港北医大に二週間前、救命センターが設けられた。設立して間もない医局には、外科からやってきた医局長・小田切(渡辺いっけい)の元、神林(小日向文世)、馬場(宮迫博之)、城島(谷原章介)ら医師と矢部(伊藤英明)、太田川(田畑智子)二人の研修医がいるが、日々運び込まれてくる急患の対応には、まだまだ人材不足はいなめない状況だった。 ある日のこと、ヘリで運ばれた急患につきそい、あざやかな救急処置を行っていた男が救命センターに降り立った。それが名医といわれ、共に同じセンターで働いたこともあった進藤一生(江口洋介)と分り、思いがけない再会をよろこぶナースの桜井ゆき(須藤理彩)。 そんな中、外科から香坂たまき(松雪泰子)が救命にやってきた。心臓外科医としての研究に邁進していたたまきは、この移動を左遷と受けとり不満をあらわにする。戦場のような救命センターについていけないたまき。 一方、部外者でありながら救命センターで力をかした進藤を、小田切は救命医師として高く評価するのだった。
進藤一生(江口洋介)は再び医師として港北医大救命救急センターで治療にあたることになった。だが、医療に対する考え方の違うたまき(松雪泰子)との関係はぎくしゃく、他の医師たちとも上手くいかない。 そんな中、川に転落し重体の男が運ばれてきた。スーツの刺繍から男は田中(井上順)という名字とわかるが、田中は自分のことは何も覚えていないという。何とか家族を探しだそうとする進藤。 だが、たまきは田中が、心臓に病気を持っていることを発見すると、進藤には内緒で、神宮(津嘉山正種)の元、手術を行おうとする。ようやく見つけた田中の妻・恭子(キムラ緑子)から、田中がリストラされたことを聞いた進藤は、田中が生きる気力を失っていること察した。
土砂災害により運び込まれてきた二人の患者。一人は治療のかいなく死亡、もう一人のレスキュー隊員はあやうく一命をとりとめることができた。だが、その後死亡した患者の遺族から治療の遅れにより医療ミスの疑いが救命センターに持ち込まれる。あの時その場ですべての様子を見ていた他のレスキュー隊員の進言によるものか?命を救えなかったことに対する非難のことばをレスキュー隊長・難波(小木茂光)から投げ付けられ、進藤(江口洋介)は戸惑う。 そんな中、たまき(松雪泰子)にクリミアコンゴ出血熱の感染が疑いがあることが発覚。小田切(渡辺いっけい)は、他の医師にも院内にも知らせないようにと、特別治療室にたまきを隔離。 血液検査の結果を待つ手筈をとる。数日後・・・化学工場で火災が発生した。現場に駆け付けた進藤は、そこで負傷した難波をみとめた。
多忙を極めて家に帰ることも家族サービスもままならない医局長の小田切(渡辺いっけい)の元に、老人介護センターから引き抜きの話しが持ち込まれた。思いがけない条件と待遇のよさに心ゆれる小田切。 そんな中、救命センターに「末期癌」と自己申告する患者が運び込まれた。進藤(江口洋介)は、可能性ある限り延命手術をするべきと、いつになく熱く、その柴田茂文(谷啓)という患者に手術の許可を求める。その様子をみて、二人には個人的関係があると気付くたまき(松雪泰子)。二人の間にどんな関係があるのか?そして柴田の素性とは・・・。だが、それからしばらくして、柴田が進藤に執刀の許可を出した。病院側が医療過誤問題に発展しはしないかと危惧する声が上がる中、進藤らはオペ室へとむかった。その姿を見つめる小田切・・・。
喘息の発作をおこし、両親に付き添われ運び込まれた少女、永尾萌(井上結菜)。肝臓昏睡で倒れ、昏睡状態で横たわる桂川耕作(櫻庭博道)。そして、チンピラと乱闘騒ぎをおこし、左太股を負傷したプロボクサー坂崎元(青木伸輔)。重い喘息を抱えた永尾萌(井上結菜)。救命センターICU室に、三人の患者が入った。 萌の担当となった、神林(小日向文世)は、いもしない我が子の存在を作りあげ、学校にもいげず友達も作れない萌を励まそうとする。 耕作の担当、たまき(松雪泰子)は、肝臓移植を拒む唯一のドナーである耕作の妻・奈々子(小西美帆)の説得に乗り出す。そして、坂崎を担当することになったと進藤(江口洋介)は、ナースに悪態ばかりつくこの問題児を一担当医として冷静に治療にあたっていた。 だが、ある日のこと、坂崎が萌に神林の子供の話しが嘘であるとバラしてしまった。復帰のメドも立たない坂崎が不自由な現状に苛立ってやってしまったこと・・・。しかし、進藤は坂崎が二度とボクシングをできない体であるとの診断を下していた。
進藤(江口洋介)が救命センターに乱入してきた男によって右手を負傷した。進藤に頼っていた小田切(渡辺いっけい)は不安になるが、進藤はデスクワークでフォーローすると言い、城島(谷原章介)も「医者は進藤先生だけじゃない」と言い切る。 一方ゆき(須藤理彩)は、来る日も来る日も命と向き合わなければならない救命の現場で、どんどん死に対して悲しむ感情を無くしている自分に悩みはじめていた。ナースキャップをはめることもしないゆきのそんな心境を、静かに見守る進藤。 ゆきは遂にナースを辞める決意で病院を後にするのだが、去ろうとする横を通り過ぎていった救急車を見て、たまらずセンターの方に戻ってしまう。初療室では、凍死状態で運ばれた患者の難しい治療を片手でやろうとしている進藤の姿があった。
奈津(田畑智子)は、母からの見合い話しに悩んでいた。そのせいかなかなか仕事にも身が入らない。たまき(松雪泰子)はそんな様子を見兼ねて、「結婚は似合わない」と素っ気なく言い放つが、そんなたまきもやはり適齢期、ふっと考え込むこともある。 一方、馬場(宮迫博之)も、担当した美人の患者・坂井千鶴(北川弘美)と、デートする展開にこぎつけていた。 しかし、その約束の店と時間が、奈津の見合いと偶然一緒で、二人は呆然・・・。だが、結局そこには千鶴はこなかった。実は千鶴は、またしても救命に運び込まれていた。進藤(江口洋介)も愕然とするほどに、酷い中絶手術をされた状態で・・・。そしてこれを聞いた馬場は、病院を紹介した上、千鶴を放っておいた相手の男、成島(橋本さとし)の元にゆき(須藤理彩)とともに向かうのだった。しかし、これが思わぬ修羅場を呼んでしまい・・・。
その日運ばれた患者の様子を見て、小田切(渡辺いっけい)は蘇生治療をあっさりと諦めた。ホテルからの搬送、付き添う愛人と見られる女性の整えられた出で立ち。 それは、あきらかに搬送の遅れを示すもので、どう見ても手遅れだったのだ。城島(谷原章介)の説明に納得する矢部(伊藤英明)。だが、この死の状況を知らない妻、山口文子(立石凉子)は、その後も矢部に本当の事を教えてほしいと詰め寄るのだった。 その頃医局では二つの話題で盛り上がっていた。一つはたまき(松雪泰子)が幹事をすることになった屋形船で花火見物をしながらの医局懇親会。そしてもう一つは、神林(小日向文世)の妻の懐妊の知らせが届いたことだった。とそこに、バイク事故に遭ったカップルの搬送を依頼するホットラインが入った。西山有香(白川みなみ)は軽症。だが、黒木慎太郎(井澤健)は出血多量で右腕切断の措置が即刻取られた。その後、切断の事実を聞かされた有香は愕然となった。慎太郎は水泳選手として将来を嘱望されている全日本強化選手だというのだ。進藤は、それでも一刻も早く事実を伝えるべきだというのだが・・・。
倉石竜介(平沼紀久)は、頻繁に救命センターにやってくる患者だった。夢はハリウッドのアクションスター。この日も立ち回りの場面で怪我をした倉石がやって来た。彼を思っているらしいマネージャー槙原由子(村田和美)もついてきた。 その頃、進藤(江口洋介)とたまき(松雪泰子)は、階段から転倒して搬送されてきた中年夫婦を診ていた。だが、夫が植物状態で寝たきりであったことが発覚。何かしらの事情があると感じていた。そしてその事情というのを矢部(伊藤英明)だけは知ることになった。実は夫婦の娘・絵里(国分佐智子)と矢部は高校時代、恋人同志であったのだ。 今は弁護士となっている絵里は、銀行員の父が不正融資に絡み、一人責任をとらされる形で、東京から青森に飛ばされたのではないかと考えていた。 1年前、植物状態の原因となった転倒事故も、実は事故に見せかけたものだと推測していたのだ。やがて、この件は絵里のリークでマスコミに知れ、港北医大救命センターは一躍マスコミに注目されることに・・・。そんな中、倉石が再び瀕死の状態で進藤のもとに運ばれてきた。
不正融資に絡み、検察も捜査のため接触しようとしていた三上幸二(須永慶)の突然の死は新聞沙汰にもなり、進藤(江口洋介)に代わり治療にあたっていたたまき(松雪泰子)や紗江子(木村多江)らは、事故調査委員会に呼び出されることになった。 救命の誰もがたまきの処分を心配する中、たまきの説明を神宮(津嘉山正種)が支持し、委員会は意外な展開を見せる。 だが小田切(渡辺いっけい)だけは、この時神宮が目前に学長選を控え、事を大きくしないことに必死だったことを知っていた。 三上の娘で弁護士の絵里(国分佐智子)は、たまきを優秀な医師だと認めた上で、なぜ父を救ってくれなかったかと告訴する姿勢を見せる。絵里の昔の恋人であった矢部(伊藤英明)も彼女に同情し、たまきや進藤に批判的だ。そのころ矢部が担当していた患者の容体が急変した。運び込まれた時、ただの貧血と診断を下されていたその患者には、先天的と見られる不正脈の兆候があったのだ。三上の死亡時とほぼ同時搬送されてきたため急患に集中していなかった矢部。彼の重大なミスを責める進藤。矢部は治療することを拒否し、救命センターを飛び出していった。
医局長の小田切(渡辺いっけい)が倒れた!進藤(江口洋介)、城島(谷原章介)らの懸命の手当てのかいあって、なんとか一命は取り止めるが、心臓停止から40分、翌日になっても脳波には反応が出ず、小田切は遂に脳死状態となる。愕然となる進藤たちの前に、小田切の妻、三智子(宮田早苗)から小田切が持っていたというドナーカードが提出された。自分のわがままからこうなったことを責め、救命にいることに耐えられなくなった矢部(伊藤英明)は小児科にいくこと決意する。後日、救命に新局長の咲坂(中丸新将)が着任してくる。しかし、神宮(津嘉山正種)の命に従い、営利を第一にする咲坂は、進藤と真っ向対立することに。たまき(松雪泰子)にはシカゴ行きの話しが上がり救命の統率感は次第に失われていった。 しかし、小田切が守り通した救命センターを存続させたい一心の進藤は、医師として人命を救う姿勢を貫くことを神宮や咲坂に宣言するのだった。
救命救急医療に携わる医師らの活躍を描く医療ドラマの第3弾。救命医の楓(松嶋菜々子)は、海外へ転勤する恋人・裕樹(石黒賢)からプロポーズされる。医療現場を離れることをためらう楓は、かつての同僚で海外で医療活動を行なっていた進藤(江口洋介)と再会し、悩みを深めるように。2人は再会を約束し別れるが、直後、東京を直下型大地震が襲う。
繁華街で大地震に被災した進藤(江口洋介)は家屋の下敷きになった男性を救出。治療のために付近の医院に連れていく。医院で進藤は院長・河野(平田満)とともに押し寄せる患者の治療を開始。進藤は河野に、助かる見込みの高い患者を優先して治療することを提案。ためらう河野に進藤は、ひとりでも多くの命を救うためだと強く主張する。一方、楓(松嶋菜々子)は東都中央病院内で被災。自分の家族が心配だから自宅に帰りたいと言い出す医師・日比谷(小市慢太郎)らに、楓は何も言うことができない。
医療物資がなくなった診療所を離れた進藤(江口洋介)。そんな中、和也(小栗旬)が母・敬子(山口美也子)を救出する。進藤は敬子を病院へと運ぶことに。一方、東都中央病院では患者の治療に楓(松嶋菜々子)らが忙殺されていた。寺泉(仲村トオル)は娘・千尋(福田麻由子)と再会するが、臨時内閣参加の要請を受け、迷いながらも教師・望(京野ことみ)に千尋を託す。その後、寺泉の妻・香織(渡辺典子)が命に危険が及ぶクラッシュ症候群を発症。進藤は香織を治療するためヘリコプターを手配するよう、寺泉に要請する。
消防庁から、楓(松嶋菜々子)の婚約者・裕樹(石黒賢)が危険な状態で入院していると連絡が入る。だが、入院先の病院の混乱で、楓は裕樹の安否を確認できずにいた。進藤(江口洋介)は動揺する楓に裕樹のもとへ向かうように助言。だが楓は、病院に残ると気丈に振る舞う。そんな中、省吾(広田亮平)が発作を発症。とっさに助けた望(京野ことみ)は、自分が看護師の資格をもつことを進藤にだけ告白する。その後、重傷の裕樹が病院を抜け出したと連絡が。進藤は裕樹が東都中央病院に向かっていると推測する。
東都中央病院に裕樹(石黒賢)が運ばれて来た。再会に喜ぶ楓(松嶋菜々子)は、病状が回復したらいっしょに裕樹の赴任先に行くと約束する。続けて避難所で働く河野(平田満)が倒れ、病院に。河野を心配する長男・純介(川岡大次郎)は東京を離れるよう勧めるが、河野は聞き入れない。進藤(江口洋介)は河野に冷たい態度をとる次男・和也(小栗旬)に、河野を説得できるのは家族しかいないと説く。一方、望(京野ことみ)は父親・武彦(渡辺哲)と再会。連絡をしなかったことを責める武彦だが、望は素直に話を聞くことができない。
東都中央病院に入院中の裕樹(石黒賢)の容態が急変。楓(松嶋菜々子)は動揺し、仕事が手につかない。楓を心配する進藤(江口洋介)だが、声をかけられずにいた。そんな中、ボランティアを仕切る和也(小栗旬)はいいかげんな姿勢のメンバーと衝突。救援活動を行なう寺泉(仲村トオル)は、被災者から売名行為だと非難され、自分も被災者だと不満を爆発させる。
東都中央病院にそば店主の小木(山田辰夫)が搬送されてくる。小木の治療を担当した進藤(江口洋介)は妻・静子(円城寺あや)のようすに異変を感じる。その後、静子が胃潰瘍(かいよう)を患っていることが発覚。静子は病気のことと、店が全壊したことを小木に告げられないので、進藤らから話してほしいと懇願する。だが、進藤は静子に自分の口から話すべきだと諭し、小木と同じ病室に移す。一方、楓(松嶋菜々子)は裕樹(石黒賢)の遺体を家族に渡すため裕樹の実家へ。葬式を終え、つかの間の静かな時間の中、楓は失ったものの大きさをかみしめる。
東都中央病院に楓(松嶋菜々子)が戻り、院内が活気づく中、進藤(江口洋介)に国際人道支援医師団から、戻ってほしいと要請が来た。一方、臨時内閣に召集された寺泉(仲村トオル)は、発表された死傷者数に「予想どおり」と無責任な発言をする議員たちに不信感を抱く。そんな中、病院に緊急患者の老婆(志賀眞津子)が運ばれてくる。一命をとりとめるが、患者の多さに慣れ、安易にあきらめようとした医師たちに、進藤は怒りをあらわに。さらにその夜、看護師の不手際で入院患者の容態が急変する事故が発生する。
東都中央病院に消防士・平野(山下徹大)が搬送されてくる。震災で消火活動に専念するため、人命救助を行なわなかったと後悔する平野に、楓(松嶋菜々子)らは心を痛める。そんな中、純介(川岡大次郎)が投薬ミスを。救えなかった患者を思い覇気をなくす純介を和也(小栗旬)らは心配する。楓は休養のため純介を帰宅させようと黒木(香川照之)に提案する。
バイクで転倒事故に遭ったディスカウントショップの社長・城丸克男(綿引勝彦)が運び込まれる。レントゲンで肺に影を見つけた進藤(江口洋介)は術後、再検査。末期がんと告知する。克男はひるまず、息子の克英(伊崎充則)に仕事に戻れと檄(げき)を飛ばす。一方、子供に死を見せたくない寺泉(仲村トオル)は楓(松嶋菜々子)に省吾(広田亮平)の病室を移せと要求する。
賞味期限切れの食料が配布されたため、救命救急センターの半数以上の医師、看護師が食中毒に。寺泉(仲村トオル)による厚生労働省への依頼で医師が4、5日後に派遣されることが決まり、それまでは無事だった進藤(江口洋介)や楓(松嶋菜々子)ら少数のスタッフで患者を診ることに。しかし、睡眠が1時間という激務にスタッフの疲労はピークに達する。
進藤一生(江口洋介)と小島楓(松嶋菜々子)は、研修医の工藤亮介(石田卓也)が睡眠導入剤を使っていることを澤井悦司(ユースケ・サンタマリア)から聞かされ驚く。楓は工藤に無理をしないようアドバイスしようとするが、工藤は聞き入れない。 建築現場の事故でドクターカーの派遣要請がきた。澤井によりドクターカーの出動は禁止されていたが、進藤の判断により、楓と工藤、看護師の山城紗江子(木村多江)と佐伯透(西山聡)が現場に向かった。 資材の下敷きになったけが人が2人。楓はすばやく診断して、緊急性のないと見られる患者を工藤に任せ、重傷の患者とともに救急車で救命センターへ戻った。と、工藤が見ていた患者が急変。工藤は慌てて進藤に電話をして指示をあおぐ。進藤は現場に急行するが、工藤の緊急処置もむなしく患者は亡くなってしまう。その出来事以降、工藤は病院に来なくなった。 数日後、工藤が頭部の裂傷で救命センターに運び込まれてきた。衝撃を受ける進藤、鴨居千夏(北乃きい)。工藤は先日亡くなった患者の葬式に参列した後、飲めない酒を飲み、階段から落下したのだ。医局宛に、工藤から無断欠勤をわびるメールも届いたばかりだった。 工藤は、一命は取り留めたものの意識は戻らない。駆けつけた工藤の両親は、進藤の指導医としての不手際を責める。 翌晩、進藤は明らかに救急車を病院への足代わりに使っている患者を受け入れた。進藤の行動を責めた澤井は医師や看護師を集め辞職を表明する。救命改革機構の常任理事になるという。そして、楓に新医局長への就任を改めて頼む。困惑する楓。受け入れ患者を選別してスタッフの負担を軽減しなくてはいけないという澤井に「助けられる命を見捨てるのは犯罪だ」と意を唱える進藤。すると澤井は、医局に届いた工藤のメールを見せ、進藤に辞めて欲しいと突きつけた。 さすがに、こたえた進藤は工藤のベッドの傍らへ。楓は進み続ける進藤を心配し、休日をとるようにと頼んだ。翌朝、休みをとって病院を後にする進藤は、楓に医局長への就任を促す。
楓(松嶋菜々子)はシンポジウムで、救急隊長の有村(比留間由哲)と知り合う。有村は救急隊も救命医と対等に診断や治療できる権限を持つべきと主張。そんな中、有村が湊大学附属病院も管轄となる九段消防署に着任。難しい診断も的確に行い、患者を搬送してくる有村に、楓は興味を抱く。
アフリカ帰りの兵頭(小椋毅)が病院へ。対応した花音(波瑠)は兵頭の吐血を顔面に浴びる。検査の結果、兵頭の病気が、死亡率が高く特効薬もない感染症と判明。兵頭は死亡し、花音の感染も明らかに。楓(松嶋菜々子)は最上(段田安則)に「花音が死んだら“救命”を閉鎖する」と告げられる。