est désireuse de se marier. Conseillée par Poséidon, elle attaque la Nef et cherche à trouver Ulysse afin de l’épouser. Seulement, à la suite d'un quiproquo, c’est Philo qui se retrouve devant l’autel !
Ulysse et son équipage font naufrage sur l’île paradisiaque de la puissante Calypso. Celle-ci, amoureuse d’Ulysse, ne veut pas les laisser repartir.
Lors d’une réception organisée par le peuple des Lotophages, Ulysse, Nisa et Diomède ingèrent des lotus enchantés par Poséidon et tombent dans un profond sommeil. Les trois amis sont alors propulsés au pays des rêves et doivent à tout prix en sortir, quitte à affronter leurs pires frayeurs.
Les Amazones capturent Ulysse et ses amis et en font leurs esclaves. Mais Nisa, protégée d’Athéna, réussit à enfiler l’armure sacrée de la déesse. Ce geste la propulse sur le trône de la reine. Toutefois, un complot se trame contre elle.
Alors que le groupe fait escale à Chronus, royaume natal de Titan, Antipole, le frère de ce dernier est influencé par Poséidon. Le dieu des mers le convainc que Titan et Ulysse veulent lui prendre son trône. Antipole décide alors d’éliminer l’équipage.
Lors d’une escale, Titan tombe accidentellement sous le charme de la belle Nausicaa. Pour conjurer le sort et sauver son ami, Ulysse doit retrouver un miroir magique, mais Poséidon, aidé par deux petites naïades aussi pestes qu’insupportables, l’entraîne dans un piège.
Par une ruse de Poséidon, Ulysse et ses compagnons se retrouvent piégés sous la mer dans la légendaire Atlantide.
Alors que l’équipage tente d’accéder au puits aux vœux, Nisa libère par erreur le terrible roi Lycaon, enfermé par châtiment divin. Les dieux posent alors un ultimatum à Ulysse et ses hommes : ramener Lycaon dans sa cellule avant le coucher du soleil ou prendre sa place en cas d’échec.
Poséidon remplace la lyre de Philo par un instrument magique qui sème la zizanie dans le groupe.
Lorsque Cronos parvient à quitter la prison ou l’avait enfermé les dieux, il capture Poséidon pour se venger. L’absence du maître des eaux fige la mer, poussant Ulysse à aller sauver son pire ennemi au sein même du dangereux Tartare.
Ulysse et ses compagnons arrivent en Crète, mais le roi Taurus, influencé par Poséidon, leur réserve de terribles épreuves dans son labyrinthe.
Lors d’un séjour du groupe en Colchide, la fabuleuse toison d’or est dérobée et Datès se retrouve accusé du vol ! Pour innocenter leur ami, l’équipage est contraint de recommencer la périlleuse quête de la toison d’or.
Après les années d’absence d’Ulysse, le sénat d’Athènes impose à la reine Pénélope de se remarier. Son promis est le prince Pellos, homme stupide, paresseux et imbu de lui-même. Devant le refus de la reine, Poséidon propose son aide à Pellos : son accession au trône contre la vie du jeune Télémaque. Le prince, lâche, obéit sans se faire prier. De leur côté, le roi d’Ithaque et ses amis parviennent enfin à trouver la bonne voie pour Ithaque. En cours de route, ils retrouvent Télémaque, mais le garçon est l’otage de Poséidon.
Ulysse retrouve enfin son île ! Mais son palais est toujours occupé par l'armée de Pellos, bien décidé à épouser la reine Pénélope.
