R.C.（リギルド・センチュリー）1014年。地球上の全エネルギーをまかなうフォトン・バッテリーを宇宙よりもたらすキャピタル・タワーは人々の信仰を集め、スコード教の聖地となっていた。 主人公ベルリ・ゼナムは、タワーを守護するキャピタル・ガードの候補生だ。初めての宇宙実習のため同期生のルイン達とクラウン（タワーを運行する車輌）に乗り込む。 ベルリ達の応援に駆けつけたノレドとマニィ達は、叱りつけるデレンセン教官から逃げてクラウンの運転室に逃げ込むが、そこにはキャピタル・アーミィの監視を受ける記憶を失った少女、ラライヤがいた。 一方、ベルリ達が実習を開始した直後、突如、現れた謎のモビルスーツがクラウンを襲撃。噂の宇宙海賊の出現に、レクテンで立ち向かったベルリは機転を利かせて、モビルスーツとパイロットの捕獲に成功する。 そのモビルスーツこそ、一週間前にラライヤが乗ってきたモビルスーツだった。 捕虜となった宇宙海賊の少女はアイーダと名乗り、モビルスーツのハッチを閉じてしまう。しかし、ベルリは難なくハッチを開いて、起動に成功するのだった。
異国の来賓がキャピタル・テリトリィを訪問。法皇も出席する歓迎の宴の夜、警備に駆り出されるベルリとルイン。 一方、海賊部隊のカーヒル大尉は、捕虜となったアイーダを奪還すべくグリモア部隊で出撃、キャピタル・テリトリィを襲撃してきた。 攻撃が囚人の塔に及んだのを見たベルリは、囚われの身のアイーダを案じて、その塔へ向かう。同行するルインとノレド達。 アイーダの無事を確認できたベルリだが、教官ケルベスから先日のモビルスーツの移動を命じられ、保管している港のハンガーに向かうことに。 だが、移動途中のアイーダを、カーヒルが発見して追跡する。 ハンガーに到着したベルリは、アイーダがG-セルフと呼ぶモビルスーツの起動に成功するが、アイーダも乗り込んでしまった。 そこへ、G-セルフを敵とみなしたカーヒルが猛攻を加えてくる。ハッチにいたアイーダを守るため、ベルリはグリモアのコックピットをビーム・ライフルで灼いてしまう。カーヒルの死を嘆くアイーダはベルリを責めて泣き続ける。
キャピタル・ガードの調査部のクンパ大佐の聴取に出頭したベルリは、調査部に身柄を移送されていたアイーダと再会。クンパはアイーダ所属の宇宙海賊がアメリア軍公認の独立部隊だという情報も握っていた。 調査部に収容されていたラライヤは、ベルリ達のいたクンパの執務室へ現れ、ベルリと同行していたノレドと会って混乱状態から落ち着くのだった。 そんな中、突如ミノフスキー粒子が散布され、通信が途絶する。アメリア大統領の息子クリムがアイーダ救出作戦を開始したのだ。 クンパからG-セルフに向かうよう命じられたベルリは、調査部に保管されていた機体へ向かう。ノレドとラライヤとアイーダもついて行く。 モンテーロを駆るクリムは、キャピタル・アーミィのモビルスーツを次々撃破していくが、デレンセン大尉のカットシーには苦戦。 一方、G-セルフを勝手に起動させたアイーダは、クリムに戦闘中止を促すと、コックピットにベリルとノレドとラライヤを乗せたまま、海賊部隊の母艦メガファウナへの帰還の途についてしまうのだった。
アイーダが操縦するＧ-セルフは、ベルリとノレドとラライヤを乗せてメガファウナに帰還した。 一方、キャピタル・アーミィはジュガンとベッカーの指揮の下、宇宙海賊の居所発見とベルリ達人質の救出作戦という名目で法皇の許可を取り、カットシーとダベーで構成されたデレンセン部隊を出撃させた。 アメリア大統領の息子クリムにノレドとラライヤを人質に取られ、Ｇ-セルフの操縦をさせられていたベルリは、キャピタル・アーミィの攻撃を止めようとする。そのＧ-セルフの動きに油断したデレンセンをクリムのモンテーロが攻撃するが、デレンセンはクリムを圧倒する。 さらにデレンセンはカットシー3機同時攻撃でＧ-セルフを追い込むが、コックピット内のベルリが持っていたＧメタルが輝くと、Ｇ-セルフのフォトン装甲が輝いてカットシー隊の武装を無力化し、退却させることに成功する。 メガファウナに帰還したベルリは、アイーダがアメリア軍総監グシオンの娘であることを知る。 そして、アイーダもベルリが持っていたものと同じＧメタルを持っていた。それはまだカーヒルが生きている頃、彼女が密かにＧ-セルフのコックピットで見つけたものだった。
技術を発展させてはいけないというタブーを破ったキャピタル・アーミィは、新型ＭＳエルフ・ブルックを開発。その新型を与えられた仮面の男マスクは、ベルリ達救出を口実に、海賊討伐に出撃する。 カリブ海のビクエスト島に潜んでいたメガファウナは、腕利きの女性パイロット、ミック・ジャックの補給を受ける。ヘカテーの運用試験を兼ねた補給任務を無事遂行したミックは、クリムとも旧知の仲だ。 そんななか、アメリア軍の宇宙艦隊の弾道飛行が早まり、補給は中止になる。宇宙艦隊からキャピタルの目をそらす囮任務を命じられたメガファウナは、島近くの海上から離水、宇宙へ進路を取って浮上する。 そのメガファウナをマスク部隊が急襲した。 メガファウナを守るため出撃しようとするベルリだが、Ｇ-セルフから取り外されていたコア・ファイターで誤って発進してしまう。マスク機に翻弄されたクリムの窮地を水の玉を使って救ったベルリは、Ｇ-セルフにドッキングして、マスクの撃退に成功する。 メガファウナ艦長ドニエルは、艦を守ったベルリに礼を述べる義務があるとアイーダを諭す。だが、ベルリに礼を言ったあとで、アイーダはカーヒルの仇に頭を下げたと悔し泣きするのだった。 そして、メガファウナは弾道飛行に移行して、宇宙へ上がる。
地球周回軌道に上がったメガファウナに対し、キャピタル・アーミィはベルリ達救出を口実にしたＧ-セルフ奪還作戦を立案。デレンセンの駆るエルフ・ブルと、ダベーとカットシーで編成されたジロンド隊による挟撃が開始された。デレンセンは、教え子ベルリ達の救出を優先する構えだ。 ノレドとラライヤはキャピタル・アーミィ迎撃に出撃するフライスコップに潜り込む。隙を見て脱走できるようにベルリが指示したのだ。 リフレクターパックに換装したＧ-セルフで出撃したベルリは、キャピタル・ガード候補生としての自覚の下、周回軌道にいるアメリア軍の宇宙艦隊を偵察、撮影に成功する。だが、その直後、ミノフスキー粒子が散布され、空域は戦場と化した。 メガファウナを攻撃したジロンド隊。カットシーを戦線に投入して、限界高度のダベーは戦場から離脱する。 一方、強襲するデレンセンのエルフ・ブルに対し、ゼロ距離でビーム・ライフルを撃ち、倒すベルリだが、その強敵が恩師のデレンセンだったと気づき、衝撃を受ける。 だが、感傷のいとまはない。自由落下してしまったクリムのモンテーロに気づくと、救出に向かい、メガファウナへの帰還を果たす。 しかし、撃破した相手がデレンセンだった事実はベルリの心に重くのしかかる。信じたくないベルリにノレドは黙って寄り添うのだった。
洋上に浮かぶガランデンに配属されたマスクは、クンタラ出身の部下達に自分もクンタラであると明かし、打倒宇宙海賊の目的意識で一気に結束を図る。 キャピタル・アーミィのジュガン司令は、キャピタル・タワーの第一ナットの前進基地化を進めていた。運行長官の自分に無断で行うジュガンに憤るウィルミットだが、隙を見て第一ナットにあった年代物の大気圏グライダーを使うと単独での地球降下を試みる。息子のベルリを探すつもりなのだ。 一方、メガファウナには、アメリア本国から「艦隊の衛星軌道へ上げるスケジュールが繰り上がった」と連絡が入る。すぐさま陽動作戦を開始する海賊部隊。 Ｇ-セルフを動かせる３人のうちの一人、ラライヤに興味を持ったクリムは言葉巧みにそそのかすと、ラライヤにＧ-セルフを操縦させて、発進させてしまう。 そんななか、エルフ・ブルック部隊を率いたマスクが強襲してきた。 Ｇ-セルフを捕獲しようとするマスクは、クリムのモンテーロを圧倒。海面に落ちたＧ-セルフにラライヤはパニックを起こす。 Ｇ-セルフを持ち去られてジャハナムで出撃したベルリは、ラライヤを救助するとＧ-セルフに乗り換え、アイーダのＧ-アルケインと連携して迎撃にあたる。 だが、エルフ・ブルックを駆るマスクに劣勢に追い込まれる。 そこへ到着したアメリア軍の援軍アーマーザガンは、強力な火力を展開してマスク部隊を追い払っていく。
マスク部隊は、突如現れたモビルアーマーからの攻撃で、メガファウナのモビルスーツから引き離される。アメリア軍のミック・ジャックがテスト機、アーマーザガンで援軍に現れたのだ。 前線に補給に現れたアメリア軍総監グシオンが、アイーダの父だと知り驚くベルリ。 Ｇ-アルケインのアイーダは、父の乗ったビレイの護衛に付くが、キャピタル・タワー方向から出現した未確認機の迎撃のため、新たな装備トリッキーパックを換装して再出撃したＧ-セルフの近くへ来る。 マスクの部下アーボカスは、アーマーザガンの攻撃で機体が損傷、コックピットごと脱出して海上で救援を待つ。マスク部隊はマスク機以外が撃破される。 マスクも、トリッキーパック装備のＧ-セルフに苦戦し、単機で戦線を離脱する。 一方、アイーダのＧ-アルケインは、出力がオーバーロードして高高度に上がってしまう。混乱する中、未確認機を発見したアイーダは迎撃しようとするが、その機体にはベルリの母が乗っていた。駆けつけたＧ-セルフの制止が間に合い、ウィルミットは無事に息子ベルリと再会を果たすのだった。 メガファウナでグシオンと対面したウィルミットは、宇宙からの脅威の話を聞かされる。にわかには信じがたいウィルミット。 一方、キャピタル・アーミィの補充兵としてガランデンに乗船していたマニィは、敗戦して帰還したマスクと会う。本人には言わないが、マニィはマスクがルインだと気づいていた。
宇宙からの脅威の話をグシオンから聞いたベルリは、真相を確かめるため、メガファウナでキャピタル・テリトリィに行こうと提案する。 メガファウナは低空飛行でキャピタル・タワーの基部ビクローバーを目指して侵入していく。 ウィルミットは人目に立たぬようにシャンクで移動して農村で電話を借り、キャピタル・ガードと連絡を取る。その小さな旅の途中で、ノレドはアイーダにベルリが養子だと教えるのだった。 一方、新たな部下バララを得たマスクは、テーブル台地に現れたメガファウナを発見、遭遇戦を仕掛ける。可変モビルスーツに翻弄されるＧ-セルフだが、Ｇ-アルケインの援護射撃で、マスクのエルフ・ブルックは翼を損傷。機体から脱出したマスクは、バララのダベーに救助される。 一方、メガファウナの元には、先導役を買って出たケルベスがレックスノーでやってきた。 アイーダとベルリはそれぞれの父母と共に、キャピタル・ガードに助けられて、ビクローバーの大聖堂に辿り着き、ゲル法皇と対面を果たす。そして「宇宙からの脅威」について法皇に尋ねるウィルミット。 グシオンは、キャピタル・タワーがフォトン・バッテリーの配給を独占していることを非難するが、法皇はアメリアの考え方こそが「脅威」だと答える。 そこへ調査部のクンパが現れ、機転を利かせたケルベスはベルリとアイーダ達をその場から連れ去るのだった。
法皇との会見場に母と父を残したベルリとアイーダ達は、ケルベスの誘導でビクローバーから離れてメガファウナに戻った。キャピタル・ガードの補給が完了したメガファウナは、キャピタル・テリトリィからの脱出を図るが、艦にはケルベスも護衛として残る。 一方、宇宙からの脅威について考えるところがあるという法皇は、クラウンでザンクト・ポルトに上がることを決断する。同行するウィルミット。グシオンはアメリア軍宇宙艦隊の出撃を止めるため、大気圏グライダーで帰国の途につく。 Ｇ-セルフとラライヤとベルリの保護をジュガンに命じられたベッカーは、キャピタル・アーミィが新造したモビルスーツ、ウーシァを擁して、メガファウナの前に立ち塞がる。ブリッジを脅かして要求を通そうとするベッカーは、アイーダのＧ-アルケインに阻まれて艦から引き離されるが、Ｇ系のモビルスーツに興味を示し、Ｇ-アルケインを略取しようとする。 ケルベスがキャピタル・アーミィから持ち出してきた陸戦用の高トルクパックをＧ-セルフに換装しようと奮闘するハッパ。調整が手間取り、出撃できないベルリは焦るが、アイーダの危機に、バックパックの調整が完了。ベルリは高トルクパックの出力に翻弄されつつも、機転を利かせてウーシァを撃退してアイーダを救った。 一方、ザンクト・ポルトへ向かう法皇のクラウンに調査部のクンパが現れ、ウィルミットはその動きを訝しむのだった。
Ｇ-セルフも動員して地球周回軌道に上がるための艦体補強を行ったメガファウナは、キャピタル・タワーに向かったサラマンドラを指揮するクリムの暴走を止めに行く決断をする。 一方、大気圏グライダーでアメリア本国に帰還したグシオンは、宇宙艦隊の出撃を勝手に決めたズッキーニ大統領を諫めるが、キャピタル・アーミィがキャピタル・タワーを占拠したという情報を信じたズッキーニは命令を撤回しない。 同じ頃、新型モビルスーツ部隊を従えたマスクが、スペース・ガランデンに着任する。その艦にはマスクの役に立とうとマニィも乗り込んでいた。 バララと共にマックナイフ部隊で出撃したマスクは、Ｇ-セルフとラライヤを要求してメガファウナを強襲する。応戦したケルベスのレックスノーは一時、人質に取られる。 そこへ駆けつけたベルリは、マスクと生身で直接対峙し、顔を合わせて肉弾戦をする羽目になる。だが、マスクの隙をついたベルリはＧ-セルフに乗り込むと、バララを追い払い、マスクも撃退した。 アメリア軍総監としてラトルパイソンに乗り込んだグシオンは、自ら宇宙艦隊を指揮してキャピタル・タワー最上部のザンクト・ポルトに進路を取っていた。 その報告を受けたメガファウナでは、聖なる場所に軍隊が上がるのは最大のタブー破りで祟りがあると怖れるベルリが、本気で怒るのだった。
メガファウナでは、ハッパがアサルトパックをＧ-セルフに換装して武装強化を図る。マニュアルを渡されて困惑するベルリだが、「守ってもらいたいんだよ！」というハッパの期待には笑顔がこぼれた。 一方、クリムはキャピタル・タワーをアメリアのものにするため、遭難船に仕立てたガビアルをザンクト・ポルトに接触させ、内部から占領する作戦を実行させる。 スペース・ガランデンで追っていたマスクは、迎撃に出たクリムのモビルスーツ部隊にはかまわず、サラマンドラにマックナイフの戦力を集中し、沈めようとする。艦が狙われ憤るクリム。その時、長距離砲がマックナイフのミサイル攻撃を防ぐ。ベルリのＧ-セルフが、戦闘を止めようと横合いから邪魔したのだ。そこへクリムとミックが戻ってきて、戦場は混戦状態になるが、ザンクト・ポルトの目の前に近づいての戦闘は最大のタブー。マスクもクリムもそれ以上の戦闘は中止し、モビルスーツを艦へ帰投させた。 一方、遭難船作戦は成功。クリムのサラマンドラはザンクト・ポルトに乗り込んでしまう。 そこで、ベルリ達はＧ-セルフがＧ-アルケインに拿捕されたと見せかけ、アメリア軍が占拠したザンクト・ポルトに上がる。 グシオンを連れ、大聖堂で法皇と会見したクリムは、艦艇の力を盾にキャピタル・タワーの管理運営権を要求する。反対する運行長官のウィルミット。そこへ到着するベルリ達だが、その時、宇宙から飛来したビームにガビアルが狙撃され、爆発してしまう。
月の裏側のトワサンガから来たドレット艦隊は、ザンクト・ポルトを占拠したアメリア軍所属の補給艦ガビアルを砲撃。脅しのはずが手違いで爆発させてしまう。 グシオンは迎撃を指示するが、そのアメリア軍にマスクのいるスペース・ガランデンから地球人同士で共同戦線を張ろうという通信が入る。ベルリのＧ-セルフとアイーダのＧ-アルケイン、ケルベス達は共同戦線に参加すべく、Ｓ・ガランデンに乗り込み、そこでノレドはマニィと再会する。 かくして、白旗を立てたクリムの青いジャハナム達と、マスク部隊、ベルリ達のモビルスーツがドレット艦隊の旗艦ギニアビザウに近づく。降参すると見せかけて親玉の艦艇を叩く作戦だ。しかし、見破られ、ドレット艦隊は攻撃してきた。ベルリ達は砲撃されないよう、ザンクト・ポルトを真後ろにした位置につき、危難を逃れる。 ドレット艦隊の交渉団は、ザンクト・ポルトに入った。 ベルリ達も護衛の名目でザンクト・ポルトに入る。その大聖堂で、グシオン、ウィルミット、ゲル法皇の地球側と、ノウトゥ・ドレット将軍ほか司令官達との交渉が開始される。 だが、クリムが「貴官達はアメリアが敵対しているゴンドワンにそそのかされて地球に攻め込むのだ。そして、地球に移民するレコンギスタを実行する。それが本心だよな！」と挑発。激高したドレット軍のパイロット、ロックパイがクリムと掴み合いの喧嘩をする羽目に。 アイーダは、あの人達（ドレット艦隊関係者）の話だけではわからないから、トワサンガに行ってみるしかないと月を指さすのだった。
ザンクト・ポルトでは地球側とドレット艦隊との間で交渉が始まった。ノウトゥ・ドレットのほか司令官の名前を思い出すラライヤ。交渉の場を抜け出したベルリ達は、マスクの下へ帰るというマニィと別れる。 一方、交渉の裏でミノフスキー粒子がザンクト・ポルトの方向から撒かれた。クンパが煽っているらしいと気づいたマスクは、メガファウナがベルリ達をザンクト・ポルトから収容している間にマックナイフで出撃してドレット艦隊に肉薄。旗艦ギニアビザウにメッセージチューブを張り付かせると、スペース・ガランデンを月へ向けた。 クリムもドレット艦隊の追撃部隊を撃破すると、サラマンドラを月に向かわせる。 2艦に後れを取るメガファウナ。しかし、ベルリはＧ-セルフを駆使して追っ手のモラン隊のパイロットを殺さずに無力化して、そのうちの一人を捕虜にすることに成功する。 マスクが敵旗艦に張り付かせたチューブには「降参すれば地球に住まわせてやる」という誘いのメッセージが入っていた。トワサンガの船乗りを取り込むつもりらしい。 メガファウナでは、すっかり回復したラライヤが本名のアクパールを名乗り、改めてベルリ達と挨拶を交わす。一方、捕虜になったリンゴはトワサンガでは地球人が来るなんて想定外で対応できる人間はいないとうそぶく。しかし、無防備だとは考えられないアイーダは、ベルリの活躍を期待して笑顔でおだてるのだった。
記憶の戻ったラライヤは、Ｇ-セルフがYG-111と呼ばれた偵察用モビルスーツだったとアイーダ達に教える。ドレット軍で不採用になった機体で、地球にいる間はレイハントンの生き残りを探せと命じられていたというが、ドレットとレイハントン、トワサンガの家同士の問題もかなり昔のことらしい。 一方、ドレット艦隊のクノッソスは、メガファウナとサラマンドラを追撃。ロックパイらのアリンカト２機とモビルスーツ部隊を出撃させた。 ベルリはＧ-セルフで迎え撃ち、アリンカト１機を撃破する。死なせたくないのがベルリの本音だが、ミノフスキー粒子散布下で思いのままの戦闘は不可能だ。 「ラライヤは地球人に寝返ったのかァ!?」驚くロックパイだが、Ｇ-セルフの戦いぶりで地球人が操っていると見抜く。クノッソスの援護射撃もあったが、Ｇ-セルフの長距離狙撃が功を奏し、追撃部隊は後退。ドレット軍のモビルスーツ部隊相手に勇戦したクリムとミックも、敵の後退を知ると、近くにいたメガファウナに乗り込んだ。 ラライヤがリンゴの持ち込んだモランを動かしたと聞き、回復ぶりに驚くクリム。ラライヤはクリム達のフルネームと階級も覚えていた。ミックは感心する。 メガファウナとサラマンドラは、トワサンガのシラノ-５に近づくと別々の桟橋に入った。だが、クリム達は街中に入ったところで捕まってしまう。 久しぶりの故郷にはしゃぐラライヤ。そこへ現れたラライヤの隣人フラミニアは、ベルリとアイーダを見ると、会っていただきたい方がいると言い出すのだった。
シラノ-５のモロイでベルリ達は、ドレット軍のレコンギスタ（地球帰還）作戦を中止させたいというレジスタンス達の農園に連れて行かれる。 そこでベルリとアイーダは、自分達を「レイハントン家の皇女（おうじょ）、皇子（おうじ）」と呼ぶロルッカとミラジに紹介される。ドレット家と争って滅ぼされたという旧家の子供部屋で、本当の両親の写真を見つけるアイーダ。実はレイハントン家の遺児ふたりは、ピアニ・カルータという人物に託され、捨て子として地球に亡命させられていた。遺児達の行方を探し当てたいと考えたロルッカ達は、建造したYG-111（Ｇ-セルフ）がドレット軍の事前偵察用に採用されるとパイロットのラライヤにも教えない性能を仕掛ける。その結果、レイハントン家のＤＮＡ等に反応したＧ-セルフが、アイーダとベルリを選んで起動したのだ。しかし、Ｇ-セルフと出会い、恋人を弟（ベルリ）に殺されるという悲劇を経験したアイーダは、今後のことは自分達で見つけ出して成し遂げるとロルッカ達に宣言する。 一方、クリムが率いる航宙艦サラマンドラがドレット軍司令部のゲスト扱いでシラノ-５のアパッチ軍港に入港する。同じくクンパもスペース・ガランデンを軍港に入港させようと画策していた。 出生の秘密を聞かされナーバスになっていたベルリは、Ｓ・ガランデン接近の報告を聞いて、Ｇ-セルフで勝手に出撃。トワサンガ守備隊のガヴァン隊の攻撃を受けるが、圧倒的な反撃で、ガヴァン隊を無力化してしまう。思わず大昔のガンダムを連想するガヴァン。 Ｓ・ガランデンは軍港に入り、クンパ達はトワサンガ政権
シラノ-５の南の農業ブロックの外壁が破れ、宇宙にがれきや土砂が流出する事故が発生した。メガファウナはゴミ掃除を手伝うという名目でモロイの桟橋から出港する。 そのメガファウナからＧ-セルフを取り返したいというクンパの要請でドレット軍から実験機のモビルスーツ、ビフロンがマスク部隊に貸し出される。ビフロンにはバララが搭乗して出撃。マスクも後見人として同行する。 そのマスク部隊を妨害するため、サラマンドラからクリムとミックが出撃する。 同じ頃、アイーダ達は、カシーバ・ミコシを初めて見る。その威容はカーニバルの山車のようだ。ロルッカ達がクンパを知っている人物のようだと話すのを聞いたベルリは、クンパがトワサンガに来たことがあるか、トワサンガの人間ではと推測する。アイーダは、がれき掃除にかこつけてトワサンガから逃げ出す算段をしたいとドニエルに提案。ベルリ達が各モビルスーツで出るなか、ラライヤはネオドゥに乗るが、機体が暴走し、バララのビフロンとニアミスしてしまう。 ラライヤの面倒をみなくて済むようになって気落ちするノレドは、軍医のメディーやナースのキランから「やることはいっぱいある」と諭され気分を改める。 ネオドゥの暴走を機に戦闘に突入する一同だが、ロックパイの掃除部隊が現れ、ヘルメス財団を怒らせたらフォトン・バッテリーが配給されなくなると警告。アメリア軍、ドレット軍、メガファウナのモビルスーツ達が、がれき掃除で協働することになった。 その隙にメガファウナへ現れたクンパが、ロルッカと再会。アイーダとベルリを捨て子として地
月の裏側のスペースコロニー、トワサンガからカシーバ・ミコシが出港することになる。それに伴い、カシーバ・ミコシにフォトン・バッテリーを運び込む任務を終えたクレッセント・シップが、ビーナス・グロゥブに戻るための出港準備を始める。 そんななか、Ｇ-セルフを奪取しようと、ガヴァン率いるザックス兵団がシラノ-５から出撃。ガヴァン隊の動きを察知するメガファウナだが、密かに接近していたマスクがマニィと共に乗り込んできた。マスクもＧ-セルフを手に入れようと動いたのだ。マスクと格闘する羽目になるベルリ。さらにメガファウナのデッキ上にクリムとミックのジャハナムとヘカテーが現れてバララのビフロンとモビルスーツ戦を始めてしまう。 ドレット艦隊からはマッシュナーの指令を受けたロックパイが新たなモビルスーツ、ガイトラッシュで出撃し、ガヴァン達を止めようとする。その混戦にクノッソスの艦砲で援護するマッシュナー。カシーバ・ミコシ周辺で戦闘を行うタブーを怖れ、クノッソス艦長は抵抗するが、マッシュナーはロックパイ可愛さに援護射撃を強行する。 マスク機とクリム機はガイトラッシュのビーム・マントに弾かれる。ベルリも苦戦するが、Ｇ-セルフの力を駆使してガイトラッシュを撤退させると、Ｇメタルに導かれてクレッセント・シップの内部に入る。そこでＧメタルと同じデザインを見つけたベルリは、Ｇメタルをスリットに差し込む。すると、クレッセント・シップは定常運転を開始するのだった。 Ｇ-セルフの囮作戦でメガファウナもクレッセント・シップに逃げ込むことに成功した。ベルリ
ドレット軍などの追撃を振り切ってクレッセント・シップに飛び込んだメガファウナは、金星近くに作られたスペースコロニー、ビーナス・グロゥブへ向かうことになった。クレッセント・シップ内で、宇宙線の被ばく対策でマラソンをやらされたり、メガファウナの補修で船外活動をしたりと忙しく働くベルリ達。その中で、マスクの強襲時にメガファウナに来て残ってしまったマニィは、光る星の中にルインを思ってひそかに涙する。 クレッセント・シップは、フォトン・バッテリーの生産工場だというビーナス・グロゥブの全体像が分かるほど近くまで、到達する。 ヘルメス財団が無条件でフォトン・バッテリーを提供する代償に地球に住む人々に対してアグテックのタブー（科学技術の進歩禁止）を強いたのは、人類が宇宙世紀に大量消費と戦争で地球を住めないようにしたせいで、二度とそのようなことが起こらないようにとの予防策だったという。だが、いま地球では、タブーを破って、複数の勢力の宇宙艦隊がキャピタル・タワーを取り合ってにらみ合っている。 その戦いをやめさせたいベルリは、ヘルメス財団の偉い人に姉のアイーダを会わせたいと訴える。クレッセント・シップ艦長のエルは、ビーナス・グロゥブを統一しているラ・グーは高潔な人物だと明かす。 そんな中、出迎えに来たというジット団と名乗る一団が現れる。そのジット団を率いるキア・ムベッキは、モビルスーツの武力を背景にクレッセント・シップを乗っ取ってしまう。 抵抗しようとしたベルリは裏切ったフラミニアに麻酔薬を注射され眠らされてしまう。
クレッセント・シップをハイジャックしたジット団に対し、異変を察知したロザリオ・テンの警察組織テン・ポリスがモビルスーツの編隊を出動させる。クンのジロッドとチッカラのジャスティマは、レコンギスタ作戦を理解しないポリジット達を容赦なく破壊していく。 そのロザリオ・テンは、オーシャン・リングと呼ばれるコロニー内にあった。ビーナス・グロゥブを統べるラ・グー総裁もそこにおり、ジット団のラボラトリィも近くにあるという。 ベルリ達は、ジット・ラボ経由でラ・グーに会いに行く決断をする。 オーシャン・リングに近づけば、ジット団も無闇にビーム攻撃はできないはずと考えたのだ。キャピタル・ガード伝統のウォークライで気合いを入れたベルリ達は、フラミニア達からＧ-セルフを取り戻す。ドニエルはメガファウナをオーシャン・リングへ向かわせ、クレッセント・シップと連絡を取るが、爆弾で脅されたエル・カインド艦長達は応答ができない。 一方、ジット団の追撃を受け、フレームのある宇宙の中に迷い込んだベルリは、キアのジャイオーンに追いつめられる。シー・デスクを支えるフレームをかいくぐって逃げるＧ‐セルフ。その胴体を奪い取ろうと迫るキアのジャイオーンは、シー・デスクの底に傷を付けてしまう。破壊された箇所から瓦礫と共に海水が流出し始めた。 海水を止めようと亀裂の穴に飛び込むジャイオーン。Ｇ‐セルフで追いかけたベルリが海水を抜けると、そこには目を疑うような、地球と似た海の光景が広がっていた。
Ｇ-セルフを捕獲しようとしたジット団の隊長キア・ムベッキは、その攻撃でシー・デスクの底に穴を空けてしまう。宇宙に噴出する海水に飛び込んだキアを追ったベルリは、海中を通過してメディスペシーの海上に出る。 一方、テン・ポリスの誘導に従いメガファウナはロザリオ・テンへ向う。ラライヤとリンゴやノレドたちはジット・ラボ偵察の途中で遭遇したローゼンタールとチッカラを撃退。チッカラたちはフルムーン・シップに装備を取りに戻る。 キアは、ジット・ラボから巨大モビルアーマー、コンキュデベヌスを持ち出してジャイオーンを接続すると、そのオーブンでＧ-セルフを焼却しようとする。 だが、海水の流出量が自動修復能力の限界を超えた。底が抜ければ十数万人の人間が死ぬ。 確実にコンキュデベヌスをコントロールして穴を塞ぐため、接続したジャイオーンから逃げない覚悟を決めたキアは、クンたちにレコンギスタ作戦を託して海中に沈む。キアを助けようとするクンだが、ジロッドが穴にはまり動けなくなる。クンはカプセルで脱出して生き延びる。キアの決死の行動は海水流出を止めた。 ノレドとマニィは、ジット・ラボからモビルスーツ、Ｇ-ルシファーを捕獲して帰還。 ベルリたちは、ロザリオ・テンで、ビーナス・グロゥブを統べるラ・グー総裁と面会するのだった。
ジット団を取り締まろうとするロザリオ・テン・ポリスのモビルスーツを破壊したクンとチッカラたちは、海の穴を塞ぐため犠牲になったキアを満艦飾で追悼するフルムーン・シップに乗り込んで地球へ出港した。 ビーナス・グロゥブを統べるラ・グーは、クンパことピアニ・カルータが宇宙で変化していく人間を見た結果、地球上で弱肉強食の戦いをさせて人の強化が必要だと宣言した過去をアイーダに話す。その現実をムタチオン（突然変異）した自分の姿を見せて明かすラ・グー。アイーダは大きな衝撃を受ける。 メガファウナは、フルムーン・シップを追ってクレッセント・シップと共に地球圏への帰還の途につく。その地球で待っていたのは、キャピタル・アーミィ、アメリア軍、ドレット軍の三つ巴の戦争だった。 新たなバックパックでベッカー部隊を撃退したＧ-セルフのベルリとアイーダたちは、キャピタル・タワーの第３ナット、ワンジラに入る。ワンジラで母ウィルミットと再会したベルリたちは、メガファウナがいない間にドレット将軍がゲル法皇を人質に取った事件が起こり、法皇救出とカシーバ・ミコシの占拠においてマスクが活躍したことを知る。 キャピタル・タワーにキャピタル・アーミィが乗り込んでいる現状を知ったベルリたちは、アイーダの父グシオンが座乗するアメリア艦隊の旗艦ラトルパイソンに向かった。 一方、メガファウナからジット・ラボ製のジーラッハを持ち出したマニィ・アンバサダは、スペース・ガランデンへ戻り、マスクことルイン・リーと再会するのだった。
マスクのスペース・ガランデンが、ジット団のいるフルムーン・シップに接触しようと動いた。 ラトルパイソンにいたグシオンは、ベルリとアイーダにアメリア軍への帰参を要請。だが、メガファウナという海賊船の一員のままがいいと断る二人。地球の一勢力に荷担する危険をビーナス・グロゥブへの旅を通して学んだのだ。それでもアメリアへの協力を約束するベルリ。一方、アイーダはグシオンにベルリが弟だと話し、これまで育ててもらった感謝を告げる。 マスクの援護に出撃したベッカーのウーシァ部隊は、ミノフスキー粒子散布下でレーダーが殺された状態でもランゲバインの光学照準を用いて砲撃、サラマンドラから出た敵部隊を制圧しようとする。ミック・ジャックはヘカテーのビットでその攻撃を防ぐ。 戦争の根を取り除きたいと考えるベルリは、アメリア軍とキャピタル・アーミィとドレット艦隊の三つ巴の戦況を見極めようとする。その観戦チームに参加していたビーナス・グロゥブのポリジットが戦場の光に誘い込まれてしまい、ベッカー機を倒したロックパイのガイトラッシュに破壊される。ビーム・マントを駆使してベルリのＧ-セルフを追いつめるロックパイだが、Ｇ-セルフのアサルトモードによって迎撃され、命を落とす。 ロックパイの死を感じ取ったマッシュナーは戦線からの離脱をクノッソス艦長に命じた。 死闘に勝ったベルリだが、宇宙で人の絶叫を聞いてゾッとする。 マスクがフルムーン・シップと合流した頃、ベルリ達のメガファウナはカシーバ・ミコシに接触したラトルパイソンに向かうのだった。
マスク達はフルムーン・シップに合流。ジット団からカバカーリーなど最新鋭機が提供される。マニィは、マスクにベルリと友達になってと頼むが、ベルリがアイーダの実の弟でトワサンガ名家の出身と聞かされたマスクは、権力者になる血筋だと反発し、マニィの願いを拒絶する。 カシーバ・ミコシから救出された法皇と会ったアイーダは、ラ・グー総裁との会見を報告。父グシオンがドレット艦隊と停戦協定を進めていると伝える。 ジット・ラボ製の最新鋭機を提供されたクリム達は、ドレット艦隊との停戦に反発するが、キャピタル・アーミィを叩くためであり、地球に降下後はドレット軍の処分も匂わせるグシオンに懐柔される。 一方、キャピタル・アーミィのブルジンの出撃をキャッチしたメガファウナでは、アイーダがカーヒルの死の遺恨を忘れるとベルリに告げる。 停戦のため動いたアメリア艦隊とドレット艦隊だが、第三者が撒いたミノフスキー粒子に妨害され、艦隊戦に突入してしまう。そこを強襲するバララの大型モビルアーマー、ユグドラシル。宇宙に死のカレイドスコープが閃き、両勢力の艦が次々にテンダービームで墜とされる。マッシュナーはクノッソスの待避を命じるが、ノウトゥ将軍の旗艦ギニアビザウは撃沈される。 だが、そのユグドラシルもパーフェクトパック装備のＧ-セルフでベルリが撃破。しかし制御を失ったユグドラシルのビームがラトルパイソンのブリッジを射抜き、宇宙に吸い出されたグシオンは戦死してしまう。 アイーダがその死を受け止めるよりも早く、戦争は最終局面へと突入していく……。
マッシュナーは、ドレット艦隊の数少ない生き残り組であるクノッソスを、クルーの反対も押し切ってフルムーン・シップ奪取のため進撃させる。 ベルリ達は、メガファウナで補給を受けながら、一時の休息を取る。父の死で傷心のアイーダに、ドニエルはあえて旗艦の指揮を執るよう叱咤、ステアも励ます。 マスク部隊とジット団に迎撃されたクノッソスは、カバカーリーに撃沈されてしまう。 そこへアメリア軍のモビルスーツ部隊を率いたクリムが現れるが、マニィのジーラッハがジャハナム数機を撃墜。戦場は次第に地球の重力に引かれて降下していく。 その混戦にベルリ達のモビルスーツ部隊も飛び込む。立ち塞がるマスクのカバカーリーとマニィのジーラッハに対し、戦闘を止めようと説得を試みるベルリ。だが、憎しみに駆られたマスクにその気持ちは伝わらない。 大気圏突入寸前の高度まで降下したモビルスーツ達は、次々に自分の艦に帰還する。 しかし、マスクのカバカーリーとマニィのジーラッハ、クリムのダーマとミックのトリニティは、自力で大気圏突入する羽目になる。その動きを警戒して出たベルリもＧ-セルフのエネルギーを振り絞って大気圏突入をすることに。 そんななか、満身創痍のサラマンドラは大気圏突入に耐えきれず爆散してしまう。 同じ頃、第１ナットから大気圏グライダーで出発したウィルミットは、クンパを同行してギアナ高地へと降下していく。 そのギアナ高地の上空には、死線を突破したメガファウナとスペース・ガランデン、ベルリのＧ-セルフ、ダーマを放出してダハックの初陣に臨むクリム
ガファウナから出撃したアイーダ達は、ギアナ高地近くにいた艦隊を発見。それはズッキーニ大統領が密かに建造させていたアメリアの新艦隊だった。 艦隊の戦いをやめさせたいベルリのＧ-セルフだが、マニィのジーラッハとマスクのカバカーリーの猛攻を受け苦戦する。 ジット団と交戦していたクリムとミックは、カリブ海への脱出コースをとるスペース・ガランデンに合流したランゲバインとウーシァ部隊を見つけ、攻撃する。 一方、ラライヤは、兵力というおもちゃを与えられてはしゃぐ心根のアメリア新艦隊の大人達に怒り、Ｇ-ルシファーの攻撃でラトルパイソン級の足を止める。 チッカラのジャスティマは、クリムのダハックにエネルギーを吸われ、ビーム・サーベルでとどめを刺される。 マスクとの戦いに煽られ、ジャブローの地下遺跡をくぐり抜けたＧ-セルフは、地上への脱出後、リンゴやケルベス達と再会。そこに現れたクンのマズラスターはグライダーごとクンパを陥没穴に落下させてしまう。 ベルリは、クンのマズラスターをトラクタービームで縛り、無力化に成功する。 そして、カバカーリーとの決戦でＧ-セルフの左脚を失いながらも相打ちに持ち込み、コア・ファイターで脱出する。命を拾ったマスクが見上げる空からは戦火が消え始めていた。 アイーダは、遭難者の救助を命じて、戦場を収める。 その数ヶ月後、それぞれ旅立つルイン、クリム達。 ベルリもひとりでメガファウナから降りると、日本から出発して世界を見て回る旅を再び始めるのだった。
テレビ本編第1話から第5話までの再編集と新規カットで構成される。
テレビ本編第6話から第11話までの再編集と新規カットで構成される。
東京のお台場「ダイバーシティ東京 プラザ」の実物大ガンダム立像横の壁面映像演出「WALL-G」にて公開された作品。後に当作品のブルーレイディスクが、G-フェネクスの限定プラモデルとセットで「ガンダムフロント東京」にて限定販売された。
