ジット団を取り締まろうとするロザリオ・テン・ポリスのモビルスーツを破壊したクンとチッカラたちは、海の穴を塞ぐため犠牲になったキアを満艦飾で追悼するフルムーン・シップに乗り込んで地球へ出港した。 ビーナス・グロゥブを統べるラ・グーは、クンパことピアニ・カルータが宇宙で変化していく人間を見た結果、地球上で弱肉強食の戦いをさせて人の強化が必要だと宣言した過去をアイーダに話す。その現実をムタチオン（突然変異）した自分の姿を見せて明かすラ・グー。アイーダは大きな衝撃を受ける。 メガファウナは、フルムーン・シップを追ってクレッセント・シップと共に地球圏への帰還の途につく。その地球で待っていたのは、キャピタル・アーミィ、アメリア軍、ドレット軍の三つ巴の戦争だった。 新たなバックパックでベッカー部隊を撃退したＧ-セルフのベルリとアイーダたちは、キャピタル・タワーの第３ナット、ワンジラに入る。ワンジラで母ウィルミットと再会したベルリたちは、メガファウナがいない間にドレット将軍がゲル法皇を人質に取った事件が起こり、法皇救出とカシーバ・ミコシの占拠においてマスクが活躍したことを知る。 キャピタル・タワーにキャピタル・アーミィが乗り込んでいる現状を知ったベルリたちは、アイーダの父グシオンが座乗するアメリア艦隊の旗艦ラトルパイソンに向かった。 一方、メガファウナからジット・ラボ製のジーラッハを持ち出したマニィ・アンバサダは、スペース・ガランデンへ戻り、マスクことルイン・リーと再会するのだった。