冒険者を夢見るライトは、特別な能力を授かるためスキルの実を食べる。しかし、得たのは戦闘に向かない外れスキル《木の実マスター》だった。スキルの実は2つ目を食べると死んでしまう。やり直せないライトは仕方なく木の実農家に。一方、幼なじみのレーナは《剣聖》のスキルを授かり、冒険者デビューを飾る。ある夜、ライトは誤って2つ目のスキルの実を食べてしまい…。
冒険者になったライトは、ギルドでSランクになったレーナと再会する。しかし、レーナは冷たい態度を取り、ライトは戸惑う。実は、レーナは所属するパーティの方針と考え方が合わず、日々苦しんでいた。その非情さを知ったライトは、レーナを救い、自らのパーティへ引き入れることを決意。《神速》のスキルを持つリーダー・グラウスへ、無謀とも思える決闘を申し込む──！
ライト、レーナ、アイラは、行方不明となった冒険者の捜索と原因究明の依頼をギルドから受けることに。手がかりの伯爵邸に着くと、アンデッドとなった冒険者たちと遭遇する。3人が戦いながら屋敷の奥へ進むと、そこには《死霊操作》のスキルでアンデッドを操るドラテナが待ち構えていた。ライトはアイラを守りながら戦うが、次々と現れるアンデッドに苦戦を強いられる。
ドラテナが《死霊操作》のスキルで操るアンデッドを、次々に倒していく『ルクセリア』の3人。アンデッド化したモンテス伯爵や、生きた人間をアンデッド化させる魔物・ソウルリーパーも現れ、戦いは激しさを増していく。そんな中、ライトは忌まわしいとされる「タブースキル」の存在を知る。激闘の末、モンテス伯爵は最後の力を振り絞り、巨大な邪龍を召喚してしまい…。
倒れてしまったライトが静養する中、レーナとアイラは冒険者ギルドに呼び出され、ギルドの重鎮たちを前に邪龍の件で報告を求められる。『ブラックスワン』やドラテナに関する情報を引き出そうとするも、聖女にうまくかわされてしまう2人。そこでレーナは、「ドラテナに関する記録の開示」との交換条件で、持ち帰った「邪龍のウロコ」を差し出すことにする。
ライトは自分だけの剣を求め、アイラとともに聖都・職人街を訪れる。案内所で工房を探す2人は、『聖女派』の工房が多いという理由で門前払いされてしまう。唯一紹介されたのは、「伝説の鍛冶師がいる」というボルスト工房だった。《超精錬》のスキルを持つ鍛冶師・モニカと出会ったライトは、さっそく自らの剣を作るように願い出る。しかし、モニカは過去の出来事から剣作りを拒む。
ライトがモニカを救出した夜、ライトは自身の冒険者としての覚悟を語る。それを聞いたモニカは、過去のトラウマと向き合いながら、剣作りへの葛藤に悩む。その矢先、黒鳥商会の代表ザムドが強力な《招雷》スキルを携えて工房を襲撃。イヴァルや職人たちが拘束されている中、ライトは工房と人々を守るため、ザムドと対決することを決意する。
激闘が続く中、ザムドは強力な雷豹ユバトゥスを召喚。ライトはスキルや戦力の差に追い詰められていく。モニカはライトの窮地を前に、再び剣を打つ覚悟を決め、イヴァルと協力して剣を作り上げる。間一髪で新たな剣が届けられ、さらに新たなスキルの実を食べることで、ライトは反撃に出る。かじった瞬間、ライトを中心につむじ風が巻き起こり、ザムドの頬を炎が掠める──！
レーナは湖の都・アシーナに到着し、ドラテナに関する情報を探るが、住民たちの反応は冷たい。ギルドの主席調査官・花帽子と再会すると、花帽子たちも邪龍対策の一環としてドラテナを調査していることを知り、行動をともにすることに。一行は情報屋から、かつてドラテナが名家の令嬢であったこと、彼女の不幸な過去、そして現在は劇場街で「妖精の舞」の準備をしていることを聞き出す。
ドラテナへの想いから花帽子たちを振り切って逃げたレーナ。だが、突如として街に魔物の群れが出現、レーナとドラテナは住民を守るために戦う。そこに合流した花帽子は、魔物の出現を止めるには街に満ちる黒い瘴気の発生源になっているアシーナ湖の「妖精石」を破壊するしかない、と提案する。一行の前に、自らを「復讐を託された使徒」と呼ぶ謎の人物・アルゴスが現れて…。
アシーナの湖上で、レーナたちと邪龍の激戦が繰り広げられる。邪龍のすさまじい戦力を前に劣勢を強いられるレーナ。街を守りながら戦うことに限界を感じ、打つ手なしと思われた刹那──妖精の眷属・シロンドロスの加護を受け、「妖精の祝福」に包まれる。レーナは、背中に輝く羽と巨大な大剣を手にした姿へと変貌を遂げた！戦況は逆転し窮地に陥ったアルゴスは、卑劣な策に出る──。
アルゴスや邪龍を退けたレーナたちは、妖精王オベルの思念体と出会い、1000年にわたる妖精石の歴史や役割について聞かされ、アシーナの街と民を守ったことを称えられる。レーナに力を授けたシロンドロスや役目を終えた自らが消えゆく前に「妖精の舞を見せてほしい」とオベルに請われたドラテナは、踊ることを約束する。一方、花帽子は聖女のスキルが《鑑定》ではなく予知に関するものである可能性を語る。
